秋のスワンプ

久しぶりに昼間に少しキャンパス内を散歩した。まだ日差しが結構強くて暑いけど、スワンプの景色は随分秋っぽくなってきたか。

2nd review

今書いている州のグラントは、学内締め切りが再来週の月曜日なんだけど、１回目の学内レビューがすでに先週の月曜日にあって、今日が２回目の学内レビュー。ということで、大学のORSP（Office of Research & Sponsored Programs）が申請書の内容を確認してくれている。日本の大学でも、科研費の申請書を事務方が確認してくれるところはあった。少なくとも、遺伝研と北大は結構細かく見てくれていた。一方で、京大はそういう事務方によるチェックは一切なくて、学内締切は学振の本締切と同日だったと思う。なので、最近はもう京大の完全自己責任の方針に慣れていたけど、アメリカのグラント申請は日本のものに比べて事務関係の書類と手続きがめっちゃ多いから、やはり大学の専門部署のサポートが必要なのだ。今回のも、いわゆる研究内容以外のメジャーなもので、Budget（年度ごとの細かい経費）、Budget Justification（各経費の説明）、Biosketch（履歴書）、Current & Pending Support（現在受給・申請中の研究費）、History of Support（これまで受給した研究費）、Internal Proposal Approval Form（IPAF：大学の申請承認）、Cost Share Matching Funds Approval Form（大学による資金負担承認）とか。ちなみにNSFは、他にもSynergistic Activities、Data Management Plan、Mentoring Planとか、さらに色々とあった。IPAFとか、自分のサイン以外に、学部長だけでなく全学レベルの責任者合計６人のサインが必要だったり、随分と大袈裟なものになる。そのようなわけで、書類の数がえらいことになるし、そもそも専門部署に手伝ってもらわないと勝手に申請できない仕組みになっている。まぁだからこそ、学内締切の３週間前から少しずつORSPがチェックしてくれるわけですね。日本で科研費を書いていた時は、毎回締め切り前の１週間にえらい焦って追い込みをしていたけど、今は前もってコツコツ書いていくスタイルが身についてきたかも。エエことよね。

Fall Break

ふと気づけば10月ももう10日ですか。10月に入ってようやくこの町も涼しくなって秋らしい気候になってきた。まぁ、昼間はまだまだ暑いけど。街はもうだいぶHalloweenの装飾が目立つようになってきている。大学も今週後半は Fall Break ということで休み。そしてこのタイミングでMid-term examを入れたので、来週火曜日も休講。一週間ほど授業のことを考えなくて良いので、じゃあ何をするかというと、約二週間後に締め切りが迫ってきた州のグラントの申請書の執筆に集中したいところ。

デモ２回目

今日は朝、授業のあと９時半からもう一度Keyenceが来てくれることになっていて、昼までBZ-X1000の２回目のデモ。２週間前に来てもらった時に、wing discとかlarval brainのサンプルをz-stackやtime lapseで色々と撮ってもらったんだけど、その後に画像を確認してみると、どれも少し小さめで、拡大するとsubceullarレベルの観察ができない感じだった。でもこの新型はカメラが10 megapixel CMOSなので、フル解像度で撮るともっと大きいはず。ということで、デモに来てくれた担当の人に聞いてみたら、シャッタースピードと感度を上げるためにビニングのプログラムで撮っていたらしい。実はデモの途中で画像サイズが気になって聞いたんだけど、ちょっとそれについてはよく分からないねぇ、とか言ってて不安ではあったのだ。その後、向こうの技術担当の人からの返答もあり、結局もう一度やろうということになった。そんな訳で今回は、スピードより解像度が大事ということをもう一度話して、前回と同じサンプルをいくつか撮り直した。結果としては、やはり前回撮ったものに比べてかなり解像度が上がった。実際、ピンホールのoptical sectioningで撮ったフル解像度の画像はコンフォーカルに近いものがあり、Epiでここまでできるのは素直にすごいなと思った。深いz-stackになるとやはりコンフォーカルの出番になるだろうけど、手軽にこのレベルのイメージングができるなら、定量解析のスピードはかなり上がる。ということで、今日は結構具体的な価格の交渉までした。

ちなみに下の画像はコンフォーカルとの比較。赤の染色と画像サイズが違うので、厳密な比較にはならないけど、結構似た感じのwing disc tumor clones。上が今日BZ-X1000で撮ったもので、下のが以前にFV3000で撮ったもの。

1000個

この一ヶ月ほどの間に少しずつやっていた実験のサンプルがたくさん出来たので、コンフォーカルしに行かないとなぁと思いつつ、先週は論文原稿の最終仕上げとカバーレターの作成とかをしてたので、まだ行けていない。そんなことをしているうちに、この秋に予定しているグラント申請の締め切りが一ヶ月後に迫ってきている。今回の実験で良いものが得られれば、予備実験データとしてプロポーザルに含められるかなと思っていたので、とりあえずラボにあるEpiのNi-Eでぱぱっと写真を撮って定量データを取ろうと思い立った。そんな訳でこの週末は、土曜の午後に顕微鏡で写真撮影、日曜の午後にひたすらパソコンで画像をいじって定量解析。核の形態でカテゴリー分類しつつEdUとPH3のシグナルについて、全部で千個の細胞を見た。まぁ結構疲れたし地味な作業なんだけど、やっぱりこういう顕微鏡画像データの定量をすると、目を皿のようにして一つ一つの細胞の表現型を見ていくことになるので、やり終えたときにデータが出ているだけではなく、自分の中になんか確信のようなものが生まれるよね。あぁ、こういう形のものがこれくらいの割合で出てきて時間とともに増えていくんやなぁ、みたいな。特に今、新しい研究の枠組みを作ろうとしているところなので、こういう感覚を持つことはすごく大事。

千秋楽へ

九月場所、この二週間これまた毎日楽しませてもらっていたけど、ここ二日の終盤で横綱が連敗してついに安青錦が並び、明日の千秋楽がいよいよ楽しみになってきた。ここ数日はほんとに興奮の毎日だった。大相撲15日間の面白さはやっぱこういうところよねぇ。だいたい昼間にオフィスで見ていて大声を上げてしまっているから、隣の部屋のアメリカ人達は何事かと思っているかもしれんが。

Cover Letter

今週前半は、毎日学内外でいろんな人とのミーティングがあって、なんかだいぶ忙しかったような。そのうちのいくつかは、論文の内容について投稿前のディスカッション。このInvasion Hotspotの論文原稿は、今夏のグラント申請の前に一旦書き終えて共著者の皆さんに送ったりしていたので、第一稿は６月にはできていたのだけど、その後皆さんからのコメントや訂正を統合して、もう一度確認してもらってとかしているうちにもう９月。そして、そろそろこれが最終稿というものをまた皆さんに送ってから、さらに今週はUCLAのTさん、シンガポールMBIのHさんと、別々にオンラインで話し合っていた。最後の最後までディスカッションにお付き合いいただいたのが、Mechanical EngineeringとMechanobiolgyの専門家だったというのがこの論文を表しているようにも思える。つまり、遺伝学的、細胞生物学的なものに関しては非常にクリアに説明できているんだけど、力学的な説明のパートは少しもやっとしていたし、トークをしていてもいつも少し言葉を濁していた。でも今週彼らとディスカッションして、自分の中でも納得がいったし、文章中の曖昧な表現を直すことができたと思う。

そんな訳で、ついにカバーレターを書いた。誰かに、知っているエディターを紹介してもらうことができればと思って作戦を練ったりもしていたけど、論文が完成してカバーレターを書いたら、もうそんな回りくどいことはせずに正面からEditor in Chiefに出そうかなという気になってきた。論文って、書き上がった時はその達成感から自信過剰になり気味よね。まぁでも実際、もうやれることはやったと思っている。このプロジェクトをメインでやった R が学部生としてこれを始めたのは８年前。自分がこの現象を見つけたのはさらにその１年前。しかもこの現象が生じる変な組織構造を見つけたのは、FSUの暗いコンフォーカルルームだった。今このブログを見返してみたら、それは2010年のこと。なんとまぁ、もう16年前か。あの時、その後16年もかかってこんなところまで来るとは全く想像しなかった。こんなにも長い間、多くの人（総勢19人）を巻き込んで、ハエの羽になる幼虫組織の中に見つけた変な構造を徹底的に調べていたというのは、はたから見ると、アタマ大丈夫？っていうような変な話だと思うけど、今はこの論文が少しでも多くの人の目に留まる場所で発表することが人類への責任であると信じている。

Webサイト更新

久しぶりに、ラボのWebサイトの更新をしている。これまでは、Squarespaceというホームページ作成サイトを使っていたのだけど、維持費が結構高い、というか円安の影響もあって随分高く感じるようになってきた。そして、毎年研究費での支払い申請をするのもめんどくさい。そもそもラボのWebサイトって、基本的にはコンテンツを見せるだけで何かを売ったりするわけでもないので、それならGitHubのPagesというのを使うと、無料のWebサイトを簡単に作れることができる。ということで、この際GitHubに引っ越しして、全面改装しようと思い立った。配置する写真とかは自分で選んだけど、全体的なデザインとか実際のGitHub上での作業は、チャッピーに指示を出せばほぼ全部やってくれるので結構楽だった。ということで新しいWebサイト、だいたいできました。

URLは変わらず、morphomeostasis.com のままです。

新学期一発目

このところまたなんやらえらい忙しくて、あっという間に一週間が過ぎていく。まぁやっぱり、授業もあるのに先週あたりからかなり実験をしていたらか。新学期一発目の実験ということで、先月から用意していたいくつかの掛け合わせのF1世代が、先週あたりからどんどん良い頃合いになってきて毎日のようにヒートショックと解剖と染色をしていた。さらに昨日、Keyenceの新しい顕微鏡のデモを予定していて、ちょうどそのデモで使うためのサンプルも取っていた。去年も一度Keyenceにデモに来てもらっているのだが、その後、解像度を含め色々と性能が上がった新しいモデルが発表されて、さらに今年に入ってからその新しいモデルに接続できるコンフォーカルユニットも発売されたことで、急に興味が出てきた。友達のハエラボでこの新しいモデルを購入したという話を聞いたりしたのも一因。昨日のデモの感想についてはまた後ほど。