White elephant

昨日はクリスマスイブということで、向かいのピーターのラボが企画してくれたクリスマスプレゼント交換パーティに参加。ピーターがアメリカ人ということもあって、プレゼント交換会はWhite elephant gift exchangeで盛り上がった。アメリカにいた時、ラボのクリスマスパーティでよくやっていたゲームだったし、用意してくれたドリンクもホットアップルサイダーとかエッグノッグとか、アメリカンなものでちょっと懐かしさを感じた。やっぱりクリスマスはなんだかうきうきするね。

First contact

おぉ、早くもクリスマスイブ。今日は朝にフライデーミーティングをした後、午後のジャーナルクラブは自分の発表の番だった。今回紹介したのは以下の論文で、少し前にTwitterで流れてきた下のムービー、microfluidic chipの中で再現されたmouse embryo（緑）とendothelial cells（橙）のファーストコンタクトが美しくて、ただそれを皆に見せたかったというのがこの論文にした理由。まぁそれにしても、このtrophoblastのinvasionとウチらが見ているtumor cell invasionは類似点が多い。

3D biomimetic platform reveals the first interactions of the embryo and the maternal blood vessels.  Developmental Cell, 56:3276-3287.e8.

３０匹

先月、生理研に行ってSBF-SEM用に樹脂包埋したwing discは、その後技官の方にサンプルの端から少しずつ削ってもらって、サンプルの向きや場所を確認するという作業を行なっていた。組織を少し削っては超薄切片の画像を送ってもらって、こちらはその画像を見てどこからスキャンを始めるかを考えるという手順を数週間繰り返していたのだけど、やはり組織切片像だけで微妙な向きや場所を見極めるのはかなり難しいという結論に至った。ということで今週もう一度、新たに幼虫を３０匹解剖して送付した。今回は、前回使った真っ黒な導電性樹脂だけでなく、普通の透明の樹脂にも包埋して試してみる予定。また年明けあたりに岡崎へ包埋しに行くことになるかな。

MALODELA

ヒトミワイナリー MALODELA 2020 白

こないだ滋賀の永源寺に行った時に、お寺の近くにあった地元ワイナリーに立ち寄って手に入れた白ワイン。ブドウは山形のデラウェア。オリを濾過していないにごりワインなんだそう。フルーティでまろやかでとても飲みやすい。２千円ちょい。

書評

今日が締め切りだった本の書評は、昨晩書き終えて今朝編集部に原稿を送った。少し前にこのブログでも紹介した新書「遺伝子命名物語」についての書評を掲載したいという某雑誌からの執筆依頼。本の書評を書くのは初めてだけど、本当に面白い本だったし、何より自分の話も取り上げてもらった本だし、ということで快諾したのだった。ショウジョウバエ研究者のメーリングリストでこの本を紹介したときは、ちゃんと丁寧な文章にしたのだけど、今回はかなりくだけた文体のエッセイみたいな文章にした。たまに読むネット上の書評で、大阪弁の話し言葉で本の紹介をしてくれる某先生の文章がとても読みやすいので、自分もそういう感じでいくかなと思って書いたらかなり書きやすかった。まぁ、ブログの文体と同じ感じかな。そんな訳で、結局編集部から言われていた２倍くらいの文字数になってしまったけど、担当の方からはすぐに返事が来て、すごく良い！ということだったので、とりあえずはゲラ刷りが来るのを待つ。

６７

昨晩、日付が変わるぎりぎりまでかかって昨日が締め切りだったシークレットミッション６７本をようやく完遂した。この分厚い電話帳みたいな２冊の全ページに目を通して１本ずつ全てにコメントを書いたなんて、ちょっと自分でもすごいと思う。昨日の朝の時点でまだ結構残っていたし、昨日は午前中に忘れていたミーティングがあったし、午後には一つ学位審査会にも出席しなければならなかったし、ということで大変な一日だった。頭を使いすぎたからか、今朝起きてもまだなんか頭が重い。まぁ少し達成感はあるのだけど、今週はまだもう一つ金曜日に執筆の締め切りがある。

小左衛門 ひやおろし

小左衛門　純米吟醸　ひやおろし

岐阜にある古い酒造、中島醸造の美山錦を使ったひやおろし。フルーティですっきりとしつつも、日を追うごとに少しずつコクも出てくる感じ。旨い。

ネオテニー！

昨日、Facebookで流れてきたニュースに驚愕した。そのニュースのタイトルは、「日本のウーパールーパー８９年ぶり発見。胆振の池、生殖能力備えた幼形成熟」。なんと！エゾサンショウウオのネオテニー個体がついに見つかったんだという。言葉を失った。まぁ、このニュースを見て驚愕したり感動したりする人はそれほど多くはないのだろうけど。。。

エゾサンショウウオのネオテニー個体群（幼生のまま変態せずに生殖をする、いわゆるヘテロクロニー）は、1924年に北海道の倶多楽湖で発見されたのだが、養殖魚が導入されたせいでその後絶滅してしまったのだ。自分が学生の時にお世話になった若原先生の研究室では、このエゾサンショウウオのネオテニーの仕組みを研究していた。そんな訳で、若原先生はじめ研究室のメンバーは皆、エゾサンショウウオのネオテニー個体群は倶多楽湖の他にも必ずどこかに棲息しているはずだと信じて、北海道のいろんな場所を探し回っていたのだ。そんなロマンを追う先生のもとで、学生達も皆同じようにロマンを感じていたのだと思う。あの頃、結局ネオテニー個体群を見つけることはできなかったものの、広い北海道のどこかに潜んでいるのではないかとその後もずっと思っていた。あれから十数年、それがついに見つかったのだ。ということで、これは本当にうれしいことなんだけど、こうなってくるとやっぱりこのネオテニー個体がどういう仕組みで幼形成熟しているのか、ちゃんと研究してみたくなるねぇ。

発表された論文はコチラ

Paedomorphosis in the Ezo salamander (Hynobius retardatus) rediscovered after almost 90 years. Zoological Letters, 7:14.

Although paedomorphosis is widespread across salamander families, only two species have ever been documented to exhibit paedomorphosis in Hynobiidae. One of these two exceptional species is Hynobius retardatus in which paedomorphosis was first reported in 1924, in specimens from Lake Kuttara in Hokkaido. This population became extinct after the last observation in 1932; since then, no paedomorphs of this species have been reported anywhere. Here, we report the rediscovery of paedomorphs of this species. Three paedomorph-like male salamanders were collected from a pond in the south Hokkaido in December 2020 and April 2021; in size, these specimens were similar to metamorphosed adults but they still displayed larval features such as external gills and a well-developed caudal fin. An artificial fertilization experiment demonstrated that they were sexually compatible with metamorphosed females, thus, confirming them to be paedomorphs. Future efforts to find additional paedomorphs in this and other populations are required to assess the prevalence of paedomorphosis in H. retardatus and to improve understanding of the ecology and evolution of paedomorphisis in Urodela.

札幌４日目

今日も昨日と同じ手順で、さらに多くの幼虫を解剖してAFM解析。１日目に条件検討を行なって、昨日２日目は実際に実験データがちゃんと取れたのだけど、３日目の今日はそれらを踏まえてさらに要領良くデータを取ることができた。ということで、この３日間で合計２４個のwing discそれぞれから４点、つまり全部で９６地点でのAFM計測データを得ることができたということになる。AFMに慣れているSI博士にとってもこれは初めての実験になる訳で、はっきり言ってここまできちんとデータを取れるとは思っていなかった。まぁこのデータを解析して、ポジティブなデータが得られるかどうかはこれからだけど、ともかく全ての計測をしてくれたSI博士、そして解剖の場所を提供してくれたNT博士にも感謝。久しぶりにいろんな人と会うこともできたし、コロナ後初の出張は本当に実りあるものになった。

札幌３日目

昨日までそれほど寒くもなかったのに、今日からいきなり冬モードに入った札幌。朝起きたら窓の外は真っ白だった。ということで雪の中、今日も朝から理学部へ行ってAFM解析。昨日一日でだいたいの要領は掴んだので、今日はしっかり取れたデータの数を増やすために、午前と午後に１ラウンドずつ、出来る限り多くのサンプルからデータを取った。夕方から、今日合流したSK博士、そして５号館で解剖の場所を提供してくれているNT博士、そして最終的にはSI博士も合流して、昔学生の頃に行ったことがある１８条の古い居酒屋で遅くまで話していた。

札幌２日目

今日は朝からSI博士のいる理学部２号館へ行って、まずは今回やる実験の打ち合わせ。昼は中央食堂でうどんを食べてから、Uさんに会うために北キャンパスまでぶらぶらと歩いた。Uさんのラボでは小一時間ほどお互いの近況を話し合ってから、構内循環バスで理学部に戻ってきていよいよ実験開始。ということで、まずは理学部５号館にいるTさんのラボで実体顕微鏡を借りて幼虫の解剖をして、解剖したimaginal discを持ってもう一度２号館へ戻って、SI博士と一緒に原子間力顕微鏡（AFM）を使った解析に挑んだ。AFM解析に慣れているSI博士とはいえ、ショウジョウバエの組織を解析するのは初めてということで、セッティングに少し時間がかかったけど、最終的にはなんとかそれっぽいデータが出始めた。AFMでは、肉眼で見えるか見えないかくらいの微細なレコード針みたいなカンチレバーを細胞の表面に接触させてその反応を記録する訳だが、そのカンチレバーの接触によってimaginal discが微妙に揺れてしまうことでデータにばらつきが出てしまうようだ。明日、さらにこの辺りを改善しながらデータを取ることができればと思う。

札幌１日目

今日から札幌出張。2018年から始まった共同研究による実験が、この２年ほどの間、コロナのせいでなかなかできていなかった。しかしこの共同研究のための研究費は今年が最終年度だし、そろそろコロナも収まりそうだし、ということで少し前から計画していた北大のSI博士の研究室での共同実験がようやく実現することになった。今日はとりあえず移動日。午後にラボを出て、札幌のホテルに辿り着いた頃にはもうすっかり暗くなっていた。札幌に来るのは京都に引っ越して以来だから、１年９ヶ月ぶりくらいか。まぁでも長く住んでいた街だから、久しぶりな感覚もあまりないくらい馴染みの風景。前に時々通っていた小さなジャズ喫茶で晩御飯を食べている時にようやく、あぁ懐かしいなぁと思った。

5/day

このところ、進んでやりたくはないけどやらなければいけない仕事がにわかに増えてきた。なんか年末が迫ってきた感じがあるね。一番大変なのは今年も与えられたシークレットミッション。全部で６７本もあるので１日に５本をこなすのが目標だけど、なかなか予定通りにはいかない。ということで、少しリフレッシュするために、今日の昼はカモカフェへ。

永源寺

土曜日、よく晴れていたので紅葉でも見に行こうかと思い立って滋賀の永源寺へ。境内の紅葉は評判通り素晴らしかった。この日はかなり人出が多かったのだけど、夕方の参道は何とも幽玄な雰囲気があって良かった。そして、帰り際に出店で食べた永源寺こんにゃくのみそ田楽がめっちゃ旨かったので、同じこんにゃくを一つ買って帰ってきた。

w1118

フライラボには必ずいる白眼の変異体 w[1118]。このmutant alleleの番号1118って何の数字だろうってなんとなくずっと疑問に思っていたけど、どうやら１１月１８日に発見された変異体だからということなんだそうな。今朝、何人かがこれについてツイートしているのを見て初めて知った。ということで、「Let’s celebrate w1118 day!」なんだってさ。

包埋

昨日は一日、岡崎の生理学研究所へ日帰り出張。名古屋の近くだし、まぁそんなに遠くもないよな、と思っていたけど、意外と名古屋からかかるし名古屋駅の辺りはすごい人だしでちょっと疲れた。生理研に到着後、サンプルの調整を進めてくれていた技官のお二人と色々相談した結果、やはり包埋作業は自分が行うことに。というのも、まずwing discのサイズがお二人が想像していたものより遥かに小さかったようで、かなり驚かれた。もちろん自分はこの小ささには慣れているし、以前にもwing discを電顕用に樹脂包埋したことがあるので、それほど難しくはないだろうと思っていたのだが、今回使うSBF-SEM用の包埋剤が真っ黒なペースト状のものであることを知って、自分もちょっとたじろいだ。ブロック染色を終えて真っ黒になった 0.5mm にも満たないような組織を、これまた真っ黒なクリームのような包埋剤に馴染ませてその中での組織の向きを調整するなんてちょっと不可能に思えたのだ。そんな訳で、今回は包埋剤の中でこねて馴染ませることは諦めて、とりあえず向きを確認しながら包埋剤に沈めるという作業を行なった。これならそこまで大変な作業ではなかったのだけど、そもそもここまでの染色の過程でwing discが体から外れてしまったものが多かったようで、今回準備した１０個体からきれいに取れたのは２つだけだった。まぁwild typeだから、もしもう一度やる必要が出てきたら次はもっとたくさん用意しましょう、ということになったので、またそのうちもう一度行くことになるかも知れない。

帰りがけに岡崎城を一目見て帰ろうと思って少し歩いたら、城のある公園に着いた頃にちょうど日が沈んで綺麗な夕景を見ることができた。

Scape

昨日の昼、久しぶりにカモカフェに行ったら、カフェの１階部分に新しいお店がオープンしていた。ガラスと植物のアートのような、珍しいけどなんだか落ち着いた感じのオシャレなものを売っているお店。カモカフェにいく楽しみがまたもう一つ増えるかも。

SBF-SEM

きっかけは忘れたのだけど、少し前に先端バイオイメージング支援で電子顕微鏡解析を一緒にやってもらえないかと思って、オンラインでプレコンサルティングをしてもらった結果、意外とあっさり支援してもらえることになった。Drosophila wing discで、うちらがinvasion hotspotと呼んでいる場所の組織構造が他の場所とどのように異なっているのかを見るために、Serial Block-Face Scanning Electron Microscopy（SBF-SEM）で細胞の構造を徹底解析するという内容。自分がまだ遺伝研にいた時にも全く同じことをしようと思ってサンプルの準備をしたのだが、その時は組織の形態保持がうまくいかず、北大への異動もあって長らく置いたままにしていた。でもやっぱりこの他とは構造が違っている場所がinvasion hotspotかも知れないということになってきて、やっぱりココの細胞の形態を詳しく見る必要が出てきたという訳。そんなことで明日、久しぶりに岡崎の生理学研究所へ行って、向こうのスタッフと一緒に樹脂包埋の作業をすることになった。こちらで日曜日の朝に解剖して電顕用の固定液に入れた状態でクール宅急便で送付したサンプルは、生理研の方でブロック染色〜樹脂浸透のプロセスを進めてくれている予定。

山猿

永山酒造 純米酒 山猿 ひやおろし

山口県、永山酒造のひやおろし。開栓直後はちょっと固いイメージを持ったけど、日を追うにつれてだんだんとまろやかさが出てきて、無くなる頃にはコクのある旨味が大好きになっていた。

Cycling 2

今日の午後もサイクリング。今日は富士山が綺麗に見えていて気持ちが良かった。明日は久しぶりに研究所を訪問する予定。