羽田

羽田空港には早くも大きなクリスマスツリーが飾られていた。しかし、今年だけでかなりの回数この羽田空港を利用しているな。

鍵

先週末からまた三島に一時帰国して、昨日の夜の便で札幌に帰って来たのだけど、三島を出る時に上着のパーカーを家に忘れて来たことに気付いた。ここ数日間、三島はずっと暖かかったからパーカーのことはすっかり忘れていたのだ。夜、札幌に着いた時ちょっと寒いだろうなぁとは思ったけど、まぁ空港バスの駅からアパートまで歩いてすぐだし、また来週末に三島に来る予定もあるからその時でいいやと思ってわざわざ取りには帰らなかった。しかし、新千歳空港からバスに乗った時に大変なことに気付いた。札幌のアパートの鍵はパーカーのポケットに入っている。。。しまったぁ、と思ってももう取りには帰れないし、スマホのバッテリーは切れてるし、バスから降りるとやっぱりかなり寒いし、もうその時点で日付が変わる頃だったのでどこも開いてないし、ということでとりあえずアパート近くの交番に入った。警官の方々に相談すると、鍵開け専門業者を呼べばすぐ開けてくれるだろうけど、あれはかなり高くつくから、今晩はどこかに泊まって明日の朝に管理会社に頼んで開けてもらう方がいいよ、と諭されたので、それに従ってタクシーに乗って結局大学のラボに帰って来た。まぁここは半分家みたいなもんだし、お泊まりセットも持っているしということで、結局ゼミ室のソファーで結構しっかり寝て、さぁこれから管理会社に連絡しようかなというところ。

総合博物館

今日は久しぶりに何もすることがなかったので、北大の総合博物館をぶらぶらと見学してきた。この総合博物館というのは、もともと理学部本館だった古い建物を利用していて、自分が学生だった頃はまだこの校舎で理学部の授業が行われていたし、暗い廊下に所狭しと研究室が並んでいた。博物館として展示に使われている部屋は綺麗に改装されているけど、基本的に廊下とか階段とかは昔のままでなんとも懐かしかった。しかも所々で昔と同じ匂いが残っていることに気がついた。あれらがなんの匂いなのかは分からないけど。しかしこれ、入館無料っていうのは素晴らしいね。おしゃれなカフェなんかもあるし、時々また来よう。

二日間

で、今日の昼に研究会が終了した後、学生たちと北野異人館街をぶらぶら観光してから、夕方の飛行機でもう札幌に帰ってきた。昨日は、札幌を出るのが朝早かった上に、晩は懇親会でかなり夜遅くまで起きていたのでだいぶ疲れたけど、また多くの人と知り合うことができてなかなか楽しい二日間だった。

淡路島

昨日と今日、六甲医学研究会という５つのラボによる集会に参加してきた。場所は淡路島。うち以外はみんな京都と大阪の医学部のラボということで、参加者の多くが関西人の医学研究者。ショウジョウバエを使っているのは自分一人だけというちょっとアウェーな感じだったけど、腎臓の損傷修復を見ているDr. MYラボの発表で、少し前に報告されていた尿細管でのCCHのことを聞いてみるとえらい話が盛り上がった。今朝、自分が話したCCHのトークの後にも、さらにDr. MYラボの方々と色々ディスカッションした。意外なところから共同研究が始まるかもしれない。

寒い

それにしても今日は寒い。先日登った手稲山では今日雪が降ったらしい。この辺りもそろそろ初雪が降るかも。

金葉祭

この数日、大学の銀杏並木の紅葉がクライマックスを迎えている。１３条門から入ると本当に感動的なんだけど、こんなに綺麗だったっけね。自分の感性が学生の頃から変わったからなのか。先週末には、金葉祭とかいうイベントで銀杏並木を市民に開放して、屋台も出ているし、夜はライトアップしているし、ということですごい人出だったのだけど、今日も観光客がたくさん訪れている。

提出完了

先ほど、ついに科研費の申請書を締め切りぎりぎりで提出した。いやはや疲れた。今回は新しいのを２本書いたということもあるけど、実はその前に９月末締め切りだった日本語総説の執筆が長引いて、結局１０月に入ってからもあれを書いていたからこんな大変になってしまったのよね。ということで、ずーっと執筆に追われていた１ヶ月がようやく終わって、今はかなり解放感でいっぱい。ちょっとゆっくりしましょかね。

佳境

この一週間で一気に銀杏並木が色づいてクライマックスに近づいてきた感じ。今週末、金葉祭というのがあって銀杏並木がライトアップされるらしいけど、タイミングばっちりなのかも。科研費の申請締め切りが来週火曜日ということで、執筆中の申請書もだいぶ佳境に入ってきた感じ。

flaming ivy

ツタに覆われていくうちの研究棟。どんどん赤くなっていく。

雪虫

そういや昨日、下山してきた時に手稲の街中で雪虫が舞っているのを見た。雪虫を見るのは学生の時以来かな。しかしこれはつまり、そろそろ初雪が来るということよね。

手稲山

昨日はラボハイクということで、朝からみんなで手稲山登山。紅葉も綺麗だし、はじめは気持ち良く森の中を歩いていたのだけど、だんだん険しい道になってきて、途中大きな岩がごろごろしているガレ場が延々と続く斜面にかなり体力を奪われた。帰りはこのガレ場を避けるために予定とは違う道で下山したのだが、これまたかなり長い道のりで、手稲駅に着いた時にはもう膝ががくがくになっていた。楽しかったけど、かなり過酷やったなぁ。。。

confocal demo

いま、うちのラボでは新しいコンフォーカルの購入を考えていて、今週の前半は北キャンパスのニコンイメージングセンターでNikon A1の最新型を、後半はうちのラボでOlympus FV3000を、それぞれでデモ機で試させてもらった。どっちも前の型よりだいぶ進化していて、明るくてスキャンも速いし画像も綺麗。コンペティションの結果はそろそろ出る。

stove

札幌はだいぶ寒くなってきたので、昨日の夜、いまの部屋で初めて灯油のストーブをつけた。銀杏並木は色づき始めたところだけど、外はもう何だか冬の匂いがしている。

refresh

先週末の土曜日から昨日までまた三島へ一時帰国。いつものように子供達とマウンテンバイクで川沿いを走って馴染みの田園地帯へ。ここらへ来るとほんまに心安らぐなぁ。今回はなんやかんやと忙しくしていて研究所へも寄れなかったのだけど、頭はまぁまぁリフレッシュできたかな。

wisdom tooth 1

ようやく総説の原稿は全て書き終えたので、今日からついに科研費の申請書。なのだが、数日前から親知らずが痛み始めたので、今朝は予約していた歯医者さんへ。色々と診てもらった後すぐに、これは抜くしかないですね、という話になり早速麻酔をかけて抜いてもらうことに。上の親知らずだったこともあり、抜歯は一瞬だった。結構大きな歯なのにこんな簡単に抜けるんだなぁとちょっと驚きつつ、親知らずは記念にもらって帰ってきた。夕方になって麻酔が切れてもまだそれほど痛みはないのだけど、今晩も大丈夫なのかはちょっと不安。

CCH in urothelium

Polyploid superficial cells that maintain the urothelial barrier are produced via incomplete cytokinesis and endoreplication. Cell Reports 25: 464–477.
The urothelium is an epithelia barrier lined by a luminal layer of binucleated, octoploid, superficial cells.  Superficial cells are critical for production and transport of uroplakins, a family of proteins that assemble into a waterproof crystalline plaque that helps protect against infection and toxic substances.  Adult urothelium is nearly quiescent, but rapidly regenerates in response to injury.  Yet the mechanism by which binucleated, polyploid, superficial cells are produced remains unclear.  Here, we show that superficial cells are likely to be derived from a population of binucleated intermediate cells, which are produced from mononucleated intermediate cells via incomplete cytokinesis.  We show that binucleated intermediate and superficial cells increase DNA content via endoreplication, passing through S phase without entering mitosis.  The urothelium can be permanently damaged by repetitive or chronic injury or disease.  Identification of the mechanism by which superficial cells are produced may be important for developing strategies for urothelial repair.

またもや新たなCCHの報告。今回は尿路上皮の表面を覆う細胞。細菌感染によって損傷したマウスの尿路上皮が再生する過程において、二核のintermediate cellsとsuperficial cellsがエンドサイクルによってploidyを増加させるのだそうな。ヒトでもそうなんかね。

吉報

今年の春、こちらに移動する直前の大変な時期に申請書を書いていた研究費がどうやら当たったようだ。いっぱいいっぱいになりながらもなんとか書いた甲斐があったなぁ。共同研究者として入ってもらったK博士とI博士にも先ほど吉報を伝えると、早速近いうちに一度札幌で集まってミーティングを兼ねた祝賀会をやりましょうという話になった。ということで、ちょっと一安心なんだけども、来年度の科研費申請は今からなんよね。早く今執筆中の総説を書き上げて申請書に取り掛かりたい。。。

余震

いまだに時々余震がくる。今もグラグラっと来てビクッとなった。心臓に悪い。で、今の地震の震度の分布を見ると、震源はやはり胆振中東部なのだが、一番大きな震度４は札幌東区って、ココやん。隣の中央区は震度１やのに。本震の時も東区は震度６あったみたいだし、なんかこの辺りは地盤が弱いのか。

10L

この研究所に新しくラボを構えることになったMS博士が、うちのフライキッチンの様子を見てみたいということだったので、今日の午後のフライフード作成現場にご招待した。MS博士はニューヨークのDr. RCラボでショウジョウバエを使うようになって、先月日本へ帰ってこられたばかり。そろそろアメリカからハエを送ってもらうのでとりあえずバイアルを少し分けて欲しいということで、MS博士にも手伝ってもらいながら今回初めて１０リットルのフライフードにチャレンジ。鍋でスープを煮るところまでは、まぁいつもの５リットルとそれほど大差はないのだけど、１５００本超の分注はやっぱり結構長くかかって大変だった。匂いもいつもの２倍だった気がする。今後、どういう感じでSラボとフライキッチンをシェアするのか、追々考えていくことになるかな。

串鳥

昨晩は、ウチのラボに助教として新しく着任するT博士を囲んで札幌駅前の串鳥で飲み会。飲み始めて一時間くらいしたころに、自分のスマホに入ったニュース速報で本庶先生ノーベル賞受賞のニュースを知り、みんなでもう一度乾杯した。帰宅してから記者会見の様子をゆっくり見たのだけど、冒頭のあいさつの中で述べられた「今回の、基礎的な研究から臨床につながるような発展ということで受賞できたことによって、基礎医学分野の発展が一層加速し、基礎研究に関わる多くの研究者を勇気づけるということになれば、私としてはまさに望外の喜びです。」との言葉が一番グッときたかな。もちろん勇気づけられたし、少しでも多くの人に、基礎研究の重要性が認識される機会になってくれれば良いなと思う。

24号

昨晩、札幌に帰還。今回は京都での生化学会、大阪での癌学会と学会をはしごして、毎日いろんな方々とお話しすることができて楽しかったけどだいぶ疲れましたな。本当は今日の午後、伊丹から飛行機に乗る予定だったのだけど、どう見ても日曜日は台風の影響でほとんどの便が欠航するだろうと思ったので、急遽チケットを変更してもらって台風より先に飛ぶことに。さっき見てみたら、やはり自分が予約していた今日の便は欠航になっていた。これまた随分強い台風のようなので、被害があまり出ないことを祈るのみ。こちらはまだ雨も降っていないので、今日は近くのショッピングモールに寄ってから久しぶりのラボへ。デスクの上に一つ、小さいながらも良い知らせが届いていた。

肥後橋

癌学会は今回が初めての参加になるのだけど、やっぱり自分が普段行っているような学会とはだいぶ雰囲気が違うねぇ。日本の医学系の学会ってこういう感じなんやなぁと。ところで、昨日から肥後橋のあたりのホテルに滞在しているのだが、この辺りはでかいビルが林立していてその隙間を高速道路が走っていて、なんやらすごい。まぁ、サラリーマンしていた頃にこの辺りはよく車で通っていたはずだけど、久しぶりに見るとすごい街やなぁと思ってしまう。

二本目

昨晩は生化学会のシンポジウムのあと、スピーカーの皆さんと木屋町で懇親会。二次会の後、翌日さらに癌学会へ出席予定の３人で大阪へ。ということで結局大阪のホテルにチェックインしたのは深夜１時頃。すぐに就寝して、今日の朝一のシンポジウムへ。ということで、ここでは事後報告になってしまったけど、今日の朝、こちらのシンポジウムでトークしてきました。今日の話の内容は、Tumor Hotspots。

「イメージング技術で紐解くがんの特性 〜 Characteristics of cancer revealed by bio-imaging technology」
Fluorescent imaging is a powerful tool to investigate the cancer cell behavior. There are two kinds of fluorescent probes; one is genetically encoded proteins, such as GFP (green fluorescent protein), and the other is the chemical dyes. Fluorescent proteins can be a nice reporter for the expression of proteins-of-interest. Therefore the generation of various transgenic mice has been bringing us lots of knowledge of tumor heterogeneity, micro-environments with various types of cells. In contrast, chemical dyes already have been used in the clinical field. It is still challenging to label specifically the cancer cells. In this symposium, we have speakers covering a variety imaging methods both in basic and clinical research. Not only for obtaining the images, but the fluorescent light can be used also for manipulation of the cellular events in vitro and in vivo. The people in the hospital might be surprised to know that the fly (Drosophila melanogaster) forms cancers like mammals. We will learn what we can and cannot see by the specific methods, and how to integrate these techniques or tools for your own research.

一本目

で、今日の午後３時から、生化学会の以下のシンポジウムでまず一本目のトーク。自分のトークは、去年の分子生物学会で話した内容とほとんど同じだけど、miRNAのスクリーニングの話。

「細胞間コミュニケーションの究極の理解を目指して ～ Cell Competition and Beyond」
多細胞生命体を構成する細胞社会において、異なる性質を持った細胞間で多彩な「競合」現象が生じることが明らかになってきた。細胞競合(cell competition)と名付けられたこの現象が、個体発生における組織構築過程、優良な幹細胞の選別、前がん細胞の排除やがん細胞による正常細胞の排除など、多様な生命プロセスに関わることが示されてきた。また、最近の研究によって細胞競合を誘起する分子メカニズムについても多くが明らかになってきた。しかし、細胞間コミュニケーションの究極の理解には、細胞間の競合だけではなく協調についての考察も必要となる。さらに同種の細胞間および異種の細胞間で生じる様々な相互作用を包括的に解析しなければならない。本シンポジウムでは、世界の一線で活躍する研究者を招聘し、細胞間コミュニケーションについての最新の知見を共有することによって、当研究分野の今後の進むべき道を皆さんとともに考え、ディスカッションする場としたい。

ダートマスの集いmini

昨日は学会のあと、京都駅前の焼肉店でミニダートマスの集い。ダートマスの集いの本番は二ヶ月後に横浜で催される予定だけど、今回の生化学会でも自分を含めて４人集まれるということでミニバージョン開催。自分も今年は異動があったし地震もあったし、ということで色々と話すことがあったんだけど、皆さんもそれぞれ大変なことが多いみたい。

上洛

今日から一週間、関西出張。ということで、まずは上洛。暗くなってから、宿をとっている烏丸御池の近辺をぶらぶらと歩いて目的のつけ麺屋へ。モツつけ麺、めっちゃうまかった。それにしても、やっぱり京都の夜の街は雰囲気あるねぇ。

Pancreatic CCH

Postnatal exocrine pancreas growth by cellular hypertrophy correlates with a shorter lifespan in mammals.  Dev Cell. 45: 726–737.
Developmental processes in different mammals are thought to share fundamental cellular mechanisms. We report a dramatic increase in cell size during postnatal pancreas development in rodents, accounting for much of the increase in organ size after birth. Hypertrophy of pancreatic acinar cells involves both higher ploidy and increased biosynthesis per genome copy; is maximal adjacent to islets, suggesting endocrine to exocrine communication; and is partly driven by weaning-related processes. In contrast to the situation in rodents, pancreas cell size in humans remains stable postnatally, indicating organ growth by pure hyperplasia. Pancreatic acinar cell volume varies 9-fold among 24 mammalian species analyzed, and shows a striking inverse correlation with organismal lifespan. We hypothesize that cellular hypertrophy is a strategy for rapid postnatal tissue growth, entailing life-long detrimental effects.

木曜日のジャーナルクラブで紹介した論文。マウスやラットの出生後の膵臓の成長は、細胞分裂ではなく主にpolyploidizationによるacinar cell（腺房細胞）の肥大成長に依っている。一方、ヒトの膵臓ではこのような細胞肥大はあまり見られず、膵臓の成長は基本的に細胞分裂による細胞数の増加に依っている。この出生後の器官成長のための二つの異なる戦略（細胞分裂による細胞数の増加か、核の多倍体化による細胞の肥大か）の生物学的な意味はなんなのだろう？ということで、いろんな哺乳類について膵臓の細胞サイズと体の大きさや寿命などとの相関関係を調べてみたところ、奇妙なことに、膵臓の細胞サイズに最も直接的な相互関係が見られたのは寿命だった。つまり、膵臓の細胞が大きく肥大する種ほど寿命が短いということが分かった。CCHの話をするときにいつも考えるのは、おそらくcytokinesisやchromosomal segregationを伴うM期をスキップできるendoreplicationは、細胞にとってmitosisよりも断然楽なのではないかということ。だから手っ取り早く組織修復を行うことができるという意味で、CCHが適している場面が多いのだろうと。同様の理由で、寿命が短い小さなネズミなどは出生後になるべく早く器官成長を終えて性成熟を達成するために、分裂よりも手っ取り早い肥大という戦略をとっているのかもしれない。もちろん、肥大成長によるploidyの高い細胞が、結果として寿命を短くするなんらかの原因となっている可能性も考えられるけど。

en>GFP

実験中の幼虫。GFPのストライプ模様が美しい。

futsal

あぁ、この数日間、毎日いろんなことがありすぎてだいぶ疲れた。完全に予想外のことが起こってしまったしなぁ。。。まぁでも、先ほどあったジャーナルクラブでの発表が終わってちょっと一息。ということで、今晩はラボの学生達とフットサルの練習をしに体育館へ。リフレッシュできるかな。

ドロソプラグ

遺伝研からこちらに引っ越してきたショウジョウバエは約７００系統。ストックとしては予備のコピーがもう１セットあるので全部で約１４００。このハエ達を維持しながら、さらに実験のためのかけ合わせもやり始めると、ハエ達を飼育するためのエサ入りバイアルは常時結構な数が必要になってくる。当然バイアルにはバイアルの栓も必要なわけだが、このバイアル栓はK博士に教えてもらったGeneseeのDroso-Plugsを使うことにした。K博士のところでは、このDroso-Plugsを洗濯機で水洗いして再利用しているとのことだったので、ウチも同じように洗濯機を購入してラボに設置したのだが、今日ついに初めてその洗濯機を使って栓を洗う時が来た。結構な割合でサナギの殻がたくさんひっついてるし、茶色く汚れてるし、こんなん洗剤使わずに水洗いだけでキレイになるんやろかと半信半疑で試してみたのだが、なんと一回の洗濯でほぼ元どおりの白い栓になった。これは素晴らしいやん。しかもこのドロソプラグ、なんだかマシュマロみたいに柔らかくて触り心地が良いのよね。ということで、飼育システムはこれで完成かも。

cross

なんか、久しぶりに自分で実験のためのgenetic crossesをセッティングした。ちょっと落ち着いて実験したいんだけども、そろそろまたなんやかんやと締め切りが迫ってくるので本当は執筆活動のほうに集中しないといけない。なかなか難しいねぇ。

Megaphragma

The smallest insects evolve anucleate neurons. Arthropod Struct Dev. 41: 29-34.
The smallest insects are comparable in size to unicellular organisms. Thus, their size affects their structure not only at the organ level, but also at the cellular level. Here we report the first finding of animals with an almost entirely anucleate nervous system. Adults of the smallest flying insects of the parasitic wasp genus Megaphragma (Hymenoptera: Trichogrammatidae) have only 339–372 nuclei in the central nervous system, i.e., their ganglia, including the brain, consist almost exclusively of processes of neurons. In contrast, their pupae have ganglia more typical of other insects, with about 7400 nuclei in the central nervous system. During the final phases of pupal development, most neuronal cell bodies lyse. As adults, these insects have many fewer nucleated neurons, a small number of cell bodies in different stages of lysis, and about 7000 anucleate cells. Although most neurons lack nuclei, these insects exhibit many important behaviors, including flight and searching for hosts.

世界最小の昆虫といわれる寄生バチの一種（Megaphragma）では、成虫の大部分の神経細胞は無核なんだそうな。それはもちろん驚きなのだが、その前にこの小さな虫のことを知らなかった自分にとっては、この体の小ささに驚かされた。こんな小さいのあり得るんやなぁ。ちなみに、下の写真はゾウリムシとアメーバとの同倍率での比較。

restart

で、昨晩札幌に帰ってきたら、こちらはこの数日間で急に寒くなっていてこれまた驚いたけど、この週末三島で休憩することができて本当に良かった。土曜日にはまだ、この近辺のスーパーやコンビニの食料品の棚はほぼ何も無い状態だったので、あのまま札幌にいたら大変だっただろう。ということで、三島を出る前に少し食料品を調達して持って帰ってきたのだが、今日いくつかの店を見た感じだと、だいぶ物流は復活してきているようにも見える。ラボのほうも今日からほぼ通常通り動き始めた。さぁ、いよいよ執筆活動も再開せなな。

refuge

土曜日から４日間、三島に避難して一休みしてきた。こちらから行くとまだまだ真夏のような暑さで驚いたけど、田んぼには稲穂が実っていたし、オタマジャクシ達はみんなもう小さなカエルになっていたし、なんとなく秋が近づいているのを感じた。

復旧

今朝もまだ家の停電は続いていたけど、見ている限り、市内の電力は今日一日でほぼ復旧したのではないだろうか。うちのラボが入っている研究棟の停電は午前中に解消したし、夕方家に帰ってくると周りの地区も全て明かりがついていてホッとした。本当に電気って素晴らしいねぇ。今回停電はあったけど、うちは幸いにして水道が止まらなかったのでそこまで不便はなかった。ラボのほうも、棚のものが落ちたり冷蔵庫が動いたりした程度で、機器類の大きな被害はなく、今日でほぼ片付いた。ということで、これを書いている今もまだ余震が続いているのだけど、とりあえず家もラボもだいぶ落ち着きを取り戻した感じ。
実は今回の地震が起こる前から、今週末にまた三島に帰る予定で飛行機のチケットを予約していたので、予定通り飛行機が飛ぶようなら明日の朝空港へ向かう予定。

44h

さて、昨日未明の地震から４４時間くらい経ったのか。
地震が起こったときは眠っていたのだけど、すごい揺れと音で飛び起きた。目が覚めた瞬間は夢を見ているのかと思ったぐらい家が揺れていたのだけど、家が軋む音や食器がぶつかる音なんかがリアルだったし、机の上のパソコンのモニターが動いて落ちそうになったのが目に入ったので、なんとか起き上がってそれを支えているうちに揺れがおさまった。今までに経験したことのない大きな揺れだったけど、それほど恐怖を感じなかったのは半分寝ぼけていたからか。その後テレビをつけてニュースを見ていたけどすぐに停電になってしまったし、窓からの風景はいつもと変わりがない様子だったので、もう一度布団の中へ戻った。朝起きて、歩いて大学へ向かっている時に、公園の水道とかスーパーの前で配っている水にすごい行列ができているのを見て、これはもしかして大変なことが起こっているのかもと思い始めた。昼になると、もうすでに大学の購買やコンビニの棚から食料品が消え失せていたので、昼ごはんはお菓子で済ませて明るいうちはラボで片付けとか復旧作業をしていた。で、家へ帰るときには街が真っ暗になっていた。これくらい大きな町で全ての明かりが消えて真っ暗になると、なんだかえらい異様な雰囲気だったけど、星空がすごく綺麗に見えたのが印象的だった。

次

昨晩は札幌でも暴風雨がかなりすごかった。大学のキャンパス内も、朝来てみると大きな木が倒れていたりしてどえらい散らかっていたけど、幸い大きな被害はなかった模様。

さて、ということでまた次のレビューをするために別の論文を読み始めているのだけど、今回のはなかなかオモシロイ。もうちょいと詰めのデータが必要だと思うし、基本的には今までの発見が元になっていて大きなブレークスルーというとこまでは行かないけど、これは新しいモノの見方ができそうな気がする。こういうのはレビューもやりがいがあるね。

とかなんとかやっているうちに、自分が書かなければいけない論文の締め切りが迫ってきている。なんかだいぶ焦燥感が出てきましたなぁ。

21

ニュースの映像を見ていると、台風21号は風の勢いがえらいことになっとるね。関西でかなりの被害が出ているとか。で、それが今晩こっちの方に来るのか。。。そういや今日ラボのメンバーと、2004年に北大のポプラ並木がなぎ倒された台風のときは本当にとんでもない風が吹いたよねという話をしたけど、自分以外に知っている人はいなかった。まぁ、あれってもうすでに14年前の話になるんやね。

八月終了

今日で８月も終わりか。札幌は少し前からもうだいぶ涼しくなってきているし、銀杏並木も上の方の葉が少しだけ黄色くなりかけている木があったりして、確実に秋というか冬へ向かっているのを感じる。今日はこのあとゼミ室で、つい最近大学院入試に合格したうちのラボの４年生２人のお祝いをするらしい。
で、来月９月は色々あってかなり忙しくなる予定やなぁ。

This side up

先日、何の気なしにこのmosaic wing discの写真をツイッターに載っけたら、デンマークのDr. HHが「ナイス！だけど、自分はやっぱりこれを上下逆に置きたい」というコメントをつけてくれた。で、その後、何人かのフライガイがwing discの置き方についてコメントするという、なんともマニアックなやり取りがあった。確かに、この写真でいう下がディスクの背側で上が腹側になるわけだから、教科書に習えばこれは上下逆にすべきなんよね。しかしながら、wing discはこの細くなっているnotumを下向きにして置きたくなるのはなんでなのか、自分でもよく分からない。
関係ないけど、「This Side Up」というspatial determinationの古い教科書があって、その表紙は学生の頃お世話になったS先生が撮ったイトミミズ卵の写真だった。これはイトミミズの卵が、ooplasmic segregation（第一卵割の前に起こるegg cytoplasmのreorganization）のときに見せるdeformation movementをとらえたものなのだが、卵がこんな形になるということにとても驚いたのをよく覚えている。

more reviews

なんか、論文のレビューの依頼って重なることが多いのはなんでなんやろう。ついこないだ一本したばっかりだけど、今週はまた新たに三本することになっている。そのうちの一本はYさんにも依頼が来ていたので、結局二人でやることになった。で、この二日間その論文を読んでいるのだけど、どうも英語がおかしい、というかかなり文法がおかしい上に、ロジックもおかしくて読むのが本当に辛い。一生懸命考えて何を言いたいのかをいちいち汲みとってあげないといけないような感じで、少し読むとすぐ眠気に襲われる。こんな破綻した文章でようサブミットする気になるよなぁと、そこに感心させられますわ。もう今日中にコメント書いてしまって、はよう次の論文に行きたい。

tamoflylab

フライグループのInstagramを開設してみた。ラボテクのTさんと話していて、最近の学生さんにラボの宣伝をするにはやっぱりインスタですかねと。まぁでも、効果的に検索に引っかかるように工夫せないかんよね。
↓
tamoflylab

Finca Rosal

Hammeken Cellars, Finca Rosal Old Vine Monastrell 2015

スペインはムルシアの１１月に遅摘みしたOld Vine Monastrell。ちなみに、モナストレルはフランスのムールヴェドルと同じ。今日は、自分で作ったトマトソースバターパルミジャーノのパスタと一緒に。深いベリーとハーブのリッチな味わいながらも意外とすっきりしていて飲みやすい。これは好きやなぁ、ということで残り半分はまた今度。

BioLitMine

DRSC/TRiPが提供する、BioLitMine という文献検索サイト。遺伝子名からMeSH termとか研究者の名前とかをつなげて論文を検索してくれる。
"The published literature encapsulates years of research about biological systems but finding the relevant literature about a gene or a biological topic is not always straightforward.  BioLitMine was implemented to help scientists to quickly mine the literature.  Users will able to find MeSH terms as well as the relevant literature.  BioLitMine can also help scientists find the principle investigators who are working on a gene of interest or a particular signaling pathway to facilitate the scientific collaborations."

R 第二週

先週から始まった R のFly Pushing、今日で第二週の指導が終了。先週はFly Geneticsの基本の授業から始めて、エサ作り、ストックのフリッピング、バージンコレクト、そして今週はimaginal discの解剖と抗体染色の練習、そして実際の実験のためのクロスも始めた。で、今日の午前中はTさんも一緒に、実験の最後の関門となるimaginal discのスライドグラスへのマウンティングを指導。imagnal discのマウンティングは結構細かい作業で、手先の器用さと集中力を要するのだけど、二人とも初めてにしては意外と綺麗にできていてちょっと安心した。ということで、大体基本的な実験は一通りやったかな。顕微鏡で観察しながらmutant cloneの説明をしている中で、今からRが見ていこうとしている現象に対する３つの仮説が出てきた。まずは年度末の卒論発表へ向けて、これを検証していきましょうということになる。

Scutoid

Scutoids are a geometrical solution to three-dimensional packing of epithelia.  Nat Commun. 9: 2960.
As animals develop, tissue bending contributes to shape the organs into complex three-dimensional structures.  However, the architecture and packing of curved epithelia remains largely unknown.  Here we show by means of mathematical modelling that cells in bent epithelia can undergo intercalations along the apico-basal axis.  This phenomenon forces cells to have different neighbours in their basal and apical surfaces.  As a consequence, epithelial cells adopt a novel shape that we term “scutoid”.  The detailed analysis of diverse tissues confirms that generation of apico-basal intercalations between cells is a common feature during morphogenesis.  Using biophysical arguments, we propose that scutoids make possible the minimization of the tissue energy and stabilize three-dimensional packing.  Hence, we conclude that scutoids are one of nature's solutions to achieve epithelial bending.  Our findings pave the way to understand the three-dimensional organization of epithelial organs.

去年の１１月にバルセロナであったミーティングで、隣のポスターで発表していたセビリアから来た学生二人と友達になったのだが、その時その二人が発表していた内容。カーブした上皮組織の形態は、彼らが新しく発見して「Scutoid」と名付けたちょっといびつな立体構造を取る細胞同士が、apical-basal axisに沿ってintercalateすることによってうまくパックされるという。ちなみにこの「Scutoid」という名前の由来は、この形がカナブンとかの背中にある小楯板（scutellum）を想起させるからだとか。そういや新しい名前にしてはなんやら聞き慣れたワードのような、と思ったらドミナントマーカーのScoと同じか。しかしこれって、結構スゴイ発見やよね。。。

Odonata

ということでここ数日、なんだか夏が終わっていく雰囲気をひしひしと感じる。

late summer

先週末は、こちらに来ていた家族と一緒にジップラインをしに行ったりプールへ遊びに行ったり、子供の夏休み終盤を一緒に楽しんだ。ということで、今週からまたそろそろ研究に集中し始めようかなというところなのだが、今日の朝は定期健康診断を受けに駅前の健診センターへ。追加メニューがあったので、肝炎とピロリ菌の検査もトッピングしたら４本も血を取られた。

fireworks

先週、南伊豆へ行った一日目の晩、偶然近くの弓ヶ浜で花火大会があるとのことでみんなで見に行った。こういう海の上に咲く花火を見たのは初めてかな。砂浜からすぐのところで打ち上げてくれるので、なかなかの迫力だった。

ペリーロード

下田の港から少し入ったところにあるペリーロードと呼ばれる川沿いの小径。この先に下田条約締結の場となった了仙寺がある。下田は幕末の歴史舞台というだけでなく、山に囲まれた自然の入り江を利用した港が美しい町で、近いうちにまた来たいと思った。

μ-CT

Micro computed tomography as an accessible imaging platform for exploring organism development and human disease modeling.  BioRxiv, 391300.
Understanding how events at the molecular and cellular scales contribute to tissue form and function is key to uncovering mechanisms driving animal development, physiology and disease.  Elucidating these mechanisms has been enhanced through the study of model organisms and the use of sophisticated genetic, biochemical and imaging tools.  Here we present an optimized method for non-invasive imaging of Drosophila melanogaster at high resolution using micro computed tomography (μ-CT).  Our method allows for rapid processing of intact animals at any developmental stage, provides precise quantitative assessment of tissue size and morphology, and permits analysis of inter-organ relationships.  We then use the power of μ-CT imaging to model human diseases through the characterization of microcephaly in the fly.  Our work demonstrates that μ-CT is a versatile and accessible tool that complements standard imaging techniques, capable of uncovering novel biological mechanisms that have remained undocumented due to limitations of current methods.micro computed tomography (μ-CT)。

結構綺麗に見えてるね。解剖せずに体内の構造がありのままインタクトな形で見えて、その3Dイメージを解析できるというのはイイ。

R start

４年生のRがうちのフライグループに入ることになったので、昨日からオリエンテーションを開始。昨日と今日の二日間で、Fly Geneticsの基本に関して大体の説明は終わったかな。今日はさらに今後Rが入っていく研究のイントロとして、Tumor Hotspotsの話と、その先に見え始めているものの話もした。今週はテクのTさんが休暇中なので、明日か明後日に一度Rと二人でエサ作りをしないといけないかな。

帰札

昨晩遅くに札幌に帰ってきた。一週間の夏休みも終わり。ということで、今日ラボに戻ってきたら、二ヶ月くらい前に注文したGeneseeのフライプッシング用品がようやく届いていた。これでようやく全てのベンチにCO2システムを設置できるやん、と思って箱を開けたらチューブが入っていなかった。池田理化にメールで問い合わせてみたら、チヨダサイエンスが夏期休暇なので回答をもらえないとか。でも箱に貼り付けてある送り状を見たら、このGeneseeの製品はチヨダじゃなくてビーエム機器から池田に送られて来たようなんだけど、どういうことなんやろかね。チヨダから来るのは飼育用バイアルなんとちゃうのん。せやけどこれ、こっちに引っ越してくる前から池田理化に相談してたんやけどなぁ。なんか、ほんまあかんのう。。。

あと三日

まだもう少し、バカンス中。

ほぼ終了

今日は昼に、蓮の花が咲いているひょうたん池でお弁当を食べたあと、これまた一日中ラボで執筆作業。ようやく申請書のほとんどのパートを書き上げて、こちらで担当した分の原稿を共同執筆先へ送付した。あとは、なんかこちらの大学から出す Letter of suppot みたいなものがいるみたいだけど、これは自分で書くのか、大学の事務がなんかフォーマットを持っとるんか、これはもう来週メールで聞いてみるしかないな。ま、自分は明日から一週間夏休みなんやけど。
しかし、そういや一つ論文のレビューが回ってきていることを今また思い出した。。。これはもう持って帰るしかないな。

writing night

共同研究先と一緒に執筆している申請書がだいぶ佳境にさしかかってきたので、今晩はもう一度ラボに帰ってきて机に向かう。日曜日からまた三島へ帰って、来週一週間はバカンスの予定なので、なんとか明日の夜までには形にしておきたいところ。
本州はまた猛暑に見舞われているようだけど、こちらは先ほど帰るとき半袖で自転車に乗ったらちょっと寒いくらいの気温。

スルー

昨晩は、ハエ達が入っている約２００本のバイアルを詰めた発泡スチロールの箱を持って羽田空港へ。チェックインカウンターで、昆虫なら手荷物として機内に持ち込めるので手荷物検査場へ進んでくださいということだったので、いつもと同じように手荷物検査へ。X線装置の画面に映った無数のバイアルはいかにも怪しい感じで、検査員もそれをかなり凝視していたので、これはやっぱり箱を開けて説明することになるよなぁと思っていたら、なんと意外なことに検査員はスルー。拍子抜けしたけど、面倒なことにならなくて良かったと思うと同時に、こんな怪しいものを検査しなくていいのかと逆にちょっと不安になったり。まぁでもそんなことで無事、夜遅くにラボのフライルームに到着。ついにこれで全ての引っ越しが終了かな。

移送第二弾

残りのハエ達プラス弱い系統、約２００系統の移送準備が完了。これらのバイアルを箱に詰めて、その箱を昨日１００円ショップで見つけた大きめのショッピングバッグに入れて、今晩一緒に札幌へ向かう。昆虫、金魚、カメなどの小動物はペットとしての扱いではなく、客席に手荷物として持ち込むことになるようだ。逃げたり見えたりしないようにきちんと梱包されていれば３匹程度までは機内にお持ち込みいただけます、というようなことが書いてあるからたぶん大丈夫かな。まぁ、３匹じゃなくて、３万匹くらい入ってるけど。。。

old office

昨日からまた、今まで使っていたオフィスに戻ってきている。４年と少しの間、ここでかなりの時間を過ごしたから、物はなくなっていても未だにここに帰ってくると妙に心安らぐ感じ。

175

昨日のモーフォメ終了後は新幹線に乗って三島に帰ってきた。ということで、今日は朝からまた遺伝研。今回は、まだこちらに残っているストックのハエ１７５系統を引き取るのが目的。自分が出たあともこちらに残したハエ達のお世話をしてくれているOさんのおかげで、今回もすでに万全の状態に見える。一ヶ月前の輸送では少し気温の低い日に当たったからか、奇跡的に全員無事だったのだけど、さすがにこの猛暑の中の輸送に耐えられるとは思えないので、今回は自分が一緒に飛行機に乗せて持って帰る作戦を立てる。

The 3rd Morphomeostasis Meeting

この土日、大府の国立長寿医療研究センターで開催された「The 3rd Morphomeostasis Meeting」に参加してきた。３年前に神戸で行った第０回は３人だったけど、今回はinvitedのT先生も含めるとスピーカーは１０人。土曜の昼から日曜の昼過ぎまで、夜の懇親会も含め、いつものように非常に濃密なディスカッション三昧の２日間を過ごした。今年のオーガナイザーを一人で務めてくれたKA博士に感謝。しかし、もう毎度のことながら、トークの制限時間を守る人は誰一人おらず、土曜日に予定されていたトークの最後の２つは日曜の朝に持ち越し。やっぱりもう無理せんと、１人１時間で予定を組むべきなんかもね。
で、来年は京都場所ということで決定。また来年、皆さんに進捗を報告できるように一年頑張らなあかんなと気合い入りましたわ。

寿司

昨晩は、この３日間こちらを訪問していたローザンヌのDr. JHと、PhD studentのエレーニを連れてYF博士と４人で寿司を食べに出た。落ち着いた和室でいただく寿司割烹のコースはなかなか素晴らしいもので、ドイツ人とギリシャ人のお二人にも満足していただけた様子。とても楽しい夜だった。
実は少し前にこの接待の予定が入ったので、本当は木曜日からだった出張予定を土曜日からに変更したんだった。ということで、明日から出張。明日はまず早朝の便で名古屋へ飛び、第３回 Morphomeostasis Meeting が行われる大府へ向かう。モーフォメは超楽しみなんだけど、その前に今取り組んでいる申請書を今日中にある程度形にせなあかんやん。

hungry flies

ハエ達のために一生懸命作ったエサ。美味しそうに一生懸命食べとるね。

dilation

dilate：拡張する、拡張させる、詳しく述べる（動）
dilated：拡張した（形）
dilation：拡張、膨張（名）
dilatate：拡張した（形）
dilatation：拡張、膨張（名）

dilation と dilatation、dilated と dilatate はほぼ同じか。

1/2量

今日のエサ作りはいよいよ２分の１量の５Lでチャレンジ。撹拌鍋を乗せるための特注の架台が届いたので、今回から鍋をトロ火で温めながら分注することが可能になった。これは結構大きな改善だったようで、今日は最後までスムーズに分注できて、全部で約７５０本作ることができた。今日は今までで一番うまくいったねぇ、という話をしながらTさんと器具を洗っていたら、「これは一体なんの匂いだっ！」と、えらい勢いで一人のオッサンが部屋に入ってきた。ふーむ、まぁたしかに結構臭うんやけど、しゃーないもんなぁ。扇風機でも回すか、それともやっぱり、ドアの前に「ハエのエサ料理中」の看板を出すべきかな。

支笏湖

週末、ついにXVが納車されたので、まずは支笏湖までドライブ。支笏湖の静かな雰囲気と周りを囲む山々の奇妙な形がなぜか好きで、学生の頃ふらっと来ることが多かったのだが、前に来たのはたぶん１２年前かな。ここの風景は何も変わっていない。

early summer

内地はものすごい暑さになっているようだけども、やっぱり札幌は涼しい。朝晩は自転車に乗ると肌寒いくらい。猛暑のニュースを毎日見ているのにもかかわらずこちらは毎日涼しいから、夏はまだかなぁとか思ってしまっている自分に気付いた。感覚としてはまだ初夏なので、なんだか時差ボケのような感じ。今日から、スイスの大学院生の子が数週間ラボに滞在する予定。

CCH in kidneys

Endocycle-related tubular cell hypertrophy and progenitor proliferation recover renal function after acute kidney injury.  Nat Commun. 9: 1344.
Acute kidney injury (AKI) is considered largely reversible based on the capacity of surviving tubular cells to dedifferentiate and replace lost cells via cell division. Here we show by tracking individual tubular cells in conditional Pax8/Confetti mice that kidney function is recovered after AKI despite substantial tubular cell loss. Cell cycle and ploidy analysis upon AKI in conditional Pax8/FUCCI2aR mice and human biopsies identify endocycle-mediated hypertrophy of tubular cells. By contrast, a small subset of Pax2+ tubular progenitors enriches via higher stress resistance and clonal expansion and regenerates necrotic tubule segments, a process that can be enhanced by suitable drugs. Thus, renal functional recovery upon AKI involves remnant tubular cell hypertrophy via endocycle and limited progenitor-driven regeneration that can be pharmacologically enhanced.

哺乳類の腎臓でも CCH が確認された。腎臓の損傷に対する組織修復は残った尿細管細胞の分裂によるものと考えられていたが、この研究は、尿細管細胞のエンドサイクルによる肥大化、つまりCCHが組織修復の重要な役割を担っていることをマウスを用いた実験で示している。一応、少数のPax2+ tubular progenitor cellsが生き残って分裂することも観察されているが、全体で見るとCCHの割合の方が大きいようだ。さらにヒトでも、損傷後慢性腎臓病の腎臓において、エンドサイクルによってploidyが増加した尿細管細胞が多数観察されている。 
CCH、やっぱりpost-mitotic tissue repair systemとして結構広く保存されている感じやねぇ。

DOT

Dresden Ovary Table (DOT) って、ウチらegg chamberをモデルにしている人達にとってはかなり素晴らしいデータベースであることに今まで気付いていなかった。follicleに発現している遺伝子のなかでも、oogenesis stageとか細胞種に特異的なものを検索することができる。in situのイメージはz-stackまで見ることができるようになっているし。
oogenesis stage-specific mRNA seq と in situ hybridization によるデータの内容については以下の論文にある。

Systematic imaging reveals features and changing localization of mRNAs in Drosophila development.   eLife 4:e05003.

更新完了

ちょうど二週間前に遺伝研から到着したストックの系統、５４５本のバイアルの更新が昨日完了した。こちらで今回新しく作った餌で、次世代のアダルトが正常に出てくるかどうかを確認するまでなんとも言えないけど、とりあえず幼虫はすでに生まれてきている。先週、理学部のTさんやKさんから聞いたところによると、餌を作るときの煮込み時間がかなり重要ということだったので、次からは時間を計りながらクッキングプロトコールを調整していく。

Dr. YT 来訪

今日は午後からシンガポールのYT博士が来訪。プライベートでの来日のついでに北大に寄ってくれたので、新しいフライルームをお見せして、進行中の共同研究のことなどディスカッション。このために少し前から行っていた Dresden Ovary Table でのオンラインスクリーニングの結果を話したり。で、今はラボの学生一人一人としっかりディスカッションしてもらっている最中。このあとみんなで飲みに行く予定。

ラジカセ

１０日前に三島から到着したストックフライ達の次世代がだいぶ出てきているので、そろそろバイアルの更新をしないといけない。ということで、今日は午後に駅前の電気屋さんでラジカセを購入してからフライルームへ。ぼんやりとラジオを聴きながら、延々とエサ交換のフリッピングをしているとポスドクの頃の懐かしい感覚を思い出した。

HU Fly Groups

昨日のトークのあとは、Kさんのラボに場所を移して飲み会。Kさんのラボメンバー以外にも、講演を企画してくれたTさんのところの学生さんや、自分が学生の頃お世話になったK先生も来てくれていて、とても楽しい夜になった。たぶん、北大にあるフライラボはこれでほぼ全部で、意外と少ない。そういえば自分が学生だった頃から、ショウジョウバエを使う研究室は生態学のところ以外には思いつかない。ということで、今後このグループは自分にとって大切なものになる。

Talk @５号館

今日は午後４時半から理学部５号館の８Fセミナー室で講演する。トークの内容は話し慣れているcompetitionとcompensationによる組織恒常性維持の話だけど、今日の会場は学生の頃毎日通っていた研究棟、しかも８Fセミナー室は確か１３年前に博士論文の発表をした場所と同じはず。ということで、なんとなく感慨深いものがある。

Ni-E setup

暗幕の小部屋にナイコンNi-Eのセットアップ完了。

setup

今日の午後、蛍光顕微鏡のための暗幕とフライルーム出入り口のカーテンの敷設工事が完了。明日はナイコンの人が来て蛍光顕微鏡の組み上げをしてくれる予定。この一ヶ月ほどの間に、洗濯機の設置、ガス栓の交換、炭酸ガスボンベ架台の設置、そして今日の暗幕カーテン設置と、何度も工事が入ったけど、実験室セットアップのための工事はたぶんこれで最後かな。とりあえずベンチで二酸化炭素を使えるようになったので、いよいよバージンコレクトを開始。

neighborhood

最近だいぶ近所の様子が見えてきた。住んでいる場所から意外と結構すぐのところにサッポロビール園があったりとか。