autosegmentation

SBF-SEMは、その後全部で2500枚ほどの連続画像を取ってもらって一つ目のサンプルは終了。ということでこの数日間、生理研のほうで色々と提案してもらった画像解析結果を見ながら、とりあえずはHotspotがどの辺りにあるのかを探していた。Hotspotは、細胞の配置が周辺領域とはちょっと違っていて、これは上皮層を基底膜側から見ると結構すぐに見分けられるのだけど、垂直断面から場所を特定するのは結構難しい。コンフォーカルなら、細胞極性の違いで見分けられるのだけども、抗体染色をしていない電顕画像だとそれもできない。そのような訳で、オートセグメンテーションがかなりうまくいった核の三次元配置とか、全体のリスライス画像とかを比較することによってHotspotエリアを特定。次のサンプルは、SBF-SEMに行く前にmicroCTで内部構造を観察することによって、もっと効率的にHotspot周辺を狙って切削しましょうかという提案をもらった。それにしても、ディープラーニングによるオートセグメンテーションすごいやん。