Trimming

今日からSBF-SEM sample preparation再開。先週エポン包埋したディスクを専用の小ちゃい小ちゃいリベットにマウントするために、なんやかんやと工夫しながら一日中ちまちまとトリミング。硬いエポンを 1mm 角以下にトリミングするって結構大変やん。wing discは縦が大体 0.5mm くらいなので、サンプルぎりぎりまでトリミングしていく感じ。なんか涼しげな夏の和菓子みたいに見えるけど、これ 1mm 以下なのよ。

Dr. SKY

Dr. SKYが日本に帰還されたようだ。Congratulations and welcome back to Japan! 

が、しかし、それに伴いブログの執筆を終了するらしい。ちょっと、それはさみしいですなぁ。いつしかお互いのブログを読むようになってからもう何年経つのかよく分からないけど、貴重な情報をもらうこともよくあったし、意外と元気付けられることも多かった気がするから。

昨日の、たぶん最後になる投稿で「今日、USを出発して関空に降り立った瞬間に、何かやたらとセンチメンタルな気分になった。というか、正確にいうと、この決断でよかったのか、とふと強烈に疑問に思った。」「結局、この決断がよかったのかどうか今はよくわからない。数年たったら、わかるのだろう。」というのを読んだ時、一年ほど前に自分も全く同じ気持ちになったのを思い出した。自分の場合は、アメリカを出る前、帰国が迫ってきているときにより強くそう感じたかな。まぁ８年とか９年とか暮らして今や自分のホームのようになった国を離れるんだからそうなるのは仕方がない。たぶんたくさんの友人との別れもその想いをエンハンスするんだと思う。自分も決断して日本に来たつもりだったけど、いまだにどっちがいいのかよく分からないでいる。

まぁでも、今後はまた日本でインタラクトする機会を増やしていけることを楽しみにしてまっせ。

柿田川

で、今日は友達の家族と一緒に柿田川のほとりでBBQ。ここのすぐ上流にある柿田川公園で湧き出ている水が川になっているのだけど、湧水量がすごいからか結構流れが早い。こんな街中に随分きれいな場所があったもんだ。湧水だから川の透明度が高いし、周りの森の様子がなんとなくWakulla Springsを思い出させる。今ちょっと調べてみたら、この柿田川って長良川、四万十川とともに日本三大清流の一つであり、しかも日本で最も短い一級河川なんだそうな。

Stunning Sunset

今日は一日家にいたけど、夕方に素晴らしい夕焼けを見た。それにしてもまだ時差ぼけが抜けきっていないな。夜、ハエの世話をしにラボに出てきたけどなんだか眠たい。

SBF-SEM試料作製

水曜日から始めたSBF-SEMのサンプル作製。今日でようやくエポン包埋までたどり着いた。ウランと鉛による二回のブロック染色を経たディスク達は黒炭のように真っ黒になっている。

ちなみに、SBF-SEMというのは「Serial Block-Face Scanning Electron Microscopy」の略で、日本語では、連続ブロック表面走査型電子顕微鏡とかいうのかな。TEM連続切片法に代わる細胞構造の三次元再構築法であるSEM連続断面観察法の一つ。SEMのチャンパー内に高精度なミクロトームを導入し、樹脂包埋された試料をダイヤモンドナイフで連続的に薄く削りながら、そのブロック表面に現れる構造をSEMにより記録して試料の三次元構造を再構築する方法。以下の動画が分かり易い。

ポリプロイディ

なぜかこのところ立て続けにpolyploidyに関するレビューがpublishされた。しかもどれもflyguy達によるものばかり。

Polyploidy.  Current Biology 25: R353–R358.

When bigger is better: the role of polyploidy in organogenesis.  Trends in Genetics 31: 307–315.

The expanding implications of polyploidy.  JCB 209: 485–491.

個人的に一番面白かったのは、Dr. TOWの「When bigger is better」かな。例えば、polyploidyのadvantageとdisadvantageについての以下の記述。

At the cellular level, several advantages have been proposed for large polyploid cells over a comparable mass of diploid cells: (i) large cells can act as a tissue envelope; (ii) the absence of mitosis and cell division has been argued to permit polyploid cells to be more metabolically active; (iii) in contrast to the many diploid cells filling a comparable area through proliferation, each polyploid cell is essentially a homogenous clone.  Thus, diploid cells can be plastic, because they can acquire different characteristics as they divide, whereas the polyploid cell can have a more stable, differentiated state; (iv) multiple genome copies within a cell provide protection against mutations and thus confer damage resistance; and (v) apoptosis is inactivated in at least some polyploid cells, possibly lengthening lifespan.

There are potential disadvantages to implementing polyploidy as a growth strategy.  The clearest one is that, as the volume of a spherical nucleus increases, the surface area does not keep up.  Thus processes such as nuclear export likely to depend on surface area of the nuclear envelope may become compromised.  This may account for why many polyploid nuclei are flat or contain indentations throughout the nuclear envelope that increase surface area.  An additional disadvantage appears in polyploid cells capable of resuming cell proliferation, such as mammalian hepatocytes and Drosophila rectal papillar cells.  In these cases the presence of multiple chromosome copies, multiple centrosomes, and the absence of apoptosis cause frequent aneuploidy if polyploidization is followed by mitotic divisions.  It has been hypothesized that in these cells polyploidy preceding mitosis may provide a mechanism for genetic variation in the final daughter cells.

そういやバルセロナで、EGFR+microRNA のoverexpression cloneがendocycleに入って巨大化して周りの細胞を食べ始めるとかいう恐ろしい話をしてた人がいたな。あれはなんなんやろうか。。。

Messor Robert

Messor Robert Priorat

バルセロナ最後の夜にジョンと二人で空けたワイン。せっかくだから地元カタルーニャのもので、頼んだ何皿かのタパスに合う赤を、と店員に聞いたら勧めてくれたもの。香りが良くバランスが取れていて、確かに料理を楽しむことができた。€16 だったかな。

Kharé

昨晩、無事三島に帰還。

昨日は夜のフライトだったので、夕方まで一人で旧市街地のゴシック地区をぶらぶらしていた。この地区は古い建物が密集していて、建物と建物の隙間に通る暗くて狭い路地が本当に迷路のように奥深く続いている。その石造りの路地には小さなブティックのような店がそこかしこにあり、ショウウインドウの向こう側を覗くとアーティストが一生懸命何かを作っている。そんな店にふらっと立ち寄ったりしながらあてもなくさまよっていると、路地を抜けたところに突然視界が開けて荘厳な教会が現れたりするのだ。そんななかなか飽きない街なので、ついつい歩きすぎて足が痛くなってしまったのだが、一応目的のピカソ美術館にも立ち寄ってきた。

今回はずいぶんこのゴシック地区を歩き回った。薄暗くて埃っぽくて時々下水のような匂いも漂ってくる街なんだけど、そういう頽廃的な感じと建物の古めかしい装飾の美しさとそこに住む人々の生活感みたいなものが奇妙に溶け合っていて興味が尽きない。前も思ったけど、昔から自分の中にある城塞都市カーレのイメージに重なる。次ここに来るのはいつになるだろうかなと思いながら、バスに乗って街を離れた。

CDG

今パリのCDG。ヨーロッパの空港はWiFiをフリーで提供しているところが多いのかな。BCNも３０分フリーだった。今日も夕方までバルセロナの旧市街地をふらついていたから、ちょっと疲れた状態からのロングフライト。少しは眠れるかな。

BCN最終日

で、昨晩は学会終了後、これまた I ラボの面々と旧市街地をぶらぶらと観光。夜にもう一度ランブラス通りで待ち合わせたのだけど、皆さんお疲れだったのか結局待ち合わせ場所に現れたのは自分とジョン君だけだった。ということで、これまたさらに旧市街地をぶらぶら歩いてレストランを探す。もうバルセロナに来てから毎晩スペイン料理を満喫していたので、二人ともさすがにちょっと飽きてきていたのだけど、やっぱり小さな路地裏に見つけた良さげなバルに吸い込まれてしまった。で、カタルーニャのワインを一本頼んでタパスを堪能しながら色んなことを話した。nationalityがcontaminatedしてしまった者同士だとやっぱり話が合うのかな。将来ユーのラボでポスドクをやりたいと言ってくれたのはうれしかった。

そんな感じでバルセロナの旅もいよいよ終わりに近づいてきた。今日、飛行機に乗って日本へ帰る。

三日間

あっという間に三日間の学会が終わった。

一日目、６年前と同じ Institut d'Estudis Catalans の古い建物に入ると回廊にはすでにたくさんの人がいた。その中へ入っていくと何人か、もう学会ではおなじみの面々が見えた。向こうもこちらに気付いて手を振ってくれる。この古い建物は何も変わってないけど、まだ誰も知らなかった６年前からの時の流れを感じた。その後は毎日朝から晩まで、この分野の第一線で活躍している世界中のラボから次から次へと発表されていく最新の研究結果を楽しんだ。コーヒーブレイクとランチタイムにもたくさんの人と研究のことだけじゃなくて、色んなことを話すことができて良かった。THSについても何人かとデスカッションしてもらったけど、そのほとんどの人から今書いている論文に対する期待を感じた。そんな感じで一日中なかなか集中を途切らせることができない毎日だったので、結構疲れたのだけどやっぱり最高に楽しい三日間だった。ここには確かにひりひりするような競争もあるけど、今回いつの間にかこのコミュニティに心地良いような帰属感を持つようになった自分に気が付いた。そういや最後のClosing remarksでオーガナイザーから、今後も二年に一度はこの集まりをやりましょうという話があったけど、本当に実現できればいいなと思う。

開幕

「Drosophila as a model in cancer」、今朝ついに開幕。

BCN到着

アムステルダム経由で無事バルセロナに到着。２２時間くらいの旅。さすがに疲れた。

アムステルダムからの乗り継ぎ便で I ラボの二人と偶然出くわしたので、空港からは三人で一緒にバスに乗って市内まで出てきた。ホテルにチェックインした後、カタルーニャ広場で待ち合わせて遅めの晩御飯へ。適当に入った良さげなレストランで何皿かタパスを頼んだけど、さすがバルセロナ、どれもなかなか美味しかった。それにしてもこの辺りはものすごい人出。夜１２時ぐらいなのにまだまだ人がぞろぞろ歩いている。なんかお祭りでもやってるんかな。さぁ、でも今日は疲れたのでゆっくり寝よう。

うすうす

今週もまたなんやかんやと悩ましいことがあったりしたけど、考えていた申請書も２本提出したし、なんだかようやく全てのことを前向きに考えられるようになってきた。というか、ずいぶん長いこと考えた末に、まぁなるようにしかならんわなという開き直りまで来たんだと思う。結局は今やれることを一生懸命やるしかないんよね。ほいでそのあとに何が起こるのかを楽しみにしましょう。

ということで、いよいよ明日からバルセロナへ。昨日、印刷室に置いてあった新しいロールを使って布ポスターをプリントアウトしてみたら、今までのものよりも生地がずいぶん薄くてビックリ。透けてうっすらと向こうが見えるくらい。まぁ小さく折り畳めそうだからエエかもね。学会前の日曜日に I ラボとのインフォーマルなミーティングに誘ってもらっているので、今日はあと少しその準備。プログラムには面白そうなトークが目白押しだし、６年前にこの分野でのデビューをしたあの場で、またもう一度フレッシュな気分になってこようと思う。

Tricellular Junction

Ultrastructural analyses of arthropod epithelia revealed that cell membranes appear connected by ladder-like “bridges” or septa, hence called septate junctions, which localize basal to the zonula adherens (Figure 1A).  The strands of the SJs exhibit different characteristic features both near and at TCJs.  SJ strands between two cells change their course and align parallel to the junction between the three cells (Figure 1B).  The most central strands (limiting strands; Figures 1B and 1C, green) are joined by a series of regularly spaced bridges, which were inferred to be composed of an extracellular “diaphragm” (Figures 1B and 1C, orange) associated with the three linked cell corner membranes.  The extracellular space between the three apposed cell corners is very small, as the limiting strands are separated by 25–40 nm.  – Dev. Cell 33: 501–503.

梅雨入り

ついに今日から梅雨入りしたらしい。というニュースを晩御飯を食べながら見ていたら、本当に雨が降ってきた。

今晩は、明日が所内締切日になっている申請書を書いている。今までに何度か同様のものを書いているのでそれほど大変ではないんだけども、あとさらにどれくらい改善できるかなぁという感じ。募集要項に「かならず Windows パソコンを使用するようお願いします。」って書いてあるけど、Windows パソコンを持っていない人はどうすればエエんかな。

窓の外の雨音が結構激しくなってきた。今週はほとんど雨らしい。。。

無事到着

Bloomingtonに再発注かけていたハエ達が本日到着。今回はFedExにしてもらったから早かった。箱を開けてみたらハエ達が元気そうに動き回っているのが確認できたのでほっと一安心。次からはもう毎回FedExにしてもらうかな。さぁでもこれで色々とやれることが出てきた。スペインから帰って来たら始められるように準備しとかんなあかんね。

T family 来三

週末、土曜日にフロリダから来日中のKT博士が御家族とともに三島を訪問してくれた。こないだの三月にフロリダを訪問した際にも家族で会っているので三ヶ月ぶり。KT博士はちょうど一年ほど前にもここを訪問してくれたのだけど、御家族は三島に来るのが初めてということだったので、久しぶりにみんなで源兵衛川を散策。最近少し涼しいのでちょっと水が冷たかったけど、やっぱり子供達は大喜びで川に入っていた。その後はウチでウェルカムスシパーティ。

で、一応仕事の話も。フロリダに行った時にいくつか画像を渡してきたのだけども、大学院生の C が色々な解析法を試してくれているとの報告。少しずつ具体的な課題が見えてきた。

Grindelwald

今日はジャーナルクラブで発表の番。ということで、昨晩ちょっと遅くまで準備して紹介してきたのは以下の論文。

The Drosophila TNF receptor Grindelwald couples loss of cell polarity and neoplastic growth.  Nature, doi:10.1038/nature14298.

Disruption of epithelial polarity is a key event in the acquisition of neoplastic growth.  JNK signalling is known to play an important part in driving the malignant progression of many epithelial tumours, although the link between loss of polarity and JNK signalling remains elusive.  In a Drosophila genome-wide genetic screen designed to identify molecules implicated in neoplastic growth, we identified grindelwald (grnd), a gene encoding a transmembrane protein with homology to members of the tumour necrosis factor receptor (TNFR) superfamily.  Here we show that Grnd mediates the pro-apoptotic functions of Eiger (Egr), the unique Drosophila TNF, and that overexpression of an active form of Grnd lacking the extracellular domain is sufficient to activate JNK signalling in vivo.  Grnd also promotes the invasiveness of RasV12/scrib-/- tumours through Egr-dependent Matrix metalloprotease-1 (Mmp1) expression.  Grnd localizes to the subapical membrane domain with the cell polarity determinant Crumbs (Crb) and couples Crb-induced loss of polarity with JNK activation and neoplastic growth through physical interaction with Veli (also known as Lin-7).  Therefore, Grnd represents the first example of a TNFR that integrates signals from both Egr and apical polarity determinants to induce JNK-dependent cell death or tumour growth.

３年ほど前に、developmental timingを制御する「Dilp8」を報告したニースのDr. PL labからの論文。その３年前の論文で行われたRNAi screeningでは、imaginal discにneoplastic tumorが誘導される rn>avl-RNAi をtester lineとして、10100 RNAi lines中の121 linesでpupariation delayがレスキューされたとしている。このとき、slower disc growthが誘導される rn>rpl7-RNAi をtester lineとして行われたsecond screeningでかかってきたのが Dilp8。で、今回の論文ではそのfirst screeningでかかってきた121 linesの中で、avl knockdownによるneoplastic overgrowthがレスキューされていた8 linesに注目。そのうちの５つはJNK pathwayのcore components。で、残りのうち一つが今回Drosophila TNF receptorとして報告された「Grindelwald (Grnd)」である。あと二つがなんなのか気になるね。

Grindelwaldとは、スイスのベルナーオーバーラントにある村の名前であり、オーバーラント三山の一つ Eiger の麓にある。もちろん、Drosophila TNFである Eiger (Egr) のレセプターとして発見されたからGrindelwaldと名付けられたわけだが、同様の理由で以前に「Wengen (Wgn)」（こちらもEigerの麓にある村の名前）と名付けられたTNFRが存在する。ところがこの論文では、Egr-induced apoptosisにおいてTNFRとして機能しているのはWgnではなくGrndであるとして、以前に報告されているデータとの矛盾を指摘している。そういう意味でちょっと話題になっていた印象もあるけど、この論文で一番大事なのは、このGrndがapical polarity determinantであるCrumbs complexとJNK pathwayをmediateしているということやね。今まで、nTSG mutantのようなapicobasal polarity defectを持つ細胞が、JNK-dependent cell death or tumor growthを示すことは何度も確かめられてきたけども、なぜそのような細胞でJNK activationが起こるのかは明確にされてこなかった。Egr-JNK signaling by endocytic activationとか、Egr expression by tumor-associated hemocytesとかいう話はあるんやけどね。今これを書いていて思い出したけど、６年前にバルセロナのSpeakers Dinnerの席でまさにこの「How is JNK activated in nTSG mutant cells?」というquestionについて、Dr. EMとDr. GHとDr. MVの四人でワインを飲みながら真剣に話したんだった。

それにしてもやっぱり未だにスッキリせん部分があるよね。この論文でも結局は"context dependent”というように、cell competitionのようなときにはJNK activationがapoptosisを誘導するけど、homogeneous environmentではJNK activationがtumor growthを促すのはなんでなんやろうか。まぁこれはJNKのdownstreamで何が選択されるのかという部分がcontext dependentになるんかな。

avl-knockdowned cellsではapical hypertrophyが起こっていて、CrbとGrndのapical localizationがexpandしている。これは以下、Hippo signalingをdisturbしてYki activation、cell proliferationと繋がるんよね。でもどうやらこちらのcascadeにGrndは関わっていないようだと。それはエエんやけど、GrndがPDZ domainを介してVeliとinteractしているとしても、なんでGrnd knockdownでtissue disorganizationのほうがレスキューされるんかな。まぁ、JNKをブロックしても同様なわけだから、これもJNK downstreamにおける何が重要なのかという話になるのか。。。

とかそんなことを考えているうちにバルセロナへの出発が一週間後に迫ってきた。あんまり考えないでこの論文を選んだけど、なんだか "Cancer Modelling in Drosophila” なモードになってきたので良かったかな。

流れ

今晩は家でニシコリ選手の準々決勝を観戦しながら仕事をしているのだが、なんだかすごい試合になってきて目が離せない。第２セットの途中に観客席でトラブルがあって、一旦中断してから試合の流れががらっと変わった。ついに最終セット。テニスってこういうのがオモシロイねぇ。

さぁでもちょっと週末に向けて、やらんなあかんことがいくつかあるんやけど。

FedExで

先週Bloomingtonから届いたハエ達は、悲しいかなやっぱり全滅だったようだ。たぶん暑さにやられたんだろうけど、それならもう一度発注をかけても同じことになる可能性があるもんなぁ、と思っていたら、先週ジャッキーに頼んだ数ラインのハエ達が今朝フロリダから元気に到着した。バイアルのなかではウジ虫達だけじゃなくてアダルトまで元気にしている。ジャッキーが発送したのは向こうの金曜の午後のはずだから、だいたい二日ぐらいで届いているのかな。さすがFedEx。

ということで今日Bloomingtonに、USPSじゃなくてFedEx使われへんの？って聞いてみたら、なんとつい最近日本向けへのシッピングにFedExを使えるようにし始めたそうだ。それはナイスやんということで、早速DOAで再発注かけてFedExで送ってもらうように頼んでおいた。ちなみに、シッピング時が very hot か very cold になることが事前に分かっているときは、頼めばタダで断熱か防寒の梱包を施してくれるサービスもあるんだそうな。そんなん知らんかった。