scATAC-seq１

先週の水曜日、先進ゲノム支援によるscATAC-seqの実施本番ということで、東大から支援チームの方が来てくれた。これのためにまた数ヶ月前から準備と練習を重ねてきていたのだが、なんと痛恨のミスがあり実施に至らなかった。サンプル自体は前回のscRNA-seqと全く同じもので、ATAC用のサンプル調整としてscRNA-seqと異なるのは、FACSによるGFP+細胞の収集後に、裸核化としてのcell lysis処理を行う必要がある点。lysis処理によるロスもあるだろうからということで、この日の朝は結構多めに解剖したにもかかわらず、10xChromiumにかける直前にヘモサイトメーターで核の数を確認したところほとんど見当たらなかったので断念した。そんな訳で、わざわざ来ていただいた支援チームの方には申し訳ないことになってしまったのだが、結局もう一度チャンスをもらえることになったので、現在lysis処理による核採取プロセスの問題点を検討中。おそらく、哺乳類細胞用のプロトコルに従ってやったlysis後の遠心が弱すぎたのだと思っている。再トライは来月になるかな。

で、来週の火曜日は、これとはまた別で２サンプルのscRNA-seqを実施する予定。