Kiwi

なんかほら、キウィに似てるんやけど。。。やっぱりなんか吸うんやんなぁ。ちょっとイヤやねぇ。
せやけどこれ、よう見てみるとこのM字型の触覚はクチバシの途中から出とんねんな。どんな形態形成しよるんやろかね。

校正刷り

昨日ついにレビュー論文の校正刷りが届いたので、昨日今日と実験の合間に最終確認作業。それほど長い論文ではないような気がしていたのだけど、実際の印刷版を見ると意外にも１３ページに及んでいて結構時間がかかった。まぁ、ここ最近のcell competitionに関するレビューでここまで詳細なものはこれが初めてということになるし、これくらい長くなってしまっても仕方がないかな。思いつく限りほとんどの論文について言及出来たはずだし、今一度読み直してみて少ないながらも言いたいことは言えているので結構満足した。実はこのレビューは、Journal of Genetics and Genomicsの１０月号、「Drosophila models for studying cancer and tumorigenesis」というspecial issueのためのもので、すでにオンラインでArticles in Pressに上がってきている他のラボからの論文もなかなか楽しそうなものばかり。先日編集部に送ったいくつかのコンフォーカル写真の中の一つがこの特別号の表紙に採用してもらえることにもなったので、これも含めて完成版を見るのが非常に楽しみになってまいりました。

Montes

Montes Classic Series Cabernet Sauvignon 2009

昨日今日と飲んだワインは先週コスコで見つけたチリワイン。９ドルくらいだったと思うけど、コレまたすごいイイ。芳醇な香りのするスパイシーなカベルネソービニヨン。これくらいの価格帯のチリワインは旨いの多いねぇ。

Alligator Point

タラハシーは、最近朝晩は随分涼しくなってきたとはいえ、昼間はまだまだ暑い日が続いている。昨日の午後、庭で汗だくになってソウシロと遊んでいる時に「こんなに暑いんなら海にでも行くか」ということになって、近場のAlligator Point（Bald Point State Park）のビーチへ行ってきた。ここはそれほどキレイなビーチという訳でもないけど、タラハシーからは車で一時間ほど。水も暖かかったし、まだもう少しの間海水浴できそうかな。

Friday Sing

先週の金曜日はロウチビのクラスの歌の発表会ということだったので、お昼にそれを見に行ってきた。毎週金曜日に一つのクラスが全校生徒の前でこういう発表会をするんだそうな。ステージに上がった子供達はとても楽しそうだった。ちなみに今回ロウチビのクラスが歌ったのは「I am a paleontlogist!」（ボクは古生物学者）という曲。

Dr.ブンちゃん

今日の午後はブンちゃんのdissertation defenseだった。先週の発表練習ではちょっと不安があったけど、今日の本番はなかなか良かったんじゃないかな。まぁ色んな遺伝子が出てくるので分野外の人も含めた全ての聴衆を惹き付けるのは難しかっただろうけど、だいぶ研究のポイントが分かり易くなっていた。というか実際、彼が７年もかけて何をしたかったのかが今日ようやく見えた気がする。ともあれブンちゃんもついにPhDを取ってこのラボを出て行くことになる訳か。もうポスドク先も決まっているので年末には出て行くんだとか。ちなみにブンちゃんが去ると、ついに自分がこのラボで一番の古株になる。別にそれで何かが変わる訳ではないけど、随分ココに長くいるんだなぁという感慨はある。思い返せばちょうど５年ほど前、このラボに来てはじめに色々と教えてくれたのはブンちゃんだったな。明日の夜はボスの家でブンちゃんのお祝いパーティだ。Dr.ブンちゃんに乾杯。

ヒドイ論文

今朝のゼミはドンちゃんによる論文紹介。昨日の晩、帰る前にドンちゃんが「明日ジャーナルクラブで発表する論文はヒドイ論文なんだよ」とか言っていたけど、これは本当にヒドイ論文だった。ある遺伝子がDrosophilaのoogenesisにおいてNotch signalingに関与しているようだとかなんとかいう論文だったのだが、なんていうのかpreliminary dataみたいなものしかなくて論文としての体をなしていない。でも掲載されているのはPNAS。しかもサブミットしたのが今年の５月だからほぼ一発アクセプトか。ふーんなるほどねぇ、ということで事情はなんとなく理解出来るんだけども、やっぱりこんなものを掲載するのは問題あると思うけどなぁ。それにしてもドンちゃんが発表しながらこの論文に対する不満ばっかり呟いているのを聞いていてだんだん腹が立ってきた。オマエそんな文句を言う前に、ジャーナルクラブで発表する論文はちゃんと読んで吟味してから選べよ、と。

さて、午後からはいくつか欲しかったハエの系統を送ってもらえるかどうかRochesterのDr. DBにメールを送ったら、すぐに快諾の返事が届いた。こらまた楽しみが一つ増えましたわ。

酵母上皮

これは先号のJCBの表紙。ぱっと見た感じ、imaginal discかなんかの上皮組織のsectionかなとか思ったのだが、よく見たらSaccharomyces cerevisiae、つまり出芽酵母のバイオフィルムの断面だった。

A vertical cross-section through a three day-old colony of an undomesticated S. cerevisiae strain reveals its complex, differentiated structure.  Galactose in the underlying agar induces the expression of green fluorescent protein in the outermost cell layers but fails to reach interior cells (which only show red autofluorescence) due to the presence of a selectively permeable extracellular matrix. （Cover Captionより）

野生種の出芽酵母が形成するバイオフィルム中では、コロニー内の場所特異的に「分化」した酵母達がそれぞれ異なる特性（specific morphology、specific growth pattern、production of the ECM、drug efflux pumps 等）を示すことによって、多細胞生物の上皮組織のような構造を作り出しているのだそうだ。バイオフィルムってオモシロイなぁ、単細胞から多細胞体制への進化の過程でも見ているかのようだ。

Cono Sur Pinot Noir

今週末はまたCono Sur。でもカベルネではなくてピノノワール。

Cono Sur Bicycle Pinot Noir 2010

ピノノワールも旨いなぁ。コノスルすごい。こちらもPublixで１０ドルほど。

ブンちゃんの予行演習

今日の昼は来週末に迫ってきたブンちゃんのdissertation defense、いわゆる学位論文発表会の予行演習。ブンちゃんはここに来るまで結構長いこと苦労したこともあって、データはたくさんあるのだが、どうもやはりこの人はプレゼンテーションが得意ではないのかなぁ。もうちょっと面白おかしく話せると思うんだけども、次々とデータを見せていくだけで結局何が言いたいのかよく分からんという感じ。ボスもこれはちょっとヤバイと思ったのか、久しぶりにエライ剣幕でまくしたてていた。曰く、「Take-home messageがない！」と。さぁどうなることやら。

そして夕方にはドンちゃんとアンダーグラジュエイトのキャメロンが、今後の実験計画を一緒に考えて欲しいというので一時間ほどミーティングルームで話す。おかげでまたこんな深夜に出勤するはめになった。今週からfollicleプロジェクトにけりをつけるための実験を一気に開始したので来週再来週とさらに忙しくなるけど、これを乗り越えれば執筆活動に入れる。

leg discs

さて、leg discである。イマジナルディスクと言えば、だいたい今までwing discかeye discしかちゃんと見ていなかったし、イマジナルディスクを使った論文でも圧倒的にwing discとeye discが多いという印象がある。でもwing discを解剖した時に一緒にひっついてくるleg discをよく見てみると、これはこれで非常に面白い形をしとるんですね。このグニャグニャ曲がって折り畳まれているepithelial sheetは本当に美しい。これがこの後、ビヨーンと伸びてあの細長いハエの脚になる訳だ。こういう構造、なんて言うんだっけ？蛇腹構造？まぁでもこれが伸びて脚になるのは分かるんだけども、問題は誰がどうやってこのepithelial sheetをこんな風に美しく折り畳んだのかということになる訳です。Dr. MGが、ある論文で上皮組織の形態形成を折り紙に例えていたのは言い得て妙だと思う。

The paper-folding art of origami is a simple but powerful conceptual model for epithelial morphogenesis.  Using a finite number of simple folding rules, an infinite number of scale-invariant morphologies can be achieved, which derive entirely from a simple, planar sheet (Gibson and Gibson, 2009)

Lewis I. Held, Jr., 2002, Imaginal Discs, Fig. 5.1

Blina

最近ワインにはまった理由の一つがこのワイン。

Agostino Pavia Barbera d'Asti Bricco Blina

近くのABC storeで「オススメワイン」みたいな札がついていたので試してみたら、すんごい美味しくて感動してしまったワイン。しかも安い（ABC storeで１４ドルくらい）。甘ーい薫りがします。

共焦点レーザー炊飯器

今日は朝からラボでOLYMPUSのコンフォーカルのデモがあった。FV10iとかいう新しいワンボックス型の共焦点レーザー顕微鏡。何がすごいって、そのコンパクトなボディに驚かされた。ちょっとでかい炊飯器か、という感じ。ワンボックス型なので、一般的に顕微鏡と言ってイメージするあの覗くための接眼レンズはなくて、操作も観察も完全にコンピューターベース。全てがこの炊飯器の中に入っているので暗室も必要ない。こんなんでエエ画像が得られるんかいなとちょっと懐疑的だったけど、６０倍レンズで拡大した画像は明らかに今使っているコンフォーカルよりもクリスプだった。これならラボのコンピューターの横にでも置いておけるし、付属の画像解析ソフトも便利な機能がたくさんあるようだし、これで$100,000ほどなら買う価値あると思うけどなぁ。というのも今はコンフォーカル解析するためにちょっと離れた建物まで出かけて行かなくてはいけないし、共同施設なので朝１０時から夕方５時までの間で予約しないといけないしで、はっきり言ってうちらのようなコンフォーカル解析をベースとしているラボにとって非常に不便な状況なのだ。是非買って欲しーんだけども、まぁ今すぐは無理かなぁ。。。

Cono Sur

最近週末はたいがいワインを飲んでいる。普段はビールだけども週末はワイン。そうしていると、最近ふとした瞬間にワインの薫りと味が頭の中にぱぁっと広がって無性にワインが飲みたくなることがある。ちょっとしたワイン中毒。ちなみに毎日必ずこの現象が起こってしまうのが、ハエのバイアルにエサのイーストペーストを塗り付けるためにイーストペーストが入っている瓶を開けた瞬間。イーストの発酵臭がワインの中に含まれる酵母の薫りと同じなんでしょうな。

ちなみに先週末に飲んだのはコレ。

Cono Sur Bicycle Cabernet Sauvignon 2009

Publixで１０ドルほど。安いのにしっかりとした味わいでとっても旨い。

娘二人の実験計画

今日の夕方はアンダーグラジュエイトの娘二人に今後の実験計画を説明。基本的なテクニックについてはもうずいぶん前に一度教えたことはあったはずだけども、やっぱりFlip-out Gal4とかMARCMとかはほとんど理解していない様子だったので、この辺りのシステムを全て基礎からもう一度分かり易く説明しながら授業したら結局一時間半ほどもかかってしまった。おかげでこんな夜中にもう一度出勤して実験の続きと、昨日エディターから返ってきた論文原稿の最終チェック。

娘達には、いよいよ本格的な実験プロジェクト開始ということでガツンと発破をかけたつもりだけども、はてさて今学期中にどれくらいの結果が望めることやら。

オリビア五歳

今日はワクラスプリングス（Wakulla Springs）で近所のオリビアのバースデーパーティだった。ワクラスプリングスは湧水池なので結構水が冷たいのだけども、とてもいい天気で気持ちが良かった。また近々マイクと釣りに行く約束をした。

秋学期

なんやら今週から急に気温が下がってめっきり秋らしくなってきた。タラハシーの九月なんてまだまだ暑いという記憶だったけど、もう秋になるんかいなと思わされるほど涼しくて気持ちの良い天気。まぁでもどうせまたそのうちものすごい蒸し暑い日が戻ってきたりするはず。そういや今週からようやくアンダーグラジュエイトの娘二人が夏休みから帰ってきて、またラボに顔を出すようになった。二人がこの春から夏にかけてやっていたgenetic screeningでは結局２５０系統ほど調べただけなのだが、すでにいくつか面白そうなモノがかかってきているので今学期はそれら各々の遺伝子について調べていく予定。まぁスクリーニングの作業だけだと彼女達も飽きるだろうし。そこで今週、娘二人と今学期の実験計画を話すためのミーティングの機会を探っていたのだがなんやかんやお互い忙しくて実現しなかったので、来週月曜日にすることになった。ということで、一応月曜日のデスカッションというか授業を円滑にするために、午後の空いた時間に今後の実験に必要なハエのストックをチェックして、ちょっとした実験計画のレジュメを作成。レジュメを書いているうちに、アンダーグラジュエイトのためのミニプロジェクトとは言え、これはこれでだんだん楽しみになってきた。

ストック更新

業務連絡。
本日ストック更新完了。

GFP-protein trap

今日コンフォーカルをやっていておかしなことに気付いた。以前からあるタンパクの細胞内局在を抗体染色で見ていて、これは非常にクリアーなdistinctive patternが得られていたので別にこの結果を疑っていた訳ではなかったのだけども、これが今後の基礎となるデータということもあって、この抗体染色での局在パターンが本物なのかどうかGFP-trap lineでも確かめておこうと思った。FlyTrapからオーダーしたこのGFP-trap lineは、enhancer trapではなくてprotein trapなのでGFP-fusion proteinがendogenousに発現されているはずのもの。ところが蛍光顕微鏡下で見たところ、どうもGFPのシグナルがベターっとuniformにある感じで抗体染色のパターンとはちょっと違う感じがした。GFPシグナルがちょっと弱いということもあったので、今回このGFP-trap lineのimaginal discを、今まで使っていたこのタンパクに対する抗体とanti-GFP antibodyでco-stainingしてみたのだ。するとおかしなことに、コンフォーカルのZ-stackで見てみたらやはりGFPシグナルはuniformにある感じなのにもかかわらず、GFP antibodyの局在パターンはピッタリとタンパクの抗体染色のシグナルと一致していた。どういうことなのかねぇ、こういうことって結構あることなのかなぁ。
ということで、GFP-protein trap lineのシグナルは必ず一度anti-GFPを使って確認した方が良いのかもしれない。もちろんanti-GFPでGFPシグナルをエンハンスすることが出来る訳だけども、この場合見た目のGFPシグナルに惑わされないようにanti-GFPの二次抗体はGFPとは別のチャンネルした方がイイ。

再投稿完了

先ほどボスにrevised versionの原稿を送ったら、こんな夜中なのに速攻で直しを入れて返してくれた。ということで、ただいま再投稿完了。一応、Wg signalingに関する新しい記述を足して元々あったセクションの構成を少し変更した。先日の論文を読んでから、なぜaxinとAPCのmutant cloneは、dMycのexpression levelが落ちているにもかかわらず、supercompetitiorとして周りのwild-type cellをoutcompeteするのかを考えていたのだが、やっぱりうまくは説明出来ない。実はこの論文でもこの重要な部分に関してはほとんど何も論じていない。ということで今のところは「Wg signaling regulates cellular competitive ability independently of dMyc.」としか言いようがなかった。

まぁでもこれでようやくこの論文原稿からは解放されることになる。今週は久しぶりにゆっくりとコンフォーカル解析にいそしもう。

再確認

今日は新学期初のラボミーティングで自分の研究発表の番。今学期から新たに二人の大学院生がうちのラボに加わることになったし、アンダーグラジュエイト達も夏休みから帰ってきたし、ということでアンダーグラジュエイトの復習と新しいメンバーに対する紹介の意味を込めて、SSTプロジェクトについて今一度新しいデータも含めて全て話してみた。このプロジェクト、ある一つの現象の発見からよくここまで発展させたなと言いたくなるほどいろんなデータがあるし、そこから導かれる結論にはオモシロイコンセプトが含まれている。だがしかし、しゃべりながらこれらを二本の論文にまとめるためにはやはりまだもう少し必要であることを再確認。必要な実験を一つ一つもう一度リストアップしてみよう。

キショイか

今回のレビューが掲載されることになるジャーナルのカバーイメージになるようなものを考えていたのだが。。。コレはちょっとキショイか。いや、ハエを使ったガン研究のためのSpecial Issueということなのでカッコイイハエの写真を、と思ったんやけどあんまりうまくいかんかった。。。やっぱりガンになったイマジナルディスクの写真にするかな。

Wg signaling

ちょうど一ヶ月ほど前に投稿したレビュー論文に対する二人のレビュワーからのコメントが一昨日返ってきた。一人は手放しでアクセプト。もう一人の方も別にメジャーなコメントはなく、ある用語に対する質問と図に対する質問のみ。ということで、昨日と今日でほとんどの改訂を済ませてカバーレターも書いたので、もう一度じっくり読み直して今週中には再投稿出来るかな。と思っていたのだが、そういえば二週間前に出た最新号のDevelopmental Cellに、Dr. EPのラボからWingless signalingに関する論文が出たのだった。実はこの内容については、今年四月のFly MeetingのワークショップでDr. EPが発表していたので、近々出てくるだろうとは思っていたけどこのタイミングで出てくるとはなぁ。やっぱりインクルードしておくべきかなぁ、ということで今日は久しぶりに大学の食堂でランチを取りながらこの論文を読了。

Steep Differences in Wingless Signaling Trigger Myc-Independent Competitive Cell Interactions

Wnt signaling is a key regulator of development that is often associated with cancer. Wingless, a Drosophila Wnt homolog, has been reported to be a survival factor in wing imaginal discs. However, we found that prospective wing cells survive in the absence of Wingless as long as they are not surrounded by Wingless-responding cells. Moreover, local autonomous overactivation of Wg signaling (as a result of a mutation in APC or axin) leads to the elimination of surrounding normal cells. Therefore, relative differences in Wingless signaling lead to competitive cell interactions. This process does not involve Myc, a well-established cell competition factor. It does, however, require Notum, a conserved secreted feedback inhibitor of Wnt signaling. We suggest that Notum could amplify local differences in Wingless signaling, thus serving as an early trigger of Wg signaling-dependent competition.

つまり隣り合う細胞間におけるWg signaling activityの相対的な差がcell competitionを誘導すると。そしてこのcompetitionにおいて、Wg signaling下流でactivateされるNotum（the secreted glypican-specific phospholipase、a feedback inhibitor of Wnt signaling）の発現が重要な役割を担っていることが示されている。つまり、周りの細胞よりも相対的に強いWg signaling activityを持った細胞が出現した場合、この細胞ではNotumの発現が促進され、この細胞が分泌したNotumは周りの細胞でWg signalingを抑制することによって、結果的に始めの相対差が増幅されてcompetitionが引き起こされるのだろうということ。なるほど、それは分かるのだけども、このsupercompetitiorとして振る舞うaxinもしくはAPCのmutant cloneではdMycがdown-regulateされているのだ。wing discのZNC（zone of nonproliferating cells、D-V boundary）において、dMycがWgによってnegativeにregulateされていることは以前に報告されているのだけども、明らかにdMyc expressionが低下している細胞が周りの正常細胞をout-competeしているのを見るのはなんだか不思議な気分にさせられる。さぁ、なんと説明するべきでしょうか。