Fly room整備中

先週の後半から R が京都に到着したので、ようやくフライルームの整備を始めて大体の配置は終わった。あとは、CO2ガスのシステムを組み上げないといけないぐらいかな。フライルーム自体は北大のものよりもだいぶ広くなったけど、ここでは免疫染色のスペースとフライキッチンは別々に少し離れた部屋になった。

二ヶ月ぶり

先週末は久しぶりに三島に一時帰国できた。約二ヶ月ぶりかな。やっぱり三島は暖かい。

bike commute

札幌では冬の間は自転車通勤できなかったので、久しぶりのチャリ通。今回、京都では大学から少し離れた北の方に住むことになり、だいたい片道９kmくらい。朝はほとんど緩やかに下っていて川沿いを走るのは気持ち良いのだけど、帰りは上りになるので結構いい運動になる。自転車を使わない日は、叡山電鉄で。

5 months

それにしても今回の研究費申請は、今までで一番大がかりだった。アメリカにいた時に書いたNSFとかのプロポーザルも相当苦労したけど、基本的には自分の研究に関して書けば良かったという点でだいぶ違う。今回のは、自分の研究内容を書くのはもちろんだけど、それ以上に皆で集中して取り組んだのは、４つの研究グループ、しかもみんな違うことをやってきた人達が集まって新しいコンセプトを描き出すというプロセス。自分がRU博士にこの話を持っていったのが１０月のはじめ頃だったからトータル約５か月だけど、この期間５人でブレインストーミングを重ねに重ねて、申請書の締め切り間際にはついにみんなで一つの新しいしかもかなり大きなコンセプトに辿り着いた。倍数性の話がこういうところに行き着くとは、誰も予想していなかったはず。色々と予想外のトラブルと新しい展開があって、それをみんなで乗り越えてという、大変だったけど何だか本当に楽しい５ヶ月だった。ちなみに、自分はこのプロセスを通して、ここ数年間ずっと持っていた１つの迷いが吹っ切れた。

６日目

先週の木曜日に京都入りしてから今日で６日目。今朝は、いくつか新しく買った電化製品が配達されるということで、家で待機。家のほうの引っ越しの荷物はそれほど多い訳でもなかったので、だいぶ落ち着いてきた。まだ色々な住所変更手続きとかは残っているけど。一方で、ラボのほうはまだまだ片付いていない。フライグループはまだ自分しか来ていないというのもあるけど、例の申請書の締切日が昨日だったので、この数日は最後の校正大会で大盛り上がりだったため、結局荷解きはほとんどしていないのだった。まぁでもようやく申請書は昨日サブミットできたので、今日からぼちぼちフライルームを作り始めるかなというところ。

京大へ

そういや、なぜ京都へ行くことになったのか、ここではちゃんとしたことを書いていなかったな。まぁ、同業の友人はもうほとんどの人が知っていることだけど、うちのラボが京大へ移動することになったので、それに伴って自分も一緒に異動となった訳ですね。ラボの移動が決まったのはもう一年ほども前のことで、その時に自分も一緒に行くという話も出てはいたのだけど、結局人事として自分の正式な赴任が決定したのは今からたったの三週間ほど前だった。しかも引っ越しの都合もあり、着任は３月からということになったので、実は３月１日からもうすでに京都大学医学部の准教授になっていたのでした。
自分は元々大阪の出身なのだけど、アカデミアで関西圏に入るのは意外と今回が初めてなのよね。京都に住むのも初めてだし。ということで、まぁ色々と楽しみではありますなぁ。

leaving Sapporo

さて、今晩は札幌での最後の夜になる。この一週間、家の引っ越しとラボの引っ越しと、そして申請書の大詰めという大変なことが一気に重なって、本当に怒涛の日々だった。。。ちょうど一週間前に大学の二次試験の監督をしたのだけど、なんだか色々あり過ぎてその後の記憶が曖昧だ。まぁでもなんにせよ、とりあえず引っ越しの荷物は今日で全て送り出したので、ようやく一息付ける。こちらに残していくハエのストックのフリッピングも先ほど済ませた。
今回、北大に来たのは一昨年の６月だから、結局１年１０ヶ月しかいなかった訳だ。北大は母校だし、自分は札幌が好きだし、もう少し落ち着いてやりたかったというのが本音なのだが、まぁこれも何かの縁。いつも縁に導かれて予想外のところへ行くことになるけど、研究者ってそういうもんやよねって最近思う。
ということでいよいよ明日、上洛します。

packing

昨日の朝、予定通り家の荷造りを終えて運送会社に引き取ってもらった。京都には、自分が到着するのと同じ３月４日に到着する予定。この家に住んでまだ二年も経っていないので、荷物はそれほど多くはならないはずと思っていたのだけど、パッキングしてみると意外と多かった。というようなことは、引っ越しのときに大体いつも思うことだけど。今日はラボの自分のオフィススペースの荷造りをしていたのだが、やはりこれも同様に意外なほどたくさんの箱が積み上がった。ともあれ、これでだいぶ引っ越しの目処は付いてきた。申請書の方もあともう少し。パッキングしてて思うのは、なんかしょっちゅうパッキングしてるなぁということ。自分は引っ越しの回数が結構多いほうだと思う。

ピーク

忙しさがそろそろピークに達してきた。ここ数日、ラボの方のパッキングが始まっているし、自分は家の引っ越しが明日の朝だし、申請書の方も大詰めに入ってきたし。実験はついに止めてしまった。何を一番優先してやれば良いのか分からなくなってきているけど、とりあえず今晩は自分の家の荷造り。

試験監督

一昨日は、大学入試の二次試験で朝から晩まで試験監督をしてきた。受験生も緊張しているけど、試験監督も間違いがないようにするために、結構色々と気を使わないといけないことが多くて疲れた。しかも長い試験時間の間、何もしてはいけないというのは結構辛い。理科とか二時間半もあるし。一心不乱に解答を書いている受験生達を見ていると、二十数年前に自分も彼らと同じようにここでこの試験を受けて大変な思いをしたことを思い出したりして、なんとも言えない気持ちになった。言わないといけないセリフにはなかったのだけど、一科目終わるごとに「みなさまお疲れさまでした。」と言わずにはいられなかったな。

エサ交換

そんな色々と忙しくなってきている時だけど、今日は学生と一緒にストックのエサ交換もやった。ハエ達の移動は、再来週にラボの引っ越し荷物と一緒にトラックに載せる第一陣と、三月の後半に郵送する第二陣とに分けることに決まった。あとはそのタイミングにうまくハエ達のコンディションを合わせることができるかどうか。

申請者

あぁ、一瞬にして一週間が終わってしまった。先週末、もう一度ここ札幌で５人で集まってミーティングしてからのこの一週間は、またさらに各々のパートを書いてはSlackにあげてみんなでディスカッションという毎日。とはいえ年度末のこの時期、やはり色々と重なってくるもので、４年生の卒業発表会に出たり、修論発表会の座長をしたり、送別会があったり。来週もまた、大学の二次試験の試験監督とか引っ越し準備とか色々とあるけど、なんとか執筆の方に集中して来週中に自分のパートを完成させないといかんなぁ。RU博士が言っていたように、ここ最近は研究者ではなくて申請者になっている。

氷濤まつり

今週はほとんど執筆作業をしていたのだが、ある程度目処がついたので昨日は夕方からうちの学生２人と一緒に車で支笏湖へ出かけた。目的は支笏湖氷濤まつり。今までもちろん札幌雪まつりは何度も見に行ったことがあるのだけど、支笏湖氷濤まつりは行ったことがないし、そう言えばもう見に行ける機会は今後そうそうないだろうと思って思い切って行くことにした。という話をしていたら、学生達も行きたいというので３人で行くことに。ここ数日気温がプラスになっていたので、氷の建造物が少し溶け始めているということだったけど、氷の世界は素晴らしく幻想的で美しかった。やっぱり支笏湖のこの雰囲気がなぜだかすごく好きなんよねぇ。

CoinPolyp

ついにpolyploid cellを特異的にマークできるgenetic systemを思いついた。これまでにもなんやかんやと考えて結局良いアイデアが思いつかなかったのだけど、先日のpolyploidy in brainの論文にインスパイアされてCoinFLPシステムをベースに考えていたら出来ることに気が付いた。このシステムでは、polyploid cell全てを100%マークできる訳ではないけど、４倍体以上にならないとGal4-UASがonにならないはず。polyploid cellのみでGal4-UASをonにできるということは、GFPやRFPでマークするだけでなくUASにつないだexternal geneも同時に発現させることができる訳で、これが上手くいけばかなりナイスなツールになるかも。これはちょっと本気で考えてみよう。

CyO-Tb

最近気付いたのだが、うちのストックフライの中に「CyO-Tb」という２番染色体のバランサーを持ったハエがいる。”Tb” というのはもちろん体が短い ”Tubby” mutant alleleで、TM6Bバランサーが持っているdominant marker Tb[1]。ちょっと調べたら、このCyO-Tbを作ったという論文がすぐに見つかった。

Tubby-tagged balancers for the Drosophila X and second chromosomes.  Fly, 5: 369-370.
We generated FM7a and CyO balancer chromosomes bearing a Tubby1 (Tb1) dominant transgene.  Flies heterozygous for these FM7a and CyO derivatives exhibit a phenotype undistinguishable from that elicited by the Tb1 mutation associated with the TM6B balancer.  We tested two of these Tb-bearing balancers (FM7-TbA and CyO-TbA) for more than 30 generations and found that the Tb1 transgene they carry is stable.  Thus, these new Tb-tagged balancers are particularly useful for balancing lethal mutations and distinguish homozygous mutant larvae from their heterozygous siblings.

A genomic fragment spanning the TwdlA[Tb1] transcription unit, as well as 1 kb of DNA upstreamをpCaSpeR vectorを介してゲノムに挿入してから、Δ2–3 transposaseを使ってFM7aとCyO balancer chromosomeに載せ換えたのだそうな。この論文は２０１１年のもので、すでにBloomingtonにもこれらのストックがあるけど、結構皆んな使ってるものなんだろうか。ともあれ、これは幼虫の２番染色体を見分けるのに便利だから今後多用することになりそう。
ところでこのTb[1] mutant alleleはcoding regionの部分的欠失らしいけど、このgenomic fragmentを他のハエのゲノムに移植してもちゃんとphenotypeが出るということは、タビーってhaploinsufficiencyではなくてdominant negativeなんやね。

Polyploidizing

昨日、ジャーナルクラブの担当だったので、少し前に bioRxiv に上がっていた「Polyploidy in the adult Drosophila brain」の論文を紹介した。論文の内容は前にここでも紹介した通り、加齢に伴って体の中の様々な組織で細胞の倍数性が変化する可能性、特にここでは、脳でpolyploid cellの数が増加していくことを示している。今回もう一度よく読んでみると、paraquatによる酸化ストレス誘導の実験では、細胞死が増加していないにもかかわらずpolyploid cellの数は上昇している。一方で、UV照射の実験では、まず細胞死が誘導されてからpolyploid cellの増加が起こっている。つまり、DNA damage → cytokinesis failure → polyploidization というものと、DNA damage → apoptosis → CCH of surrounding cells という二つの別のプロセスが原因になっているということか。
ところで、今回は bioRxiv の論文ということもあり、論文紹介の前にプレプリントサーバとは何か、ジャーナルでの出版前に論文原稿をプレプリントサーバで公開する意義は何かということなどを学生達とデスカッションした。基本的にはオープンサイエンスをリコメンドする方向で紹介したのだが、なんとなく知っている子も全く知らない子もいて、今何が起こっているのかということについてはまぁ理解してもらえたのではないかと思う。

大雪の朝

朝、久しぶりにガレージの前を少し雪かき。これほどの雪が積もってもいつもと変わらぬ一日が始まる札幌はやっぱりすごい。

大雪

さっき帰ろうと思ったら、車が大学の駐車場で雪に埋もれかけていた。半日でこれだから、ものすごい勢いで降っていることになる。今もまだ降り続けているし、ちょっとヤバイんじゃないかな。

着雪

今朝、アパートの入り口が大変なことになっていた。昨晩のうちにすごい量の雪が降ったようだ。風が強かったから、雪が建物の中に入ってきている。着雪注意報ってこういうのを言うのかな。

平成ポプラ並木