TAGC2016開幕

TAGC2016 が本日いよいよ開幕。今晩はまず、Opening General Session、そしてポスター会場でのOpening Mixer。ミキサーでは早くもいろんな人に会うことができた。今回はDrosophilaだけではないので、結構意外な人に会うことができるようだ。

会場前夜

会場の Orlando World Center Marriott はディズニーワールドのすぐ近くにある超巨大リゾートホテル。いよいよ明日からここで TAGC2016 が始まる。

Orlando到着

午前中にTallahasseeを出発して、フロリダ半島を南下。途中、ランチのためにGainesvilleで休憩してから一気にOrlandoまで。ホテルを探したりレンタカーを返しに行ったりして、結局ホテルに落ち着いたころには夕方になっていた。

WM lab

今日は朝から一日、WMのラボを訪問。ひとしきりWMと話した後、ラボにいるみんなを呼ぶから何かセミナーしないかと言われて、急遽Kと二人で最近の仕事内容をプレゼン。その後も、大学院生一人一人から研究内容を聞かせてもらいながら一日中ディスカッションしていた。ここに来るといまだに日常に帰ってきたような感じがする。
ということで、今日でTallahasseeでのミッションは完了。明日は車で次の目的地、Orlandoへ向かう。

Zipline

今日も暑い日だったけど、昼前からKと二人でTallahassee Museumの"Tree to Tree Adventures"を体験してきた。ジャングルのような森の中で、木から木へとジップラインで飛び回る。一番長い２時間半ほどのコース。とても楽しかったけど、暑いのもあって結構疲れた。

Wakulla Springs

超暑い日。久しぶりのWakulla Springs。幸運にもマナティーの親子を見ることができた。

Tallahassee到着

昨晩、Tallahasseeに無事到着。Kとインドカレーを食べてから、Publixで買って来たSweetWater IPAで乾杯して就寝。結構疲れてたから、まぁまぁしっかり眠ることができたかな。ホテルの窓から差し込む朝日が眩しい。さぁ、今日はKT博士のラボで一日ブレインストーミング。

アトランタ

いまやっとアトランタでトランジット中。ここの入国審査から乗り継ぎの流れはいつも混んでいて時間がかかるし疲れる。今回もパスポートのHビザを見つけた入国審査官に危うく捕まりそうになったけど、なんとか言いくるめて納得してもらった感じ。ユーはTallahasseeに何しに行くの？と聞かれて、当然のように、FSUで共同研究の打ち合わせをしに、なんて言ってしまったもんだから、今回の訪問が以前のHビザと関係ないことを説得するのが大変だった。「I don't believe it...」とか何回も言われて結構焦った。まぁでもなんとかくぐり抜けて、いまデルタのラウンジ。ここのラウンジは初めて入ってみたけど、なかなか落ち着ける。

Polyploidy Workshop

来週１３日からOrlandoで開催される「The Allied Genetics 2016」では、４日目土曜日のワークショップ「Genetic and Genomic Models of Polyploidy」で発表します。Polyploidyのワークショップって初めてやけど、オモシロそうやん。

Genetic and Genomic Models of Polyploidy

July 16th, 4:00-6:00 PM, Crystal Ballroom A-B

Ben Stormo (Don Fox’s Lab) Duke University Medical Center

SIRS: A mechanism for separating polytene chromosomes

Eduardo Orias, PhD, University of California-Santa Barbara

Programmed polyploidy in a naturally non-mitotically dividing somatic nucleus

Neil Umbreit (David Pellman Lab) HHMI/Dana Farber Cancer Institute

Mechanisms and genomic consequences of chromosome bridge breakage

Hung-Ji Tsai, PhD (Rong Li’s Lab) Johns Hopkins School of Medicine

Fitness landscape driven by the interaction between gene mutation and aneuploidy

Judith Berman, PhD , Tel Aviv University

Polyploidy and aneuploidy in drug resistance

Andrew Duncan, PhD, University of Pittsburgh

Polyploidy drives selection of disease-resistant aneuploidy in the regenerating mouse liver

Bernhard Kuhn, MD, University of Pittsburgh

Polyploidy and binucleated cells in the heart during development and regeneration

Yoichiro Tamori, PhD, National Institute of Genetics, Mishima Japan

Mechanical stretch-induced polyploidization in compensatory cellular hypertrophy

フロリダへ

今週はちょっとゆっくり出張の準備できるかなとか思っていたけど、結局なんやかんやでえらい忙しかった。何をしていたんだろうかという感じだけども、とりあえず予定していたことは今晩で全てやり終えたはず。ということで、明日フロリダ行きの飛行機に乗る。はじめの５日間はホームタウンのTallahasseeに滞在して、FSUでいくつかの共同研究案件の打ち合わせ。その後、Orlandoに移動して５日間の「The Allied Genetics 2016」に参加する。帰国予定は１９日なので、１２日間の結構長い出張予定。まずは１年ぶりのTallahasseeから。

request from M

モハメドから久しぶりにメールが来て、WMラボでやっていたRNAi screeningのコンフォーカルデータがあれば欲しいと言う。彼は当時大学院生で、そういえば一時期自分が指導していたことを思い出した。確かアンダーグラジュエイトのアリスンにやってもらっていたRNAi screeningを、彼もある時期から一緒にやるようになったんだと記憶している。このブログを見直してみたら、彼がマスターを取得してトルコに帰国したのはちょうど３年前。で、なんでいまさらあの当時のスクリーニングデータかというと、とあるトルコでの学会で何かを発表したいんだと。このRNAi screeningのデータからパブリッシュされたものはまだないはずだから、どうなのかなと思ってWMに連絡したら、まぁ実際の遺伝子の名前とかを出さないならエエんとちゃうの、と。ということでそのデータを見直していたのだが、やっぱりこのスクリーニングでヒットした幾つかの遺伝子は妙に似たようなものが当たってきていて興味深い。真剣に考えてみてもいいのかも。

梅雨明け？

なんかもう梅雨明けたんとちゃうの？っていう感じやよね。

With Editor

ちょうど二週間前に再投稿した論文のステータスが、「With Editor」のまま動かない。2nd revisionでレビュワーに送るまで二週間もかかるってなんか変やんねぇ。何してるんかなぁ、聞いてみよかなぁ。

ポスター交流会

昨晩、研究所のポスター交流会が大盛況のうちに無事終了。ここ数週間、I助教とKさんと三人で走り回って準備してきた甲斐あって、なかなか良いパーティになったのではないかと思う。今回は我々のプロモーション戦略が結構うまくいったのか、所内の多くの方々から寄付金をいただくことができたので、提供する料理や飲み物も結構満足してもらえた様子。今回、つい最近研究所の真ん前に開店したパン屋さんとの企画で、ダウンタウンにあるワインバーとのコラボレーションによるパンとフランス料理のマリアージュを演出してもらったのだが、これがどれも美味しくて、視覚的にもなかなかオシャレで素晴らしかった。少なくとも自分がこの研究所に来てから所全体のパーティでこのようなものは初めてだったし、皆さんの反応も上々だった。もちろんたくさんのポスターを前にサイエンスも大いに盛り上がっていたようで、オーガナイザーとしてやりがいあったなと思う。

終了後は、オーガナイザーと今回ヘルプをいただいた数名で、いつものヒノヤへ。この一週間のうちに二つのパーティをオーガナイズして、だいぶ忙しかったし実際結構疲れたけど、まぁこれでひと段落。少しの間、腰を落ち着けて来週木曜からのフロリダ出張の準備をしよう。

いよいよ3rd

今朝はラボミーティング。自分の番だったので、ゴルゴスクリーニングの進捗状況を少し。ちょうど２ヶ月前のミーティングでは、これの1st screeningの結果について話していて、今回は2nd screeningの結果報告。2nd screeningでは、1st screeningで当たってきた約５０ラインほどを、1st screeningのドライバーラインとはちょっとだけgenetic backgroundが異なるものと掛け合わせてスクリーン。で、その結果、約１０ラインに絞られた。絞られた、と言ってもクリアーなフェノタイプが出ているものはあまりなくて、ほとんどは微妙な感じ。本当にこの中にゴルゴがいるんだろうか。。。ということで、いよいよ3rd screeningに入っていく訳だけども、この最終段階ではadult phenotypeだけではなくて、実際にimaginal discでのphenotypeを見ていく予定。これまた２ヶ月後には結果が出ているかなー。

Intense Morphome

日曜日、記念すべき第一回目の「Morphomeostasis Meeting」をココで開催した。そういえば去年の９月にCDBを訪れた時に、IH博士とSKY博士と三人で Morphomeostasis Meeting を掲げた会議をしたのだが、あれは試験的第０回ということになる。今回はここ、三島に５人の研究者が遠くから集まってくれた。昼の１時に自分のトークでスタートして一人５０分、途中コーヒーブレイクを挟んで６時半終了というプログラムだったのだが、やはりというべきか、結局熱くディスカスしながらのトークは皆１時間を超える展開で、最後まで全く休憩なしでようやく終了したのは７時過ぎ。そこから遺伝研坂下のバルへ場所を移して、飲み食いしながら１２時まで盛り上がっていた。で、その後みんなでぶらぶらと研究所の宿泊施設まで歩いて帰る途中、コンビニでビールを調達し、結局宿泊施設の食堂で２時半まで飲んでいた。そらまぁ疲れたのだけど、今までにないような楽しさと激しさのあるミーティングだった。皆ちょうど同じようなキャリアのステージにいて、なんとなく似たようなものを見ながら情熱を注ぎ込んでいる研究者なのだから、楽しく激しくなるのは当然なのだが、改めてみんなオモシロイ友達だなと実感。今後もなるべく毎年やりましょうやということで、来年は仙台での開催が決定した。

Morphomeostasis Meeting

今日、ついに正式な「The 1st Morphomeostasis Meeting」をココで開催。そろそろスピーカーの皆さんが到着する頃かな。

Organizing Poster Workshop

一週間後、来週の金曜日に所内ポスター交流会というのがあって、実は今回 I助教とポスドクの Kさんと三人でそのオーガナイザーをしている。この交流会は、形式上有志の活動による非公式行事として行われるため、運営は全て寄付金のみで賄われることになる。ということで、準備で一番大事なのは、会で提供する約百人分の飲食代を賄うための寄付金をどれだけ所内で集められるかということになるのである。そんなこともあって今日の午後、三人で所内すべてのラボを一つ一つ訪問する寄付金お願い行脚を敢行。６つの研究棟に全部で３０以上のラボがあるので、すべて回るのは結構時間がかかったしだいぶ疲れたけど、その甲斐あって例年にない額の寄付金を集めることができた。いろんな人に挨拶できてなかなか楽しかったし。あとは来週、飲み物と食べ物の調達をしないといけないのだが、まぁでもこれで準備の大きな山は越えた感じ。

mountain biking

最近、下の子がマウンテンバイクに乗れるようになった。自分で自転車に乗って走れるのが楽しくて仕方ないようで、このところ休みの日になると二人でマウンテンバイクに乗ってサイクリングに出かける。この近辺は山に囲まれているので、そのへんの道を走るとそこかしこに森の中へと伸びているトレイルの入り口が見つかる。どれもマウンテンバイキングに良さそうな道ばかりで、スマホのGPSを頼りに森の中の道を探しながら走る。茂みに行く手を阻まれて行き止まりになってしまうこともあるけど、たいがいは山道を登って森を抜けて畑の間を突っ切って向こう側の町まで続いている。自分も子供の時からずっとマウンテンバイクが好きだったけど、こんなナイスなトレイルを走る機会なんてそうそうなかったので、これはなかなか楽しい。そんなことで、今日の夕方もまた走ってきた。

3rd submission

論文サブミット完了。エディターは、さらにもう一度レビュワーに回すと言ってるので、まぁまた数週間待つことになるんだろう。もしかしたら、来月のアメリカ出張のあたりで返ってくることになるかな。今回のリビジョンで、自分の中ではこの論文の内容に関してほぼ納得するところまできた。論文のストーリーもしっかり完結させることができた感じがする。当然、今回この論文で報告する現象に関してはまだまだ多くの謎が残っているんだけども、それらはこれからの課題。と言ってもまぁ、エディターとレビュワーの皆さんが納得してくれるかどうかだけど。

８割

Molecular Probes（Thermo Fisher）の Alexa Fluor 546 goat anti-rabbit IgG、Catalog#: A-11035。内容量は 0.5 ml なんだけども、最近うちに来た２本はどちらも 0.4 ml くらいしか入っていなかった。ディーラーに調べてもらったところ、いま出回っている Lot#: 1697167 のものは出荷時から少し内容量が少ない可能性があるみたいですよ。結構高価な試薬なんやから、きっちり入れといて欲しいよね。若干の誤差はあるとしても、８割はちょっとあかんなぁ。

後半戦

雨が降ったり止んだり、じめじめしてすっかり梅雨らしくなってきた。でもやっぱり田んぼのカエルたちはこの時期が一番うれしいのか、夜になるとこの近辺はカエルの大合唱でものすごいことになっている。さて、一週間先伸ばしにしてもらった論文再投稿の締め切りは来週の月曜。ということで、改訂作業はほぼ終了。今日カバーレターを書いて、週末に投稿する予定。エディターから要求されたことには全て応えることができたけど、問題はなんやかんやと難しいコメントをしてくれているレビュワー３への対応。リバトルレターにかなりモリモリと説明を書いたのだけど、さぁどうなることやら。そんなことをしている間にもう６月も後半戦か。

Orlando

長いこと自分のホームだったフロリダでえらいことが起こったようだ。オーランドは何回も行ったことがある町だけど、外から見る今となってはこういう事件のニュースを見るたびに、なんて危険な国なんだろうと思う。アメリカに住んでいた９年の間にも、銃乱射による無差別殺人事件は幾度となくニュースで見てきたけど、不思議なことにそういう事件を見聞きして覚える恐怖はむしろ今のほうが大きい気がする。思い出してみると、普段行くようなスーパーマーケットでもでかいライフルとかショットガンが売っていたし、住んでいた家の近所でも銃声はよく聞こえていたし、人種差別もあったし、こういうことが起こりうるというのをもっと肌で感じていたからこそ、現実的な部分も見えていたからなのか。そういえば、寝ているときに銃を持った強盗が家に入ってくるという夢を見て飛び起きることが時々あったことを思い出した。いつも夜遅くまでいた大学の研究棟とか、よく行くショッピングモールとかで、万が一こういう事件が発生したらどこに隠れてどこから逃げようとかいうことを時々考えていたことも思い出した。もしかしたら自分の身の回りでも起こるかもしれないということを常に頭の片隅に置きつつ、日本に暮らす今にはないちょっとした緊張感を持って生活していたのだろう。それでも実際に命の危険を感じたようなことはほとんどなかったから、想像だけで変に自分の恐怖感を煽ることもなかったのかな。実は今から約一ヶ月後に、学会でオーランドに滞在する予定なのだが、このニュースを見て少し気が滅入った。あまりにもひどすぎる。

adherens

adherens junction の アドヒアランス って「adherence」じゃなくて「adherens」やねんね。今回レビュワーに指摘されて初めて気付いたかも。そう言われてみれば確かに、junction のときは s のほうが見覚えがある気がするな。

熱

昨晩、なんだか頭が痛いなと思っていたら、急に悪寒に襲われて発熱。喉や鼻の症状は全くないけど、風邪なのかな。今日もなんだか熱っぽいので一日家でゆっくりしていたらだいぶましになってきた。論文再投稿の締め切りは明後日の月曜日に設定されていたのだけど、少し時間が足りないと思ったので、昨晩悪寒に襲われながらもエディターに、due dateを一週間先に延ばしてねっていうお手紙を書いた。Figureの改訂はすでに終わったので、あとはもう少し文章を付け足して、リバトルレターを書くだけなんだけど。

鶴岡

山形の鶴岡に行ってきた。今回は慶應の鶴岡キャンパスで大学院生向けの特別講義。湘南藤沢キャンパスともテレビ中継が繋がっていて、聴講する学生さんの数は結構多かったし、ああいう大学らしい雰囲気の講義は久しぶりだったので新鮮な気分でやれた。質疑応答タイムでは予想以上にたくさんの質問が出ていたのを見ると、まぁまぁ楽しんでもらえたのかなと思う。かなり鋭い質問が多くてうれしかった。で、夜は今回何から何までお世話していただいたK先生に連れて行ってもらった地元の居酒屋で、山形の美味しい料理と旨い酒の数々を堪能させてもらった。「おいしい庄内空港」というだけのことはあるやん。

それにしてもこの鶴岡キャンパスはすごかった。施設や機器の充実ぶりだけじゃなくて、研究者のことをよく考えた造りとか、地域とともに発展する志とか、そのコンセプトに感動した。またそのうち訪れる機会があるかな。

smapho

一ヶ月ほど前についにガラケーからスマホに乗り換えたのだが、この一ヶ月の間いろんなアプリを試してみてようやく使い方に慣れてきた。通勤は自転車だし、普段パソコンに向かっている時間が長いのでスマホを持つ必要性はほとんど感じていなかったのだけど、手元にあるとついつい使ってしまう。たしかにこれはaddictive。写真もまぁまぁキレイに撮れるやん。ということで、写真は毎日行き帰りに見ている風景。田植えが終わって、ついに梅雨の季節になりましたね。

で、明日は特別講義をしに、山形の慶應鶴岡キャンパスへ向かう。やっぱり出張に出るときは、スマホあると便利よね。

quantification night

今晩はひたすら細胞を数えてみる。

運動会２

今日は快晴の空の下、上の子の小学校の運動会。運動会って昔は１０月だったけど、最近はほとんどの学校がこの時期にするらしい。４月からの準備期間が短いからか、６年生以外は学年全体での演技みたいなのはなくてほとんどのプログラムは競技なんだけど、それでもやっぱりこの雰囲気は昔から変わらない。高学年のクラス対抗リレーとか結構迫力あって応援にも熱が入る。自分が子供の頃のことを色々と思い出して懐かしい気分になるね。

４色

いつの間にかもう６月。カレンダーを見ると、６月と７月はイベントが目白押し。ちょっと気合入れていかなあきません。まずは来週末までに論文の再改訂を終わらさなければいけないので、この３日間は毎晩夜遅くまでコンフォーカル大会。この研究所に来てからメインで使っているOlympus FV1200には635nmのレーザーが載っていなかったので、ここでは四重染色はしてなかったのだけど、出していた希望が昨年度末に通って先週ようやくレーザーが増設された。ということで、今回初めてFV1200で四重染色のイメージングをしているのだが、どうも思っていたようにはいかないことが出てきた。なんやかんやと使い勝手に問題があるのだが、一番の問題は４色でZ-stackのスキャンをするときにbrightness compensationができないこと。色々いじってみたけど結局やり方が分からなかったので電話で聞いてみたら、４色の場合、virtual channelで４色を２つのphaseに割り当てる必要があるのだが、そうするとbrightness compensationは１つのphaseにしか適用できないので４色同時にはできませんとの回答。うーむ、まぁできないなら仕方ないやん、ということで結局Z-stackは今まで通り３色で。ともあれ、画像データは今晩でほぼ取り終われそうかな。あとはいくつかのquantificationと文章の改訂。

何か

この二週間で論文の再改訂用に作った実験サンプルは、全部で２０種類。染色は明日で全て完了予定。ということで、水曜日から三日間の午後全てコンフォーカルの予約を入れた。幾つかのサンプルは、今日すでにMさんがマウンティングをしてくれたので、どんな具合かナイコンでチェックしてみたのだが、一つの実験ではかなりクリアーなフェノタイプが出ているように見える。何種類か別のサンプルで同じようなフェノタイプが出ていたので、まず間違いなく何かが起こっているのは確か。実際に何が起こっているのか、予想通りのことが起こっているのかどうかについては、コンフォーカルのz-stackで見てみないとなんとも言えないけど。まぁこれは投稿前から結構気になっていたところで、いずれはちゃんと見ないといかんとは思っていたのだけど、こんなにはっきりと何かが起こるとは意外だった。

千本浜

今日は午後から車で３０分ほどのところにある沼津の千本松原のビーチへ行ってきた。さすがにまだ海には入れないだろうと思って浜で遊んでいたのだが、いつの間にか下の子は服のまま波の中へ。海の中に入っている人は他には誰もいなかったけど、そういえばこのフロリディアンはよちよち歩きの頃から波打ち際で走り回っていたことを思い出した。

田植え

近所の田んぼで田植えが始まった。夜になるとカエルの大合唱がすごい。そろそろ夏やねぇ。

運動会１

昨日は下の子の小学校の運動会。ちょっと曇り気味で涼しかったから炎天下よりはましだったかもしれないけど、それでも朝から一日中外にいるとけっこう疲れるもんだ。まぁ子供達は元気いっぱいだけど。来週の土曜日は上の子の運動会。

再改訂について

今朝はラボミーティング。自分のターンだったので、現在投稿中のTHS論文の内容のおさらいとセカンドリビジョンの内容について話して、自分の考え方も再確認。で、再改訂版投稿までに残された時間は早くもあと二週間半ほどになっている。ということで今週は、追加実験のために準備した幼虫達の解剖をテクのお二人がせっせと進めてくれている。来週コンフォーカルで再来週ライティングという感じになるかな。

大学院説明会

今日は昼から大学院説明会。研究室紹介のパネル展示で話を聞きに来てくれたのはたったの３人だったけど、今年は全体の参加者数自体ちょっと少なかったな。わざわざ土曜日にたくさんの教員が出てきている訳なんやから、もうちょっと参加者を集める努力をしたほうがええのんとちゃいますかね。まぁなかなか難しいのは分かるけど。
でもそんな中で、まだ２年生だという熱心な学生さんがパネル展示の後の研究室訪問に参加してくれたので、オフィスで色々と話した。最近は細胞競合のことを知っているとか、聞いたことがあるとかいう学生さんが増えてきたなという実感がある。

また健康診断

今日の朝は健康診断。特殊健康診断のほうは年に２回あるから、またかという感じだけど、今日のは一般のほうも一緒だから血液検査以外にレントゲンもあって、また１年ぶりにバリウムを飲んできた。気持ち悪いものをいっぱい飲まされて体をグルグル回されて、というあれはほんまに苦手。いまだに気持ち悪い。。。

で、明日の土曜日は研究所の大学院説明会。うちに興味のある学生さん来てくれるかなぁ。

Hh→JNK

昨日の合同ジャーナルクラブは自分の発表の番。ということで、最近Dr. TXラボからeLifeに報告された以下の論文を紹介してきた。

Localized JNK signaling regulates organ size during development.  eLife 2016;5:e11491.

A fundamental question of biology is what determines organ size. Despite demonstrations that factors within organs determine their sizes, intrinsic size control mechanisms remain elusive. Here we show that Drosophila wing size is regulated by JNK signaling during development. JNK is active in a stripe along the center of developing wings, and modulating JNK signaling within this stripe changes organ size. This JNK stripe influences proliferation in a non-canonical, Jun-independent manner by inhibiting the Hippo pathway. Localized JNK activity is established by Hedgehog signaling, where Ci elevates dTRAF1 expression. As the dTRAF1 homolog, TRAF4, is amplified in numerous cancers, these findings provide a new mechanism for how the Hedgehog pathway could contribute to tumorigenesis, and, more importantly, provides a new strategy for cancer therapies. Finally, modulation of JNK signaling centers in developing antennae and legs changes their sizes, suggesting a more generalizable role for JNK signaling in developmental organ size control.

さて、イマジナルディスクでJNK activationを観察したことがある人は、まずFig. 1で示されているendogenous pJNKのパターンを見て驚くだろう。wing pouchのA/P boundaryあたりにストライプ状のパターンとして検出されている。自分も今までよくanti-pJNKとかpuc-lacZを使って、wing discでのJNK activationを見てきたけど、こんなパターンを観察したことはない。ちなみに彼らが使っているのは以下の抗体。Promegaのは自分も使ったことがあるけど、この論文でメインで使用しているCalbiochemのやつは使ったことない。

Rabbit PhosphoDetect anti-SAPK/JNK (pThr183, pTyr185) (1:100, Calbiochem, immunogenic sequence is 100% identical to D. melanogaster bsk/JNK)

Rabbit anti-ACTIVE JNK (1:100, Promega, immunogenic sequence is 100% identical to D. melanogaster bsk/JNK)

ともあれ話の本筋は、このlocalized JNK activationが、そのdownstreamでJunではなくJubを介してYki activityを制御することによって、発生中のimaginal discのtissue size regulationに関わっているという内容。で、このpJNKのパターンがptcのexpression patternに似ていることからも想像できるように、upsteamではHh signalingがTRAF1を介してJNK activityを制御していることが示されている。これらのsignaling pathwayを説明する一連のgenetic experimentsにおけるphenotypeはクリアーなのだが、いろんな疑問が生じてくることも確か。例えば、このJNK→Jub→Ykiという所謂non-canonical JNK signalingによってsize controlが行われているのだけど、なぜここでAP-1のほうのcanonical signalingは反応しないのだろうか？とか、Hh→Ci→TRAF1によるJNK activationはなぜwing pouchに限定されるのだろうか？とか。

このCalbiochemのanti-pJNK、注文して使ってみるかな。

金曜夜の作戦会議

金曜の夜、フロリダのWMとスカイプでいろいろと作戦会議をした。まぁ、論文の改訂に関しては二人とも大体考えていることは同じだし、もう一度レビュワーに回るので慎重かつ丁寧にやらなければいけないのは当然だけども、それほど心配することはないよねという感じ。同時に投稿したDr. TSのほうの論文も2nd revisionということなので、"We are still in sinc"。back-to-backで出せれば、やはりお互いの論文に良い効果があるんじゃないかと思う。他の重要な話題は、いくつか共同研究の形になりつつあるプロジェクトについて、お互いのラボの進捗状況。７月にオーランドで開催されるTAGCの直前に、タラハシーに滞在してKT博士のとことWMのとこを訪問することになったので、その時にデータを持って行ってもっとディスカスしようぜという話。そういや最近ウチで始めたgenetic screeningの一つで当たりが出たんだけども、そのことを話していたら、WMのとこで違うアプローチでやっていたスクリーニングで出た当たりと見事に一致していたので二人で歓声を上げてしまった。まぁこれが重要な発見につながるかどうかはちょっと分からんけど、違うアプローチで当たりが一致するとエエよね。

RNA extraction 二日目

今日も昼から４人で１５０匹のオバリーダイセクション。今日のがコントロールでプロセスは昨日と同じだったのだけど、RNAは昨日より少し多めに取れた。プロトコールに若干改良の余地がある気がするけど、まぁそれなりに取れているので一ヶ月後にもう１シリーズ同じコンディションで取る予定。この実験はもっと早くに取りかかりたかったのだけど、まぁ手が増えないと出来ないということもあったし、ようやく動き始めることができたことを良しとしよう。ここから出てくる結果は重要なものになるはずだから、まずは着実に進めることが大事。

2nd revisionへ

昨晩、ついにエディターから懸案の論文に対する返事とレビュワーズコメントが送られてきた。レビュワー３人中２人はとっても気に入ってくれたみたいで、マイナーコメントのみでアクセプト。なのだが、残る一人 Reviewer #3 はまだ「Unfortunately, I am still not convinced.」なんだと。うーむ、やっぱりなかなかタフな戦いやなぁ。まぁでもお手紙を読む限り、エディターはかなりポジティブな感じがする。そもそもエディターはこの Reviewer #3 のコメントに関して何も言及していない。ようやく遠くにゴールが見えてきた感じ。
ともあれ、次の再投稿までに与えられた期限は一ヶ月。とりあえずいくつか実験をするつもりなので、明日からまたハエの準備せなあきません。

RNA extraction 一日目

今日は昼からウチのメンバー４人総掛かりでオバリー解剖大会。約１５０匹くらいのオバリーを集めて、それらからfollicle cellsを分離回収してRNA抽出した。ここに来てからこの作業をしたのは初めてだったので色々と上手くいくか不安だったのだが、意外とRNAはキレイにそれなりの量が取れていた。回収後のegg chamberを顕微鏡でチェックしてみたら、意外とまだ結構follicleが残っているegg chamberもあったけど、よく見るとぼろぼろと剥がれ落ちてる感じだった。まぁ、今回の目的には１５０くらいでいけそうかな、という感触。明日もう一度別の実験群に同じ作業をする予定。

３本

連休後半に書いていた報告書３本、全部昨日が締め切りだったので一応提出完了。どうも札幌で風邪をひいてしまったようで、いまだにちょっと体調がすぐれないのだけど、そろそろ予定していた実験に取りかからないといかん。

そういや、札幌にいる間に一度エディターからメールがあって、レビュワーからのコメントは全て返ってきたので、あとはアカデミックエディターのコメント待ちよ、って言ってたのにその後いまだに連絡が来ないのはなんでなんだろうか。まぁ今週あたり来るんだろうけど。。。

Yラボアポなし訪問

で、札幌での三日目、月曜日は飛行機が夕方だったのだけど、この日は何の予定も入っていなかったので、一人でぷらぷらと北大構内を散策。学生の頃のことを色々と思い出しながら、理学部ローンからポプラ並木の辺りを歩いてみた。ここらの景色もほとんど変わっていないように思う。
昼前になって、そういえば北大にはYF博士のラボがあるやん、ということで、その足でいきなりYラボをアポなし訪問してみた。連休の谷間にもかかわらず、ラボをのぞいてみると顔馴染みの方々がみんな忙しそうに実験をしていた。オフィスを訪ねてみるとYF博士もいて、当然のことながら驚かせてしまったけど、そういうことならばと急遽デスカッションタイム。一ヶ月前に話せなかった内容などを少し。そのあとは、KさんとEちゃん三人でお昼御飯を食べに出た。全くその場の思いつきでのアポなし訪問だったにもかかわらず、親切に対応していただいたYラボの皆様に感謝。

とまぁそんな感じで、大して予定も立てていなかったのになかなか充実した三日間を過ごしてきたのでした。

羊ヶ丘

ウオウォッチングのあとは、なぜかふらりと羊ヶ丘展望台へ。この日、円山公園あたりはすごい人出だったけど、ここは交通の便があまりよくないからか、GWにもかかわらずそれほど人は多くなかった。ここも１２年以上ぶりだと思うけど、景色はほとんど変わっていなかったな。

まぁ、ここに来たらやっぱり一応コレをしとかないとね。

Hynobius watching

で、二日目はMWGの先輩方と一緒にレンタカーで市内めぐり。まず、今回本当に残念なことに直前の入院で同窓会に参加することができなかったMW先生をお見舞いに伺ったのだが、意外とお元気そうで、一ヶ月前に飲んだ時とお変わりなく快調におしゃべりされるので、ついつい皆で長居してしまったのだけども少し安心した。

で、その後は先輩方が計画していたエゾサンショウウオ観察会。まぁ、MWGのメンバーがこの季節に札幌で集まるならウオを見に行かない手はないでしょう、というノリで、とりあえず市内で一番近場の採集スポットだった盤渓へ向かった。自分は結局MWGで実際にエゾサンショウウオを研究に使う機会はなかったのだけど、しょっちゅう採集にはついて行っていたので大体どのスポットも行ったことがある。といっても、卒業以来あの辺りへは行っていないはずなので、たぶん１２年ぶりだと思うけど、山の景色は全く変わっていなかった。熊笹の藪の向こうに見える水たまりに卵があるのかどうか、わくわくしながら藪をかき分けて進むあの感じがなんとも懐かしかった。

これがエゾサンショウウオ（Hynobius retardatus）の卵。

で、こちらはエゾアカガエル（Rana pirica）の卵。

どちらの卵塊も、やわらかいゼリーの中では尾芽胚たちが元気に育っていた。

旧教養動物同窓会

連休前半の土日月と札幌に行ってきた。メインイベントは、自分が卒業した北大の旧教養動物学教室の同窓会。場所は、学生の頃に何度か研究室の人達と行った記憶がある地下の居酒屋、塩野屋だった。なんとなく覚えのある暖簾をくぐると、そこにはもう懐かしい方々が勢揃いしていた。自分は旧教養動物の片桐先生の最後の卒業実習生ということもあり、年長の方々の中には知らない人も結構いたのだけど、なぜかスピーチをする一人に指名されていたので、自己紹介を含めて自分の教養動物での思い出をしゃべらせてもらったし、学生の頃にお世話になったたくさんの先輩方とともに大いに盛り上がった。自分が１９年前に卒業研究でやっていた孵化腺細胞の分化に関して、片桐研の大先輩、新潟のM先生とディスカスしたりして、なんだか懐かしいだけじゃなくて自分のルーツを今一度あざやかに思い出した。

旧教養動物出身のS先生とT先生がこの３月で定年退官ということがあり、それを記念に催された大同窓会だったのだが、５年後にはY先生が定年退官を迎えられるということで、その時にもう一度皆さんで集まりましょうという話も今回あった。

再び札幌

先月に続いて、再び札幌に来た。今日はけっこう良い天気だったけど、やっぱりまだかなり寒い。

スキンボウ

ゼブラのskinbow。Very cool やね。

ラボミ

今朝はラボミーティング。今年度からうちの研究室も少し人数が増えたので、また毎週ラボミをやり始めている。で、今日は自分のターンだったので、現在進行中のスクリーニングに関して少し報告。

そのうち一つのgenetic screeningは、フロリダにいた時からだいぶ長いこと自分の中で温めていたアイデアなのだが、今ようやくテクの T さんがコツコツと進めてくれている。今年に入ってから1st screeningを始めて、今月からは2nd screeningに入っている。ということは、この感じで行くと８月あたりには終わっているのかな。1st screeningで当たってきたものが約５０ラインほど。まぁこれはこんなもんかなぁという感じなんやけども、いよいよ2nd screeningでどれだけ絞られるか、というか、果たして当たりは出るのだろうか。かなり楽しみである。

Hump day

午後に予約していたウェブセミナーを視聴する予定だったのに、すっかり忘れていた。昼御飯を食べている時はまだ覚えていたのに。。。録画したのをあとでアップロードしてくれるんかなぁ。

MNP、デモ

今日は朝から携帯電話のMNP番号とかいうのをもらいに店に行ったけど、そこではもらえなくて、専用ダイヤルに電話したら手続きできまっせとかいうことだったので、結局オフィスに帰ってきて電話。帰国してからとりあえず手に入れたガラケーの契約がちょうど２年経つので、この機会についに家族でスマホに買い替えようという話。自分は出張に出た時以外は、スマホの必要性をほとんど感じていなかったのだけど、最近は使った分だけ料金を払えばいいような格安スマホがあるようなのでそういうのにする。

で、昼からはRELYONていう会社の社長さんがわざわざ持ってきてくれた、蛍光実体顕微鏡＆HDMIカメラのデモ。蛍光実体顕微鏡といっても光源はNIGHTSEAの蛍光LEDライトなので、横からサンプルをピカッと照らすだけなのだが、これが意外と結構明るい。蛍光でも結構きれいに動画も撮れるし、ハエの選別ならLEDライトを照らして顕微鏡使わずにゴーグルをかけるだけでもできるかも。普通の蛍光実体顕微鏡を買うよりもだいぶ安いので、今後検討してみよう。

内部交流セミナー

今日は研究所の内部交流セミナーで、KA博士と二人でトーク。去年やったときは"mutant turtle cell"でオーディエンスの反応が意外に小さくてちょっと寂しい思いをしたので、今回は違うネタだけど始める前にKとKA博士になるべく大きい声で笑ってもらうようにサクラを仕込んで挑んだ。まぁその甲斐あってか、今回はイントロのツカミで結構大きめの反応を得ることができたかな。CCHの話はもう何回もいろんな場所でトークしているから、そろそろもう少し先の話まで含めたいところだけど、あともう一回オーランドのワークショップで話すことになる。

で、今晩はいまからセミナー打ち上げ ＆ 新歓 ＆ ポスター交流会打ち合わせを兼ねた構造党改革委員会の会合。

細胞競合の基本原理とその破綻

医歯薬出版の「医学のあゆみ」４月２３日号（Vol.257 No.4）の特集は、「細胞競合の基本原理とその破綻」。

細胞競合が多くの研究分野に注目されるようになったのは，この現象ががん遺伝子mycの発現量の差により引き起こされることが示されたことにはじまる．すなわち，細胞競合は個体発生のみならずがんの制御にも重要な役割を果たしている可能性が示唆されたのである．最近では細胞競合過程における力学的要素の意義もみえはじめ，その研究は大きな広がりをみせつつある．細胞競合はさまざまな生命現象や疾患に関与する可能性があり，その応用の広がりも期待される．本特集では細胞競合に関する最新の知見について，専門の先生方に概説いただく．

ということで、これまた自分も本特集に参加させてもらいました。自分が寄稿した総説は、「細胞競合における勝利者の成長ー置き換えと埋め合わせ」。少し前に別の雑誌に寄稿したものと結構内容がかぶっているのですが、CCH以外の組織修復機構に関してももう少し踏み込んでいます。細胞競合に関する最近の研究を知りたい方はぜひ！

Cell Competition Drives Tumor Growth

先週 K とディスカスした論文。コペンハーゲンのDr. HHのラボからの報告。

Cell competition drives the formation of metastatic tumors in a Drosophila model of epithelial tumor formation.  Current Biology 26: 419–427.

Cell competition is a homeostatic process in which proliferating cells compete for survival. Elimination of otherwise normal healthy cells through competition is important during development and has recently been shown to contribute to maintaining tissue health during organismal aging.  The mechanisms that allow for ongoing cell competition during adult life could, in principle, contribute to tumorigenesis.  However, direct evidence supporting this hypothesis has been lacking.  Here, we provide evidence that cell competition drives tumor formation in a Drosophila model of epithelial cancer.  Cells expressing EGFR together with the conserved microRNA miR-8 acquire the properties of supercompetitors.  Neoplastic transformation and metastasis depend on the ability of these cells to induce apoptosis and engulf nearby cells.  miR-8 expression causes genome instability by downregulating expression of the Septin family protein Peanut.  Cytokinesis failure due to downregulation of Peanut is required for tumorigenesis.  This study provides evidence that the cellular mechanisms that drive cell competition during normal tissue growth can be co-opted to drive tumor formation and metastasis.  Analogous mechanisms for cytokinesis failure may lead to polyploid intermediates in tumorigenesis in mammalian cancer models.

この話、去年のバルセロナミーティングでDr. HHがこれについてトークをしていたのだが、このEGFR + miR-8 co-expressionのフェノタイプが面白かったので強く印象に残っている。EGFR、miR-8ともに単独でのoverexpressionであれば、劇的なフェノタイプを示すわけではない。EGFRはbenign hyperplasia、miR-8はmodest size reduction。ところが、この二つを同時にoverexpressした細胞達は非常にアグレッシブなtumor growthを引き起こし、他組織への広範なmetastasisをも示す。これだけ見ていると典型的なmalignant tumorのフェノタイプなのだが、そこに至るまでのプロセスはかなりけったいなのだ。imaginal disc内の一群の細胞にEGFR + miR-8 co-overexpressionを誘導すると、まず始めの３日間ほどでこれらのcloneの大部分はアポトーシスを起こして死んでいくのだが、それと同時にいくつかの大きな細胞が姿を見せ始める。４日目にはほとんどのクローンが姿を消し、数個のgiant cellだけになってしまうにもかかわらず、ここからこのgiant cellの数が増え始めるとともに再度小さな細胞も増え始めて、１０日目にもなるとこれら大小の細胞が入り乱れたカオスな状態で腫瘍塊に成長していく。このgiant cell phenotypeは最後に示されているように、miR-8 overexpressionによって、そのターゲットであるSeptin familyのPeanutの発現が抑制され、それによって引き起こされるcytokinesis failureがpolyploidizationを促しているようだ。つまり、endocycleに入っちゃっているのだろう。

さて、この一連のプロセスの詳細な観察から分かった重要なことは、EGFR + miR-8 expressing cloneが周囲の細胞にapoptosisを促して死んだ細胞をengulfmentによって除去していくことが、giant cell formationとneoplastic tumor growthを引き起こしている、つまりcell competitionがこいつらのtumor growthに必要であるということだった。tub>dMyc>Gal4のシステムを用いて、EGFR + miR-8 expressing cloneの周りの細胞をdMyc overexpressing cellsにすると、giant cellもtumorも形成されずになくなっていくことから、確かにcell competitionが関与していることが分かるのだが、さらに面白いことに、このpolyploidizationによるgiant cell formationは、engulfmentの阻害（ELMO-RNAi, Mbc-RNAi or drpr-RNAi）、もしくはapoptosisの阻害（p35 or DIAP1）でも抑えられるのだ。これはつまり、こいつらがcell competitionによって周りの細胞を殺して貪り食うことによって巨大化して手のつけられないモンスターになることを示している。なんだかちょっと恐ろしいな。

これまでに、前癌細胞が周辺正常細胞との細胞競合によって除去されるということは実際に示されてきたのだが、それとともに、癌組織の増殖浸潤といったcancer progressionにおいては、癌細胞がsuper-competitorとして周りの正常細胞を駆逐していくことが一つの重要なdriving forceになっているという考えもあった。しかしながら、cell competitionがtumor growthに必要であるということが実際に示されたのは、この報告と、もう一つback-to-backでpublishされているDr. EPのところからのintestinal adenomaでの報告が初めてのものということになるだろう。

Earthquake HS

九州で続発している地震がなかなかおさまらないようだ。テレビをつけると、広がる被害状況とまた新たな揺れの報告ばかりで心配な思いが募る。ところで、さきほどNHKでの解説を見ていて、TN博士による研究データに見入ってしまった。日本全国に設置したGPSによる測量のタイムラプスデータから、日本列島内の地面の移動状況が示されていたのだけど、これを見ると地面は地方によって異なる方向性を持った大きな流れを形成しているのが分かる。で、今回の群発地震の震源はその流れが合流する地点に一致するのだとか。なんだか自分が考えているものを見ているような気がして驚いた。

再レビュー

一週間前に再投稿した論文、昨晩ようやくエディターから、レビュワーに送ったよっていうメールが来た。こないだの1st decisionでactive considerationから外されたので、今回は再投稿ではあるのだがnew submissionの扱い、ということでもう一度、editorial staff and academic editorによる評価を通してからレビュワーに送られたらしい。慎重やね。

で、メールの最後に「we encourage you to submit your manuscript to bioRxiv.org, or another preprint server of your choice.」とのお言葉。こういうのは初めて見たけど、最近はこういうレビュープロセスの間に bioRxiv のようなプレプリントサーバーで先にパブリッシュすることを推奨してるのかね。このジャーナルだけなのかな。

「We support submission to preprint servers as we believe it is important to make science available as immediately as possible.  Editors will check for comments and discussion on your preprint submission and may take these into account when making a decision on your manuscript.」ということで、こういうオンラインでのプレプリントに対するコメントやデスカッションを審査の過程で考慮に入れるんだそうな。でも bioRxiv の論文を見ていると、実際にコメント欄でディスカスされるようなことはあんまりなくて、付いているのはたいがいTwitterでの引用ばっかりだけど、どんなもんなんかね。
ま、なんにせよ、また一ヶ月くらい待たなあかんね。

桜満開

研究所前の桜並木も満開。なんか周りに比べてココだけ少し遅かった気がするけど、なんでかね。

大学院説明会 2016

遺伝研の大学院説明会が、来月５月２１日（土）にココ遺伝研で開催されます。

国立遺伝学研究所では、総合研究大学院大学（総研大）生命科学研究科 遺伝学専攻として、大学院生の教育を行っています。 総研大は、全国18か所の国立研究所を基盤とする、大学院だけの大学です。 学部卒相当を対象とする「５年一貫制博士課程」と修士卒相当を対象とする３年制の「博士後期課程」があります。総研大のコンセプトは「優れた研究環境と人材を活用してトップクラスの研究者を養成する」です。 遺伝研は、研究者を目指す学生にとって最高の研究教育環境を提供しています。大学院説明会に参加し、すばらしい環境を体感してください。（以上、ウェブサイトの紹介文より抜粋）

ということで、Biologyの研究者を目指して大学院を探している方、ウチで一緒に Morphomeostasis の研究をしたい方、細胞競合、組織修復、腫瘍形成、形態形成といった研究や Fly Pushing に興味の有る学生さんは、気軽に大学院説明会に参加して話を聞きに来てください！東京駅からの無料送迎バスツアーもあります。

Workshop@TAGC

さて、今年７月にオランドーで開催されるThe Allied Genetics Conference (TAGC) のFly Meetingでは、New YorkのDr. EBが「Cell Competition」のワークショップを企画している。Dr. EBからは、興味があるならアブスト送ってねって言われてたので、もうだいぶ前に送っていた。で、つい先日今度はDukeのDr. DFから、Orlandoで「Polyploidy」のワークショップを企画しているからトークしてよっていうお誘いのメールをもらった。さぁどうしたもんかとちょっと迷ったのだけど、CCHの話は去年の細胞競合国際シンポでも話しているし、この話はPolyploidy Workshopで話したほうがオモシロイかもなと思ってDr. DFに「よっしゃやりましょう」との返事をした。Dr. EBによると、Cell Competitionのほうはスピーカーに立候補した人が結構多い、そうなので、まぁちょうど良かったのかも。ともあれ、どちらのワークショップもかなり楽しみですなぁ。

再投稿完了

昨晩、遅くまでかかってようやく懸案の論文再投稿完了。コメントが返ってきたのが１月２０日だったので、ここまで約２ヶ月半かかった。この間、ほぼ毎日この論文のことばっかり考えていたのでなんだかだいぶ疲れたけど、全力を出し切って今は達成感がある。次のコメントはまた一ヶ月後くらいかな。楽しみやけど、もうこれ以上要求されても困るな。レビュワーの皆さんが満足してくれることを祈りながら、そろそろ違う実験を始めよう。

WIP続報

少し前に K とディスカスした論文。Dr. ASのラボから、2013年の論文の続報。

Wound-induced polyploidization: regulation by Hippo and JNK signaling and conservation in mammals.  PLoS One. 11:e0151251.

Tissue integrity and homeostasis often rely on the proliferation of stem cells or differentiated cells to replace lost, aged, or damaged cells.  Recently, we described an alternative source of cell replacement- the expansion of resident, non-dividing diploid cells by wound-inducedpolyploidization (WIP).  Here we show that the magnitude of WIP is proportional to the extent of cell loss using a new semi-automated assay with single cell resolution.  Hippo and JNK signaling regulate WIP; unexpectedly however, JNK signaling through AP-1 limits rather than stimulates the level of Yki activation and polyploidization in the Drosophila epidermis.  We found that polyploidization also quantitatively compensates for cell loss in a mammalian tissue, mouse corneal endothelium, where increased cell death occurs with age in a mouse model of Fuchs Endothelial Corneal Dystrophy (FECD).  Our results suggest that WIP is an evolutionarily conserved homeostatic mechanism that maintains the size and synthetic capacity of adult tissues.

 細胞の分裂増殖が起こっていないDrosophila adult epidermisでのwound healingにおいて、post-mitotic differentiated diploid cellsはcell cycleにリエントリーできるのだけども、その際に通常のmitotic cycleではなくいわゆるendocycleに入ってpolyploidizationを起こすことによって傷をふさぐという、彼らが2013年の論文で示した「Wound-Induced Polyploidization」は、その少し前に我々が報告していたDrosophila follicle epitheliumでの「Compensatory Cellular Hypertrophy」と非常によく似た現象だった。彼らはその2013年の論文で、このcell cycle reentry and endoreplicationにHippo pathwayが関与していることを示しているが、今回はさらに、JNK signalingがAP-1を介してYki activationを制御していることを示している。のだが、今までの知見から想像されるものとは違って、このadult epidermisにおけるwound healingでは、どうやらJNKはYki activationを抑制する方向に働いているという結果になっている。傷の周辺細胞では、JNKとYki両方のactivationが観察されるにもかかわらず、なぜJNK下流のAP-1（jun, fos）のノックダウンによってYki activationとpolyploidizationが促されるのかはよく分からないまま。これに関しては以下のようにディスカスされている。

The pathway is turned on within 6 hours post injury, and this early activation of JNK probably mediates the cell migration needed to initiate wound repair.  Consistent with this, epidermal nuclear clustering is reduced and nuclei remain more evenly dispersed when jun is knocked down.

ちなみに、ウチらがCCHのレビューで示唆したmammalian corneal endotheliumでのCCHに関して、マウスの角膜内皮をモデルにして実際にploidyの増加を示したことには大きな意義があると言える。

新年度

今日から４月ですね。もう新年度か。なんかこの一ヶ月ほど嵐のような忙しさだったので、あんまり心の準備もないまま新年度を迎えてしまった感じ。でも昨晩でようやく論文の改訂作業もほぼ終了。あとはWMからもう一度コメントが返ってきたら最終直しを入れて週末に再投稿かな。申請書のほうもこの数日で書き上げた。これも来週はじめに投稿する。ということで、なんとかかんとか３月のビッグウェーブを乗り越えた。

で、今晩は M 研と K 研との合同新歓パーティに K を連れて参加してくる予定。