札幌１日目

今日から札幌出張。2018年から始まった共同研究による実験が、この２年ほどの間、コロナのせいでなかなかできていなかった。しかしこの共同研究のための研究費は今年が最終年度だし、そろそろコロナも収まりそうだし、ということで少し前から計画していた北大のSI博士の研究室での共同実験がようやく実現することになった。今日はとりあえず移動日。午後にラボを出て、札幌のホテルに辿り着いた頃にはもうすっかり暗くなっていた。札幌に来るのは京都に引っ越して以来だから、１年９ヶ月ぶりくらいか。まぁでも長く住んでいた街だから、久しぶりな感覚もあまりないくらい馴染みの風景。前に時々通っていた小さなジャズ喫茶で晩御飯を食べている時にようやく、あぁ懐かしいなぁと思った。

5/day

このところ、進んでやりたくはないけどやらなければいけない仕事がにわかに増えてきた。なんか年末が迫ってきた感じがあるね。一番大変なのは今年も与えられたシークレットミッション。全部で６７本もあるので１日に５本をこなすのが目標だけど、なかなか予定通りにはいかない。ということで、少しリフレッシュするために、今日の昼はカモカフェへ。

永源寺

土曜日、よく晴れていたので紅葉でも見に行こうかと思い立って滋賀の永源寺へ。境内の紅葉は評判通り素晴らしかった。この日はかなり人出が多かったのだけど、夕方の参道は何とも幽玄な雰囲気があって良かった。そして、帰り際に出店で食べた永源寺こんにゃくのみそ田楽がめっちゃ旨かったので、同じこんにゃくを一つ買って帰ってきた。

w1118

フライラボには必ずいる白眼の変異体 w[1118]。このmutant alleleの番号1118って何の数字だろうってなんとなくずっと疑問に思っていたけど、どうやら１１月１８日に発見された変異体だからということなんだそうな。今朝、何人かがこれについてツイートしているのを見て初めて知った。ということで、「Let’s celebrate w1118 day!」なんだってさ。

包埋

昨日は一日、岡崎の生理学研究所へ日帰り出張。名古屋の近くだし、まぁそんなに遠くもないよな、と思っていたけど、意外と名古屋からかかるし名古屋駅の辺りはすごい人だしでちょっと疲れた。生理研に到着後、サンプルの調整を進めてくれていた技官のお二人と色々相談した結果、やはり包埋作業は自分が行うことに。というのも、まずwing discのサイズがお二人が想像していたものより遥かに小さかったようで、かなり驚かれた。もちろん自分はこの小ささには慣れているし、以前にもwing discを電顕用に樹脂包埋したことがあるので、それほど難しくはないだろうと思っていたのだが、今回使うSBF-SEM用の包埋剤が真っ黒なペースト状のものであることを知って、自分もちょっとたじろいだ。ブロック染色を終えて真っ黒になった 0.5mm にも満たないような組織を、これまた真っ黒なクリームのような包埋剤に馴染ませてその中での組織の向きを調整するなんてちょっと不可能に思えたのだ。そんな訳で、今回は包埋剤の中でこねて馴染ませることは諦めて、とりあえず向きを確認しながら包埋剤に沈めるという作業を行なった。これならそこまで大変な作業ではなかったのだけど、そもそもここまでの染色の過程でwing discが体から外れてしまったものが多かったようで、今回準備した１０個体からきれいに取れたのは２つだけだった。まぁwild typeだから、もしもう一度やる必要が出てきたら次はもっとたくさん用意しましょう、ということになったので、またそのうちもう一度行くことになるかも知れない。

帰りがけに岡崎城を一目見て帰ろうと思って少し歩いたら、城のある公園に着いた頃にちょうど日が沈んで綺麗な夕景を見ることができた。

Scape

昨日の昼、久しぶりにカモカフェに行ったら、カフェの１階部分に新しいお店がオープンしていた。ガラスと植物のアートのような、珍しいけどなんだか落ち着いた感じのオシャレなものを売っているお店。カモカフェにいく楽しみがまたもう一つ増えるかも。

SBF-SEM

きっかけは忘れたのだけど、少し前に先端バイオイメージング支援で電子顕微鏡解析を一緒にやってもらえないかと思って、オンラインでプレコンサルティングをしてもらった結果、意外とあっさり支援してもらえることになった。Drosophila wing discで、うちらがinvasion hotspotと呼んでいる場所の組織構造が他の場所とどのように異なっているのかを見るために、Serial Block-Face Scanning Electron Microscopy（SBF-SEM）で細胞の構造を徹底解析するという内容。自分がまだ遺伝研にいた時にも全く同じことをしようと思ってサンプルの準備をしたのだが、その時は組織の形態保持がうまくいかず、北大への異動もあって長らく置いたままにしていた。でもやっぱりこの他とは構造が違っている場所がinvasion hotspotかも知れないということになってきて、やっぱりココの細胞の形態を詳しく見る必要が出てきたという訳。そんなことで明日、久しぶりに岡崎の生理学研究所へ行って、向こうのスタッフと一緒に樹脂包埋の作業をすることになった。こちらで日曜日の朝に解剖して電顕用の固定液に入れた状態でクール宅急便で送付したサンプルは、生理研の方でブロック染色〜樹脂浸透のプロセスを進めてくれている予定。

山猿

永山酒造 純米酒 山猿 ひやおろし

山口県、永山酒造のひやおろし。開栓直後はちょっと固いイメージを持ったけど、日を追うにつれてだんだんとまろやかさが出てきて、無くなる頃にはコクのある旨味が大好きになっていた。

Cycling 2

今日の午後もサイクリング。今日は富士山が綺麗に見えていて気持ちが良かった。明日は久しぶりに研究所を訪問する予定。

八王子神社

今週末は三島へ一時帰国。今日の午後は久しぶりに研究所の向こうまでサイクリング。こちらの方まで来るといつも立ち寄る田舎の神社でどんぐりを拾ったり、この辺りの変わらない風景はほっとする。

二尊院

文化の日。午後に少しラボでハエの様子を見てから、奥嵯峨をぶらぶらと散歩。初めて二尊院を参拝した。落ち着いた雰囲気の良いお寺。境内の上の方からは京都の街を一望できる。木々は結構色づき始めているけど、もみじの紅葉はまだこれからという感じ。

77700

あれよあれよと言う間に１１月。そして今日はついにscRNA-seqの本番。という訳で、朝フライルームに集まったのだが、どうも幼虫達の発生がいつもより少し早くてほとんどが既に蛹化し始めていた。慌ててみんなで取れそうなサンプル数を確認したところ、モザイククローン用に３０本用意したバイアルから取れたのは７０匹と少し。予定していた１５０匹の約半分になるけど、前回のシミュレーション結果に基づけば十分な細胞数が取れるはずと見込んで１０時半頃から５人で解剖をスタートした。なるべくロスのないようにということで解剖後も緊張の作業が続いたのだが、ほぼ予定通りの１５時頃にソーティングが終了。コントロールは５０万細胞、実験サンプルのGFP陽性モザイククローンは７万７千７百細胞回収できた。一つ問題が生じたのはChromiumでのシングルセル分画化のステップで、コントロールの細胞は綺麗にエマルジョン化されたのに、なぜかモザイククローンの方がうまくいかない。東大から来てくれたシーケンスチームの方によると、恐らくマイクロ流路のどこかで詰まっているのではないかということ。２回やってダメだったので、３度目はもう一度フィルターを通してからアプライしたらようやくエマルジョン化されたのだが、ここで１時間以上ロスしてしまい、この時点で時計は既に１７時をまわっていた。その後、RTをかけて１８時過ぎに今日の作業が終了。今頃サンプルは東大の方とともに新幹線で東京に向かっているはず。細胞の生存率を上げるためになるべく短時間でということを目指していたので、Chromiumのステップで予想外のトラブルがあったのは痛いところだが、ここは自分達ではシミュレーション出来なかった部分なので仕方がない。必要量の生細胞がちゃんとプロセスされていることを祈るのみ。