確信

今日でもう七月も終わりですか。なんか早いねぇ。それにしてもなんやら風邪がだらだらと長引いていてなかなか咳が治まらない。どないしたもんか。まぁそんなんでちょっとしんどいんやけども、今日ようやく新しいアイデアに関する後半の説明を書いて新しいフィギアとともにWMに送った。まぁ彼が言いそうなことはだいたい予想できるんやけども、この数日間の考察を通して、いま見ているものが正しいと自分の中では確信し始めている。このプロジェクトはここに至るまでほんまに長い時間がかかってしまったけど、今まで見てきたものは全て無駄ではなかったなと思える。

一度おおまかにとはいえ原稿を一通り書いてから、よりソリッドな新しいプロットを思い付いてやり直すというこの感じは前回の論文執筆時とかなり似ている。これから原稿の書き直しを始めるけど、あともう少し必要な実験があるなぁ。気合い入れ直していかなあかんわ。

期限延長

ここ最近、たくさん撮ったTEMの画像と今までにためこんだコンフォーカルの画像を見比べているうちに、これまで見えていなかったものが見えてきた。今までこの何年間か、膨大なコンフォーカル解析をしてきたけど結局どうなってんのか分からなかった構造がついに理解できてきた。しかも、たぶんこの構造にこそ本当の答えがあるという感覚。やっぱり電子顕微鏡はスゴイ。

ということで、昨日これについてS先生とデスカッションして頭の中をもう一度整理してからWMにメールを書いた。これは結構大きな考え方の転換になるので、かなり長いお手紙。昨晩はまず前半のみ。今日後半の説明を書こうと思っていたら、今朝は久しぶりにジョンピーからメールがきた。どうやら投稿中の論文がうまく行きそうなのだけども、レビュワーの一人が compensatory proliferation に関していろいろと言ってきているようで、アドバイスが欲しいとのこと。今日は、まだ出していなかった分子生物学会の要旨も書いて投稿しないといかんな、と思っていたのだがどうやら演題投稿の受付期限が月曜までのびたようなので、今晩はちょっと落ち着いてジョンピーの論文原稿を読んでみる。

夏休みの週末

ということで、先週末は子供達と一緒に日本の夏休みを満喫。土曜日には、ちょうどこの週末に隣町の沼津で行われていた夏祭りへ。夕方の花火大会では友人から桟敷席のチケットを頂いて、河原の打ち上げ場所真ん前の特等席で迫力満点の日本の花火芸術を満喫させてもらった。祭りの後の最後の夜には、この三日間なかなか現れなかったカブトムシにもついに近所の森で会うことが出来たし、アメリカとドイツで生まれ育った子供達も日本の夏休みの雰囲気をしっかり味わったんじゃないだろうか。自分にとっては懐かしい日本の夏の情景。やっぱり夏休みはイイねぇ。

涼

源兵衛川。三島の街なかにある涼。

夏休み開始

一時帰国しているドイツの姉家族が三島に遊びにきてくれたので、この三日間は完全オフにしてリフレッシュ。娘の小学校も今日から夏休み。今週の梅雨明けから一気に夏本番という感じの猛暑やけども、今日一日中遊んできた富士山麓の「富士山こどもの国」は標高が高いところだったから少しは涼しかったのかな。写真はニジマス釣り体験で子供達が釣ったニジマス達。

Sorcerous cells

TEMで見る細胞の画像は、白黒の混沌とした感じが大好きだった「Sorcery!」のJohn Blancheによる挿絵を彷彿とさせる。グロテスクなようでどこかコミカルでそして美しい。TEMで細胞を見ながらマンパン砦のことを思い出すのは自分だけではないのではないだろうか。

Tumorigenic Disc

iMac導入

ついにオフィスに iMac 導入。

それにしてもなんか先週辺りから風邪気味で、この週末にかけてえらいしんどい。なぜか夜になると咳が治まってくるので、この三連休は夜にオフィスに来て少しずつ仕事。だいぶ考えがまとまってきたので今からフロリダのWMにメールを書く。

JEM-1010

今日は午後から一日中、透過型電顕の JEM-1010 に向かっていた。たくさん写真を撮ったし今日一日で操作法はだいぶ慣れたのだが、やっぱりTEMで見る組織像というのはなかなか難しい。超薄切片の断面なので、組織内の細胞達はイメージしているようなきれいな断面を常に見せてくれる訳ではない。follicleみたいに結構大きくて整然と並んだcolumnarは比較的断面が分かり易いけど、pseudostratifiedのディスクは細胞膜が入り乱れてえらいことになってたりする。まぁそれでもだいぶ、オルガネラ達が実際TEMでどういう風に見えるのか分かってきた。形態学って実践で目を鍛えるしかないんよね。
さ、帰って寝よ。

extrusion

ちょっと待てよ、extrusionエクストルージョンって言うけど、これってどうなん？と以下の論文を読みながら考えていた。

Tumour cell invasion: an emerging role for basal epithelial cell extrusion.  Nature Reviews Cancer 14, 495–501.

この論文では、普段（mammalの上皮組織では）apical側にextrudeされて除去されるtransformed cellが、basal extrusionによってunderlying stromaに侵入して匿われることによってmetastasisが起こるのであろう、としてそのメカニズムに関して自分達のいくつかの報告を基にした仮説をなんやかんやと話している。自分が見ている細胞達も上皮層からニュルッと出てしまうのだけども、コイツらのビヘイビヤーはmetastasisとはまた違う局面のお話。

さて、「basal extrusion」とかいう表現をした場合、「extrude」っていうのはそもそも他動詞なので、基本的にはneighboring wild-type cellsによって起こされる（押し出される）受動的な現象という意味合いが強くなる。そうやって考えると、もしかしたら今自分が見ている細胞達のビヘイビヤーを「extrusion」と表現するのはちょっと正しくない気がしてきた。

例えば、YN博士のNature論文では、spindle misorientationによって細胞が基底膜側へ抜ける現象を「delamination」と表現している。ここで上皮層から脱落していく細胞達は、nub-Gal4によってwing pouch上の細胞みんながscribなんかをノックダウンされている、つまりhomogeneousな状況にあり、細胞分裂時にspindle misorientationによってjunctional architectureに異常が発生したヤツがbasal側へ落ちていくという風に説明されている。つまり、この現象は隣接細胞によってnon-cell autonomousに引き起こされるcell competitionとは異なる、どちらかというとcell autonomousな現象と考えられる。まぁもちろん周囲の細胞達がこのdelaminationをなんらかの形で促している可能性もあるだろうとは思うけど。

ということで、コレと同様なものを見ているのだとしたらやっぱり「delamination」と言うべきなんかな。

The Final

今朝は４時に起きて、眠い目をこすりながらも決勝戦の中継を見届けた。やっぱりドイツ強かったなぁ。ワールドカップのサッカーを見ていると、やっぱりどの国もなんとなくその民族的な特徴が戦い方ににじみ出とるよなぁ、って今回思った。まぁステレオタイプと言えばそうなんやけども、例えばドイツ人の友人を思い浮かべてみると、確かに普段から何事にも決定力あるよなぁとか思ったり。あぁ、それにしてもワールドカップの熱狂の一ヶ月が終わっちゃったねぇ。ワールドカップが終わるといつもなんていうのか、寂しさが残りますなぁ。そしてまた４年後、今度はどこで見てんのかなぁっていつも思う。ちなみに前回はフロリダで、前々回はニューハンプシャーで、その前は札幌だった。

さぁ、ということでワールドカップの余韻は続くけど、これでいよいよ論文執筆に集中できますなぁ。今日も一日コンフォーカルして、これでだいぶいろんな画像がとれた。イイ感じで “extrude” されてるヤツら写ってるかな。そういや最近まわりでセミの声が聞こえ始めた。この住宅地はちょっと山手だからか、ニイニイゼミとともにヒグラシの声も聞こえてくる。そろそろ梅雨も明けるのかなぁ。

カブトムシの木

近所の雑木林でカブトムシが集まる木を見つけてしまった。昼間に目星を付けておいたクヌギの幹に開いた穴を夜中に見に行ってみると、やはりその樹液滴る穴の中にカブトムシが一匹いた。しかし、そのクヌギのすぐ近くにある木（たぶん樫）がなんやら賑やかなのに気付いてそちらを懐中電灯で照らしてみたら、大きいカミキリムシとかゲジゲジとかが走っているその幹に黒々とした大きなカブトムシが数匹いた。夜中の林で一人、思わず声をあげてしまった。カブトムシってやっぱりでかくて立派やなぁ。

ということで、昨晩子供達を連れてもう一度行ってみたら、やっぱりその樫の木にこれまた４匹ほどのカブトムシがいた。こんな住宅地のすぐ近くやのに、ようさんおるもんやねぇ。

梅雨

久しぶりにきれいに姿を現した富士山。

日本の梅雨ってこんなに雨が降るもんだったっけな。早く梅雨が明けてほしいなと思うね。

プラン２

昨日今日と朝から晩まで一日中 FV1200 を使ってみて、ルーチン的なZ-stack解析にはだいぶ慣れてきた。確かに感度は良いけど、スキャン速度は今まで使っていた“510”とそれほど変わらんのかな。結構解像度の高いディスクのZを上から下までホールで撮ろうとすると、やっぱり３０分以上はかかる。Z-stackを撮る際のbrightness compensationのやり方は、ちょうど来所していたオリンパスの担当の人に聞いてみても分からなかったのだが、結局自分であれこれといじっているうちに細かい設定法も分かってきた。まぁそんなことで、気になっている論文を読みながらスキャンを待つ一日。

実は今執筆中の T Hotspot 第一弾は、お話の落としどころが二つある。今までの観察から、まぁどちらも正しいのだろうとは思っているけど、この第一弾の論文で二つ同時に説明するのはちょっと難しいしお話が冗長になってしまうのでどちらかですっきり説明したいところ。で、この二日間コンフォーカルでいくつかのディスクを見ていて、もしかしたらこれはプラン２の方がより正しいんとちゃうのんという気がしてきた。いや、実はもうプラン１で論文原稿を途中まで書いてあるのだけども、GFPを発している細胞達はプラン２で行くことを強く勧めている。もしそうならあといくつか実験が必要になるかなぁ。。。さぁどないしましょかね。

FV1200

今朝は準決勝のブラジル vs ドイツ戦を見るために早起きしたのだが、前半途中からみるみるうちに崩壊していくブラジルに容赦ない攻撃を加えるドイツという衝撃的な惨劇を目にして朝から唖然とさせられた。

で、今日は昼からコンフォーカル。共通機器としていくつかあるもののうち、手始めに一番空いている Olympus FV1200 を使ってみた。操作法は結構シンプルで使いやすいので、やり始めると案外すぐに慣れてきた。感度はなかなかイイ。今日は使わなかったけど、弱いシグナルを観察するための超高感度ディテクタとかいうものも付いているらしい。ただ、ここのFV1200には633のレーザーを載せていないので４色でのスキャンができないようだ。普段から結構633も使っているので、固定サンプルでメインに使うのは他のヤツを考えた方が良いのかも知れない。まぁとりあえず明日もう一日かけてもう少し色々と試してみる。

夜の研究棟

日本はアメリカと違って節電の意識が高いから、夜の研究所内は結構暗い。

七夕 2014

Vigneti Galassi Sangiovese Rubicone

Vigneti Galassi Sangiovese Rubicone 2011

イタリアのサンジョベーゼ IGT。爽やかなベリー。すっきりしていてどんな料理にでも合いそうな感じ。とても飲みやすいのだけど、ちょっとあっさりしすぎていて自分には物足りないかな。1200円ほど。

Jさん家族来訪

土曜日、日本滞在中のJさん家族が三島に遊びにきてくれた。上の娘と下の息子のどちらも歳が近いので、タラハシーにいるときは兄弟ともにいつも仲良く遊んでいた。この日はいつものように源兵衛川を散策して鰻を食べた後、うちに来てもらって近所の田んぼでオタマジャクシを捕ったりしてのんびりと過ごした。Jさん曰く、せせらぎの街三島には癒し効果があるらしい。きっといい思い出として子供達の記憶に残ると思うけど、次また会える機会がいつなのかは分からない。

Retreat 2014

リトリートはやっぱりなかなか楽しかった。TY博士とKA博士によるplenary talkはさすがにどちらも面白かったし、なによりこのリトリートを通して色んな人と初めて話すことが出来てよかった。この研究所、やっぱりオモシロイ人が多い。それにしても、飲んでいるとどんどんどんどん知り合いが増えていくのは日本のエエとこやなぁと思う。

帰りのバスで、隣のM先生が誰かと話している会話の内容をビールを飲みながらぼーっと聞いていたら、なんかえらい面白くなってきたのでついついその会話に割り込んで、ソレちょっとハエでやってみよかなっていう話になった。簡単なパイロット実験ならすぐできそうだからまじでやってみるかなぁ。

布ポスター

明日と明後日は御殿場高原で遺伝研リトリート。リトリートではポスター発表をすることになっているので、昨日今日と久しぶりのポスター作り。今まで T Hotspot のポスターを作ったことがなかったので意外と時間がかかった。あんまりこんなことに時間を費やしたくないんだけども、まぁ仕方ない。で、今日ポスターを印刷したのだけど、最近学会で時々見ることがあってコレエエやんと思っていた布製のロール紙があったのでそれに印刷してみた。今までの紙製のポスターって学会に行くとき丸めて長い筒に入れて持って行くのが煩わしかったのだけども、布製だと折り畳んでカバンに入れていけまっせと。まぁ布と言っても普通の布よりは堅いのでしっかり折り曲げるとちょっと折り目がついてしまうんだけども、まぁそれほど気にはならない感じだと思う。写真もなかなか綺麗に印刷されている。

そういやアメリカにいたとき泊まりがけのリトリートってなかったので、久しぶりにこういうのもなんだかちょっと楽しみやなぁ。