それでは皆様、良いお年をお迎えください!
2023年12月31日日曜日
大晦日 2023
大晦日の午後、三島へ向かう新幹線の中で修論の添削。意外と文章も英語もあまり体を成していない感じだったので、直し始めるとキリが無い。ということで結局仕事納めとはならず、今テレビで紅白が流れている横でようやく年賀状を書き終わり、そしてさらに添削の続き。今年は、思い返すとなんだか忙しくてあまり余裕がない一年だった印象。まぁでも、アメリカとヨーロッパへの遠征を含め、今年は国内外の色んな場所でトークをすることができた。数えてみたら18回もトークをしてる。なのだが、一方で肝心のアレができていないのよね。代わりにPolyploidyのレビュー論文のほうは今ちょうど最後の改訂作業をしているところなので、こちらは新年早々にアクセプトされると思うのだけど。ということで、来年は早いうちに必ずアレを投稿しないといけません。そんなこんなで、いろんな場所へ行ってたくさんの人と会えた2023年もそろそろ終わり。
2023年12月29日金曜日
2023年12月27日水曜日
scRNA-seq2回目
昨日はこれまた前々から予定していたscRNA-seqの実施日だったので、朝から学生達と皆で解剖大会。7人で、1サンプルにつき二百数十匹を2ラウンド。いつもと同じように、細胞をバラしてFACSでGFP+ clonesをソートした後、午後からうちに来てくれたA社の技術担当の方と一緒に、Chromiumに通すための準備。どちらのサンプルもFACSで十分な数(約10万細胞)を採取できていたのだけど、Chromiumに通すにはなるべく正確な細胞数を知る必要がある。ということで、またヘモサイトメーターで細胞を数えようとして、やっぱり細胞が小さくて見えにくくてちょっと手間取った。そういや前回もそうだったんだった。このFACS後に細胞数を整える作業をもうちょっと練習すべき、ということをまたもや本番で学んだ。ともあれ、前回のように細胞が詰まるようなこともなく、昨日はとりあえず無事cDNA合成まで進んだはず。シーケンス結果は新年のお楽しみ。
2023年12月22日金曜日
scATAC-seq1
先週の水曜日、先進ゲノム支援によるscATAC-seqの実施本番ということで、東大から支援チームの方が来てくれた。これのためにまた数ヶ月前から準備と練習を重ねてきていたのだが、なんと痛恨のミスがあり実施に至らなかった。サンプル自体は前回のscRNA-seqと全く同じもので、ATAC用のサンプル調整としてscRNA-seqと異なるのは、FACSによるGFP+細胞の収集後に、裸核化としてのcell lysis処理を行う必要がある点。lysis処理によるロスもあるだろうからということで、この日の朝は結構多めに解剖したにもかかわらず、10xChromiumにかける直前にヘモサイトメーターで核の数を確認したところほとんど見当たらなかったので断念した。そんな訳で、わざわざ来ていただいた支援チームの方には申し訳ないことになってしまったのだが、結局もう一度チャンスをもらえることになったので、現在lysis処理による核採取プロセスの問題点を検討中。おそらく、哺乳類細胞用のプロトコルに従ってやったlysis後の遠心が弱すぎたのだと思っている。再トライは来月になるかな。
で、来週の火曜日は、これとはまた別で2サンプルのscRNA-seqを実施する予定。
2023年12月16日土曜日
再投稿
なんか最近えらい忙しいけど、年末ってなんでこうも慌ただしくなってしまうんやろうね。そんな中でも先週の神戸での分子生物学会では、色々と面白い話が聞けたし、久しぶりに色んな方々と会うことができて楽しかった。で、学会から帰ってきた先週末は、YQのレビュー論文のリバイズに追われていた感じ。一人のレビュワーのコメントが意外と結構厳しかったので、それに応えるためにかなり苦労することになったのだけど、このレビュワーが指摘してくれたことで、自分が大事なものを見落としていたことに気付かされてとても勉強になったのだった。ということで、水曜日にようやくこの論文の再投稿は完了。この週末は、アメリカから帰ってきている上の子と一緒に、少し三島でゆっくりできるだろうかと思っていたのだが、次はいよいよウチの学生達から卒業論文と修士論文の原稿が送られてきたので、その添削を始めている。
2023年12月6日水曜日
2023年12月3日日曜日
2023年11月28日火曜日
2023年11月23日木曜日
下の親知らず
今週は、月曜にまた歯医者へ赴いて今後の方針について面談。今回お世話になることにしたデンタルクリニックは、かなりコミュニケーションを重視しているようで、コーディネーターという方と色々ディスカッションさせてもらった。で、火曜日はさらに、親知らずの抜歯のために紹介してもらった口腔外科へ行って、これまた色々と説明を聞く。結局12月の間はお互いの都合が合わず、抜歯は年明けにしてもらうことになった。下の親知らずを抜くのは歯茎を切開して埋もれている歯をドリルで割って掘り出すというタイヘンな手術というか工事なのよ、とかいう話を色んな人から聞かされていたのだけど、ほぼ同じような話を歯医者さんからも聞かされて、いやぁキツイなぁと思いながら、帰りにカモカフェに寄って休憩したら、カモカフェのマスターも、下の親知らずを抜くのがタイヘンだったという自分のネタを披露してくれて笑った。そのタイヘンだった怖い話をするとき、みんな嬉しそうなのよね。
Lab hike
日曜日、ラボメンバーみんなでハイキングへ。朝、大原に集合してそこから比叡山まで、山の中を14 kmほども歩いた。紅葉はまだもう少しという感じだったけど、よく晴れていて比叡山からの眺めは素晴らしかった。写真は比叡山からの景色で、真ん中辺りに見えている集落がたぶん大原。
2023年11月18日土曜日
Wisdom tooth
先週はまだなかなか時差ぼけが抜けなくて、よく眠れないしなんとなく体調が優れないなぁと思っていたら、先週末辺りから一段と体調が悪くなってきて、さらに親知らずが痛み始めてかなり辛かった。もはや歯痛がそもそもの原因なのかもと思うくらいになって、ついに歯医者を探して予約。そういえば京都に来てからコロナもあってなかなか歯医者に行けていなかったので、まぁ良いきっかけかなとか思いつつも、しんどいのと親知らずを抜かれる不安に苛まれながら、火曜日の午後に烏丸御池にある歯医者に行ってきた。今回痛み出したこの親知らずは、なぜか半年くらい前から頭を見せ始めたのは知っていたのだが、それにしてもこんな歳になってから生え始めるというのは、何がきっかけでどういう力が働いとるんだろうかね。ともあれこの日は初診ということで、検査と応急処置をしてもらって抗生剤をもらって終了。この親知らずは下側に埋もれているやつで、それなりの手術になるから設備の整った別の口腔外科で、とかいうどこかでよく聞いたことのある説明を聞いて、別の口腔外科を紹介してもらった。来週そこでもう一度検査をしてから、抜歯はたぶん12月という話。まぁ、嫌やけど仕方ないよね。
ちなみに、体調は今日辺りからだいぶ良くなってきた。そうすると、やはり親知らずの痛みも治ってきてるんやけどなぁ。
2023年11月8日水曜日
2023年11月5日日曜日
2023年10月30日月曜日
Mission complete
ということで、これで三週間に渡った今回の旅のミッションは全て完了。明日の午後にデュッセルドルフを出て、パリ、インチョン、関空経由で京都まで帰る予定。8月のアメリカ出張の時もそうだったけど、この三週間でかなり多くの、しかも自分にとって初めての場所も色々と訪問することが出来たし、友人や新しい知り合いを含めたくさんの人々に会って研究を紹介することが出来た。各滞在場所での内容がどれも濃くて、また移動も結構多かったということもあってか、始めに入ったブリストルでの滞在がもう随分と前のことのように感じる。これまた帰ってからしっかり復習しないといけないけど、とりあえずは今回も本当に実りある出張になったと思う。
Zollverein
今日はデュッセルドルフから車で40分ほどの隣町エッセンにある世界遺産、ツォルフェライン炭鉱を見学しに行ってきた。この炭鉱は、以前はこのルール工業地帯の中核となっていた場所で、規模の大きさもすごいのだけど、バウハウス様式でデザインが統一されていて世界一美しい炭鉱とされているそうな。たしかにこのような場所は今までに見たことがない。ミュージアムでここの歴史を色々と勉強してから、工場の建物群を様々な角度から見ているうちに、じわじわとここのカッコ良さが分かってきた。
2023年10月29日日曜日
Düsseldorf
木曜日、ミュンヘンからICEに乗って約5時間、ついに今回の旅の最終目的地であるデュッセルドルフに到着した。この町には自分の姉家族が住んでおり、これまでにも何度か訪れたことがあるのでホーム的な安心感があってやっぱり落ち着く。今回、デュッセルドルフでのミッションは、ここの日本人学校を修了した高校生相手の特別講義。45分x4コマということで合計3時間。2年前にも一度、日本からオンライン授業としてやったのだけど、今回は現地で対面授業でできるということになったので、せっかくだから前回とは内容を変えて、対面ならではのグループワーク的なこともやってみようと思って構想を練っていた。授業内容は、はじめに自己紹介も兼ねて研究者のキャリアパスについて紹介、そして「がん細胞の進化、協調性の進化」というタイトルで、がん生物学の基礎から最新の研究内容の紹介もしつつ、なぜ協調性の進化というものを考えるのかという話。協調性の進化を考えるためのグループワークは、「囚人のジレンマ」をベースにしたゲーム。ゲームと言いつつ、これは自分にとっては実験でもあったのだけど、学生達は大いに盛り上がってくれて楽しかったし、色々と勉強にもなった。今後また機会があれば、授業の一環として試していきたいと思う。
2023年10月27日金曜日
München
学会が終わって翌日、リヨンからまたパリを経由してドイツのミュンヘンへ飛んだ。ミュンヘンでは、ここのHelmholtz研究所で研究をしているKと会うのが目的。Kはこちらに来てからちょうど1年ほど。まだ思うように研究が進んでいないという話をしてくれたけど、まぁ大きな仕事はじっくり時間をかけてやるしかないよね。夕方にはLMUのAA博士も来てくれて、町で一番有名なビアホールHofbräuhausで乾杯。その後マリエン広場前のカフェに場所を移して、医学研究における進化学的視点について夜遅くまで3人でかなり熱いディスカッションをすることができた。
2023年10月24日火曜日
EDRC2023閉幕
四日間に渡ったEDRCも今日で終了。今回初めてEDRCに参加して、アメリカのFly Meetingとはまた違う良さを感じた。アメリカのよりも規模は小さいのだけど、毎日ランチとかポスターセッションとかでフードとドリンクが提供されるので、朝から晩まで人と交流できる時間がかなり豊富に感じた。しかも昨日の三日目の晩はディナーパーティがあって、その会場までみんなで船に乗ってローヌ川を下っていくという楽しいアクティビティもあったり。そんな感じでかなり充実していたからか、あっという間の四日間だったのだけど、ノートを見返すと今まででも一番多いのではないかと思うくらいメモを取っていた。次回はまた二年後にスペインのアリカンテだそうな。
2023年10月22日日曜日
EDRC2023開幕
木曜日にロンドンからフランスのリヨンへ移動。そして金曜日から、ついに今回のヨーロッパ出張のメインイベント、European Drosophila Research Conference(EDRC)が始まった。EDRCに参加するのは初めてなので、どんなもんだろうと思っていたけど、いざ会場内に入ると次々に知り合いに声をかけられて安心した。ヨーロッパの方へ来るのはコロナ以降では今回が初ということで、久しぶりに会う友達も多くて楽しいことが多い。セッションは朝から晩まで盛り上がっていて、みんなが久しぶりのフライミーティングを楽しんでいるのを肌で感じることができる。昼からワインが出ているのはフランスならではかな。今日2日目の夜は、自分もポスター発表をして、何人かのキーパーソンとディスカスすることができた。ということで、これで論文のレビュワー候補に指名するリストがほぼ出来た。
会場は、泊まっているホテルからは川を渡った向こう岸。
2023年10月20日金曜日
2023年10月18日水曜日
Cambridge
イギリスには何度か来たことがあったけど、これまでロンドンの外に出たことはなかったので、ケンブリッジに来るのもこれが初めて。ということで日曜日は、この町に住んでいるNに観光に連れて行ってもらった。午前中は町の中を歩いてカレッジを見て回ったり、午後には郊外の牧草地のトレイルを散歩して果樹園の中のティーハウスでアフタヌーンティを楽しんだり、夕方はまた町に戻ってパブでビールを飲んだり、この古い伝統ある大学町をゆっくりと楽しませてもらった。
そして、月曜日はNが研究をしているMRC LMBを訪問。こちらは新しくて規模もレベルも本当にすごい研究所。こちらでもセミナーをさせてもらってこれまた色々とフィードバックをもらったし、何人かの研究員の方々と研究の話をして有意義な時間を過ごすことができた。
2023年10月15日日曜日
Bath
昨日は研究打ち合わせの一環としてのエクスカーションで、隣町のバース(Bath)へ。世界遺産に登録されている町ということで、かなり見どころが多かった。一番印象的だったのは、やはり町の名前にもなっているローマ時代の公衆温泉浴場。中は博物館のようになっていて、ここの歴史をしっかりと学ぶことができる。午後からはまた雨が降り始めたけど、古い寺院や壮観な集合住宅など、歩いて回ると色々となものに出会えるとても楽しい町だった。
2023年10月13日金曜日
U of Bristol
昨日は一日、Dr. PPにホストをしてもらって、ここUniversity of BristolのBiomedical Sciencesで研究者の方々と交流させてもらった。まず午前中に、Invasion Hotspotについてトークをさせてもらったのだけど、質問がひっきりなしに飛んできてディスカッションがかなり盛り上がった。最近やったトークの中でも一番インテンスな質疑応答だったと思う。小さめのセミナールームという雰囲気が良かったのか、イギリスの大学でトークをしたのは初めてなので、一般的にこういう感じなのかはちょっと分からんけど興味が出てきた。その後、トークにも来てくれていたDr. EPと面談。Dr. EPとは、cell competitionの学会でこれまでにも何度か会っているけど、二人でしっかり話したのは初めてかな。良いサジェスションももらったし、レビュワーに指定させてもらおうかなと思った。その後も何人かと研究の話をしてから、夕方にDr. PPと夕食のために二人で旧市街地へ。連れて行ってくれた場所は、なんと昨晩自分が一人で入ろうとしたけど混んでて入れなかったベトナム料理レストランだった。今回色々と話していて、Dr. PPとは研究の興味だけではなく、キャリアパスもなんとなく似ていることに気付いた。今後もお互いに色々と相談できそうだ。
2023年10月12日木曜日
Bristol着
ようやくBristolのホテルにチェックインできた。京都を出てから33時間。今までで一番長いレベルの移動だったように思う。インチョンで途中降機があったのと、ロシア迂回ルートを取っていることと、ロンドンの空港はヒースローと思っていたらロンドンシティの方で、ロンドン市内の地下鉄乗り換えの移動が意外と大変だったのと、まぁ色々と重なったからということね。Bristolは、ロンドンのPaddington駅から特急電車で1時間40分ほど。到着してからこの町の中心をぶらぶらと歩いてきたけど、旧市街地に運河があってなかなか落ち着いた雰囲気の大学町という感じ。明日はここの University of Bristol でトークをする予定。
2023年10月10日火曜日
UKへ
今日からヨーロッパ出張。ということでこの数日間、出発までになんとか終えておきたいと思っていたことを色々とやっていた訳で、まぁ大体出来たのかな。一番大変だったのは、ここ最近ずーっと懸案だったYQのレビュー論文だけど、昨晩ようやく一応全ての執筆編集作業を済ませることができた。あとは旅の途中に手直しを入れて投稿できるか。
今回は、まずはイギリスから入って、その後フランス、ドイツと回る予定なので、これまた結構な長旅になる。なんか向こうの方はこのところ急に情勢が変化しつつあるので、ちょっと不安があるけど、また色んな場所で多くの人達に会える予定だし、なんといってもEDRCに参加するのは初めてだし、ということで楽しみなことは多い。
まずは、アムステルダム、ロンドン経由で Bristol へ向かいます。
2023年10月5日木曜日
2023年10月1日日曜日
満寿泉
そんなわけで、今回のモーフォメは二日目のプログラムがなかったので、昨日はNO博士と二人で富山市内の観光に出かけた。昼前に富山駅から路面電車に乗って、富山港周辺の岩瀬という地区を訪れた。この地区の古い通りには昔の廻船問屋の建物が残っていたり、おしゃれなカフェとかギャラリーがあったりして、ちょっとした観光地なのかな。観光客はかなり少なかったけど。で、ここには満寿泉という酒を作る古くからの酒造があり、その前で木の樽を一生懸命磨いている人がいたので、ちょっと声をかけて聞いてみたら、ウイスキーのようにオーク樽で熟成させる酒があるんだとか。で、近くに約100種類もの満寿泉の飲み比べができるこの酒造のバーがある、ということで、そこに行って蔵内限定酒とか非売品とか珍しいヴィンテージの古酒とか、数々の美味い酒を二人で楽しんでほろ酔いになって帰ってきた。富山、美味しいものが多くてええとこやなぁ。
2023年9月30日土曜日
The 5th Morphomeostasis Meeting
金曜日、第5回モーフォメが富山大学で開催された。第0回を入れると6回目。2020年度がコロナで中止になって、その後2021〜2022年度はオンラインでマンスリー開催していたけど、前回集まって開催したのが2019年の札幌場所だったので、4年ぶりということになる。今回は、予定が合わなかったり直前に来られなくなったりのメンバーが数人いて、結局5人での開催。ということで金曜の午後、一人一時間ずつの持ち時間でかなりしっかりとディスカスすることができた。今回自分が話したのは、ほぼ完成した「Invasion Hotspot」の内容。皆さんからもらったサジェッションを論文に活かしたいと思う。このメンバーは全員ハエで、しかも研究分野もキャリアステージも似通っているということもあり、本当にやりやすい。
夜は、富山駅前の居酒屋で乾杯。富山は魚が旨いねぇ。オーガナイズしてくれたKA博士に感謝。そういえば、来年度のモーフォメはどこで開催しようかという話をしていたのだけど、結局決まらなかったな。
2023年9月27日水曜日
1st Ploidy Meeting
この二日間、三島の遺伝研で開催されていた倍数性研究会が今日の午後で無事終了。今晩、京都に帰ってきた。今回はそれなりに人が集まる会の代表ということで、開会と閉会でちゃんと挨拶のスピーチをしないとなぁとか、会を問題なく進行させるために、会場のオーディオとか照明とか、セッションの時間配分とか、懇親会会場への移動とか、なんやかんやと気を使うことが多かった。ということでやっぱりだいぶ疲れたのだけど、同時にサイエンスも人との交流もたくさん楽しむことができた。ポスター発表とか懇親会もかなり盛り上がっていて、参加者の皆さんもとても楽しんでいる様子を見ていると、本当にやって良かったなと思った。なるほど、主催者になると学会はまたプラスの楽しみがあるんやねぇ。
2023年9月24日日曜日
倍数性研究会
ということで、来週の月曜と火曜は遺伝研で開催される「倍数性研究会」という研究会に参加する。実は今回のこの研究会は、自分が代表を務めているので、数ヶ月前から色々と準備をしてきたのだった。所内のオーガナイザーとして、一緒に色々と準備をしてくれたKA博士とSK博士には本当に感謝。2日間で14人の研究者によるトークが予定されていて、各々のラボの学生さんや研究員の方によるポスター発表もある。登録してくれているのは32人だけど、当日参加も自由なので、実際の参加人数はもう少し多くなる予定。これまで6人で集まっていただけの研究会だったけど、今年からいよいよ遺伝研研究会として発足させることになった記念すべき第1回。まずは、全国から集まってくれる皆さんが活発に議論して交流を楽しめるような会になるようにしたい。
2 weeks
ふと気付くと、二週間もブログを書いていなかった。まぁ、大体こういう時は何かに追われて忙しくしていることが多い。カレンダーを振り返ると、この二週間はそれほど予定が入っていたわけでもなかったようだけど、実際はかなり忙しかったはず。なのだが、論文を書いていた以外にしていたことは特に思い出せないので、たぶん色々と日々やらなければいけないことが多かったんだろう。科研費申請の締め切りが先週だったようだけど、自分は今年申請がなかったので、それではなく別のものの締め切りに追われていたり。実はまだ終わっていない執筆もいくつかあって、来週のほうが大変になりそう。しかも来週は、研究会や報告会での研究発表の予定が3回もある。まぁそんなギリギリの状態とはいえ、ミーティングでの発表はどれもかなり楽しみだ。
2023年9月7日木曜日
2023年9月4日月曜日
2023年9月2日土曜日
稲穂
今週、次世代シーケンスの受託解析をしている会社の方とシングルセル解析についてミーティングした。今年度はもう一度、先進ゲノム支援でエピゲノム解析をしてもらえることになったのだが、研究費に少し余裕があるので、この機会にもう少しscRNA-seqもやってみようと考えている。そんな訳で、前回のscRNA-seqの結果を今一度見直しているうちに、今までずっと気になっていたものについてちゃんと調べてみようという気になってきて、論文を読み漁っている。夕方、ちょっと気分転換のために、町の山手のほうにあるパン屋さんまで行きがてらぶらぶらとサイクリング。トンボがたくさん飛んでいる田んぼには稲穂が実っていて、ところどころではもう稲刈りをしていた。そろそろ夏も終わりやね。
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