Dros17

Drosophila Conference 2017 開催中。

San Diego

ようやくSan Diegoのホテルに到着。飛行機でほとんど眠ることができなかったので、もうそろそろ限界。なのだが、夕方から眠るとまずいと思ったので、ホテルに着いてから近くのショッピングモールを少しぶらぶらして帰ってきた。とりあえずゆっくり眠ります。

LA

いまLAの空港。羽田から約１０時間。やっぱり東海岸へのロングフライトに比べるとだいぶましだけど、到着時間は昨日の朝ということで、今日一日ちょっとしんどいかもなぁ。

online proofing

ということで昨日の夜、再投稿の締め切りに追われて原稿に向かっていた最中、先々週にアクセプトされたレビュー論文の校正刷りが送られて来たのだった。また４８時間かいなと思ったら、意外と期限は指定しておらず、なるべく早くとしか言っていない。プルーフを返してからたぶん一週間以内にオンラインに載せまっせ、なんだと。今回初めてプルーフの作業を全てオンラインでできる、Proof Centralというとこに案内された。

slightly delayed submission

さて、懸案のもう一本の論文原稿をたった今ようやくサブミット完了。この数日、Kと何度も原稿をやりとりしながらやっとこさ完成した。まぁ再投稿の締め切りは昨日だったから、ちょっとだけ遅れちゃったな。この論文は methodology に関するものということもあって、ちょっと軽く見てたけど、エディターと３人のレビュワーからのコメントはかなりの量で、全てに答えるのはだいぶ大変だった。実際、Kがやった追加実験も含め、改訂版ではFigureが３つも増えた。まぁでもかなり改善されたんではなかろうか。結構悩まされたし疲れたんだけど、しっかり読んで細かいところにも色々とコメントしてくれたアノニマスレビュワーズに感謝しないとなという感じ。

Washlet

今日、うちの研究棟でなんやら工事をしているのでよく見てみたら、なんとトイレに暖房便座＆ウォシュレットを取り付ける工事だった。二週間ほど前に、事務の施設チームから今年度の修繕工事に関する要望を尋ねるメールが来ていたので、そのとき駄目元で、修繕ではないけどなんとか暖房便座を設置してもらえないだろうか、という切実な要望をしたためておいたのだった。うちの研究棟はなぜか他の棟に比べて随分と気温が低く、外気温と同じかそれより低いこともあるくらい。そんなわけで今まで冬の間はとてもじゃないけどトイレを使うことができず、わざわざトイレのために少し離れた新しい研究棟まで足を運ぶことを余儀なくされていたのだ。今回まさかこんな要望が通るとは思っていなかったので、驚いたとともにこれはかなり嬉しい。構造党改革委員として、今までで一番大きな成果かも。

Bastille

学生の頃に好きだった大通りの近くにあるカフェ。落ち着いた雰囲気と美味いコーヒーは全く変わっておらず、安心した。

帰宅

今朝、定山渓ビューホテルを出て札幌駅で解散。その後また少し大通り周辺を歩いてから札幌を後にした。

Sapporo

今日から北大で細胞競合コロキウム開始。と、その前に、朝はちょっと用事を済ませるために大通りの方まで歩いて来た。道庁の近辺は去年も歩いたのだけど、大通りからすすきのにかけてはかなり久しぶりだったので、なんだか懐かしくてシャッターを切りながら歩いていた。北大構内はまぁ、何年経ってもここに戻ってくると昨日までここにいたような不思議な感覚に包まれる馴染みの場所という感じ。今日の懇親会でYF博士から急に締めの挨拶を頼まれて、その中でも少し話したのだけど、やはり自分にとっては色々と感慨深いものがある。

Picante

札幌に到着。やっぱりまだまだ寒い。ということで、今晩はKと一緒に久しぶりのPicanteで札幌名物スープカリー。ここは学生の時に何度か来たことがあるんだけど、それ以来だから１０年以上ぶりかな。相変わらず美味しかった。

tightrope

なんか眠たいのは、低気圧のせいか。もう一本の論文の再投稿締め切り日が約一週間後に迫ってきた。改訂版への追加を予定していたコンフォーカルのデータはKが取り終えたようだし、今日二人でデスカッションして改定の概要は決まったので、あとはフィギアを作って文章を書くのみ。なんだけども、実は明日から週末にかけてKと二人で札幌出張。締め切りに間に合うんだろうか、いつものことながらちょっと綱渡りになってきたな。

Casillero Del Diablo CS

Concha y Toro Casillero Del Diablo Reserva Cabernet Sauvignon 2015

久しぶりに飲む、チリの悪魔の蔵のワイン。カベルネ。千円ほどだけど、すっきりと飲みやすくてなかなかバランスも良くて、美味いよね。

nice trail

近所の山の中に見つけたイイ感じのトレイル。ちょっと不気味なくらい深い森に入っていくのだけど、これを走り抜けるのはかなり楽しい。

Matt

金曜日はマットの送別会ということで、大社の杜で炭火焼肉。なかなか美味しかった。なるべく早く帰るつもりだったのだが、楽しくて結局二次会で行った小さなバーで１時まで飲んでいた。

ウーネン

Quantitative differences in a single maternal factor determine survival probabilities among Drosophila germ cells.  Current Biology 27: 291–297.

Germ cell death occurs in many species and has been proposed as a mechanism by which the fittest, strongest, or least damaged germ cells are selected for transmission to the next generation.  However, little is known about how the choice is made between germ cell survival and death.  Here, we focus on the mechanisms that regulate germ cell survival during embryonic development in Drosophila.  We find that the decision to die is a germ cell-intrinsic process linked to quantitative differences in germ plasm inheritance, such that higher germ plasm inheritance correlates with higher primordial germ cell (PGC) survival probability.  We demonstrate that the maternal factor lipid phosphate phosphatase Wunen-2 (Wun2) regulates PGC survival in a dose-dependent manner.  Since wun2 mRNA levels correlate with the levels of other maternal determinants at the single-cell level, we propose that Wun2 is used as a readout of the overall germ plasm quantity, such that only PGCs with the highest germ plasm quantity survive.  Furthermore, we demonstrate that Wun2 and p53, another regulator of PGC survival, have opposite yet independent effects on PGC survival.  Since p53 regulates cell death upon DNA damage and various cellular stresses, we hypothesize that together they ensure selection of the PGCs with highest germ plasm quantity and least cellular damage.

今日のジャーナルクラブで紹介した論文。ニューヨークのDr. RLラボからの報告。Drosophilaでは、oocyteのposterior poleに局在するgerm plasmを受け継いだ細胞達が始原生殖細胞（PGCs）になる訳だが、このPGCになった細胞達は、その後生殖腺に到達するまでの間にその３５〜４５％が死んで除去されてしまうんだそうな。PGC specificationにあたって、posterior poleでも先っちょのほうがgerm plasmの濃度が高くなっているので、PGC populationの中でも中心に位置するもののほうが、peripheralのものよりも多くのgerm plasmを受け取ることができる。では、始めに受け取ったgerm plasmの量が生死を決めているのではないか、ということでphotoactivatable GFPを用いて実際にPGCをトレースしてみたところ、確かに中心部にいた奴の方が生き残っていて、peripheralにいた奴はたくさん死んでいた。このsurvival probabilityについて遺伝学的に色々と調べてみた結果、germ plasmのdeterminantの中でも、Wunen-2というtransmembrane lipid phosphate phosphataseの濃度がその鍵を握っていることが分かった。ここで大事なポイントは、生存に必要なthreshold levelがあるという訳ではなくて、どちらかというと細胞間での濃度差が重要だということ。問題はこのWunen-2の細胞間での濃度差がどのようにして生死を決めるのかということになるのだが、そのメカニズムは説明されていない。説明されていないんだけど、同グループがだいぶ前に発表している論文で提議しているメカニズムがまさにそれな気がするんやけどなぁ。もしそうなら、もしかして結構いろんなとこで使われてるシステムなんかな。
ともあれ、久しぶりにPGCのお話をしっかり読んでなかなか楽しかった。PGCについて研究していた学生の時以来かも。ところで、ウーネンてなんやねん。発表中に一回間違えてウーミンて言ってしまったのを K は聞き逃していなかった。

Spring comes along.

まだ寒いけど、もうちょいやね。

Accepted!

先週末に再投稿したレビューアーチクルだが、今日の朝起きてメールをチェックすると、エディターからアクセプトを告げるメールが来ていた。エライ早いねぇ。改訂版はもうレビュワーには回さんかったのかな。ともあれ、よかったよかった。やっぱりこういう新しいコンセプトを宣伝するためのレビューは、熱が冷めないうちに追い打ちで印象付けるのがエエからね。去年の７月末にTHS論文がアクセプトされたと同時にレビューの企画を持ち込んで、THS論文がパブリッシュされた９月から今で約７ヶ月。なかなかエエペースですわ。

from the west

今年の年明け早々に、S博士から連絡をもらって大急ぎで申請した研究費がどうやら通ったようだ。さっき西の方から内定通知の電話がかかって来た。ずいぶんとスピーディーやねぇ。まぁ満額とはいかなかったようだけども、自分にとってこの共同研究は結構新鮮なものだし重要な発見が期待される。春からの研究体制をちょっと真剣に考えなあかんなぁ。

dizzy

なんか最近、一週間ぐらい前からか、寝転がったりした時にめまいがする。ちょっと調べてみたら、良性発作性頭位めまい症とかいう耳石の異常である可能性が高いようだ。すぐにおさまるんだけど、今日の朝は起きてからもなんだか弱いめまいが続いているような感じだったので、病院へ行って来た。いくらか検査をしてもらったけど、結局異常はなしということで、めまいの薬だけ処方してもらった。まぁたいがいは、そのうち勝手に原因の耳石が元に戻ったりして治るんだそうな。様子を見るしかないんかね。

まず一本

一週間でのリビジョンを言い渡されたレビューアーチクル、この一週間結構頭を悩ませたけど、最後の数日で書き切って昨日の夜遅くにようやっと投稿し終えた。すべりこみセーフ。自分の中では、初回の投稿原稿でもうすでにだいぶ出し切った感があったので、もっともっとと言われてもなかなか厳しいものがあったんだけど、一人のレビュワーのサジェスチョンを元にしたディスカッションを書き加えて確かに良くなったと思う。このレビュワーのコメントはかなり丁寧で、よく読んでくれたなぁという感じ。感謝しないとね。前回の時もそうだったから、この系列のレビュー誌はピアレビュー結構しっかりとやってはるんやねぇという印象。
ということで、今日はちょっと休憩。明日から今度はもう一本の論文の改訂に取り掛からねば。もう一本の方は、結局Kが追加実験をすることになったので、締め切りを二週間伸ばしてもらった。といっても来週後半は二人とも札幌出張が入っているので、ライティングはなるべく今週中に終わらせておきたいところやなぁ。

２月終わり

今日でもう２月が終わりとは、早いな。。。ついにhectic Marchの始まりか。
そういえば、５月に大阪で開催されるAsia-Pacific Drosophila Research Conferenceの登録締め切りは今日の23:59までやん、ということで、先ほどアブストラクトをすべりこみサブミットしたんだけども、ウェブサイトのNewsっていうところに「The deadline is extended by March 7th.」って書いてある。そうなん？日本の学会ってたいがいアブストのデッドラインを延長するよね。

multiple Drosophila

Genetic and transgenic reagents for Drosophila simulans, D. mauritiana, D. yakuba, D. santomea and D. virilis.  bioRxiv doi: https://doi.org/10.1101/096644

Species of the Drosophila melanogaster species subgroup, including the species D. simulans, D. mauritiana, D. yakuba, and D. santomea, have long served as model systems for studying evolution. Studies in these species have been limited, however, by a paucity of genetic and transgenic reagents. Here we describe a collection of transgenic and genetic strains generated to facilitate genetic studies within and between these species. We have generated many strains of each species containing mapped piggyBac transposons including an enhanced yellow fluorescent protein gene expressed in the eyes and a phiC31 attP site-specific integration site. We have tested a subset of these lines for integration efficiency and reporter gene expression levels. We have also generated a smaller collection of other lines expressing other genetically encoded fluorescent molecules in the eyes and a number of other transgenic reagents that will be useful for functional studies in these species. In addition, we have mapped the insertion locations of 58 transposable elements in D. virilis that will be useful for genetic mapping studies.

ついにmelanogaster以外のDrosophiaでもgenetic reagentが充実していきそうな感じ。2005年にDartmouthのDr. AEラボで一緒にエボデボやり始めた J がセカンドに入っている。そういや J は、今年の５月からハイデルベルグのEMBLでラボを持つんだそうだ。

２本

年末に投稿した２本の論文に対するレビュワーズコメントが、昨日今日と立て続けに返ってきた。再投稿の締め切りは１本が来週末で、もう１本が再来週。ちょっと今また申請書を執筆している最中なので、これはキツイやん。今年一つ目のビッグウェーブが来た感じ。

Open Now

今日はうちの小さい方の７回目の誕生日。ということで、昨晩一日早めのお祝いをした。

ワインは、ラングドックルシヨン、ミネルヴォアの有機栽培とビオディナミによるものなんだそうな。ブレンドは、Syrah 60%、Mourvèdre 40%。お店で、「このワインは開くまで少し時間がかかりますよ」って教えてもらっていたので、飲む少し前から開けていたのだけど、それでも始めは確かにちょっと堅い印象。樽の木の香りが結構強めだけど、爽やかな酸味と甘いオレンジのような濃い味わい。旨い。

Domaine de Chamans Hegarty Minervois Open Now 2014

Tumor evolution

Clonal heterogeneity and tumor evolution: past, present, and the future.  Cell 168: 613–628.

"In a famous thought experiment, evolutionary biologist Stephen Jay Gould asked, if the 'tape of life' could be turned back to the very beginning, would the same outcome prevail?  While re-playing the tape of life remains a hypothetical experiment, the 'tape of cancer' is being played and re-played with increasing regularity and too frequently with lethal results."

weird phenotype

数年前からなんとなくずーっと気になっているphenotypeがある。だいぶ前に撮ったfollicleの写真をまた見直してみて、やっぱりこれは色々とオカシイなということを確認した。これまたあれこれ考えているうちに、これらのphenotypeは最近自分が想像しているコンセプトにアドレスできるモデルの一つになり得るのではないかという気もしてきた。いや、でもやっぱり何が起こっているのかはよく分からんなぁ。この細胞達は周りを気にしてdifferentiationを変更したのか、それとも周りを無視して元々のdifferentiationをそのまま進めてしまったのか、そのへんから。まぁ簡単に考えられる仮説通りだとつまらんけど、やっぱりちょっと実験してみよう。

bud

なんだかすごく眠たいのは低気圧の影響かな。寒いけど、何かの芽が出つつある。

Tamaya CS

Tamaya Reserva Cabernet Sauvignon 2014

先週末、娘の１１歳の誕生日だった。いつの間にこんなに大きくなったのかと思うけど、思い返せばものすごくいろんなことがあった１１年。まぁ、そらそうよね。
ワインは、チリ、リマリバレーのカベルネ100%。甘くて濃くてまろやかで、とても分かりやすい美味さ。やっぱりこういう南米の明るいワインは好きやなぁ。

bet

ついにポリクロ抗体作製を発注した。送られてきた抗原部位予測結果をもとにペプチド配列を検討していたのだけど、ある程度のとこまで決まったらあとはもう運やよなぁ。ということで、３種類のペプチドにbet。予定では３.５ヶ月かかるということなので、完成予定は５月末頃か。まぁ、あとは待つだけやな。

compensatory response

Cancer brings forward oviposition in the fly Drosophila melanogaster.  Ecology and Evolution. 7: 272–276.

Hosts often accelerate their reproductive effort in response to a parasitic infection, especially when their chances of future reproduction decrease with time from the onset of the infection.  Because malignancies usually reduce survival, and hence potentially the fitness, it is expected that hosts with early cancer could have evolved to adjust their life-history traits to maximize their immediate reproductive effort.  Despite the potential importance of these plastic responses, little attention has been devoted to explore how cancers influence animal reproduction.  Here, we use an experimental setup, a colony of genetically modified flies Drosophila melanogaster which develop colorectal cancer in the anterior gut, to show the role of cancer in altering life-history traits.  Specifically, we tested whether females adapt their reproductive strategy in response to harboring cancer.  We found that flies with cancer reached the peak period of oviposition significantly earlier (i.e., 2 days) than healthy ones, while no difference in the length and extent of the fecundity peak was observed between the two groups of flies.  Such compensatory responses to overcome the fitness-limiting effect of cancer could explain the persistence of inherited cancer-causing mutant alleles in the wild.

Apcのmosaic cloneにesg-Gal4でRasV12を発現させることによって、adult flyにcolorectal cancerを誘導し、産卵数の推移をcontrolのnoncancerous flyと比較。その結果、colorectal cancerが誘導されたハエのfecundity peakは、noncancerousなものに比べて少し（２~３日）前倒しになった。fecundity peakにおけるtotal number of eggsとpeakのdurationに関しては、それほど大きな変化は見られなかったと。その、まぁ、それだけなんやけどね。

hypoxia biosensor

Drosophila HIF-1 homologue, Simaのoxygen-dependent degradation domain (ODD) にGFPをくっつけたhypoxia biosensor。

A genetically encoded biosensor for visualizing hypoxia responses in vivo.  Biology Open. doi: 10.1242/bio.018226
Cells experience different oxygen concentrations depending on location, organismal developmental stage, and physiological or pathological conditions.  Responses to reduced oxygen levels (hypoxia) rely on the conserved Hypoxia-Inducible Factor 1 (HIF-1).  Understanding the developmental and tissue-specific responses to changing oxygen levels has been limited by the lack of adequate tools for monitoring HIF-1 in vivo.  To visualise and analyse HIF-1 dynamics in Drosophila, we used a hypoxia biosensor consisting of GFP fused to the oxygen-dependent degradation domain (ODD) of the HIF-1 homologue Sima.  GFP-ODD responds to changing oxygen levels and to genetic manipulations of the hypoxia pathway, reflecting oxygen-dependent regulation of HIF-1 at the single-cell level.  Ratiometric imaging of GFP-ODD and a red-fluorescent reference protein reveals tissue-specific differences in the cellular hypoxic status at ambient normoxia.  Strikingly, cells in the larval brain show distinct hypoxic states that correlate with the distribution and relative densities of respiratory tubes.  We present a set of genetic and image analysis tools that enable new approaches to map hypoxic microenvironments, to probe effects of perturbations on hypoxic signalling, and to identify new regulators of the hypoxia response.

30x9

今日は朝から夕方まで一日中、大学院入試の面接。１人３０分で９人。かなり疲れた。しかしながら明日中に書き上げないといけない書類があったりするので、今晩もう少し頑張らなあかんかな。

six feet under

"Until I'm six feet under

Baby I don't need a bed

Gonna live while I'm alive

I'll sleep when I'm dead"

今朝、目が覚めた時に頭の中で流れ始めたのはなぜか「I'll sleep when I'm dead」。
"six feet under” って、棺桶を埋葬するための穴の深さが６フィートであることから、「埋葬された」「死亡した」という意味なんだそうな。

二月

もう二月。といっても年明けからのこの一ヶ月、あんまり予定は入ってないからゆっくりスタートできるかと思いきや、予想外にすごく大変だった。今月は出張予定もないし、ちょっとゆっくりと研究に集中できればいいけど、そろそろ年末にサブミットした論文のレビューが返って来る頃だろうか。出張といえば、三月後半に予定されている二件の出張のための飛行機を探し中。

third time's the charm

抗体の受託作製を検討中。いろんな会社のウェブサイトを見ていたけど、結局代理店に紹介してもらった一社と連絡を取り始めた。このタンパクの抗体は、まだフロリダにいた時にYF博士のほうでポリクロを二度も作ってもらったのだが、どちらもWesternではなんとかバンドが確認できるものの、残念ながらimmunofluorescenceではほとんど使えないものだった。その後長いこともう一度チャレンジする機会はなかったのだけど、先日大阪でYF博士と話していて、やはりこれは我々がやらなあかんやろ、ということで三度目の正直にかけようと思い立ったのだった。なんか、アミノ酸配列を眺めるのとか久しぶり。メガトゥーラクレヌラータ、キーホールリンペットヘモシアニンとか、なんだか懐かしい響きの言葉を久しぶりに口にしてみたり。

neko

先週の金曜日、K研とM研の合同新春お疲れ会に参加させてもらったのだが、写真はその二次会で行ったお店で飲ませてもらった日本酒達。日本酒のことはよく知らないのだが、なかなかイイお酒ばかりなんだそうな。色々と聞いてから選ばせてもらっただけに、どれも自分好みですごく旨かった。ワインもさらっとスゴイのを出してくれていたし、このお店はまた行きたい。

NAA: non-cell-autonomous autophagy

ノルウェー、オスロのDr. TERのところから、つい最近Natureに報告された論文。最後まで見所が続くエキサイティングなお話だった。Dr. TERとはいつ頃知り合ったんだっけな。ジョンピーがまだ学生の時に少しの間Dr. TERのラボに出向していたことがあって、たぶんどこかの学会でジョンピーに紹介してもらったんだと思うけど。去年のFly MeetingでもWM labの集まりに来ていたDr. TERとテーブルが一緒だったので、その時にも研究の話を色々としたはずなんだけど、そういやあの時この論文に関することは何も言ってなかったな。

Microenvironmental autophagy promotes tumour growth.  Nature 541: 417–420.

As malignant tumours develop, they interact intimately with their microenvironment and can activate autophagy, a catabolic process which provides nutrients during starvation.  How tumours regulate autophagy in vivo and whether autophagy affects tumour growth is controversial.  Here we demonstrate, using a well characterized Drosophila melanogaster malignant tumour model, that non-cell-autonomous autophagy is induced both in the tumour microenvironment and systemically in distant tissues.  Tumour growth can be pharmacologically restrained using autophagy inhibitors, and early-stage tumour growth and invasion are genetically dependent on autophagy within the local tumour microenvironment.  Induction of autophagy is mediated by Drosophila tumour necrosis factor and interleukin-6-like signalling from metabolically stressed tumour cells, whereas tumour growth depends on active amino acid transport.  We show that dormant growth-impaired tumours from autophagy-deficient animals reactivate tumorous growth when transplanted into autophagy-proficient hosts.  We conclude that transformed cells engage surrounding normal cells as active and essential microenvironmental contributors to early tumour growth through nutrient-generating autophagy.

まず、Drosophila eye discsに誘導されたRasV12-expressing scrib mutant clones (RasV12 scrib) が形成するtumorの周りの細胞でautophagy activityが亢進している（Atg8aが蓄積）、という発見からお話が始まる。しかもこのautophagy activityの亢進はeye discの周辺細胞だけではなく、muscle、fat body、midgutといった他臓器でも観察されるのだ。その一方で、RasV12 onlyのbenign tumorの場合、これらのautophagyは観察されない。autophagy flux inhibitorのchloroquineの経口投与によってautophagyを抑制すると、このeye discのtumor growth and invasionが抑えられた。ところが、eye discのtumor tissue内でautophagyを阻害した場合、tumor growthは若干抑えられるだけで、ventral nerve cordへのinvasionは抑えられなかった。これに対し、tumorの周辺細胞、もしくはtumorと周辺細胞の両方でautophagyを阻害すると、tumor growthもinvasionも抑制された。つまり、RasV12 scrib tumorのinitial tumor growth and expansive invasionにはnon-cell-autonomous autophagy (NAA) が必要であるということになる。

これまでの研究によって、RasV12 scrib tumorの growth and invasionには、TNF–JNK–Fos and IL-6–JAK–STAT cytokine signaling pathwaysの関与が分かっている。TNF (Eiger) mutant background、もしくはtumor内でのJNK activityの阻害（bskDN expression or fos mutant）によって、確かにNAAも抑制される。一方、このtumor内でのTNF-JNKの阻害によって、他臓器におけるsystemic autophagyはそれほど抑えられることはなかった（gutでは結構抑えられてるけど）。RasV12 scribのtumor growthにおいて、JNKの下流でHippo signalingが関与しているということも既に報告がある。で、これまたYkiかSdをRasV12 dlg tumorでノックダウンすると、tumor growthとNAAは抑制されることが確認された。

こういうコンテクストでYki、Sd、Fosのターゲットといえば、Impl2、Upd1, 2, and 3である。これらの関係を調べたところ、Impl2はNAA inductionに必要ないが、RasV12とUpd1 or 3のco-overexpressionはNAAを促すことが分かった。つまり、cytokine UpdがNAA inductionをmediateしていると考えられる。そこで、tumor tissue内でJAK-STAT signalingを阻害すると、NAAは確かに抑制されるのだが、周辺細胞でJAK-STAT signalingを阻害しても周辺細胞におけるNAAは抑えられなかった。つまりUpdはtumor cellsにおいてautocrineで働いているということになる。

RasV12 scrib tumorではミトコンドリアがダメージを受けており、reactive oxygen species (ROS) の産生が増加していることも分かった。ND75のノックダウンによるmitochondrial ROSの増加はNAAを促す。RasV12 scrib tumorにおけるJNKもしくはJAK-STAT signalingの阻害は、どちらもROSの蓄積を抑制することができる。つまり、RasV12 scrib tumorにおけるROSと周辺細胞におけるNAAの増加は、どちらもFos-, Yki/Sd- and STAT-mediated mitogenic signalingによるものと言える。また、RasV12 scrib tumorではglucose analogue 2-NBDGの増加が認められ、cationic and neutral amino acid transporterのslimfastをtumor内でノックダウンすると、RasV12 dlgのtumor growthが抑制されることから、これらmetabolic stressを受けているtumorの増殖能の維持はnutrients importに依存しているとも考えられた。

このtumor growthに必要なnutrients importのNAAへの依存性を確かめるために、allograft experimentが行われた。eye discのRasV12 scrib tumorを移植したアダルトの個体ではautophagy activityが上がり、このallograft tumorは、ホストへのautophagy inhibitorの投与、もしくはホストがatg14 mutant backgroundを持っている場合にtumor growthが抑制された。さらに驚くべきことに、autophagy deficient (atg13 mutant) のRasV12 scrib tumorのallograftは、autophagyが正常なcontrol hostのアダルト個体に移植されると、regrowthを始め大きなtumorに成長するのが観察された。つまり、tumor growthはtumor locationやoriginal tumor environmentではなく、ホストのautophagy capacityに依存しているということを示している。
ふーむ、ちょっとややこしいしけど、スゴイことを示しとるな。かなり複雑なgeneticsを使った実験が多いので、フライガイ以外の人にとっては実験系を正確に理解するの難しいんじゃなかろうか。ところで、他臓器でautophagy activityが亢進するsystemicなメカニズムってなんなんやろかね。

PI

Propidium Iodide (PI) というと、自分の中では死細胞の検出に使う蛍光色素というイメージが強かったのだが、FACSでの核染色でも一般的に使用されるんやね。ちなみに PI はDNAの二重らせんにインターカレートされるのだが、RNAとも結合するので正確なDNA測定をする際にはRNase処理が必要となる。
ということで、今日予定していたKのFACS実験を行うために、Kラボにフローサイトメーターを使わせてもらいに行ったのだが、PI染色だとなんやかんやと実験条件が合わないことが発覚して残念ながら今日は断念。今乗っけているRFPマーカーをGFPに変えて、核染色はPIではなくてやはり生細胞用の Vybrant® DyeCycle™ を注文することにする。ちょっと先延ばしになってしまうけど、このFACSは結構重要な実験になるので確実に行きましょうということですわ。

Airway stretch sensor

Piezo2 senses airway stretch and mediates lung inflation-induced apnoea.  Nature 541: 176-181.

Respiratory dysfunction is a notorious cause of perinatal mortality in infants and sleep apnoea in adults, but the mechanisms of respiratory control are not clearly understood.  Mechanical signals transduced by airway-innervating sensory neurons control respiration; however, the physiological significance and molecular mechanisms of these signals remain obscured.  Here we show that global and sensory neuron-specific ablation of the mechanically activated ion channel Piezo2 causes respiratory distress and death in newborn mice.  Optogenetic activation of Piezo2+ vagal sensory neurons causes apnoea in adult mice.  Moreover, induced ablation of Piezo2 in sensory neurons of adult mice causes decreased neuronal responses to lung inflation, an impaired Hering–Breuer mechanoreflex, and increased tidal volume under normal conditions.  These phenotypes are reproduced in mice lacking Piezo2 in the nodose ganglion.  Our data suggest that Piezo2 is an airway stretch sensor and that Piezo2-mediated mechanotransduction within various airway-innervating sensory neurons is critical for establishing efficient respiration at birth and maintaining normal breathing in adults.

「呼吸において肺は膨張と収縮とをくり返す。肺の体積の変化は感覚神経により感知され、この情報は脳幹の呼吸中枢へと送られて呼吸のパターンの制御にかかわる。しかしながら、これまで、肺の体積の変化を検出するセンサーの実体およびその生理的な重要性の詳細については明らかではなかった。今回、筆者らは、マウスを用いて感覚神経に発現するカチオンチャネルPiezo2が肺の膨張を感知する機械的な受容体であることを示した。さらに、Piezo2により検出される肺の機械的な情報は、成体のマウスにおいて肺の過膨張をふせぐために必要であったことにくわえ、出生の直後の仔マウスにおいて正常な呼吸のパターンが確立されるために必要であった。この研究においては，呼吸における機械的な情報の重要性が明確にされた。」

以上、日本語の要約はライフサイエンス新着論文レビューより。

ということで、カチオンチャネルである Piezo2 は、肺の膨張を感知するメカノセンサーとして呼吸パターンの制御に重要な働きを持っているというお話。Piezo2欠損マウスは出生直後に呼吸不全をともない死亡するのだが、肺の発生過程において形態、細胞の分化などに異常は観察されないことから、Piezo2が出生後の呼吸パターンの確立に必要であることが分かった。Wnt1Creを用いて、neural crestに由来する神経節である jugular, trigeminal and dorsal root ganglia でPiezo2をノックダウンすると、Piezo2欠損マウスと同様、出生直後に呼吸不全をともない死亡する。つまり、この呼吸パターンの確立には、感覚神経におけるPiezo2を介したmechanotransductionが必要であると。ちなみにこのWnt1Cre; Piezo2[cKO]でもPiezo2欠損マウスでも、肺のairspacesが小さくなっていることが確認されている。組織像を見ると、細胞が過増殖しているようにも見えるけど、隙間が小さくなってそう見えるだけなのかな。

Mishima→Osaka

合同若手WS

さて、先週は大阪南港のホテルで行われた、新学術２領域の合同若手ワークショップなるものに参加してきた。ということで、今年一発目の出張は大阪。三日間、いろんな人、特に若手の学生さん達と交流することができてなかなか楽しかった。自分も三日目の最後のセッションでトークをさせてもらったのだが、今回は合同ということなので、cell competitionの中でもdying codeよりのCCHの話をしてきた。最近Kが頑張ってやっているcalcium imagingのデータも少し紹介したりしながら。そういや懇親会でYF博士とMahjongのことについて話していて、二人でふとオモシロイことを考えついた。いよいよ彼との共同研究を再び始める時が来るのかもしれない。

快晴

三島を見渡せる近所の丘の上から。富士山が綺麗やねぇ。

plum

まだまだ寒いけど、子供達と近所を散歩していたら梅の花が咲き始めているのを見つけた。

confluence zone

新年会

寒いねぇ。。今晩は、今からダウンタウンのイタリアンで構造党新年会。と言っても、いつもの４人だけど。

from screenings

今日の朝はラボミーティングで自分の発表の番だったので、これまた２つのスクリーニングから出てきた諸々について、その後の進捗状況などを紹介。こちらもオモシロそうなものが色々と出て来ているので、人手があればもっと研究を進めることができるのになぁという感じ。

一件目完了

今年一件目の申請は、非常に手際の良い共同研究先のおかげで、昨日予定通り迅速に終わらせることができた。計画ではうちを含めて３つのラボが関わることになっていて、うまくいけば非常に重要な研究に進展する可能性を秘めていると思う。もし研究費が下りるのなら、もう一人雇う必要が出てくるけど。もしくは元気のある学生が来てくれるとエエんやけどなぁ。

drawing

またお絵描きしてみた。模式図にはもっと簡略化したものでも良いと思うのだが、やっぱりちょっとリアルな感じのある方が好きなんよね。

一件目

さて、急に舞い込んで来た共同研究案件を早速申請することになったので、この週末はちょっとそれについて考えてみる。ということで、まずは今年一件目の執筆開始。THSをモデルにしたスクリーニングなんだけども、今までの自分の守備範囲から出て、もうちょいと応用の方向へ向いたものになる。こういう新しい発展が実際に形になれば、それはそれでとてもイイこと。

大阪城 2017

今年もお正月に大阪城を訪れた。なんやら大阪城を舞台にしたUSJによる戦国ライブショーがあるとのことで見に行ったのだが、これがなかなかすごかった。去年の真田丸はやっぱり面白かったもんねぇ。ということで、大阪城へ行く前には、天王寺の茶臼山本陣跡と安居神社にもお参り。

謹賀新年 2017

あけましておめでとうございます。皆様、本年もどうぞよろしくお願いします。

年末年始は例年のように大阪の実家へ帰省してゆっくりさせてもらい、昨日三島に帰って来た。ということで、今日から２０１７年のFly Pushing開始。今年はどんな一年になるんだろうか、自分でもちょっと予測不可能なところがある。研究の方では、去年試したいくつかのスクリーニングからオモシロそうなものが取れて来ているし、Kが進めているプロジェクトも順調に進み始めているので、今年はこれらの研究をしっかりと発展させることを目標にしたいと思う。それ以外にも年明け早々、九大のDS博士から共同研究案件についての問い合わせが来たし、ちょうど２ヶ月ほど前に発注したRNA seqのデータが発送されたという連絡も来た。という感じで、予想外の発展があるのではないかという期待が膨らむ。
それでは今年も気張っていきましょう。

exclamation

仕事納めとか言いながら、そういや今週Tさんがやってくれていた実験の結果を見ていなかったことを思い出して、帰る前に顕微鏡を覗いてみたら、なんとも驚きのフェノタイプがあって誰もいないラボで声をあげてしまった。very clear hyperplasiaが２つあるのは知っていたのだけど、それ以外にも２種類、見たことないようなfunny phenotypeを示しているヤツがいた。何が起こっているのかはなんとなく想像できるのだが、今までにこういうのは本当に見たことがないかも。なんか、Tさんの実験からは時々びっくりするようなものが出てくる。まぁ、また年明けに考えようっと。

2016仕事納め

ようやく今年する予定だった仕事も全てやり終えたので、大好きな Woo’s Burg のハンバーグを食べに行ってきた。やっぱりここのハンバーグはめっちゃ旨い。論文はサブミットしたし、おなかも満たされたし、これで心置きなく新年を迎えることができそう。それにしても今年は結構プロダクティブだったしアクティブに活動したな。なんといってもTHS論文をついに世に出すことができたし、そのあとさらに論文を２本書いたし、日本語の総説も２本出版された。トークは特別講義を含めると１０回。泊りがけの出張は９回、ミーティングも３つオーガナイズした。肝心の研究の方も日本に帰ってきてからようやく色々と進展し始めて、来年からの展開がかなり楽しみになってきた。ということで、まぁまぁよくやりましたな、という感じですわ。

Depth Coding

今回この論文を書いているときに、ImageJの「Depth Coding」という機能に気付いた。こんなんあったんやねぇ。z-stackの画像を「Z project」で2D projection imageにすると、z-depth informationが失われてしまう。でもこの Depth Coding を使うと、z軸方向の深さをカラーでコードすることができるので、同じ深さにあるものが同じ色で示されることになる。なんかファンシーになるしね。場所は Fiji の「Image」→「Hyperstacks」→「Temporal-Color Code」。

投稿完了

ただいま論文投稿完了ー。なんとか帰省前に投稿することができた。期待通り速攻で校正してくれたジョンに感謝。なんか書き終えてみると、意外になかなかイイ感じのアーティクルになった気がする。基本的には方法論に関するもので、こういう感じのものを書くのは初めてだったし、どんなもんかねぇと思いながら書いたのだが、結構重要なことをプロポーズできたかなという感じ。まぁ何はともあれ、これで今年の執筆は全て終了やな。

close to final ms

懸案の論文原稿は、昨日今日とKが書いたパートに改訂を入れつつイントロとデスカッションも書き足して、ようやく最終版の形ができた。こんなホリデーシーズンに速攻で英文校正をしてくれる親切なアメリカ人の友達は、と考えて真っ先に思いついた二人のジョンのうちの一方にまず連絡を取ってみたら、快く承諾してくれてほっとした。ということで、さきほど原稿をジョンに送付。明日さらに校正を入れたら明後日には投稿できるかな。なんだか今年はほんまに一年中何かを執筆していた気がする。

Ile La Forge Syrah

Domaines Paul Mas Ile La Forge Syrah 2014

ラングドックのSyrah 100%。結構スパイシーだけど、しっかりした感じでなかなか飲みやすい。いろんな料理に合いそう。千五百円ほど。

Merry Christmas

今日はクリスマスイブ、ということで、家でクリスマスディナー。ローストチキンを食べてクリスマスケーキを食べて、それから子供達とNORADのサンタクロース追跡を見て、子供達が寝静まってからオフィスに出てきて、今クリスマスジャズを聴きながら論文執筆作業中。オフィスに来てから、サンタクロースが三島上空に入ったのを確認した。
そういやエディターから返事が返ってこないと思っていたら、担当のエディターはもうすでにバケーションに入っていたみたいで、昨日アシスタントからメールが来て、締め切りは今月末ということになった。

ectodermal hindgut

「In Drosophila, SJs are divided into two classes based on morphological appearance: pleated SJs are found in ectodermally derived tissues, such as the hindgut, while smooth SJs are observed in endodermally derived tissues, including the midgut.」

って、さっきの論文でこういうことを書いてあるんやけど、こんなん知らんかったなぁ。同じ腸管でもectodermalのhindgutとendodermalのmidgutで違うんやねぇ。老化によるseptate junction proteinsのlocalization changeもhindgutではほとんど起こらないようだ。ヘンやねぇ。

Aged TCJs

Tricellular junctions regulate intestinal stem cell behaviour to maintain homeostasis.  Nature Cell Biology  19: 52–59.

Ageing results in loss of tissue homeostasis across taxa. In the intestine of Drosophila melanogaster, ageing is correlated with an increase in intestinal stem cell (ISC) proliferation, a block in terminal differentiation of progenitor cells, activation of inflammatory pathways, and increased intestinal permeability. However, causal relationships between these phenotypes remain unclear. Here, we demonstrate that ageing results in altered localization and expression of septate junction proteins in the posterior midgut, which is quite pronounced in differentiated enterocytes (ECs) at tricellular junctions (TCJs). Acute loss of the TCJ protein Gliotactin (Gli) in ECs results in increased ISC proliferation and a block in differentiation in intestines from young flies, demonstrating that compromised TCJ function is sufficient to alter ISC behaviour in a non-autonomous manner. Blocking the Jun N-terminal kinase signalling pathway is sufficient to suppress changes in ISC behaviour, but has no effect on loss of intestinal barrier function, as a consequence of Gli depletion. Our work demonstrates a pivotal link between TCJs, stem cell behaviour, and intestinal homeostasis and provides insights into causes of age-onset and gastrointestinal diseases.

Drosophila midgutでは老化に伴って、ISCs proliferationの増加、mis-differentiated progenitor cellsの蓄積、inflammatory signalingの活性化、intestinal permeabilityの増加、といったような現象が生じることが分かっている。この論文では、aged flyのenterocytesにおいて、tricellular junctionのseptate junction proteinsのlocalizationがおかしくなっていることが発見された。これはsubcellular localizationがおかしくなっているということで、発現レベルが低下しているということではない。RNA seqでは、大部分のjunctional proteinsの発現レベルは、old flyでむしろ増加している。tricellular junctionにlocalizeするseptate junction proteinの一つ、Gliotactin (Gli) も加齢に伴ってそのlocalizationが低下しており、cytoplasmに移行している。ちなみにGliは通常、ISCsとEBsには認められない。young flyにおいてもECsでのGli knockdownを誘導すると、スマーフの割合が増えて寿命が短くなるのだが、ここでEsg-positive cellsとPH3-positive cellsの増加、つまりISCsとEBsの増殖が引き起こされていることが分かった。つまり、分化した上皮細胞のtricellular junctionがゆるくなることが、non-cell-autonomousにISCsの増殖に影響していると。ちなみにこれらの影響は、Gli knockdownをストップするとリカバーすることができる。で、一応これに対して示されているメカニズムは、Gli depletion → JNK activation だけなんやけど、まぁJNK以下のnon-cell-autonomous signalingは色々と報告あるからね。老化によってGliのlocalizationがおかしくなる原因が非常に興味深いところなんやけど、これに関しては何も触れていない。

あと二週間

今年も残すところあと二週間ですか。。。もうちょっと待ってほしい。ちなみに今日が論文の締め切り日だったのだが、やはり終わらなかった。エディターに、もうちょっと待ってよねっていうお便りを書こう。こういうのはもう少し早め早めにやりましょうねって、そんなことは分かっとるんやけど、日々なんやかんやと他にもやらなければいけないことが出てきてこうなっちゃうのよね。まぁ仕方ない。でも（なるべく）今年中にはサブミットします。
年賀状も書かなあかんやん。

Slit-Robo2

Iラボにいてたジョンの論文が早くも出版されたようだ。夏にオーランドで会った時に、今日サブミットしたとかいう話をしていたので、ちょうど５ヶ月ぐらいか。研究生として日本に滞在していた２年足らずでこの仕事をやり遂げたジョンの働きぶりには驚かされる。
scrib mutant cloneにおいて、JNK activation → autocrine Slit-Robo2 → Ena という流れのsignalingがE-cadherinをdisruptすることによって、epithelial layerからのextrusionが促されるというお話。つまり、Slit-Robo2が働かないと、scrib mutant cellは排除されずにepithelial layer内に残ってtumorigenicになる。逆に、Slit-Robo2をhyperactiveにすると、多くのscrib mutant cellsがextrudeされるのだが、このときapical側へ抜けたヤツらはlumenでtumorになる。このあたり、自分がwing discで見たものと似ている。あと、JNKとSlit-Robo2-Enaの間にはpositive feedback loopがあるようだ。ちなみに、SlitとRobo2というligand and receptorは、axon guidanceにおけるcell repulsion and migrationで機能していることが知られている。

Slit-Robo repulsive signaling extrudes tumorigenic cells from epithelia. Dev Cell. 39: 683–695.
Cells dynamically interact throughout animal development to coordinate growth and deter disease. For example, cell-cell competition weeds out aberrant cells to enforce homeostasis. In Drosophila, tumorigenic cells mutant for the cell polarity gene scribble (scrib) are actively eliminated from epithelia when surrounded by wild-type cells. While scrib cell elimination depends critically on JNK signaling, JNK-dependent cell death cannot sufficiently explain scrib cell extirpation. Thus, how JNK executed cell elimination remained elusive. Here, we show that repulsive Slit-Robo2-Ena signaling exerts an extrusive force downstream of JNK to eliminate scrib cells from epithelia by disrupting E-cadherin. While loss of Slit-Robo2-Ena in scrib cells potentiates scrib tumor formation within the epithelium, Robo2-Ena hyperactivation surprisingly triggers luminal scrib tumor growth following excess extrusion. This extrusive signaling is amplified by a positive feedback loop between Slit-Robo2-Ena and JNK. Our observations provide a potential causal mechanism for Slit-Robo dysregulation in numerous human cancers.

disappointing

昨晩は研究所の大忘年会。だったのだが、なんやらえらい疲れていて体調が悪かったので、まぁ顔だけは出そうかと思って参加。で、乾杯後少ししてからある方が話しかけてきたと思ったら、まぁなんとも的外れで浅はかな批判を繰り広げてくれた。自分としてはこういうことも想定していたとは言え、この人の反応ははっきり言って、残念、の一言やったなぁ。自分のこだわりだけに固執して本質を見る能力のない人。もうなんだかさらに体調が悪くなって楽しめなくなったので早々にパーティから出てきた。久しぶりに他の人たちと色々話したかったのだけど、まぁ仕方ない。
で、まぁそんなことはどうでもええんやけど、早く次の論文を仕上げないといかんのよねぇ。体調はやや回復。今年は風邪をひきそうになってもひかない。

Aoyama

昨日は、友人のHH博士がいる青山学院大学の相模原キャンパスで特別講義をさせてもらった。淵野辺というところにあるなかなかおしゃれなキャンパス。cell competitionとかCCHの紹介をしながらtissue homeostasisの話をしたのだけど、学部３年生向けの授業ということで、なるべく基本的なところから丁寧に。授業中は皆さんおとなしいなぁという印象だったけど、提出された感想文を見ると、なかなかしっかり理解してもらえたのかなという感じ。で、夜はHラボのメンバーと懇親会。みんな４年生かM１という元気一杯の若い子達に囲まれるようなことは、研究所ではほとんどないことなのでなかなか新鮮。途中からはずっとみんなの恋愛相談になっていた。こういう雰囲気、やっぱり大学はいいよなぁと思う。

Skywalk

日曜日、子供達を連れてふらっと三島スカイウォークへ。渡るつもりはなかったのだけど、よく見たら料金が値下げされていたので、それなら渡ってみるかということで初めてスカイウォークを歩いた。少し前に三島の新しい観光名所としてオープンしたのだが、オープン当初は結構な人出だったし、料金が随分高かった印象だったので今まで渡ったことがなかった。歩行者専用としては日本一長い吊り橋なんだそうな。吊り橋の上はものすごい寒かったけど、帰りはちょうど日没時で駿河湾に沈む夕日はなかなか綺麗だった。

Saint Bertrand des Garrigues

Saint Bertrand des Garrigues Côtes du Rhône 2015

コート・デュ・ローヌの赤。Grenache、Syrah、Mourvèdreのブレンドなのかな。久しぶりに濃い赤ワインを飲んだ。凝縮感のある甘い果実味とスパイス、そして柔らかいタンニンの後味が心地良い。やっぱり自分はローヌ南部のワインに好きなのが結構多いな。

another deadline

今日の午前中はラボの年末大掃除。なんかついこないだクリスマスミュージックをかけながら窓拭きをやったような気がするのだが、もうあれから一年経ったということですか。
なんだか昨日の疲れが残っているのだけど、もう一本の論文の締め切りも迫ってきているので取り組まんといかんなぁ。来週もなんやかんやと忙しい予定なのだが、果たして締め切りまでに終わるんだろうか。。。
レビューアーティクルの方は一昨日、WMがエディターに送ってくれたので、来週あたりレビューに回るのかな。まぁ、返ってくるのは年明けやね。

tense skype

今晩はオフィスでちょっと大事なスカイプミーティングを行った。学生の頃から注目していたある研究者と初めて話す機会にもなって、ちょっと緊張してしまったけど、うまく伝わっただろうか。いやぁ、なかなかエキサイティングだった。さてさて、どうなることやら。

THS in ASCB

Twitterを見てると、今週サンフランシスコで開催されているASCB2016の写真がたくさん出てくるのだが、PLOSのブースにはホットスポットの写真がデザインされたポスターがたくさん見える。なかなかエエ感じ。

第三稿

懸案のレビューアーティクル。先週の第二稿に対してWMがようやくなんやかんやとコメントを入れてくれたので、手直しを加えて先ほど第三稿を返送した。なんか今回は早くもそろそろ煮詰まって来た感じ。とは言っても、すでにエディターに延期してもらった締め切りをさらに数日過ぎているので、もうええかげんサブミットせなあかんやん。