2010年4月16日金曜日
3D Viewer
昨日今日と、学会前に撮りためたコンフォーカル写真を整理していた。実は明日のラボミーティングでギルスが発表しないといけないので、そのためのFigure作りもかねて。まず新しいMacBook ProにImageJの最新版1.43をインストールして、いつものようにZ-stack画像をリスライスしたりして観察している時にふと、Pluginsの3Dという項目にImageJ 3D Viewerというプラグインがあるのに気付いた。あれれこんなのあったっけな、と思いながら早速試してみてビックリ、これはスバラシイ。今まで3D画像を見る時はStacksの中にある3D Projectを使っていたけど、3D Viewerの方が断然画像がクリアーな上に、XYZ軸だけじゃなくて全方位にクルクル動かせて、しかもよく見てみたい箇所を簡単に拡大して見ることが出来る。どんどん拡大していくと当然画質は落ちるけど細胞の中にまで入っていけてしまう。imaginal discの内部や裏側も結構クリアーに観察できるので、夢中になっていろんなサンプルをクルクルさせてしまった。昼のポスドクランチの時に専門家のKS博士に他にも良いのがあるのか聞いてみたら、IMODという電顕画像用のプログラムもあるらしい。これも面白そうですが、ちょっと難しそうですな。勉強してみます。
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imagejの3Dviewerについて調べていましたら、この記事をたまたま見つけ拝見させていただきました。質問があるんですが、もしご存知でしたら教えてください。3D Viewerの右下のangleはx,zのみ表示されていますが、y軸周りの回転角はどのように計算すればよろしいのでしょうか。またこれらはオイラー表示の回転角を表わしているのでしょうか。コメント欄にこのような質問を載せて本当に申し訳ございませんが、もしよろしければ教えてください。
返信削除コメントありがとうございます。しかしながら、自分は「angleのx,zのみの表示」というものさえ知らなかったので、残念ながらよく分かりません。
返信削除3D Viewerのホームページに使用法やFAQなどがいくらかあります。
↓
http://3dviewer.neurofly.de/
FAQの「7. Transformations」というセクションに、オブジェクトの座標位置をmatrixで表示する方法は以下のように書かれています。
「Edit」→「Transformation」→「Set Transformation」
もっと詳しいことが御必要であれば、3D Viewerのホームページの右側にメールアドレスが表示されていますので、そちらへ御質問されてみてはいかがでしょうか。