ロウチビのBirthday Party

今日は昼過ぎから近くの公園でロウチビのBirthday Partyでした。ロウチビの近所の友達やプレスクールの友達、合わせて９家族が参加してくれました。昨日までの天気予報では今日は雨だったので、わざわざ屋根のある公園に場所を変更したのですが、なんと晴れてくれた上に随分暖かく、半袖一枚で過ごせるほどでした。パーティーが終わる夕方頃にはだんだん気温が下がってきましたが、そんな訳でこのパーティーにばっちり合わせてくれたかのような最高の天気のもとで子供達もしっかり楽しんでくれていた様子。来週２月４日にロウチビはもう四歳になります。そしてそろそろお姉さんになるんですね。

ジョイントラボミーティング

今日のラボミーティングは自分の番。今日は医学部にある二つのハエ研究室も一緒に行うジョイントラボミーティングということで、ちょっと気合いを入れてSSTプロジェクトについて語った。といっても、SSTプロジェクトの基本的なフェノタイプに関するデータは蓄積していたのだが、メカニスティックなレベルではどうもこうブレイクスルーと成り得るような新しいコンセプトがなかったのでここ何日か今までに撮りためたコンフォーカル画像を細部まで何回も眼を見開いて見直した。そうしてるうちに一昨日、今まで見落としていたある細胞の挙動に気が付いたのだ。これを見つけてからは一気に頭の中で新しいコンセプトに成り得るであろうストーリーが出来上がった。今日はそのアイデアがクライマックスになるようにプレゼンしたつもりだけども、どうだっただろうか。少なくともうちのボスはこのアイデアにものすごく刺激されたようで、ミーティングが終わってからボスの部屋で随分長々とデスカッションしてくれた。おかげで疲れたけど、こういう夢のあるデスカッションはいつまでしていても飽きないもんだ。まぁでもここからがSSTプロジェクトの本当のスタートになる。

Dr. KI

今日はRutgersのDr. KIがFSUにトークをしに来た。Dr. KIはHHMI investigatorでもあり、彼のラボからは毎年のようにtissue patterningやgrowth controlに関する素晴らしい論文が量産されている。今日は午前中に個人面談の時間をもらえることができたので、自分のオフィスでコーヒーを飲みながらいろいろと話した。話したといっても４５分の面談時間の間、結構一方的に自分がやっているプロジェクトの内容を夢中でしゃべってしまっていたかも。Dr. KIはとても物腰の柔らかなジェントルマンという感じで、ゆっくり頷きながらじっくりと聞いてくれていたが、やはり時折非常に鋭いコメントもしてくれた。SSTプロジェクトのデータを見せたときには関連していそうなsignaling pathwayの名前をすぐさま三つ挙げてくれたが、それらはまさに自分の考えていたモノと同じだったのでちょっと嬉しかったな。夕方のトークはFat-Hippo signalingに関する最近の仕事内容が中心で、Four-jointed、Dachsous、Fat、Dachsから広がっていくsignaling pathwayがtranscriptional controlとplanar cell polarityをアウトプットとしていかにpatterningとgrowthをコントロールしているのかという話。もちろんpatterningとgrowthを統合的に理解するにはまだまだ分からないことが多いのだが、その全体像が少しずつ見えてきているような気にさせられるトークだった。

最終チェック

今日の昼もボスの部屋でロンドンとスカイプデスカッション。YF博士が明後日から出張に出る予定なので、なんとかして明日中に再投稿してしまおうとしているのではあるが、追加しようとしている二つのFigureについて三人の意見がなかなか上手くまとまっていなかったのだ。基本的にYF博士が原稿のまとめ役になっているのだが、この部分の絡みでこの数日YF博士は何回もFigureと文章の構成を書き直している。なんとか今日のデスカッションでみんなの意見がまとまったけど、YF博士は今日返ってきた英文校正も含めてもう一度ファイナルバージョンを作らなければいけない。スカイプをしたのがフロリダの時間でちょうど昼過ぎ、ということはロンドンはもう既に夕方５時過ぎ。ここ連日のデスクワークでYF博士はかなりお疲れの様子だったけども、うちのボスは最後に「明日必ず投稿できるよね。だってYFは今日の晩まだずっと働くんでしょ。」とか涼しそうに言ったのでYF博士は苦笑い。で、先程ロンドンからようやくファイナルバージョンが送られてきた。メールの始めには「I am almost dead, but finished all corrections.」。YF博士、本当にお疲れ様です。ということで、こちらも気合い入れて今晩最終チェックにかかります。

ほぼほぼ終了

今日の朝ラボミーティングの前に一時間だけコンフォーカルをしに行って、リビジョン用の最後の写真を撮り終えた。ラボミーティングが終わってからはYF博士と少し電話で話して、さらにこちらが書くべき箇所を確認。その後夕方までかかって追加のFigure作りと文章書きをほぼほぼ終えた。あとはこの週末にじっくりと全体を読み直して、月曜日にYF博士とうちのボスと三人で最終確認をするのみ。なんか直前になって色々追加のモノが出てきたのでこの二週間ほど随分この論文作成に追われてしまっていたが、今一通り目を通した限りはリビジョン前に比べるとやはりだいぶブラッシュアップされたんではないかという印象。YF博士が書いてくれたrebuttal letterも自分には素晴らしい出来に思えた。来週いよいよレビュワー達と再戦。さぁ、納得してくれるだろうか。

Interclonal Cooperation

今日も大学の食堂でランチを取りながら論文を読んだ。今日読んだのは１月１３日付でNatureのAdvance Onlineに出てきた論文で、Dr. TXラボからのscribble mutant cellとRasV12のinterclonal cooperationに関する話。いやー、マジでオモシロかった。途中何回か食べるのを忘れて読み耽ってしまったほど。scrib mutant cellにRasV12を発現させるとアグレッシブなtumorigenesisが起こることはよく知られているが、この論文ではまず始めにRasV12を発現している細胞とscrib mutant cellが隣り合った場合でも同様な悪性腫瘍化が見られることが示される。scrib mutant cell内ではJNK pathwayがactivateされており、このJNK activationはRasV12を発現している近隣の細胞へpropagateしていく。そしてこのJNK activationによってUpdの発現上昇が引き起こされ、JAK-STAT pathwayがup-regulateされる。このJAK-STAT activationがRasV12とともに悪性腫瘍化を引き起こす、ということである。しかもこのJNK signaling propagationによる近隣細胞でのJNK-induced JAK-STAT activationが、wound healingやcell competitionにおけるcompensatory proliferationのメカニズムでもあることが示唆されている。scrib mutant、RasV12、JNK pathway、そしてJAK-STAT pathway、と出てくるのは既知のモノばかりではあるが、そこから全く新しいコンセプトが示されている。シブイ。何回も唸らされてしまった。しかし、JNK activationはどうやってfeed-forward loopで伝播していくんじゃろか？そしてJNK activationはどうやってUpdの発現をup-regulateするんじゃろか？また、scrib mutant clone内でのJNK activationはcell competitionによるapoptosisのトリガーにもなっている訳であるが、propagateしたJNK activationはなぜapoptosisをトリガーしないんじゃろか？やっぱしJNK pathwayのcell context-dependentなpleiotropic regulationは謎が多い。
で、この論文のサプリを確認しようと思ってNatureのホームページを見ていたら、今週号のResearch Highlightsに「Cancer biology: Kicking out cancer cells」というのがあったので見てみると、なんとロンドンのYF博士のラボからJ. Cell Sci.に報告された論文の紹介ではないか。あらま、いつの間に。

ラストスパート

昨日までで一通り作り終えたリヴィジョン用のFigure（なんと１３個）をYF博士に送った。昨日のデスカッションで、さらにいくつか追加でコントロール用のコンフォーカル写真を載せた方がイイだろうということになったので、今日は午後からそのサンプルを解剖して明日中に抗体染色を終わらせる予定。あと今週中に追加の文章も書いて、来週の始めに再投稿ということになるかな。もう一息、今からラストスパート。

Tumor progression

Between the two extremes of fully normal and highly malignant tissue architectures lies a broad spectrum of tissues of intermediate appearance. The different gradations of abnormality may well reflect cell populations that are evolving progressively away from normal and toward greater degree of aggressive and invasive behavior. Thus, each type of growth may represent a distinct step along this evolutionary pathway.

Some growths contain cells that deviate only minimally from those of normal tissues but may nevertheless be abnormal in that they contain excessive numbers of cells. Such growths are termed hyperplastic. In spite of their apparently deregulated proliferation, the cells forming hyperplastic growths have retained the ability to assemble into tissues that appear reasonably normal.

An equally minimal deviation from normal is seen in metaplasia, where one type of normal cell layer is displaced by cells of another type that are not normally encountered in this site within a tissue. These invaders, although present in the wrong location, often appear completely normal under the microscope. Metaplasia is most frequent in epithelial transition zones where one type of epithelium meets another.

A slightly more abnormal tissue is said to be dysplastic. Cells within a dysplasia are usually abnormal cytologically; that is, the appearance of individual cells is no longer normal. In dysplastic growths, the relative numbers of the various cell types seen in the normal tissue are no longer observed. Together, these changes in individual cells and in cell numbers have major effects on the overall tissue architecture. Dysplasia is considered to be a transitional state between completely benign growths and those that are premalignant.

Even more abnormal are the growths that are seen in epithelial tissues and termed variously adenomas, polyps, adenomatous polyps, papillomas, and in skin, warts. These are often large growths that can be readily detected with the naked eye. Under the microscope, the tissue within these adenomatous growths is seen to be dysplastic. Since adenomatous growths do not penetrate the basement membrane and invade underlying tissues, they are considered to be benign.

A further degree of abnormality is represented by growths that do invade underlying tissues. Here, for the first time, we encounter malignant tumors that have a substantial potential of threatening the life of the individual who carries them. This disparate collection of growths - both benign and malignant - are called collectively neoplasias, i.e., new types of tissue. (Some reserve the term "neoplasia" for malignant tumors.)
(Weinberg, 2007. Biology of Cancer)

Reorientation

今日の昼もデスクワークの合間に大学の食堂で論文を読みながらランチを取った。今日読んだのは、去年の１１月にCurrent Biologyに掲載されたDr. NBラボからの、cell competitionにおけるoriented cell divisionについての論文。競争に負けて死んでいく細胞に対して隣り合う勝者の細胞達が細胞分裂の方向をわざわざその死んでいく細胞の方に向き変える。このreorientationにはfatやdachsous、atrophinといったPlanar Cell Polarity pathwayが関与している。という話。実はこの話も去年９月のバルセロナでDr. NBが発表しているのを聞いたのだが、cell competitionとcompensatory proliferationにおけるPCPの関与は前々から自分も気になっていたところだったので、この発表を聞いたときにはホホウと思ったのだった。２００７年に同著者によってCellに報告されたengulfmentに関する論文を読んだときにも思ったが、今回も鋭い観察に基づいた発想がユニークで素晴らしい。のではあるが、どちらの論文も読んでいると疑問点がたくさん出てくるのも確か。それにしても、cell competitionに限らず死んでいく細胞に対して隣の細胞が分裂の向きを変える、というこの現象に潜むメカニズムはほんまに面白そうやね。

ミニレビューでランチ

今日の昼は久しぶりに大学の食堂でゆっくりと論文を読みながらランチを取った。読んだのは少し前にオーストラリアのDr. ABラボから出たscribble mutantでのaPKCとJNK pathwayの関与についての論文を受けてのミニレビュー。短かったのでちょうどデザートを食べてコーヒーを飲み終わったのと同時に読み終えた。去年９月のバルセロナでこれに関するDr. ABの発表を聞いていたのであまり目新しい情報はなかったけど、SSTプロジェクトに大いに関係してくる話なので少し頭の中の整理にはなったかな。でもちょっと食べ過ぎて胃がもたれてしまった。昼からはSSTプロジェクトの次のステップとしての実験第一弾をギルスに説明して、ハエの仕込みをやり始めてもらった。さてさてココからどんなフェノタイプが出てくることやら。

前向きに

今朝はロンドンのYF博士とボスの部屋で論文再投稿へ向けてのスカイプデスカッション。概ね作戦は固まった。ということで今週はいよいよ追加のFigureと文章を作らなければならないのだが、他にも今週必ずしなければいけないデスクワークがいくつか出てきたので、今週はパソコンに向かう時間が多くなりそうだけども致し方ない。で、今日の午後はちょっと興奮気味でコンフォーカルに向かった。というのも、先週末に染色し終わったサンプルを土曜日の夜中にラボの顕微鏡でチェックしていたら、ジョンピーと話していたことに対するクリティカルな結果が出ているように見えたのだった。昨日の晩は早くコンフォーカルでそれを確認したい興奮で寝付きが悪かったほどだったのだが、今日コンフォーカルのＺスタック画像で確認してみると自分の勘違いだったことが分かりかなりガッカリしてしまった。こういうときは、自分の考えていたこととは違うということが分かったのでこれまた一つ前進なのだ、とポジティブに考えるようにするしかない。まぁ実際そうやし。まだまだ試せることはあるので前向きにいきましょう。

今年初めのラボミーティング

今日は今年初めのラボミーティング。ミーティングルームに集まってみると全部で１３人もいて、しかもいつのまにか知らないアンダーグラジュエイトが二人増えていた。なんかアンダーグラジュエイトだらけになってきたなぁ。対してポスドクは自分一人だけになってしまっているし。まぁ若いヤツらがたくさんいると賑やかでいいんだけども。で、発表はジャッキーの番。内容は主に今彼が取り組み始めているRNAiスクリーニングについて。意外といくつかのRNAiではそれなりにコンシステントなフェノタイプが出ているようにも見えたけど、こいつらが各々どれくらいクリティカルに発現を調節しているのかを調べるのはちょっと大変なんじゃないかという印象を持った。

そういやさっき新しく届いたCellをパラパラとめくっていたら、Trends in Immunologyのエディターによる「Microbes Go Manga」という題名のブックレビューが目に留まった。読んでみるとやっぱり日本のあるマンガについて。英訳版の「もやしもん」というマンガについてエライ熱っぽく語っている。いつだったか少し前にジョジョを連想させる荒木飛呂彦のイラストがCellの表紙を飾ったときも驚いたが、Cellに日本のマンガのレビューが載るとはこれまたビックリ。このマンガ、題名だけは聞いたことあったけど、このレビューを読んでいて読みたくなってきた。日本から取り寄せてみようかな。

活気

ようやくボスが長期の出張から帰ってきたので、今日の朝は早速新春デスカッションタイム。来週ロンドンのYF博士と論文再投稿へ向けて話し合うので、その前にいくらかの新しいデータについて報告と話し合いをした。今日から大学の授業も始まるようで構内には学生が戻ってきて一気に活気が戻ってきた感じ。ニッキーとギルスも今日少しラボに顔を出したので、今後の実験計画についてちょっと話す。ホリデー期間中の人気のないラボでは落ち着いて実験ができるからいいのだけども、やっぱり学生達で活気がある方がなんとなくやる気が出てくるもんかも知れない。

タンパ小旅行の記録

新春タンパ小旅行の記録を少し。

１月２日（土）
朝１０時頃Tallahasseeを出発して、昼過ぎにTampa郊外のホテルに到着。I-10とI-75を走り続けて約四時間。この日はダウンタウンの近くにあるIKEA（またもやアイキーア）に行って、カタログで見ていた子供部屋のための家具を主に確認する作業。すぐに夜になってしまったのでこの日はIKEA内のレストランで夕食を取った。

１月３日（日）
朝からダウンタウンにあるFlorida Aquariumへ行く。結構大きな水族館だが思っていたよりも子供向けな感じで、小さなアトラクションやショウがたくさんあってロウチビにとっては非常に楽しかったよう。しかも午前中はほとんど人がいなかったので、ゆっくりと見て回ることが出来た。昼からはTECO（タンパ電力）の発電所へ野生のマナティを見に行く。なんで発電所へ野生のマナティを見に行くかというと、この発電所の隣にある運河に野生のマナティがたくさんいるからなのです。実は発電所からこの運河に熱水が排出されており、冬に海水の温度が下がると周辺に生息しているマナティが暖かい水を求めてここに集まってくるんだとか。この日はとても寒かったからか、行ってみると本当に数え切れないほどのマナティ達が集まっていました。ここにManatee Viewing Centerというのがあって、運河に作られたやぐらからその様子を観察していると、みんなプカプカと気持ちよさそうに漂っていて時折鼻の穴だけ出してブシュッと呼吸をしていました。発電所の大きな工場の真横にウジャウジャいるというこの光景からはどうも野生という感じがあまりしないのだけども、野生のマナティを見たのは初めてだったのでなかなか興味深かったな。ロウチビも早速マナティが好きになったようで、お土産屋でマナティのぬいぐるみを買わされました。この夜は旨いレストランを求めて色々と調べたのだが、結局「地球の歩き方」に載っていたYbor cityにあるColumbia Restaurantへ。意外にもちょっとした高級レストランという雰囲気で、料理は基本的にスペイン料理。タパスを二皿にパエリアを頼んだら、どれも美味しくてびっくり。特にパエリアはなかなかのモンでした。実は結構有名なレストランだと思います。オススメ。

１月４日（月）
この日も朝からIKEAに行くも開店が１１時からということで、それまでの少しの時間近くのYbor Cityを散策（イーボーと発音するらしい）。Ybor Cityというのはタンパのダウンタウンから少し離れたところにある旧市街のような一画。主にスペインやイタリア、キューバからの移民によって作られた町で、一昔前は葉巻産業で栄えていたんだとか。葉巻を売る店や飲み屋が並んでいてちょっとエキゾチックな香りのする町ですが、朝だったので閑散としていました。ニューオーリンズのフレンチクォーターにちょっと雰囲気が似ているかな。
その後はIKEAで必要なものを買い込んで、夜帰ってきました。今度タンパに行くときは、海水浴も兼ねて周りの小さい町をもっと見に行きたいですね。

始動

タンパから帰ってきました。ということで今日から本格的に今年も始動です。それにしても今日は寒い。朝家を出ると、玄関の前に置いてあったじょうろの中の水が凍っていました。タラハシで気温がマイナスになることってあんまりなかったような気がするけど。天気を調べてみたら、これから一週間は最低気温がマイナスになる日が続くようです。まぁこれくらいの方が冬らしいし身も心も引き締まる感じがするのでいいのですが、さすがにフロリダの家屋はあまり寒い季節のことを考えていないからかどうもすきま風が多いんですね。これくらい気温が下がった夜に窓の近くで寝ると凍えそうです。
さて、いよいよ２０１０年の始まりということで、気合いを入れるためにも今年の仕事の目標を書いておこう。
アクセプト１本
サブミット２本
結局論文の話になるんですが、とりあえず今年は自分の中に出てきている色々なモノを目に見える形（つまり論文）にしていきまっせ、ということですわ。

あけましておめでとうございます

新年あけましておめでとうございます。
新年早々、正月の夜からFly Pushingしにラボに来ています。というのも明日からタンパへ二泊三日の小旅行へ行って来ることになったので、少しそのための準備を。それではまた後ほど。

仕事納め

クリスマスから一週間ほど、アメリカのハッピーホリデー気分に流されて毎日夜中に３時間ほどハエの仕分けをしにラボに来ていただけだったが、よく考えてみると年明けの論文再投稿に向けて色々とやらなけばいけないことがあるので今日大晦日は昼からずっと実験。ということで今日が仕事納め。仕事納めが時間のかかるBrdU実験になるとは思いもしなかったが、まぁ仕方なし。ユンナとロウチビは近所のウォルター君のバースデーパーティーへ出かけた。で、今夜はニューヨークのカウントダウンをテレビで見て、年賀メールでも作りながら年を越すことにします。それでは皆様よいお年を。