optogenetics

今日は久しぶりにチャネルロドプシンでオプトジェネティクス。ハエ達は今晩一晩中ギラギラの部屋の中でまぶしくて眠ることができないだろう。

refreshed

連休中、添削＆執筆もしていたけど、結構リフレッシュできた。

連休

R の申請書の新しいバージョンと、S が書いていた総説のパートが送られてきたので、連休中にこれらを添削しないといけない。ということで、自分の申請書の締め切りはまだ一週間後だったけど、今日先にその自分のやつをさっさと仕上げて提出してしまった。さらにこの連休中はラボに行かなくても大丈夫なように、掛け合わせ中のハエ達の整理と、いくつか新たな掛け合わせもセッティングしてきた。連休中にちょっと落ち着いて執筆しないといけませんなぁ。

かもがわ

最近、大学の食堂はメニューを減らしての営業だし、夜はほとんど家で自炊しているので、昼はちょくちょく大学の近くを散策して外食している。既に病院の南側のほうで二軒お気に入りの店を見つけたのだけど、今日は祝日だし良い天気だったので、鴨川の飛び石を渡って向こう岸の通りまで行ってみた。鴨川の河川敷はたくさんの親子連れが遊びにきていて、夏のような陽気の中で水遊びをしている子供達を見ているとコロナ騒動のこととか忘れてしまいそうな感じ。荒神橋の向こうの小さな路地を入っていくと、古い建物の二階にレトロな感じのお洒落なカフェがあって、そこで日替わり定食のランチを取った。ランチのあと、ぶらぶらともう一つ隣の路地を歩いていると、小さな店の前で何人かが楽しそうにワインを飲んでいる。グーグルマップでそこが本屋であることは知っていたのだが、店の中を少し覗くと、ワインを飲んでいた一人が「開いてますよ。どうぞ。」と言うのでふらっと入ってみた。小さな本屋なのだけど、なんやら面白そうな本がたくさん並んでいて、ついつい色んな本を開けているうちに、ユクスキュルの「生物から見た世界」という本が気になって結局買ってしまった。この辺りは探検すればするほど楽しくなってくる街やねぇ。

大原

昨日はラボに行く前に車でちょっと遠回りをして、こないだ大原で見つけた食材店へ。この店の白だしを薄めるだけで本当に旨い関西風だし汁になるので、最近多用している。

2 weeks

昨日今日、R が書いた申請書に目を通して添削を始めた。締め切りまであと二週間あるのだけど、まだかなり完成度が低い印象なので、それほど余裕はないかも。しかもこの間に自分も申請書が一つと、もう一つ依頼されていた日本語総説の締め切りもあるので、ちょっと忙しい二週間になりそうだ。日本語総説のほうは、S に手伝ってもらうことにした。

通行証

大学構内へ車で入るための通行証を手に入れた。といっても土日祝日だけの通行証で、平日はお金が必要。これで一ヶ月千円。平日も入れる通行証は一ヶ月五千円もするというのでやめといた。まぁ、平日も使えるものを手に入れたら毎日車で通ってしまって運動不足になるのが目に見えているからこれでいいのだけど、それにしてもえらい高いなぁ。北大はタダだったんだが。まぁ、北大はキャンパス内に駐車できる空き地もいっぱいあったからか。ということで、基本的に週末は車でラボに行く。

30min

片道３０分の自転車通勤にもだいぶ慣れてきた。体力的にも慣れたし、行き帰りのルートもほぼ固まってきた。といってもまだまだ新しい発見は毎日のようにあって、今朝は松ヶ崎の山を迂回したところでふと振り返ると、山肌に大きな「法」の文字。ここが五山送り火の一つだとは全く知らなかった。帰りに東大路を北上すると一乗寺のあたりに良さげな店がたくさん並んでいるのだけど、今週あたりから次第に明かりが消え始めている。昨日は修学院の近くで、帰りに寄れるナイスなスーパーを見つけた。
写真は朝の鴨川デルタ。

presence

今日もZoomでのオンラインラボミーティング。便利だけど、なんかやっぱり臨場感に欠けるというかなんというか。いつまでこういうのが続きますかねぇ。TAGCのFly Meetingも今日からオンラインで始まったのかな。
それにしても、欧米諸国に比べて日本での新型コロナ感染による死者数がこんなにも低いのはなぜなんだろうか。PCR検査を増やすと感染者数が増加するという現状であるからして、おそらく実際の感染者数はもっと多いはずなのに。ちなみに、国内のインフルエンザによる死者数は去年も一昨年も３千人以上で、１月だけで千人を超えている。そしてそのインフルエンザによる死者数は、欧米諸国と比べても別に日本だけが特別少ないようには見えない、というかどちらかというと多い。

レベル３＋

今日、京都府からの要請に基づいた大学における活動制限レベルについて、研究科長から新たなお達しがあった。研究活動がほとんど制限されるレベル４になるのだろうという噂も聞こえていたし覚悟はしていたのだけど、そうはならなかった。研究科としては、接触機会の８割減という行政からの要請には確実に対応するが、研究活動の制限は最低限にしたいということ。とりあえず安心した。色々と気を付けたり努力をする必要があるけど、研究は止めない。

２層

ハエの飼育用バイアルのメーカーが在庫を切らしているとかで、次の入荷は５月中旬くらいという話。引っ越し前に北大で作ったエサ入りバイアルが残っているけど古くなってしまったし、引っ越し後のために持ってきた新しいバイアルはもう使ってしまった。でも実験のために今週どうしても新しいエサ入りバイアルが必要、ということで急遽古くなったエサ入りバイアルに新しいエサを注ぎ足してみた。量がちょっと多くなってしまったけど、新しい層が下の古い層とほとんど混じり合ってないしこれはいけるやん、と思って今日これを使って１５種類新しいクロスを仕掛けた。まぁ大丈夫そうなんだけど、夕方になって別のメーカーの新しいバイアルが届いた。

Zoom

今週からラボミーティングはZoomを使ってオンラインでやることになった。ということで、初めてZoomを使った昨日のラボミーティングはウチらフライグループの研究発表。この４月からうちのラボに来る予定でまだ来ることができていない中国からの留学生もZoomで参加することができたし、先週からもう一人医学部の学生が入ったこともあり、今一度少し丁寧にうちらのFly modelとTumor hotspotに関するイントロを話してから新しいプロジェクトの話をした。このプロジェクトはまだまだこれからだけど、今回発表のために少しコンフォーカル画像の定量化をしたらかなりクリアーな結果が出た。これはやはり、"promising"という手応え。

New fly kitchen

ということで、先週とりあえず立ち上げた新しいフライキッチン。今回はフライルームとは少し離れた部屋になったのだが、前よりだいぶ広いスペースを使えることになった。飼育用バイアルとエサの原料の仕入先も大体固まってきた。

recover

２回に分けて京都に移動させたストックラインのハエ達のバイアルを、先々週一気に全て更新した。しかし１ヶ月前の引っ越し直前に作ったエサ入りバイアルはさすがに古かったか、卵の孵化率が悪いものが多いように見えたので、先週急遽新しいエサを作ってストックの１コピー分をもう一度一通り更新。これでストックフライが安定してくれれば、引っ越しからのリカバーはほぼほぼ完了かな。やっぱり引っ越し前後で大体２ヶ月くらいは実験が滞る計算になるか。前回、遺伝研から北大へ移動した時は立ち上げにだいぶ時間がかかったけど、今回は立ち上げというよりは移設という感じだったので、時間のロスは前よりだいぶマシだった気がする。しかし、世間がなるべく活動を抑える方向へ向かっている時に、自分たちは逆に始動へ向けて頑張っている訳で、ここで何らかの行動規制が入ってくるとキツイな。

叡電

今日は叡電で通勤。叡電は時々こういう、座席が比叡山の方に向いていて窓が大きい観光列車がくる。

緊急事態

いよいよ緊急事態宣言なるものが発令された。京都は対象地域に入っていないけど、隣の大阪と兵庫が入っているから似たようなものか。そういえば今朝、自転車での通勤途中にいくつかの小中学校で入学式が行われていて、たくさんの家族が学校の近くで行列を作っているのを見た。週末には鴨川の河川敷で花見の宴会も見かけたし、ちょっと京都は危機感が低いのだろうか。。。
午後、郵便局へ行く用事があったので、ついでに自転車で近くの哲学の道を通ってみたら桜が見事だった。例年は観光客ですごい人出なのだろうけど、ここはやはり閑散としている。

桜を見ながら

今日は時間があったので、昼から自転車に乗って比叡山のふもとをぶらぶらと桜を見ながら大学へ。立ち寄ったのは、実相院、石座神社、長谷八幡宮、三宅八幡宮、蓮華寺、修学院離宮、曼殊院とか。何も下調べせずに行き当たりばったりで走っていたのだが、そこかしこで趣のある古い神社仏閣に出くわすのだからやっぱり京都はすごい。 

CO2システム

今日の午後、フライルームの各ベンチで二酸化炭素を使えるようにするCO2システムを組み上げた。北大でフライルームを作った時は業者の人が作ってくれたのだけど、それほど難しい作業でもないので今回は自分なりに工夫を加えながら。ベンチ前の壁の少し高い場所にボンベから引いてきたシリコンチューブを配置して、各ベンチで枝分かれして手元に来るようにしている。なかなか上出来やん。これでようやく普通にフライプッシングができるようになった。あとはフライキッチンやね。

冷泉

昼、免許証の住所変更手続きをしに大学近くの警察署へ。疎水沿いの冷泉通りの桜が咲き始めてなんとも気持ちのいい景色なのだが、もしかしたらコロナウイルスは日本でもこれから深刻な広がりを見せ始めるのだろうか。今日は午後にME博士がこちらのラボに来てくれたので、フライルームで色々とディスカッション。いくつか重要な情報を教えてもらった。

岩倉

昨晩遅く、ついに今回の旅のゴールとなる京都岩倉の自宅に辿り着いた。札幌からの総走行距離は１７２４km。いやぁ、意外と走れるもんやねぇ。
昨日は三島で遺伝研に立ち寄って、いろんな人に挨拶しに行ったり、共同研究の話をしたり、もらえることになっていた研究室の備品の数々を荷造りして車に積み込んだりしているうちに日が暮れてしまったので、晩御飯を食べてから三島を出発したのが２０時頃。ということで、旅の最後は一人での長い夜のドライブになった。遅くなってしまったけど、最後まで荷造りを手伝ってくれた M さんがいなかったら大変なことになっていた。いつもながら、M さんには本当に感謝。
ともあれこの一週間、一応予定通りに全てのミッションを達成することができたはず。しかも札幌からの旅は、家族と一緒に温泉や観光を楽しみながらだったこともあり、なんだかとても充実した一週間だった。

三島着

札幌を出て４日目、今晩ようやっと三島の自宅まで辿り着いた。今のところ、札幌からの走行距離は１４００km近く。
今日は川治温泉を朝に出発して、すぐ近くの鬼怒川温泉で吊り橋を渡ったりして渓谷を観光してから日光東照宮へ。昨日の中尊寺に引き続き、子供の頃からよく見聞きしていたけど今まで一度も訪れたことのない世界遺産。徳川家の威光を見せつけるような、押し付けがましさを感じてしまうまでの豪華絢爛な社殿はほんまに圧倒的やねぇ。宝物殿の展示も素晴らしかったし、社殿の数々の有名な彫刻を探したり、なんというかちょっとテーマパーク的な楽しさを感じた。そんなことで、日光を出たのが午後４時頃。そこからまたひたすら車を走らせて、栃木、埼玉を抜けて、都内でしばし首都高の渋滞に捕まってから東名に入って、三島まで無事帰ってきた。今日は結構暖かかったというのもあるのだろうけど、桜が咲いているのを見つけたりして春を感じたのは栃木県に入ったあたりから。

川治

今日は朝に雫石を出て、盛岡の近郊で見つけた南部鉄器の店で鍋を買ってから、平泉の中尊寺へ。子供の頃から教科書でしか見たことがなかった中尊寺金色堂に初めてお参りして満足した。ここまでで予定よりも少し時間が押し気味だったので、あとはひたすら東北道を南下。日が暮れる頃に那須塩原で東北道を降りて、そこからナビを頼りに真っ暗になった山の中の道を走り、いくつかの温泉街を通り抜けて、ようやく夜８時頃に鬼怒川温泉近くの川治温泉というところにある今晩の宿に辿り着いた。

鶯宿

今朝の函館は、風は強いけど快晴。ということで、結局午後一番のフェリーに乗れることになったので、午前中にまず朝市で活イカを食べてから、元町を少し散策してフェリーターミナルへ向かった。函館から青森までの津軽海峡横断は、車の積み込みとかの時間も含めて全部で４時間ほど。青森に到着したあとはさらに日が暮れるまで東北道を走って、今晩は盛岡から少し山の中に入った雫石の鶯宿温泉というところに投宿。

４９番

今日は午前中に札幌の家の最後の片付けをして、無事予定通り昼頃に不動産屋に鍵を返却。１年１０ヶ月とはいえ、住んでいた部屋を去るときはいつもなんだかちょっと寂しくなりますね。しかも札幌を去るのはこれが人生で３度目。
ということで、午後から車に乗って札幌を出発。ひたすら道央道を走って、日が暮れる頃に函館の街に到着した。早速、明日の津軽海峡フェリーの予約をしにフェリーターミナルへ行くと、悪天候のため今日の便は全て欠航になっていて、明日も何時に出航するかはまだ分からないということだった。一応、乗船待ちの４９番目という番号札をもらったのだけど、さて明日のうちに青森に渡れるのだろうか？

サナギ達出発

昨晩、札幌に到着してすぐに、北大に残してきたハエ達の様子をチェックしに行ってみると、意外とまだ次世代のアダルトが出てきていなかった。引っ越しの直前に新しい餌のバイアルに入れ替えて、エアコンを涼しめの設定にした部屋に２週間。新しいアダルトが出てきている頃だろうから、もう一度全て新しいバイアルに替えて数日してから発送してもらうという予定だったのだが、まだ３齢幼虫からサナギになりたてという感じ。２週間前に引っ越しトラックに載せた第一弾のハエ達は、やはり低気温のために２割くらいのストックが死滅していたのだけど、気温は２週間前に比べて少しは上がってきているし、サナギなら耐えられるのではないかと踏んで、バイアルは更新せずにもうそのまま送ることにした。ということで、今日の午前中に全てパッキングして午後に発送完了。サナギ達、京都まで頑張ってくれ。

北の大地

北の大地はまだ結構雪に覆われている。

そしてもう一度札幌へ

京都に来てからあっという間に二週間。ということで、予定通り明日もう一度札幌へ帰って、北大のフライルームに残されているもう１コピーのストックフライ達を新しいエサのバイアルに入れ替え、そして京都への発送手続きをするということをしに行かなければならない。他にも、住んでいたアパートの引き渡しとか、役所での手続きとか、札幌ではなんやかんやとミッションがあるので忙しい三日間になりそうだ。そして、金曜日に車で札幌を出て、函館から津軽海峡を渡って、ちょうど一週間後、来週の火曜日に京都まで運転して帰ってくる予定。さてさてどうなることやら。

Fly room整備中

先週の後半から R が京都に到着したので、ようやくフライルームの整備を始めて大体の配置は終わった。あとは、CO2ガスのシステムを組み上げないといけないぐらいかな。フライルーム自体は北大のものよりもだいぶ広くなったけど、ここでは免疫染色のスペースとフライキッチンは別々に少し離れた部屋になった。

二ヶ月ぶり

先週末は久しぶりに三島に一時帰国できた。約二ヶ月ぶりかな。やっぱり三島は暖かい。

bike commute

札幌では冬の間は自転車通勤できなかったので、久しぶりのチャリ通。今回、京都では大学から少し離れた北の方に住むことになり、だいたい片道９kmくらい。朝はほとんど緩やかに下っていて川沿いを走るのは気持ち良いのだけど、帰りは上りになるので結構いい運動になる。自転車を使わない日は、叡山電鉄で。

5 months

それにしても今回の研究費申請は、今までで一番大がかりだった。アメリカにいた時に書いたNSFとかのプロポーザルも相当苦労したけど、基本的には自分の研究に関して書けば良かったという点でだいぶ違う。今回のは、自分の研究内容を書くのはもちろんだけど、それ以上に皆で集中して取り組んだのは、４つの研究グループ、しかもみんな違うことをやってきた人達が集まって新しいコンセプトを描き出すというプロセス。自分がRU博士にこの話を持っていったのが１０月のはじめ頃だったからトータル約５か月だけど、この期間５人でブレインストーミングを重ねに重ねて、申請書の締め切り間際にはついにみんなで一つの新しいしかもかなり大きなコンセプトに辿り着いた。倍数性の話がこういうところに行き着くとは、誰も予想していなかったはず。色々と予想外のトラブルと新しい展開があって、それをみんなで乗り越えてという、大変だったけど何だか本当に楽しい５ヶ月だった。ちなみに、自分はこのプロセスを通して、ここ数年間ずっと持っていた１つの迷いが吹っ切れた。

６日目

先週の木曜日に京都入りしてから今日で６日目。今朝は、いくつか新しく買った電化製品が配達されるということで、家で待機。家のほうの引っ越しの荷物はそれほど多い訳でもなかったので、だいぶ落ち着いてきた。まだ色々な住所変更手続きとかは残っているけど。一方で、ラボのほうはまだまだ片付いていない。フライグループはまだ自分しか来ていないというのもあるけど、例の申請書の締切日が昨日だったので、この数日は最後の校正大会で大盛り上がりだったため、結局荷解きはほとんどしていないのだった。まぁでもようやく申請書は昨日サブミットできたので、今日からぼちぼちフライルームを作り始めるかなというところ。

京大へ

そういや、なぜ京都へ行くことになったのか、ここではちゃんとしたことを書いていなかったな。まぁ、同業の友人はもうほとんどの人が知っていることだけど、うちのラボが京大へ移動することになったので、それに伴って自分も一緒に異動となった訳ですね。ラボの移動が決まったのはもう一年ほども前のことで、その時に自分も一緒に行くという話も出てはいたのだけど、結局人事として自分の正式な赴任が決定したのは今からたったの三週間ほど前だった。しかも引っ越しの都合もあり、着任は３月からということになったので、実は３月１日からもうすでに京都大学医学部の准教授になっていたのでした。
自分は元々大阪の出身なのだけど、アカデミアで関西圏に入るのは意外と今回が初めてなのよね。京都に住むのも初めてだし。ということで、まぁ色々と楽しみではありますなぁ。

leaving Sapporo

さて、今晩は札幌での最後の夜になる。この一週間、家の引っ越しとラボの引っ越しと、そして申請書の大詰めという大変なことが一気に重なって、本当に怒涛の日々だった。。。ちょうど一週間前に大学の二次試験の監督をしたのだけど、なんだか色々あり過ぎてその後の記憶が曖昧だ。まぁでもなんにせよ、とりあえず引っ越しの荷物は今日で全て送り出したので、ようやく一息付ける。こちらに残していくハエのストックのフリッピングも先ほど済ませた。
今回、北大に来たのは一昨年の６月だから、結局１年１０ヶ月しかいなかった訳だ。北大は母校だし、自分は札幌が好きだし、もう少し落ち着いてやりたかったというのが本音なのだが、まぁこれも何かの縁。いつも縁に導かれて予想外のところへ行くことになるけど、研究者ってそういうもんやよねって最近思う。
ということでいよいよ明日、上洛します。

packing

昨日の朝、予定通り家の荷造りを終えて運送会社に引き取ってもらった。京都には、自分が到着するのと同じ３月４日に到着する予定。この家に住んでまだ二年も経っていないので、荷物はそれほど多くはならないはずと思っていたのだけど、パッキングしてみると意外と多かった。というようなことは、引っ越しのときに大体いつも思うことだけど。今日はラボの自分のオフィススペースの荷造りをしていたのだが、やはりこれも同様に意外なほどたくさんの箱が積み上がった。ともあれ、これでだいぶ引っ越しの目処は付いてきた。申請書の方もあともう少し。パッキングしてて思うのは、なんかしょっちゅうパッキングしてるなぁということ。自分は引っ越しの回数が結構多いほうだと思う。

ピーク

忙しさがそろそろピークに達してきた。ここ数日、ラボの方のパッキングが始まっているし、自分は家の引っ越しが明日の朝だし、申請書の方も大詰めに入ってきたし。実験はついに止めてしまった。何を一番優先してやれば良いのか分からなくなってきているけど、とりあえず今晩は自分の家の荷造り。

試験監督

一昨日は、大学入試の二次試験で朝から晩まで試験監督をしてきた。受験生も緊張しているけど、試験監督も間違いがないようにするために、結構色々と気を使わないといけないことが多くて疲れた。しかも長い試験時間の間、何もしてはいけないというのは結構辛い。理科とか二時間半もあるし。一心不乱に解答を書いている受験生達を見ていると、二十数年前に自分も彼らと同じようにここでこの試験を受けて大変な思いをしたことを思い出したりして、なんとも言えない気持ちになった。言わないといけないセリフにはなかったのだけど、一科目終わるごとに「みなさまお疲れさまでした。」と言わずにはいられなかったな。

エサ交換

そんな色々と忙しくなってきている時だけど、今日は学生と一緒にストックのエサ交換もやった。ハエ達の移動は、再来週にラボの引っ越し荷物と一緒にトラックに載せる第一陣と、三月の後半に郵送する第二陣とに分けることに決まった。あとはそのタイミングにうまくハエ達のコンディションを合わせることができるかどうか。

申請者

あぁ、一瞬にして一週間が終わってしまった。先週末、もう一度ここ札幌で５人で集まってミーティングしてからのこの一週間は、またさらに各々のパートを書いてはSlackにあげてみんなでディスカッションという毎日。とはいえ年度末のこの時期、やはり色々と重なってくるもので、４年生の卒業発表会に出たり、修論発表会の座長をしたり、送別会があったり。来週もまた、大学の二次試験の試験監督とか引っ越し準備とか色々とあるけど、なんとか執筆の方に集中して来週中に自分のパートを完成させないといかんなぁ。RU博士が言っていたように、ここ最近は研究者ではなくて申請者になっている。

氷濤まつり

今週はほとんど執筆作業をしていたのだが、ある程度目処がついたので昨日は夕方からうちの学生２人と一緒に車で支笏湖へ出かけた。目的は支笏湖氷濤まつり。今までもちろん札幌雪まつりは何度も見に行ったことがあるのだけど、支笏湖氷濤まつりは行ったことがないし、そう言えばもう見に行ける機会は今後そうそうないだろうと思って思い切って行くことにした。という話をしていたら、学生達も行きたいというので３人で行くことに。ここ数日気温がプラスになっていたので、氷の建造物が少し溶け始めているということだったけど、氷の世界は素晴らしく幻想的で美しかった。やっぱり支笏湖のこの雰囲気がなぜだかすごく好きなんよねぇ。

CoinPolyp

ついにpolyploid cellを特異的にマークできるgenetic systemを思いついた。これまでにもなんやかんやと考えて結局良いアイデアが思いつかなかったのだけど、先日のpolyploidy in brainの論文にインスパイアされてCoinFLPシステムをベースに考えていたら出来ることに気が付いた。このシステムでは、polyploid cell全てを100%マークできる訳ではないけど、４倍体以上にならないとGal4-UASがonにならないはず。polyploid cellのみでGal4-UASをonにできるということは、GFPやRFPでマークするだけでなくUASにつないだexternal geneも同時に発現させることができる訳で、これが上手くいけばかなりナイスなツールになるかも。これはちょっと本気で考えてみよう。

CyO-Tb

最近気付いたのだが、うちのストックフライの中に「CyO-Tb」という２番染色体のバランサーを持ったハエがいる。”Tb” というのはもちろん体が短い ”Tubby” mutant alleleで、TM6Bバランサーが持っているdominant marker Tb[1]。ちょっと調べたら、このCyO-Tbを作ったという論文がすぐに見つかった。

Tubby-tagged balancers for the Drosophila X and second chromosomes.  Fly, 5: 369-370.
We generated FM7a and CyO balancer chromosomes bearing a Tubby1 (Tb1) dominant transgene.  Flies heterozygous for these FM7a and CyO derivatives exhibit a phenotype undistinguishable from that elicited by the Tb1 mutation associated with the TM6B balancer.  We tested two of these Tb-bearing balancers (FM7-TbA and CyO-TbA) for more than 30 generations and found that the Tb1 transgene they carry is stable.  Thus, these new Tb-tagged balancers are particularly useful for balancing lethal mutations and distinguish homozygous mutant larvae from their heterozygous siblings.

A genomic fragment spanning the TwdlA[Tb1] transcription unit, as well as 1 kb of DNA upstreamをpCaSpeR vectorを介してゲノムに挿入してから、Δ2–3 transposaseを使ってFM7aとCyO balancer chromosomeに載せ換えたのだそうな。この論文は２０１１年のもので、すでにBloomingtonにもこれらのストックがあるけど、結構皆んな使ってるものなんだろうか。ともあれ、これは幼虫の２番染色体を見分けるのに便利だから今後多用することになりそう。
ところでこのTb[1] mutant alleleはcoding regionの部分的欠失らしいけど、このgenomic fragmentを他のハエのゲノムに移植してもちゃんとphenotypeが出るということは、タビーってhaploinsufficiencyではなくてdominant negativeなんやね。

Polyploidizing

昨日、ジャーナルクラブの担当だったので、少し前に bioRxiv に上がっていた「Polyploidy in the adult Drosophila brain」の論文を紹介した。論文の内容は前にここでも紹介した通り、加齢に伴って体の中の様々な組織で細胞の倍数性が変化する可能性、特にここでは、脳でpolyploid cellの数が増加していくことを示している。今回もう一度よく読んでみると、paraquatによる酸化ストレス誘導の実験では、細胞死が増加していないにもかかわらずpolyploid cellの数は上昇している。一方で、UV照射の実験では、まず細胞死が誘導されてからpolyploid cellの増加が起こっている。つまり、DNA damage → cytokinesis failure → polyploidization というものと、DNA damage → apoptosis → CCH of surrounding cells という二つの別のプロセスが原因になっているということか。
ところで、今回は bioRxiv の論文ということもあり、論文紹介の前にプレプリントサーバとは何か、ジャーナルでの出版前に論文原稿をプレプリントサーバで公開する意義は何かということなどを学生達とデスカッションした。基本的にはオープンサイエンスをリコメンドする方向で紹介したのだが、なんとなく知っている子も全く知らない子もいて、今何が起こっているのかということについてはまぁ理解してもらえたのではないかと思う。

大雪の朝

朝、久しぶりにガレージの前を少し雪かき。これほどの雪が積もってもいつもと変わらぬ一日が始まる札幌はやっぱりすごい。

大雪

さっき帰ろうと思ったら、車が大学の駐車場で雪に埋もれかけていた。半日でこれだから、ものすごい勢いで降っていることになる。今もまだ降り続けているし、ちょっとヤバイんじゃないかな。

着雪

今朝、アパートの入り口が大変なことになっていた。昨晩のうちにすごい量の雪が降ったようだ。風が強かったから、雪が建物の中に入ってきている。着雪注意報ってこういうのを言うのかな。

平成ポプラ並木

とまり木

京都のME博士に送ってもらったハエ達が到着。発送されてから３日ほど経っていたのでこれまた心配したけど、意外とみんな元気にしていた。エサに突き刺さっている紙片はとまり木で、これがあると弱いハエも頑張れるんだそうな。確かに、結構みんなとまり木に登っている。

卒論ポスター発表会

今日は一日、生物科学科の４年生の卒論ポスター発表会。自分は生物科学科に所属している教員ではないのだけど、コンペティションの審査員として誘われての参加。２２年前に自分が卒業した学科ということで、なんとなく期待しながら。すでに教授陣はほとんど新しい人に入れ替わっているにもかかわらず、研究分野や学生の雰囲気は昔と変わっておらず、なんとも懐かしい感じがした。やっぱり古くからある大学の学部では、こういう伝統というか昔から続く特色みたいなものが続くもんなんやね。朝から夕方まで、真剣な学生達と１０以上のポスターセッションをして審査をするというのは結構大変だったのだけど、懇親会でも色々な人と交流することができたし、なかなか楽しい一日だった。そういや２２年前、自分も同級生の友達と一緒に前日の夜遅くまでかかって卒論のポスターを作って、ちょっと緊張しながら発表したようなことを思い出した。

cold

昨日からのどが痛くなり始めた。新型ウイルスとかインフルではないだろうけど、どうやら風邪をひき始めているようだ。周りで風邪をひいている学生がいるので警戒はしていたんだけどなぁ。。。今週と来週が一番執筆に集中しないといけない期間なので、絶対に悪化させないようにしないと。なんとか踏みとどまれるだろうか。

next stage

週末は予定通り、土曜の朝から晩まで、そして日曜も朝から午後まで５人でひたすらディスカッションして、昨晩札幌に帰ってきた。今回もみんなで考えに考えた末、ついに新たな展開を切り開くことができた感じ。年明けにメンバーの再編を考える必要が出てきた時はかなり焦ったけど、今回新しくなったものを見ると、実はさらに良くなって構想がだいぶ完成に近付いたことが分かる。やっぱり実際に会って話すというのはとても意味のあることやね。ということで、今日から二週間は各自で執筆に取り掛かるステージ。

三宮

もう今週も終わり。今週は頼まれていた論文のレビューをしたり、博士論文公聴会に出席したりしているうちに終わってしまったな。で、今日はいくつかハエ達の掛け合わせをセッティングしてから、夕方飛行機に乗って神戸までやってきた。明日明後日、また理研のIH博士のラボに集まってミーティングする予定。そういや、新千歳空港でニュースを見ていたら、新千歳空港で中国から来た人が新型コロナウイルス感染の疑いで搬送されたとか。周りを見るとマスクしている人がいっぱいいるしでちょっと焦った。でもやっぱりこっちは暖かくていいね。雪がないから足元も滑らないし。札幌は今日の朝も吹雪いててすごかったけど。

200

follicle cellsのFACSがなかなか上手くいかないということで、明日 U 博士のラボに行って一緒にやってもらうことになった。サンプル調整に関しても少しアドバイスをもらったので、今日は午後から S と二人でオバリー解剖大会。二人で200くらい解剖したので、結構な量のfollicle cellsが取れているはず。FACSによるploidy解析は、それほど難しいものでもないはずなんだが、遺伝研にいた時も何度かやろうとしてなぜか上手くいかなかった。ということで、明日クリアーなシグナルが得られることを期待。

Acqua pazza

今また自分でいくつか実験を始めようとしていて、今週はバージンコレクト中。ということで、今日も午後からラボへ。しかし、カレンダーをよく見ると、ここで実験できるのはもう実質１ヶ月ほどしかないな。。。
帰りに寄ったスーパーでホッケとムール貝を手に入れて、アクアパッツァを作ったらこれがまためっちゃ美味くて感動した土曜の夜。

Lobetia

Dominio de Punctum, Lobetia Tempranillo 2018

スペインのオーガニックワイン。優しい果実味ながらも結構深みもあるテンプラニーリョ。これで千円以下というのはなかなか。

Cold shock

年明けに Bloomington に注文した２８系統のハエ達が昨日到着した。ストックセンターから出荷されたのが先週の木曜だったから、インディアナから５日間の旅。FedExの追跡結果を見ると土曜日には成田に到着していたようなので、通関に少し時間がかかったのかな。で、昨日の昼に到着した箱は氷のように冷たくなっていたので、これはマズイかもと思いながら急いで開けてみると、案の定全てのハエがエサの上でひっくり返ったまま動かなくなっていた。ところが実体顕微鏡で見てみると、まだ足がピクピクしているハエがいたので、これはもしかしたら復活するかもと思って、すぐに手の中でハァハァ息をかけて温めてから２９℃に入れておいた。その後、夕方にもう一度見てみたらほとんどのバイアルでハエ達は復活していた。まぁ、そもそもこの一番寒い季節にアメリカから札幌に送ってもらうのは無理があるかと思っていたけど、意外と大丈夫だったということになる。しかも復活したということは、生命に関わる低温にさらされたのはもしかしたら札幌に入ってからなのかな。しかし、今日もう一度チェックしたところ、結局３系統は全滅しているっぽいのでこれらはもう一度送ってもらうしかないかも。

帰り道

夕方、北キャンパスからの帰り道。ニュースでも言われているように、たしかに今年は積雪の量が随分少ない。気温は結構低い気がするけどなぁ。

仕事始め

昨日ようやく札幌へ帰ってきたので、自分は今日が仕事始め。ということで、なんやかんやと仕事が溜まっていたりもするのだけど、実は昨日札幌へ戻る道中のメールのやり取りで、共同研究の申請にあたって一つ重大な問題が発覚したので、今日は午後から急遽北キャンパスに行ってRU博士と二人でその対応策の話し合い。二時間ほどいろんな可能性を議論して、最終的に一番現実的と思えるアイデアへ辿り着いた。これでいけるかどうかはまだ分からないけど、上手くいけばさらに良いものにできる可能性もあると見た。新年早々、波乱の幕開け。

Back to the north

Mission complete.
久しぶりの関西空港。今からまた札幌へ戻ります。

To the west

ということで、今日は三島から京都へ向けて出発。朝日に映える富士山が眩しい。

謹賀新年 2020

明けましておめでとうございます。皆さま、本年もどうぞよろしくお願い致します。
いよいよ2020年が始まりましたね。と言っても、自分は今週有給休暇で木曜日まで冬休みを取っているので、仕事始めは金曜日になる予定。元旦から家族で三島に帰ってきてゆっくりしていたのだけど、明日から京都、大阪へ向かう。実はまだオフィシャルなアナウンスはできないのだが、今年春から京都へ引っ越すことになったので、今週まずは京都での住まいを探しに行くというわけなのでした。ということで、今年はとりあえず３月の移動と４月からの新たなスタートがうまいことスムーズに行くようにしないといけない。もちろん論文を書き上げて投稿したりとか、去年の年末から動き始めたプロジェクトを推進したりとか、やりたいことは山積みなんだけど、まずは上洛の準備から。
写真は、初詣に行った三嶋大社の入り口。

大晦日 2019

今日は家族で登別クマ牧場へ。登別温泉には昔来たことがあるけど、クマ牧場に来たのは初めて。ヒグマはやっぱりでかくて近くに寄るとすごい迫力だったけど、エサをおねだりする仕草がなんともかわいいのだった。
そんなこんなでいつの間にか大晦日。さぁ、来年はまず春になる前に大仕事が待っている。全てスムーズに進みますように。それでは皆様良いお年をお迎えください。

Winter break

この数日は冬休みの子供達と遊びながら、時々カフェに行って残った仕事をしたり。で、とりあえず年末締め切りだった論文のレビューは昨晩終わらせた。他にも冬休みの宿題は残っているけど、年内締め切りのものは一応全て終わったはず。

snowflake

今朝はふわふわのパウダースノーが積もっていた。朝日にきらめく雪の結晶が眩しい。
なぜかこの忙しい年末に重なって依頼が来た論文のレビュー３本のうち、１本を今日やっと終わらせた。あと２本、明日中に終わらせて気持ちよく冬休みに入りたいところだけども、どうだろうかね。早く年賀状を書きたいんやけどなぁ。。。

Christmas market

もうすぐクリスマス。ということで、大通公園のクリスマスマーケットでホットワインを飲みながらぶらぶらと見物。

prickle

秋田のMY博士から送ってもらったPCP mutantのハエ達が今日札幌に到着した。北海道は昨日から気温が下がってきていたので、輸送中の寒さに耐えられるかどうかちょっと心配していたのだが、アダルトのハエ達もみんな元気にバイアルの中を歩き回っていて一安心。ということで、一枚羽根を拝借して撮影。そういえば自分で実際にPCP mutantを見るのは初めてかも。こうして見ると、PCP core componentの遺伝子に「Van Gogh」とか「starry night」とかいう名前を付けた人達のセンスは改めて素晴らしいと思う。
"The gene was named Van Gogh because the swirling wing hair patterns bring to mind the swirling brush strokes this artist used in some of his paintings.”  Genetics, 150:199-210.

impeached

impeach：弾劾する、告発する、非難する
impeachable：弾劾（告発、非難）されて当然の
Trump becomes third POTUS to be impeached.

「impeach」という言葉を知らなかった。桃となんか関係あるんかねぇ。

Solà Fred

Cellar Masroig, Solà Fred, 2017

スペイン、カタルーニャのEl Masroigという村にあるワイナリーのカリニャン。ベリーの果実味が豊富でタンニンも程よくバランスが良い。スッキリしていて飲みやすい。千円ほど。

polyploidization

ミーティングの時に U さんが思いついた polyploidization のプロセスを整理するための表。たしかにこれは分かりやすい。自分もなんやかんやとごちゃ混ぜにして考えていた。

@Sapporo

博多から帰ってきて早一週間。やはり師走は慌ただしく日が過ぎ去っていくなぁ。
先週は木曜と金曜の二日間、札幌に来てくれた IH＆YH 両博士とともに、北キャンパスのUさんのところに集まってかなりインテンスなミーティングを行った。YH博士が加わって４人でミーティングをするのは今回が初めてということで、もう一度一人一人のバックグラウンドと方向性を確認しながらということになったけど、全員で目指す具体的なコンセプトが今回でさらにクリアーになった。このプロジェクトが本当に重要なものになっていく可能性が見えてきている。

MBSJ 2019

一週間の出張が終わり、札幌に帰ってきたらえらい寒くて驚いた。昨日からずっと吹雪いているし、今日は昼間でもマイナス５度とか。博多も意外と寒かったけど、やっぱり札幌はすごい。
今回の分子生物学会では、プロジェクトの今後の発展を見据えて自分がやっているところから少し離れた分野のセッションもいくらか聞きに行ってきた。考えていたとおり、関連する分野の研究は結構多岐に渡る一方で、一つの大きなコンセプトとして統合できるはずという感覚を持った。このことに関しては、今週さらに札幌でミーティングを行う予定。ということで、今回博多では結構学会を楽しめた上に、モツ鍋、水炊き、ラーメンとか、毎日美味いものを食べることができてかなり満足したのでした。

第十回ダートマスの集い

で、学会二日目水曜の夜はこれまた恒例のダートマスの集い。２０１０年から毎年分生に合わせて開催してきたこの集まりも、なんと今回でついに第１０回。ちょっと歴史を感じた。ちなみに、初回から１０回全ての写真がこのブログに載っている。

FSUの集い＠博多

学会初日の火曜の夜は毎年恒例FSUの集い。今年はST博士とIH博士の３人で。実は今回の学会に来ていた I さんにも木曜日のワークショップで会うことができたのだけど、集いに呼べればよかったよねという話になったので、それはまた来年に。

博多

昨日から博多で開催されている分子生物学会に参加中。会場の福岡国際会議場は港のすぐ前。会場では特に誰かと待ち合わせたりした訳でもなかったけど、今日一日でかなりたくさんの人に会って話をすることができた。分生はこうして色んな人と再会して話せるのが本当に楽しい。

20km

一時帰国。やっぱりこちらは暖かい。今日は昼に下の子とインドカレーを食べに行きがてら、サイクリングでぶらぶらと２０キロ。