吉原

こちらは舞鶴の吉原入江というなかなか趣のある場所。さすがにちょっと無理があると思うけど、東洋のベニスと言われることもあるんだとか。そういや去年訪れた伊根の舟屋もここからそう遠くはない。

奈具

このところ週末もパソコンに向かっていることが多かったし、久しぶりに海を見たくなったので、日曜日は車に乗って北へ向かった。写真は宮津の近く、奈具海岸とかいうとこだったか。

2 days

土曜日に１回目のワクチンを受けてから２日、体調は特に変化なし。注射を受けた腕の箇所は、確かに昨日一日筋肉痛のような鈍痛が少しあって、触れたり腕を上げたりするとちょっと痛いなという感じだったけど、見た目は何も異常はない。

First shot

今日の午後は、予約していたコロナワクチンの一発目を隣の大学病院で受けてきた。院内でいくつかのチェックポイントを人が流れていく感じで、全く待たされることもなくあっけなく終了。注射自体は痛くも痒くもなかったし、腕に筋肉痛が出るとか聞いていたけど自分の場合はまだ痛みとかほとんど無いかな。それよりも昨日からある肩こりの方が気になるくらい。まぁもう少し様子を見てみましょう。

Cell Size and Growth Regulation

実は今週、EMBOのミーティング「Cell Size and Growth Regulation」に参加していた。以前から気になっていた学会なのだが、参加したのは今回が初めて。オンラインミーティングだけど一応イスラエルでの開催ということで、セッションは毎晩日本時間の２２時から翌２時まで。だいたい毎晩家に帰ってきて晩御飯を食べながら見たり、床に寝そべって見ながらチャットでスピーカーに対して質問をしたり、自宅でこんなにリラックスして国際学会に参加できるというのは結構贅沢やね。分野的には自分の専門とは若干ずれているのか、自分が知ってる研究者はあまりいなかったのだけど、Arabidopsisの花の組織にモザイク状に生じるpolyploid cellの話とか、大腸菌が条件によっては分裂せずに長く伸びたりとか、Xenopus初期胚の動物極と植物極の細胞の大きさを入れ替える実験とか、毎晩何かしらオモシロイものを見せてもらうことができて楽しかった。でもやっぱりちょっと寝不足になったな。

125

今日の昼はちょっとゆっくりカモカフェで。いま執筆中の学内ファンドに申請するための研究計画を考えながら。ちなみにこの研究支援申請で求められているものは、「次の１２５年で創出したい調和した地球社会のビジョンを描き、その実現に向けた独創的な研究」。。。

Cryopreservation

ショウジョウバエ初期胚の凍結保存に関しては、３０年ほど前にも以下の２本の論文が出ている。成功率は１９９０年のが約３％で、１９９２年のは６８％のembryoがハッチしてそのうち４０％がアダルトになったということは、約２７％くらい。しかし、これらがNatureとScienceに掲載されているというのは、やっぱり長年皆が待ち望んでいるということよね。

Cryopreservation of Drosophila melanogaster embryos. Nature (1990) 345:170–172.

Cryobiological preservation of Drosophila embryos. Science (1992) 258:1932–1935.

凍結保存

Cryopreservation method for Drosophila melanogaster embryos. Nature Communications. 12: 2412.

The development of a widely adopted cryopreservation method remains a major challenge in Drosophila research. Here we report a robust and easily implemented cryopreservation protocol of Drosophila melanogaster embryos. We present innovations for embryo permeabilization, cryoprotectant agent loading, and rewarming. We show that the protocol is broadly applicable, successfully implemented in 25 distinct strains from different sources. We demonstrate that for most strains, >50% embryos hatch and >25% of the resulting larvae develop into adults after cryopreservation. We determine that survival can be significantly improved by outcrossing to mitigate the effect of genetic background for strains with low survival after cryopreservation. We show that flies retain normal sex ratio, fertility, and original mutation after successive cryopreservation of 5 generations and 6-month storage in liquid nitrogen. Lastly, we find that non-specialists are able to use this protocol to obtain consistent results, demonstrating potential for wide adoption.

２ヶ月前に発表されたこの論文で、ついにDrosophila初期胚の凍結保存法が示された。ショウジョウバエ遺伝学１００年以上の歴史の中で、おそらく数々のラボが何度も試したものの結局確立されることのなかった凍結保存の方法が開発されたのだ。これで、ショウジョウバエを使っている世界中の研究者達が系統維持のためのフリッピング（継代作業）から解放されるのか！？　ということで、もしそうならこれは素晴らしいやんという話。まぁでも重要なのは、この手法がどれくらい実用的で、ウチらがラボのストックフライ維持のためにこれを行うかどうかというところなのだが、見た感じそれほど難しくはなさそうだし、融解後のアダルトの復活率もそれほど低くはない。凍結する時期（early stage 16 when head involution and dorsal closure have been completed）とか、高濃度不凍液中での脱水とかがポイントなんかな。しかしこんなシワシワになっちゃっても大丈夫なんやね。。。

ストックセンターはこの凍結保存法の導入を考えたりしているんだろうか。皆さんはどうですか？

ハゲタカ

なんか、いわゆるpredatory journalのことを日本ではハゲタカジャーナルって言うけど、これってどうなん。ハゲタカってやっぱりそういうナスティなイメージか。そういやハゲタカファンドとかいうのもあったな。

IJMS

この一ヶ月間、結構な時間を費やして取り組んでいた論文が完成して、実は昨日カバーレターも書いて投稿作業に入ろうとしていたのだが、ぎりぎりのところで投稿を踏みとどまった。今回のこの論文は、オーストラリアのDr. HRからのインバイトをもらって、IJMSというジャーナルのSpecial Issueに掲載してもらうために投稿する予定だった。自分はIJMSというジャーナルを知らなかったのだが、Dr. HRからの招待ということもあったし、とりあえずRの仕事の第一弾を論文として発表して次への勢いをつけたいということもあり、今回の投稿を承諾したのだった。その後、紆余曲折を経て論文はようやく完成したのだが、共著者であるYさんがIJMSを発行しているMDPIという出版社に関するあまり良くない噂を聞いたことがあるとのことで、大学図書館の相談窓口に問い合わせたところ、大まかに以下のような返答が返ってきた。

• MDPI社は、一時期ハゲタカ出版社としてリストアップされていましたがその後除外され、最近ではホワイトリストにも多く収録されており、全般的に判断が難しい、という事情があります。
• 実際にMDPIの学術誌が不審だという学内研究者の声が、問い合わせフォーム等を通して図書館に複数寄せられています。
• そのようなことを受けて、本学で加入していたMDPI機関オープンアクセスプログラムへの参加終了が決定しています。
• 総じて、MDPIという出版社に懸念がないとは言い難いこと、またこのタイトル個別では、査読期間が短いことが気になります。

さらに、うちの学部で以前に博士課程の学生の学位論文審査でMDPIの雑誌に掲載された論文が含まれていたことに対して、数人のファカルティメンバーから疑義が唱えられたとの話もあり、今回はIJMSには出さないという決断を下した。自分としてはそれほど気になることではなかったから投稿するつもりだったのだが、この論文がRの学位審査にも関わってくるものであることを考えると学部の方針を無視するわけにはいかない。ということで、昨日Dr. HRにお詫びのお手紙をしたためた。今朝返ってきた返事には「It is unfortunate that the IJMS has been tainted as being a predatory journal when it is not. However, I understand that this decision is beyond your control.」とあり、理解を示してくれはしたものの、自分にとっては彼女に借りを作ってしまった感が大きい。まぁでもこれはしゃーないよね。ということで、ではこの原稿を持ってどこのジャーナルのドアをノックしに行こうかというところですわ。

N

ショウジョウバエを使っているラボの出費で、大きな割合を占めているものの一つが飼育用のプラスチックバイアルだと思う。うちはまだそれほど規模が大きいほうではないけど、人数が多いラボになると当然ハエの数も増えるので飼育用バイアルは結構な出費になる。この飼育用バイアルの仕入れ先について、これまでに日本の三地方（東海、北海道、関西）でディーラーの人達と話してきた訳だが、結局どこの地方でもメインの仕入れ先は同じ製造会社Cだった。つまり、日本ではこの製造会社が全国的に高いシェアを持っているのではないかと思われる。まぁ、関西より西は知らんけど。ところが二週間ほど前、うちのラボに出入りの京都の試薬メーカーNの営業の方が、自分の会社で扱い始めたショウジョウバエ飼育用バイアルの試供品を持ってきた。モノを見てみると、寸法や透明度など今使っているバイアルとの違いはほぼ見つからない。しかし、驚きなのは価格だった。今うちが買っているのは１箱１２６０本入りで約１万７千円なのだが、Nが持ってきたものはなんと１２００本入りで約１万円だというのだ。しかも２００本ずつ綺麗にトレーに並べられていて梱包もしっかりしている。これを受けて、Cのバイアルを取り扱っているディーラーの方もCと交渉をしてくれているようだが、たぶんこの価格の差は埋まらないだろう。ということで、うちはたぶんこの新しいものに切り替えることになるわけだが、実はNは既にウチ以外にこの京大にある２大ショウジョウバエラボともすでに交渉を始めていて、おそらくそのどちらも切り替わることになるのではないかという話だった。この新しい製造会社がどこまでの販路拡大を視野に入れた生産体制を持っているのかは知らないけど、この価格なら全国のシェアが一気に変わる可能性がある。何れにせよ、こういった飼育用バイアルみたいな、年間の使用量を考えると研究費に占める割合が結構大きいけど必需品だから削ることができないというものに対して、競合他社の参入によって価格破壊が起こることで研究費をさらに有効活用できるようになるというのは、サイエンスにとっては素晴らしいことやね。

Current Biology

今日の朝、バルジの論文がアクセプトされたという連絡が来た。改訂版を再投稿したのが５月２７日だったから、あら結構早いやんと思ったけど、Decision letterを見てみるとレビュワー３人とも手放しでアクセプト。素晴らしい。このレベルのジャーナルでこういうことはなかなかないよね。この仕事のコラボレーションに関して Y さんから話をもらったのは、まだ自分が遺伝研にいた頃で、たぶん４年くらい前。この４年間で３人の学生がこのプロジェクトをリレーして、自分も遺伝研から北大を経て京大へ移動して、と結構長い道のりだったことになる。ということで、今から最終的な編集と校正があるのでまだ正確な日にちは分からないけど、近いうちに Current Biology に掲載されます。タイトルは、「Sequential Oncogenic Mutations Influence Cell Competition」。

vaccination

大学からコロナワクチン学内接種の案内が来たので早速予約。ファイザーのやつで、第一回目は来週の土曜日らしい。まさか自分の体にトランスフェクションする時代がこんなにも早く来るとは思わなかったけど、分子生物学基礎研究の粋を結集した初のmRNAワクチンということで、ちょっと楽しみやね。

完成間近

論文はとりあえず今日で全てのパーツが完成した。この論文の大部分は R が行なった実験のデータと彼とのディスカッションに基づいている訳なのだが、執筆に関しては今回ほぼ完全に自分一人でやったので誰か他の人の意見がもらえるのはとてもありがたい。ということで、先ほど完成した原稿を共著者でもある Y さんに送付したので、コメントをもらえればそれに対応してから投稿しようというところ。そろそろこの原稿から解放されるかな、ということで今日の昼はカモカフェで休憩。

延期

この週末は三島への一時帰国を考えていたけど、論文が終わらないので一時帰国は延期。ということで、そろそろこの週末で仕上げたいところ。かなり疲弊してきた。

8

さて、執筆中の論文は未だに投稿できていなくて、ここ二週間ほど毎日ずっとパソコンに向かってFigureを作成していた。テキストの方は二週間前すでにほぼ書き終えていて、Figureは R がある程度作ってくれると考えていたのだが、やはり考えが甘かった。R が各々のFigureに使えそうなコンフォーカルイメージを選んでくれたのは良かったのだが、結局Figureは全て自分が一から作り直すことになった。論文のFigureというのは、少しでも分かり易くて一貫性のあるものにしようとして細部に凝り始めると本当にキリがない、ということを思い出した。しかも、今回の論文もこれまた顕微鏡写真の数がすごいし絵もたくさん描いた。ということで、今日でようやくメインのFigureが完成。Figureは６くらいかなと思っていたけど、結局８までいった。だいぶ息切れしてきたけど、あとはFigure legendsとサプリ。

修学院

今日はもう真夏のような暑さやねぇ。今年の梅雨は雨が少ないのかな。写真は修学院のあたり。