八月終了

今日で８月も終わりか。札幌は少し前からもうだいぶ涼しくなってきているし、銀杏並木も上の方の葉が少しだけ黄色くなりかけている木があったりして、確実に秋というか冬へ向かっているのを感じる。今日はこのあとゼミ室で、つい最近大学院入試に合格したうちのラボの４年生２人のお祝いをするらしい。
で、来月９月は色々あってかなり忙しくなる予定やなぁ。

This side up

先日、何の気なしにこのmosaic wing discの写真をツイッターに載っけたら、デンマークのDr. HHが「ナイス！だけど、自分はやっぱりこれを上下逆に置きたい」というコメントをつけてくれた。で、その後、何人かのフライガイがwing discの置き方についてコメントするという、なんともマニアックなやり取りがあった。確かに、この写真でいう下がディスクの背側で上が腹側になるわけだから、教科書に習えばこれは上下逆にすべきなんよね。しかしながら、wing discはこの細くなっているnotumを下向きにして置きたくなるのはなんでなのか、自分でもよく分からない。
関係ないけど、「This Side Up」というspatial determinationの古い教科書があって、その表紙は学生の頃お世話になったS先生が撮ったイトミミズ卵の写真だった。これはイトミミズの卵が、ooplasmic segregation（第一卵割の前に起こるegg cytoplasmのreorganization）のときに見せるdeformation movementをとらえたものなのだが、卵がこんな形になるということにとても驚いたのをよく覚えている。

more reviews

なんか、論文のレビューの依頼って重なることが多いのはなんでなんやろう。ついこないだ一本したばっかりだけど、今週はまた新たに三本することになっている。そのうちの一本はYさんにも依頼が来ていたので、結局二人でやることになった。で、この二日間その論文を読んでいるのだけど、どうも英語がおかしい、というかかなり文法がおかしい上に、ロジックもおかしくて読むのが本当に辛い。一生懸命考えて何を言いたいのかをいちいち汲みとってあげないといけないような感じで、少し読むとすぐ眠気に襲われる。こんな破綻した文章でようサブミットする気になるよなぁと、そこに感心させられますわ。もう今日中にコメント書いてしまって、はよう次の論文に行きたい。

tamoflylab

フライグループのInstagramを開設してみた。ラボテクのTさんと話していて、最近の学生さんにラボの宣伝をするにはやっぱりインスタですかねと。まぁでも、効果的に検索に引っかかるように工夫せないかんよね。
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tamoflylab

Finca Rosal

Hammeken Cellars, Finca Rosal Old Vine Monastrell 2015

スペインはムルシアの１１月に遅摘みしたOld Vine Monastrell。ちなみに、モナストレルはフランスのムールヴェドルと同じ。今日は、自分で作ったトマトソースバターパルミジャーノのパスタと一緒に。深いベリーとハーブのリッチな味わいながらも意外とすっきりしていて飲みやすい。これは好きやなぁ、ということで残り半分はまた今度。

BioLitMine

DRSC/TRiPが提供する、BioLitMine という文献検索サイト。遺伝子名からMeSH termとか研究者の名前とかをつなげて論文を検索してくれる。
"The published literature encapsulates years of research about biological systems but finding the relevant literature about a gene or a biological topic is not always straightforward.  BioLitMine was implemented to help scientists to quickly mine the literature.  Users will able to find MeSH terms as well as the relevant literature.  BioLitMine can also help scientists find the principle investigators who are working on a gene of interest or a particular signaling pathway to facilitate the scientific collaborations."

R 第二週

先週から始まった R のFly Pushing、今日で第二週の指導が終了。先週はFly Geneticsの基本の授業から始めて、エサ作り、ストックのフリッピング、バージンコレクト、そして今週はimaginal discの解剖と抗体染色の練習、そして実際の実験のためのクロスも始めた。で、今日の午前中はTさんも一緒に、実験の最後の関門となるimaginal discのスライドグラスへのマウンティングを指導。imagnal discのマウンティングは結構細かい作業で、手先の器用さと集中力を要するのだけど、二人とも初めてにしては意外と綺麗にできていてちょっと安心した。ということで、大体基本的な実験は一通りやったかな。顕微鏡で観察しながらmutant cloneの説明をしている中で、今からRが見ていこうとしている現象に対する３つの仮説が出てきた。まずは年度末の卒論発表へ向けて、これを検証していきましょうということになる。

Scutoid

Scutoids are a geometrical solution to three-dimensional packing of epithelia.  Nat Commun. 9: 2960.
As animals develop, tissue bending contributes to shape the organs into complex three-dimensional structures.  However, the architecture and packing of curved epithelia remains largely unknown.  Here we show by means of mathematical modelling that cells in bent epithelia can undergo intercalations along the apico-basal axis.  This phenomenon forces cells to have different neighbours in their basal and apical surfaces.  As a consequence, epithelial cells adopt a novel shape that we term “scutoid”.  The detailed analysis of diverse tissues confirms that generation of apico-basal intercalations between cells is a common feature during morphogenesis.  Using biophysical arguments, we propose that scutoids make possible the minimization of the tissue energy and stabilize three-dimensional packing.  Hence, we conclude that scutoids are one of nature's solutions to achieve epithelial bending.  Our findings pave the way to understand the three-dimensional organization of epithelial organs.

去年の１１月にバルセロナであったミーティングで、隣のポスターで発表していたセビリアから来た学生二人と友達になったのだが、その時その二人が発表していた内容。カーブした上皮組織の形態は、彼らが新しく発見して「Scutoid」と名付けたちょっといびつな立体構造を取る細胞同士が、apical-basal axisに沿ってintercalateすることによってうまくパックされるという。ちなみにこの「Scutoid」という名前の由来は、この形がカナブンとかの背中にある小楯板（scutellum）を想起させるからだとか。そういや新しい名前にしてはなんやら聞き慣れたワードのような、と思ったらドミナントマーカーのScoと同じか。しかしこれって、結構スゴイ発見やよね。。。

Odonata

ということでここ数日、なんだか夏が終わっていく雰囲気をひしひしと感じる。

late summer

先週末は、こちらに来ていた家族と一緒にジップラインをしに行ったりプールへ遊びに行ったり、子供の夏休み終盤を一緒に楽しんだ。ということで、今週からまたそろそろ研究に集中し始めようかなというところなのだが、今日の朝は定期健康診断を受けに駅前の健診センターへ。追加メニューがあったので、肝炎とピロリ菌の検査もトッピングしたら４本も血を取られた。

fireworks

先週、南伊豆へ行った一日目の晩、偶然近くの弓ヶ浜で花火大会があるとのことでみんなで見に行った。こういう海の上に咲く花火を見たのは初めてかな。砂浜からすぐのところで打ち上げてくれるので、なかなかの迫力だった。

ペリーロード

下田の港から少し入ったところにあるペリーロードと呼ばれる川沿いの小径。この先に下田条約締結の場となった了仙寺がある。下田は幕末の歴史舞台というだけでなく、山に囲まれた自然の入り江を利用した港が美しい町で、近いうちにまた来たいと思った。

μ-CT

Micro computed tomography as an accessible imaging platform for exploring organism development and human disease modeling.  BioRxiv, 391300.
Understanding how events at the molecular and cellular scales contribute to tissue form and function is key to uncovering mechanisms driving animal development, physiology and disease.  Elucidating these mechanisms has been enhanced through the study of model organisms and the use of sophisticated genetic, biochemical and imaging tools.  Here we present an optimized method for non-invasive imaging of Drosophila melanogaster at high resolution using micro computed tomography (μ-CT).  Our method allows for rapid processing of intact animals at any developmental stage, provides precise quantitative assessment of tissue size and morphology, and permits analysis of inter-organ relationships.  We then use the power of μ-CT imaging to model human diseases through the characterization of microcephaly in the fly.  Our work demonstrates that μ-CT is a versatile and accessible tool that complements standard imaging techniques, capable of uncovering novel biological mechanisms that have remained undocumented due to limitations of current methods.micro computed tomography (μ-CT)。

結構綺麗に見えてるね。解剖せずに体内の構造がありのままインタクトな形で見えて、その3Dイメージを解析できるというのはイイ。

R start

４年生のRがうちのフライグループに入ることになったので、昨日からオリエンテーションを開始。昨日と今日の二日間で、Fly Geneticsの基本に関して大体の説明は終わったかな。今日はさらに今後Rが入っていく研究のイントロとして、Tumor Hotspotsの話と、その先に見え始めているものの話もした。今週はテクのTさんが休暇中なので、明日か明後日に一度Rと二人でエサ作りをしないといけないかな。

帰札

昨晩遅くに札幌に帰ってきた。一週間の夏休みも終わり。ということで、今日ラボに戻ってきたら、二ヶ月くらい前に注文したGeneseeのフライプッシング用品がようやく届いていた。これでようやく全てのベンチにCO2システムを設置できるやん、と思って箱を開けたらチューブが入っていなかった。池田理化にメールで問い合わせてみたら、チヨダサイエンスが夏期休暇なので回答をもらえないとか。でも箱に貼り付けてある送り状を見たら、このGeneseeの製品はチヨダじゃなくてビーエム機器から池田に送られて来たようなんだけど、どういうことなんやろかね。チヨダから来るのは飼育用バイアルなんとちゃうのん。せやけどこれ、こっちに引っ越してくる前から池田理化に相談してたんやけどなぁ。なんか、ほんまあかんのう。。。

あと三日

まだもう少し、バカンス中。

ほぼ終了

今日は昼に、蓮の花が咲いているひょうたん池でお弁当を食べたあと、これまた一日中ラボで執筆作業。ようやく申請書のほとんどのパートを書き上げて、こちらで担当した分の原稿を共同執筆先へ送付した。あとは、なんかこちらの大学から出す Letter of suppot みたいなものがいるみたいだけど、これは自分で書くのか、大学の事務がなんかフォーマットを持っとるんか、これはもう来週メールで聞いてみるしかないな。ま、自分は明日から一週間夏休みなんやけど。
しかし、そういや一つ論文のレビューが回ってきていることを今また思い出した。。。これはもう持って帰るしかないな。

writing night

共同研究先と一緒に執筆している申請書がだいぶ佳境にさしかかってきたので、今晩はもう一度ラボに帰ってきて机に向かう。日曜日からまた三島へ帰って、来週一週間はバカンスの予定なので、なんとか明日の夜までには形にしておきたいところ。
本州はまた猛暑に見舞われているようだけど、こちらは先ほど帰るとき半袖で自転車に乗ったらちょっと寒いくらいの気温。

スルー

昨晩は、ハエ達が入っている約２００本のバイアルを詰めた発泡スチロールの箱を持って羽田空港へ。チェックインカウンターで、昆虫なら手荷物として機内に持ち込めるので手荷物検査場へ進んでくださいということだったので、いつもと同じように手荷物検査へ。X線装置の画面に映った無数のバイアルはいかにも怪しい感じで、検査員もそれをかなり凝視していたので、これはやっぱり箱を開けて説明することになるよなぁと思っていたら、なんと意外なことに検査員はスルー。拍子抜けしたけど、面倒なことにならなくて良かったと思うと同時に、こんな怪しいものを検査しなくていいのかと逆にちょっと不安になったり。まぁでもそんなことで無事、夜遅くにラボのフライルームに到着。ついにこれで全ての引っ越しが終了かな。

移送第二弾

残りのハエ達プラス弱い系統、約２００系統の移送準備が完了。これらのバイアルを箱に詰めて、その箱を昨日１００円ショップで見つけた大きめのショッピングバッグに入れて、今晩一緒に札幌へ向かう。昆虫、金魚、カメなどの小動物はペットとしての扱いではなく、客席に手荷物として持ち込むことになるようだ。逃げたり見えたりしないようにきちんと梱包されていれば３匹程度までは機内にお持ち込みいただけます、というようなことが書いてあるからたぶん大丈夫かな。まぁ、３匹じゃなくて、３万匹くらい入ってるけど。。。