Automatic stage identification

Automatic stage identification of Drosophila egg chamber based on DAPI images.  Scientific Reports 6: 18850.

The Drosophila egg chamber, whose development is divided into 14 stages, is a well-established model for developmental biology. However, visual stage determination can be a tedious, subjective and time-consuming task prone to errors. Our study presents an objective, reliable and repeatable automated method for quantifying cell features and classifying egg chamber stages based on DAPI images. The proposed approach is composed of two steps: 1) a feature extraction step and 2) a statistical modeling step. The egg chamber features used are egg chamber size, oocyte size, egg chamber ratio and distribution of follicle cells. Methods for determining the on-site of the polytene stage and centripetal migration are also discussed. The statistical model uses linear and ordinal regression to explore the stage-feature relationships and classify egg chamber stages. Combined with machine learning, our method has great potential to enable discovery of hidden developmental mechanisms.

ドンちゃんがWMラボから出す最後の論文になるんかな。

Drosophila egg chamberのoogenesis stageを、DAPI imageからコンピューター上で正確に決定するautomated methodを作りましたよという論文。どれくらいの人が喜んでこれを利用するんかということは置いといて、同様のプログラムを他の組織に利用することもできるんとちゃいますかと。まぁでもあれやね、普段からDrosophila oogenesisを見てる人にとってもoogenesis stageって意外と正確に見極めるのは難しいことがあったりするので、こういうのを用いて客観的にスパッと分かるなら確認にもなるし、たくさんのイメージを処理するにはエエよね。Fig. 1にある各ステージの特徴をしっかり頭に叩き込んでいたら、普段顕微鏡を覗いている時にはそれほど迷わんと思うけど。