adherens

adherens junction の アドヒアランス って「adherence」じゃなくて「adherens」やねんね。今回レビュワーに指摘されて初めて気付いたかも。そう言われてみれば確かに、junction のときは s のほうが見覚えがある気がするな。

熱

昨晩、なんだか頭が痛いなと思っていたら、急に悪寒に襲われて発熱。喉や鼻の症状は全くないけど、風邪なのかな。今日もなんだか熱っぽいので一日家でゆっくりしていたらだいぶましになってきた。論文再投稿の締め切りは明後日の月曜日に設定されていたのだけど、少し時間が足りないと思ったので、昨晩悪寒に襲われながらもエディターに、due dateを一週間先に延ばしてねっていうお手紙を書いた。Figureの改訂はすでに終わったので、あとはもう少し文章を付け足して、リバトルレターを書くだけなんだけど。

鶴岡

山形の鶴岡に行ってきた。今回は慶應の鶴岡キャンパスで大学院生向けの特別講義。湘南藤沢キャンパスともテレビ中継が繋がっていて、聴講する学生さんの数は結構多かったし、ああいう大学らしい雰囲気の講義は久しぶりだったので新鮮な気分でやれた。質疑応答タイムでは予想以上にたくさんの質問が出ていたのを見ると、まぁまぁ楽しんでもらえたのかなと思う。かなり鋭い質問が多くてうれしかった。で、夜は今回何から何までお世話していただいたK先生に連れて行ってもらった地元の居酒屋で、山形の美味しい料理と旨い酒の数々を堪能させてもらった。「おいしい庄内空港」というだけのことはあるやん。

それにしてもこの鶴岡キャンパスはすごかった。施設や機器の充実ぶりだけじゃなくて、研究者のことをよく考えた造りとか、地域とともに発展する志とか、そのコンセプトに感動した。またそのうち訪れる機会があるかな。

smapho

一ヶ月ほど前についにガラケーからスマホに乗り換えたのだが、この一ヶ月の間いろんなアプリを試してみてようやく使い方に慣れてきた。通勤は自転車だし、普段パソコンに向かっている時間が長いのでスマホを持つ必要性はほとんど感じていなかったのだけど、手元にあるとついつい使ってしまう。たしかにこれはaddictive。写真もまぁまぁキレイに撮れるやん。ということで、写真は毎日行き帰りに見ている風景。田植えが終わって、ついに梅雨の季節になりましたね。

で、明日は特別講義をしに、山形の慶應鶴岡キャンパスへ向かう。やっぱり出張に出るときは、スマホあると便利よね。

quantification night

今晩はひたすら細胞を数えてみる。

運動会２

今日は快晴の空の下、上の子の小学校の運動会。運動会って昔は１０月だったけど、最近はほとんどの学校がこの時期にするらしい。４月からの準備期間が短いからか、６年生以外は学年全体での演技みたいなのはなくてほとんどのプログラムは競技なんだけど、それでもやっぱりこの雰囲気は昔から変わらない。高学年のクラス対抗リレーとか結構迫力あって応援にも熱が入る。自分が子供の頃のことを色々と思い出して懐かしい気分になるね。

４色

いつの間にかもう６月。カレンダーを見ると、６月と７月はイベントが目白押し。ちょっと気合入れていかなあきません。まずは来週末までに論文の再改訂を終わらさなければいけないので、この３日間は毎晩夜遅くまでコンフォーカル大会。この研究所に来てからメインで使っているOlympus FV1200には635nmのレーザーが載っていなかったので、ここでは四重染色はしてなかったのだけど、出していた希望が昨年度末に通って先週ようやくレーザーが増設された。ということで、今回初めてFV1200で四重染色のイメージングをしているのだが、どうも思っていたようにはいかないことが出てきた。なんやかんやと使い勝手に問題があるのだが、一番の問題は４色でZ-stackのスキャンをするときにbrightness compensationができないこと。色々いじってみたけど結局やり方が分からなかったので電話で聞いてみたら、４色の場合、virtual channelで４色を２つのphaseに割り当てる必要があるのだが、そうするとbrightness compensationは１つのphaseにしか適用できないので４色同時にはできませんとの回答。うーむ、まぁできないなら仕方ないやん、ということで結局Z-stackは今まで通り３色で。ともあれ、画像データは今晩でほぼ取り終われそうかな。あとはいくつかのquantificationと文章の改訂。

何か

この二週間で論文の再改訂用に作った実験サンプルは、全部で２０種類。染色は明日で全て完了予定。ということで、水曜日から三日間の午後全てコンフォーカルの予約を入れた。幾つかのサンプルは、今日すでにMさんがマウンティングをしてくれたので、どんな具合かナイコンでチェックしてみたのだが、一つの実験ではかなりクリアーなフェノタイプが出ているように見える。何種類か別のサンプルで同じようなフェノタイプが出ていたので、まず間違いなく何かが起こっているのは確か。実際に何が起こっているのか、予想通りのことが起こっているのかどうかについては、コンフォーカルのz-stackで見てみないとなんとも言えないけど。まぁこれは投稿前から結構気になっていたところで、いずれはちゃんと見ないといかんとは思っていたのだけど、こんなにはっきりと何かが起こるとは意外だった。

千本浜

今日は午後から車で３０分ほどのところにある沼津の千本松原のビーチへ行ってきた。さすがにまだ海には入れないだろうと思って浜で遊んでいたのだが、いつの間にか下の子は服のまま波の中へ。海の中に入っている人は他には誰もいなかったけど、そういえばこのフロリディアンはよちよち歩きの頃から波打ち際で走り回っていたことを思い出した。

田植え

近所の田んぼで田植えが始まった。夜になるとカエルの大合唱がすごい。そろそろ夏やねぇ。

運動会１

昨日は下の子の小学校の運動会。ちょっと曇り気味で涼しかったから炎天下よりはましだったかもしれないけど、それでも朝から一日中外にいるとけっこう疲れるもんだ。まぁ子供達は元気いっぱいだけど。来週の土曜日は上の子の運動会。

再改訂について

今朝はラボミーティング。自分のターンだったので、現在投稿中のTHS論文の内容のおさらいとセカンドリビジョンの内容について話して、自分の考え方も再確認。で、再改訂版投稿までに残された時間は早くもあと二週間半ほどになっている。ということで今週は、追加実験のために準備した幼虫達の解剖をテクのお二人がせっせと進めてくれている。来週コンフォーカルで再来週ライティングという感じになるかな。

大学院説明会

今日は昼から大学院説明会。研究室紹介のパネル展示で話を聞きに来てくれたのはたったの３人だったけど、今年は全体の参加者数自体ちょっと少なかったな。わざわざ土曜日にたくさんの教員が出てきている訳なんやから、もうちょっと参加者を集める努力をしたほうがええのんとちゃいますかね。まぁなかなか難しいのは分かるけど。
でもそんな中で、まだ２年生だという熱心な学生さんがパネル展示の後の研究室訪問に参加してくれたので、オフィスで色々と話した。最近は細胞競合のことを知っているとか、聞いたことがあるとかいう学生さんが増えてきたなという実感がある。

また健康診断

今日の朝は健康診断。特殊健康診断のほうは年に２回あるから、またかという感じだけど、今日のは一般のほうも一緒だから血液検査以外にレントゲンもあって、また１年ぶりにバリウムを飲んできた。気持ち悪いものをいっぱい飲まされて体をグルグル回されて、というあれはほんまに苦手。いまだに気持ち悪い。。。

で、明日の土曜日は研究所の大学院説明会。うちに興味のある学生さん来てくれるかなぁ。

Hh→JNK

昨日の合同ジャーナルクラブは自分の発表の番。ということで、最近Dr. TXラボからeLifeに報告された以下の論文を紹介してきた。

Localized JNK signaling regulates organ size during development.  eLife 2016;5:e11491.

A fundamental question of biology is what determines organ size. Despite demonstrations that factors within organs determine their sizes, intrinsic size control mechanisms remain elusive. Here we show that Drosophila wing size is regulated by JNK signaling during development. JNK is active in a stripe along the center of developing wings, and modulating JNK signaling within this stripe changes organ size. This JNK stripe influences proliferation in a non-canonical, Jun-independent manner by inhibiting the Hippo pathway. Localized JNK activity is established by Hedgehog signaling, where Ci elevates dTRAF1 expression. As the dTRAF1 homolog, TRAF4, is amplified in numerous cancers, these findings provide a new mechanism for how the Hedgehog pathway could contribute to tumorigenesis, and, more importantly, provides a new strategy for cancer therapies. Finally, modulation of JNK signaling centers in developing antennae and legs changes their sizes, suggesting a more generalizable role for JNK signaling in developmental organ size control.

さて、イマジナルディスクでJNK activationを観察したことがある人は、まずFig. 1で示されているendogenous pJNKのパターンを見て驚くだろう。wing pouchのA/P boundaryあたりにストライプ状のパターンとして検出されている。自分も今までよくanti-pJNKとかpuc-lacZを使って、wing discでのJNK activationを見てきたけど、こんなパターンを観察したことはない。ちなみに彼らが使っているのは以下の抗体。Promegaのは自分も使ったことがあるけど、この論文でメインで使用しているCalbiochemのやつは使ったことない。

Rabbit PhosphoDetect anti-SAPK/JNK (pThr183, pTyr185) (1:100, Calbiochem, immunogenic sequence is 100% identical to D. melanogaster bsk/JNK)

Rabbit anti-ACTIVE JNK (1:100, Promega, immunogenic sequence is 100% identical to D. melanogaster bsk/JNK)

ともあれ話の本筋は、このlocalized JNK activationが、そのdownstreamでJunではなくJubを介してYki activityを制御することによって、発生中のimaginal discのtissue size regulationに関わっているという内容。で、このpJNKのパターンがptcのexpression patternに似ていることからも想像できるように、upsteamではHh signalingがTRAF1を介してJNK activityを制御していることが示されている。これらのsignaling pathwayを説明する一連のgenetic experimentsにおけるphenotypeはクリアーなのだが、いろんな疑問が生じてくることも確か。例えば、このJNK→Jub→Ykiという所謂non-canonical JNK signalingによってsize controlが行われているのだけど、なぜここでAP-1のほうのcanonical signalingは反応しないのだろうか？とか、Hh→Ci→TRAF1によるJNK activationはなぜwing pouchに限定されるのだろうか？とか。

このCalbiochemのanti-pJNK、注文して使ってみるかな。

金曜夜の作戦会議

金曜の夜、フロリダのWMとスカイプでいろいろと作戦会議をした。まぁ、論文の改訂に関しては二人とも大体考えていることは同じだし、もう一度レビュワーに回るので慎重かつ丁寧にやらなければいけないのは当然だけども、それほど心配することはないよねという感じ。同時に投稿したDr. TSのほうの論文も2nd revisionということなので、"We are still in sinc"。back-to-backで出せれば、やはりお互いの論文に良い効果があるんじゃないかと思う。他の重要な話題は、いくつか共同研究の形になりつつあるプロジェクトについて、お互いのラボの進捗状況。７月にオーランドで開催されるTAGCの直前に、タラハシーに滞在してKT博士のとことWMのとこを訪問することになったので、その時にデータを持って行ってもっとディスカスしようぜという話。そういや最近ウチで始めたgenetic screeningの一つで当たりが出たんだけども、そのことを話していたら、WMのとこで違うアプローチでやっていたスクリーニングで出た当たりと見事に一致していたので二人で歓声を上げてしまった。まぁこれが重要な発見につながるかどうかはちょっと分からんけど、違うアプローチで当たりが一致するとエエよね。

RNA extraction 二日目

今日も昼から４人で１５０匹のオバリーダイセクション。今日のがコントロールでプロセスは昨日と同じだったのだけど、RNAは昨日より少し多めに取れた。プロトコールに若干改良の余地がある気がするけど、まぁそれなりに取れているので一ヶ月後にもう１シリーズ同じコンディションで取る予定。この実験はもっと早くに取りかかりたかったのだけど、まぁ手が増えないと出来ないということもあったし、ようやく動き始めることができたことを良しとしよう。ここから出てくる結果は重要なものになるはずだから、まずは着実に進めることが大事。

2nd revisionへ

昨晩、ついにエディターから懸案の論文に対する返事とレビュワーズコメントが送られてきた。レビュワー３人中２人はとっても気に入ってくれたみたいで、マイナーコメントのみでアクセプト。なのだが、残る一人 Reviewer #3 はまだ「Unfortunately, I am still not convinced.」なんだと。うーむ、やっぱりなかなかタフな戦いやなぁ。まぁでもお手紙を読む限り、エディターはかなりポジティブな感じがする。そもそもエディターはこの Reviewer #3 のコメントに関して何も言及していない。ようやく遠くにゴールが見えてきた感じ。
ともあれ、次の再投稿までに与えられた期限は一ヶ月。とりあえずいくつか実験をするつもりなので、明日からまたハエの準備せなあきません。

RNA extraction 一日目

今日は昼からウチのメンバー４人総掛かりでオバリー解剖大会。約１５０匹くらいのオバリーを集めて、それらからfollicle cellsを分離回収してRNA抽出した。ここに来てからこの作業をしたのは初めてだったので色々と上手くいくか不安だったのだが、意外とRNAはキレイにそれなりの量が取れていた。回収後のegg chamberを顕微鏡でチェックしてみたら、意外とまだ結構follicleが残っているegg chamberもあったけど、よく見るとぼろぼろと剥がれ落ちてる感じだった。まぁ、今回の目的には１５０くらいでいけそうかな、という感触。明日もう一度別の実験群に同じ作業をする予定。

３本

連休後半に書いていた報告書３本、全部昨日が締め切りだったので一応提出完了。どうも札幌で風邪をひいてしまったようで、いまだにちょっと体調がすぐれないのだけど、そろそろ予定していた実験に取りかからないといかん。

そういや、札幌にいる間に一度エディターからメールがあって、レビュワーからのコメントは全て返ってきたので、あとはアカデミックエディターのコメント待ちよ、って言ってたのにその後いまだに連絡が来ないのはなんでなんだろうか。まぁ今週あたり来るんだろうけど。。。