simulation

今年度が最後になる新学術領域の先進ゲノム支援でsingle-cell RNA-seqをやってもらえることになったので、この３ヶ月ほどの間、そのためのサンプル調整のシミュレーションを続けている。Drosophilaだとembryoとかbrainとかimaginal discとか、wild type tissueのsingle-cell transcriptomicsというのは増えてきたけど、mosaic mutant cloneに対するものはまだそれほど多くはない印象。まぁ、ショウジョウバエは組織自体がとても小さくて、その中のモザイククローンとなると細胞数がかなり少なくなってしまうから、必要な数の目的の生細胞を取ってくるのはなかなか難しいということになる。3rd instar larvaeのwing discの細胞数は約５万と言われている。前回は８０匹の幼虫、つまり１６０個のwing discから細胞を分離して、FACSでGFP陽性細胞をソートしたところ、約４万個の細胞を収集することができた。この４万個がFACSにかけた細胞のうち約７％だった、ということは全部で約５７万細胞があったということになる。計算上５万 x １６０disc ＝ ８００万細胞あったはずだけど、組織から細胞を分離してくるプロセスでその９割以上をロスしてしまっているということか。ともあれ、ウチで見ているtumor cloneは、組織内の場所によってphenotypeに随分違いがあって、各々のphenotypeを示すクローン特異的に発現している遺伝子もいくつか同定しているので、scRNA-seqをした時にどのクラスターがどのphenotypeのクローンかということを同定できるだろうと見ている。

今日、東大のシーケンスチームと相談して、我々が準備する細胞をscRNA-seq用の処理をするために、わざわざ向こうから京都へ来てくれることになった。本番は１１月１日の予定。