Zeiss復旧

なんか今週は急に寒くなって一転真冬になったかのような気候。この寒さは東海岸を通り過ぎたハリケーンと関係あるのかね。

で、今日の午後は久しぶりにコンフォーカル。ようやく愛用のZeissが復旧したようなので、今日と明日の午後一杯予約を入れておいた。やっぱり慣れ親しんだZeissは仕事がはかどる。

今日の一枚。

Goulart The Marshall Malbec

Bodega Goulart The Marshall Malbec 2009

コスコで見つけたアルゼンチンのマルベック。１５ドルくらいだっけな。ブラックベリーの深い果実味と酸味がたっぷり。バランスが取れていてとっても旨いと思うんだけど、最近アルゼンチンのマルベックにはRestivoみたいなもっと甘くて濃厚なやつを期待してしまう。

秋のマシュマロパーティ

昨日の夕方、またジェネイの家のバックヤードでマシュマロパーティだった。パーティといってもみんなでマシュマロを焚き火で炙って食べるだけなんだけども、少し肌寒い夕闇の中で焚き火を囲んでいるとなんだか心安らぐ秋を感じた。まぁほんまはマシュマロじゃなくてサンマとか焼きたいんやけどね。

SH113終了

今日、ゴーアイの論文がアクセプトされたらしい。一昨日再投稿したばっかりやのにえらい早いなぁ。結局、mutant alleleについて追加の遺伝学的解析は全て含めることができたのだけどもDNAシーケンスを報告することができなかったから、もしかしたらもう一度要求されるかなとか思っていたけど、まぁよかったよかった。ちょっと解放感があるわ。

ギャルフォーシリーズ

Drosophilaの新規Gal4 lineシリーズがCell Reportsに三本の論文で同時に報告された。これらは、nervous systemでfunctionalと思われる７０００のCRM（cis-regulatory modules）をGal4 reporter constructに組み込んで、phiC31によってattP2 at 68A4に挿入したGal4 fly達。この中から、adult brain and VNCで発現を持つものが６６５０、embryonic CNSが５０００、imaginal discのが１１９３なんだそうな。で、この史上最大のGal4シリーズのexpression patternがウェブサイトでデータベース化されていて、各々のコンフォーカル画像を見ることができる。imaginal discは御丁寧にDistalless、Homothorax、Engrailedなんかの抗体染色もしてくれてあるし。オゥサムやわ。

↓コチラ

FlyLight

なんか、expression patternを眺めているだけでもちょっと楽しいかも。そこのあなたもお気に入りのGal4が見つかるかもよ。

思い出深い

今日ようやくボスがゴーアイの論文を再投稿したようだ。まぁほとんどのレビュワーのコメントに応じることができたので、たぶん大丈夫だと思う。この論文で論じている遺伝子のmutant phenotypeは、自分がこのラボに来て一番始めにトレーニングのためにやったスクリーニングで見つけたものだから、もう随分前のものになる。そのスクリーニングでは一連のP-element insertionのmutant alleleを使ったのだけども、よく調べてみたらその見つけたmutant phenotypeはP-element insertionではなくて、他のbackground mutationが原因になっていることが分かった。それでその頃指導していたアンダーグラジュエイトのナタリアと一緒に、Deficiency Kitを使ったスクリーニングをしてようやく本当の原因遺伝子を突き止めたところ、その遺伝子はその頃ゴーアイが興味を持って調べ始めていたものと同じだった。それでその後、ゴーアイにそのmutantを渡してからはあまりタッチしてこなかったので、それほど思い入れのある論文という訳でもないんだけども、なんやかんやで長いこと悩まされたという点では思い出深い論文になるのかも。

第二回ワイン会

先の金曜日はウォルター家との第二回ワイン会だった。今回はウォルター家の新居で。まずはビールを飲みながら広島出身のNさんによる本格広島風お好み焼きをいただいて、その後夜遅くまで楽しく話しながらワイン三本とにごり酒一本を美味しくいただきました。

今回は以下の４本。

Apothic Red Blend 2010

Ménage à Trois Moscato 2010

Cono Sur Cabernet Sauvignon 2011

白鶴 純米にごり酒 さゆり

ブレットがラベルで選んできたというApothic Redは甘ーいブレンドでとても美味しかった。

次回はThanksgivingかな。

Pumpkin Patch 2012

昨日は近所の教会のパンプキンパッチへ。

ようやく秋

いつの間にか庭は落ち葉で覆われて、午後の日差しも随分柔らかくなった。

ネガティブ。。。

今朝、ついにレビューに回っていた論文の返事が返って来た。結果はかなりネガティブ。。。エディターの判断はほぼリジェクトなのだが、よくよく三人のレビュワーからのコメントを読んでみたら、全体的にそれほどトーンが厳しい訳ではなくてほとんどがちゃんと反論できそうなことのように見えるし、エディターの手紙も一縷の可能性を残しているようにも読める。根本的な問題を指摘しているコメントもあったけど、それらはmisreadingとも言えるものだった。ボスに相談してみたら、これはもしかしたら可能性があるんじゃないかな、と結構ポジティブな御様子。なるほど、じゃいきますか、ということでとりあえずはエディターに反論のお手紙をしたためることにする。

どうしたもんか

ゴーアイの論文の再投稿締切日がいよいよ近づいてきてちょっと慌て気味。大体の実験は終わったし加筆修正もしたのだけども、mutant alleleのシーケンスチェックだけがどうもうまくいかない。昨日の夜中にわざわざもう一度ラボに出てきて、先週さらにオーダーした別のプライマーを使って大量にPCRをかけたのだが、それも結局ダメだった。実はこの部分は投稿前にも結構苦労して調べようとしてうまくいかなかったので、やっぱりかという感じが大きいのだけどもどうしたもんか。遺伝学的にできることは全てやったし、その結果から明らかにこのmutationがこの遺伝子のmutant alleleであるということは言えるのだけども、molecular natureが求められている。違ったテクニックで試す可能性は残されているけど、もうそのための時間は残されていない。。。

Elsa Bianchi Malbec

昨日子供二人を連れて図書館に本を取りにいった後、ふらっとWorld Marketに寄ってみたらワインのテイスティングイベントが行われていた。こりゃラッキー、ということで５−６本試飲させてもらった。自分一人で子供二人連れていたのでじっくりとは選ばせてもらえなかったけど、その中でも「おおっ！」っと思って持って帰ってきたのがこのアルゼンチンのマルベック。たったの９ドル。で、昨晩は近所のアンティアの家でのBBQに誘われたので、早速このワインを持っていって開けてきた。あまーくて新鮮な果実味豊かなマルベック。この溢れんばかりの甘い香りはよく知っている香りなんだけどなんだっけな、チェリーかな。絶対もう一度買いにいく。

Casa Bianchi Elsa Bianchi Malbec 2011

久々のバックヤード

フロリダの猛暑の夏も終わり、そろそろ久しぶりにバックヤードで遊べるかなと思ってこの土日、ファイヤーアントの巣を取り除いたり子供達と遊んだりしてみたのだけども、やっぱり日向はまだまだ炎天下という感じで、少し遊んでいるだけで汗びっしょりになる。薮から蚊もわらわら出てくるし、まだ夏かという感じ。

Flip-out cloneの罠

Flip-out Gal4>UAS-RFPのクローンで、あるエンハンサートラップのlacZ markerの発現を調べてみたらどうもおかしい。RFPを発現しているFlip-out cloneで必ずcell autonomousにlacZがupregulateされている。ある遺伝子のUAS-wild-type overexpressing cloneの結果を見た時、オッなかなかクリアーにきましたなぁ、とか思ったのだけども、その遺伝子のUAS-RNAiのcloneのみならずUAS-RFPのみのcontrol cloneでも同じように二種類のlacZがupregulateされていた。実は前にも別のFlip-out Gal4>UAS-GFPのcontrol cloneで、その時はlacZではなくて、あるendogenousなタンパクの発現が上がっていたことがあったのだけど、こういうのってどうして起こるんだろうか。当然抗体のクロスリアクトも考えられなくはないけど、その可能性は低い気がするなぁ。今回試した二種類のlacZ markerは同じpathwayのdownstream targetなので、Flip-out cloneでこのpathwayがupregulateされている可能性も考えられるんだけども、もしそうやとしたら何が起こっとんねんと。

FRT GFPのモザイクでも一度こういうことがあったけど、その時はubi-GFPのinsertionがある遺伝子の弱いbackground mutant alleleになっていることを発見した。FLP-FRTのモザイクの場合はこういうbackground mutationで説明がつくけど、Flip-out cassetteの場合にcontrolのFlip-out cloneでphenotypeが出るというのはどう説明すればいいのかねぇ。GFPやRFPがなんか悪さをしてるのか？

で、こういうことがあったら早く本当の実験結果を得たいがために、じゃあ他のFlip-out Gal4を使ってやろうっと、ということで早速Ay-Gal4を使ってやってみたのだが、今日結果を見てみたら案の定全然違う結果になっていた。そして今後は、あのFlip-out Gal4は使わないでおこうっと、ということにして結局問題の原因を追及しないで終わってしまう。まぁ、一応他のlacZ markerも試しておくかな。

ということで、皆さん気をつけましょうね。

混ざり合う

混ざり合う細胞達。

Seven Hills Pinot Gris

Seven Hills Pinot Gris 2011

なんかこの週末は夏に逆戻りしたかのような蒸し暑さだったので、きりっとした白が飲みたくなって町の北にある酒屋でオレゴンのピノグリを見つけてきた。１５ドルほど。フレッシュな梨とライム。結構あっさりしているので、一晩で空けてしまった。

Lake Ella

日曜の午後、近所のLake Ellaで水鳥達に餌やりをしながら散歩。

Asian Festival 2012

土曜日、ダウンタウンで毎年恒例のアジアンフェスティバル。子供達の出し物は午前中だったんだけども、暑かった。

起承転結

ドンちゃんがようやく論文を書き始めたようだ。彼のこの研究は、実は自分が持っていてお蔵入りになりそうだったいくつかの古いデータをあげたことから始まった。あげたのはもう二年ぐらい前になるのかな。で、Resultsを大体書き終えたのだけども、どうも最後のセクションがうまく書けないのでちょっと見て欲しい、ということで昨日の夕方その原稿を前に色々と話し合った。確かに、論文の構成上最後にくる実験結果がどうも曖昧な感じで結論がスッキリとしない。でもこの実験結果についてはドンちゃんももう長いことその解釈を考えに考えた上で答えが出せなかったものなので、たぶん今現在あるデータだけで説明するのは不可能なのだ。genetic pathwayなんて普通そんなシンプルなものではないし、ここでは他にも別のpathwayが関わっているのだろうとしか言いようがない。じゃあ、どうすればいいの？と悲壮な顔で聞いてくるドンちゃんに、じゃあこの際がらっと論文の構成を変えてみてはどうだろうかと提案した。実は前半のデータは結構ソリッドなので、このソリッドなデータを論文の締めに持ってくれば論文の印象が随分違ってくるんじゃないかと。普通、論文をある程度まで書き上げてしまうと、自分の中ではこの話の流れが最適であって話の順番を入れ替えるのは不可能のように思えるし、第一入れ替えてみようというアイデアは自分からはあまり生まれてこないものだと思う。でもやっぱり曖昧なデータを締めに持ってくると、どうしても論文の印象自体が悪くなる。「起承転結」という言葉があるけども、科学論文においてもやっぱり起承転結のあるストーリーは読んでいて楽しい。科学論文に起承転結が必要であるとは別に思わないけども、物語と同じで結末が納得いかないものだと、なんだかなぁと思ってしまうものだ。物語の場合は起承転結の順番を入れ替えることはほぼ不可能だけども、科学論文では場合によってはこれが可能だったりする。もちろん「起結転承」とかにしてしまうのではなくて、並べ替えたものを起承転結に書き直す。ストーリーを再構成して論文の核となるソリッドなデータを結末に持ってくることで、全体的な印象は随分変わってくるはず。なんていう話をしているうちに、ボケーっと聞いていたドンちゃんの表情がみるみる変わっていった。確かにその通りだ。それは可能かもしれない。と言って興奮して帰っていった。さてどうなるものやら。

Bogle Essential Red

Bogle Essential Red 2009

ついにデビューしたBogleの新しいブレンド、Essential Redを少し前に試したんだった。Old Vine Zinfandel、Syrah、Cabernet Sauvignon、Petite Sirahのブレンド。さすがボーグル、１０ドル以下でこの旨さは素晴らしい。それにしても、あぁこれはボーグルのワインだなぁ、と思わされるこの独特の味わいはなんなのかな。

McManis Zinfandel

McManis Zinfandel 2010

前に一度飲んだこのMcManisのピノノワールがかなり旨かった印象があったので、ちょっと他のも試してみようと思って手に取ったジンファンデル。甘い香りにラズベリーやイチゴのフレッシュな酸味が心地よい。やっぱりこのワイナリーのワインは自分の好みなのかも。これでどれも１０ドルほど、ということでさらに他のも試したくなった。

CRクラブ

昨晩ボスからメールがあって、明日うちの大学の他の学部にいる何人かのPI達が集まってcancer researchに関するミーティングをするんだけども一緒に行かない？とのこと。で、それって何なの？って今日聞いてみたら、なんやらうちの大学でcancer researchに興味があったり実際に研究をしている人達がインフォーマルなグループとして集まってとりあえずは座談会をやるという感じ？ということだったので、なかなか面白そうかもと思って行ってきた。で、集まったのはウチら生物学を含め、化学、数学の三学部から全部で１０人ほど。座談会が始まるや否や、化学部のよくしゃべる女性の教授に「ユーのことは新聞記事で見たわよ。ちょっとどういうことをやっているのか教えてよ！」って言われていきなりまず自分がアドリブトークをすることになってしまった。かなり異分野の人達ばかりだったのだけども、皆さん意外と結構ハエを使ったガン研究に食いついてきていた。今日他に発表していた人達は、エピジェネティクスのバイオインフォマティシャンとか、膨大な臨床検体からのデータを扱っている数学者とか。意外と楽しめた。今後、一ヶ月に一回くらいの割合でミーティングしましょうや、ということになって、なんかクラブ活動みたいなものが始まった。