大晦日 2019

今日は家族で登別クマ牧場へ。登別温泉には昔来たことがあるけど、クマ牧場に来たのは初めて。ヒグマはやっぱりでかくて近くに寄るとすごい迫力だったけど、エサをおねだりする仕草がなんともかわいいのだった。
そんなこんなでいつの間にか大晦日。さぁ、来年はまず春になる前に大仕事が待っている。全てスムーズに進みますように。それでは皆様良いお年をお迎えください。

Winter break

この数日は冬休みの子供達と遊びながら、時々カフェに行って残った仕事をしたり。で、とりあえず年末締め切りだった論文のレビューは昨晩終わらせた。他にも冬休みの宿題は残っているけど、年内締め切りのものは一応全て終わったはず。

snowflake

今朝はふわふわのパウダースノーが積もっていた。朝日にきらめく雪の結晶が眩しい。
なぜかこの忙しい年末に重なって依頼が来た論文のレビュー３本のうち、１本を今日やっと終わらせた。あと２本、明日中に終わらせて気持ちよく冬休みに入りたいところだけども、どうだろうかね。早く年賀状を書きたいんやけどなぁ。。。

Christmas market

もうすぐクリスマス。ということで、大通公園のクリスマスマーケットでホットワインを飲みながらぶらぶらと見物。

prickle

秋田のMY博士から送ってもらったPCP mutantのハエ達が今日札幌に到着した。北海道は昨日から気温が下がってきていたので、輸送中の寒さに耐えられるかどうかちょっと心配していたのだが、アダルトのハエ達もみんな元気にバイアルの中を歩き回っていて一安心。ということで、一枚羽根を拝借して撮影。そういえば自分で実際にPCP mutantを見るのは初めてかも。こうして見ると、PCP core componentの遺伝子に「Van Gogh」とか「starry night」とかいう名前を付けた人達のセンスは改めて素晴らしいと思う。
"The gene was named Van Gogh because the swirling wing hair patterns bring to mind the swirling brush strokes this artist used in some of his paintings.”  Genetics, 150:199-210.

impeached

impeach：弾劾する、告発する、非難する
impeachable：弾劾（告発、非難）されて当然の
Trump becomes third POTUS to be impeached.

「impeach」という言葉を知らなかった。桃となんか関係あるんかねぇ。

Solà Fred

Cellar Masroig, Solà Fred, 2017

スペイン、カタルーニャのEl Masroigという村にあるワイナリーのカリニャン。ベリーの果実味が豊富でタンニンも程よくバランスが良い。スッキリしていて飲みやすい。千円ほど。

polyploidization

ミーティングの時に U さんが思いついた polyploidization のプロセスを整理するための表。たしかにこれは分かりやすい。自分もなんやかんやとごちゃ混ぜにして考えていた。

@Sapporo

博多から帰ってきて早一週間。やはり師走は慌ただしく日が過ぎ去っていくなぁ。
先週は木曜と金曜の二日間、札幌に来てくれた IH＆YH 両博士とともに、北キャンパスのUさんのところに集まってかなりインテンスなミーティングを行った。YH博士が加わって４人でミーティングをするのは今回が初めてということで、もう一度一人一人のバックグラウンドと方向性を確認しながらということになったけど、全員で目指す具体的なコンセプトが今回でさらにクリアーになった。このプロジェクトが本当に重要なものになっていく可能性が見えてきている。

MBSJ 2019

一週間の出張が終わり、札幌に帰ってきたらえらい寒くて驚いた。昨日からずっと吹雪いているし、今日は昼間でもマイナス５度とか。博多も意外と寒かったけど、やっぱり札幌はすごい。
今回の分子生物学会では、プロジェクトの今後の発展を見据えて自分がやっているところから少し離れた分野のセッションもいくらか聞きに行ってきた。考えていたとおり、関連する分野の研究は結構多岐に渡る一方で、一つの大きなコンセプトとして統合できるはずという感覚を持った。このことに関しては、今週さらに札幌でミーティングを行う予定。ということで、今回博多では結構学会を楽しめた上に、モツ鍋、水炊き、ラーメンとか、毎日美味いものを食べることができてかなり満足したのでした。

第十回ダートマスの集い

で、学会二日目水曜の夜はこれまた恒例のダートマスの集い。２０１０年から毎年分生に合わせて開催してきたこの集まりも、なんと今回でついに第１０回。ちょっと歴史を感じた。ちなみに、初回から１０回全ての写真がこのブログに載っている。

FSUの集い＠博多

学会初日の火曜の夜は毎年恒例FSUの集い。今年はST博士とIH博士の３人で。実は今回の学会に来ていた I さんにも木曜日のワークショップで会うことができたのだけど、集いに呼べればよかったよねという話になったので、それはまた来年に。

博多

昨日から博多で開催されている分子生物学会に参加中。会場の福岡国際会議場は港のすぐ前。会場では特に誰かと待ち合わせたりした訳でもなかったけど、今日一日でかなりたくさんの人に会って話をすることができた。分生はこうして色んな人と再会して話せるのが本当に楽しい。

20km

一時帰国。やっぱりこちらは暖かい。今日は昼に下の子とインドカレーを食べに行きがてら、サイクリングでぶらぶらと２０キロ。

CFI Apochromat

バースデープレゼントが届いた。といっても、まぁ自分で注文したんだけど。ナイコンのウォーターディッピングレンズ。これでもっとライブイメージングを楽しめる。

Usp7

Usp7 regulates Hippo pathway through deubiquitinating the transcriptional coactivator Yorkie. Nat Commun. 10: 411.
The Hippo pathway plays an important role in organ development and adult tissue homeostasis, and its deregulation has been implicated in many cancers.  The Hippo signaling relies on a core kinase cascade culminating in phosphorylation of the transcription coactivator Yorkie (Yki).  Although Yki is the key effector of Hippo pathway, the regulation of its protein stability is still unclear.  Here, we show that Hippo pathway attenuates the binding of a ubiquitin-specific protease Usp7 to Yki, which regulates Hippo signaling through deubiquitinating Yki.  Furthermore, the mammalian homolog of Usp7, HAUSP plays a conserved role in regulating Hippo pathway by modulating Yap ubiquitination and degradation.  Finally, we find that the expression of HAUSP is positively correlated with that of Yap, both showing upregulated levels in clinical hepatocellular carcinoma (HCC) specimens.  In summary, our findings demonstrate that Yki/Yap is stabilized by Usp7/HAUSP, and provide HAUSP as a potential therapeutic target for HCC.

今日のジャーナルクラブで S が発表した論文。Ykiの分解に関してはこれまであまり分かっていなかったのだが、この論文では、細胞質内にあるYkiは主にlysosomeで分解されているのに対し、核内のYkiはubiquitin-proteasomeによる分解を受けていることが示されている。この核内でのプロテアソームによるYkiの分解は、脱ユビキチン化酵素であるUsp7によって制御されている、ということをDrosophila imaginal discに始まり、S2 cells、ヒト培養細胞、さらにヒトの肝がん細胞において示している。なかなかのデータ量。核内のYkiということはつまりactiveなYkiということだから、細胞が持続してgrowthするような条件下では、このUsp7によるdeubiquitinationを介したYkiのstabilizationが重要であるということになるのかな。

マイナス

今日の札幌は、昼間でも気温がマイナス。本格的に冬やなぁ。

Polyploid Brain

Polyploidy in the adult Drosophila brain. bioRxiv, 852723.
Long-lived cells such as terminally differentiated postmitotic neurons and glia must cope with the accumulation of damage over the course of an animals lifespan.  How long-lived cells deal with ageing-related damage is poorly understood.  Here we show that polyploid cells accumulate in the ageing adult fly brain and that polyploidy protects against DNA damage-induced cell death.  Multiple types of neurons and glia that are diploid at eclosion, become polyploid with age in the adult Drosophila brain.  The optic lobes exhibit the highest levels of polyploidy, associated with an elevated DNA damage response in this brain region with age.  Inducing oxidative stress or exogenous DNA damage leads to an earlier onset of polyploidy, and polyploid cells in the adult brain are more resistant to DNA damage-induced cell death than diploid cells.  Our results suggest polyploidy may serve a protective role for neurons and glia in ageing Drosophila melanogaster brains.

数日前にbioRxivで公開された論文。そういえばちょうど２年ほど前にリスボンであったミーティングで、これに関してポスター発表をしていた学生と色々デスカッションしたことを、First authorのツイートを見て思い出した。話の内容は、Drosophilaのアダルトの脳のploidyを調べたところ、サナギから出てきたばかりの若いハエの脳はほぼdiploidの細胞で構成されているのだが、個体の加齢に伴って次第にpolyploid cellが増えてくるというもの。これはcell fusionが起こった訳ではなく分化した細胞がendoreplicationを起こした結果である、ということをCoinFLPのLexGAD/Gal4 systemを使ってうまく示している。tetraploidが多いけど、大きいものでは32Cまで倍加しているものも認められる。なお、脳の領域の中でもoptic lobesで特にpolyploidの割合が高く、これは複眼のすぐ内側にあるこの領域がもっとも紫外線による影響を被りやすいからかとも思われたが、暗黒条件でもパターンは変わらないことから理由は他にあると示唆されている。一方、酸化ストレスやUV照射によって誘導されたDNA damageに応じてpolyploidの割合が上昇するという結果も示されており、これはまさにCCHの結果と言えるだろう。また、以前に他の組織でも示されているように、このbrainのpolyploid cellもdiploidの細胞に比べて、DNA damage-induced cell deathに対してよりレジスタントであるということも示している。つまり、polyploidになることは、老化した脳においてprotectiveな役割を持つ可能性を示唆していると。しかし、CCHのようなtissue repairのためのレスポンスとして起こってしまったpolyploidizationが、その後さらにbeneficialな影響だけでなくdetrimentalな影響をも持ち始める可能性はないだろうか。ともあれ、これはこの分野にとって非常に重要な論文になる。

サッカー大会

今日は医学部主催のサッカー大会だった。学生達と一緒にラボのチームで出場したのだが、７人制なのに今年はメンバーが８人しか集まらなかったので交代は一人しか出来ないというちょっと厳しい状態。とはいえ一試合目から結構善戦して、後半には自分が決めた１点目を皮切りに３点を追い付き、結局朝から同点PKまでもつれ込んだ。PKも５人で勝敗が決まらず結局６人目で負けてしまったのだが、緊張のPK戦とか久しぶりだったし、なんだかこの一試合で結構満喫した感じ。

checkup

今朝は歯医者で三ヶ月ぶりの定期検診。虫歯はないけどやはり下の親知らずは抜いたほうが、といつものように言われた。よく晴れていたのでその後ラボまで歩いたのだけど、ちょっと寒すぎた。おかげで随分肩がこってしまっていま頭が痛い。数日前に降った雪は昨日でほとんど融けたのだが、今晩あたりからまた雪が続くようだ。

cod fish

今日の午後は久しぶりにカフェで仕事をしようと思い、小樽運河のすぐ横にあるオシャレなホテルのカフェへ。なかなか落ち着いた雰囲気で仕事も捗った。夕方暗くなってから札幌に帰ってきて、スーパーで旬の真鱈とホタテを買って帰ってきたら真鱈の身から元気なアニサキスが２匹出てきてびっくりしたけど、作ってみたアクアパッツァがもっとびっくりするぐらい美味くてしびれた。

Winter has come.

昨日から雪が降り出して急に真冬になってしまったかのよう。気温もすでにマイナスになっている。タイヤをまだスタッドレスに変えてなかったので、もうちょいと待って欲しかったんやけど、まぁ仕方ないね。

CCS?

先週、FSUのWMラボで、CCHに関連する研究に取り組んでいる大学院生のサラユとかなり長い時間をかけてディスカッションした。で、日本に帰って来ると、サラユからそのディスカッションの内容と今後の計画をまとめたものが送られてきたので、今日それにさらになんやかんやとコメントを書き入れて送り返した。follicle cellでのCCHの話は、今書いている論文でひと段落するかなと思っていたのだけど、どうやらそうはならない。この話は自分がWMラボを去る前に考えていたものだけど、サラユがある程度形にしてくれた。CCHと対をなす現象として説明できるだろうかね。彼女がPhDを取るまであと半年ほどという話だったので、これもちょっと急がないといけない。

St. Marks

日曜日、日本へ帰る前にマイクと二人でいつものSt. Marksの灯台のある入り江で釣りをしてきた。この日は結構気温が低くなることが分かっていたので、土曜日にTJ Maxで買っておいた安いフリースを着込んで行った。確かに結構冷えていたけど、空は雲ひとつない快晴。壊れた桟橋の柱にホワイトペリカンが休んでいて、渡り蝶のモナークが次々と海へ向かって飛んでいく中、自分達もカヌーに乗り込んで沖へ向かって漕ぎ出した。波のない遠浅の入り江は、沖へ出るととても静かな世界。二人がキャスティングするたびに鳴るCajun Thunderの浮きが発する小さな音だけが印象的に響き、時々海面すれすれを飛んでいくペリカンの羽ばたく音までがはっきりと聞こえる。この日かかったのはほとんどがシートラウト。二人で結構な数を釣り上げたけど、結局キープしたのは規定サイズを超えていた３匹だった。それにしても、自分はここの風景が本当に好きだ。西へ傾く太陽の光を反射して光り輝く無数の波をぼんやりと見つめていると、なんだか本当に幸せな気分になった。夕方、車でBob DylanのCDを聴きながら町に帰って、二人でシーフードレストランへ行った。そこでカニを食べながら、またそのうち必ず戻ってくるよとマイクに約束した。

42h

先ほど札幌の自宅に無事到着。日曜の早朝にタラハシーのホテルをチェックアウトしてから約４２時間。いやぁ長い長い行程だった。。。まぁタラハシーを出る時点でかなり疲れていたからか、珍しく国際線で結構眠れたのでなんとかサバイブできた感じ。先週の日曜からまる１０日間、今回の出張はたくさんの人に会って非常に多くのものを得ることができた。とりあえず寝て、また明日今回の成果を整理しよう。

ATL-ICN

結局、土曜と日曜も色々と予定が入ってたくさんの人に会うことができた。で、先ほど飛行機の時間の１時間半ほど前まで、町のシーフードレストランでマイクと二人でカニを食べながら話していた。その後、急いで空港まで車を走らせて、なんとか飛行機に間に合って、今さっき到着したアトランタ空港のDeltaのラウンジにチェックイン。次の飛行機はインチョン行きで、なんと約１５時間のフライト。。。しかもその後、インチョンで４時間ほどのトランジットの後、札幌まで飛ぶ予定。なんか、もうすでにかなり疲れているのだけど、これは札幌まで体力が持つのか心配になってきたな。。。

Dr. AJ

そして、今日は朝からアリソンの博士論文のディフェンスがあったので参加してきた。実は今回この出張を計画したときに、アリソンのディフェンスが近いということで、わざわざ日程を合わせた経緯があったのだった。アリソンはアメリカの学生としては珍しく、学部生の時からラボを変えずにずっとWMラボで研究を続けてきたということもあり、４５分のトークは盛り沢山の内容だった。自分がこのラボにいたころ彼女はまだ学部生だったこともあり、今日壇上で自信を持って堂々とトークをしている姿を見て、随分と成長したんだなぁと感心させられた。彼女が行ったsingle cell transcriptomeのデータは今後、follicle cellsの基本情報として色々と役に立つ可能性を持っている。
ディフェンス後のパーティで、久しぶりにアメリカの激甘ケーキを食べた。

WM lab

一昨日の晩、Tallahasseeに到着してからすでに二日。今回はなんだか時差ぼけがうまく解消されず、いまだ夕方になると眠気に襲われる。そんな中、昨日も今日も一日中FSUのWMラボに滞在して、WM以外にもラボメンバー何人かとしっかり時間をかけてディスカッションすることができた。なんか頭の中では色々と前進した気がする。しかしこうして一日中、もといた場所で当時と同じようにラボメンバーと話をしていると、つい６年ほど前の日常に戻ってきたかのような奇妙な感覚に陥るものだ。

LAX to TLH

今日は一日かけてLAからフロリダへ移動。今日の朝ホテルから空港へ向かうために、到着した日に使ったのと同じ乗合タクシーを昨晩オンラインで予約しておいたのだが、早朝ホテルの部屋に電話がかかってきて、交通事情により行けなくなったと一方的にキャンセルされた。このSuperShuttleとかいうやつはなんとなく信頼できない気がしていたので、他の手段として路線バスを調べていて良かった。しかも路線バスはちょっと時間はかかったものの、たったの１ドルだった。ということで、朝からちょっとしたトラブルに見舞われたけど先ほど無事空港に到着して、いまDeltaのラウンジで落ち着いたところ。LAからアトランタまで約４時間。そこからタラハシーまでさらに１時間で、時差が３時間あるので、タラハシーに着くのは現地時間で夜８時半の予定。

UCLA

今日は朝にぶらぶらとUCLAの中を散策してから、EngineeringのKT博士と共同研究の話を色々と。UCLAには初めて来たけど、やっぱり立派なキャンパスやねぇ。 夜は結構涼しくなるけど、昼間はまだ夏のようで太陽が眩しい。

LA到着

札幌の家を出てから約２３時間、成田、シアトル経由でようやくロサンゼルスのホテルに到着した。今回滞在するUCLA周辺には地下鉄が無いようなので、一応バスの路線を調べていたのだが、いざ空港で聞いてみたら土日は走っていないとか。。。ということで、空港で紹介してもらった乗合タクシーみたいなミニバンに乗った。飛行機ではほとんど眠れなかったので、今かなり眠たいのだけどもう少し我慢して夜にしっかり寝たいところ。シアトルからLAまではとても景色が綺麗だったので、うとうとしながらも写真を撮っていた。

 これは今年の２月にKeystone Meetingで滞在したLake Tahoe。

よく見ると、この写真のちょうど中央あたりにHOLLYWOODサインが写っている。

アメリカへ

さて、今日の午後の便でアメリカへ飛ぶ。まずはシアトル経由でLAまで。久しぶりな気もするけど、考えてみれば今年は春にKeystoneとFly Meetingで２度アメリカに行っているので、今年３回目になるのか。今回は約一週間で、前半はLA、後半はTallahasseeに滞在する予定。結構色々とミッションがあるのだけど、たくさん懐かしい人にも会えるだろうし、ということで楽しみは多い。

water dipping

昨日、Nikonから貸してもらっているデモ用の３種類の水浸レンズを使ってライブイメージングをしてみた。培養液にレンズを突っ込んでサンプルを直接見る、いわゆるジャボ漬けレンズ。今あるドライのレンズに比べて、２０倍はそれほど良いとは思わなかったけど、やはり４０倍のはかなりクリアーに見えた。４０倍は、UV側に強いものとFar red側に強いものの２種類があって、これはどちらも試してみたけどGFPやRFPで大きな違いは見られなかった。まぁどちらにせよ、これは１本あると便利かも。

十月終了

今日の午後も大学院の講義。遺伝研で大学院生向けにやったことがある老化に関する授業の内容に、もう少し改良を加えたものなんだが、どうなんだろう。自分としては結構面白い内容になっていると思っているのだけど、今回の生徒たちはみんな大人しくて反応が薄いので、どう感じているのかはよく分からない。ともあれ、これで１０月中に予定していた仕事は全てやり終えたかな。今年の講義もこれで終わりなはず。いよいよ日曜からはアメリカ出張なので、明日明後日はその準備。

climax

大学の銀杏並木。そろそろ色付きのクライマックスが近いように見えたので、今朝ちょっと立ち寄ってきた。やっぱり綺麗やねぇ。しかし、先週末に予定されていた金葉祭は、テロ予告の脅迫メールがあったとかで中止になったんだとか。ライトアップされた幻想的な銀杏並木をみんなで愛でるという催しを止めさせてやろうとか思った犯人は、一体どういう人なんだろうかね。たくさんの人出を苦々しく思ってやめさせようと考えたのが動機であるなら、もしかして大学関係者だったりして。

The Drosophila Model in Cancer

今年の初旬、一月二月頃にえらい苦労して執筆していたレビューが少し前にようやく本として出版された。実際に本という形になると、やっぱりちょっとエエよね。SpringerのAdvances in Experimental Medicine and Biologyというシリーズで、タイトルは「The Drosophila Model in Cancer」。自分は「The Initial Stage of Tumorigenesis in Drosophila Epithelial Tissues」という題で、第５章を担当した。以前に書いたレビューとかぶる部分もあるけど、DrosophilaをモデルとしたTumorigenesisの話を、ここ数年の自分の研究を中心にしてまとめた感じ。ショウジョウバエを使った癌研究に関する色んなトピックを集めた１４章からなる本ということで、かなり専門的な内容だけど、関連する分野の研究者やこの分野に興味のある人にはかなり楽しい内容になっているはず。自分も他の人が書いたチャプターを読むのが結構楽しみだ。

"This volume provides a series of review articles that capture the advances in using the fruit fly, Drosophila melanogaster, model system to address a wide range of cancer-related topics.  Articles in this book provide case studies that shed light on the intricate cellular and molecular mechanisms underlying tumor formation and progression.  Readers will discover the beauty of the fly model’s genetic simplicity and the vast arsenal of powerful genetic tools enabling its efficient and adaptable use.  This model organism has provided a unique opportunity to address questions regarding cancer initiation and development that would be extremely challenging in other model systems.  This book provides a useful resource for a researcher who wishes to learn about and apply the Drosophila model to tackle fundamental questions in cancer biology, and to find new ways to fight against this devastating disease."

harvest

昨日の夕方、札幌に帰ってくる前にもう一度マウンテンバイクで町を一周。いつもの田んぼはもうすっかり稲刈りが終わっていた。

rainbow

今日の午前中にようやく少し申請書に集中することができた。一本はだいたいの目処がついたので、あとは来週に一日あればこちらはなんとかなりそう。午後からは、ルヴァンカップの決勝戦をテレビ観戦。ドサンコーレ、本当によくがんばったしPKの最後の最後まで初タイトルを信じていたけど、なんとも残念な結末。しかし、こんな凄い試合は久しぶりに見たなぁ。
夕方、下の子とサイクリングに出かけたら夕空に綺麗な虹がかかっていたので、二人で虹に向かって走っているうちに陽が沈んでしまった。

木曜

今日は昼から大学院の講義。少し前に新しいトピックも考えていたのだが、なかなかそんな新しいものを準備する時間もなかったので結局去年と同じ内容。まぁ今年の学生にとっては初めての内容ということになるから良いのだけど、自分が楽しむためにもう少しバリエーションを増やしたいと思っている。ということで、それはまた今度。午後、講義が終わってからはラボの学生達の質問に答えたり、メールを書いたり、年末調整の書類を作ったりしているうちに夜になってしまった。今日で科研費の申請書は書き終わる予定だったのに、今日は申請書に関しては全く何もできなかった。明日からまた三島へ行く予定なので、これはもしかして結構まずいのではないだろうか。。。

夕日

昨日、デスカッションの合間にRikenから見た景色。淡路島のほうの夕日が綺麗に見えるんやね。

@Kobe

先ほど神戸出張から帰ってきた。昨日の朝に家を出て、神戸のIH博士のラボに着いたのが午後３時頃。それから今日の夕方まで、ホテルで睡眠を取った以外の時間はほとんどずっと三人でディスカッションしていた。昨日は各自の研究紹介も兼ねてとりとめもなく色んな話をしていた感じだったのだが、今日の夕方帰る頃には、軸となるコンセプトが議論の合間にチラチラと見えるような気がするくらいにはなってきた。まぁまだまだここからだけど、この二日間で大きく進展したと言える。

Kondo

Egg activation triggers clearance of maternally deposited RNA binding proteins.  bioRxiv, 806968.
embryogenesisにおけるmaternal-to-zygotic transitionの時に、マターナルなRNA binding proteinsがubiquitin-proteasome systemによって分解されるメカニズムを示している論文だけど、これに関わるE2 conjugating enzymeの名前が「Marie Kondo」と名付けられている。。。もちろん今話題の「Tidying Up」で有名なあのコンマリから取られているわけだけど、こういうのって本人に了承を得たりしてるんかな。まぁ、不要になったタンパクを片付ける遺伝子という意味で、かなり的を得たネーミングではある。というか、これはかなり面白い。本当にフライガイ達は遺伝子にオモロイ名前を付けることに一生懸命ですなぁ。
"Due to its role in removing proteins given as part of the maternal dowry, we renamed UBC-E2H as “Marie Kondo” (shortened to “Kondo”).  Finally, through immunoprecipitation experiments, we determined that ubiquitination of ME31B was completely absent in Kondo knockdown embryos.  Thus, we conclude that Kondo is required for the ubiquitination and destruction of ME31B, TRAL, and Cup during the MZT."

hectic days

来週の火、水曜日に急遽神戸へ出張することになった。三宮で一泊するけど、両日ともRIKENのIH博士のところで会談の予定なので、ほぼとんぼ返りかな。しかし、火曜日は即位礼正殿の儀とかが行われる日で祝日やん。それと関係があるかどうかは分からないけど、新千歳から大阪行きの飛行機を探したら今朝の時点でほとんどの便の席が埋まっていてちょっと焦った。ところで、来週末は金曜からまた三島へ帰る予定も入っていることを考えると、科研費の申請書に集中できる日がもはやほとんどないことに気が付いた。これは、来月頭のアメリカ出張の前まで久々にhectic daysが続くなぁ。。。まぁでも、今晩はやっぱりまだ論文のレビューをしないといけないのだけど。

Vet

今日は朝からまた北キャンパスでRU博士と会談。二時間ほど色々とディスカッションして、ちょうど正午頃にぶらぶらと歩きながらラボに帰ってきた。北キャンパスは、自分が学生だった頃はたしか農場が広がっていたところで、メインキャンパスとの間には獣医学部がある。北キャンパスは新しい研究棟が立ち並んでいるのだけど、獣医学部の辺りは昔のまんまで、あぁそういやこんなんだったなぁと懐かしい風景を見ながら歩いていると雪虫が飛んでいることに気付いた。

６度

先週末が締め切りだった論文のレビューは結局できなかったので、エディターに、なるべく今週中にやるからもうちょっと待ってね、というメールを出したら、他の２人のレビュワーからはすでにコメントが返ってきているのでなるべく within the next couple of days で送ってねという返事。うーむ、今週末にゆっくりやろうとか思っていたんだけど、まぁそうね、やっぱりまずこれから片付けるしかないか。。。なぜかレビューって忙しいときに重なることが多いような気がする。
それにしても今日から急に寒くなってきた。さっきラボから帰るときに外の気温を見たら６度。そろそろ初雪が来そうな感じ。

秋刀魚

今週は学食に秋刀魚が登場。ということで、昨日も今日も昼は秋刀魚の塩焼き。でも１本１９８円って、今年はやっぱりちょっと高めよね。台風１９号の進路を見ていると、どうやら伊豆半島に上陸しそうな感じ。うーむ、かなり心配な状況になってきたな。

Ploidy

月曜日の午後にRU博士と対談をしてから、今週は毎日のように二人でメールのやりとりしながらその対談での内容について考えている。RU博士に連絡を取ろうと思ったのは自分の思い付き、というかPloidyのことをメインで研究をしている人っていうのが、国内の知り合いでは他にほとんど思い付かなかったということなのだが。話してみて大きな驚きだったのは、二人の考えているコンセプトが意外と結構マッチしていたということ。ということで、二人の話し合いは結構スムーズにある程度のところまで進んだのだが、このプロジェクトを形にできるかどうかはまだまだこれから。しかしそんなことをしているうちに今週も終わりつつある。科研費の申請書が一つまだほとんどできていないので、そろそろヤバくなってきたなぁという感じなのだが、その前に一つ論文のレビューを終わらせないといけないのだった。なんか、締め切り日に追われるのはちょっと久しぶりやん。

JOKER

今晩は映画館のレイトショーで、今話題の「JOKER」を観てきた。いやぁ、すごかったなぁ。。。すごい鬱で重苦しいものがだんだんと狂気に追い込まれていく感じ。よく考えてみると、結構主人公アーサーの妄想が入っているように思えるのだが、どこからどこまでが妄想なのかはよく分からない。まぁ、精神的におかしくなっているアーサーの視点だからそうなのか。そして同情しているうちにだんだんと暴力シーンが痛快に思えてくるのが怖い。ラストシーン手前で流れるCreamの「White Room」にしびれた。
これは積極的には人に勧めないかも知れないけど、自分はかなり楽しめたし本当にすごい映画だと思った。

あやしうこそ

いよいよ科研費の締め切り日が少し先に見えてきたので、この週末はまた近郊のカフェで執筆活動。今年エントリーを予定している２種目のうち１つは、今までに全く文章にしたことがないプロジェクト。ということで、カフェでとりあえずラップトップに向かひて、心に移りゆくよしなし事をそこはかとなく書きつくればあやしうこそものぐるほしけれ、という感じ。実際、すでに考えているegg chamberを使った実験は具体的なものが色々とあるんだけど、目指しているところは結構大きなコンセプトなので、「あやしうこそものぐるほしけれ」というのは当たらずしも遠からず。

translation

ちょっと必要があって、以前に自分が英語で書いたものを日本語に訳していたのだが、どうも上手くいかない。日本語って難しいよねぇと思う。そういや前にも自分の英語の文章を日本語総説のために和訳したことがあったけど、あの時も意外と苦労したことを思い出した。そんなんやったら和訳するんじゃなくて始めから日本語の文章を普通に考えたらエエやんて言いたくなるんやけど、やっぱり自分ながらこの文章はホンマにうまいことまとめることができたやんっていうのは時々あるやん。

tightrope

今日は午前中にプログレスミーティング。４年生の S は初めての研究発表だったのかな。なんかえらい緊張しているようだったけど、なかなかしっかりとプレゼンしていた。このプロジェクトは S の卒論発表に向けてまだ始まったばかりのものなのだが、同時に現在執筆中の論文の１パートになる予定でもあるので、今後数ヶ月で計画的にデータを出していかないといけない。卒論発表は２月半ば。予定している実験にはいくつか複雑なgeneticsもあるので、まぁちょっと綱渡りになるかも。

slide check

明日の朝はうちのグループのプログレスミーティングだということで、S も R も今日そのための準備に精を出していた。で、二人ともそれぞれ自分のプレゼン用スライドをチェックして欲しいということだったので、学食で夕飯を食べた後に一人ずつとディスカッション。二人ともなんやかんやと新しいデータがあるので夜遅くまでかかって疲れたけど、まぁまぁ調子が出てきているということですね。

after irradiation

今朝ラボに出てきたら、先週の木曜日に試しにやってみたX線照射の結果を S が見せてくれた。このovarian follicleでのX線照射によるapoptosisのパターンは、まさにDr. BCのラボが以前に報告した通りで、stage 6までのmitotic stageではfollicle cellがぼこぼこ死んでいるのに、stage 7以降のendocycle stageではほとんど死んでいない。実際に顕微鏡で見てみて、やっぱりこれはインプレッシブなフェノタイプやなぁと感動。しかしながらそれ以上に、相当数の細胞死が起こったことで普通よりもかなり少ない細胞数のままpost-mitotic stageに入ってしまった残存細胞達が、何やら色々とオモシロイ反応をしているように見えた。当然CCHのモデルになり得るのだけど、もしかしたらこれはもっといろんなことを見ることができるかもという感触を持った。

夕方

三島ではふと顔を上げると富士山が見えるので、一日に何度かは富士山を眺める。

彼岸花

金曜日から休暇を取って、久しぶりに三島に帰ってきた。こちらは太陽が出るとまだ夏のようだけど、少し涼しくなってきていてサイクリングには最高の季節。いつもの田んぼではもう稲穂が実っていて、周りには彼岸花が咲き乱れていた。もうそろそろ九月も終わりか。

irradiation

今日、うちの実験室のすぐ横にある動物実験施設で、新しく入ったX線照射装置の説明があったので S と一緒に聞いてきた。実は昨日 S が、X線照射によってアポトーシスを促すという実験はできないだろうかという話をしてきたので、二人で動物実験施設に聞きに行ったら、ちょうど新しい照射装置が納品されたところだったのだ。ということで、今日の説明会のあとに早速ハエを持って行って、試しにX線を当ててきた。まぁ、照射自体は電子レンジのような感じで特に難しいことはないのだが、X線照射実験をするのは初めてだったので、放射線の単位がよく分からなくて色々と調べる必要があった。よく論文で見る「4000R」とかの照射線量の数値を吸収線量のグレイ（Gy）に換算する必要があったのだが、「R」（レントゲン）という照射線量の単位は今や国際単位ではないらしい。同じグレイの値でも、電圧、電流、ステージの高さとかで照射時間が変わってくる訳で、何が一番最適なのかとか考えると結構奥深い世界なのだということが分かった。

The 4th Morphomeostasis Meeting

ということで昨日と一昨日、ここ北大の遺制研で「The 4th Morphomeostasis Meeting」が開催された。試行第０回を含めると今回で５回目。いつものメンバープラス、今年はTK博士の代打で来てくれたAT博士と、東大M研のSK博士という若い顔ぶれも加わり、少し雰囲気が新しくなったように感じた。毎年のことながら、一人４５分のトークでひたすらディスカッションするというインテンスなミーティング。とはいえ、いつものメンバーはだいぶ慣れてきたからか、全体としてちょっとおとなしめでこれまでのように大幅に時間超過するようなことはなかった。一日目夜の懇親会も遅くまで随分と盛り上がったし、みんなのエキサイティングなプロジェクトを聞かせてもらって本当に楽しい二日間だった。
そういえば、今年のモーフォメは京都場所ということで話がまとまっていたのだけど、もしかしたら今後札幌で開催できることはあまりないかもしれないね、ということで今年は予定を変更して札幌開催にしたという経緯もあり、来年こそは京都場所ということで決定。

モーフォメ４

いよいよ今日の昼から開催される「モーフォメ４」のために、昨日は午後にお茶やコーヒーなんかの準備をして、夜にようやくトークのスライドの準備に集中した。この数日 R とディスカッションしながらたくさんのコンフォーカル画像を見直した結果、とりあえず今言えることをまとめた感じ。色々とサジェスチョンもらえるかな。ということで、今年のモーフォメもあと数時間で開幕。モーフォメのみんなをここ北大で迎えるのは本当に楽しみなのだが、もしかしたら明日台風のせいで飛行機が飛ばなくなってみんな帰れなくなるんじゃないかしら。

寒い

それにしても今日は寒い。風も吹いているし、なんか天気が悪くて気温が下がっているのかな。家に帰ってきたら暖房のスイッチを入れたくなったけど、さすがにまだ早いかと思って上着を羽織った。今週末の連休はここ札幌で第４回モーフォメの開催なのだが、このままだと内地から来る皆さんは寒さにちょっと驚くかも。しかし、また台風が接近しつつあるな。週末、飛行機大丈夫かねぇ。

TCP

今日は R と作戦会議。先月出たフェノタイプに関していまだに明確な解釈を出せずにいるのだが、昨日色々と過去の文献を調べているうちに、関連するシグナリングがぼんやりと見えてきた気がしたのでそれに関して議論。一方で、ここ最近 R が地道に数えてデータ化していた数値を今日見せてもらったのだが、このデータはいかにも自分がこれまで数年の間ずっと考えていた仮説を支持しているように見える。R のプロジェクトがこの仮説につながってくることはあまり意識していなかったので、かなりエキサイティングな展開。いよいよこの仮説に本気で取り組む時期になってきたという感触。

quantification

三連休の前にヒートショックをかけたハエ達がちょうど出て来たので、結局土日の午後はずっとライブイメージングをしていた。まぁでもこれで、quantification用に撮りたかったサンプルは数もだいぶ揃ったのではないかな。ただ、これらをどうやって定量化するのかという問題がまだあるけど。この夏の間、フランスから来ていたエリーザと一緒に Fiji でデータ抽出用のマクロを作ったりもしたのだが、それによって数値化されるデータをどうやって解析していくか。

Las Martas

Bodega San Gregorio, Las Martas, Garnacha, 2016

スペイン、カラタユのガルナチャ。濃いチェリーに程よいタンニン、バランスが良い。これは好きなヤツ。千円ちょい。

epi

昨日、egg chamberでのGCaMPシグナルの三次元画像を撮るために、うちの新しいNikonのコンフォーカルでピエゾステージを使ってZ-stackでのタイムラプスを試みたのだが、これが意外になかなか難しいことが判明した。今までエピの蛍光顕微鏡でやっていたライブイメージで、GCaMPシグナルの変化が結構早いことは分かっていたのだけど、やはりさすがにZ-stackを切っている余裕はないのかもしれない。かと言って、シングルフォーカルプレーンでegg chamberの断面を見るだけだと細胞の位置関係の情報が少ない。もう少し試してみるけど、もしかしたらこれくらいならエピの方が向いているのかも知れんなという気もしてきた。でも自分のエピは正立なので、対物20倍でも液面スレスレ。じゃぼ浸けの水浸レンズを試してみるかなぁ。

Fads2

ちなみに昨日のAI博士のセミナーの半分は、数ヶ月前に発表された論文の内容。魚が海から淡水へ進出する際に重要な役割を果たした遺伝子の発見のお話。内部交流セミナーで聞いた時から面白いと思っていたけど、これはほんまにすごい仕事やなぁ。

A key metabolic gene for recurrent freshwater colonization and radiation in fishes. Science, 364: 886-889.

繋がり

昨日、何を調べていたのか忘れたけど、前にいた遺伝研のホームページを見ていて、JI博士がつい最近遺伝研に移ってきたことを知って驚いた。JI博士とはポスドクの時にFSUで何年かかぶっていて、よく一緒に昼御飯を食べに行ったりしていた。ここ数年は沖縄にいてたのは知っていたのだけど、もしかしたらもう１０年くらい会っていないのかも。ということでちょっと興奮して遺伝研のAI博士にメッセージを入れたら、なんとAI博士は明日から北大で特別講義だそうで、ちょうど空港から札幌へ向かっているところだった。昨晩はその後セミナーをして飲み会もあるということだったので、急遽自分も参加してきた。そして、なんとも面白いことに、そのAI博士のセミナーでこれまたJI博士が登場したのだ。彼が作ったゲノム解析プログラムが重要な役割を果たしたのだそうだ。そんなことで、なんだか人のつながりを感じた夜だった。

S復帰

夏の間、大学院やらなんやらの入試準備のために長期休暇を取っていた４年生の S が、ようやく今週からラボに帰ってきた。来年度からどうするかは結局まだ決まっていないようだが、とりあえずは卒業研究に取りかからないといけない。卒研発表まであと５ヶ月くらいの間に、ある程度まとまったお話になるようなミニプロジェクトを完成させないといけない訳なので、さぁいよいよ集中してやりましょかという話。とりあえず、先月思い当たったCCH2の論文のラストピースとなるかも知れないシグナリングパスウェイの解析を重点的に行うことになった。

short summer

しかし、今日でもう８月も終わりか。早いなぁ、と感じる。久しぶりに札幌で生活して一つ気付いたのは、札幌はなかなか暑くならないので、夏はまだかなぁとか思っているうちにいつの間にか８月になっている。今月初旬には暑い日が続いたけど、それもやっぱり１０日間ほどで、夏はそれで終わり。で、またすぐに涼しくなり始めて、９月になるといよいよ雪が降る前に何かやっておかなければとか、なんとなく焦りを感じ始めたり。とにかく夏が短いのだけど、自分はこの涼しい札幌が好きだ。

ヘキスト

今日はまた昼からずっとGCaMPのタイムラプスをやっていた。GCaMPがGFPでモザイクマーカーがRFPなのだが、mutant cloneがRFP negativeになるので、やっぱり核染色があったほうがエエやんということで、昨日Hoechstで核染色してからやってみたら、かなりムラがあってあんまりちゃんと染まっていなかった。なので、今日はライブイメージング中の培養液にHoechstを入れたままイメージングしてみたら、核は結構しっかり染まっていたのだが、今度は今まで調子良くピカピカ光っていたGCaMPが動かなくなってしまった。GFP自体は光っているのに励起光を当てると動きがなくなってしまう感じ。モザイクマーカーのRFPは時間が経ってもほとんど変わらない。結局何回か試してみたけどダメだったので、やっぱりHoechstを抜いてみたらまたピカピカ動き始めた。うーむ、ヘキストの濃度が濃すぎるのかなぁ。

８月の成果

夕方、久しぶりに R にデータを見せてもらいながらディスカッションした。今月、自分はフライルームにいる時間が結構長くなってきていることもあって、R が随分精力的にサンプルを集めているのを見ていたので、何かしら新しい結果が出ているだろうということは分かっていた。案の定、前々から話していた実験の結果がいくつか出ていて、その中の一つは見た瞬間にハッとするほどクリアーなsite-specific phenotype。フェノタイプはクリアーだしめっちゃ重要なはずなのだが、なんでこうなるのか未だにちょっと意味が分からないでいる。そしてさらにもう一つ、R は別の新しい発見をしていた。まぁもう少しサンプル数を増やさないと確信はできないけど、ははぁ確かにそうかもね、と思わされた。R が fly pushing を始めたのは去年の８月だから、今でちょうど一年。なんかだいぶ fly pusher らしくなってきたやん。

１６年

ここ数日ちょっと気温が下がってきた。今日も良い天気だったけど、夕方実験の合間にキャンパスをぶらぶら歩くともう肌寒い感じ。大学院生の頃、数えてみると１６年前なのだが、あの日も北海道マラソンが行われていた日、午後に実験の合間にこのポプラ並木の横の池のほとりに佇んで考え事をしたことをふと思い出した。

New Orleans

昨晩、久しぶりにWMとスカイプ会議をした。実はWMはこの８月から、New OrleansのTulane Universityに移籍したばかりということで、新しいオフィスの窓の外の景色を見せてくれた。TulaneのMedical Schoolはフレンチクォーター近くのダウンタウンにあるそうで、すぐそばを通る高速道路と結構都会っぽい街の朝の様子が見えていた。WMはTallahasseeに大きな家も持っていたし、今後もずっとFSUにいるものと思い込んでいたけど、Tulaneから結構良いオファーをもらったんだろう。New Orleansといえば、まだフロリダにいるときに一度家族で遊びに行ったことがある。Tallahasseeから車で６時間くらいだったかな。ちょうどマルディグラという大きなお祭りのシーズンだったからかとても賑やかな街だった印象。南部の情趣あるフレンチクォーターではずっとジャズが聞こえていた。
今こちらで書いている論文は、まだWMのラボにいる数人も関わっていて、やはりそれぞれと一度データを前にして話したいということになり、１１月に自分が向こうへ赴くことになった。ラボの引っ越しは１２月ということで１１月はまだほとんどのラボメンバーがFSUにいるようなので、TulaneではなくFSUを訪問することになりそうだ。今回は、KT博士との共同研究でUCLAにも行く必要があるので、うまく日程を調整してLAとTallahasseeの二箇所を訪問することになる。そういやKT博士も今年の初めにFSUからUCLAに移籍したんだった。ということで、今後FSUを訪問する機会はほとんどなくなってしまうかもしれないなぁ。

働き方改革

事務方から以下のような通達。
「本年４月１日から、働き方改革を推進するための関係法律の整備に関する法律による改正後の労働安全衛生法が施行され、健康管理及び安全配慮義務の観点から、裁量労働制適用者を含むすべての労働者について、客観的な方法により労働時間の状況の把握が義務化されました。これまで、本学における裁量労働制適用者の勤務管理は、出勤簿に日々押印する方法のみにより行われており、始業・終業時刻等の労働時間の把握ができていないことから、本学では、出勤簿を補完するものとして、裁量労働制適用者からの自己申告書に基づき、労働時間を把握することとなりました。」

ということで、今月から勤務状況自己申告書というのに毎日の始業時間と終業時間を書いて毎月提出するという、これまたエライメンドクサイことが始まるようだ。ちなみに土日祝日と深夜２２時以降の勤務は原則認められないので、やむを得ない場合は事前に所属長に許可を申請する必要があるらしい。深夜の論文執筆や土日のバージンコレクトも許可制であると。
だいたい研究者というのは研究を労働とは思っていないから、なんだか違和感があるのだろう。一方で、ジャーナルから頼まれる論文の査読とか、学会から頼まれる原稿の執筆とか、そういうものこそどちらかというと労働に近い感覚だけど、それは労働時間とは見なされないらしい。。。まぁ、「労働者の健康管理及び安全配慮義務」のためという趣旨は理解できるんやけどね。

CCH2

このところ、せっせと仕込んでいたハエ達の実験用の掛け合わせシリーズの準備が一通り完了。こんなにたくさん自分で用意するのはいつぶりだろうか。そのうちのいくつかは、今日すでにラボテクの T さんに託した。残りのものは、受験のための長期休暇から来月帰ってくる予定の S と一緒にやる予定。ということで、いよいよCCH第二弾完結に向けて走り始めた感じ。T さんは今年の１２月いっぱいで移動することが決まったし、S は卒業研究をまとめないといけないという事情も重なるので、なんとか今年中にやり終えたいと思う。

Maipe Malbec

Chakana Maipe Malbec 2018

アルゼンチン、メンドーサのマルベック。アメリカでは南米のワインが安かったのでよく飲んでいたけど、なかでもアルゼンチンのマルベックは濃くて美味しいのが多かったよなぁ、とか思い出して手に取ったワイン。結構スパイシーで重厚感もあり、実はもう少し甘いのを期待していたけど、これはこれでなかなか。千円程度。

Jack in The Box

今日の夕方、ラボから散髪をしにいつもの床屋へ行った帰りに、今日はどこか外で晩御飯を食べるかなーと思ってぶらぶら歩いていたら、前々から少し気になっていた小さなカレー屋さんが開いていたので入ってみた。小さな店の中に入ると、なんだかよく知っているようなカレーの香りがしていて、奥から出て来た店の主人を見た途端に学生時代の１５年ほど前の記憶がよみがえった。初めて入ったはずの店なのに、このカレー屋の主人の姿をよく覚えているのだ。席について、心地良いアイリッシュミュージックが流れるカントリー風の店の中を眺めていると、大学院生の時に住んでいたアパートの近くにあって時々行っていたカレー屋のことを思い出した。しかしあの店とは場所が違うしカレーのスタイルもちょっと違うような、と思いながらも、カレーの付け合せにレモンが付いている店はあまりないような気がするし、何と言っても確かにあの店の主人はこの人だったはず。ということで、食べ終わって支払いをしている時に、この店ってもしかして昔は東区にありましたかって聞いてみたところ確かにそうで、８年ほど前に今の場所へ移動したんですとのこと。学生の頃にこの人と喋ったことがあるかどうかは覚えていないのだけど、なんだか見た目はほとんど変わっていないように見えた。カレーは昔と少し変わったような気がしたのだが、ともあれ非常に美味かった。雰囲気も昔と変わらない落ち着く感じだったし、また来よう。

cafe

この連休の三日間、午後にバージンコレクトをしてから毎日違うカフェへ行って論文の執筆をしていた。土曜日は、定山渓の崖の縁に立つオシャレなカフェ。日曜日は、長沼町の見晴らしの良い丘の上にあるカフェ。そして今日は、羊ヶ丘の横にある落ち着いたカフェ。どこも美味しいコーヒーがあって且つ落ち着いた雰囲気で執筆ができそうな場所かどうかを事前に調べてから行っているとは言え、なぜかカフェでの執筆は結構はかどるのよね。

spice curry

今晩は本を見ながら、初めて自分でインドスパイスカレーを一から作ってみた。はじめにスパイスとか玉ねぎを炒めている時は、ほんまにこんなんがカレーになるんかいなとちょっと不安に思ったりしたけど、最後に水を足して煮込んでいくと確かにカレーっぽくなってなんとも良い香りになった。で、食べてみてびっくり、めちゃめちゃ美味いやん。しかもこれ、当然スパイスの種類とか割合を変えると色々と違うものが作れる訳なので、かなり面白いのかも知れんね。