ボヤと投稿

昨日の昼前、研究棟の火災報知器が鳴り響いたかと思うと自分のオフィスから１０mくらい離れている低温室でスプリンクラーがフル回転した。低温室内で何かが燃えたようなのだけども、そんなことよりもその後３０分ほどフル回転し続けたスプリンクラーの水が低温室から溢れ出して廊下が水浸しになった。幸いにも低温室のすぐ隣に非常階段の扉があったので、ほとんどの水は階下へ流れ出たようで、ぎりぎり自分のオフィスには水が浸入しなかった。それにしても相当量の水が流れ出したようで、水に浸かってしまったこの辺り一帯と階下の非常階段近くの廊下の壁を全て取り替えないといけなくなったらしい。エライことだ。そんなことで昨日も今日も一日中オフィスの外が騒々しいのだが、昨日の夜にようやく論文を投稿完了。さて今度はどうなることやら。

細胞のおしくらまんじゅう

さて、今自分が執筆中の論文と結構関連性が高そうなオモシロ論文が二本、少し前にback-to-backでNatureに登場したので思わず引用した。

Nature 484: 542–545.

Live-cell delamination counterbalances epithelial growth to limit tissue overcrowding.

Nature 484: 546–549.

Crowding induces live cell extrusion to maintain homeostatic cell numbers in epithelia.  

一つ目は発生中のハエのnotum（日本語では胸背板？）、もう一方はMDCK cellとゼブラフィッシュを実験に用いているが、基本的に見ている現象は同じものと思われる。その現象とは、「overcrowding-induced live cell extrusion」。簡単に言うと、上皮組織中で細胞数が増えすぎてギュウギュウ詰めになってしまった部域では、細胞達の“おしくらまんじゅう”の結果、いくらかの細胞が上皮組織からはじき出されることによって細胞数が減少し、この過密状態が緩和されると。この現象は形態形成が進行している上皮組織や腸上皮のターンオーバーにおいて見られることから、intrinsicな混雑緩和システムであると考えられる。

なんらかのダメージを受けたapoptoticな細胞が上皮層からextrudeされることはよく知られている現象だけども、これらの論文で示されている現象はちょっと事情が異なる。つまり、このおしくらまんじゅうによってプリプリ押し出される細胞達は生きたまま上皮組織の外へはじき出されるのだ。これはちょっとアブナイですなぁ。いや、はじき出されたら落ちてしまうからアブナイやん、という意味ではなくて、これがoncogenicな変異を持っている細胞とかやったらどうすんのん、という意味で。epithelial–mesenchymal transitionを経ずともmetastasisが起こってしまう可能性が考えられる。まぁ普通はanoikisに至るんだろうけども。で、逆にこのシステムに不具合が生じると、混雑する箇所で細胞がモリモリ増えちゃったりしてこれまた危険。実際ゼブラフィッシュの発生中の尻尾でlive cell extrusionをブロックすると尻尾の先っちょのところに腫瘍っぽい細胞塊がもりっと形成されることが示されている。つまり、これはepithelial integrityを保ちながらtissue sizeをマイナス側に制御するfine control systemと言えるか。

メカニズムに関して、ハエの論文では、ギュウギュウ詰めの部分で個々の細胞のjunctional lengthにばらつきが生じ、これがいくつかの細胞におけるprogressive loss of junctions and apical areaを引き起こす。つまり、一つの細胞が隣接細胞と接する境界が次第に減っていく、所謂「neighbor exchange event」がbasal delaminationを引き起こすと。しかしながら、apoptotic cellのbasal extrusionにおいてはこのneighbor exchangeが見られない。つまりこれは“ギュウギュウ詰め”という物理的要因によって生じるcellular anisotropyが引き起こすstochasticな現象であるとのこと。

もう一方の論文では、apoptotic cellを実際に押し出すメカニズムとしてのS1P signalling through Rho-kinase-mediated actomyosin contractionが、このlive cell extrusionでも同様に使われているようなのだが、その上流で物理的な“ギュウギュウ詰め”状態を感知してcontractionを促すものとしてstretch-activated ion channelの関与が示されている。mechanotransducerっていうやつですか。ガドリニウムイオンでブロックできるんだとか。これは初めて聞いたわ。ちなみにこのstretch-activated ion channelはapoptotic cellのextrusionには関与していないようだ。

つまり、extrusionをトリガーするメカニズムはapoptotic cellの場合とは異なっている。ちなみにcell competitionにおいてもいくらか異なるタイプのmutant cellがapoptosisを起こす前にextrudeされる、つまり“live cell extrusion”が見られるのだけども、これが同じメカニズムで起こっているのかどうかは分からない、というかたぶん違うだろう。

ハエの論文にあるこの一文がシメになるかな。

Because many epithelia are both crowded and topologically active, we expect crowding-induced delamination to be a common process that buffers tissue growth to aid normal tissue homeostasis in a wide variety of systems.

Cell turnover and adult tissue homeostasis

Cell turnover and adult tissue homeostasis: from humans to planarians.  Annu. Rev. Genet. 41, 83–105 (2007)

より抜粋。

Perhaps the most significant distinction between developing and adult tissues concerns the general degree of uniformity observed among constituent cells.  In developing systems such as Drosophila imaginal discs, nearly all of the cells are dividing and can be eliminated by cell death if their rate of division differs substantially from that of their neighbors.  In most adult systems, on the other hand, only stem cells and their transiently amplifying descendants undergo division and cell death occurs in postmitotic differentiated cells.  By definition, strictly cell-autonomous controls cannot synchronize the behavior of these distinct populations, arguing for the relative importance of cell-nonautonomous controls in adult tissue homeostasis.  Such extrinsic mechanisms must be significantly different than those underlying developmental phenomena like cell competition.  For example, the specific basis for cellular demise in competing cells, a slow rate of division, has no relevance for postmitotic cells in adult organs.  Moreover, the coincidence of patterning and growth in developing tissues has allowed some molecules like Dpp to be co-opted for use in both processes.  This duality might not apply to fully patterned adult tissues.

Despite these and other differences, there may be some general principles governing metazoan tissue dynamics throughout life.  For example, the notion that cells might be subject to some form of competition as a means of determining cellular “fitness” is not unique to Drosophila.  Competitive phenomena have also been observed in the social amoeba Dictyostelium discoideum, mice, and bacteria.  And adult stem cells in the murine germline and hematopoietic system appear to compete for access to niches.  Given the widespread occurrence of competition between individual cells or groups of cells throughout evolution, it is possible that these types of processes might control cell number during adult cell turnover.  Martin Raff has proposed one such model: “if a given level of survival factor supports a certain number of cells of a particular type, any increase of these cells above this number would stiffen the competition and thereby tend to cause enough cells to die to return the cell number to its original value; a fall in cell number would have the reverse effect.”

Restivo Malbec

Restivo Reserve Malbec 2010

アルゼンチン、パタゴニア。このマルベックはスゴイ。グラスを傾けた瞬間、甘ーい花のような香りとブルーベリーのような甘味がふわっと広がり、その後濃厚なタンニンが長ーく複雑な余韻を残す。これは気に入った。コスコで１０ドルほど。しかしながら、ネットでこのワインに関する情報がほとんど手に入らないのはどうしたことだろうか。こんなのも珍しい。ほとんど知られていないワインなのかな。

Proofreader's comments

さて、ニューバージョンの原稿の英文校正が返ってきた。いくつか、proofreaderからのコメント。

Don't frame the paper as a historical narrative.  Just say what remained unknown, what you did to fill the gap, what happened when you did it, and what the results mean.

ふむ、なるほど。

あと、基本的な文法に関すること。

In American (as opposed to British) usage, prefixes (including "non-," "post-," "multi-," "over-," "pro-," and "co-") are appended directly, without hyphens.

In American (as opposed to British) usage, single quotation marks are reserved for a single use -- marking a quotation within a quotation.  Double quotation marks are used in all other situations.

In American (as opposed to British) usage, periods and commas always precede closing quotation marks.  Colons and semicolons always follow, and other marks (like ? and !) precede or follow, according to whether or not they are part of the quoted material.

ST博士送別会

二つ隣のラボにいてた日本人ポスドク、ST博士がついに今週日本に帰国することとなり、昨晩はいつものChina Delightで送別会をした。送別会と言っても医学部のKT博士を加えた三人で。今回も三人で送別会恒例の北京ダックをいただきながらゆっくりと話した。ST博士は結局５年近くこの町にいたことになるのだそうだ。ST博士とパーティで初めて会った時のことをよく覚えているけど、あれからもう５年も経つとは。。。しかし、寂しいことにこれでついにBiologyにいる日本人ポスドクは自分一人になってしまう。

さらに推敲

書き直したカバーレターを一昨日ボスに送ったら、ボスがうちの学部にいる経験豊富な教授にそれを送ってくれたようで、昨日その先生からのコメントを戴いた。曰く、こんなんじゃアカン、という感じ。この分野に精通していない人が読んだら疑問点や矛盾点がいっぱい出てくると。この現象のことを全く知らない人が読むことを大前提に、もっと分かり易く要点を明確にせにゃいかんと。うーむ、なるべくそういう風に書いたつもりだったのだが。。。ということで今週末はさらにカバーレターとアブストの推敲を重ねる。

以下の言葉がぐっときました。

Editors get a dozen letters a day promising novel and previously unknown.  Why is yours any better?

二日で

うーむ、ワインを飲んでゆっくりしたのも束の間、投稿した論文は結局あっさり二日でエディターから返ってきた。。。まぁちょっと残念だけどもこれはある程度予想していたことだし、ここで落ち込んでいる暇はない。ということで、粛々と次に投稿する雑誌のフォーマットに書き換え中。これに伴って、アブストラクト、イントロ、カバーレターもちょっと書き方を変えていこう。それにしても早かったな。今週もうちょっとゆっくりできるかと思ったんやけど。。。

Besllum

Celler Malondro Montsant Besllum 2008

スペインはカタルーニャのワイン。コスコでボトルにぶら下げられていた「Robert Parker 93」の札につられて買ってきた。１０ドルちょいだったかな。ちょっと不思議な香りにチェリーやブラックベリーの味。全体としてとてもうまくまとまっている感じ。久しぶりにあっさりと二人で一本空けてしまった。ブレンド比は、Carinena 45%, Garnacha 45%, Syrah 10%。

Anselmann Riesling Eiswein

Anselmann Riesling Eiswein 2010

先月ドイツに行ってきた時にお土産として買ってきたPfalzのアイスワイン。濃厚で華やかな蜜のような味。甘ーいパイナップルを食べているようでいて、やっぱりリースリングのリンゴのような甘酸っぱさもある。会社員だった時に部長がカナダのお土産のアイスワインを少しだけ飲ませてくれたことがあって、その時その旨さに感動したことを思い出した。やっぱりアイスワインは美味しいねぇ、ちょっと高いけど。そういや先月の旅でリースリングのワインを何回か飲んだけど、どれもスッキリしていてとても美味しかった。ということでドイツワインにもかなり興味が出てきたのだけど、あんまりアメリカの店では置いてないのよねぇ。

十一週間

ひまわりが咲いた。

投稿完了

たった今投稿完了。結局医学部のDr. TMはお忙しいようで週末中にコメントがもらえそうになかったので、もうエエわということで投稿してしまった。なんか投稿までにエライ時間がかかってしまったので投稿しただけでちょっとした達成感があるのだけども、ここからまた長い戦いが始まるんやろねぇ。。。まぁ今できるベストを尽くしたので、とりあえずは結果を待つのみ。で、次はいよいよSSTプロジェクトを論文にすることを考え始める。

MOHB

日曜日からDCで開催される「Model Organisms to Human Biology: Cancer Genetics」とかいうGSA主催の学会にボスが行くことになって、今自分が書いている論文の内容をしゃべりに行くと。といっても発表はポスターになってしまったのでポスター作ってちょうだい、ということで、今日は一日そのためのポスター作り。まぁ原稿のfigureとfigure legendを貼付ければ大方できあがったのでそれほど苦労はしなかったけども、これで一日つぶれたやん。なんか面白そうな学会やし、こんなんやったら自分が発表しに行きたいなぁ。

もうひとつ

一応原稿の編集作業は完了したのだけども、ボスが投稿前にもう一度違う人に読んでもらいたいということで、隣の医学部にいるDr. TMにcritical readingを頼んだ。金曜までには送り返すよ、とのことなので投稿は週末か来週に持ち越し。いよいよというところでボスもエライ慎重になってきた。そんな訳で今日はちょっと時間ができたので、自分ももう一度慎重に原稿を読み直しているうちに、一つ気になっているデータをやっぱり削ろうという気になってきた。これに関してはかなりたくさんのコンフォーカル写真を撮ったにもかかわらず、いまいちクリアーなものがないということもあるし、いまだにちょっと文字数が多いのでちょうどいいのかもと思い始めた。ジョンピーもYF博士もこれについては指摘していたし、もしDr. TMもこのデータを指摘するのなら、まぁ削った方がエエということになろう。

十週間

エライ背が高くなってきた二本に大きなつぼみが出てきた。やっぱりひまわりなのかな。この花壇にひまわりを植えた記憶はないのだが。

二人のコメント

さて、木曜日に原稿を一通り書き終えて、さぁちょっと休憩しよかなと思っていたところにジョンピーとYF博士から論文原稿に対するコメントが返ってきた。お二人には一週間ほど前にまだ完成前の原稿を送ってコメントをお願いしていたのだが、二人同時にパーフェクトタイミングで返してきてくれたのだった。二人のコメントを読んでみると、それぞれに自分があんまり気に入っていなかった部分をことごとく指摘してリーズナブルなコメントをしてくれている。で、実は二人のコメントを読んで、後半部分の構成をがらっと変えることにした。この何ヶ月間か話の構成のことは常に考えてきたのに、なんで今までそうするべきと気付かなかったのか不思議。やっぱりこうやって一人で書いていると思い込みから気付かない部分というのは結構あるものなので、投稿前に二人からのコメントをもらえたことは非常に有り難い。ということで昨日と一昨日の夜、オフィスにこもって最終の編集作業。改訂した原稿を昨晩もう一度ボスに送付した。今週ついに投稿できる。

マシュマロパーティ

金曜の夕飯後、誘われて近所のウォルターの家のバックヤードでマシュマロパーティ。アメリカの映画やドラマなんかで時々見る、たき火で枝に刺したマシュマロを炙って食べるアレ。アメリカ人がなんでマシュマロを炙るのか、ちょっと分かった。表面にうっすらと焦げ目がつくまで炙ると、ちょっと香ばしくなって中身はトロッとやわらかく溶けているのだ。そのアツアツのマシュマロと一かけの板チョコをクラッカーにはさんで食べる。甘ったるくてなかなかおいしい。まぁでも、とりとめのない会話をしながら枝に刺したマシュマロを炙る、あの和やかなひとときがエエんやね。

初稿から４ヶ月

昨晩ラボに戻ってきてから遅くまでかかってサプリメントに入れる最後のquantificationのデータを取った。で、今ようやく原稿を全て書き終えた。うーむ、なんでこんなに苦労したんだろうか。初稿を書き上げてから４ヶ月も経っとる。まぁでも苦労した甲斐あってなかなかエエ感じになったかも。ということで、ボスのコメントを待っている間にゆっくりとカバーレターを書こう。

Bolla Valpolicella

Bolla Veronese Classics Valpolicella 2010

Publixで見つけたイタリア Bolla のバルポリチェッラ。１０ドルほど。すっぱいイチゴとチェリーの果実味が溢れるライトボディ。あっさりしていて色んな料理に合いそうだけども、ちょっと自分には軽やかすぎるかなぁ。

削減

さて、今日の午後中ずっと論文原稿の文字数を削るのに集中してやっと５００語削ることが出来たのだが、投稿規定に合わせるためにはあとさらに５００語削らないといけない。。。ちょっと疲れてきた。初回の投稿時には少しくらいオーバーしててもエエんとちゃうのん、という話も聞くけどさすがにもう少し減らすべきやろうなぁ。もうこれ以上削られへんで、というところから５００語とか削るのは結構心情的に“痛みを伴う改革”なのだが、確かにこの作業を続けていると、だんだんなんていうのか文章が研ぎすまされてくるのが分かる。字数制限のことを考えずに書いた原稿には意外と無駄な文章がたくさん含まれていて、そういう論理の回り道が論文を読みづらくしているのだ。そしてそういう無駄な文章をギリギリのとこまで削ぎ落としていくと、一つの結論を導くために必要最小限のロジックが見えてくる。自分の中でごちゃごちゃと考えていることを自分の研究のことを全然知らない人にも分かり易く示して、しかもその重要性や面白さをストレートに伝えるためにはこういう風にするべきなのだということがだんだん分かってくる。ということで、このプロセスはなかなか大変やけども実はそういうメリットがあるんやねぇ、と考えれば、こんな苦労しているのにもしエディターにあっさりとリジェクトされた時の自分への慰めにはなるかな。

ジップライン

土曜日の朝、Tallahassee Museumに最近新しくできた「Tree to Tree Adventures」とかいうジップライン（日本語では何て言うんだろう？）のアトラクションにアニカとロウチビを連れて行った。二人がやったのはもちろん子供用のものなんだけども、大人用のはこのMuseumというか動物園がある森中の木から木へとワイヤーが張り巡らされていて、かなり大規模なアトラクションに見える。今度自分も一度試してみたいかも。

九週間

三週間ぶりに花壇の写真を撮ってみたらえらいことになっている。いくらか花が咲き始めたのはいいけども、ぐいぐい背が高くなってきたヤツがたくさん。種を蒔いた時にイメージした花壇とはだいぶ違う感じになりつつある。。。

デュッセルドルフでの週末

ハイデルベルグでの学会終了後、先週土曜日から三日間はデュッセルドルフに住んでいる姉家族の家に滞在させてもらった。久しぶりの再会（そして甥っ子とは初めての対面）を楽しみつつ、日曜日にはKrefeldという近くの町にあるBurg Linnという古城で催された中世のマーケット（Flachsmarkt）に連れて行ってもらったり、月曜日には電車に乗って隣町のケルンに行って有名なケルンの大聖堂やチョコレート博物館を見物して、町のレストランでこの時期のドイツで旬のSpargel（白アスパラ）料理をいただいたり、そして毎晩姉と二人で色々なことを話した。こうしてゆっくりと二人で話したのは何年ぶりだろうか。

今回ハイデルベルグを一人でぶらぶらと歩き回っていた時に、八年前にも同じようにデュッセルドルフの姉の家を訪ねてそして一人でハイデルベルグの旧市街を歩き回ったことを思い出したのだが、考えてみると八年前のあの時はポスドク先を探すためにドイツを訪れた時で、その後この八年の間に自分の人生ががらっと様変わりしたことに気付いてなんだかしみじみと感慨に浸ったのだった。次またドイツに来る時にはどうなっているんだろう。

それにしてもおかげさまで本当に楽しい一週間でした。長旅で体はちょっと疲れたけど頭はしっかりとリフレッシュできたので、また気合い入れ直していきます。

Flachsmarkt@Burg Linn

Kölner Dom