Parenthood

最近、NBCのParenthoodというドラマにはまってます。なんだかオモシロイのです。目が離せません。火曜日の夜はAmerican IdolとParenthood。

Papers

昨日の夜は布団に入ってからも研究のことを考えていたらなんだか眠れなくなってしまった。それでもいつしか眠りについたのはいいけど、その後朝まで、ある有名ラボにトークをしに行って帰ってくるという、なんとも現実的な感じではあるがなかなか壮大な長編冒険ものの夢を見てしまった。面白い映画を一本見たような感じで結構楽しんだのだけども、その代わりなんだか非常に頭が疲れている。今週はちょっとたくさんの論文をチェックしないといけないのだが。。。

さて、先週末「Papers」という有名なPDF論文整理ソフトをダウンロードした。今まで何回かフリーウェアのiPapersというヤツを試したことがあったのだがどうもバグが多いようで使い物にならなかったので、このPapersを使いたかったのだが４２ドルもするのであまり考慮に入れていなかった。でもやっぱり増え続ける論文のPDFファイルにいちいち違う名前を付けて色んな名前のフォルダに整理しようと努力しても、たいがいどのフォルダにしまったか忘れてしまって同じ論文を何度もダウンロードしてしまっていたり、そのうちしまうのも面倒くさくなってデスクトップがPDFで散らかり放題になっていたりするもんだ。ということで先週ついにこのPapersの一ヶ月フリートライアルバージョンをダウンロードしてみたのだが、完全にハマってしまった。これはスゴイ。めっちゃ賢くて超使いやすい。PubMedやGoogle Scholarを始めとした色んな検索エンジンが使えるし、いくつかのキーワードを指定しておけばダウンロードした論文を関係あるフォルダに勝手に整理してくれるし、ダウンロード済みの全ての論文の全ての文章から単語を検索することもできるし、タブブラウジングもフルスクリーン表示もできてメモも書き込める。このPapersで論文を探していたら、うっかり関係のないウェブサイトに寄り道することもないし、論文を集めて読むのがなんだかどんどん楽しくなってきます。これは買うしかないかもなぁ。

一周年

このブログを開設したのが去年の４月２３日、ということでついにブログをやり始めて一年経ちました。この一年で２５１回の書き込みをしたようです。意外にも大体三日に二日の割合で書いていたことになりますか。まぁ写真だけとかのこともよくあったけど。一年前始めた当初ははっきり言ってこんなに書くとは思っていなかったし、もしかしたら三日坊主で終わるかも、とか思っていたので自分としては上出来ですわ。基本的には自分のための備忘録ですが家族や友人への近況報告にもなればエエかな、というスタンスは変わっていないのでまぁしょーもないことばかり書いておる訳ですが、昨日までに計４６カ国から４２５６回も訪問して頂いたようで有り難いことです。こんな調子でさらに続けていきますので、よくこのブログを御訪問して頂いている方々、今後ともよろしくお願い致します。

PBac{SAstopDsRed}

今日ようやく論文再々投稿完了。今回は一ヶ月という期限の最中に学会があったのでちょっと最後ドタバタとしてしまったけど、まぁこれが今出来るベストな形なんじゃないだろうか。後はもうエディターがレビュワーに回すことなくアクセプトしてくれるのを祈るのみ。今回エディターが要求していないにもかかわらず前回のリビジョンから省いたデータがあり、この点をあっさり納得してくれるかどうかがちょっと心配な点だが。でもこれで学会も論文も一段落ということで、今日からまたちょっと腰を落ち着けて何をやるべきか考えているところ。やりたい実験は山積みなのだが、どれから手を付けていくべきか。

で、今朝久しぶりにFlyBaseで自分が追っている遺伝子のデータベースを眺めていて、ふとゲノムマップのイントロン上に今までなかったトランスポゾンが一つ増えていることに気付いた。PBac{SAstopDsRed}という聞いたことのないPiggyBacだが、ソースの論文を見てみたらなんともシブイ改良型PiggyBacではないか。

To increase mutagenicity of existing piggyBac elements and to specifically render the high proportion of intronic insertions mutagenic, we added splice acceptors followed by stop codons in all three frames in both orientations of the mutator. We also swapped the existing marker with a DsRed fluorescent protein to allow for live screening of brains with MARCM clones expressing GFP (Schuldiner et al. 2008. Dev. Cell 14: 227-238).

ということらしい。つまりイントロンにインサートされてしまったものでもイントロン諸共スプライスアウトされないようにsplice acceptorなるものが付いていて且つそのすぐ後ろにストップコドンが入っているのでtruncated formになるという仕組み。しかもマーカーはDsRedで、2ndでも3rdでもFRTが左右ダブルで入っているというのがイカしてる。調べてみたら２０００系統以上が京都のDGRCに保存されており注文可能。たまたま自分が追っている遺伝子上にこれが乗ってくれたのはラッキーなことだけど、また一つやるべきことが増えたな。。。"できること”と言うべきか。

バーン！

ぶっ放した直後。

ワイルドターキーを追って

一昨日の日曜日の朝、近所のマイクに誘われて久しぶりのハンティングに出かけてきた。向かった先はWacissa springsの近くに広がる森林地帯で、狙う獲物は七面鳥。Apalachee Pkwyから柿狩りの農園にいく時と同じ道に入り、牧草地帯を南下していくと寂れたWacissaの町に出る。車のラジオから聞こえてくるGrateful Deadがよく似合うその小さな町を通り過ぎてさらに南へ向かうと、その先には深い森が広がっている。町から少し離れたところでハイウェイから外れて、地図上で目星を付けておいた森の中へと続く砂利道を見つけて入っていき、T字路まで出たところで一旦車を降りて少し森の中に入ってまず標的を撃つ練習をした。久しぶりにショットガンをぶっ放したけど、やっぱりすごい威力。マグナム弾を撃つと衝撃で肩がジーンと痛くなるほど。少し練習して感覚を取り戻した後、さらに森の奥へと車を走らせた。あまり手入れされていない感じの砂利道の横には蓮の花や珍しい食虫植物の黄色い花が咲き乱れる沼が延々と続いており、時折車が水たまりに差しかかると、水場に集まっていた色とりどりの蝶たちが一斉に飛び立っていく。そんな道をどんどん奥へ入っていくと、森の中にぽっかりと開いた日当りの良い小さな広場でその道は終わっていた。そこからはうっそうとした木に覆われた細い道が森の奥に続いているのだが、車の窓からその薄暗い道の奥に目をやったとたんに二人とも声を上げた。５０メートルほど向こうを横切ったのは明らかにワイルドターキーだった。しかも二羽続けてトコトコと茂みに消えていった。急いでショットガンに弾丸を詰めて二人でひそひそと作戦を話しながら森へ入っていき、ターキーがいたあたりで二手に分かれて茂みの中に入っていった。マイクのショットガンは結構大きくて重いのでそれを片手にジャングルのような茂みをかき分けていくのはかなり大変なのだが、茂みの奥に目を凝らしながら動物の気配に五感を集中し、なるべく大きな音をたてないように緊張して歩いているとその重さのことも忘れてしまう。時々立ち止まって耳を澄ますと、森の中からいろんな動物達の鳴き声や物音が聞こえてくるのだが、その中にターキーの声が聞こえたような気がする。目の前の枝では鮮やかな緑色のトカゲが赤い喉を膨らませながらじっとこちらを見ていた。森のことをよく知っているマイクは、獣道のぬかるみにたくさん残された足跡の一つ一つを指差して、鹿や野ブタやアライグマやボブキャットがここを通っていることを教えてくれた。そんな森の中を二人で二時間以上も彷徨い続けたが、残念ながら始めに見かけたワイルドターキー達をもう一度目にすることはついになかった。それでもなんだか心地よい疲れを感じながら来た道を車で戻っていると、真っ白な体をした首の長い大きな鳥が帰り道を教えてくれているかのように車が走るすぐ前をずっと一緒に飛んでいたのでした。おしまい。

締め切り近し

先週土曜日の朝に日本滞在中のYF博士とスカイプデスカッションして、論文の再々投稿へ向けた進捗状況を話し合った。いろいろな事情で日本に滞在中のYF博士であるが、アイスランドの火山噴火の影響で今週予定通りロンドンへ帰れないかもしれないという状況の中、いつの間にか再々投稿の締め切りは今週金曜日に迫ってきておりなるべく早めに原稿を仕上げてしまおうという話になった。そんな訳で今日中に追加実験のデータを全て揃えてしまいたいのだが、この週末で染色し終えた大量のサンプルは定量化して解析しなければいけない実験なのでちょっとキツイかも。といっても間に合わせるにはやるしかない。。。

3D Viewer

昨日今日と、学会前に撮りためたコンフォーカル写真を整理していた。実は明日のラボミーティングでギルスが発表しないといけないので、そのためのFigure作りもかねて。まず新しいMacBook ProにImageJの最新版1.43をインストールして、いつものようにZ-stack画像をリスライスしたりして観察している時にふと、Pluginsの3Dという項目にImageJ 3D Viewerというプラグインがあるのに気付いた。あれれこんなのあったっけな、と思いながら早速試してみてビックリ、これはスバラシイ。今まで3D画像を見る時はStacksの中にある3D Projectを使っていたけど、3D Viewerの方が断然画像がクリアーな上に、XYZ軸だけじゃなくて全方位にクルクル動かせて、しかもよく見てみたい箇所を簡単に拡大して見ることが出来る。どんどん拡大していくと当然画質は落ちるけど細胞の中にまで入っていけてしまう。imaginal discの内部や裏側も結構クリアーに観察できるので、夢中になっていろんなサンプルをクルクルさせてしまった。昼のポスドクランチの時に専門家のKS博士に他にも良いのがあるのか聞いてみたら、IMODという電顕画像用のプログラムもあるらしい。これも面白そうですが、ちょっと難しそうですな。勉強してみます。

ハエ学会を終えて

さて、今回のハエ学会はなかなか実りあるものになった。まず何より知り合いをたくさん作れたこと、これは非常に大切なことだと改めて実感。今回はやはりポスターとワークショップの両方で発表できたことが非常に良かった。今まではポスター発表の方がじっくりとデスカッション出来るのでいいような気もしていたけど、やはり学会では自分の仕事を大勢の人に知ってもらうということの方が大きな意味があると感じた。当たり前か。ワークショップの会場には去年９月のバルセロナにいた面々もちらほら見かけたので、彼らには今回で確実に自分のことを覚えてもらえたはず。ということで、今回ワークショップを催してくれたボスに大いに感謝。そしてやはり学会に行くとたくさんの刺激を受けて研究へのモチベーションもグッと上がります。と同時に同じフィールドで研究している他のラボの仕事を見て大いに焦りを感じたのも事実。まぁでもとりあえずは今持っている三つのプロジェクト各々に対する新しいアイデアとモチベーションを持ち帰ることができたので、自分としてはなかなか満足な５日間になった。ということで今回このDrosophila Conferenceは初めてだったけども、これはなるべく毎年出席しないといかんなぁと思った。

さてさて次は論文再々投稿への最終準備をしなければいけません。

桜

結局ワシントンDCに５日間滞在していたのに、朝から晩までほとんどホテルの中にいて、外出と言えば食事をとるために表の通りのレストランを探しにいく時だけだった。。。ということで全くもって観光をしなかったのだが、ホテルの周りにたくさん植えられている八重桜がみな満開になっていて、それはそれはなかなか見事なものでした。本当は有名なポトマック河畔のソメイヨシノを見たかったのだが、実はそちらは我々が到着した頃には暑さでほとんど散ってしまっていたらしい。でもやっぱり桜はイイですなぁ。桜吹雪の下を歩くと日本を思い出しました。

無事帰宅

昼頃にワシントンDCを出て、アトランタ経由でタラハシに帰ってきました。飛行機が二つとも偶然ニックと同じ便だったので、ずーっとニックと二人で色々話しながら帰ってきた。まぁまぁ無事終了。とりあえず疲れたので今日はもう寝ますわ。また明日。

ハエ学会四日目

今ようやくワークショップの打ち上げパーティー終了。非常に疲れたけど、自分の発表もワークショップ自体もうまくいったのではないだろうか。最後までほぼ満席だった。今日一日、風邪の具合が随分悪くなってきて自分でもどうなることかと思ったけど、やはりワークショップが始まると風邪のことなんてほとんど忘れてしまっていた。ということで発表はなかなかエエ感じでしゃべれたし、質問にもそれなりに答えられたかな、たぶん。ワークショップ後にホテルのバーで乾杯したのだが、TI博士やNSM博士の紹介で何人かの日本のハエ研究者の方々とも知り合えたのは良かった。まぁそんな感じでなんとかやり終えました。学会も明日の午前で終了です。

ハエ学会三日目

今日も朝からプラットフォームセッション。楽しみにしていたTI博士のとこのポスドクSO博士の発表に感動してしまった。ストーリーはもとよりscrib mutant cloneがwild type cellにengulfされるライブイメージは強烈なインパクトだった。聴衆もザワザワしてたな。昼はホテルのカフェでサンドイッチを食べながら明日の発表スライドを少し作り直す。で、午後のプラットフォームセッションが終わった後でラボの奴らを探したのだけども見つからなかったので、仕方なく一人寂しくとぼとぼと外へ出て昨日の昼に行ったタイ料理屋でビールを飲んでいたら、なんとトイレからこれまた一人で来ていたジョンピーが出てきたので早速二人で乾杯した。始めはお互いの研究内容についてデスカッションしていたのだが、「で、ジョンピーは今ハッピーなんか？」と聞いたら、Not really,,,,,と言いながらまだ誰にも言っていないんだけども、という将来についての話しをしてくれた。実はジョンピーの口からそれを聞くのはとても寂しかったのだが、確かにそれは仕方ないのかもしれないとも思った。まぁまだ分からないとも言っていたし、もしそうなったとしても悪くはないとも言っていたし。。。その後はもう一度８時から１１時まで三時間にわたるポスターセッション。こちらに来た頃から喉に痛みを感じていたのだが、昨晩のポスターセッションを終えたあたりからちゃんと声が出ないくらいに悪化してきたのでかなりつらかったけどもなんとかやり終えた。セッションタイムが終わった頃に、自分のポスターの近くでDr. NBのとこのグラジュエイトとDr. EBのとこのポスドクが二人で話していたのでそこに自分も加わって三人でイロイロとデスカッション。三人ともcell competitionを研究し始めたやつらということで、かなりオモシロイデスカッションタイムになった。明日のワークショップでまた三人顔を合わせるはず。ハエ学会に参加したのは今回が初めてということもあるんだろうけど、毎日知り合いがどんどん増えていくのは非常にエキサイティングですな。明日の夜がいよいよ本番です。そういや今日からいきなり気温が下がって外は冬のよう。風邪がひどくならないようにしなければ。。。

ハエ学会二日目

今日は朝からプレナリーセッション。朝一のトークからCrumbsとHippo pathwayのinteractionの話で一気に目が覚めたのだが、さすがにどのトークもなかなかオモシロかった。昼はブンちゃんとニックと三人で近くのタイ料理屋でランチを取った後、２時から４時までポスターセッション。結構次から次へといろんな人が聞きにきてくれたのだが、やはり実際にcell competitionをやっている人達とのデスカッションは面白かったし、いくつか重要な情報をもらうことができて良かった。夕方は三つのプラットフォームセッションをぶらぶらと渡り歩きながら聞いていたのだけども、あまりグッとくるものはなかったかな。アルバートがいまだに自分の名前をちゃんとAcknowledgementsに入れてわざわざ紹介してくれていたのはとても嬉しかった。夜はうちのラボから参加している４人に、うちのラボでPhDを取ったジョンピーとJJも加わって久しぶりのメンバー６人でインド料理レストランで乾杯。今日も疲れました。

ハエ学会一日目

５時頃に無事ホテルに到着。で、今日は夕方のオープニングセッションの後にレセプションパーティーがあり、先程ようやく部屋に帰ってきたのだが、部屋に帰ってくると相部屋のブンちゃんとニックはもうすっかり寝静まっていた。今回は学会会場のホテルの一部屋を三人でシェアすることになっていたのだが、来てみてビックリ、ベッドが二つしかないではないか。。。今寝ている二人を見てみたらニックが一つのベッドの端の方で小さくなって寝ていたので、自分はニックと一緒に寝ることになるようだ。。。まぁ仕方ないか。

レセプション会場に向かっている時に後ろから名前を呼ばれて振り返るとそこにいたのはDartmouthにいた時のボス、アルバート。アルバートのラボを出てからもう三年半も経つんだなぁ、ということでお互い懐かしくてビールを飲みながらいろんな話をした。そして１１時頃になって、もう疲れたしそろそろ部屋に帰るかな、と思いながら一人でコーヒーを飲んでいるときにTI博士を見つけてしまったので早速挨拶しにいって長々と立ち話をしてしまった。実は随分前からいつか必ずTI博士に会うことを考えていた自分にとってはとてもうれしいことだったので、なんだかべらべらといらぬことまでしゃべってしまったような気がする。そんなこんなで非常に疲れたのでもう寝ます。明日の午後に早速ポスターセッションですな。それにしても今日のワシントンDCはめっちゃ暑くてビックリ。真夏のようです。

今から出発

今タラハシの空港で書いています。タラハシの空港はインターネットタダなんですね。今からアトランタ経由でワシントンDCへ向かいます。

それではまた後ほど。

ポスター完成

なんとか今日一日でポスターを作り上げた。学会用のポスターを作るのなんて学生のとき以来だし、その頃とは作り方が全く違っているのでちょっと苦労した。結局PowerPointで作ったのだが、PowerPointってなんでこんなに使いにくいんでしょうねぇ。普段プレゼン用のスライドを作るときにKeynoteを使っているから、という慣れの問題なのかもしれないけど、なんか思ったように動いてくれなくてイライライライラさせられた。しかもそんなイライラしている時に、ジャーナルクラブの時間になったので渋々行ってみたら、あるアンダーグラジュエイトがなんともお粗末なプレゼンをやってくれたもんだからもう耐えられなくなって途中で退席してしまった。あれ以上あんなものを聞かされ続けていたらヒドイことを発言してしまいそうだったから出てきて良かった。まさに時間泥棒にあった感じ。で、今やっと家で落ち着いてポスターを仕上げたのだけども、なんとも暑い。。。隣の家からは早速クーラーの音が聞こえ始めたけど、うちはもう少し我慢かな。

イースターの週末

昨日は近所のジェネイの家で、そして今日はシンシアの家でと、この週末は二日連続でイースターを祝うパーティーでした。昨日のジェネイの家でのパーティは、子供達のエッグハントがメインで朝から近所の家族がたくさん集まりました。ロウチビもイースターのドレスを着て参加。選手入場。みんな走り回って一生懸命に隠された卵を探します。ゆで卵だけではなくて小さなオモチャやお菓子が入ったオモチャの卵もたくさんあるので子供達は必死。そして、みんなで食べます。こちらは友達になることを運命づけられた二人の赤ちゃん、うちのソウシロ君と三軒隣のアニカの弟、マックス君。
で、今日のシンシアの家でのパーティは大人のディナーがメインのパーティーで、シンシアのとことアニカの家族とうちの三家族でのパーティーでした。ビールを飲んでたらふく旨いモノを食べて家に帰ってきたらそのまま眠ってしまいたかったのだが、なんとかラボに出てきた。今からハエの世話をします。

MacBook Pro到着

昨日の朝、Macbook Proがついに到着した。意外にコンパクトな化粧箱を開けてみると出てきたのは何とも美しいアルミニウムユニボディのMacBook Pro。夜、家に帰ってきてからドキドキしながらポチッと電源をONにした途端、何やらスゴイオープニング映像が始まった。宇宙空間にいろんな言語で「ようこそ」という文字が飛んできては目の前に迫ってくる、そんな感じの映像。そんなものがいきなり始まったことにも驚いたのだが、その映像の鮮やかさにちょっとあっけにとられて見入ってしまうほど感動してしまった。で、今日はオフィスで今までのPowerBook G4と並べて開けていたのだけども、なんというのか、Macが五年の間にいかに進化したのかということを実感した。コンフォーカル写真がめっちゃ綺麗に思えてしまうのだ。何だか今まで見落としていた細胞のフェノタイプが見つかりそうな気がしてしまうほど。マルチタッチトラックパッドも非常にイイ感じで、これだともうマウスいらんかも。いやーマジですごいわ。しかし、アメリカのアップルオンラインストアで注文しても上海から届くとはちょっと意外だったな。

もう夏か

晩御飯を食べた後、まだ外が明るかったのでロウチビとグラネットも一緒にぶらぶらと近所を一周散歩してきた。そこここにツツジの花が咲き乱れていて、草の茂みからはいろんな虫の声が聞こえてくる夕暮れ。そろそろ夏が来たのかなぁと感じた。天気予報を見たら今週末にかけて最高気温が３０度近くまで上がるとか。ちょっとまってくれ。。。