segmentation

二週間ほど前から再開した生理研との話し合いの結果、SBF-SEMの画像データから各細胞のセグメンテーションを行うことになった。核と細胞外のエリアは、オートでも結構きれいにセグメンテーションできたようだが、細胞膜については細かい細胞突起がかなり入り組んでいるので人の目で見分けるしかない。２千枚以上ある画像全てについて手作業で塗り分けるのはちょっと現実的ではないので、とりあえずは２カ所の領域に絞ってやるのだけど、それでも全部で800枚分に渡る。生理研の方で少し試してもらった結果、３枚飛ばしくらいでも十分クリアーな三次元再構成ができそう、ということで４分の１の計200枚。この中に細胞が約180個含まれているので、５人でやるとしたら１人あたり36細胞のぬりえ。学生達と話して、まぁ１ヶ月くらいでできるよね、ということになった。たぶん、SBF-SEMでimaginal discの細胞の三次元再構成データを出すのは初になるんじゃないかな。