あとはFigure

論文の執筆も大詰め、ということで今日もラボに来ているのだが、昼御飯ぐらいはゆっくり美味しいものをと思って鴨川の向こうへ。

そして午後はDiscussionを書いていたのだけど、形態形成において組織に生じる構造的な歪み、みたいなことを調べて色んな論文を眺めているうちに日が暮れてしまった。で、先ほどようやく論文の文章を一通り書き終えた。と言っても、Figureがまだできていない。Figureの作成は、実際にほとんどの実験をしている R に頼んでいるのだが、なかなか完成させることができないようだ。明日には必ず完成させたいんやけどなぁ。。。

revised

昨日、ようやくバルジの論文の校正を終えて、改訂版の投稿が完了した。バルジは３月に卒業して製薬会社に就職していったのだけど、博士論文審査はこの論文がアクセプトされてからということになっているので、彼のPhDはこれにかかっている。ショウジョウバエのリバイズのための実験は意外にも良いデータが出たし、レビュワーからのコメントには一応全てできる限りの対応をしたのだが、さらにもう少し要求される可能性は無きしもあらずだろうか。

で、いよいよ R の論文を仕上げにかかろうというところなのだが、今日締め切りの申請書が一つあるのを思い出して、昨日はそちらに掛かりっきりだった。こちらはSK博士のヘルプもいただいて、なんとか締め切りの正午までに提出完了。ということで、論文を仕上げにかかる。

deer

昨日と一昨日は久しぶりの晴れだったので自転車通勤。で、鹿に遭遇。宝ヶ池公園のあたりは鹿頻出地帯。

swollen river

今日の午前中はフライデーミーティング。そして昼は雨がしとしとと降る中、久しぶりに向こう岸のカモカフェへ。昨日からの豪雨で鴨川がえらい増水していつも渡っている飛び石が見えなくなっている。R の論文執筆もいよいよ佳境に入ってきた。

Anti-pAkt

そう言えば今回のrevisionで一つ、mTOR signalingのactivityを調べる必要があったのだが、この論文のclonal analysisに使っているgenetic systemが結構複雑でさらにgenetic reporterを組み合わせるのは厳しいということもあり、限られた時間でやるには抗体染色しかないということになった。ところが、使おうと思っていたラボのanti-phospho-Aktがもうほとんど無くなりかけていたので、新しいものを注文しようとしたら製造中止になっていて焦った。結局、同じ会社が出しているanti-phospho-4E-BPが手元にあったので、それを使ったらまぁまぁクリアーなシグナルが出たのでrevisionの実験はなんとかなったのだけど。そういや、ついこないだSKY博士のラボから出た論文でも同じanti-p4E-BPを使ったクリアーなデータがあったな。それにしてもanti-pAktがもはや手に入らなくなってしまったというのは残念。数年前にもこの会社のanti-phospho-Drosophila STATが製造中止になってしまったのを思い出した。

Rainy season

三島に一時帰国してからいつの間にか二週間も経って早くも梅雨入り。今週は京都も毎日雨が降ってジメジメしている。そしてこのところ段々と忙しさが増してきていて、色々な締め切りのことを考えると来週辺りに忙しさがマックスになりそう。先週からずっと取り組んでいるのは、一月に投稿して二月の初めに返ってきたバルジの論文のrevision。メインはMDCK cellでのデータとは言え、レビュワーのコメント全てに応えるためにはウチが担当しているDrosophilaのパートに関してもそれなりの追加実験が必要だった。ということで、先週毎日のようにコンフォーカルしてなんとかデータが出揃い、昨日今日でようやくDrosophilaパートも書き上げて改訂版第一稿が完成した。さらに校正して来週には再投稿する予定だけど、来週はいよいよ R の論文を完成させないといけない。

連休四日目

今日は子供達を連れて、沼津の南海岸の先っちょにある大瀬崎までドライブ。ここのビーチは以前に何度か海水浴をしに来たことがあるけど今回はさすがにまだ海水浴には早いので、砂浜のもう少し先にある大瀬神社の周辺をぶらぶらと散策した。海へ向かって伸びた細い岬の先端にあるこの古い神社には、伝説の神池と樹齢千年以上と言われるビャクシンの御神木の森があり、なんとも神秘的な雰囲気。森を抜けた先の浜には白い灯台があり、そこから駿河湾の海越しに富士山が綺麗に見えていた。

連休三日目

今日も良い天気だったので、昼から午後にかけてサイクリング。柿田川、狩野川、大場川と三本の川に沿って三島の南部をぐるっとだいたい２１kmほど。富士山を含め、三島の周囲にある広大な山々が本当に綺麗だ。

連休二日目

今日は、三島へ一時帰国したとき恒例のサイクリング。風がすごかったけど、昨日雨が降ったからか山々が綺麗に見えていて気持ちが良かった。

立山

立山　無濾過特別純米生原酒

富山県砺波市の立山酒造による今年の無濾過生原酒。口に含むとフルーティで爽やかなようでいて、味わうと実はコクのある旨味がすごい、と同時に喉越しは辛口という感じ。ほんまに美味いとしか言いようがない。

５連休

今日からもう５月か。とりあえずは５連休ということなので、今日から三島に一時帰国。ゴールデンウィークだというのに新幹線はがらがらに空いていた。

親子丼

今日の昼は少し余裕があったので、川の向こうのカモカフェへ。日替わりランチの親子丼がめっちゃ美味かった。ここの料理はいつも本当に美味しい。そして、ゴールデンカムイはどんどん面白くなっていく。

wild animals

日曜日の午後、うちから歩いて２０分くらいのところにあるパン屋へ。そのパン屋は森の入り口みたいなところにあって、その手前には熊出没注意の看板が。こんな家の近くでクマが出るんかと、ちょっとびっくりした。そういや先週、家へ帰る時に宝ヶ池公園の横の道を自転車で走っていたら、ネコのようなイタチのような動物が茂みから飛び出してきて、避ける暇もなく轢いてしまった。前後輪で２回しっかり轢いてしまったのだが、その動物はすごい勢いで走り去ったのでたぶん大丈夫だったのだろうと思う。自転車で動物を轢いてしまったのは初めてだけど、あのあたりは鹿もよく出てくるし、気を付けないといかんねという話。ちなみに、森のパン屋のクロワッサンがめっちゃ美味しかったので、今後もまた週末に行こうと思う。

ウインドウで再生

そういや、今日の講義で学んだZoomでのプレゼンにおけるKeynoteの使い方を一つメモしとこう。

Keynoteでスライドショーを開始するときに、「再生」タブから「スライドショーをウインドウで再生」を選択すると、自分のスクリーン上でスライドが全画面でなくウインドウになり、参加しているオーディエンスをギャラリー表示にしたZoomのウインドウも横に開けておくことができる。普通に再生ボタンでスライドショーを開始すると、自分のスクリーン上には発表スライドしか表示できない。

分子生命科学特論

今日は朝から毎週金曜日のフライデーミーティング。最近は大学院生４人が各々の進捗状況を話してくれるので結構時間がかかるのだけど、グループ内で各々の問題を共有するための大切な時間。

そして、午後からは担当する予定になっていた同志社の大学院向け特別講義。講義はやっぱり対面の方が良いとは言え、結局コロナの状況もありこちらのラボからのオンライン生放送。一日で９０分の講義を２コマということで、午後１時過ぎから途中休憩を挟んで４時半頃まで、cell competitionを軸にorgan size controlとtissue homeostasisについて計３時間たっぷりとしゃべらせてもらった。ちょっとしゃべりすぎて今のどが痛い。ズームオンライン講義では、基本的に学生はみんな自分のビデオはオフにして聴講するもんだと聞いていたのだけど、さすがに誰が聞いているかも把握できない状態で一人で３時間もしゃべるのは無理だと思ったので、講義の冒頭、無理にとは言いませんが皆さんなるべくビデオはオンにしてくれていた方が助かります、と言ったらほとんどの学生がビデオをオンにして聴講してくれた。やっぱりオーディエンスの顔が見えていると、安心感がある。おかげで連続２コマ、気持ち良くトークすることができた。学生達にも楽しんでもらえただろうか。まぁもちろん、３時間ずっと飽きさせないトークをするなんていうのは至難の業ではあるのだけども。

Biweekly meeting

今日の朝は早起きして７時から、再びWMを含めアメリカの連中と５人でオンラインミーティング。UCLAのPhD student A が研究しているcell competitionのコンピューターシミュレーションを発展させていくために、二週間おきに A のプログレスを聞きながらみんなでディスカスするというミーティング。このシミュレーションには、これまでにいくらか報告されているものよりも複雑な生体組織の条件を考慮に入れて、もっと実際に近いものを作ろうとしている。自分もcell competitionにおけるcell deathとproliferationのバランスや組織特異的な内在性要因などについて、今までに報告されている様々なケースを紹介したり。しかしこうして色々考えていると、やっぱりcell competitionていうのはオモシロイ現象やなぁ、ということになり、お蔵入りになりかけているcell competitionのプロジェクトをもう一度ちゃんとやろうかなという気にもなってきた。

pushing

蛹の殻から出ようとして必死に息んでいる様子。毎日のように見る光景だけど、こうしてじっと見ていると懸命な様子がなんとも人間っぽく見えてくる。

Apied

昨日の日曜日は昼からラボに来ていくらか実験の作業をしたあと、夕方からまた大原へ向かい、去年何度か訪れて雰囲気がとても気に入ったブックカフェへ。このカフェは春と秋だけの季節限定で営業をしていて、この春も開いているのは４月から６月まで。ジャズが流れる落ち着いた古民家の店内で、美味しいコーヒーを飲みながら普段読まないような本を漫然と流し読みする贅沢な時間。

tumor invasion

新年度からグループの人数も増えて新しい体制になったということで、昨日のフライデーミーティングでは、これまでに蓄積した実験結果のおさらいをしながら各メンバーのテーマについてディスカッションをした。これまでは主に、CCHによるtissue repairと、tumor hotspotにおけるtumorigenesisという２つの異なる現象を追っていたのだけど、tumor cellがpolyploidになる現象を発見したことで、この２つの現象に通底するコンセプトが浮かび上がってきたという話。ということで今年度は、いま見ているtumor invasionに焦点を絞り、そのプロセスの中にある４つのテーマ一つずつを各メンバーが追求しつつ、全員でgenetic screeningもやろうということになった。こういうふうに、独自に発見した現象をチーム一丸となって追求するという感じにできないものかと前々から考えていたこともあり、今年度この体制から何が生まれてどのように発展していくのか非常に楽しみになってきた。

lecture week

今週は、新しくうちのグループに入ることになった修士一年の J に、恒例のFly Genetics集中レクチャー。三日連続のレクチャーで、Balancer chromosomeからMARCM systemまで一通りFly Geneticsの基礎を教えながら、うちの実際の研究プロジェクトの内容も紹介した。これでとりあえず研究を始められる準備ができたということになるかな。昨日からすでにバージンコレクトも始めたようだ。就職活動で休んでいた S もラボに復帰したので、最近なんだかにわかに活気が出てきた。今日の朝のフライデーミーティングで、今のメインプロジェクトの中での４人各々のテーマをクリアーにさせていく予定。