遺伝子命名物語

遺伝子命名物語

名前に秘められた生物学のドラマ

坪子理美／石井健一 著

ちょうど３年ほど前になるのか、まだ札幌にいたときにこの本の著者の御夫婦から急に連絡をもらってスカイプでインタビューを受けた。遺伝子の命名をテーマとした新書を執筆中とのことで、自分が2010年の論文で名前をつけたMahjongの命名の経緯や当時の研究の様子について聞きたいということだった。当時サンディエゴに住まわれていたご夫婦とかなり長い時間スカイプをして、自分がアメリカで研究していた頃のエピソードを色々と話したことを覚えている。その後、その時話した内容をもとに書かれた原稿は何度か校正のために読ませてもらっていたのだけど、ついにその本が１０月８日に刊行されるということで、完成した本が送られてきた。本は全部で１０の遺伝子に関する物語で構成されているのだが、なんと自分のMahjongの話は第一章で、しかもファーストポスドクの時の大波乱幕開けの場面から。まさか自分の研究のエピソードが本の一章になるとは、なんか変な感じだけど自慢したくもなる。どの章も単にユニークな遺伝子の名前が生まれたエピソードというだけでなく、各々の研究に関わった研究者達のドラマチックな実話が紹介されている。まだ全てを読んだ訳ではないけど、どの話もすごく面白いと感じたのは、自分が生物学の研究者だからというだけでなく、語り口が素晴らしいのだと思う。ほとんどの話がショウジョウバエの遺伝子にまつわる話だけど、これは生物学研究に興味を持つ全ての人にオススメしたい。

提出完了

科研費の申請書は今日の朝１０時が締め切り。ということで、昨日の夜に最終的な校正を終えて無事提出完了した。これのおかげでこの一ヶ月ほどずーっと焦燥感があったというのもあるけど、今回自分でもかなり納得のいくものが書けたからか提出後の達成感が大きい。２本のうち１本はほぼ全編に渡って今回新しく書いたものなので結構大変だった。三週間前にあった学会のあとで、ME博士とディスカスしているうちに分担で入ってもらうというアイデアが出てきて、それから研究計画が全体的にうまくまとまる感覚を持った。この研究のフォーカスの一つになっている現象について、以前からME博士のグループでも似たような現象を違うシステムで見ているということで、前から時々この話はしていたのだけど、今回一つのプロジェクトとして自然に合体した感じ。計画を書いているだけでも結構エキサイティングだった。間違いなく重要な研究になるはずなので、何とか通って欲しいなぁ。

Saxophone

今日は、下の子が習っているサックスの発表会、ということで午後から市民文化会館へ。そういや以前に、発生生物学会の秋季シンポジウムをここでやったのを思い出した。なかなか良いホール。ステージ上で、ピアノの伴奏と一緒にサックスでスパイダーマンのテーマをクールに吹く息子はなかなかカッコ良かった。

玉川 中汲み

木下酒造 玉川 純米酒 無濾過生原酒 中汲み

少し前に京丹後の方へ行ったときに立ち寄った酒蔵で買ってきた酒。ここでしか買えない限定の中汲み。微発泡していて甘い香りにバランスの取れた深い旨み。素晴らしくフレッシュでフルーティで、、なぜ米からこのようなものができるのか、本当に不思議。美味しいとしか言いようがない。ちなみにここの酒造は、「カンパイ！世界が恋する日本酒」という日本酒のドキュメンタリー映画で紹介されていて、少し前にこの映画を見たときに、イギリス人の杜氏がこだわりの酒造りをしている様子に興味を持ったのだった。京丹後は結構遠いけど、機会があればまた訪れたい。

Invasion Hotspot 1.0

一昨日、今年の夏前に書き上げた「Invasion Hotspot」の論文を、bioRxivで公開した。bioRxivのようないわゆるプレプリントサーバを使うのは今回が初めて。夏前に書き上げたときに既に投稿準備は全て終わっていたので、今回の投稿はいくらか基本情報を入力して原稿をアップロードするだけだった。なぜこのタイミングかと言うと、こないだのJDRCで内容を発表したというのもあるけど、一番の理由は科研費の申請書で、既にこの話はちゃんと論文の形にして公開していますよ、というのを示したかったから。まぁ、そのようなことで公開しちゃったという感じなのだが、まだ追加実験も続けていて、良い実験結果が出ればもう少し改訂してからジャーナルに投稿しようと考えている。

Tumor-Cell Invasion Initiates at Invasion Hotspots, an Epithelial Tissue-Intrinsic Microenvironment. bioRxiv doi:10.1101/2021.09.28.462102.

Malignant cancers emerge in epithelial tissues through a progressive process in which a single transformed mutant cell becomes tumorigenic and invasive. Although numerous genes involved in the malignant transformation of cancer cells have been described, how tumor cells launch an invasion into the basal side of epithelial tissues remains elusive. Here, using a Drosophila wing imaginal disc epithelia, we show that genetically mosaic clones of cells mutant for a neoplastic-tumor-suppressor gene (nTSG) in combination with the oncogenic Ras (RasV12) expression initiate invasion into the basal side of the epithelial layer at specific spots in the epithelial tissue. In this "invasion hotspot", the oncogenic double-mutant cells activate c-Jun N-terminal kinase (JNK) signaling, which causes basal extrusion of the double-mutant cells and destruction of basement membrane through upregulation of a matrix metalloprotease, MMP1. Conversely, in other regions of the epithelial tissue, the double-mutant cells do not strongly activate JNK, deviate from the apical side of the epithelial layer, and show benign tumor growth in the lumen. These data indicate that the onset of tumor-cell invasion is highly dependent on the tissue-intrinsic local microenvironment. Given the conservation of genetic signaling pathways involved in this process, initiation of tumor-cell invasion from invasion hotspots in Drosophila wing imaginal epithelia could help us to understand the developmental mechanisms of invasive cancers.

１０月

もう１０月か。科研費の申請書に追われている間に９月が終わってしまったな。申請書の一件はほぼほぼ完成したのだが、もう一件の方はまだゴールが見えない。ということで、来週水曜日の締め切りまでまだもう少し悩まされそうなのだが、とりあえず今日の夜から三島へ一時帰国する予定。

2 weeks

ということで、なんやかんやと忙しかった今週も、結局科研費の申請書執筆に集中する時間はほとんど取ることができなかった。。。締め切りまであと二週間と少し。ほぼほぼ考えはまとまっているので、あとは書いて形にしないと。

JDRC14

さて、今週は月曜から木曜まで日本のFly Meeting、JDRC14に参加していた。まぁ参加していたと言ってもオンラインだったので、だいたい普段の生活をしながら。朝のセッションが始まる時間が結構早かったので、午前中は家から参加して、午後からはラボでデスクワークをしながら参加という感じ。オンラインのセミナーとかミーティングにはしょっちゅう出てる訳だけど、数日間行われる学会にちゃんと顔を出して参加したのはコロナ以降では初かな。しかも今回は、一日目のTumorのセッションでチェアーをやったし、うちの学生のロイが口頭発表をしたし、最終日は夜の懇親会会場にも顔を出したし、ということで結構しっかりと参加した感がある。で、やっぱり学会は楽しいという感覚を久しぶりに思い出した。色々と面白い話を聞いてインスパイアされたし、いろんな人と話せてかなり有意義だった。まぁ、やっぱりオンラインではなくて、実際に現地に集まって対面でやる方がもっと得るものが多いのは知っているのだが、本当に久しぶりに学会の楽しい雰囲気を感じることができた。

今回のJDRCは去年行われる予定だったのがコロナのせいで延期されて今年になったこともあり、本来は隔年開催なのだけど次回のJDRC15はまた来年名古屋で開催されるんだそうな。来年こそは現地開催できると良いけど。

金剛輪寺

週末、雨が降る中をぶらぶらと近江方面へドライブして、湖東三山の一つ金剛輪寺へ辿り着いた。山の中へ続く参道の両側には一つ一つに風車が飾られた千体地蔵が並んでおり、とても雰囲気のある境内。雨のせいか参拝客は誰もおらず、幻想的な雰囲気に満ちていた。

八月終わり

八月も今日で終わりか。たしかにこのところほんの少しだけ暑さが和らいだような気がする。そろそろ夏も終わりなんやね。ということで、いよいよ今週から科研費の申請書に取り組み始めた。そういや今年の夏は海に行けなかったな。

activity

あっという間に一週間が過ぎ去った。なんか、今週は毎日忙しかったんよね。月曜日にSさんのラボに行ったのが随分前のことのようだ。今週は他にも、火曜日はUCLAのKT博士とMATLABを使った画像解析方法について教えてもらうためのミーティング、水曜日は倍数性研究グループの作戦会議があって、そのあと北大のSI博士と原子間力顕微鏡を使った観察に関してディスカス、そして金曜日は学内ファンドの二次審査のためのトーク、ということでラボ外の人とのミーティングが多かった。最近にわかに自分のソーシャルアクティビティが戻ってきた感じがある。ようやく自分がこのウィズコロナ時代のオンラインアクティビティに慣れてきたというのもあるけど、自分のグループの研究が進み始めているというのが大きいかな。

O氏

ニューヨークで銀行マンとして活躍している幼馴染の O が日本に一時帰国しているということで、昨日の昼、いつものカモカフェで一緒に昼御飯を食べてきた。何年振りなんだろう。数ヶ月前に地元の友達数人でオンライン飲み会をした時に久しぶりに顔を見たのだけど、実際に会ったのはもしかしたら大学生の頃以来なのかも知れない。もしそうだとしたら、２０年以上ぶりか。それでも子供の頃のバックグラウンドを共有している地元の友達というのは面白いもんで、長いこと会っていなくても本質的なところを知っているからか、なんとなく安心して話せるんやね。

地蔵盆

昨日の朝は、医学部構内にあるお地蔵さんを祀る地蔵盆という行事に参加。今年はうちの研究室がこの地蔵盆の担当ということで、一昨日からお地蔵さんの化粧直しをしたり祭壇を作ったりと準備をして、昨日は祭壇にお供え物をしてお坊さんにお経をあげてもらった。京都では昔から町内で行われる夏の伝統行事なんだそうな。そういえば、この町の狭い路地には小さなお地蔵さんの祠がそこかしこにある。

crawfish

で、研究所の向こうに広がる田んぼの中にアメリカザリガニを発見。両方のハサミを振り上げて威嚇する姿を久しぶりに見た。アメリカでは、ボイルされて真っ赤になったやつが山盛りになっているのをスーパーでよく見たっけ。

雨上がり

今日の午後、ようやく雨があがったのでサイクリングに出たら、すぐにまた雨が降りだして土砂降りになったので、大社の境内の木の下で雨宿り。この通り雨をやり過ごしてから、いつものように研究所の向こうまでぶらぶらと走ってきた。今日はそれほど暑くはなかったけど、少しくらい雨に濡れたほうが気持ち良い。

Mantis

雨が降り止まないねぇ。ということで、今日はほとんど一日家の中にいた。来週金曜日に一つ重要なトークをする予定があるので、それの準備をしたり。

鰻重

いつもの御殿場の店で、まずは鰻重。

盆休み

コロナ第５波による新規感染者数最多記録が毎日のように更新され、秋雨前線の停滞による大雨が続く中、お盆休みということで昨日から三島へ一時帰国。そういや前回三島へ帰ってきた時も大雨が来て、熱海で大変なことが起こったんだった。来週後半から再来週にかけていくつか重要なイベントがあるので、それらの準備もしないといけないのだが、とりあえずは一週間ほどこちらでゆっくりできる予定。

Rainbow

大文字の上に絵に描いたような虹がかかった。

Glittering wing

今週はちょっとwing discでGCaMPを使ってカルシウムイメージング。egg chamberでのGCaMPはエピの顕微鏡でも結構綺麗に撮れていたのだけど、wing discはあまりクリアーなシグナルが得られなかったので、今日 S に手伝ってもらってライブイメージング用のコンフォーカルを使って撮ってみたら調子良くピカピカ光っていた。で、撮り始めてすぐ、興味深いパターンが出ている可能性に二人とも気が付いた。

scrib vs. scrib-Ras

この写真は結局Main Figureに入らなかったのだけど、なかなかビューティフルにdouble mutant cloneのphenotypeを示している。上のパネルはGFPのみのmosaic cloneで、下のパネルはRasV12-overexpressing mosaic clone。どちらもscrib hypomorphic mutant alleleを組み合わせたtrans-heterozygous backgroundのwing imaginal disc。GFPだけのcontrol cloneはpopulationの割合にあまり変化が見られないのに対し、Ras mutant cloneは日を追って広がっていくのがよく分かる。

Sequential oncogenic mutations influence cell competition

バルジのscrib-Ras double mutantに関する論文が、昨日ついにオンラインで公開された。以下のリンクから入ると、９月１４日まではフリーでアクセスできるらしい。

Sequential oncogenic mutations influence cell competition. Current Biology 10.1016/j.cub.2021.06.064

At the initial stage of carcinogenesis, newly emerging transformed cells are often eliminated from epithelial layers via cell competition with the surrounding normal cells. For instance, when surrounded by normal cells, oncoprotein RasV12-transformed cells are extruded into the apical lumen of epithelia. During cancer development, multiple oncogenic mutations accumulate within epithelial tissues. However, it remains elusive whether and how cell competition is also involved in this process. In this study, using a mammalian cell culture model system, we have investigated what happens upon the consecutive mutations of Ras and tumor suppressor protein Scribble. When Ras mutation occurs under the Scribble-knockdown background, apical extrusion of Scribble/Ras double-mutant cells is strongly diminished. In addition, at the boundary with Scribble/Ras cells, Scribble-knockdown cells frequently undergo apoptosis and are actively engulfed by the neighboring Scribble/Ras cells. The comparable apoptosis and engulfment phenotypes are also observed in Drosophila epithelial tissues between Scribble/Ras double-mutant and Scribble single-mutant cells. Furthermore, mitochondrial membrane potential is enhanced in Scribble/Ras cells, causing the increased mitochondrial reactive oxygen species (ROS). Suppression of mitochondrial membrane potential or ROS production diminishes apoptosis and engulfment of the surrounding Scribble-knockdown cells, indicating that mitochondrial metabolism plays a key role in the competitive interaction between double- and single-mutant cells. Moreover, mTOR (mechanistic target of rapamycin kinase) acts downstream of these processes. These results imply that sequential oncogenic mutations can profoundly influence cell competition, a transition from loser to winner. Further studies would open new avenues for cell competition-based cancer treatment, thereby blocking clonal expansion of more malignant populations within tumors.

この論文の元になるデータをYさんから見せてもらって共同研究の話を始めたのは、たぶん４年ほど前になるのかな。当時自分はまだ遺伝研にいたのだけど、北大で開催された細胞競合の国際シンポジウムに出席した時に、クラーク会館の食堂でYさんと昼御飯を食べながらこれについてディスカスしたのを覚えている。あの時は、まさかその後Yさんと一緒に北大から京大へ移動しながらこのプロジェクトを完成させることになるとは思いもよらなかった。この４年間で３人の学生がバトンタッチで完成させた仕事なのだけど、やはりこれは博士課程の仕事としてメインで関わったバルジの論文だ。そして、実は自分とYさん２人で初のココレスポの論文ということにもなる。

話の内容はアブストにある通りだけど、簡単に言うと、scrib mutantの細胞群の中に、さらにRas mutationが追加されたscrib-Ras double mutantの細胞が出現すると、そのdouble mutant cellが周りのscrib mutant cellsを殺したり食ったりしながらoutcompeteしていくという話。哺乳類培養細胞とショウジョウバエのimaginal discの両方で同じ現象を確認することができた。scrib mutantとRas mutant、各々どちらもnormal cellに囲まれた状態ではloserとして上皮層から排除されるのだが、はじめにscrib mutant backgroundがある状態でRasが入ると、scrib-Ras double mutantがsuper-competitorとなって周りの細胞をoutcompeteしながら侵食していく。一方、mutationの順番が逆の状況、つまりscrib-Ras double mutantがRas mutant cellに囲まれた状況では、このようなapoptosisやengulfmentといったcell competition phenotypesは見られない。つまり、がんの初期段階において、変異の蓄積によって生まれた悪性細胞と周囲の前がん細胞とのcell competitionによって、がん組織の細胞集団の性格が変わっていく、そしてそこでは蓄積する変異の順番が重要なのだろうというお話。

暑い

あっついねぇー、このところほんまに暑い。セミはじゃんじゃん鳴いてるし、夜も暑いからクーラー入れて寝ると朝なんだか体がだるい。オリンピックが毎日意外と楽しいのもあって、なんだか夏休みのような雰囲気があるけど、お盆の頃に一時帰国するまでに色々とやっておきたいことがある。ということで、まず今週は明日JS博士のところで一緒にやってもらうことになった新しい実験のための準備をしている。

開会式

昨日からwing discでのsensory organ precursorsに関するシグナリングを調べているのだが、やはりこれは結構複雑やね。組織内にぽつぽつとランダムに散らばっているように見えて、ちゃんと各々の配置が調節されている。まぁ、ウチらが見ているものにこれが関係しているかどうかについては、実際の遺伝子発現パターンを自分の目で見てみないとなんとも言えないけど。

さぁ、今晩はついに東京オリンピックの開会式か。ほんまにできるんかいなみたいなことをずーっと話していたけど、いよいよ楽しみになってきたね。ということで、そろそろ帰ろう。

四連休

四連休、とりあえず前半は二日とも午後からラボに来てだらだらとデスクワーク。さすがにこう暑いとなかなか出かける気もならないのだが、家にいても昼間は暑いし、明日はちょっと遠くまでドライブする予定を立てている。

部屋にいるメタリカがうちに来てほんの二週間ほどで少し成長したような気がする。

白嶺

白嶺　しぼりたて生酒

宮津の丹後由良にある古い酒造のしぼりたて生。去年一度ここの酒造を訪れた時に買ったお酒の味が忘れられなかったので、こないだ舞鶴に行ったついでに再訪問して手に入れてきた二種類のうちの一つ。しぼりたてのフレッシュな香りがありコクがあって、本当に美味いし飲みやすい。

3rd day

ワクチンセカンドショットから今日で三日目。昨日は午後から頭痛がひどくなってきて、夕方には熱が出ている自覚があったので、バファリンを飲んだら一応落ち着いた。今朝、もう熱は下がっていたけどまだなんとなく倦怠感もあったので、今日は一日自宅でテレワーク。この機会に先延ばしにしていた論文の査読に集中する。この論文はNAS memberによるPNASへのContributed articleというやつなので、基本的にはアクセプトするためにあまりきついメジャーコメントは無しという方向でのレビュー。実はこの論文の内容は、以前にミーティングで聞かせてもらったことがある話で、結構自分が見ているものと関係があってなかなか興味深い点が多いのだが、なんともえらい適当に書き上げたなぁという印象。なんか理由があって急いでいるのかも知れない。

そういや今週は木曜から四連休やね。

2nd day

ワクチンのセカンドショットを受けて二日目。打ったほうの腕の筋肉痛は１回目よりひどい。朝から結構倦怠感があって、午後になってだんだん悪寒がして頭痛もひどくなってきた。やっぱり２回目の副反応は１回目よりだいぶきついね。昨日車検で預けた車を午後に取りに行ったあとは、家でゆっくり大相撲を観戦。うーむ、それにしても千秋楽の一番、あれはちょっと納得いかんなぁ。

2nd shot

今日は朝からスバルへ行って車検の手続き。代車のインプレッサに乗り換えてユニクロに寄ったあと、ラボに来てバージンコレクト。そして、行きつけのカフェでランチを取ってから、大学病院に行ってコロナワクチンのセカンドショットを受けてきた。１回目の時は全然痛くなかったけど、今回はハチに刺された時のような痛みを感じた。まぁ、この注射時の痛みは打つ人の技術的なものによるのだろうけど。で、打ってから今でちょうど３時間ほど。今のところ特に何も症状はない。それにしても今日は暑いね。

hearing

今週は、月曜日に先進ゲノム支援のヒアリングがあったので、これまで考えていたsingle-cell RNA-seqについて真剣に考える良い機会になった。具体的には、mosaic wing discの細胞をバラバラにして、そこからGFP陽性のmutant cloneだけを単離して、それら一細胞ずつに対するRNA-seqを行うという実験になる。一つ一つクオリティの高い生細胞を１万個単離してくるには、各ステップで検討しないといけないことが色々とある。ということで、今週何人かその筋のエキスパートの方々と話すことができて、いくらか試すべきものが見えてきた。

Metallica

昨年の冬に育て始めた小さなコーヒーの木は、年末年始に帰省している間に寒さで枯れてしまった。それ以来、次はある程度寒さにも強い植物なら育てられないかなと思っていて、先日ついに出町柳の園芸店で見つけたやつをバジルと一緒に買ってきた。ギビフローラ v. メタリカっていう名前らしい。Metallicaという名前に反応してしまったというのもあるけど、まぁまぁ寒さにも強いらしいし、なかなかのgood-looking guyだ。バジルはもちろん食べる用。

梅雨明け

この週末は久しぶりに大阪の実家へ。美味しいものを食べに行ったり、親戚のお寺を訪問したり、一日だけとは言えしっかりリフレッシュできた気がする。お寺の境内の木々からはセミの声が聞こえていた。そろそろ梅雨明けかな。

on line 飲みフォメ

先週の金曜、モーフォメのコアメンバーによるオンライン飲み会が開催された。モーフォメは、去年コロナの影響で開催延期ということになったので、2019年の第４回札幌場所以来行われていない。いまだにコロナの収束が見えない中、今年はどうしましょうということで、とりあえず久しぶりに一度会合を開くことになった。チャーリー博士のアイデアをもとに、Gatherというオンラインビデオ会議用アプリで作ったカフェで開催。今回はサイエンスのトークはしないけど、各自１枚だけスライドを用意しておいて、乾杯の後で一人ずつ順番に最近の研究に関するエレベータートークをしましょうかという提案をしたのは自分。エレベータートークって、たぶん一般的には１分ぐらいで自分のアイデアを伝えるというイメージだと思うけど、なぜか終わったのは深夜２時前だった。みんな本当に研究が好きなんやねぇと思うし、改めて一人一人本当に面白い研究をしているなぁと感心した。そんなわけで、今回なんとなくモーフォメをした気にもなったのだけど、やはりこうなったら一人一人のフルのトークを聞きたいという意見も出てきて、オンラインでのモーフォメ開催を考えましょうということになった。

雨

昨晩から久しぶりに三島へ一時帰国しているのだが、それと同時にこちら静岡は昨晩からものすごい雨。すぐ近くの熱海では大変な災害が起こっているようだし、家の横の大場川も増水して、今日の昼頃には少しだけ溢れていた。たぶん明日も雨かな。

文月

今日から７月。いまだにコロナがどうとかなんとか言っているうちに早くも今年も後半戦に入るわけか。今日の朝はまたアメリカの研究グループと２週間おきのオンラインミーティング。UCLAの大学院生Aのがんばりもあって、コンピューターモデルがだいぶ具体化してきた感じ。いろんな変数を組み込んだ数式を完全に理解するのはちょっと無理そうだけど、これまでにWMと自分からサジェストしたアイデアがしっかり反映されているように見えるし、実際のコンピューターシミュレーションの結果を見ると、よくwing discで見ているmosaic cloneの形によく似たパターンのものが出てきていて、おぉっと思った。自分がジョインしたのが３月末頃だったので、まだ３ヶ月くらいしか経ってないけどそろそろ論文にまとめることを考える時期に来ているのかも。

吉原

こちらは舞鶴の吉原入江というなかなか趣のある場所。さすがにちょっと無理があると思うけど、東洋のベニスと言われることもあるんだとか。そういや去年訪れた伊根の舟屋もここからそう遠くはない。

奈具

このところ週末もパソコンに向かっていることが多かったし、久しぶりに海を見たくなったので、日曜日は車に乗って北へ向かった。写真は宮津の近く、奈具海岸とかいうとこだったか。

2 days

土曜日に１回目のワクチンを受けてから２日、体調は特に変化なし。注射を受けた腕の箇所は、確かに昨日一日筋肉痛のような鈍痛が少しあって、触れたり腕を上げたりするとちょっと痛いなという感じだったけど、見た目は何も異常はない。

First shot

今日の午後は、予約していたコロナワクチンの一発目を隣の大学病院で受けてきた。院内でいくつかのチェックポイントを人が流れていく感じで、全く待たされることもなくあっけなく終了。注射自体は痛くも痒くもなかったし、腕に筋肉痛が出るとか聞いていたけど自分の場合はまだ痛みとかほとんど無いかな。それよりも昨日からある肩こりの方が気になるくらい。まぁもう少し様子を見てみましょう。

Cell Size and Growth Regulation

実は今週、EMBOのミーティング「Cell Size and Growth Regulation」に参加していた。以前から気になっていた学会なのだが、参加したのは今回が初めて。オンラインミーティングだけど一応イスラエルでの開催ということで、セッションは毎晩日本時間の２２時から翌２時まで。だいたい毎晩家に帰ってきて晩御飯を食べながら見たり、床に寝そべって見ながらチャットでスピーカーに対して質問をしたり、自宅でこんなにリラックスして国際学会に参加できるというのは結構贅沢やね。分野的には自分の専門とは若干ずれているのか、自分が知ってる研究者はあまりいなかったのだけど、Arabidopsisの花の組織にモザイク状に生じるpolyploid cellの話とか、大腸菌が条件によっては分裂せずに長く伸びたりとか、Xenopus初期胚の動物極と植物極の細胞の大きさを入れ替える実験とか、毎晩何かしらオモシロイものを見せてもらうことができて楽しかった。でもやっぱりちょっと寝不足になったな。

125

今日の昼はちょっとゆっくりカモカフェで。いま執筆中の学内ファンドに申請するための研究計画を考えながら。ちなみにこの研究支援申請で求められているものは、「次の１２５年で創出したい調和した地球社会のビジョンを描き、その実現に向けた独創的な研究」。。。

Cryopreservation

ショウジョウバエ初期胚の凍結保存に関しては、３０年ほど前にも以下の２本の論文が出ている。成功率は１９９０年のが約３％で、１９９２年のは６８％のembryoがハッチしてそのうち４０％がアダルトになったということは、約２７％くらい。しかし、これらがNatureとScienceに掲載されているというのは、やっぱり長年皆が待ち望んでいるということよね。

Cryopreservation of Drosophila melanogaster embryos. Nature (1990) 345:170–172.

Cryobiological preservation of Drosophila embryos. Science (1992) 258:1932–1935.

凍結保存

Cryopreservation method for Drosophila melanogaster embryos. Nature Communications. 12: 2412.

The development of a widely adopted cryopreservation method remains a major challenge in Drosophila research. Here we report a robust and easily implemented cryopreservation protocol of Drosophila melanogaster embryos. We present innovations for embryo permeabilization, cryoprotectant agent loading, and rewarming. We show that the protocol is broadly applicable, successfully implemented in 25 distinct strains from different sources. We demonstrate that for most strains, >50% embryos hatch and >25% of the resulting larvae develop into adults after cryopreservation. We determine that survival can be significantly improved by outcrossing to mitigate the effect of genetic background for strains with low survival after cryopreservation. We show that flies retain normal sex ratio, fertility, and original mutation after successive cryopreservation of 5 generations and 6-month storage in liquid nitrogen. Lastly, we find that non-specialists are able to use this protocol to obtain consistent results, demonstrating potential for wide adoption.

２ヶ月前に発表されたこの論文で、ついにDrosophila初期胚の凍結保存法が示された。ショウジョウバエ遺伝学１００年以上の歴史の中で、おそらく数々のラボが何度も試したものの結局確立されることのなかった凍結保存の方法が開発されたのだ。これで、ショウジョウバエを使っている世界中の研究者達が系統維持のためのフリッピング（継代作業）から解放されるのか！？　ということで、もしそうならこれは素晴らしいやんという話。まぁでも重要なのは、この手法がどれくらい実用的で、ウチらがラボのストックフライ維持のためにこれを行うかどうかというところなのだが、見た感じそれほど難しくはなさそうだし、融解後のアダルトの復活率もそれほど低くはない。凍結する時期（early stage 16 when head involution and dorsal closure have been completed）とか、高濃度不凍液中での脱水とかがポイントなんかな。しかしこんなシワシワになっちゃっても大丈夫なんやね。。。

ストックセンターはこの凍結保存法の導入を考えたりしているんだろうか。皆さんはどうですか？

ハゲタカ

なんか、いわゆるpredatory journalのことを日本ではハゲタカジャーナルって言うけど、これってどうなん。ハゲタカってやっぱりそういうナスティなイメージか。そういやハゲタカファンドとかいうのもあったな。

IJMS

この一ヶ月間、結構な時間を費やして取り組んでいた論文が完成して、実は昨日カバーレターも書いて投稿作業に入ろうとしていたのだが、ぎりぎりのところで投稿を踏みとどまった。今回のこの論文は、オーストラリアのDr. HRからのインバイトをもらって、IJMSというジャーナルのSpecial Issueに掲載してもらうために投稿する予定だった。自分はIJMSというジャーナルを知らなかったのだが、Dr. HRからの招待ということもあったし、とりあえずRの仕事の第一弾を論文として発表して次への勢いをつけたいということもあり、今回の投稿を承諾したのだった。その後、紆余曲折を経て論文はようやく完成したのだが、共著者であるYさんがIJMSを発行しているMDPIという出版社に関するあまり良くない噂を聞いたことがあるとのことで、大学図書館の相談窓口に問い合わせたところ、大まかに以下のような返答が返ってきた。

• MDPI社は、一時期ハゲタカ出版社としてリストアップされていましたがその後除外され、最近ではホワイトリストにも多く収録されており、全般的に判断が難しい、という事情があります。
• 実際にMDPIの学術誌が不審だという学内研究者の声が、問い合わせフォーム等を通して図書館に複数寄せられています。
• そのようなことを受けて、本学で加入していたMDPI機関オープンアクセスプログラムへの参加終了が決定しています。
• 総じて、MDPIという出版社に懸念がないとは言い難いこと、またこのタイトル個別では、査読期間が短いことが気になります。

さらに、うちの学部で以前に博士課程の学生の学位論文審査でMDPIの雑誌に掲載された論文が含まれていたことに対して、数人のファカルティメンバーから疑義が唱えられたとの話もあり、今回はIJMSには出さないという決断を下した。自分としてはそれほど気になることではなかったから投稿するつもりだったのだが、この論文がRの学位審査にも関わってくるものであることを考えると学部の方針を無視するわけにはいかない。ということで、昨日Dr. HRにお詫びのお手紙をしたためた。今朝返ってきた返事には「It is unfortunate that the IJMS has been tainted as being a predatory journal when it is not. However, I understand that this decision is beyond your control.」とあり、理解を示してくれはしたものの、自分にとっては彼女に借りを作ってしまった感が大きい。まぁでもこれはしゃーないよね。ということで、ではこの原稿を持ってどこのジャーナルのドアをノックしに行こうかというところですわ。

N

ショウジョウバエを使っているラボの出費で、大きな割合を占めているものの一つが飼育用のプラスチックバイアルだと思う。うちはまだそれほど規模が大きいほうではないけど、人数が多いラボになると当然ハエの数も増えるので飼育用バイアルは結構な出費になる。この飼育用バイアルの仕入れ先について、これまでに日本の三地方（東海、北海道、関西）でディーラーの人達と話してきた訳だが、結局どこの地方でもメインの仕入れ先は同じ製造会社Cだった。つまり、日本ではこの製造会社が全国的に高いシェアを持っているのではないかと思われる。まぁ、関西より西は知らんけど。ところが二週間ほど前、うちのラボに出入りの京都の試薬メーカーNの営業の方が、自分の会社で扱い始めたショウジョウバエ飼育用バイアルの試供品を持ってきた。モノを見てみると、寸法や透明度など今使っているバイアルとの違いはほぼ見つからない。しかし、驚きなのは価格だった。今うちが買っているのは１箱１２６０本入りで約１万７千円なのだが、Nが持ってきたものはなんと１２００本入りで約１万円だというのだ。しかも２００本ずつ綺麗にトレーに並べられていて梱包もしっかりしている。これを受けて、Cのバイアルを取り扱っているディーラーの方もCと交渉をしてくれているようだが、たぶんこの価格の差は埋まらないだろう。ということで、うちはたぶんこの新しいものに切り替えることになるわけだが、実はNは既にウチ以外にこの京大にある２大ショウジョウバエラボともすでに交渉を始めていて、おそらくそのどちらも切り替わることになるのではないかという話だった。この新しい製造会社がどこまでの販路拡大を視野に入れた生産体制を持っているのかは知らないけど、この価格なら全国のシェアが一気に変わる可能性がある。何れにせよ、こういった飼育用バイアルみたいな、年間の使用量を考えると研究費に占める割合が結構大きいけど必需品だから削ることができないというものに対して、競合他社の参入によって価格破壊が起こることで研究費をさらに有効活用できるようになるというのは、サイエンスにとっては素晴らしいことやね。

Current Biology

今日の朝、バルジの論文がアクセプトされたという連絡が来た。改訂版を再投稿したのが５月２７日だったから、あら結構早いやんと思ったけど、Decision letterを見てみるとレビュワー３人とも手放しでアクセプト。素晴らしい。このレベルのジャーナルでこういうことはなかなかないよね。この仕事のコラボレーションに関して Y さんから話をもらったのは、まだ自分が遺伝研にいた頃で、たぶん４年くらい前。この４年間で３人の学生がこのプロジェクトをリレーして、自分も遺伝研から北大を経て京大へ移動して、と結構長い道のりだったことになる。ということで、今から最終的な編集と校正があるのでまだ正確な日にちは分からないけど、近いうちに Current Biology に掲載されます。タイトルは、「Sequential Oncogenic Mutations Influence Cell Competition」。

vaccination

大学からコロナワクチン学内接種の案内が来たので早速予約。ファイザーのやつで、第一回目は来週の土曜日らしい。まさか自分の体にトランスフェクションする時代がこんなにも早く来るとは思わなかったけど、分子生物学基礎研究の粋を結集した初のmRNAワクチンということで、ちょっと楽しみやね。

完成間近

論文はとりあえず今日で全てのパーツが完成した。この論文の大部分は R が行なった実験のデータと彼とのディスカッションに基づいている訳なのだが、執筆に関しては今回ほぼ完全に自分一人でやったので誰か他の人の意見がもらえるのはとてもありがたい。ということで、先ほど完成した原稿を共著者でもある Y さんに送付したので、コメントをもらえればそれに対応してから投稿しようというところ。そろそろこの原稿から解放されるかな、ということで今日の昼はカモカフェで休憩。

延期

この週末は三島への一時帰国を考えていたけど、論文が終わらないので一時帰国は延期。ということで、そろそろこの週末で仕上げたいところ。かなり疲弊してきた。

8

さて、執筆中の論文は未だに投稿できていなくて、ここ二週間ほど毎日ずっとパソコンに向かってFigureを作成していた。テキストの方は二週間前すでにほぼ書き終えていて、Figureは R がある程度作ってくれると考えていたのだが、やはり考えが甘かった。R が各々のFigureに使えそうなコンフォーカルイメージを選んでくれたのは良かったのだが、結局Figureは全て自分が一から作り直すことになった。論文のFigureというのは、少しでも分かり易くて一貫性のあるものにしようとして細部に凝り始めると本当にキリがない、ということを思い出した。しかも、今回の論文もこれまた顕微鏡写真の数がすごいし絵もたくさん描いた。ということで、今日でようやくメインのFigureが完成。Figureは６くらいかなと思っていたけど、結局８までいった。だいぶ息切れしてきたけど、あとはFigure legendsとサプリ。

修学院

今日はもう真夏のような暑さやねぇ。今年の梅雨は雨が少ないのかな。写真は修学院のあたり。

あとはFigure

論文の執筆も大詰め、ということで今日もラボに来ているのだが、昼御飯ぐらいはゆっくり美味しいものをと思って鴨川の向こうへ。

そして午後はDiscussionを書いていたのだけど、形態形成において組織に生じる構造的な歪み、みたいなことを調べて色んな論文を眺めているうちに日が暮れてしまった。で、先ほどようやく論文の文章を一通り書き終えた。と言っても、Figureがまだできていない。Figureの作成は、実際にほとんどの実験をしている R に頼んでいるのだが、なかなか完成させることができないようだ。明日には必ず完成させたいんやけどなぁ。。。

revised

昨日、ようやくバルジの論文の校正を終えて、改訂版の投稿が完了した。バルジは３月に卒業して製薬会社に就職していったのだけど、博士論文審査はこの論文がアクセプトされてからということになっているので、彼のPhDはこれにかかっている。ショウジョウバエのリバイズのための実験は意外にも良いデータが出たし、レビュワーからのコメントには一応全てできる限りの対応をしたのだが、さらにもう少し要求される可能性は無きしもあらずだろうか。

で、いよいよ R の論文を仕上げにかかろうというところなのだが、今日締め切りの申請書が一つあるのを思い出して、昨日はそちらに掛かりっきりだった。こちらはSK博士のヘルプもいただいて、なんとか締め切りの正午までに提出完了。ということで、論文を仕上げにかかる。

deer

昨日と一昨日は久しぶりの晴れだったので自転車通勤。で、鹿に遭遇。宝ヶ池公園のあたりは鹿頻出地帯。

swollen river

今日の午前中はフライデーミーティング。そして昼は雨がしとしとと降る中、久しぶりに向こう岸のカモカフェへ。昨日からの豪雨で鴨川がえらい増水していつも渡っている飛び石が見えなくなっている。R の論文執筆もいよいよ佳境に入ってきた。

Anti-pAkt

そう言えば今回のrevisionで一つ、mTOR signalingのactivityを調べる必要があったのだが、この論文のclonal analysisに使っているgenetic systemが結構複雑でさらにgenetic reporterを組み合わせるのは厳しいということもあり、限られた時間でやるには抗体染色しかないということになった。ところが、使おうと思っていたラボのanti-phospho-Aktがもうほとんど無くなりかけていたので、新しいものを注文しようとしたら製造中止になっていて焦った。結局、同じ会社が出しているanti-phospho-4E-BPが手元にあったので、それを使ったらまぁまぁクリアーなシグナルが出たのでrevisionの実験はなんとかなったのだけど。そういや、ついこないだSKY博士のラボから出た論文でも同じanti-p4E-BPを使ったクリアーなデータがあったな。それにしてもanti-pAktがもはや手に入らなくなってしまったというのは残念。数年前にもこの会社のanti-phospho-Drosophila STATが製造中止になってしまったのを思い出した。

Rainy season

三島に一時帰国してからいつの間にか二週間も経って早くも梅雨入り。今週は京都も毎日雨が降ってジメジメしている。そしてこのところ段々と忙しさが増してきていて、色々な締め切りのことを考えると来週辺りに忙しさがマックスになりそう。先週からずっと取り組んでいるのは、一月に投稿して二月の初めに返ってきたバルジの論文のrevision。メインはMDCK cellでのデータとは言え、レビュワーのコメント全てに応えるためにはウチが担当しているDrosophilaのパートに関してもそれなりの追加実験が必要だった。ということで、先週毎日のようにコンフォーカルしてなんとかデータが出揃い、昨日今日でようやくDrosophilaパートも書き上げて改訂版第一稿が完成した。さらに校正して来週には再投稿する予定だけど、来週はいよいよ R の論文を完成させないといけない。

連休四日目

今日は子供達を連れて、沼津の南海岸の先っちょにある大瀬崎までドライブ。ここのビーチは以前に何度か海水浴をしに来たことがあるけど今回はさすがにまだ海水浴には早いので、砂浜のもう少し先にある大瀬神社の周辺をぶらぶらと散策した。海へ向かって伸びた細い岬の先端にあるこの古い神社には、伝説の神池と樹齢千年以上と言われるビャクシンの御神木の森があり、なんとも神秘的な雰囲気。森を抜けた先の浜には白い灯台があり、そこから駿河湾の海越しに富士山が綺麗に見えていた。

連休三日目

今日も良い天気だったので、昼から午後にかけてサイクリング。柿田川、狩野川、大場川と三本の川に沿って三島の南部をぐるっとだいたい２１kmほど。富士山を含め、三島の周囲にある広大な山々が本当に綺麗だ。

連休二日目

今日は、三島へ一時帰国したとき恒例のサイクリング。風がすごかったけど、昨日雨が降ったからか山々が綺麗に見えていて気持ちが良かった。

立山

立山　無濾過特別純米生原酒

富山県砺波市の立山酒造による今年の無濾過生原酒。口に含むとフルーティで爽やかなようでいて、味わうと実はコクのある旨味がすごい、と同時に喉越しは辛口という感じ。ほんまに美味いとしか言いようがない。

５連休

今日からもう５月か。とりあえずは５連休ということなので、今日から三島に一時帰国。ゴールデンウィークだというのに新幹線はがらがらに空いていた。

親子丼

今日の昼は少し余裕があったので、川の向こうのカモカフェへ。日替わりランチの親子丼がめっちゃ美味かった。ここの料理はいつも本当に美味しい。そして、ゴールデンカムイはどんどん面白くなっていく。

wild animals

日曜日の午後、うちから歩いて２０分くらいのところにあるパン屋へ。そのパン屋は森の入り口みたいなところにあって、その手前には熊出没注意の看板が。こんな家の近くでクマが出るんかと、ちょっとびっくりした。そういや先週、家へ帰る時に宝ヶ池公園の横の道を自転車で走っていたら、ネコのようなイタチのような動物が茂みから飛び出してきて、避ける暇もなく轢いてしまった。前後輪で２回しっかり轢いてしまったのだが、その動物はすごい勢いで走り去ったのでたぶん大丈夫だったのだろうと思う。自転車で動物を轢いてしまったのは初めてだけど、あのあたりは鹿もよく出てくるし、気を付けないといかんねという話。ちなみに、森のパン屋のクロワッサンがめっちゃ美味しかったので、今後もまた週末に行こうと思う。

ウインドウで再生

そういや、今日の講義で学んだZoomでのプレゼンにおけるKeynoteの使い方を一つメモしとこう。

Keynoteでスライドショーを開始するときに、「再生」タブから「スライドショーをウインドウで再生」を選択すると、自分のスクリーン上でスライドが全画面でなくウインドウになり、参加しているオーディエンスをギャラリー表示にしたZoomのウインドウも横に開けておくことができる。普通に再生ボタンでスライドショーを開始すると、自分のスクリーン上には発表スライドしか表示できない。

分子生命科学特論

今日は朝から毎週金曜日のフライデーミーティング。最近は大学院生４人が各々の進捗状況を話してくれるので結構時間がかかるのだけど、グループ内で各々の問題を共有するための大切な時間。

そして、午後からは担当する予定になっていた同志社の大学院向け特別講義。講義はやっぱり対面の方が良いとは言え、結局コロナの状況もありこちらのラボからのオンライン生放送。一日で９０分の講義を２コマということで、午後１時過ぎから途中休憩を挟んで４時半頃まで、cell competitionを軸にorgan size controlとtissue homeostasisについて計３時間たっぷりとしゃべらせてもらった。ちょっとしゃべりすぎて今のどが痛い。ズームオンライン講義では、基本的に学生はみんな自分のビデオはオフにして聴講するもんだと聞いていたのだけど、さすがに誰が聞いているかも把握できない状態で一人で３時間もしゃべるのは無理だと思ったので、講義の冒頭、無理にとは言いませんが皆さんなるべくビデオはオンにしてくれていた方が助かります、と言ったらほとんどの学生がビデオをオンにして聴講してくれた。やっぱりオーディエンスの顔が見えていると、安心感がある。おかげで連続２コマ、気持ち良くトークすることができた。学生達にも楽しんでもらえただろうか。まぁもちろん、３時間ずっと飽きさせないトークをするなんていうのは至難の業ではあるのだけども。

Biweekly meeting

今日の朝は早起きして７時から、再びWMを含めアメリカの連中と５人でオンラインミーティング。UCLAのPhD student A が研究しているcell competitionのコンピューターシミュレーションを発展させていくために、二週間おきに A のプログレスを聞きながらみんなでディスカスするというミーティング。このシミュレーションには、これまでにいくらか報告されているものよりも複雑な生体組織の条件を考慮に入れて、もっと実際に近いものを作ろうとしている。自分もcell competitionにおけるcell deathとproliferationのバランスや組織特異的な内在性要因などについて、今までに報告されている様々なケースを紹介したり。しかしこうして色々考えていると、やっぱりcell competitionていうのはオモシロイ現象やなぁ、ということになり、お蔵入りになりかけているcell competitionのプロジェクトをもう一度ちゃんとやろうかなという気にもなってきた。

pushing

蛹の殻から出ようとして必死に息んでいる様子。毎日のように見る光景だけど、こうしてじっと見ていると懸命な様子がなんとも人間っぽく見えてくる。

Apied

昨日の日曜日は昼からラボに来ていくらか実験の作業をしたあと、夕方からまた大原へ向かい、去年何度か訪れて雰囲気がとても気に入ったブックカフェへ。このカフェは春と秋だけの季節限定で営業をしていて、この春も開いているのは４月から６月まで。ジャズが流れる落ち着いた古民家の店内で、美味しいコーヒーを飲みながら普段読まないような本を漫然と流し読みする贅沢な時間。

tumor invasion

新年度からグループの人数も増えて新しい体制になったということで、昨日のフライデーミーティングでは、これまでに蓄積した実験結果のおさらいをしながら各メンバーのテーマについてディスカッションをした。これまでは主に、CCHによるtissue repairと、tumor hotspotにおけるtumorigenesisという２つの異なる現象を追っていたのだけど、tumor cellがpolyploidになる現象を発見したことで、この２つの現象に通底するコンセプトが浮かび上がってきたという話。ということで今年度は、いま見ているtumor invasionに焦点を絞り、そのプロセスの中にある４つのテーマ一つずつを各メンバーが追求しつつ、全員でgenetic screeningもやろうということになった。こういうふうに、独自に発見した現象をチーム一丸となって追求するという感じにできないものかと前々から考えていたこともあり、今年度この体制から何が生まれてどのように発展していくのか非常に楽しみになってきた。

lecture week

今週は、新しくうちのグループに入ることになった修士一年の J に、恒例のFly Genetics集中レクチャー。三日連続のレクチャーで、Balancer chromosomeからMARCM systemまで一通りFly Geneticsの基礎を教えながら、うちの実際の研究プロジェクトの内容も紹介した。これでとりあえず研究を始められる準備ができたということになるかな。昨日からすでにバージンコレクトも始めたようだ。就職活動で休んでいた S もラボに復帰したので、最近なんだかにわかに活気が出てきた。今日の朝のフライデーミーティングで、今のメインプロジェクトの中での４人各々のテーマをクリアーにさせていく予定。

光武

光武　しぼりたて純米原酒

佐賀の古い酒造の初搾り純米原酒。瓶にラベルはなく、この銀の包み紙のほうに貼られていた。芳醇でありながらすっきりと飲みやすい辛口。旨い。

桜

週末、琵琶湖周辺の桜の名所に立ち寄りながらぶらぶらと琵琶湖を一周。湖北のほうはやはり京都市内より少し気温が低いのか、桜はこの週末がちょうど満開という感じ。京都も滋賀も桜の名所が多い。夜に立ち寄った彦根城の夜桜は本当に壮麗だった。これまで桜の季節には近所で綺麗に咲いている桜を見るというのが普通だったので、こんなにも色んなところへ桜を観に行った春は今までにない。

新学期

いよいよ新学期スタート。ということで、うちのラボにも昨日から三人の大学院生が新しく加入した。本当はあとさらに中国からの留学生が二人いるのだけど、コロナのせいで彼らはいつ日本に入国できるかまだ分からないんだとか。昨日、新しい大学院生三人のうちの一人、J に少し研究の紹介をしたら結構興味を持ってくれたようで、今日から正式にうちのフライグループに加入することになった。これで今年度から大学院生四人プラス自分という体制。最近プロジェクトのフォーカスがだいぶ定まってきたし、今年度はいよいよgenetic screeningに着手する。

川端通

今朝の通勤時、満開になった川端通の桜並木にひかれて、修学院から出町柳まで花見をしながら高野川沿いを自転車で南下。

The end of March

そろそろ３月も終わりとは言え、もはや初夏のような陽気やね。

5 am

昨日は朝５時から、ニューオーリンズのWMに誘われてオンラインミーティングに参加。TulaneのバイオインフォマティシャンとUCLAの腫瘍学者と一緒にcell competitionについて色々とディスカッション。自分以外は皆さんアメリカなのでこんな早朝の時間から。増殖中の組織と非増殖性の組織でのcell competitionの違いについて説明を求められたので、なんやかんやと思いついたことを話した。今回急にミーティングに誘われたのだけど、これはなかなかオモシロイ共同研究プロジェクトになっていく可能性があるのかもという感触を得たこともあり、今後２週間おきくらいにミーティングをやろうという話に。そういやこの中で一つ、今までに例がないcell competitionの重要なケースがあることに気付いた。ちょっとfollicle cellsで試してみるかな。

満開

で、こちらは今日の京大医学部構内、芝蘭会館横の立派な桜。もうほぼ満開だ。良い季節になってきたねぇ。

五分

一昨日、いつものように下の子と二人でサイクリング。先週すでに京都市内の桜はだいぶ咲き始めていたので、遺伝研前の桜並木はさぞかし綺麗だろうと思って坂を登ったのだが、残念ながらまだほとんど咲いていなかった。写真は三嶋大社の桜。こちらもまだ五分咲きといった感じ。