2011年6月29日水曜日

憤懣やるかたなし

先週からしこしこ解剖して抗体染色した大切なサンプル達を今日の朝ワクワクしながら顕微鏡で覗いてみたら、どうも様子がおかしい。抗体のシグナルは弱いながらも見えるのだが、なぜか全てのサンプルからモザイクマーカーのGFPシグナルが消え失せている。しかもなんだか物理的にダメージを受けたようなサンプルが多い。解剖後に顕微鏡下でチェックした時には確かにGFPシグナルがあったので染色過程で失われたとしか考えられない。そういや先週辺りから解剖後にovaryを固定溶液の入ったチューブに入れたらベタベタとチューブの内壁にくっつくし、抗体反応中にはovary同士がくっついて塊になりがちだったり、なんやらいつもと様子が違っていたことをふつふつと思い出した。結構大切なサンプルが含まれていたのでショックを受けながらオフィスに戻ってきて、何が問題だったのだろうかと考えているところにジャッキーもオフィスに戻ってきて「今までにGFPシグナルが染色後に消えてしまったようなことある?」と聞いてきた。ジャッキーも抗体のシグナルはかろうじて見えたんだと言う。それを聞いた瞬間に、あぁ共用のfix solutionに何か問題があるんだとすぐに分かった。昼御飯後に共用のfix solutionの匂いを嗅いでみたら案の定ほとんどホルムアルデヒドの匂いがしない。。。たぶん誰かが間違えてPBSかなんかをここに入れたことは容易に想像がついた。せっかく一生懸命長い時間をかけて作った実験サンプルをなんでこんな誰かのつまらん不注意で台無しにされてしまうのか。。。怒鳴り散らしてやりたいが犯人は分からんし、まぁそんなことしてももう一度同じ実験を始めからやるしかないことに変わりはないからなぁ。でも考えてみりゃこの一週間ほどの間ずっとfix solutionに問題があったのなら結構ラボのみんながやられているということになるな。みんなのサンプルがダメになっているのを確認して笑い飛ばすしかないか。しかし、誰かもう少し早く気付けよ。って自分もか。。。

2011年6月28日火曜日

Panama City Beach

一昨日土曜日はちょっと遠出してパナマシティのビーチへ行ってきた。遠出と言ってもタラハシーから車で東へ二時間半ほど。ここのパナマシティビーチは「The World's Most Beautiful Beaches」というスローガンを掲げているらしく、メキシコ湾岸に延々と続く真っ白な砂浜は全米屈指の美しいビーチとして有名。砂浜に出た瞬間、目の前に広がるエメラルドグリーンの海に驚かされた。砂浜は去年行ったTreasure IslandやSt. George Islandの方が立派かも知れないけど、この水の色はスゴイ。マイアミのSouth Beachもエメラルドグリーンという形容がふさわしいような海の色だったけど、このパナマシティビーチの方がもっと鮮やかな色で透明度が高くて光り輝いている。
それにしてもこのビーチ、なんやら温泉のような所謂硫黄の匂いがするのはなんでなんだろうか。真っ白な砂浜に温泉街の匂いというこの感じは、スケールは全く違うけどちょっと和歌山の白浜を思い起こさせる。ビーチ沿いにはコンドミニアムが林立していて、街もリゾート地らしくレストランや子供向けの小さな遊園地みたいなものがたくさん立ち並んでいる。街はマイアミとオーランドにちょっと似てるかな。
今回行ったのはパナマシティビーチの東の端にあるSt. Andrews State Parkのビーチ。ここは州立公園になるので入園料として8ドルかかるけど、ビーチは人も少なめでいいのかも知れない。この夏、もう少し他のビーチも試してみましょう。

2011年6月25日土曜日

Blueberry picking

今日は夕方から隣町へブルーベリー狩りに行ってきた。最近は夜9時頃でもまだ明るいので、日暮れ前の少しでも涼しい時間帯に行くといいんですね。

2011年6月24日金曜日

女王バエ

少し前にNatureに載っていたスゴイ論文ライフサイエンス新着論文レビューにお目見えした。
ミツバチでは働きバチが分泌するローヤルゼリーを食べさせてもらった幼虫のみが大きな体に成長して卵を産む女王バチになる訳だが、このローヤルゼリーの中のロイヤラクチンという成分が女王バチへの形態変化を誘導する物質そのものであるということを証明した論文。びっくりなのは、このロイヤラクチンをショウジョウバエに与えると、女王バチと同じような大きな体、産卵数の増加、寿命の延長といった形態変化がハエでも誘導されるのだという。また、このロイヤラクチンが脂肪体においてEGFRに作用することによってsignaling pathway下流でS6K、MAPK、juvenile hormone等を介してこれらの形態変化を促すメカニズムも示されている。面白さ、データ量ともに圧倒的なんだけど、これで単著っていうのはスゴイですなぁ。
体サイズと言えば先々週のラボミーティングでドンちゃんが、ニースのDr. PLのラボから去年Developmental Cellに報告された論文について発表していた。こちらの論文は、脂肪体においてEcdysone receptorによって制御されているdMycの発現レベルが体の成長をコントロールしているという話だったな。これもなかなか面白かったけど。

2011年6月23日木曜日

レクシー開始

最近ようやく実験にも慣れ始めた様子のレクシーを見て、スクリーニングだけじゃなくて一つ研究プロジェクトを始めさせてみようかなという気になったので、昨日の午後レクシーをオフィスに呼んで少し前から考えていたプロジェクトの内容を話してみた。アリスンとレクシーがスクリーニングしたラインの数はまだそれほど多くはないのだけども、その中に見つけた意味ありげな一致がもしかしたらプレスクリーニングの段階から考えていたことと結びつくかも、という淡い期待のようなまだまだ準備実験が必要なプロジェクト。まぁとりあえずやってみようということになったのだが、話を聞いてとてもうれしそうにしているレクシーを見て、あぁやっぱりアンダーグラジュエイトの学生でも単純作業的なものだけじゃなくて自分で考えるプロジェクトを持ちたいんだなと再確認。当たり前か?いや、今までの経験上これも学生によると思うけどなぁ。

Fieldの形成

cell competitionをfield cancerizationという概念と結びつけて考えた場合、やっぱり真っ先に思い浮かぶのはdMyc overexpression cloneやHippo pathway mutant cloneのように"supercompetitor"となってfieldを占有していくようなoncogenic mutant cellだと思う。一方で、scribとかlglのようなneoplastic tumor suppressor geneのmutant cellはcell competitionで逆に排除されていく訳だから増殖してfieldを形成することは出来ないと考えられるんだけども、しかし、例えばコイツらみたいなmutant cellでもapico-basal polarityが破綻する訳でもなく、ぎりぎりのところでwild-type cellにloserとみなされないようなhypomorphic alleleのmutant cloneなら周りの正常細胞とcompetitionを起こすことなくある程度増えてprimary cancerization fieldを形成してしまうという可能性が充分に考えられるんじゃないかね。

2011年6月22日水曜日

Field Cacerization

The concept of “field cancerization” was first introduced by Slaughter et al. in 1953 when studying the presence of histologically abnormal tissue surrounding oral squamous cell carcinoma.  It was proposed to explain the development of multiple primary tumors and locally recurrent cancer.  Organ systems in which field cancerization has been described since then are: head and neck (oral cavity, oropharynx, and larynx), lung, vulva, esophagus, cervix, breast, skin, colon, and bladder.  Recent molecular findings support the carcinogenesis model in which the development of a field with genetically altered cells plays a central role. (Cancer Res. 2003; 63:1727-1730.)

According to one model of field cancerization, one cell sustains an initiating mutation.  Following extensive proliferation, some of its clonal descendants may subsequently acquire a second mutant allele, and the doubly mutated “initiated” cells may then proliferate and eventually occupy a large patch of epithelium.  While these cells have already undergone several of the early steps of multi-step tumor progression, they continue to form an epithelium that is histologically normal.  Subsequently, two cells located at different sites within this large patch of initiated cells may independently acquire additional mutations; both of these cells will now advance over the boundary to acquire a histologically abnormal appearance, spawning hyperplastic, dysplastic, or even neoplastic growths.  These two tumors will appear to have arisen independently even though they derive from the same clone of initiated cells. (The Biology of Cancer 2007)

2011年6月21日火曜日

ホームパーティ

一ヶ月ほど前に日本からポスドクとして来られたKT博士夫妻の歓迎会を先週の土曜日にウチで催した。歓迎会と言ってもTさん夫妻とST博士を加えて大人は7人だけの小さなパーティだったのだけど、ウチでのホームパーティなんて超久しぶりだったので結構準備が大変だった。たぶん前にウチでやったホームパーティとなると、4年前に今の家に引っ越した時に引っ越しを手伝ってくれたポスドクの皆さんを呼んでパーティしたときが最初で最後だったかな。今回子供はウチの子だけだったので、二人が寝てからは久しぶりに大人だけの飲み会を楽しめた。ということで結局深夜二時までワイワイとしゃべっていたので日曜日はちょっと二日酔い気味でダラダラして過ごしたのだが、ふと気付けばいつの間にか6月も終盤に入ってきている。そろそろ本格的にレビュー論文に取り組みたいのだけれど、やらなきゃいかん実験ももりもりあるし、、、暑いけどちょっと気合い入れ直していかなあきませんな。

2011年6月16日木曜日

イッパイイッパイ

やっぱり二本の論文を仕上げるための実験を全てやりながら、さらにもう一つ別のレビュー論文を書くというのは相当キツイということが分かってきた。まぁそんなんやる前から分かっていたと言えばそうなんだけども。とりあえずSSTの方の実験はすでに一部グンちゃんに担当してもらっているのだが、follicleの方の実験も自分一人だとイッパイイッパイになってきたのだ。ということで、やっぱりニッキーに少しずつ頼んでいくことにする。といってもやっぱり不安なのでまぁ頼むのは解剖だけかな。少し前に卒論発表会を終えたニッキーだが、その後ボスがちょっと発破をかけたようで最近彼はなんやらやる気をみせているのだからちょうどいいだろう。やるならもうちょっと前に発破をかけて欲しかったけど。で、グンちゃんの方は最近NSFのプロポーザルを読んでさらなる興奮状態に入ったようだ。昨晩遅くにわざわざメールしてきて「是非このプロポーザルのプロジェクトに加わりたいから明日デスカッションできないか?」と言うので、今日の午後ボスも交えて三人でちょっとデスカッションした。まぁこれについては、とりあえずグンちゃんにはコンストラクトの作製からやってもらうことにしましょう。

2011年6月15日水曜日

AyGal4:PR

初めてAyGal4:PRを用いたGene-Switch systemを試してみた。AyGal4:PRというのは、Actin promotor Flip-out cassette(Ay-Gal4)とGal4:Progesterone Receptor fusion gene(Gal4:PR)を組み合わせたシステムで、heat shockによってflip-out cloneを作り出した後でprogesterone analog RU486の添加によってGal4-UAS systemによるgene expressionを誘導するというシステム。つまりflip-out mosaic cloneにおけるUAS constructの強制発現のタイミングとその発現レベルをコントロールできる。
Dr. KIのラボから2005年の論文で紹介された。

Based on prior studies of the component parts, we expected that, in transgenic flies, a pulse of expression of the Flipase enzyme would catalyze excision of a DNA cassette containing a transcriptional terminator, allowing expression of Gal4:PR in clones of cells.  In the absence of hormone, the PR domain would prevent Gal4 from activating transcription, but, in the presence of a progesterone analog, RU486, this repression would be relieved, resulting in expression of transgenes under the control of UAS regulatory sequences.  An additional advantage of this system is that changes in RU486 concentration can lead to quantitative changes in target gene expression. (Cell, Vol. 123, 449–461)

この論文によればウジ虫君達をRU486を添加したエサに移した後、4〜5時間でGFPの発現が見られるようになり、10〜15時間後には発現量はプラトーに達するという。まぁこれでもレスポンスが非常に早いとは言いにくいのだけど、たぶん既存のシステムでは一番早いかな?(Gal80tsでも29℃に移して6時間後くらいにはGFPが発現し始めるけど。)しかも発現を誘導する前にflip-out cloneをある程度増やしておけるというのはcell-cell interactionのような現象を経時的に見たい場合非常に便利なはず。さらにもう一つの利点はRU486の濃度で発現量をある程度コントロール出来るということ。
今回アダルトでこのシステムを使うためにRU486をイーストペーストに混ぜて与えたんだけども、タイムコースを取りたい場合当然このRU486入りのエサを与えると同時にハエ達にはこれを食べてもらいたいところがなかなかそういう訳にもいかない。。。実験を始める前に何時間かは絶食させておいたほうがいいかも。と言ってもあんまり長い時間飢餓状態におくとovaryの発達に影響が出てくる訳で、ちょっと微妙な調整が必要ですな。

2011年6月13日月曜日

新しいタイプの

ロウチビと一緒に庭に出ると必ず駐車スペースの砂利の中からいくつか化石を見つけて持ってきてくれる。そんな中から最近見つけたちょっと新しいタイプの化石。何の化石なのかなぁ、表面につぶつぶの模様がついているけど光が当たるとイイ感じの光りかたをする。

イッチタクニー

昨日土曜日は昼からイッチタクニースプリングス(Ichetucknee Springs)という、フロリダではワクラスプリングス(Wakulla Springs)と並んでとても有名な湧水池に初めて行ってきた。タラハシーからは車で二時間ほど、のはずだったが、タラハシーを出てすぐのところで渋滞に巻き込まれて行きは三時間近くかかってしまった。フロリダにはこういう地下水が湧き出している泉が無数にあるのだが、その中でもこのイッチタクニーは最も美しいものの一つと言われているらしい。森の中を歩いていくとぽっかりと開けたところに泉があり、見たことないような青い水をたたえていた。
ぱっと見た感じ露天風呂のようなのだが、いざ入ろうとすると水がかなり冷たくてはじめは修行でもしているかのよう。体が水の冷たさに慣れてくると泉の中ほどまで泳いでいくことが出来た。泉の真ん中辺りはかなり深くなっているのだが、透明度が高くて底まで透けて見える青い水の中にプカプカ浮いているのはなんだかものすごく気持ちが良かった。ゴムボートを借りて川下りのようなことも出来るらしいので次回はそれにチャレンジしてみたい。

2011年6月9日木曜日

Quantification

昨日から最も重要なデータのquantificationを始めた。暗室で蛍光顕微鏡を覗きながらひたすらclone boundary上にあるfollicle cellの数を数える作業。地味な作業だけども、卵の球面上に並んでいて厚さのあるfollicle cellは拡大するとclone boundaryが見えにくかったりして実はかなりの集中力を必要とする。ということでかなり疲れるのだけども、当然このquantificationは避けては通れないので気合い入れてやるしかない。昨日今日と3種類のgenotypeの実験結果を数え上げた時点で、今までの印象から頭の中で決めつけていた結果がいとも簡単に覆された。といってもこの方が実に自然な結果なので、結局そんなに難しく考える必要はなかったということになるしこれで論文も書きやすくなった。やっぱりちゃーんと数えてquantifyせにゃいかんなと痛感。

2011年6月7日火曜日

見晴らし

昨日のハードワークがたたって今日はなんやら体が疲れている。
最近頭の中はfollicleの方の仕事に集中していたのだが、だんだんと随分前に発見してもう忘れそうになっていたような過去のデータに近づいて来つつある。これらいくらかの過去のデータは、ある変異体について始めにその基本的なフェノタイプを知るために色々と試した抗体染色の結果で、もう三年から四年前のもの。ほとんどお蔵入りになりかけていたデータなのだが、最近出た実験結果の意味を考えているうちにふとこれらの古いデータが浮かび上がってきたのだ。あの頃は、ただ単にそのgenetic pathwayのactivityがmutant clone内で変化しているという直接的なことだけしか理解できず、その本当に意味するところが見えていなかったのだが、ここにきてそれらが新しいデータとともにつながりだしたという感じ。もちろん悪い感じではない。こんな前のデータが視界に入ってきたということは、見晴らしが開けるまでもう少しのところまで来ているんじゃないかという気がする。たぶんあと少し。

2011年6月6日月曜日

Gazebo

昨日ホームディポで買ってきたGazeboを今日組み立てた。Gazebo(ガズィボゥと発音)というのは辞書には「見晴らし小屋」とあるけど、ホームディポなんかで売っているのはテントのような組み立て式のもので周囲にカーテンのように蚊帳が取り付けられるようになっている。今住んでいる家にはバックヤードがあるのだけども、今くらいの季節からは昼間は日光を遮るものがなくて暑すぎる上に夕方になると大量の蚊が出てくるしで、もう4年ほどもここに住んでいるのにバックヤードはほとんど使っていなかった。ということで今回思い切ってこのGazeboをバックヤードに建ててみたのだ。この中に子供用のプールとかテーブルや椅子を置いたりなんかしてアメリカ人のようにバックヤードライフを楽しもうという訳だ。暑い中これを組み立てるのにはかなり参ったけど、なかなかエエ感じですな。

で、その後夕方からはまたもやMaclay Gardenへ。アニカとノアムとクララのファミリーと一緒にピクニックパーティ。
ひとしきり湖のビーチで遊んだ後、みんなで持ち寄った食べ物を食べていたら湖のビーチの近くをゆっくりと泳いでいるワニを発見。結構でかいワニのように見えるけど、、、みんなこんなとこで泳いでて大丈夫なんかな。
それにしても最近毎週末パーティに行ってるな。。。

2011年6月5日日曜日

2011年6月3日金曜日

グンちゃん大興奮

先週の金曜日にジョイントラボミーティングでfollicleのほうの研究内容を発表した。まぁさほどクリティカルなサジェスションは得られなかったのだが、なかなかの反響を得たと思う。中でもウチの新しいポスドク、グンちゃんがあるデータに関してエライ興奮してしまったようだ。このグンちゃんが大興奮したデータとそれを基にした仮説はもうだいぶ前から持っているもので、去年の論文にこそその記述は含めなかったものの学会では何回か発表している。この仮説が正しいとするならば、一つ非常に重要な未知の分子があるはずなのだ。グンちゃんはこのデータと仮説を聞いた瞬間からこの未知の分子を見つけるためのgenetic screeningを発表中ずっと考えていたんだそうだ。ミーティング終了後、グンちゃんが鼻息荒く詰め寄ってきて「是非genetic screeningのアイデアをデスカッションしたいんだけど」と言うのでその後一時間ほど二人で話し合った。実はこの分子を見つけるためのスクリーニングは今までに何度も考えたことがあって、そのたびに完璧な実験をデザインすることができなかったのだが、グンちゃんと話し合っているうちに究極にシンプルなgenetic schemeを思いついてしまった。うーむ、なんで今までこれを思いつかんかったんだろうか、と言うほど簡単なシステム。やっぱりデスカッション出来る相手がいるとアイデアも効果的にインプルーブされるもんだということを痛感。で、もちろんグンちゃんはこのアイデアにさらに大興奮。なんかグンちゃんの勢いにつられてだんだん自分もその気になってきた。でもどのシリーズをスクリーンするかが問題なんやけど。

Mosaic follicle cells

モザイク状のfollicle cells。性質の異なる細胞が隣接したとき、細胞達はお互い何を感じているのだろうか?

2011年6月2日木曜日

早速猛暑

さっき昼御飯を食べに外へ出たらものすごい暑さにびっくらこいた。自転車で走ると肌に当たる風が熱くて痛いほど。天気予報では37度になっているけど体感温度は40度を超えとるな。フロリダの夏ってここまで暑かったかなぁ。
さて、昼飯前にメールボックスをのぞいてみたら、羊土社から送られてきた今月号の実験医学とドイツから送られてきた小包が到着していた。
ついこの間このオフィスで書いていた原稿が、今手元にある雑誌の中にカッコヨク掲載されているのを見てちょっと感動。そして、もう一つの小包の方はもちろんドレスデンからの待望のハエ達。そういや昨日、ベルンのDr. EMからのハエ達も届いたのだが、どのバイアルも中でやわらかくなってしまったエサとハエ達がグチャグチャになっていてアダルトのハエはおろかウジ虫達でも動いているヤツを見つけることができなかった。ドレスデンからのバイアルをのぞいてみるとどれもウジ虫君達が元気そうに動いていてほっとしたのだが、一番重要なgenotypeが入っているバイアルだけパッと見た感じ動いているヤツがいなかった。。。なんとかして生存しているヤツを見つけてリカバーさせなければならないのだが、大概ヨーロッパから送られてくるとこういう感じでバイアル内がメチャクチャになってハエ達が息絶え絶えになっていることが多いんですよねぇ。なんかエエ方法はないもんかね。

2011年6月1日水曜日

Memorial Day ビーチへ

昨日はメモリアルデーという祝日でした。午前中ラボに出てきて少し実験した後、昼からは久しぶりにSt. George Islandのビーチへ。
相変わらずの閑散とした美しいビーチ。
こんな恐竜みたいなデカイ鳥がいます。
発見したのは、
大きなヒトデ。
タラハシーからは車で二時間ほど。今夏、また来ることあるかな。

またもやダブルヘッダー

先の土曜日はまたもや二つのパーティをはしご。まず午前中はロウチビのスペイン語教室の後、Optimist Parkでアンナのバースデーパーティ。
そして夕方からはLHさん宅で、ちょっと早いFさん御家族の送別会でした。送別会では、新しくYK博士のラボに日本からポスドクとして来られたT博士御夫妻と会うことが出来た。このところ日本人ポスドクがほとんどいなくなっていたのでこれはうれしい出会い。今後の交流が楽しみです。