さて、一昨日の晩に無事三島に帰ってきました。そしてまた時差ぼけに苦しんでいるのだけども、出張中にもしっかりと実験を進めてくれているラボテクのお二人から色々と質問があったり、今日が締め切りの研究報告書を急いで書いたりして、ちと疲れた。そんな中、今回のSDBでのユーのトークを very much enjoy しました、というとても前向きな評価をしてくれているメールが届いた。もしかしたら今回みたいなこういうのが、何か新しい展開をもたらすのかも知れない。
Louis Chavy Hommage à Marie de Bourgogne AOC Coteaux Bourguignons 2014
Valois-Bourgogne家のブルゴーニュ公国最後の君主、Marie de Bourgogneへのオマージュ、という名前のワイン。25歳の若さで亡くなったマリーは絶世の美女だったそうな。ちなみに、Coteaux Bourguignonsというのは比較的新しいブルゴーニュのAOC。甘酸っぱい新鮮なイチゴのような、フルーティで飲みやすい。蒸し暑いこの季節、少し冷やして飲むとエエよね。美味い。千円ちょい。
A cell cycle-independent, conditional gene inactivation strategy for differentially tagging wild-type and mutant cells.eLife 6: e26420. Here, we describe a novel method based on intronic MiMIC insertions described in Nagarkar-Jaiswal et al. (2015) to perform conditional gene inactivation in Drosophila. Mosaic analysis in Drosophila cannot be easily performed in post-mitotic cells. We, therefore, developed Flip-Flop, a flippase-dependent in vivo cassette-inversion method that marks wild-type cells with the endogenous EGFP-tagged protein, whereas mutant cells are marked with mCherry upon inversion. We document the ease and usefulness of this strategy in differential tagging of wild-type and mutant cells in mosaics. We use this approach to phenotypically characterize the loss of SNF4Aγ, encoding the γ subunit of the AMP Kinase complex. The Flip-Flop method is efficient and reliable, and permits conditional gene inactivation based on both spatial and temporal cues, in a cell cycle-, and developmental stage-independent fashion, creating a platform for systematic screens of gene function in developing and adult flies with unprecedented detail. フリップフロップ、ていうとビーチサンダルなんだけど、これは新しいflippase-inducedのmosaic system。このFlip-Flop cassetteの構造は以下の通り。 This cassette contains two modules that are placed in opposite orientation: a protein-trap (PT) module and a gene-trap (GT) module. The PT module carries a splice acceptor (SA), followed by an in-frame EGFP coding sequence, and a splice donor (SD). The GT module similarly contains a SA, but is followed by the T2A peptide sequence, an mCherry coding sequence, stop codons in all three reading frames, and an SV40 polyA signal. The PT and GT modules are placed in opposite orientations and are flanked by inverted pairs of canonical FRT and FRT14 sites, forming a flip-excision switch (FLEx). 両端にattBが付いているので、Recombination-Mediated Cassette Exchangeを利用して目的の遺伝子のイントロンに乗っているMiMIC (Minos-Mediated Integration Cassette)と載せ換える。これがprotein-trap orientationで入れば、目的の遺伝子のタンパクがEGFPでタグ付けされる。で、これにhsFLPでcassette inversionを誘導すると、EGFPは逆向きになってしまうので発現が消え、その代わりにそれまで逆向きに載っていたT2A-mCherryが発現することになり、transcriptionはその後ろについているstop codon & polyA sequenceで終わる。truncated transcriptはT2A siteがtranslational skipを誘導するので、mCherryだけがtranslateされるという仕組み。つまり、wild-type cloneはEGFPで、mutant cloneはmCherryでマークされる。 まぁ色々と想像はふくらむんやけど、やっぱりmitotic recombinationを利用するFLP-FRTと違って、post-mitotic cellsでもワークするというとこかね。
Affimer proteins are versatile and renewable affinity reagents.eLife 6: e24903. Molecular recognition reagents are key tools for understanding biological processes and are used universally by scientists to study protein expression, localisation and interactions. Antibodies remain the most widely used of such reagents and many show excellent performance, although some are poorly characterised or have stability or batch variability issues, supporting the use of alternative binding proteins as complementary reagents for many applications. Here we report on the use of Affimer proteins as research reagents. We selected 12 diverse molecular targets for Affimer selection to exemplify their use in common molecular and cellular applications including the (a) selection against various target molecules; (b) modulation of protein function in vitro and in vivo; (c) labelling of tumour antigens in mouse models; and (d) use in affinity fluorescence and super-resolution microscopy. This work shows that Affimer proteins, as is the case for other alternative binding scaffolds, represent complementary affinity reagents to antibodies for various molecular and cell biology applications. 学生の頃に研究を始めてから今まで常にいろんな抗体を使って免疫染色をしてきたし、つい最近も数ヶ月かけてようやく出来上がった新しい抗体の使用条件を探っているところなんだけども、実験で使う抗体に代わるものっていつになったら出て来るんかなってずーっと思っていた。このアファーマーっていうのがそれになりうるだろうか。UKのAvactaっていう会社が開発しているようだ。 "Future challenges are to test the Affimer in even more applications and to encourage its wider use by researchers, alongside other alternative binding proteins, as replacements for some antibodies. This could ultimately lead to the development of faster and more efficient diagnostic, imaging and therapeutic tests."
この週末、土曜と日曜の二日間、「The 2nd Morphomeostasis Meeting」が開催された。今年は仙台場所ということで、東北大の YN & DU 両博士がオーガナイズしてくれた。今回は前回から3人増えたこともあって、二日間に分けてのトーク。持ち時間は1人40分のプログラムだったはずだが、誰一人として40分で終わるようなことはなく、ディスカッションを含めると結局みなさんほとんど1時間喋り倒す流れ。まぁ、このメンバーだから予想通りといえばそうなのだが、時間的な余裕を持ったプログラムのはずが懇親会の時間までずれ込み、熱い議論は二次会のバーで午前2時ごろまで続いた。翌日またさらに朝の10時から3人のトークがあって昼過ぎにようやく全て終了。睡眠時間以外はほぼディスカッションというなんともインテンスなミーティングを存分に楽しんできた。来年は大府場所が決定。自分は今回ちょっとプレリミナリーなデータが多かったので、来年はもっと発展させたものを見せられるように頑張らないといけません。
昨晩、Kの論文がアクセプトされたというメールがジャーナルの編集部から届いた。改訂版をサブミットしたのはサンディエゴに行く前だったから、もうかれこれ一ヶ月以上経っていたので、もしかしたらもう一回リバイズの要請が来るのかもなぁと思っていたけど、意外にもセカンドリバイズは無しでアクセプト。よかったよかった。 実はこれ、JoVE(Journal of Visualized Experiments)というジャーナルで、実験や解析の手法を紹介する論文とともに、その内容をオンラインでビデオアーティクルとして紹介しているというなかなか斬新なタイプのジャーナルなんですね。ということで、論文がアクセプトされたら今度はラボでのビデオ撮影に関する諸々の準備が始まるんだそうな。早速ディレクターからメールが来て、「In short, a lot of folks will be contacting you during the production of your video article. Please don't panic!」とか言っているし、今晩もなんやかんやとビデオシューティングに関して質問事項が送られて来た。アメリカのジャーナルだけど、ビデオグラファーは東京にもいるみたい。なんやら楽しくなりそうやね。