Tさん送別会

昨日は、この半年間共同研究のためにうちのラボに派遣されていたTさんの送別会ということで、ラボメンバーみんなで大通りのビアガーデンへ。昨日はかなり暑かったのでビールがとてもうまかった。その後、学生たちと一緒に結局三次会まで行ったので、帰宅したのは深夜２時頃だったように記憶しているが、家に帰ると部屋の中がえらい暑くなっていた。それで、冷たいシャワーを浴びたり、窓を開けて換気扇を回したりとしてみたけど、部屋の気温は一向に下がらず、結局朝まで暑くてほとんど眠ることができなかった。いやぁ、ここまで暑くなるとやっぱりクーラーがないとヤバイかも。。。

伏見稲荷

藻岩からの帰り道に見つけた伏見稲荷神社。札幌にもあったんやね。

藻岩

今日も昨日と同じように昼にバージンコレクトをして、その後今日は藻岩山近くの高台にあるカフェへ赴き、札幌の街を眺めながら論文執筆。雑誌に載っていたオシャレなカフェだからか結構賑わっていたのだけど、カフェでの論文執筆は意外とこれくらい騒々しい方が集中できるから不思議だ。ということで、サンドイッチを食べてコーヒーを飲んでしている合間に今日もまた少し進めることができた。論文執筆のためのカフェを探すのは結構楽しいかも。写真は帰りに立ち寄った旭山公園からの眺め。

石狩浜

今日は昼にバージンコレクトをしてからまた石狩浜の方へ。今日からついに札幌にも夏が来たようで、先日の京都の暑さほどではないけど、かなり気温が上がった。そんなわけでなんとなく海へ向かいたくなったということもあるかも知れないけど、実は石狩浜にあるカフェで論文の執筆をしようと思ったのだった。ネットで見かけて良さそうかなということで初めて訪れたカフェだったのだが、浜辺を見下ろす眺めが素晴らしいし店内も落ち着いた雰囲気で執筆には最適の場所だった。ちょっと今後ここに来ることが増えるかも。

一日出張終了

昨日は京大の医学部を訪問して、予定していたいくつかのミッションを完了。夜はF教授、T助教と三人で飲みながら、百万遍から祇園へと場所を移して遅くまで作戦会議。そして今日の朝には京都を発って、昼過ぎにもう札幌に帰ってきた。それにしても京都はえらい暑かったなぁ。一昨日に梅雨明けということだったけど、セミも鳴いているし本格的な夏の雰囲気を感じた。で、先ほど札幌に帰ってきてこの涼しさにほっとしている。

一日出張

今日は今から京都へ一日出張。午後から京大で色々とミッションがあって、明日の朝にまた札幌へ戻る予定なので結構忙しい出張になりそう。京都は暑いんやろうなぁ。

ラボミ

今日は前期最後のラボミーティングで R が発表。ということで、自分も近況報告を兼ねて自分で実験をしているプロジェクトの紹介をした。R のプロジェクトは、基本的なフェノタイプのデータがだいぶ蓄積してきて狙うべき方向性が見えてきているのだけど、だいぶ前から言っている次の段階のfunctional dataがいまだに出てこないことを指摘されていた。まぁ、そのためのハエを作っているはずなので、そろそろだろうかね。
自分は最近撮り続けているカルシウムイメージングのデータを紹介。カルシウムウェーブのオシレーションパターンがどういう意味を持つのか、ということに関して色々とデスカッションできたけど、やはりまだ自分の中でもこれに対する仮説はほとんど立っていない。最後に少し、随分前から温めていたepithelial differentiationに関する話もついでに紹介した。実はこの話、自分の中では最近またかなり盛り上がっているのだ。

オロロンライン

今日は石狩からオロロンラインを少し北上。この日本海オロロンラインを走るのも学生の頃以来。ずーっと海岸沿いをアップダウンする道を走っていると、時々小さな漁村の集落が現れるという風景は全く変わっていない。昔持っていたイメージは、延々と寂れた田舎が続く道というものだったけど、丘を越えた時に見える海岸線と小さな漁村の風景にイギリスのコーンウォールのような美しさがあることに今日初めて気が付いた。

segmentation clock

金曜日、京大CiRAのDr. CAによるセミナーがうちの研究所であった。ヒトのiPS細胞を使ってin vitroでsomitogenesisを再現しようという試み。ということで、基本的にはsegmentation clockのお話。自分が学生の頃、学会でニワトリ胚の体節形成において遺伝子発現が周期的に伝播していくムービーを見た時の感動は今でもよく覚えている。lunatic fringeという遺伝子名がこれまた子供心に何やら神秘的な響きがあったり。あれから２０年近く、やはりいまだに発生生物学の中でも最高にオモシロイ現象の一つだと思うけど、意外とまだちゃんと分かってないことが多いんやねというイメージ。セミナーの後でDr. CAと面談する機会があったので、最近自分が見ているcyclic calcium pulseを見せて少しディスカッションした。

支笏湖

連休最後の今日、ハエの整理が早めに終わったので夕方からぶらっとドライブして支笏湖へ。夕方の６時頃に到着して湖畔を歩いてみると、もうすでに店はほとんど閉まって閑散としていた。支笏湖はやっぱりこういうふうに閑散としていて静寂な雰囲気が良いのよね。今日は曇っていてなおさら神秘的な風景。

fly wrangling

なんか最近、自分が使っているフライルームのベンチがバイアルで溢れてきた。久しぶりに腰を落ち着けて実験ができているということだけど、そんな訳で連休中日の今日も午後から一日フライプッシング。
こうしてショウジョウバエの遺伝学実験をする研究者は一日中筆を使ってハエを選り分けているので「fly pusher」と言うわけだけど、牧場の家畜のようにハエを世話していることから「fly wrangler」とか言ったりもする。ラングラーってカウボーイみたいでカッコイイよね。

pathogens

PLOS Pathogensから依頼された論文レビューの締め切りが先週末までだったので、金曜日の夜遅くまでかかって書き上げた。二週間前、エディターから連絡があったとき論文のタイトルを見て、ちょっと分野が違うんじゃないのかなという不安があったのだけど、面白そうだからとりあえず引き受けてみた。読んでみると、確かにmicrobiologyに関しては分野外になるけど話の本質は自分が評価できるもので、しかもかなりオモシロイコンセプトの可能性を示唆しており最後まで楽しんでレビューすることができた。ということで、夜遅くまでかかったけど清々しい達成感を感じつつレビューを投稿。これはセカンドレビューも楽しみである。

七夕

昨日もう七夕とかいう事実に結構驚いた。そういや最近なんだか時間の感覚がちょっとおかしいなとうすうす気付いてはいたのだ。自分の中ではまだ４月か５月くらいの感覚なのだが。これはたぶん、札幌は涼しくて暑くならないし、梅雨にもならないことが影響しているのではないだろうか。こないだ内地へ帰った時、暑さといかにも梅雨らしい雰囲気に驚いたもんなぁ。まぁ、この時期涼しいのはありがたいのだけど。

階段教室

今日は夕方に総合化学院の大学院生相手の講義。ここの理学部の建物で講義をしたのは初めてかな。久しぶりに階段教室で講義をしたけど、階段教室は一番後ろに座っている学生までしっかり顔が見えるし、いかにも大学らしい雰囲気があって良いね。先端総合化学特論とかいうオムニバス形式の講義で、生物学専攻の学生は少ない上に留学生が結構いて、英語での講義ということこともあり、いちいちやさしい言葉に言い換えて説明していたら案の定時間が足りなくなってしまった。前にも書いたような気がするが、学生にとって９０分の講義というのはかなり長く感じるものだけど、前で話している方にとっては結構すぐなのよね。

proof

このところまた少し締め切りのある仕事が溜まってきたので、今日は午後からラボで実験をしつつデスクワーク。一つは、今年の１月２月あたりに随分と苦労して執筆していたブックチャプターの校正刷りが来たのでそのチェック。こうして数ヶ月してから読み直すと、やはりちょっと構成し直したい箇所とかもう少し踏み込んだ記述をしたい箇所とかが見つかったりもするのだけど、まぁ全体としては良くかけてるやんという印象。

6km/6hrs

昨日は一日、札幌ドームで開催された６時間リレーマラソンにラボメンバーで参加。自分は人数の多いチームだったので、６時間の間に出番が回ってきたのは３回。１周２キロのコースなので合計６キロだけとはいえ、普段走っていないせいか最後の周を走っている時かなり膝が痛かった。自分がアンカーになったので、６時間の最後のゴールの時にヘロヘロになって球場内を走っている姿が大型スクリーンでしっかり映されていたようだ。

Yeast paste

昨日からオレンジ光の中でアクチベートさせられたハエ達を今日の午前中に解剖してみたら、どうも卵巣の発育が悪かった。バイアル内の餌にATRを混ぜて与えたのだが、いつもはバイアルの壁に塗りつけるイーストペーストは光を遮ったりするかもとか考えて今回は与えなかったのが原因かな。ATRを入れていないコントロールでも卵巣の発育は良くなかったので、ATRのせいとかではない。とりあえずいくらかサンプルは取れたのだけど、やっぱりATRを混ぜたイーストペーストも与えてやり直すかな。幸いなことに、まだ結構実験用のハエ達は生まれてきているので明日からもう一度再実験できそう。

party night

オプトジェネティクスの実験開始。ということで、今晩ハエたちはギラギラのパーティールームで夜を過ごしている。しかしLEDとはいえ、これだけたくさん光っているとちょっと温度の上昇が気になる。室温で密閉すると容器内は３０℃を超えてしまうので、フタをせずに容器自体を２５℃のインキュベーターに入れるとようやく２９℃で落ち着いてくれた。

エボデボ

その昨日の論文は、いわゆるEvo-Devo（Evolutionary Developmental Biology）なわけだけど、うちのラボメンバーにとって「エボデボ」なんていうのはあまり馴染みのない分野だろうということで、イントロダクションで大まかにEvo-Devoの基本コンセプトを説明してから、A Capella Scienceの有名なYouTube videoを見せてあげた。このmusic videoはかなり良く出来ていると思うんだけど、発生生物学をちゃんと勉強していない人が一回見ただけじゃなんのことやらよく分からんかも知れないね。

ICD and ROS

Environmental oxygen exposure allows for the evolution of interdigital cell death in limb patterning. Dev Cell, devcel.2019.05.025.
Amphibians form fingers without webbing by differential growth between digital and interdigital regions.  Amniotes, however, employ interdigital cell death (ICD), an additional mechanism that contributes to a greater variation of limb shapes.  Here, we investigate the role of environmental oxygen in the evolution of ICD in tetrapods.  While cell death is restricted to the limb margin in amphibians with aquatic tadpoles, Eleutherodactylus coqui, a frog with terrestrial-direct-developing eggs, has cell death in the interdigital region.  Chicken requires sufficient oxygen and reactive oxygen species to induce cell death, with the oxygen tension profile itself being distinct between the limbs of chicken and Xenopus laevis frogs.  Notably, increasing blood vessel density in X. laevis limbs, as well as incubating tadpoles under high oxygen levels, induces ICD.  We propose that the oxygen available to terrestrial eggs was an ecological feature crucial for the evolution of ICD, made possible by conserved autopod-patterning mechanisms.

昨日は久しぶりにラボのジャーナルクラブで論文紹介。発表したこの論文は、Interdigital Cell Death（ICD）の進化に関するお話で、東工大のMT博士のラボからつい最近報告されたもの。
脊椎動物の手や足が形作られる発生過程において、各指の間の細胞がアポトーシスを起こして除去される、いわゆる ICD（指間細胞死）が重要であることが知られている。この論文でまず比較対象としているのは、モデル動物として一般的なニワトリとアフリカツメガエルの足の発生。ニワトリの足の形態形成ではICDが起こって指の形が現れるが、ゼノパスではICDが起こらずに水かきを持った足ができる。ゼノパスでは指の部分と水かきの部分の細胞増殖速度の違いが制御されて指のパターンができるんだそうな。昔結構ゼノパスを使っていたけどこれは知らなかった。しかし、このようにして通常はICDが起こらないゼノパスでも、酸素濃度が高いhyperoxiaの環境下だとICDが起こることが観察された。さらに、この指の間の組織にVEGFを発現させることにより血管網を増やした場合でもICDが見られるようになる。これら、ゼノパスでICDが生じるどちらの実験条件下でも、この指の間の組織において通常状態では見られない活性酸素種 ROS の産生が観察された。ニワトリの通常発生でも、ICDが起こる部分ではやはりROSが上昇しており、これを低下させることによってICDが抑えられること、さらに酸素濃度が低いhypoxiaの環境下ではROSもICDも抑制されることが確認された。以上のことから、酸素濃度が低い水中で発生する両生類に比べ、陸上で大気中の酸素を効率的に取り込むことができる動物（羊膜類）において、ROSへの応答経路がICDのために発生プログラムに組み込まれたのであろうと考えることができる。実際、陸上で直接発生（オタマジャクシを経ずに卵から直接カエルが生まれる）を行うカエル、E. coquiではニワトリと同じようにROSの上昇を伴うICDが観察されるし、水中生活のアカハライモリは、水かきを持っていないにも関わらずICDが起こらないのである。なるほどねぇ。
しかしこのE. coquiって、学生の頃に読んだ論文に出てきて夢中になったことがあったし、アカハライモリは自分の学位論文の主役だったし、ということで色々と懐かしいことを思い出す論文だった。