春の書類

なんか、ふと気付くと前年度の報告書やら新年度の継続申請やら交付申請やら、締め切りのある書類でいっぱいになってるやん。まぁ毎年４月はこんなんやけど、学内の書類は未だに紙媒体でハンコも必要とかいうけったいなもんが多いなぁ。ということで、ちょっとリフレッシュしに今日の昼は久しぶりにカモカフェへ。京都の桜は昨日あたりから急に散り始めて、鴨川も所々桜の花びらでいっぱいになっている。

FV3000 x2

今日の午後はコンフォーカル。Sと一緒に新しいFV3000を２台とも稼働させてpolyploidになった細胞達の様子を観察。以前にも何度かやっている実験なんだけども、見れば見るほどおかしなことが起こっているのを発見してしまう。それにしても、新品のFV3000が２台並んでwing discをスキャンしているさまはちょっとエキサイティングやね。

岩倉川

今日も満開の桜。これは自宅近くを流れる岩倉川沿いの桜並木。歩道が桜のトンネルのようになっていて、通り抜けるとなんだか少し気持ちが高ぶる。今日も調べものとメールで一日が終わりそうだけど、申請書の構想はだいぶ固まってきた。

4.4.22

今年は本当に桜がきれいだなぁと思うんだけど、なんでなのかな。桜は毎年咲いているし、去年も京都の近辺でいろんなところに桜を見に行ったんだけど、なぜだか今年の桜の美しさは格別に思える。ということで、こちらはラボの前の窓からの写真。

さて、今日は午前中にハエ達の世話をしてから、午後はいろんな人にメールを書いたり調べものをしたりしているうちに一日が終わってしまった。まぁでもメールを出したことで、来月末締め切りの申請書を書く決心がついた。

亀岡

今日の午後は、桜を見にぶらっと隣の亀岡までドライブ。地図を眺めていて亀岡の街のはずれに見つけた桜の名所っぽい場所に行ってみたのだが、これがなんとも素晴らしい景色で感動した。あまり知られていない場所なのか、人出が多くないのも良い。

新年度

今日の午前中は新年度一発目のフライデーミーティング。ロイがいくつか新しい実験結果を見せてくれたのだが、その一つはかなり重要なピースになる。午後からは、Sと一緒に新しいFV3000を使ってコンフォーカル解析。つい最近修士を卒業したSは、この夏からアメリカの大学院へ進学することになった。自分が紹介したこともあり、Sはアメリカに行ったらたぶんフライラボで研究することになりそうなので、この４月はうちでトレーニングをする予定。とりあえず短い期間だけど、トレーニングだけではなくて何か面白い観察をできればと思う。今日のコンフォーカルでは、早速良い感じのものを見ることができた。FV3000は、やはりFV1200に比べてスキャン速度がだいぶ早い。あと、まず始めにスライドグラス全面をスキャンしてマップ化した画像をベースにして、目的のサンプルをサッと確認してパッとそこにフォーカスできる機能が非常に効率的やね。

川端通

ずいぶんと桜が綺麗なので、今朝はいつものルートを少し変えて、修学院から出町柳まで高野川沿いの桜並木をくぐりながら登校。京都は桜の木がとても多い街なのではないだろうか。この川端通沿いに延々と続く桜並木は本当に素晴らしい。

4 meetings

今日はミーティング三昧の一日だった。まずは朝の７時から、アメリカの研究グループとの定期的なオンラインミーティング。その後ラボに行って１０時から、WMのとこでポスドクをしているXFとコンフォーカル画像のploidy解析に関してデスカッション。前にXFに会ったのは、前回自分がフロリダに行った時だからもう２年以上前ということもあり、ちょっと雑談が長くなってしまった。で、午後はYFさんのグループと、随分前から保留中のMahjongに関する共同研究プロジェクトについての話し合い。さらにその後夕方に、うちのラボでの博士課程を志望している中国の学生のオンラインインタビュー。これが予想以上に長くかかってかなり疲れてしまった。受け入れるかどうかはまだ考え中。というわけで、朝から晩までいろんな人と話しているうちに今年度最後の一日が終わった。

年度末

朝、いつも自転車で通り過ぎる松ヶ崎の山の麓。こんな綺麗な枝垂れ桜があったことに去年は気付いていなかった。

さて、ということでいつの間にかもう年度末。今年度で終了する国際共同研究費の会計の締めをしつつ、この続きをもう一度同じ種目で応募するべきではないかと考え中。ここ最近読んでいる本と何本かの総説に書かれていることが、今自分が見ているもの考えているものにかなり符合することに触発されたこともあり、この一週間ほどずっとこれに関して考えを巡らせている。

玉川

木下酒造　玉川　無ろ過生原酒　山廃　2019

先週末、ようやく暖かくなってきて北の方の雪ももう溶けただろうということで、思い立って京丹後まで車を走らせた。目的はもちろん玉川の酒。去年感動した蔵内限定品の中汲みの新酒と、さらに2019年の山廃を手に入れてきた。この熟成された山廃は、独特の風味とすごいコクでもはや日本酒とは違うもの。甘酒のように米の味がしっかりとしているのだけど、自分は上質なアマローネを思い出した。これは少しずつ楽しみたい。本当にこの酒造のお酒は面白いものが多い。

卒業式

今日は下の子の小学校の卒業式。所属プログラムごとの式ということで全部で４０数人、一人一人が前に出て、自分の将来の夢を英語で話してから卒業証書をもらいに行くという形式。小さい頃から知っている子達がみんな大きくなっていて、あぁ時間が経ったんだなぁと実感。子供はどんどん大きくなりますね。

で、明日は４月から入学予定の中学校のオリエンテーションに一緒に行く予定。

必然性

なんか今週から急に春になったねぇ。この冬は随分寒さが厳しかったので、外に出たとき暖かいのがなんだか本当にうれしい。さて、二月に予定されていたけど結局オミクロンの影響で延期になっていた細胞競合コロキウム＆学術変革領域班会議の合同ミーティングが、今週開催されている。淡路島での現地開催とオンラインのハイブリッド形式。自分は、今週末帰省することも考慮してオンラインでの参加。やっぱり現地でいろんな人に会って交流したいというのはあるけど、まぁ今回は仕方ない。ということで、自分は今日の朝、オンラインでショートトークをした。タイトルは「がんの進行における必然性と倍数性」。最近うちのラボで進行中の研究について、大学院生達４人の仕事を紹介しながらその概要を話したのだが、全体的なロジックを考えている中で自分にとって新しい発見があった。偶発的事象の積み重ねだけではなく、条件が揃った時に必ず生じる必然性という意味では、polyploidizationのプロセスとして、変異とかエラーによって起こるmitotic slippageやcytokinesis failureではなく、endocycleがぴったりはまるのだ。

白嶺 初搾り

白嶺　純米吟醸生酒　初搾り　限定品

以前に２回訪れた宮津のハクレイ酒造の初搾り。いつもの酒屋で見つけて迷わず手に入れてきた。米は五百万石。ここの酒は本当に好き。春になったらまた一度行くかな。

FV3000

今回うちの研究室に納入されたコンフォーカル顕微鏡は、OLYMPUSのFV3000。が、なんと同時に２台。担当してくれているOLYMPUSの方も、同時に２台納入は初めてとか。うちではすでにFV1000とFV1200に加えてNikon A1が稼働しているので、これでコンフォーカルは全部で５台になった。EPIの蛍光顕微鏡２台も合わせて顕微鏡が７台並んだ部屋は、さながらイメージングセンターのよう。昨日、設置が終わったFV3000の使い方を一通り説明してもらった。デモの時にも大体の機能の説明は受けたのだけど、やはり前のモデルに比べるとかなり性能が上がっているし色々と便利な機能も追加されて進化している。しかしFV3000って、発売されてからもう６年ほども経つんやね。まぁとりあえず、来週から使い始めてみましょう。

stressful

あぁ、なんかストレスの多い一週間だった。。。ガンマ線照射を含め色々と実験もしたし、新しいコンフォーカル顕微鏡の納入があったし、久しぶりに新しい研究者の友人もできたし、アメリカの研究グループとのミーティングでも進捗があったし、ということでなんやかんや忙しくしていたのだけど、それ以外でうざいことがいくつか発生。どれも人が関わることやから厄介やなぁ。解決するためにちょっと色々考えないといかん。

8 days

今日もかなりたくさんの幼虫を解剖した。この幼虫は、モザイククローン誘導後８日目。生後１０日以上経つけど、体中に腫瘍ができてだいぶ発生が遅れている。

基盤 B！

あぁーもう二月が終わってしまうんか。。早く進めたい研究がなかなかスムーズに進まず、早く世に出したい論文がなかなか終わらず、このところずーっと焦燥感があるのだが、こういう時こそ一つ一つの実験を着実にやっていくしかないのかな。ということで二月最終日の今日、科研費の審査結果発表があった。例年、新年度になってから発表されていた科研費の審査結果が、今年からは二月下旬に前倒しと告知されていたので、実は先週末あたりからそわそわして何度も電子申請システムにログインしては審査結果通知を確認していたのだけどなかなか発表されず。結局発表されたのは今日の午後。おいおいそれやったら下旬とか言わんと二月末日って告知しとけよって、審査結果が気になってしょうがない全国の大学教員が思ったはず。ともあれ、ついに動いた審査結果閲覧ページで「採択」という文字を見て思わず「ヨッシャー！」と声が出た。この数年間もらっていた国際共同研究 B は今年度で終了。来年度からの科研費は今回申請していた基盤 B に懸かっていたので、本当にほっとした〜。今回の研究課題名は「組織内在性の特異的微小環境から始まる腫瘍浸潤の分子基盤」。気合い入れていきます。

寒い

今日の昼は、雪がちらつくなかカモカフェへ。それにしても寒い。岩倉は今朝も雪が積もっていて真っ白だった。今年は本当に雪がよく降るねぇ。

autosegmentation

SBF-SEMは、その後全部で2500枚ほどの連続画像を取ってもらって一つ目のサンプルは終了。ということでこの数日間、生理研のほうで色々と提案してもらった画像解析結果を見ながら、とりあえずはHotspotがどの辺りにあるのかを探していた。Hotspotは、細胞の配置が周辺領域とはちょっと違っていて、これは上皮層を基底膜側から見ると結構すぐに見分けられるのだけど、垂直断面から場所を特定するのは結構難しい。コンフォーカルなら、細胞極性の違いで見分けられるのだけども、抗体染色をしていない電顕画像だとそれもできない。そのような訳で、オートセグメンテーションがかなりうまくいった核の三次元配置とか、全体のリスライス画像とかを比較することによってHotspotエリアを特定。次のサンプルは、SBF-SEMに行く前にmicroCTで内部構造を観察することによって、もっと効率的にHotspot周辺を狙って切削しましょうかという提案をもらった。それにしても、ディープラーニングによるオートセグメンテーションすごいやん。

UAS

やっぱり実験で忙しく作業してると一日経つのが早いなぁ、と思うくらい最近結構実験している。しかし、先々週にガンマ線照射してその後抗体染色したサンプルを少しずつ観察していて、どうもGal4-UASがちゃんとワークしていないことに気付いた。せっかく色々な条件でサンプルを取ったのでちょっとがっかりなんだけど、アポトーシスはしっかり確認できたので基礎的なデータは取れるかな。まぁ新しい実験はこんなもんよね。それにしてもなんでGal4-UASがおかしいんだろう。en-Gal4によってwing discの半分でキレイにGFPが発現しているのに、出るはずのフェノタイプが出ていない。ということは、Gal4は正常で、たぶんUAS flyの方にコンタミか何かの問題があるんやろうけど、こういうのはほんまやめて欲しいなぁ。そんな訳で、早速Bloomingtonから新しいのを買おうかと思ったけど、その前に近くのフライラボが持っていないか聞いてみる。

2000枚

先月、生理研で包埋作業をしたサンプルに関して、生理研の方と今後の進め方についてディスカッションを重ねていたのだが、ついに数日前から試験的にSBF-SEMでの連続画像を取り始めてもらっている。wing discのサイズは小さい（1mm以下）とは言え、さすがに組織全体の連続画像を取るというわけにはいかない。目的のHotspotとその周辺に狙いを定めるには、向きを確認して樹脂に包埋したwing discを端から少しずつ削っていって、その切削断面の画像だけから同組織内での現在地を推測しなければいけない。これがなかなか難しいのだけど、断面で見えている上皮層の部分的な厚さの違いとか折れ込みの具合とかを、これまでにコンフォーカル画像で散々観察してきたwing discの形態とよーく考え合わせると、だんだん分かるようになってきた。ということで、そろそろこの辺りからという目星をつけて、とりあえず100µmくらいの範囲を進めてもらうのだけど、50nmずつ切削しながら連続画像を取っていくとなると全部で２千枚になる。これだとだいたい５日くらいかかるんだとか。結構なもんやねぇ。

Booster shot

今週と来週が子供達の誕生日ということもあり、今日から三島へ一時帰国。本当は来週末の連休に帰る予定だったのだが、下の子のために応募していたプレステ５の抽選が自分だけ当たっていて、８日までに沼津の店で本人が受け取りに行かなければならないとかいうややこしい事情もあり今週末に変更。ということで、今日は昼にラボに寄って一つハエの掛け合わせを作ってから、予約していた３度目のワクチン接種を隣の大学病院で受けた後、急いで新幹線に乗りこんだ。今日はまたもや米原の辺りで大雪が降っていて、その影響で米原から岐阜羽島くらいまで徐行運転になったので３０分くらい遅れて三島に到着。で、夕方に無事プレステ５をゲットした。家電量販店ということで軽く値切ってみたけど、えらい冷たく返されて大阪との文化の違いを実感。ワクチンの副作用は、まだ筋肉痛程度。明日どうなるかやねぇ。

ガンマ線照射

さて、今週メインで取り組んでいたのは、ガンマ線照射の影響を見るための実験。ハエ達にガンマ線を照射するには、同じ医学部キャンパス内にある放射線生物研究センターに行く必要があるのだが、照射自体はハエをバイアルごと放射線照射装置に入れてスイッチを押して待つだけなので結構手軽な実験。今回は遺伝学的条件をいくつか振って、細胞への放射線の影響を見る。来週出る予定の結果がかなり楽しみだ。

節分祭

今週は予定していた実験をこなすためにかなり忙しくなってしまったのだけど、大学近くの吉田神社で節分祭が行われていたので、昼に学生達と一緒に見に行ってきた。去年は気づかなかったことを考えると、たぶん去年は中止だったのかな。かなり大きなお祭りのようで、参道にたくさんの屋台が並んでいた。世の感染状況はえらいことになっとるけど、ここは結構な人出で賑わっていた。

二月

なんとまぁ、今日からもう二月やないの。早いなぁ、やりたいことがたくさんあるのに困りますわ。さて、先週末は大阪の両親が京都に来てくれたので、市内で御墓参りをしたあと大原へ。久しぶりに三千院に立ち寄ったけど、やっぱりこのお寺の庭はいいねぇ。オフシーズンでマンボウということもあってか、人がほとんどいなくて静かで良かった。

修論発表会

今日はうちの研究科の修士論文発表会。なんで土曜日なん、と思いながらも自分は審査委員の一人として、朝から基礎医学記念講堂の歴史的な雰囲気のある階段教室で行われた発表会に参加してきた。今日発表していた大学院生達はみんな英語で堂々と発表していたし、うちの講座の二人は色々と研究テーマを変えていたのも知っているだけに、短い期間でよくここまでやったなぁと感心。うちの二人はどちらもこの修士過程のあと、海外の大学院のPhDへ進むことを目指していることもあり、英語での質疑応答も問題なくこなしていた。で、午後はちょっと時間ができたので、今週FACSのついでに解剖しておいた５０匹ほどの幼虫を６グループに分けて全部で１０の抗体を試す免疫染色を用意した。

大雪

昨日の朝の大雪は札幌を思い出すほどだった。京都でこんなに雪が積もるとは。今年は本当によく雪が降るねぇ。

10

週末からなんとなく体調が優れなかったので、ついにどこかで “Ο” を貰ってきたかと思ったけど、今日はだいぶ復調したので Ο ではなさそう。初詣とかすごい人出だったから予想されたこととは言え、やっぱり Ο の勢いは凄いですなぁ。

さて、昨日と今日の夕方、大相撲中継を見ながら全部で１０の掛け合わせを作ってスタートさせた。これだけの数のgenetic crossesを自分で作ったのは久しぶり。とりあえずフェノタイプを見てみたいという実験がいくつか。あと、今後の解析において必要不可欠になってくる系統がいくつかあるのだが、どうも学生達に任せていたらなかなか出来そうにない気がしたので、自分でもやることにした。まぁ、結構複雑なgenotypeなので、もしかしたら相性の悪いエレメントがあるのかも知れないけど、これはなんとしてでも乗り越えなければならないところ。

長命寺

日曜日、久しぶりに琵琶湖の向こうまでぶらりとドライブ。近江八幡の近く、湖岸の山腹にある長命寺という古い山寺へ行ってきた。湖岸から八百八段の長い石段を登りきると、立派な伽藍に所々まだ雪が積もっている静かな境内が広がっていた。登りが結構大変だっただけに、境内から望む琵琶湖の夕景の美しさが身に沁みた。ということで、今週もがんばっていきましょう。

snowy morning

昨晩はこちらでも結構降ったようで、朝起きるとかなり雪が積もっていた。

包埋２

昨日、再び岡崎の生理研へ一人で日帰り出張してきた。前回行ったのはちょうど２ヶ月ほど前。前回、SBF-SEM用の真っ黒な導電性樹脂に包埋したサンプルは、準超薄切片でサンプルの位置確認を行おうとしたものの、結局どういう向きでどこまで切っているのか正確に把握することが出来ずに断念。ということで、今回は普通の黄金色の透明な樹脂にサンプルの向きを確認しながら包埋したものをたくさん作ってきた。今回はサンプル数を多めに用意していたので、約半数のサンプルは、技官の H さんが前回と同じ導電性樹脂に包埋したものも作ってくれた。まぁこれだけあれば、何度か失敗することはあっても、目的の部分を狙った角度でスキャンすることができるのではないだろうか。今回のサンプルは全て野生型のものだけど、これがうまくいけば、今後変異を導入したものも解析できる道が開ける。

No way home

下の子の入試とその面接は昨日無事終了。まぁ、結果がどうなるかはもう祈るしかない。ということで、昨晩はプレッシャーから解放された子供と一緒に、スパイダーマン最新作のレイトショウを観に映画館へ行ってきた。自分にとって、ピーターパーカーはサムライミのトビーマグワイヤで、今のトムホランドのスパイダーマンはアベンジャーズ以外の作品は見ていなかったので、どんなもんだろうと思って行ったのだが、意外にもすごく楽しむことができた。エンターテイメントとしては最高。ネタバレになるから詳しくは言えないけど、自分も含め観客が大きな歓声を上げたサプライズが２度もあって、これは本当にエキサイトした。映画館であんな大きな歓声を上げたのは初めてかもしれない。そんなことで、朝起きてもなんだかその興奮が冷めやらず、今日は下の子と一緒に家でアンドリューガーフィールドのスパイダーマンを２作続けて鑑賞した。いやぁ、やっぱりスパイダーマンはイイねぇ。アクションは爽快だけど切ないストーリーが多いところにも惹かれるんよね。

FM1

月曜日に京都に戻ったばかりだけど、今週末にある下の子の入試の面接に自分も参加するために今晩また三島に帰ってきた。やはりこちらは京都より寒さがましだ。

さて、今朝は今年一発目のフライデーミーティング。次回のFACS解析の予定とか、scRNA-seqのデータ解析勉強会の予定とか、論文の追加データの予定とか、新年早々いろいろと話し合う案件は多い。新しい実験データとしては、ここ最近ロイがずっと取り組んでいたimaginal discのタイムラプス画像を見せてくれたのだけど、これが素晴らしかった。今まで見たかったものがちゃんと映っている。１２時間以上のライブイメージングで狙ったものを撮り続けるには、まだもっと改善すべき点があるけど、これはイケるという感覚があった。今開発中のgenetic systemと、このライブイメージングを組み合わせるとスゴイものが見えるはず。

仕事初め

今日が仕事初め。ということで昨日の晩、京都に帰ってきたのだけど、三島よりだいぶ気温が低くてびっくりした。岩倉はほんと寒い。で、今朝ラボに来てみると、自分のデスクは窓のすぐ横にあることもあってこれまためっちゃ寒い。なんか暖房壊れとるんとちゃうんかってゆうくらい寒い。ということで、デスクの足元に置けそうな電気ヒーターを探して速攻で注文した。去年もこんなに寒かったんだっけな。ともあれ、2022年の研究活動スタート。今日は早速いくつかの共同研究先とメールでやり取りした。

謹賀新年 2022

新年明けましておめでとうございます。今年もよろしくお願いします。

ということで、2022年。今年はまず自分の近しいところに何らかの転機が訪れて、それは自分にとっても大きな意味を持つことになるので臨機応変に対応していきたい。研究の方は、今追っているものについて、本当にできる限りの実験や解析を全てしていきたいと思う。そんなこと研究では当たり前と言えばそうなのだが、これほどまでに、ある現象の本質を知りたい、早く解明したい、と思っているのは久しぶりな気がする。とても楽しいのだけど、少しでも早く論文にしたいというもどかしさもある感じ。まぁ、焦らず着実にやれるだけのことをやってみたいと思う。今年一年でどこまで解明できるだろうか。

大晦日 2021

ということで２０２１年ももうすぐ終わり。今年も一年、結局なんやかんやでコロナが終わらなかったけど、今年の後半はおかげさまでいくつか他のラボとの共同研究が形になり始めたし、今月久しぶりに飛行機に乗って札幌へ行くこともできた。来年はもう国内も国外もほとんどの学会が現地開催で計画されているので、また出張していろんな人に会うことができ始めるだろうか。オンラインでのミーティングには慣れたし便利な面も多いのだけど、対面でセミナーを聞いたり共同研究先で一緒に実験をしたりという機会が最近少し戻ってきて、やっぱり自分には実際に人と会って交流するのが大切なんだなと実感した。ということで、来年もっとそういう機会が戻ってきて多くの人と交流して研究を進めることができればと思う。

それでは皆様、良いお年を！

蹴り納め

大晦日の午後。最近サッカーするのが好きになったという娘がクリスマスに新しいサッカーボールを買ったということで、近所の公園に行って子供達と久しぶりにボールを蹴ってきた。

Venom

昨日から冬休み、ということで久しぶりの三島。今日は下の子と一緒に映画館へ行って「Venom」を観てきた。いやぁぶっ飛んでるなぁーと思いながら観終わった時に、ふとアメリカでポスドクをしていた時の感覚を思い出した。そういや最後のシーンは、年明けに公開される「Spider-Man」への伏線なのかな。

twin peaks

昨日はまた朝からみんなで幼虫の解剖をして午後からFACS。FACSでmosaic cloneをソートしてscRNA-seqというイベントはとりあえず終わったので、次はFACSによるploidy解析法を確立するための実験。これに関してはこれまでにいろんな方と何度もやってきて、結局クリアーなploidyのピークが得られなかったのだけど、今回ついにコントロールのサンプルでシャープなピークを見ることができてちょっと感動した。今までプロテアーゼ処理とかDNA染色とか固定とかサンプル調整の各段階の条件を検討してきたけど、今回 J が見つけてきた方法でやると固定しなくてもクリアーなピークを得られることができそうだ。ということで、いよいよ年明けにこれまでずっと見たかったものが見える可能性が高まってきた。

White elephant

昨日はクリスマスイブということで、向かいのピーターのラボが企画してくれたクリスマスプレゼント交換パーティに参加。ピーターがアメリカ人ということもあって、プレゼント交換会はWhite elephant gift exchangeで盛り上がった。アメリカにいた時、ラボのクリスマスパーティでよくやっていたゲームだったし、用意してくれたドリンクもホットアップルサイダーとかエッグノッグとか、アメリカンなものでちょっと懐かしさを感じた。やっぱりクリスマスはなんだかうきうきするね。

First contact

おぉ、早くもクリスマスイブ。今日は朝にフライデーミーティングをした後、午後のジャーナルクラブは自分の発表の番だった。今回紹介したのは以下の論文で、少し前にTwitterで流れてきた下のムービー、microfluidic chipの中で再現されたmouse embryo（緑）とendothelial cells（橙）のファーストコンタクトが美しくて、ただそれを皆に見せたかったというのがこの論文にした理由。まぁそれにしても、このtrophoblastのinvasionとウチらが見ているtumor cell invasionは類似点が多い。

3D biomimetic platform reveals the first interactions of the embryo and the maternal blood vessels.  Developmental Cell, 56:3276-3287.e8.

３０匹

先月、生理研に行ってSBF-SEM用に樹脂包埋したwing discは、その後技官の方にサンプルの端から少しずつ削ってもらって、サンプルの向きや場所を確認するという作業を行なっていた。組織を少し削っては超薄切片の画像を送ってもらって、こちらはその画像を見てどこからスキャンを始めるかを考えるという手順を数週間繰り返していたのだけど、やはり組織切片像だけで微妙な向きや場所を見極めるのはかなり難しいという結論に至った。ということで今週もう一度、新たに幼虫を３０匹解剖して送付した。今回は、前回使った真っ黒な導電性樹脂だけでなく、普通の透明の樹脂にも包埋して試してみる予定。また年明けあたりに岡崎へ包埋しに行くことになるかな。

MALODELA

ヒトミワイナリー MALODELA 2020 白

こないだ滋賀の永源寺に行った時に、お寺の近くにあった地元ワイナリーに立ち寄って手に入れた白ワイン。ブドウは山形のデラウェア。オリを濾過していないにごりワインなんだそう。フルーティでまろやかでとても飲みやすい。２千円ちょい。

書評

今日が締め切りだった本の書評は、昨晩書き終えて今朝編集部に原稿を送った。少し前にこのブログでも紹介した新書「遺伝子命名物語」についての書評を掲載したいという某雑誌からの執筆依頼。本の書評を書くのは初めてだけど、本当に面白い本だったし、何より自分の話も取り上げてもらった本だし、ということで快諾したのだった。ショウジョウバエ研究者のメーリングリストでこの本を紹介したときは、ちゃんと丁寧な文章にしたのだけど、今回はかなりくだけた文体のエッセイみたいな文章にした。たまに読むネット上の書評で、大阪弁の話し言葉で本の紹介をしてくれる某先生の文章がとても読みやすいので、自分もそういう感じでいくかなと思って書いたらかなり書きやすかった。まぁ、ブログの文体と同じ感じかな。そんな訳で、結局編集部から言われていた２倍くらいの文字数になってしまったけど、担当の方からはすぐに返事が来て、すごく良い！ということだったので、とりあえずはゲラ刷りが来るのを待つ。

６７

昨晩、日付が変わるぎりぎりまでかかって昨日が締め切りだったシークレットミッション６７本をようやく完遂した。この分厚い電話帳みたいな２冊の全ページに目を通して１本ずつ全てにコメントを書いたなんて、ちょっと自分でもすごいと思う。昨日の朝の時点でまだ結構残っていたし、昨日は午前中に忘れていたミーティングがあったし、午後には一つ学位審査会にも出席しなければならなかったし、ということで大変な一日だった。頭を使いすぎたからか、今朝起きてもまだなんか頭が重い。まぁ少し達成感はあるのだけど、今週はまだもう一つ金曜日に執筆の締め切りがある。

小左衛門 ひやおろし

小左衛門　純米吟醸　ひやおろし

岐阜にある古い酒造、中島醸造の美山錦を使ったひやおろし。フルーティですっきりとしつつも、日を追うごとに少しずつコクも出てくる感じ。旨い。

ネオテニー！

昨日、Facebookで流れてきたニュースに驚愕した。そのニュースのタイトルは、「日本のウーパールーパー８９年ぶり発見。胆振の池、生殖能力備えた幼形成熟」。なんと！エゾサンショウウオのネオテニー個体がついに見つかったんだという。言葉を失った。まぁ、このニュースを見て驚愕したり感動したりする人はそれほど多くはないのだろうけど。。。

エゾサンショウウオのネオテニー個体群（幼生のまま変態せずに生殖をする、いわゆるヘテロクロニー）は、1924年に北海道の倶多楽湖で発見されたのだが、養殖魚が導入されたせいでその後絶滅してしまったのだ。自分が学生の時にお世話になった若原先生の研究室では、このエゾサンショウウオのネオテニーの仕組みを研究していた。そんな訳で、若原先生はじめ研究室のメンバーは皆、エゾサンショウウオのネオテニー個体群は倶多楽湖の他にも必ずどこかに棲息しているはずだと信じて、北海道のいろんな場所を探し回っていたのだ。そんなロマンを追う先生のもとで、学生達も皆同じようにロマンを感じていたのだと思う。あの頃、結局ネオテニー個体群を見つけることはできなかったものの、広い北海道のどこかに潜んでいるのではないかとその後もずっと思っていた。あれから十数年、それがついに見つかったのだ。ということで、これは本当にうれしいことなんだけど、こうなってくるとやっぱりこのネオテニー個体がどういう仕組みで幼形成熟しているのか、ちゃんと研究してみたくなるねぇ。

発表された論文はコチラ

Paedomorphosis in the Ezo salamander (Hynobius retardatus) rediscovered after almost 90 years. Zoological Letters, 7:14.

Although paedomorphosis is widespread across salamander families, only two species have ever been documented to exhibit paedomorphosis in Hynobiidae. One of these two exceptional species is Hynobius retardatus in which paedomorphosis was first reported in 1924, in specimens from Lake Kuttara in Hokkaido. This population became extinct after the last observation in 1932; since then, no paedomorphs of this species have been reported anywhere. Here, we report the rediscovery of paedomorphs of this species. Three paedomorph-like male salamanders were collected from a pond in the south Hokkaido in December 2020 and April 2021; in size, these specimens were similar to metamorphosed adults but they still displayed larval features such as external gills and a well-developed caudal fin. An artificial fertilization experiment demonstrated that they were sexually compatible with metamorphosed females, thus, confirming them to be paedomorphs. Future efforts to find additional paedomorphs in this and other populations are required to assess the prevalence of paedomorphosis in H. retardatus and to improve understanding of the ecology and evolution of paedomorphisis in Urodela.

札幌４日目

今日も昨日と同じ手順で、さらに多くの幼虫を解剖してAFM解析。１日目に条件検討を行なって、昨日２日目は実際に実験データがちゃんと取れたのだけど、３日目の今日はそれらを踏まえてさらに要領良くデータを取ることができた。ということで、この３日間で合計２４個のwing discそれぞれから４点、つまり全部で９６地点でのAFM計測データを得ることができたということになる。AFMに慣れているSI博士にとってもこれは初めての実験になる訳で、はっきり言ってここまできちんとデータを取れるとは思っていなかった。まぁこのデータを解析して、ポジティブなデータが得られるかどうかはこれからだけど、ともかく全ての計測をしてくれたSI博士、そして解剖の場所を提供してくれたNT博士にも感謝。久しぶりにいろんな人と会うこともできたし、コロナ後初の出張は本当に実りあるものになった。

札幌３日目

昨日までそれほど寒くもなかったのに、今日からいきなり冬モードに入った札幌。朝起きたら窓の外は真っ白だった。ということで雪の中、今日も朝から理学部へ行ってAFM解析。昨日一日でだいたいの要領は掴んだので、今日はしっかり取れたデータの数を増やすために、午前と午後に１ラウンドずつ、出来る限り多くのサンプルからデータを取った。夕方から、今日合流したSK博士、そして５号館で解剖の場所を提供してくれているNT博士、そして最終的にはSI博士も合流して、昔学生の頃に行ったことがある１８条の古い居酒屋で遅くまで話していた。

札幌２日目

今日は朝からSI博士のいる理学部２号館へ行って、まずは今回やる実験の打ち合わせ。昼は中央食堂でうどんを食べてから、Uさんに会うために北キャンパスまでぶらぶらと歩いた。Uさんのラボでは小一時間ほどお互いの近況を話し合ってから、構内循環バスで理学部に戻ってきていよいよ実験開始。ということで、まずは理学部５号館にいるTさんのラボで実体顕微鏡を借りて幼虫の解剖をして、解剖したimaginal discを持ってもう一度２号館へ戻って、SI博士と一緒に原子間力顕微鏡（AFM）を使った解析に挑んだ。AFM解析に慣れているSI博士とはいえ、ショウジョウバエの組織を解析するのは初めてということで、セッティングに少し時間がかかったけど、最終的にはなんとかそれっぽいデータが出始めた。AFMでは、肉眼で見えるか見えないかくらいの微細なレコード針みたいなカンチレバーを細胞の表面に接触させてその反応を記録する訳だが、そのカンチレバーの接触によってimaginal discが微妙に揺れてしまうことでデータにばらつきが出てしまうようだ。明日、さらにこの辺りを改善しながらデータを取ることができればと思う。

札幌１日目

今日から札幌出張。2018年から始まった共同研究による実験が、この２年ほどの間、コロナのせいでなかなかできていなかった。しかしこの共同研究のための研究費は今年が最終年度だし、そろそろコロナも収まりそうだし、ということで少し前から計画していた北大のSI博士の研究室での共同実験がようやく実現することになった。今日はとりあえず移動日。午後にラボを出て、札幌のホテルに辿り着いた頃にはもうすっかり暗くなっていた。札幌に来るのは京都に引っ越して以来だから、１年９ヶ月ぶりくらいか。まぁでも長く住んでいた街だから、久しぶりな感覚もあまりないくらい馴染みの風景。前に時々通っていた小さなジャズ喫茶で晩御飯を食べている時にようやく、あぁ懐かしいなぁと思った。

5/day

このところ、進んでやりたくはないけどやらなければいけない仕事がにわかに増えてきた。なんか年末が迫ってきた感じがあるね。一番大変なのは今年も与えられたシークレットミッション。全部で６７本もあるので１日に５本をこなすのが目標だけど、なかなか予定通りにはいかない。ということで、少しリフレッシュするために、今日の昼はカモカフェへ。

永源寺

土曜日、よく晴れていたので紅葉でも見に行こうかと思い立って滋賀の永源寺へ。境内の紅葉は評判通り素晴らしかった。この日はかなり人出が多かったのだけど、夕方の参道は何とも幽玄な雰囲気があって良かった。そして、帰り際に出店で食べた永源寺こんにゃくのみそ田楽がめっちゃ旨かったので、同じこんにゃくを一つ買って帰ってきた。

w1118

フライラボには必ずいる白眼の変異体 w[1118]。このmutant alleleの番号1118って何の数字だろうってなんとなくずっと疑問に思っていたけど、どうやら１１月１８日に発見された変異体だからということなんだそうな。今朝、何人かがこれについてツイートしているのを見て初めて知った。ということで、「Let’s celebrate w1118 day!」なんだってさ。

包埋

昨日は一日、岡崎の生理学研究所へ日帰り出張。名古屋の近くだし、まぁそんなに遠くもないよな、と思っていたけど、意外と名古屋からかかるし名古屋駅の辺りはすごい人だしでちょっと疲れた。生理研に到着後、サンプルの調整を進めてくれていた技官のお二人と色々相談した結果、やはり包埋作業は自分が行うことに。というのも、まずwing discのサイズがお二人が想像していたものより遥かに小さかったようで、かなり驚かれた。もちろん自分はこの小ささには慣れているし、以前にもwing discを電顕用に樹脂包埋したことがあるので、それほど難しくはないだろうと思っていたのだが、今回使うSBF-SEM用の包埋剤が真っ黒なペースト状のものであることを知って、自分もちょっとたじろいだ。ブロック染色を終えて真っ黒になった 0.5mm にも満たないような組織を、これまた真っ黒なクリームのような包埋剤に馴染ませてその中での組織の向きを調整するなんてちょっと不可能に思えたのだ。そんな訳で、今回は包埋剤の中でこねて馴染ませることは諦めて、とりあえず向きを確認しながら包埋剤に沈めるという作業を行なった。これならそこまで大変な作業ではなかったのだけど、そもそもここまでの染色の過程でwing discが体から外れてしまったものが多かったようで、今回準備した１０個体からきれいに取れたのは２つだけだった。まぁwild typeだから、もしもう一度やる必要が出てきたら次はもっとたくさん用意しましょう、ということになったので、またそのうちもう一度行くことになるかも知れない。

帰りがけに岡崎城を一目見て帰ろうと思って少し歩いたら、城のある公園に着いた頃にちょうど日が沈んで綺麗な夕景を見ることができた。

Scape

昨日の昼、久しぶりにカモカフェに行ったら、カフェの１階部分に新しいお店がオープンしていた。ガラスと植物のアートのような、珍しいけどなんだか落ち着いた感じのオシャレなものを売っているお店。カモカフェにいく楽しみがまたもう一つ増えるかも。

SBF-SEM

きっかけは忘れたのだけど、少し前に先端バイオイメージング支援で電子顕微鏡解析を一緒にやってもらえないかと思って、オンラインでプレコンサルティングをしてもらった結果、意外とあっさり支援してもらえることになった。Drosophila wing discで、うちらがinvasion hotspotと呼んでいる場所の組織構造が他の場所とどのように異なっているのかを見るために、Serial Block-Face Scanning Electron Microscopy（SBF-SEM）で細胞の構造を徹底解析するという内容。自分がまだ遺伝研にいた時にも全く同じことをしようと思ってサンプルの準備をしたのだが、その時は組織の形態保持がうまくいかず、北大への異動もあって長らく置いたままにしていた。でもやっぱりこの他とは構造が違っている場所がinvasion hotspotかも知れないということになってきて、やっぱりココの細胞の形態を詳しく見る必要が出てきたという訳。そんなことで明日、久しぶりに岡崎の生理学研究所へ行って、向こうのスタッフと一緒に樹脂包埋の作業をすることになった。こちらで日曜日の朝に解剖して電顕用の固定液に入れた状態でクール宅急便で送付したサンプルは、生理研の方でブロック染色〜樹脂浸透のプロセスを進めてくれている予定。

山猿

永山酒造 純米酒 山猿 ひやおろし

山口県、永山酒造のひやおろし。開栓直後はちょっと固いイメージを持ったけど、日を追うにつれてだんだんとまろやかさが出てきて、無くなる頃にはコクのある旨味が大好きになっていた。

Cycling 2

今日の午後もサイクリング。今日は富士山が綺麗に見えていて気持ちが良かった。明日は久しぶりに研究所を訪問する予定。

八王子神社

今週末は三島へ一時帰国。今日の午後は久しぶりに研究所の向こうまでサイクリング。こちらの方まで来るといつも立ち寄る田舎の神社でどんぐりを拾ったり、この辺りの変わらない風景はほっとする。

二尊院

文化の日。午後に少しラボでハエの様子を見てから、奥嵯峨をぶらぶらと散歩。初めて二尊院を参拝した。落ち着いた雰囲気の良いお寺。境内の上の方からは京都の街を一望できる。木々は結構色づき始めているけど、もみじの紅葉はまだこれからという感じ。

77700

あれよあれよと言う間に１１月。そして今日はついにscRNA-seqの本番。という訳で、朝フライルームに集まったのだが、どうも幼虫達の発生がいつもより少し早くてほとんどが既に蛹化し始めていた。慌ててみんなで取れそうなサンプル数を確認したところ、モザイククローン用に３０本用意したバイアルから取れたのは７０匹と少し。予定していた１５０匹の約半分になるけど、前回のシミュレーション結果に基づけば十分な細胞数が取れるはずと見込んで１０時半頃から５人で解剖をスタートした。なるべくロスのないようにということで解剖後も緊張の作業が続いたのだが、ほぼ予定通りの１５時頃にソーティングが終了。コントロールは５０万細胞、実験サンプルのGFP陽性モザイククローンは７万７千７百細胞回収できた。一つ問題が生じたのはChromiumでのシングルセル分画化のステップで、コントロールの細胞は綺麗にエマルジョン化されたのに、なぜかモザイククローンの方がうまくいかない。東大から来てくれたシーケンスチームの方によると、恐らくマイクロ流路のどこかで詰まっているのではないかということ。２回やってダメだったので、３度目はもう一度フィルターを通してからアプライしたらようやくエマルジョン化されたのだが、ここで１時間以上ロスしてしまい、この時点で時計は既に１７時をまわっていた。その後、RTをかけて１８時過ぎに今日の作業が終了。今頃サンプルは東大の方とともに新幹線で東京に向かっているはず。細胞の生存率を上げるためになるべく短時間でということを目指していたので、Chromiumのステップで予想外のトラブルがあったのは痛いところだが、ここは自分達ではシミュレーション出来なかった部分なので仕方がない。必要量の生細胞がちゃんとプロセスされていることを祈るのみ。

500000

今日は、来週月曜日に迫って来たscRNA-seqの最後の予行演習の日。FACSソートした後の細胞の液量を減らして濃縮するプロセスで、細胞がチューブの壁面にくっついたりして収量が激減してしまうという問題を解決するために、うちの培養細胞チームから教えてもらった細胞回収用チューブのBSAコーティングを導入して回収率を検討した。その結果、１００個のwing discから分離した細胞をFACSにかけてGFP陽性生細胞をソートしてくると、これまでに比べて大幅増量の、なんと５０万個も回収することができた。つまり、今まで相当数の細胞がチューブの壁にひっついて回収できていなかったことが分かる。で、その後に遠心をかけて細胞を濃縮してからもう一度FACSにかけてみると、今度は生細胞の数がかなり減ってしまったのだが、この時点で解剖してから６時間くらい経つし、２回ソーティングした結果ダメージを受けてかなりの細胞が死んだのだと思われる。まぁでもこれでついにプロトコールは固まったので、あとは本番、５人でどれだけ手際良くやれるかにかかっている。

基礎配属研究発表

今日は、医学部の基礎配属実習でうちに来ていた T の研究発表。今朝もう一度一緒に発表スライドのチェックをしてから、午後の発表に挑んだ。T はこの二ヶ月間の実習だけでなく、本人の希望で夏前からうちのラボに出入りしていて、研究生の R が大学院入試の準備で休んでいた一ヶ月間は R の代わりに論文に追加する予定の実験をしていた。そのようなこともあって、今日の発表は結構なボリュームになった。今回の実習のために思い付いたHypoxiaのミニプロジェクトも、なんかこれから発展しそうな実験データがいくつかあってなかなか面白い。T は、来月ある医学部の大事な試験が終わったらまたラボに戻って来たいということなので、またこの続きをできるだろう。

Benjamina Barok

オフィスのQOL向上のために、自分のデスクの後ろに観葉植物を導入。出町柳の園芸店で見つけてきた。ベンジャミナ・バロックという名前。葉っぱがくるっと巻いていてかわいい。

夕方もmeeting

ということでミーティングの後、お昼はちょっとカモカフェでゆっくり。で、夕方にまたみんなでセミナールームに集まって、来週月曜日にある学部生 T の研究発表の練習。これまたなんやかんやと盛り上がって結構長くやっていた。

3 hours

今日は毎週金曜恒例、FridayのFlyday Meeting。フライルームで朝１０時から３時間もディスカスしていた。チョークトークでの簡単なプログレスリポートなんだけど、学部生の T も含めると５人が発表するので結構長くなる。最近は、ラボメンバー全員が基本的に同じ現象を追っているので、それぞれの新しいデータに対する皆んなの議論が盛り上がって長引くという面もあるのかな。まぁ、もちろんこれは雰囲気として悪くない。どんどん面白くなってきている感触がある。

construct

なんか急に冬みたいになりましたなぁ。つい先週までまだ昼間は夏のような暑さだったのに。季節の変化が急すぎて体がついていっていない感じ。今週は、この夏からうちのラボに来始めている学部１年の学生にFly Geneticsのレクチャーをしたり、推薦書を書いたり、何やかんやとミーティングをしたりとかしているうちに時間が過ぎていってしまっている。のだが、今週からちょっと真剣に、新しいGenetic toolを作るためのDNAコンストラクトの設計に取り掛かる。

once more

そのようなことで、今日がscRNA-seq前の最後の予行演習かと思っていたのだが、細胞調整の最後のステップとしてFACSソートした後の細胞の液量を今の1/100くらいまで減らさなければいけないことに気が付いた。もちろん遠心して濃縮すれば良いのだが、以前の経験から、その過程で細胞がチューブの壁面にくっついてしまったりして収量がかなり落ちてしまうことが分かっている。なので、やはりチューブ類に細胞がくっつかないような何らかのコーティングをして、それを使って遠心濃縮した時にちゃんと細胞が残っているかを確認する必要が出てきた。ということで、来週か再来週にもう一度最終予行演習をすることになりそう。。。まぁ一発勝負なので、念には念を入れて準備するに越したことはない。

140000

今日は、１１月１日に予定しているscRNA-seqサンプル調整の本番前最後のシミュレーション。メインの実験サンプルは、５人で１５０匹の幼虫を解剖して３００個のmosaic wing discから細胞を取ってきた。FACSでソートして最終的に取ってくることが出来た目的のGFP陽性細胞は、全部で約１４万細胞。ようやくここまで辿り着いたなぁという感じ。あと本番に向けてやることは、ヘルシーなバージンをたくさん集めて掛け合わせるだけか。

wing imaginal disc

wing imaginal disc。この一つ一つの細胞のトランスクリプトーム解析をするっていうんやから、すごいもんやよねぇ。

simulation

今年度が最後になる新学術領域の先進ゲノム支援でsingle-cell RNA-seqをやってもらえることになったので、この３ヶ月ほどの間、そのためのサンプル調整のシミュレーションを続けている。Drosophilaだとembryoとかbrainとかimaginal discとか、wild type tissueのsingle-cell transcriptomicsというのは増えてきたけど、mosaic mutant cloneに対するものはまだそれほど多くはない印象。まぁ、ショウジョウバエは組織自体がとても小さくて、その中のモザイククローンとなると細胞数がかなり少なくなってしまうから、必要な数の目的の生細胞を取ってくるのはなかなか難しいということになる。3rd instar larvaeのwing discの細胞数は約５万と言われている。前回は８０匹の幼虫、つまり１６０個のwing discから細胞を分離して、FACSでGFP陽性細胞をソートしたところ、約４万個の細胞を収集することができた。この４万個がFACSにかけた細胞のうち約７％だった、ということは全部で約５７万細胞があったということになる。計算上５万 x １６０disc ＝ ８００万細胞あったはずだけど、組織から細胞を分離してくるプロセスでその９割以上をロスしてしまっているということか。ともあれ、ウチで見ているtumor cloneは、組織内の場所によってphenotypeに随分違いがあって、各々のphenotypeを示すクローン特異的に発現している遺伝子もいくつか同定しているので、scRNA-seqをした時にどのクラスターがどのphenotypeのクローンかということを同定できるだろうと見ている。

今日、東大のシーケンスチームと相談して、我々が準備する細胞をscRNA-seq用の処理をするために、わざわざ向こうから京都へ来てくれることになった。本番は１１月１日の予定。

宮の雪 ひやおろし

宮崎本店 宮の雪 ひやおろし 特別純米酒

さて、いよいよひやおろしの季節。「ひやおろし」というのは、冬から春先にかけて搾った酒に一度火入れし、ひと夏の間蔵で熟成してから秋口に蔵出しされるお酒。秋の深まりとともに瓶の中で熟成が進み、次第に味わいも深まっていくのだとか。ということで、まずは三重県四日市にある古い酒造のひやおろし。宮とは伊勢神宮のことらしい。まろやか且つすっきりとした酸味で飲みやすい上品な味わい。