Asian Festival 2012

土曜日、ダウンタウンで毎年恒例のアジアンフェスティバル。子供達の出し物は午前中だったんだけども、暑かった。

起承転結

ドンちゃんがようやく論文を書き始めたようだ。彼のこの研究は、実は自分が持っていてお蔵入りになりそうだったいくつかの古いデータをあげたことから始まった。あげたのはもう二年ぐらい前になるのかな。で、Resultsを大体書き終えたのだけども、どうも最後のセクションがうまく書けないのでちょっと見て欲しい、ということで昨日の夕方その原稿を前に色々と話し合った。確かに、論文の構成上最後にくる実験結果がどうも曖昧な感じで結論がスッキリとしない。でもこの実験結果についてはドンちゃんももう長いことその解釈を考えに考えた上で答えが出せなかったものなので、たぶん今現在あるデータだけで説明するのは不可能なのだ。genetic pathwayなんて普通そんなシンプルなものではないし、ここでは他にも別のpathwayが関わっているのだろうとしか言いようがない。じゃあ、どうすればいいの？と悲壮な顔で聞いてくるドンちゃんに、じゃあこの際がらっと論文の構成を変えてみてはどうだろうかと提案した。実は前半のデータは結構ソリッドなので、このソリッドなデータを論文の締めに持ってくれば論文の印象が随分違ってくるんじゃないかと。普通、論文をある程度まで書き上げてしまうと、自分の中ではこの話の流れが最適であって話の順番を入れ替えるのは不可能のように思えるし、第一入れ替えてみようというアイデアは自分からはあまり生まれてこないものだと思う。でもやっぱり曖昧なデータを締めに持ってくると、どうしても論文の印象自体が悪くなる。「起承転結」という言葉があるけども、科学論文においてもやっぱり起承転結のあるストーリーは読んでいて楽しい。科学論文に起承転結が必要であるとは別に思わないけども、物語と同じで結末が納得いかないものだと、なんだかなぁと思ってしまうものだ。物語の場合は起承転結の順番を入れ替えることはほぼ不可能だけども、科学論文では場合によってはこれが可能だったりする。もちろん「起結転承」とかにしてしまうのではなくて、並べ替えたものを起承転結に書き直す。ストーリーを再構成して論文の核となるソリッドなデータを結末に持ってくることで、全体的な印象は随分変わってくるはず。なんていう話をしているうちに、ボケーっと聞いていたドンちゃんの表情がみるみる変わっていった。確かにその通りだ。それは可能かもしれない。と言って興奮して帰っていった。さてどうなるものやら。

Bogle Essential Red

Bogle Essential Red 2009

ついにデビューしたBogleの新しいブレンド、Essential Redを少し前に試したんだった。Old Vine Zinfandel、Syrah、Cabernet Sauvignon、Petite Sirahのブレンド。さすがボーグル、１０ドル以下でこの旨さは素晴らしい。それにしても、あぁこれはボーグルのワインだなぁ、と思わされるこの独特の味わいはなんなのかな。

McManis Zinfandel

McManis Zinfandel 2010

前に一度飲んだこのMcManisのピノノワールがかなり旨かった印象があったので、ちょっと他のも試してみようと思って手に取ったジンファンデル。甘い香りにラズベリーやイチゴのフレッシュな酸味が心地よい。やっぱりこのワイナリーのワインは自分の好みなのかも。これでどれも１０ドルほど、ということでさらに他のも試したくなった。

CRクラブ

昨晩ボスからメールがあって、明日うちの大学の他の学部にいる何人かのPI達が集まってcancer researchに関するミーティングをするんだけども一緒に行かない？とのこと。で、それって何なの？って今日聞いてみたら、なんやらうちの大学でcancer researchに興味があったり実際に研究をしている人達がインフォーマルなグループとして集まってとりあえずは座談会をやるという感じ？ということだったので、なかなか面白そうかもと思って行ってきた。で、集まったのはウチら生物学を含め、化学、数学の三学部から全部で１０人ほど。座談会が始まるや否や、化学部のよくしゃべる女性の教授に「ユーのことは新聞記事で見たわよ。ちょっとどういうことをやっているのか教えてよ！」って言われていきなりまず自分がアドリブトークをすることになってしまった。かなり異分野の人達ばかりだったのだけども、皆さん意外と結構ハエを使ったガン研究に食いついてきていた。今日他に発表していた人達は、エピジェネティクスのバイオインフォマティシャンとか、膨大な臨床検体からのデータを扱っている数学者とか。意外と楽しめた。今後、一ヶ月に一回くらいの割合でミーティングしましょうや、ということになって、なんかクラブ活動みたいなものが始まった。

ミシン

一生懸命ハロウィーンの衣装を作っています。

久々のPCR

mutant alleleのDNAシーケンスをチェックするために昨日PCRをかけた。前に自分でPCRをかけたのがいつかも思い出せないほど久しぶりのモレキュラーワーク。で、今日は泳動してゲルピュしようと思ったらバンドが出ていなくてがっかり。PCRがかからなくてトランスイルミネーターの画面を見ながら感じるこの悲哀もまた久しぶりでなんだか懐かしい。仕方ないので速攻でちょっと条件を変えて帰り際にもう一度かけておいた。ちなみにこれはゴーアイの論文のリビジョンのための追加実験。そういえば、今日の午後はゴーアイが送ってきた追加実験のサンプルの写真を撮るためにジャッキーと一緒に医学部のコンフォーカルを使いに行ったのだが、どうもこのサンプルのGFPシグナルがおかしい。フェノタイプはキレイに出ているのにmutant cloneのはずの細胞にGFPがある。ゴーアイ、頼むでホンマ。うーむ、リビジョンの締め切りが迫ってきているのでどちらもなんとかしないといけないのだが。。。

秋のストック更新

業務連絡。全ストック更新完了。

Red Silk

Oliverhill Red Silk Shiraz 2009

コスコで見つけたオーストラリアのシラーズ。１５ドルほど。これは旨い。芳醇なブラックベリーにハーブ。なめらかでいてしっかりとした酸味とタンニン。オーストラリアの旨いシラーズってこういうワインですな。

JLM2012

今朝は医学部の合同ゼミでプレゼンテーション。ここでの発表はだいたい一年に一回まわってくる。いよいよSSTプロジェクトをまとめあげようという段階なので、関連する全てのデータを一つのストーリーとして語ることが出来るかどうか、今一度確認するためにプレゼンしてみた。スライド１００枚超。質疑応答しながらとはいえ一時間半話したので聴衆にはちょっときつかっただろうけども、まぁ自分では色々と確認することが出来たのでよしとしよう。そういや昨日この発表用スライドを作っている時に、複数のスライドをKeynoteのファイル間でコピペしようとしたら重すぎたのか、ペースト出来なくてKeynoteが固まってしまった。で、もう一度その元のファイルを開けようとしたらどうしても開かないという事態が発生。メインのプレゼンテーション用のファイルは無事だったのだけども、別のファイルで結構長い時間かけて描いた漫画が失われてかなりショックだった。こういうのってどうやって修復すればいいんでしょう？

Lab Hiking

昨日はラボのみんなでハイキングの日。町の南にあるLeon Sinks Geological Areaという公園というか森のトレイルに行ってきた。原生林の地下に広がる水脈がところどころ洞窟のようなところから顔をのぞかせてきれいな池になっていて、真っ白な洞窟ザリガニ（cave crayfish）とか珍しい生き物を見ることが出来た。フロリダは湿地帯だからこういう地下水脈がいろんなところでつながっている。ロウチビと二人で参加したのだけども、歩いたトレイルは３マイル以上はあったはず。二人とも結構歩き疲れたけど、比較的涼しい朝だったのでなかなか気持ちが良かった。

Gérard Bertrand Terroir Corbières

Gérard Bertrand Terroir Corbières 2010

久しぶりのフランスワイン。南フランス、ラングドックルシヨンのGérard Bertrand。ブレンドは、Grenache 40%、Syrah 40%、Mourvèdre 20%。凝縮されたベリーの果実味にバランスの取れた味わい。一日目よりも二日目の方がまろやかで華やかになっていてとても楽しめた。普段フランスワインはほとんど飲んでいないけど、アメリカや南米のワインと比べるとなんていうのか奥深さと上品さを感じるのは気のせいかな。周りの店ではあんまりフランスワインの種類が豊富ではないのだけども、こういうのを飲むとやっぱりもっと試してみたいなぁと思ってしまう。

日中台三者対談

尖閣諸島の問題で、中国では今までになく大きな反日暴動が起きている様子。昨日９月１８日は柳条湖事件が起こった日ということで、奇しくも二年前の中国漁船衝突事件と同じように中国人にとっては最も愛国心が高まる重要な日と重なってきた訳で、これまたなんかエライタイミングが良い気がするのだけども、どうやら暴動が拡大し続ける訳でもないようなのでやはりまだ中国共産党政府がしっかりと民衆をコントロールできているように見える。

ということで、一昨日ここぞとばかりに中国共産党員のドンちゃんとこれについて話をしてみた。偶然その場に台湾人のアンソニーもいたので、思いがけず日中台の三者による領土問題についてのデスカッションになった。

しかし、やっぱり現状と同様に、初っぱなから中国人のドンちゃんだけがエライエキサイトして中国の領有権正当性の主張をまくしたててしまうという事態に。そして台湾人と日本人は、その強引というか傲慢というかいつもながらの自己中心的な論理に閉口したのでした。

それにしても中国による尖閣諸島領有権の主張は、そもそも四十年ほど前にこの海域に地下資源が存在する可能性が指摘された時から始まった、という事実についてはどう思うの？と聞くと、確かにそれはそうなんだけども、その結果探してみたら尖閣諸島が昔々中国のものであったということを記述してある古文書を中国人は見つけたんだと。我々は歴史上の証拠を見つけたから中国の領有権を主張出来るんだと。

いやいや、そんな論理がまかり通るのならば色んな国が色んな主張を出来る訳であって、例えばじゃあモンゴルが「昔々モンゴルが中国を征服したという事実が古文書に書かれてあるから中国は全部モンゴルのものだ」って今になって主張し始めたらオマエらはどう思う訳？と聞くと、さすがに論理の破綻に気付いたのかゴニョゴニョと言い訳をしていたけども、結局その論理を撤回する気は全くなさそうだった。そしてその論理を元に、中国の領土は一昔前はもっと広かったので、日本とだけじゃなくて周りのいろんな国と領土問題で争っているんだということをホワイトボードに地図を書きながら自慢気に話しだす始末。

でもねぇオマエ、一般的に領土問題っていうのは双方の国にそれぞれの主張がある訳であって、なかなか難しい問題なのよ。国民が感情的になって主張する領有権だけじゃなくて、もっと国際的な視点から洞察するべき問題だと思うよ。例えば今回は日本国内の政治的な問題が発端になっているかも知れないけど、そこにはアメリカが今後日本をどうしていきたいのか、ということが関係しているんじゃなかろうか。しかも日本と台湾というのはロシアと中国という二大共産国とアメリカを隔てる言わば壁な訳であって、この辺りの地域は軍事的に非常に重要な場所なんですね。アメリカが東アジアに影響力を残しておくためには北方領土や尖閣、台湾、朝鮮半島といった地域を潜在的な紛争地として残しておきたいというアメリカの意向が反映されている、ということも考えるべきだと思うよ。だからそんな自国の主張だけをしてたら話にならんのよ。と、ちょっとオトナな意見を話すと、ようやく少し落ち着いて黙ってくれた。ちなみに台湾人はこの辺り普段から常に考えさせられる状況にあるからか、アンソニーは嬉しそうに日本人の意見に同意を示してくれたのだけども、基本的に台湾人はこの尖閣諸島の問題にはそれほど興味がない、というか首を突っ込みたくないという感じ。

で、領有権の話はおいといて、中国政府は国民の政府に対する色々な不満に対するガス抜きとして反日を煽って愛国心を焚き付けるようなコントロールをしているのはよく言われている話だけども、今回の民衆の暴動が今後さらに拡大してその矛先が中国共産党政府に向かう心配はないの？と聞いたところ、ドンちゃんが言うには、このまま反日暴動が拡大するとまず間違いなく矛先は中国政府に向かうだろうと。だから必ず政府がなんとかしてこの暴動はこれ以上大きくならないようにコントロールし始めるはずだと。しかしながら今回は日本が尖閣諸島を国有化したという事実がきっかけになっていてその事実は変えられない訳で、政府はどうやって民衆を説得するのか？と聞いたら、それは共産党員のドンちゃんにも分からんと。

ということでこの問題、今後どのように推移していくのか結構興味深いところ。何かあればまた中国共産党員の意見を聞いてみたいと思う。

ウィキペディアの「尖閣諸島問題」の中にある「中国の領土拡張戦略」はなかなかオモシロイなと思った。以下抜粋。

中国共産党は、清がイギリスなどの西欧列強に領土を奪われた経験から、軍事的実力のない時期に国境線を画定してはならないという考え方をもっている。中国とインドの事例（中印国境紛争）では、１９５４年の周恩来とネールの平和五原則の合意および中国国内のさらなる安定を待って、インドが油断している機会を捉えて、１９６２年１１月、大規模な侵攻により領土を拡張した。当時、キューバ危機が起きており、世界がそちらに注目している中での中国による計算し尽くされた行動であった。軍事的優位を確立してから軍事力を背景に国境線を画定するという中国の戦略の事例は、中ソ国境紛争などにも見られ、その前段階としての軍事的威圧は、東シナ海および南シナ海で現在も進行中である。日中国交正常化時の中国側の領土棚上げ論は、中国に軍事的優位を確立するまでの猶予を得るための方便ともいえる。

実はドンちゃんみたいに愛国心を剥き出しにしてくる中国共産党員は周りでは珍しい気がするんだけども、こういう見方をすると、もしかしたら今の中国政府は日本と戦争になっても仕方ないくらいの勢いがあるんかな。

雷鳴

今日の朝はえらい雷鳴に起こされた。そして停電。

家の前で

最近ようやく少し涼しくなってきたので、この土日は家の前の道路で結構長い時間子供二人とサッカーして遊んでいたら、今日はちょっと足が筋肉痛になっております。

二日続けて

今日のジャーナルクラブはズーちゃんによるハエを使ったガン研究に関するフリートーク。なんやら気合いが入っている様子だったのでちょっと期待してたんやけど、あんまりやったなぁ。二時間近くもかけていろんな論文を紹介してくれていたけど、全部知ってる論文ばっかりやったし、それよりもなんというか、とりあえず見つけた色んな論文を拾ってきましたという感じでまとまりもなくて退屈してしまった。いろんな遺伝子の変異がガンの原因になることなんて誰でも知っていることであって、各々のシグナリングパスウェイに関する論文をランダムに見せられたところで、あぁそうやねぇ、としか言いようがない。なんかもっとこうコンセプチャルなものを期待してたんやけどなぁ。まぁでもたくさん論文を読んで、彼にとってはエエ勉強になったんかな。あのトークじゃあアンダーグラジュエイトとかはチンプンカンプンやったと思うけど。とまぁ、二日続けてグラジュエイトのプレゼンに対する文句になってしまった。なんか最近ラボミーティングでの不満が多いな。

アリスンもHonorsへ

アンダーグラジュエイトのアリスンがHonors Programで卒論を書きたいと言い出した。来年の春に卒業する予定なので２セメスターしかないのだけども、さぁどうしましょうと。この一年半ほどの間、彼女には少しずつスクリーニングをやってもらっていていくつかオモシロイ遺伝子群が引っかかってきているので、その中の一つの遺伝子群に対する研究をやってみるというのが自然な流れになるのだけども、なにぶんその遺伝子群の機能があんまりよく分からないために半年ほどで卒論にまとめるのは難しいかもしれない。そこで、少し前にモハメドが同じスクリーニングで偶然見つけた面白い現象を調べてみるのがいいかもと思って、まずはそのモハメドの実験を追試することから始めたのだが、昨日見てみたらモハメドの実験結果とは全く違っていた。まぁそれなら仕方ないからやっぱりアリスンのスクリーニングで取れてきた遺伝子で行くか、ということになるんだけども、それはそれとしてなんでモハメド君の実験でそんな結果が出たんかということがちょっと心配になってきた。

そんなところに今日の昼のラボミーティングはモハメドの研究発表。近々コミッティミーティングでプレゼンをしないといけないらしく、その練習も兼ねてということだったのだが、あまりにひどいプレゼンテーションにイライラさせられた。今日は朝からなんやら頭が痛いのもあって聞いていられなくなってちょっと厳しいことを色々と言ってしまったけど、彼は大丈夫なんだろうか。

Sent Out

昨日の晩、投稿している論文のステイタスが突然「Sent Out for Peer Review」に変わった。えぇっ！？ということはまだレビューに回していなかったんですか？と、ちょっとびっくり。だって投稿からもうすでに一ヶ月近くも経っているのに、今まで何しとってんなゆー話やでこれが。しかもわざわざカバーレターに「競合しているグループがあるようなのでなるべく早くレビューに回してね！」って書き添えておいたのにこれか。もしかしたらオンラインのステイタスを変更し忘れていただけなのかもしれんけど、そうじゃないならどういうことやねんなと。まぁ、また待つしかないけど、レビュワーの方々がこの現象の面白さを理解してくれることを祈るのみ。

ネガチブか

ここのところ一つ将来的に発展させることが出来るかもと思ってやっていた予備実験群が空振りに終わった。なんとなく結構自信があったのだけども、残念ながらどうもネガティブっぽい。イイ結果が出ればSSTプロジェクト一本目の論文に入れてしまおうかとも考えていたのだが、この感じだと時間がかかりそうなので一本目には入れないことにしようと決心することが出来た。まぁこのアイデアについてはまだもう少し他にもできる実験はあるので、それはゆっくりやっていくことにする。ということになると、SSTに関して今のところ考えている実験はあと二つ三つほどになってきたので、いよいよ論文を書き始めよう。

さて、ゴーアイの論文のリビジョンの締め切りが三週間後に迫ってきたようだ。一応自分の名前が二番目に入っているので、ゴーアイがいなくなってしまった今、自分とジャッキーでやらないといけないのだがやはり自分の論文でないとあんまりやる気が出ない。ここ二ヶ月ほどの間ダラダラと片手間にやってはいたのだが、いざ後三週間といわれるとちょっとヤバイかもという気がしてきた。

で、自分の論文の方はいまだにエディターからなんの連絡もない。どうなっとるんやろか。

ワイン会

一昨日の土曜日の晩、うちにウォルター一家が来てくれて泊まりがけでワイン会をした。夕方から飲み始めて子供達が寝たあと結局深夜二時過ぎまで、ウォルター家が持ってきてくれた三本の白ワインとウチが用意した白と赤の計五本を飲み干してしまった。Nさんはずっとビールを飲んでいたので三人で五本開けたことになる。そんなことで昨日は一日中ちょっと二日酔いだったのだけど、とても楽しい会になった。今後定期的に夕食会を出来たら良いね、という話になったのでまた次回が楽しみ。

それにしても今回飲んだワインはどれも美味しかった。

写真奥から、

Chateau Ste. Michelle Columbia Valley Riesling 2010

Chateau Ste. Michelle Harvest Select Sweet Riesling 2010

Elizabeth Spencer Block Seven Chardonnay 2008

Fetzer Valley Oaks Gewürztraminer 2008

Bodegas Mas Alta Black Slate La Vilella Alta 2010

リースリングもシャルドネもゲヴュルツトラミネールも全部とっても美味しかったのだが、自分が一番気に入ったのは、このスペインはLa Viella AltaのBlack Slateという赤。濃厚なベリーに複雑なスパイス。いつまでも続く心地よいタンニンと酸味。非常に力強いけど飲みやすい。ブレンド比は、Garnacha 60%、Carignan 35%、Cabernet Sauvignon 5%。１９ドルぐらいだったかな。この赤はパーティの最後に飲んだのでもうだいぶ酔っぱらっていたはずなんだけども、ウマイのでぐいぐい飲んでしまったのでした。

communication

壁にかけてある写真の額の裏に住み着いた二匹の蜘蛛。なんやら違う種類の蜘蛛のように見えるのだけど、脚を使ってコミュニケイトしている。
「クモはエエ虫やから殺したらあかん。」

二ヶ月

ちょうど二ヶ月ほど前に京都のDGRCに注文したハエが今日ようやく届いた。昨日の夜中、ラボに出てきてハエをかけ合わせていた時になぜかふと明日届くのかもという予感があったところだったので、本当に届いてびっくり。しかし、届いたのはいいのだがバイアルの中のハエ達は全滅していた。。。ウジ虫達がビヨーンと体を伸ばした状態で死んでいる様子を見ると、たぶん輸送中のどこかで高温にさらされたのではないかと思う。そういや去年の夏にもスペインからのハエが同じように全滅していたな。やっぱり夏の輸送はハエ達にとってリスクが高いようだ。今投稿中の論文の追加実験として、レビュワーからのコメントが返ってくる前に是非とも試しておきたいハエだったのだが、まぁ仕方ない。もう一度すぐに送ってもらうしかない。伝票を見ると発送されたのは一週間ほど前なのだが、それにしてもなんで注文から発送までに二ヶ月近くもかかるんかなぁ。ウィーンのVDRCもそうやけど、Bloomingtonは大体一週間ぐらいで発送されるんやけどねぇ。またさらに二ヶ月待たされるのだけは勘弁して欲しい。

そういや明日で論文を五誌目に投稿してからちょうど三週間経つのだが、いまだに何の返事もない。毎日のようにサブミッションサイトでステイタスをチェックしてみるのだが、この三週間ずっと「Scheduled for Editorial Consideration」という状態のまま。レビューに回っているんやろなぁとは思うけど、レビューに回ってもこのステイタスは変わらないもんなのかね。今一度このジャーナルのウェブサイトでEditorial Processをチェックしてみたら、投稿した日からなるべく三週間以内にレビュワーからのコメントをもとにエディターによる決定を伝えまっせ、と書いてあった。ということは、もうそろそろなんかなぁ。

Open House

今日の夕方は小学校のOpen Houseとかいうイベントだった。基本的には一年目の父兄を対象にしたオリエンテーションだと思うのだが、ロウチビが行きたいというので二人で行ってきた。どういう教育をしているのかということを先生方が説明してくれる会で、案の定去年とほとんど同じだったのだが、自分が描いた絵や自分が読んでいる本なんかを一生懸命に見せてくれる娘からは学校が大好きな様子が見て取れたので安心した。

まだ壊れている

九月に入ってフロリダもちょっと涼しくなってきた。

さて、今日明日とコンフォーカルを予約していたのだが、今日の午後に行ってみたらやっぱりまだ壊れていて使えなかった。ていうかわざわざ予約してんねんから使われへんねやったらそう言うてくれよと。ちょっと試してみたら、どうやらステージが動作不良を起こすようだ。来週の火曜日に医学部の合同ミーティングで何かしゃべらないといけないので、ちょっと最近のデータも見せてやろうかなと思って予約したのだけども、どうも今週中は使えないようだ。医学部のコンフォーカルを使いに行ってもいいのだが、今週はなんやかんや実験も立て込んでいるので来週のトークは新しいデータを入れずに適当にしゃべることにする。

T.C.

昨日は今学期初のラボミーティングだった。一人ずつ研究の進捗状況を発表。何かしゃべることを考えていた訳ではなかったけど、とりあえず今やっている主な二つ、コラボレーションの実験とSSTの新しい実験について説明した。そのときその場の思いつきで、SSTプロジェクトの主軸となるコンセプトを表す新しい言葉を作って発表してみた。ジンクピリチオン効果というほどのものでもないしちょっとしたパロディでもあるのだけど、ちょっと新奇な響きを持った言葉。ボスはかなりウケてたし、もしかしたら新しいコンセプトとしてなかなかイケテルかもしれない。まぁ今の新しい実験群で予想通りの結果が出ればの話だけど。

COMのライカ

昨日は朝早くから隣の医学部にあるコンフォーカルのトレーニングを受けにいった。最近、と言ってももう一年ほど前からか、愛用しているコンフォーカル、Zeiss LSM510の調子が悪くなって時々使えないことがあるから。まぁだいぶ古いとはいえさすがに使えないのは困る、ということで医学部にあるLeica TCS SP2を試したろかなと思い立ったのだった。朝９時から担当のオバチャンに２時間くらい使い方を教えてもらった。Zeissとは随分違う操作法に慣れるのにちょっと時間がかかりそうだけども、もしかしたらこっちのほうが性能が高いかなという感触。

いくつかZ-stackの画像を撮ってみたのだが、持って帰ってきたデータを見てみるとZeissの「.lsm」のファイル形式とは違って１セクションごとに全てのチャンネルを別々のTIFFとして保存してあるだけのように見えた。Leica LCS Liteとかいう専用のイメージブラウザはMacバージョンがないようなので、これはもしかしてImageJを使って一つずつ自分でスタック画像にオーガナイズせなあかんのかな、と思ったのだが、今日もう一度よく見てみたら保存したファイルの中にちゃんと「.lei」というファイルが一つあるではないか。このファイルをFijiで開こうとすると、自動的に「Bio-Formats Import Options」という窓が出てくるので、そこで「Group files with similar names」にチェックを入れるとHyperstackにした画像を開けてくれる。で、これをFijiでTIFF fileとして保存すればいつも通り使える。ということでファイルの問題も解決。今後少しずつこのLeicaも使っていこう。

Oの穴

昨日の午後、外から帰ってきたら玄関のポーチの上になんか動物らしきものが横たわっているのが見えた。ネコが寝てるんかな、と思って近づいてみたらなんとオポッサム。夜に家の周りをガサガサ歩き回っているのはしょっちゅう見るけど昼間に見たのははじめてかも。近づいていくと、こちらの物音に気付いたのか眠たそうによろよろと起き上がって、なんとポーチの上にぽっかりと空いている穴から家の屋根裏へごそごそと入っていった。そして、入ってすぐのところでまた眠ったのか、その穴から長い尻尾を垂らしたまま動かなくなった。。。屋根裏にリスがいたこともあったけど、さすがにオポッサムは勘弁して欲しい。なんかオポッサムって名前だけ聞くとかわいらしい動物みたいなイメージがあったけども、実際はどでかいネズミといった感じで結構キモイ。アメリカ人の間では汚らしい害獣として認識されていると思う。大体シッポが一番キモイのに人の家の玄関の上でそのシッポを垂らしたまま寝るなっちゅう話やでこれが。また大家のオッサンに文句言ってこの穴を閉じてもらわなあかんな。。。
どうでもええけどオポッサムって有袋類なんですって。有袋類ってかわいいの多いのにねぇ。

波長

昨日の朝ぼんやりと、久しぶりにジョンピーにメールして論文のことを話すついでにちょっとデスカッションしようかなぁ、とか思っていたところになんとジョンピーの方からメールが来た。なんやら彼とは波長が合うようだ。しかもジョンピーがアドバイスを求めてきたのは、自分が今ディスクで見ていることと結構関連性が高そうな話題。そんな訳で昨日は実験の空き時間に、メールで自分達のデータを見せ合いっこしながらデスカッション。お互いのテーマは、競合はしないけども同じ分子を異なる視点から見ているという感じなので、今後もうちょっと頻繁に情報交換しようぜということになった。

Columbia Valley Chardonnay

Chateau Ste. Michelle Columbia Valley Chardonnay 2010

先月の旅行中にみんなで飲もうと思ってサラソタのPublixで買ったものの、飲む機会がないまま持って帰ってきて置いてあったワイン。旅行中に暑い車内で暖めてしまったりしていたので、もしかしたら壊れてるかなと思ったけど全然大丈夫だった。酸っぱいリンゴと柑橘類の果実味が豊かで甘い余韻も心地良いシャルドネ。いろんな料理に合いそうだし、何回飲んでも飽きないかも。

オメメ

昨日今日と久しぶりにアダルトのオメメのフェノタイプの写真撮影。やっぱしヒッポ系のフェノタイプはスゴイね。

今日から新学期

アメリカの学校は今日から新学期。ということで、うちのロウチビ姉さんは今日から一年生。といってももう既に一年間キンダーガーテンに通っていたので同じクラスで学年が一つ上がるだけ、ということで何ら心配はない。本人もいたって普通に登校していった。しかしながら、心配なのは二歳半のソウシロ。なんかついこないだ生まれたばっかりのように思えるけど、ソウシロも今日からついにプレスクール。今までママから離れたことがない上に、当然英語はまだなんにも分からない。どうなることやらと思っていたら案の定今日は結構泣いたようで、一時間ほどで先生から電話がかかってきてユンナが迎えにいくことになったそうだ。でもずっと泣いていた訳ではなかったようなので、なんとかなりそうかな。週に三日だけだから慣れるのにも少し時間がかかるだろうけど、こればっかりは少しずつ慣れていくしかない。

で、大学のほうは新学期は来週からなんだそうな。あぁ、ついにアンダーグラジュエイトが帰ってくるな。。。

五誌目

さて投稿している論文だが、一昨日四誌目からもリジェクトの通知が来た。なんかこの論文、かわいそうに今までになくたらい回しにされている。一誌目投稿から早二ヶ月。。。ちょっとレベルの高いとこ狙いすぎなのかなぁと不安になってきた。結構オモシロイと思うんやけど。とまぁそういうことで、仕方がないのでこれまた粛々とリフォーマットを済ませて、今日の午後早速また次のジャーナルへ投稿した。今度こそレビューに回りますように。

Restivo Malbec（二本目）

Restivo Reserve Malbec 2010

六月に一度飲んだアルゼンチンのRestivoというとこのマルベック。もう一度飲みたくて先日コスコに行った時に買ってきた。六月にネットで検索したときにはほとんど何の情報も得られなかったのに、この二ヶ月ほどの間でこのワインに関するページがわーっと増えてきているようだ。ホームページは未だに見つからないけど、少し前にFacebookのページを作ったらしい。ともあれ、やっぱりこのワインはスゴイ旨い。甘くて濃厚。まだ見つけたことはないけど、カベルネも出しているようなので見つけたらこれも試さなあきまへんな。

Late summer party

今日は久しぶりのイマジナルディスク解剖大会。全部で１００匹ほどのサンプルが取れたかな。

で、夕方はアンティアの家にいつもの近所のファミリーが集まってポットラックパーティ。えーと、あともう少しで夏休みが終わるからみんなで集まりましょう、というパーティだったのかな。まぁフロリダの暑い夏はまだまだ終わらないのだけども、今日の夕方はなんだか涼しくて、ポーチでワイン片手に雨上がりの庭をリスが駆け回るのをぼーっと眺めながらおしゃべりしていると気持ちよくて眠たくなってきたのだった。

アートキャンプ２

今週からまたロウチビ姉さんのサマーキャンプが始まった。７月にもアートのキャンプに参加していたのだけど、今週からのはまた違うアート教室が主催しているサマーキャンプ。とっても楽しいようで、描いてきた絵もなかなかのもんじゃないですか。

Drosophila synthetica

少し前に、PLOS Blogsというサイトで「What is a species?」という記事を見た。PLoS ONEに出てきたある論文についての記事なのだが、よく見るとその論文の著者はあのモレノ先輩ではないですか。Drosophila syntheticaという新しい“種”（'synthetic species'＝合成種？）を作ったんだと。そういえば前回のFly Meetingのアブスト集を眺めていた時になんやらオモロイこと始めよったな、と思ったことを思い出した。この記事でも論じられているように、ポイントは“speciation”に対する議論の投げかけな訳なのだが、そんな小難しいことよりもこのDrosophila syntheticaを作り出したそのアイデアがなかなかオモシロイ。で、そのDrosophila syntheticaのgenotypeは以下の通り（もちろんこれはDrosophila meranogasterなんだけど）。

GMR-Gal4/GMR-Gal4; UAS-RasV12, gl[60J]/UAS-RasV12, gl[60J]

え、なんでこのmutant flyが新種になるの？と思ってしまうのだけど、理論的にはこのmutant fly lineとwild-type間には生殖的隔離が起こってしまう。つまり、GMR>RasV12はlethal phenotypeになるのだが、このmutant flyはGMR-Gal4をオンにするtranscription factorであるglassのhomozygous mutant（gl[60J]/gl[60J]）になっているためにGal4の発現が起こらないのである。がしかし、このハエがwild-typeのハエと交雑すると次世代の全ての個体でこのglass mutant alleleがheterozygousになるために、GMR>RasV12がオンになって全滅するというトリック。この遊び心は感心するわ。

In summary, the synthetic species boundary described here can be reliably and predictably manipulated, allowing opening and closing speciation gates when desired, and isolates for the first time a transgenic animal from the original wild-type population. (PLoS ONE  7: e39054.)

アンソニー

今日の昼は、今月から新しくラボに加入したアンソニーの新歓ということで、ラボメンバーみんなでダウンタウンにあるJasmine's Cafeとかいうジャパニーズレストランへ。ちょっとオシャレな感じのするアメリカンジャパニーズで、Caterpillarとかいうヘンな名前のMaki Sushiを試してみたら意外とうまかった。こういうアメリカンなスシも居酒屋の創作料理みたいな感じで意外とおいしいのもあるのよね。

で、その後夕方にはアンソニーが修士課程でやっていた仕事の内容のトーク。Drosophila ovaryのstem cell nicheにおけるシグナリングに関するお話。これまた、意外としっかりfly pushingしてたんやなぁという印象。トークの後で、アンソニーが今後のプロジェクトに関してデスカッションして欲しいというので、明日二人でちょっと話す予定。あるenhancer regionからtranscription factor binding siteをコンピューター上でどうやって推定しましょうか、という自分が一昔前に少しやっていたようなことを話してあげないといかんのかな、たぶん。

四誌目へ

さて、今日の昼にようやく四誌目への投稿完了。もうそろそろええかげんにレビューに回って欲しいんですけど、どうなることやら。

Bogle Phantom

Bogle Phantom 2008

こないだのバケーション中に一度タラハシーに帰ってきたとき、うちで姉夫婦と一緒に開けたBogleのPhantom。期待していたけど、これはやっぱりスゴイウマイ。Bogleの素晴らしい単一品種ワインよりもさらに一つ値段が高いブレンドだけあって（といっても２０ドルくらいだけど）、なんだか高級感がある。立ち上るなんともいえずかぐわしい香りに複雑でいてバランスの取れたまろやかな味わい。ブレンドは、Zinfandel 51%、Petite Sirah 47%、Mourvèdre 2%。後日また楽しもうと思っていた残りはいつの間にやらユンナが全部飲んでしまっていた。。。必ずもう一度飲みたいワイン。

Two Vines Riesling

Columbia Crest Two Vines Riesling 2010

こないだドイツに行った時にレストランで何度かリースリングのワインを飲んでから、またリースリングが飲みたいと思うようになっていた。一昨日の土曜日に近所のアンティアの一家を呼んでうちで手巻き寿司パーティをしたのだが、その時に寿司と一緒にどうかなと思って買ってきたワシントン州Columbia CrestのRiesling。でも結局、サッポロビールを気に入ってくれたアンティアとデイビッドには出す機会がなかったので、パーティ終了後に開けてみた。甘ーい桃やリンゴのような味がするけどすっきりとしていてとても飲みやすい。ちょっとカリフォルニアのリースリングも試したくなってきたなぁ。これはPublixで１０ドルほど。

Job search workshop

今日の昼は医学部であったJob search workshopに顔を出してきた。医学部のDr. TMが中心になって二時間ほどのワークショップ。まぁ今回話していたのは結構基本的なことばっかりだったけど、そろそろこういうのにも参加していこうかなと。

で、夕方はラボミーティング。今日は一人ずつが各自のプログレスについて話す回。ズーちゃんが新しく始めようとしていることになんやかんやと気になることがあったので、つい色々と突っ込んでしまった。といっても実はほとんどのアイデアはボスが彼に示してあげたものだったようで、ミーティング後に今度はボスと二人でそれについて色々話したのだが、さすがにボスはもうちょっと深い考えを持っていたようなので少し安心した。自分はこのところほとんど新しい実験をしていなかったので今日は大して話すこともなかったのだが、今日からいよいよ新しい実験用のハエをかけ合わせ始めた。

オボディー

「オボディーってどうやって使うの？」ってジャッキーが唐突に聞いてきた。

オボディーっていうのはいわゆるdominant female-sterile (DFS) mutationsの「ovoD」のことで、このmutant alleleのautosomal insertion（P[ovoD1]）とFLP-FRTを用いてovaryでgerm-line chimeraを作るテクニックである「FLP-DFS」のことを言っとる訳です。recessive zygotic lethal mutationのmaternal effectを解析するのに有効なんですね。oogenesisでgerm-line cloneを見たい場合にもよく使います。まぁ、基本的にはheat shockでmitotic recombinationを誘導する普通のFLP-FRT mosaic systemと同じなんだけども、recombination後にovoDのchromosomeを１コピーでも持っているegg chamberはみんなoogenesisのearly stageで死んでしまうので、基本的には全てのegg chamberがhomozygous germ-line mutant cloneになるから便利なんだよ、と教えてあげたのだが、ここでふと「え、じゃあどうやってオボディーのラインって維持してるの？」という疑問が二人同時に出てきた。これ、知らんかったけどオモシロイというかシブイトリックやねぇ。

ちなみに答えは例えばコチラ

↓

P{w[+mW.hs]=FRT(w[hs])}G13 P{w[+mC]=ovoD1-18}2R/Dp(?;2)bw[D], S[1] wg[Sp-1] Ms(2)M[1] bw[D]/CyO

w[*]; P{ry[+t7.2]=neoFRT}82B P{w[+mC]=ovoD1-18}3R/st[1] betaTub85D[D] ss[1] e[s]/TM3, Sb[1]

つまりこれらのラインにはP[ovoD1]以外にも、dominant male-sterile (heterozygous females fertile) のmutationも含まれとるんですね。例えば上のFRT G13ではMs(2)M[1]、FRT 82BではbetaTub85D[D]というmutationがそれに当たる。だからこれらのストックの中で、次世代を産み出すメスはovoDを持っていないし、次世代を産み出すオスはdominant male-sterile alleleを持っていないんですね。随分前に少しだけこのFLP-DFSシステムを使った記憶があるんだけども、そういやその時実験に使うバージンメスはマーカーを見て選ばないといけなかったようなことを思い出したわ。

クラムス

Differences in levels of the transmembrane protein Crumbs can influence cell survival at clonal boundaries.  Dev. Biol.  368: 358−369.

昨日のジャーナルクラブで発表した論文だけども、うーむ困ったなぁ、というのが正直な感想。いわゆるcell competitionをCrumbsで説明しようとした論文。いや、言わんとしているmolecular mechanismはかなり面白いのだけども、どうもいくつかの矛盾点が結論を見えにくくしている、というかあっさりと納得することが出来ないので発表するのに困った。まぁ、Discussionを読むと著者らが解釈に苦しんだことはよく分かるのだけど。

まぁでも簡単に言ってしまうと、

Here we examined tissues where groups of cells with different Crb levels were juxtaposed and observed high levels of cell death, specifically near the boundaries between the two populations.  Based on the requirement of the ECD in these effects and indications that Crb molecules may interact across cell junctions, we propose that Crb itself could function as a comparison factor to directly regulate cell survival nonautonomously.

ということなのである。

つまり、transmembrane proteinであるCrumbs (Crb) はその長いECD (extracellular domain) を介して細胞間のCrb同士でhomophilicに結合している、と考えた上で、隣り合う細胞間でCrbのexpression levelに差が生じた場合、これらの細胞間で結合できないCrbが結合出来る側の隣接細胞間境界膜上に移動してしまうことによって、細胞内でCrbのplanarなasymmetric intracellular distributionが形成されてしまう。このCrbのasymmetric distributionが、他のCrb-binding moleculeのasymmetric distribution（例えば、membrane-associated pro-apoptotic proteinのlocal concentration）をも引き起こしてしまうことによってapoptosis pathwayを刺激してしまうんじゃないかなぁ、と。

実は論文を読む前にこの仮説を説明するFigure 5のマンガを眺めていて「おっ、これはもしかして」と思ったのだが。ちなみに、隣接細胞間におけるCrb発現レベルの差異によって誘導されるnonautonomous cell deathは「an example, albeit atypical, of cell competition」である、と言っている通り、Minute cloneやdMyc overexpressionのcompetitive mosaic situationではCrbの発現に差が見られない。Crbの場合、wing discのA-P compartment boundaryをまたいでcompetitionが起こることとかもそうだけど、やっぱりcell competitionにおいて勝ち負けを決定する仕組みっていうのは結構mutant cellの性格によってまちまちなんかもなぁ、という感じがする。

それにしても、crb mutant cloneとwild-type cellのclonal boundaryで、wild-type cellのendogenous Crb（ちなみにExpandedも）がmutant cloneと接している境界膜上から消失するphenotypeはクリアーやねぇ。まぁこれは以前の論文でも示されているのだけど。この論文ではCrb-ECD overexpressing cloneにおいても同様に、wild-type cellとの境界の両側の細胞においてCrbとExのplanar asymmetric distributionが誘導されることが示されているのだが、このCrb-ECD overexpression cloneはcell competitionを誘導しないんですなぁ。難しいね。

ロンドン

ロンドンオリンピックが始まった。始まる前はそれほど興味を持っていた訳でもなかったけど、いざ始まってみるとなかなか面白いので夜にぼけーっとテレビを見てしまう。オリンピックってそういうもんやよね。といってももちろんこちらで放送されるものはそのほとんどがアメリカ人選手のものばかりなので、日本人選手の活躍はテレビではあんまり見ることができないのだけども。

さてそんな中、四誌目に投稿するためにイントロダクションを書き加えた。我ながらなかなかカッコイイイントロが書けたかな。細かいリフォーマットも済ませたのでほぼほぼ準備完了なのだが、今週はボスがどこかに行ってしまっている。そしてふと気付けば、明日のジャーナルクラブは自分の発表の番なんだそうな。前にもらったミーティングの日程では自分の番は来週になっているのだが、最近日程が変わったとかなんとか。なんか前にもこういうことがあった気がするけど、こういうことはちゃんと連絡してほしいですわ。まぁ仕方ないので、最近気になっていて読んでいなかった論文の中から一本をチョイスして、今日は久しぶりに大学の食堂でアメリカンなランチを食べながらその論文を楽しんだ。ちなみに読んだのは以下の論文。

Differences in levels of the transmembrane protein Crumbs can influence cell survival at clonal boundaries.  Dev. Biol.  368: 358−369.

Compensatory?

Apoptosis-induced compensatory proliferation. The Cell is dead. Long live the Cell!  Trends Cell Biol. 18, 467–473 (2008)

より

During development of multi-cellular organisms, compensatory proliferation is crucial to restore tissue homeostasis in response to cellular stress and tissue damage.  However, compensatory proliferation can not be induced by developmentally programmed apoptosis, which is also important to maintain tissue homeostasis by removing extra cells or shape morphology.  Therefore, an intrinsic mechanism might exist that controls activation of compensatory proliferation in response to stress-induced apoptosis, but not developmental apoptosis. 

ふーむ、確かにそうやねぇ。

Family Reunion in Florida 2012

Lido Key Beach, Sarasota

St. Armand's Circle, Sarasota

Sea World, Orlando

NASA Kennedy Space Center

Henderson Beach State Park, Destin

Dolphin Cruise, Destin

バカンス終了

昨日、ついに長かったファミリーリユニオンのバカンスが終わった。子供が４人いたので基本的には子供のエンターテイメントをメインに考えたスケジュールだったのだけども、日本からはるばる来てくれた両親も含めて、大人もみんな夏のフロリダを楽しんでくれたんじゃなかろうかと思う。大きなトラブルもなく、予定していたアクティビティの日程を全てうまく運ぶことが出来た上に、毎日おいしいものをたくさん食べて楽しいことが盛りだくさんだったので、今は何だか満足感で一杯。子供達の記憶に、家族と過ごしたたくさんの楽しい夏の思い出が残ってくれればと思う。

そういえばバカンスの途中、一旦タラハシーに戻ってきた日に、投稿していた論文がまたもや三誌目から返されてきたのだった。エディターのコメントを見ると、ちょっと論文のポイントをミスリーディングしている感じがしたのだけども、ここでアピールをして再度時間を取られるのはちょっと避けたいということもあり、昨日ボスと話して結局次のジャーナルへ行くことにした。ということで、今日から再々リフォーマット作業開始。この四誌目への投稿は来週あたりか。バカンス前に仕込んでおいたハエ達も良い具合に増えてきているので、頭も気分も一新、いよいよ研究再始動します。

あと一日

未だにバカンス満喫中。今はDestinという町にいます。

あぁ、でも明日でこの長かったバケーションも終わってしまう。

Lido Beach

バカンス満喫中。

明日からバケーション

論文のリフォーマットは早々に済ませて一昨日三誌目へ投稿した。ここもレスポンスは早いだろうから、もしレビューに回らないのならちょうどバケーション中に返ってくるんだろうけども、そうなったらその次どこへ投稿するかはちょっと悩むところ。まぁ明日からはちょっとこの論文のことは忘れてリフレッシュするつもりなのだが、一応ラップトップは持っていこうかな。ということで、明日からサマーバーケーション。フロリダ半島を南へ走ります。

H3 Les Chevaux

Columbia Crest Horse Heaven Hills Les Chevaux Red Wine 2010

少し前に飲んだこの“H3”のカベルネがすごい気に入ったので、他のも試してみようと思って手に取ったのがこのLes Chevaux。フランス語の「The Horses」という意味なんだそうな。値札が付いていなかったのだけども、H3の他の種類はどれも１０ドルほどだったので気にせずレジに持っていったら、このLes Chevauxだけは１８ドルほどでちょっとびっくり。なんか特別なんかな。ブレンドは、Merlot 80%、 Cabernet Sauvignon 13%、Syrah 7%。ブルーベリーのような甘い味わいにダークチョコレートのような余韻。メルローを中心にまろやかにバランスが取れている。旨い。のだけども、もしかしたら自分はこないだ飲んだカベルネの方が好きかもと思った。

corroborate

corroborate：〜を裏付ける、確証する

collaborate と聞き分けられない。。。

二誌目

気もそぞろになっているところに、先々週投稿した論文がレビューにも回らずにエディターから返されてきた。。。むぅぅぅ、レビューにくらい回してくれよ、と言いたいところなのだが、まぁこれはある程度想定の範囲内とも言える。実際、論文を書き始める前はこのレベルのジャーナルに投稿しようとは考えていなかった。あれ、じゃあなんでトライする気になったんだっけか。とまぁそんなことはどうでも良くて、とりあえずは次に考えていたジャーナルのフォーマットへのさらなる書き直しを粛々と進めるのみ。ここからは少し紙面に余裕が出てくるので、一つfigureを分割追加してイントロも少しだけ追加。ま、バケーション前にもう一度投稿することができるのでタイミング的には良かったわ、くっそう。

気もそぞろ

さて、今週末から１０日間ほどのサマーバケーションに入る。今回は日本から両親、そしてドイツから姉家族がフロリダにやって来てくれるという、うちの家族のリユニオンなのです。実は子供ができてからは家族が一同に会するのは今回が初めてのことになるので、うちの家族にとっては一大イベントな訳だ。そんなことで、先週末は色々とその準備のための買い物をしたりしていた。実験の方はこのところやらなければいけないことがいろいろと出てきているのだけども、これらはこのバケーション後にフル回転で取り組めるように今週はその仕込みをしておく。これらの実験に新しく必要な２４系統のハエと、２種類のドラッグは今日ジャッキーが注文してくれているはず。久しぶりに新しいアイデアを試す実験がいくつか始まるので今はこれらの結果を想像するのが楽しくて仕方がないのだけども、その前に今週末からのバケーションが楽しみな訳で、今週はなんやら気もそぞろといった感じですわ。

Mitochondrial dynamics in FC

火曜日のゼミでドンちゃんが紹介していた論文。

DRP1-dependent mitochondrial fission initiates follicle cell differentiation during Drosophila oogenesis.  J. Cell Biol. 197: 487–497.

基本的には、mitochondrial fission proteinの一つ、DRP1（dynamin-related protein 1）のfollicle cellにおけるmutant cloneではmitochondrial fusionがinduceされ、posterior regionにおけるmutant cloneではNotch signalingのupregulationがinhibitされることによってmitotic cycleからendocycleへのcell cycle transitionとdifferentiationが起こらずにoverproliferateしてしまうというフェノタイプ。

突っ込みたいところはたくさんあるのだけども、一つなんやらオモシロイなと思ったのは、ミトコンドリアのsite-specificなmorphologyとsubcellular localization pattern。post-mitotic stageのposterior regionでは、mito-GFPによってラベルされたミトコンドリアがdispersed fragmentsとしてapical側とbasal側にlocalizeしているのだが、posterior以外のmain body follicle cellではlateral side of the nucleusでclusterを形成しているのである。ちなみにmitotic stageでは、posteriorに限らずほとんどのfollicle cellでdispersed fragmentsとして観察されるらしい。上皮細胞内でのミトコンドリアのmorphologyとlocalizationがそのfunctionにどの程度関わっているのかはよく知らないけども、もしかしたらよく見られるposterior follicle specificなmutant phenotypeに関わっている可能性があるんではないのかと思った。実際、tumorigenesisなんかはたいがいこのposterior regionで起こるのだ。

July 4th 2012

昨日はJuly 4th、独立記念日だった。ということで、久しぶりに夕方から家でバーベキューをして、その後町の北の方で行われた花火大会を見に行った。町の中心で行われる花火大会は大変な人出で大混雑なはずなので、北の方の小さめの花火大会。暗くなってから花火を打ち上げ始める直前に、国歌斉唱が行われる。国歌斉唱が始まるや否や、それまで飲み食いして騒いでいた大人も子供も会場にいた全員がびしっと起立して手を胸に置いて国歌を口ずさむのである。自分も同じようにアメリカ人達と同じように胸に手を当てて「The Star-Spangled Banner」を聴いた。もう長いことアメリカに御世話になっている者として、アメリカ人でなくともこういう時に敬意を表すべきだと思うようになったのもあるし、あの雰囲気の中で一人だけ座っているのはやはりおかしい。日本では卒業式の君が代斉唱時に起立しない教師がいるらしいが、どうしたらそんな左巻きの浅はかな思考回路に陥るのか、私には理解できない。まぁ元はと言えばアメリカによる戦後の日本に対する政策がそういうおかしなモノを産み出したというのは理解できるけど、それは本当に情けない話だと思う。

ともあれ、God Bless America、と言っておこう。

Pennywise Pinot Noir

Pennywise Pinot Noir 2010

小さなラベルがおしゃれなPennywiseのピノノワール。World Marketで８ドルほどだったのでつい手が伸びた。飲みやすい。非常にあっさりとした“ピノノワール”の味（Sirahが１％入っているようだけど）。自分にはちょっとあっさりしすぎという気がしたけど、これはこれでいろんな料理に合うのかも。二日目はもうちょっとコクが出てさらに旨くなっていた。

にわかに忙しく

なんやらにわかに忙しくなってきた。

まず、先週ゴーアイの論文がリビジョンで返ってきて、いくつか追加実験が必要なのだけどもゴーアイはもう随分と前にラボを出て行ってしまっているので、自分とジャッキーが二人でこれをなんとかしなければならない。レビュアーのコメントを読む限り、きちんと答えればアクセプトされるだろうという感じだけども。再投稿まで三ヶ月の猶予があるのだが、一つrecombinationが必要な実験がある。recombination→screening→phenotypic analysisという流れを考えると結構ぎりぎりなのかも。

もう一つは、もう随分と前にあったコラボレーションの話がここに来て新たな進展を見せ始めたことによる。実はこの実験に関してはあまりこちらでは進めていなかったのだけども、向こう側では結構イイデータが出てきていたようで、あとはハエのデータがうまくかみ合えば面白いかもという感じ。ということで、これらの実験計画を立て始める。

ボヤと投稿

昨日の昼前、研究棟の火災報知器が鳴り響いたかと思うと自分のオフィスから１０mくらい離れている低温室でスプリンクラーがフル回転した。低温室内で何かが燃えたようなのだけども、そんなことよりもその後３０分ほどフル回転し続けたスプリンクラーの水が低温室から溢れ出して廊下が水浸しになった。幸いにも低温室のすぐ隣に非常階段の扉があったので、ほとんどの水は階下へ流れ出たようで、ぎりぎり自分のオフィスには水が浸入しなかった。それにしても相当量の水が流れ出したようで、水に浸かってしまったこの辺り一帯と階下の非常階段近くの廊下の壁を全て取り替えないといけなくなったらしい。エライことだ。そんなことで昨日も今日も一日中オフィスの外が騒々しいのだが、昨日の夜にようやく論文を投稿完了。さて今度はどうなることやら。

細胞のおしくらまんじゅう

さて、今自分が執筆中の論文と結構関連性が高そうなオモシロ論文が二本、少し前にback-to-backでNatureに登場したので思わず引用した。

Nature 484: 542–545.

Live-cell delamination counterbalances epithelial growth to limit tissue overcrowding.

Nature 484: 546–549.

Crowding induces live cell extrusion to maintain homeostatic cell numbers in epithelia.  

一つ目は発生中のハエのnotum（日本語では胸背板？）、もう一方はMDCK cellとゼブラフィッシュを実験に用いているが、基本的に見ている現象は同じものと思われる。その現象とは、「overcrowding-induced live cell extrusion」。簡単に言うと、上皮組織中で細胞数が増えすぎてギュウギュウ詰めになってしまった部域では、細胞達の“おしくらまんじゅう”の結果、いくらかの細胞が上皮組織からはじき出されることによって細胞数が減少し、この過密状態が緩和されると。この現象は形態形成が進行している上皮組織や腸上皮のターンオーバーにおいて見られることから、intrinsicな混雑緩和システムであると考えられる。

なんらかのダメージを受けたapoptoticな細胞が上皮層からextrudeされることはよく知られている現象だけども、これらの論文で示されている現象はちょっと事情が異なる。つまり、このおしくらまんじゅうによってプリプリ押し出される細胞達は生きたまま上皮組織の外へはじき出されるのだ。これはちょっとアブナイですなぁ。いや、はじき出されたら落ちてしまうからアブナイやん、という意味ではなくて、これがoncogenicな変異を持っている細胞とかやったらどうすんのん、という意味で。epithelial–mesenchymal transitionを経ずともmetastasisが起こってしまう可能性が考えられる。まぁ普通はanoikisに至るんだろうけども。で、逆にこのシステムに不具合が生じると、混雑する箇所で細胞がモリモリ増えちゃったりしてこれまた危険。実際ゼブラフィッシュの発生中の尻尾でlive cell extrusionをブロックすると尻尾の先っちょのところに腫瘍っぽい細胞塊がもりっと形成されることが示されている。つまり、これはepithelial integrityを保ちながらtissue sizeをマイナス側に制御するfine control systemと言えるか。

メカニズムに関して、ハエの論文では、ギュウギュウ詰めの部分で個々の細胞のjunctional lengthにばらつきが生じ、これがいくつかの細胞におけるprogressive loss of junctions and apical areaを引き起こす。つまり、一つの細胞が隣接細胞と接する境界が次第に減っていく、所謂「neighbor exchange event」がbasal delaminationを引き起こすと。しかしながら、apoptotic cellのbasal extrusionにおいてはこのneighbor exchangeが見られない。つまりこれは“ギュウギュウ詰め”という物理的要因によって生じるcellular anisotropyが引き起こすstochasticな現象であるとのこと。

もう一方の論文では、apoptotic cellを実際に押し出すメカニズムとしてのS1P signalling through Rho-kinase-mediated actomyosin contractionが、このlive cell extrusionでも同様に使われているようなのだが、その上流で物理的な“ギュウギュウ詰め”状態を感知してcontractionを促すものとしてstretch-activated ion channelの関与が示されている。mechanotransducerっていうやつですか。ガドリニウムイオンでブロックできるんだとか。これは初めて聞いたわ。ちなみにこのstretch-activated ion channelはapoptotic cellのextrusionには関与していないようだ。

つまり、extrusionをトリガーするメカニズムはapoptotic cellの場合とは異なっている。ちなみにcell competitionにおいてもいくらか異なるタイプのmutant cellがapoptosisを起こす前にextrudeされる、つまり“live cell extrusion”が見られるのだけども、これが同じメカニズムで起こっているのかどうかは分からない、というかたぶん違うだろう。

ハエの論文にあるこの一文がシメになるかな。

Because many epithelia are both crowded and topologically active, we expect crowding-induced delamination to be a common process that buffers tissue growth to aid normal tissue homeostasis in a wide variety of systems.

Cell turnover and adult tissue homeostasis

Cell turnover and adult tissue homeostasis: from humans to planarians.  Annu. Rev. Genet. 41, 83–105 (2007)

より抜粋。

Perhaps the most significant distinction between developing and adult tissues concerns the general degree of uniformity observed among constituent cells.  In developing systems such as Drosophila imaginal discs, nearly all of the cells are dividing and can be eliminated by cell death if their rate of division differs substantially from that of their neighbors.  In most adult systems, on the other hand, only stem cells and their transiently amplifying descendants undergo division and cell death occurs in postmitotic differentiated cells.  By definition, strictly cell-autonomous controls cannot synchronize the behavior of these distinct populations, arguing for the relative importance of cell-nonautonomous controls in adult tissue homeostasis.  Such extrinsic mechanisms must be significantly different than those underlying developmental phenomena like cell competition.  For example, the specific basis for cellular demise in competing cells, a slow rate of division, has no relevance for postmitotic cells in adult organs.  Moreover, the coincidence of patterning and growth in developing tissues has allowed some molecules like Dpp to be co-opted for use in both processes.  This duality might not apply to fully patterned adult tissues.

Despite these and other differences, there may be some general principles governing metazoan tissue dynamics throughout life.  For example, the notion that cells might be subject to some form of competition as a means of determining cellular “fitness” is not unique to Drosophila.  Competitive phenomena have also been observed in the social amoeba Dictyostelium discoideum, mice, and bacteria.  And adult stem cells in the murine germline and hematopoietic system appear to compete for access to niches.  Given the widespread occurrence of competition between individual cells or groups of cells throughout evolution, it is possible that these types of processes might control cell number during adult cell turnover.  Martin Raff has proposed one such model: “if a given level of survival factor supports a certain number of cells of a particular type, any increase of these cells above this number would stiffen the competition and thereby tend to cause enough cells to die to return the cell number to its original value; a fall in cell number would have the reverse effect.”

Restivo Malbec

Restivo Reserve Malbec 2010

アルゼンチン、パタゴニア。このマルベックはスゴイ。グラスを傾けた瞬間、甘ーい花のような香りとブルーベリーのような甘味がふわっと広がり、その後濃厚なタンニンが長ーく複雑な余韻を残す。これは気に入った。コスコで１０ドルほど。しかしながら、ネットでこのワインに関する情報がほとんど手に入らないのはどうしたことだろうか。こんなのも珍しい。ほとんど知られていないワインなのかな。

Proofreader's comments

さて、ニューバージョンの原稿の英文校正が返ってきた。いくつか、proofreaderからのコメント。

Don't frame the paper as a historical narrative.  Just say what remained unknown, what you did to fill the gap, what happened when you did it, and what the results mean.

ふむ、なるほど。

あと、基本的な文法に関すること。

In American (as opposed to British) usage, prefixes (including "non-," "post-," "multi-," "over-," "pro-," and "co-") are appended directly, without hyphens.

In American (as opposed to British) usage, single quotation marks are reserved for a single use -- marking a quotation within a quotation.  Double quotation marks are used in all other situations.

In American (as opposed to British) usage, periods and commas always precede closing quotation marks.  Colons and semicolons always follow, and other marks (like ? and !) precede or follow, according to whether or not they are part of the quoted material.

ST博士送別会

二つ隣のラボにいてた日本人ポスドク、ST博士がついに今週日本に帰国することとなり、昨晩はいつものChina Delightで送別会をした。送別会と言っても医学部のKT博士を加えた三人で。今回も三人で送別会恒例の北京ダックをいただきながらゆっくりと話した。ST博士は結局５年近くこの町にいたことになるのだそうだ。ST博士とパーティで初めて会った時のことをよく覚えているけど、あれからもう５年も経つとは。。。しかし、寂しいことにこれでついにBiologyにいる日本人ポスドクは自分一人になってしまう。

さらに推敲

書き直したカバーレターを一昨日ボスに送ったら、ボスがうちの学部にいる経験豊富な教授にそれを送ってくれたようで、昨日その先生からのコメントを戴いた。曰く、こんなんじゃアカン、という感じ。この分野に精通していない人が読んだら疑問点や矛盾点がいっぱい出てくると。この現象のことを全く知らない人が読むことを大前提に、もっと分かり易く要点を明確にせにゃいかんと。うーむ、なるべくそういう風に書いたつもりだったのだが。。。ということで今週末はさらにカバーレターとアブストの推敲を重ねる。

以下の言葉がぐっときました。

Editors get a dozen letters a day promising novel and previously unknown.  Why is yours any better?

二日で

うーむ、ワインを飲んでゆっくりしたのも束の間、投稿した論文は結局あっさり二日でエディターから返ってきた。。。まぁちょっと残念だけどもこれはある程度予想していたことだし、ここで落ち込んでいる暇はない。ということで、粛々と次に投稿する雑誌のフォーマットに書き換え中。これに伴って、アブストラクト、イントロ、カバーレターもちょっと書き方を変えていこう。それにしても早かったな。今週もうちょっとゆっくりできるかと思ったんやけど。。。

Besllum

Celler Malondro Montsant Besllum 2008

スペインはカタルーニャのワイン。コスコでボトルにぶら下げられていた「Robert Parker 93」の札につられて買ってきた。１０ドルちょいだったかな。ちょっと不思議な香りにチェリーやブラックベリーの味。全体としてとてもうまくまとまっている感じ。久しぶりにあっさりと二人で一本空けてしまった。ブレンド比は、Carinena 45%, Garnacha 45%, Syrah 10%。

Anselmann Riesling Eiswein

Anselmann Riesling Eiswein 2010

先月ドイツに行ってきた時にお土産として買ってきたPfalzのアイスワイン。濃厚で華やかな蜜のような味。甘ーいパイナップルを食べているようでいて、やっぱりリースリングのリンゴのような甘酸っぱさもある。会社員だった時に部長がカナダのお土産のアイスワインを少しだけ飲ませてくれたことがあって、その時その旨さに感動したことを思い出した。やっぱりアイスワインは美味しいねぇ、ちょっと高いけど。そういや先月の旅でリースリングのワインを何回か飲んだけど、どれもスッキリしていてとても美味しかった。ということでドイツワインにもかなり興味が出てきたのだけど、あんまりアメリカの店では置いてないのよねぇ。

十一週間

ひまわりが咲いた。

投稿完了

たった今投稿完了。結局医学部のDr. TMはお忙しいようで週末中にコメントがもらえそうになかったので、もうエエわということで投稿してしまった。なんか投稿までにエライ時間がかかってしまったので投稿しただけでちょっとした達成感があるのだけども、ここからまた長い戦いが始まるんやろねぇ。。。まぁ今できるベストを尽くしたので、とりあえずは結果を待つのみ。で、次はいよいよSSTプロジェクトを論文にすることを考え始める。

MOHB

日曜日からDCで開催される「Model Organisms to Human Biology: Cancer Genetics」とかいうGSA主催の学会にボスが行くことになって、今自分が書いている論文の内容をしゃべりに行くと。といっても発表はポスターになってしまったのでポスター作ってちょうだい、ということで、今日は一日そのためのポスター作り。まぁ原稿のfigureとfigure legendを貼付ければ大方できあがったのでそれほど苦労はしなかったけども、これで一日つぶれたやん。なんか面白そうな学会やし、こんなんやったら自分が発表しに行きたいなぁ。

もうひとつ

一応原稿の編集作業は完了したのだけども、ボスが投稿前にもう一度違う人に読んでもらいたいということで、隣の医学部にいるDr. TMにcritical readingを頼んだ。金曜までには送り返すよ、とのことなので投稿は週末か来週に持ち越し。いよいよというところでボスもエライ慎重になってきた。そんな訳で今日はちょっと時間ができたので、自分ももう一度慎重に原稿を読み直しているうちに、一つ気になっているデータをやっぱり削ろうという気になってきた。これに関してはかなりたくさんのコンフォーカル写真を撮ったにもかかわらず、いまいちクリアーなものがないということもあるし、いまだにちょっと文字数が多いのでちょうどいいのかもと思い始めた。ジョンピーもYF博士もこれについては指摘していたし、もしDr. TMもこのデータを指摘するのなら、まぁ削った方がエエということになろう。

十週間

エライ背が高くなってきた二本に大きなつぼみが出てきた。やっぱりひまわりなのかな。この花壇にひまわりを植えた記憶はないのだが。

二人のコメント

さて、木曜日に原稿を一通り書き終えて、さぁちょっと休憩しよかなと思っていたところにジョンピーとYF博士から論文原稿に対するコメントが返ってきた。お二人には一週間ほど前にまだ完成前の原稿を送ってコメントをお願いしていたのだが、二人同時にパーフェクトタイミングで返してきてくれたのだった。二人のコメントを読んでみると、それぞれに自分があんまり気に入っていなかった部分をことごとく指摘してリーズナブルなコメントをしてくれている。で、実は二人のコメントを読んで、後半部分の構成をがらっと変えることにした。この何ヶ月間か話の構成のことは常に考えてきたのに、なんで今までそうするべきと気付かなかったのか不思議。やっぱりこうやって一人で書いていると思い込みから気付かない部分というのは結構あるものなので、投稿前に二人からのコメントをもらえたことは非常に有り難い。ということで昨日と一昨日の夜、オフィスにこもって最終の編集作業。改訂した原稿を昨晩もう一度ボスに送付した。今週ついに投稿できる。

マシュマロパーティ

金曜の夕飯後、誘われて近所のウォルターの家のバックヤードでマシュマロパーティ。アメリカの映画やドラマなんかで時々見る、たき火で枝に刺したマシュマロを炙って食べるアレ。アメリカ人がなんでマシュマロを炙るのか、ちょっと分かった。表面にうっすらと焦げ目がつくまで炙ると、ちょっと香ばしくなって中身はトロッとやわらかく溶けているのだ。そのアツアツのマシュマロと一かけの板チョコをクラッカーにはさんで食べる。甘ったるくてなかなかおいしい。まぁでも、とりとめのない会話をしながら枝に刺したマシュマロを炙る、あの和やかなひとときがエエんやね。

初稿から４ヶ月

昨晩ラボに戻ってきてから遅くまでかかってサプリメントに入れる最後のquantificationのデータを取った。で、今ようやく原稿を全て書き終えた。うーむ、なんでこんなに苦労したんだろうか。初稿を書き上げてから４ヶ月も経っとる。まぁでも苦労した甲斐あってなかなかエエ感じになったかも。ということで、ボスのコメントを待っている間にゆっくりとカバーレターを書こう。

Bolla Valpolicella

Bolla Veronese Classics Valpolicella 2010

Publixで見つけたイタリア Bolla のバルポリチェッラ。１０ドルほど。すっぱいイチゴとチェリーの果実味が溢れるライトボディ。あっさりしていて色んな料理に合いそうだけども、ちょっと自分には軽やかすぎるかなぁ。

削減

さて、今日の午後中ずっと論文原稿の文字数を削るのに集中してやっと５００語削ることが出来たのだが、投稿規定に合わせるためにはあとさらに５００語削らないといけない。。。ちょっと疲れてきた。初回の投稿時には少しくらいオーバーしててもエエんとちゃうのん、という話も聞くけどさすがにもう少し減らすべきやろうなぁ。もうこれ以上削られへんで、というところから５００語とか削るのは結構心情的に“痛みを伴う改革”なのだが、確かにこの作業を続けていると、だんだんなんていうのか文章が研ぎすまされてくるのが分かる。字数制限のことを考えずに書いた原稿には意外と無駄な文章がたくさん含まれていて、そういう論理の回り道が論文を読みづらくしているのだ。そしてそういう無駄な文章をギリギリのとこまで削ぎ落としていくと、一つの結論を導くために必要最小限のロジックが見えてくる。自分の中でごちゃごちゃと考えていることを自分の研究のことを全然知らない人にも分かり易く示して、しかもその重要性や面白さをストレートに伝えるためにはこういう風にするべきなのだということがだんだん分かってくる。ということで、このプロセスはなかなか大変やけども実はそういうメリットがあるんやねぇ、と考えれば、こんな苦労しているのにもしエディターにあっさりとリジェクトされた時の自分への慰めにはなるかな。