何か

この二週間で論文の再改訂用に作った実験サンプルは、全部で２０種類。染色は明日で全て完了予定。ということで、水曜日から三日間の午後全てコンフォーカルの予約を入れた。幾つかのサンプルは、今日すでにMさんがマウンティングをしてくれたので、どんな具合かナイコンでチェックしてみたのだが、一つの実験ではかなりクリアーなフェノタイプが出ているように見える。何種類か別のサンプルで同じようなフェノタイプが出ていたので、まず間違いなく何かが起こっているのは確か。実際に何が起こっているのか、予想通りのことが起こっているのかどうかについては、コンフォーカルのz-stackで見てみないとなんとも言えないけど。まぁこれは投稿前から結構気になっていたところで、いずれはちゃんと見ないといかんとは思っていたのだけど、こんなにはっきりと何かが起こるとは意外だった。

千本浜

今日は午後から車で３０分ほどのところにある沼津の千本松原のビーチへ行ってきた。さすがにまだ海には入れないだろうと思って浜で遊んでいたのだが、いつの間にか下の子は服のまま波の中へ。海の中に入っている人は他には誰もいなかったけど、そういえばこのフロリディアンはよちよち歩きの頃から波打ち際で走り回っていたことを思い出した。

田植え

近所の田んぼで田植えが始まった。夜になるとカエルの大合唱がすごい。そろそろ夏やねぇ。

運動会１

昨日は下の子の小学校の運動会。ちょっと曇り気味で涼しかったから炎天下よりはましだったかもしれないけど、それでも朝から一日中外にいるとけっこう疲れるもんだ。まぁ子供達は元気いっぱいだけど。来週の土曜日は上の子の運動会。

再改訂について

今朝はラボミーティング。自分のターンだったので、現在投稿中のTHS論文の内容のおさらいとセカンドリビジョンの内容について話して、自分の考え方も再確認。で、再改訂版投稿までに残された時間は早くもあと二週間半ほどになっている。ということで今週は、追加実験のために準備した幼虫達の解剖をテクのお二人がせっせと進めてくれている。来週コンフォーカルで再来週ライティングという感じになるかな。

大学院説明会

今日は昼から大学院説明会。研究室紹介のパネル展示で話を聞きに来てくれたのはたったの３人だったけど、今年は全体の参加者数自体ちょっと少なかったな。わざわざ土曜日にたくさんの教員が出てきている訳なんやから、もうちょっと参加者を集める努力をしたほうがええのんとちゃいますかね。まぁなかなか難しいのは分かるけど。
でもそんな中で、まだ２年生だという熱心な学生さんがパネル展示の後の研究室訪問に参加してくれたので、オフィスで色々と話した。最近は細胞競合のことを知っているとか、聞いたことがあるとかいう学生さんが増えてきたなという実感がある。

また健康診断

今日の朝は健康診断。特殊健康診断のほうは年に２回あるから、またかという感じだけど、今日のは一般のほうも一緒だから血液検査以外にレントゲンもあって、また１年ぶりにバリウムを飲んできた。気持ち悪いものをいっぱい飲まされて体をグルグル回されて、というあれはほんまに苦手。いまだに気持ち悪い。。。

で、明日の土曜日は研究所の大学院説明会。うちに興味のある学生さん来てくれるかなぁ。

Hh→JNK

昨日の合同ジャーナルクラブは自分の発表の番。ということで、最近Dr. TXラボからeLifeに報告された以下の論文を紹介してきた。

Localized JNK signaling regulates organ size during development.  eLife 2016;5:e11491.

A fundamental question of biology is what determines organ size. Despite demonstrations that factors within organs determine their sizes, intrinsic size control mechanisms remain elusive. Here we show that Drosophila wing size is regulated by JNK signaling during development. JNK is active in a stripe along the center of developing wings, and modulating JNK signaling within this stripe changes organ size. This JNK stripe influences proliferation in a non-canonical, Jun-independent manner by inhibiting the Hippo pathway. Localized JNK activity is established by Hedgehog signaling, where Ci elevates dTRAF1 expression. As the dTRAF1 homolog, TRAF4, is amplified in numerous cancers, these findings provide a new mechanism for how the Hedgehog pathway could contribute to tumorigenesis, and, more importantly, provides a new strategy for cancer therapies. Finally, modulation of JNK signaling centers in developing antennae and legs changes their sizes, suggesting a more generalizable role for JNK signaling in developmental organ size control.

さて、イマジナルディスクでJNK activationを観察したことがある人は、まずFig. 1で示されているendogenous pJNKのパターンを見て驚くだろう。wing pouchのA/P boundaryあたりにストライプ状のパターンとして検出されている。自分も今までよくanti-pJNKとかpuc-lacZを使って、wing discでのJNK activationを見てきたけど、こんなパターンを観察したことはない。ちなみに彼らが使っているのは以下の抗体。Promegaのは自分も使ったことがあるけど、この論文でメインで使用しているCalbiochemのやつは使ったことない。

Rabbit PhosphoDetect anti-SAPK/JNK (pThr183, pTyr185) (1:100, Calbiochem, immunogenic sequence is 100% identical to D. melanogaster bsk/JNK)

Rabbit anti-ACTIVE JNK (1:100, Promega, immunogenic sequence is 100% identical to D. melanogaster bsk/JNK)

ともあれ話の本筋は、このlocalized JNK activationが、そのdownstreamでJunではなくJubを介してYki activityを制御することによって、発生中のimaginal discのtissue size regulationに関わっているという内容。で、このpJNKのパターンがptcのexpression patternに似ていることからも想像できるように、upsteamではHh signalingがTRAF1を介してJNK activityを制御していることが示されている。これらのsignaling pathwayを説明する一連のgenetic experimentsにおけるphenotypeはクリアーなのだが、いろんな疑問が生じてくることも確か。例えば、このJNK→Jub→Ykiという所謂non-canonical JNK signalingによってsize controlが行われているのだけど、なぜここでAP-1のほうのcanonical signalingは反応しないのだろうか？とか、Hh→Ci→TRAF1によるJNK activationはなぜwing pouchに限定されるのだろうか？とか。

このCalbiochemのanti-pJNK、注文して使ってみるかな。

金曜夜の作戦会議

金曜の夜、フロリダのWMとスカイプでいろいろと作戦会議をした。まぁ、論文の改訂に関しては二人とも大体考えていることは同じだし、もう一度レビュワーに回るので慎重かつ丁寧にやらなければいけないのは当然だけども、それほど心配することはないよねという感じ。同時に投稿したDr. TSのほうの論文も2nd revisionということなので、"We are still in sinc"。back-to-backで出せれば、やはりお互いの論文に良い効果があるんじゃないかと思う。他の重要な話題は、いくつか共同研究の形になりつつあるプロジェクトについて、お互いのラボの進捗状況。７月にオーランドで開催されるTAGCの直前に、タラハシーに滞在してKT博士のとことWMのとこを訪問することになったので、その時にデータを持って行ってもっとディスカスしようぜという話。そういや最近ウチで始めたgenetic screeningの一つで当たりが出たんだけども、そのことを話していたら、WMのとこで違うアプローチでやっていたスクリーニングで出た当たりと見事に一致していたので二人で歓声を上げてしまった。まぁこれが重要な発見につながるかどうかはちょっと分からんけど、違うアプローチで当たりが一致するとエエよね。

RNA extraction 二日目

今日も昼から４人で１５０匹のオバリーダイセクション。今日のがコントロールでプロセスは昨日と同じだったのだけど、RNAは昨日より少し多めに取れた。プロトコールに若干改良の余地がある気がするけど、まぁそれなりに取れているので一ヶ月後にもう１シリーズ同じコンディションで取る予定。この実験はもっと早くに取りかかりたかったのだけど、まぁ手が増えないと出来ないということもあったし、ようやく動き始めることができたことを良しとしよう。ここから出てくる結果は重要なものになるはずだから、まずは着実に進めることが大事。

2nd revisionへ

昨晩、ついにエディターから懸案の論文に対する返事とレビュワーズコメントが送られてきた。レビュワー３人中２人はとっても気に入ってくれたみたいで、マイナーコメントのみでアクセプト。なのだが、残る一人 Reviewer #3 はまだ「Unfortunately, I am still not convinced.」なんだと。うーむ、やっぱりなかなかタフな戦いやなぁ。まぁでもお手紙を読む限り、エディターはかなりポジティブな感じがする。そもそもエディターはこの Reviewer #3 のコメントに関して何も言及していない。ようやく遠くにゴールが見えてきた感じ。
ともあれ、次の再投稿までに与えられた期限は一ヶ月。とりあえずいくつか実験をするつもりなので、明日からまたハエの準備せなあきません。

RNA extraction 一日目

今日は昼からウチのメンバー４人総掛かりでオバリー解剖大会。約１５０匹くらいのオバリーを集めて、それらからfollicle cellsを分離回収してRNA抽出した。ここに来てからこの作業をしたのは初めてだったので色々と上手くいくか不安だったのだが、意外とRNAはキレイにそれなりの量が取れていた。回収後のegg chamberを顕微鏡でチェックしてみたら、意外とまだ結構follicleが残っているegg chamberもあったけど、よく見るとぼろぼろと剥がれ落ちてる感じだった。まぁ、今回の目的には１５０くらいでいけそうかな、という感触。明日もう一度別の実験群に同じ作業をする予定。

３本

連休後半に書いていた報告書３本、全部昨日が締め切りだったので一応提出完了。どうも札幌で風邪をひいてしまったようで、いまだにちょっと体調がすぐれないのだけど、そろそろ予定していた実験に取りかからないといかん。

そういや、札幌にいる間に一度エディターからメールがあって、レビュワーからのコメントは全て返ってきたので、あとはアカデミックエディターのコメント待ちよ、って言ってたのにその後いまだに連絡が来ないのはなんでなんだろうか。まぁ今週あたり来るんだろうけど。。。

Yラボアポなし訪問

で、札幌での三日目、月曜日は飛行機が夕方だったのだけど、この日は何の予定も入っていなかったので、一人でぷらぷらと北大構内を散策。学生の頃のことを色々と思い出しながら、理学部ローンからポプラ並木の辺りを歩いてみた。ここらの景色もほとんど変わっていないように思う。
昼前になって、そういえば北大にはYF博士のラボがあるやん、ということで、その足でいきなりYラボをアポなし訪問してみた。連休の谷間にもかかわらず、ラボをのぞいてみると顔馴染みの方々がみんな忙しそうに実験をしていた。オフィスを訪ねてみるとYF博士もいて、当然のことながら驚かせてしまったけど、そういうことならばと急遽デスカッションタイム。一ヶ月前に話せなかった内容などを少し。そのあとは、KさんとEちゃん三人でお昼御飯を食べに出た。全くその場の思いつきでのアポなし訪問だったにもかかわらず、親切に対応していただいたYラボの皆様に感謝。

とまぁそんな感じで、大して予定も立てていなかったのになかなか充実した三日間を過ごしてきたのでした。

羊ヶ丘

ウオウォッチングのあとは、なぜかふらりと羊ヶ丘展望台へ。この日、円山公園あたりはすごい人出だったけど、ここは交通の便があまりよくないからか、GWにもかかわらずそれほど人は多くなかった。ここも１２年以上ぶりだと思うけど、景色はほとんど変わっていなかったな。

まぁ、ここに来たらやっぱり一応コレをしとかないとね。

Hynobius watching

で、二日目はMWGの先輩方と一緒にレンタカーで市内めぐり。まず、今回本当に残念なことに直前の入院で同窓会に参加することができなかったMW先生をお見舞いに伺ったのだが、意外とお元気そうで、一ヶ月前に飲んだ時とお変わりなく快調におしゃべりされるので、ついつい皆で長居してしまったのだけども少し安心した。

で、その後は先輩方が計画していたエゾサンショウウオ観察会。まぁ、MWGのメンバーがこの季節に札幌で集まるならウオを見に行かない手はないでしょう、というノリで、とりあえず市内で一番近場の採集スポットだった盤渓へ向かった。自分は結局MWGで実際にエゾサンショウウオを研究に使う機会はなかったのだけど、しょっちゅう採集にはついて行っていたので大体どのスポットも行ったことがある。といっても、卒業以来あの辺りへは行っていないはずなので、たぶん１２年ぶりだと思うけど、山の景色は全く変わっていなかった。熊笹の藪の向こうに見える水たまりに卵があるのかどうか、わくわくしながら藪をかき分けて進むあの感じがなんとも懐かしかった。

これがエゾサンショウウオ（Hynobius retardatus）の卵。

で、こちらはエゾアカガエル（Rana pirica）の卵。

どちらの卵塊も、やわらかいゼリーの中では尾芽胚たちが元気に育っていた。

旧教養動物同窓会

連休前半の土日月と札幌に行ってきた。メインイベントは、自分が卒業した北大の旧教養動物学教室の同窓会。場所は、学生の頃に何度か研究室の人達と行った記憶がある地下の居酒屋、塩野屋だった。なんとなく覚えのある暖簾をくぐると、そこにはもう懐かしい方々が勢揃いしていた。自分は旧教養動物の片桐先生の最後の卒業実習生ということもあり、年長の方々の中には知らない人も結構いたのだけど、なぜかスピーチをする一人に指名されていたので、自己紹介を含めて自分の教養動物での思い出をしゃべらせてもらったし、学生の頃にお世話になったたくさんの先輩方とともに大いに盛り上がった。自分が１９年前に卒業研究でやっていた孵化腺細胞の分化に関して、片桐研の大先輩、新潟のM先生とディスカスしたりして、なんだか懐かしいだけじゃなくて自分のルーツを今一度あざやかに思い出した。

旧教養動物出身のS先生とT先生がこの３月で定年退官ということがあり、それを記念に催された大同窓会だったのだが、５年後にはY先生が定年退官を迎えられるということで、その時にもう一度皆さんで集まりましょうという話も今回あった。

再び札幌

先月に続いて、再び札幌に来た。今日はけっこう良い天気だったけど、やっぱりまだかなり寒い。