2017年7月22日土曜日

帰っても時差ぼけ

さて、一昨日の晩に無事三島に帰ってきました。そしてまた時差ぼけに苦しんでいるのだけども、出張中にもしっかりと実験を進めてくれているラボテクのお二人から色々と質問があったり、今日が締め切りの研究報告書を急いで書いたりして、ちと疲れた。そんな中、今回のSDBでのユーのトークを very much enjoy しました、というとても前向きな評価をしてくれているメールが届いた。もしかしたら今回みたいなこういうのが、何か新しい展開をもたらすのかも知れない。

2017年7月19日水曜日

delay

今ミネアポリスの空港で出発待ちなのだが、どうやら出発時間が3時間ほど遅れる見込み。3ヶ月ほど前にトランジットで5時間滞在したこの空港で、またもや5時間ほど過ごすことになってしまった。。。

2017年7月18日火曜日

mission complete

全てのミッション終了。明日の朝、帰路につきます。

SDB終了

SDBは昨日の夜のバンケットで全てのイベントが終了。十数年前、学生の時に参加した時も最終日の晩餐会が結構豪華だったことを思い出した。会場にたくさん用意された丸テーブルに着くと、次々と料理が運ばれて来て、前のステージではバンドが演奏して、バンドの演奏に合わせて次第にみんな踊り出して、という感じ。今回は知り合いが誰もいなかったので初日は心細かったけど、気付くといつの間にかこの4日間で随分たくさんの友達ができていた。昨晩もバンケットのあとさらに在米日本人の連中と近くのバーで遅くまで話していた。今回ミネアポリス開催ということもあって、地元のミネソタ大学から参加していた日本人の方々と知り合うことができたのだが、そのうちの一つのラボはFly Labということで、今日はラボ訪問にまで誘っていただいた。今回の出張は随分と知り合いが増えそうだ。

2017年7月16日日曜日

Minnehaha Falls

今回の学会は誰一人として友達がいなくて心細かったので、とりあえずポスターセッションで話せそうな人と話していたら、昨晩ようやく数人の在米日本人ポスドクの方々とお知り合いになることができた。今日はトークの後でそのうちの一人のラボメンバーに紛れて一緒にベトナム料理を食べに行った後、さらに観光も御一緒させてもらった。訪れたのは、ダウンタウンから車で10分ほどのところにあるMinnehaha Fallsという大きな滝がある公園。それにしても昨日まで随分と涼しかったのに、今日からいきなりものすごい猛暑になった。

success

今日の朝のセッションでトークをしてきた。Kが送ってくれたラストミニッツの新しいデータを見ながら、昨日ホテルの部屋でかなり色々と悩んだ末に、やっぱり今回はcell competitionとかtissue repairという文脈でのCCHの話は一切入れないことにした。そもそもCCHのメカニズムを解明するための研究なのだから、CCHのことを話さないのも変なのだが、これを純粋にnormal developmentにおけるprecise pattern formation、coordinated organogenesisという話に昇華させることに成功したんじゃないだろうか。セッションが終わったあとで、わざわざ自分のところに話をしに来てくれた数人のPIの話ぶりからそういう手応えは感じた。我ながら、なかなかうまくまとまったエエトークやったんやないやろうかと思う。ということで、思い切ってこういう形にしてみたのは成功。いよいよ論文の形も見え始めてきた気がする。

2017年7月14日金曜日

SDBスタート

昨日の午後からついに学会が始まった。意外と出席者の人数はFly Meetingより少ないかな。ポスターもそれほど多くはないんだけど、ポスターセッションは1日目から夜の11時まで。スケジュールを見ると、3日目まで毎晩夜11時までポスターセッションがあるようだ。朝は毎朝8時半からだし、この学会かなり激しいね。昨晩は、時差ボケからくる眠気がひどかったので、ポスターは早々に切り上げてホテルに帰ってきて就寝。

2017年7月13日木曜日

arrived at Minneapolis

ミネアポリスに無事到着。飛行機は羽田からの直行便だったので、乗り換えがなくていつもより楽だったように感じるけど、機内でほとんど眠れなかったので今かなり眠たい。少しぶらぶらとホテルの周辺を歩いてみたけど、なんか、大都市のダウンタウンなのに随分歩いている人の数が少なくて変な感じ。治安が悪そうな感じはあまりしないんだけど、大都市なのに人が少ないと不安になるな。まぁいいや、とりあえず今日はもう寝よう。

2017年7月12日水曜日

Concurrent Session 4

ということで、Minneapolis で今週木曜日から始まる SDB 76th Annual Meeting。自分は3日目、土曜日朝の Concurrent Session 4 "Biophysical and Biomechanical Aspects of Development" でトークをする予定。タイトルは、「Mechanical stretch-induced cell cycle modification in epithelial morphogenesis」。
てゆうても、日本の人はどれくらい来てはるかな。

明日出発

今日もものすごい暑かったねぇ。なんかばたばたしてる間に出発がもう明日になってしまったけど、発表スライドがまだちゃんと出来ていない。。。まぁ発表は土曜日なので、仕上げは向こうでやればいいか。Kの新しいデータも間に合いそうなら送ってもらうことにした。ということで、三ヶ月ぶりのアメリカか。明日から一週間、ミネアポリスに滞在します。

2017年7月10日月曜日

last-minute

さて、ミネアポリスへの出発が明後日に迫ってきた。一週間ラボを離れることになるので、今日と明日で色々と準備しとかないと。発表用のスライドの準備もしないとあかんのやけど、いまKが頑張ってやっている実験のデータをラストミニッツで入れることができるかどうかというところ。 
依頼されていた論文のレビューは今日が締め切りということだったので、先ほどコメントを送信。週末にこの論文を読んでいたのだけど、これはちょっとひどかった。英語もひどいけど、そもそも論文の体をなしていない。こんなんわざわざレビュワーに回さんとエディターがリジェクトするべきやろうとも思うけど、一応ちゃんとコメントしておきました

heat

この数日、もう真夏のような熱気。昨日の午後、近所の川で涼んでいるときに森の中から蝉の声も聞こえたような。

2017年7月7日金曜日

Hommage à Marie de Bourgogne

Louis Chavy Hommage à Marie de Bourgogne AOC Coteaux Bourguignons 2014
Valois-Bourgogne家のブルゴーニュ公国最後の君主、Marie de Bourgogneへのオマージュ、という名前のワイン。25歳の若さで亡くなったマリーは絶世の美女だったそうな。ちなみに、Coteaux Bourguignonsというのは比較的新しいブルゴーニュのAOC。甘酸っぱい新鮮なイチゴのような、フルーティで飲みやすい。蒸し暑いこの季節、少し冷やして飲むとエエよね。美味い。千円ちょい。

Flip-Flop

A cell cycle-independent, conditional gene inactivation strategy for differentially tagging wild-type and mutant cells.  eLife 6: e26420. 
Here, we describe a novel method based on intronic MiMIC insertions described in Nagarkar-Jaiswal et al. (2015) to perform conditional gene inactivation in Drosophila.  Mosaic analysis in Drosophila cannot be easily performed in post-mitotic cells.  We, therefore, developed Flip-Flop, a flippase-dependent in vivo cassette-inversion method that marks wild-type cells with the endogenous EGFP-tagged protein, whereas mutant cells are marked with mCherry upon inversion.  We document the ease and usefulness of this strategy in differential tagging of wild-type and mutant cells in mosaics.  We use this approach to phenotypically characterize the loss of SNF4Aγ, encoding the γ subunit of the AMP Kinase complex.  The Flip-Flop method is efficient and reliable, and permits conditional gene inactivation based on both spatial and temporal cues, in a cell cycle-, and developmental stage-independent fashion, creating a platform for systematic screens of gene function in developing and adult flies with unprecedented detail. 

フリップフロップ、ていうとビーチサンダルなんだけど、これは新しいflippase-inducedのmosaic system。このFlip-Flop cassetteの構造は以下の通り。
This cassette contains two modules that are placed in opposite orientation: a protein-trap (PT) module and a gene-trap (GT) module.  The PT module carries a splice acceptor (SA), followed by an in-frame EGFP coding sequence, and a splice donor (SD).  The GT module similarly contains a SA, but is followed by the T2A peptide sequence, an mCherry coding sequence, stop codons in all three reading frames, and an SV40 polyA signal.  The PT and GT modules are placed in opposite orientations and are flanked by inverted pairs of canonical FRT and FRT14 sites, forming a flip-excision switch (FLEx). 

両端にattBが付いているので、Recombination-Mediated Cassette Exchangeを利用して目的の遺伝子のイントロンに乗っているMiMIC (Minos-Mediated Integration Cassette)と載せ換える。これがprotein-trap orientationで入れば、目的の遺伝子のタンパクがEGFPでタグ付けされる。で、これにhsFLPでcassette inversionを誘導すると、EGFPは逆向きになってしまうので発現が消え、その代わりにそれまで逆向きに載っていたT2A-mCherryが発現することになり、transcriptionはその後ろについているstop codon & polyA sequenceで終わる。truncated transcriptはT2A siteがtranslational skipを誘導するので、mCherryだけがtranslateされるという仕組み。つまり、wild-type cloneはEGFPで、mutant cloneはmCherryでマークされる。
まぁ色々と想像はふくらむんやけど、やっぱりmitotic recombinationを利用するFLP-FRTと違って、post-mitotic cellsでもワークするというとこかね。

2017年7月5日水曜日

Affirmer

Affimer proteins are versatile and renewable affinity reagents.  eLife 6: e24903. 
Molecular recognition reagents are key tools for understanding biological processes and are used universally by scientists to study protein expression, localisation and interactions.  Antibodies remain the most widely used of such reagents and many show excellent performance, although some are poorly characterised or have stability or batch variability issues, supporting the use of alternative binding proteins as complementary reagents for many applications.  Here we report on the use of Affimer proteins as research reagents.  We selected 12 diverse molecular targets for Affimer selection to exemplify their use in common molecular and cellular applications including the (a) selection against various target molecules; (b) modulation of protein function in vitro and in vivo; (c) labelling of tumour antigens in mouse models; and (d) use in affinity fluorescence and super-resolution microscopy.  This work shows that Affimer proteins, as is the case for other alternative binding scaffolds, represent complementary affinity reagents to antibodies for various molecular and cell biology applications. 

学生の頃に研究を始めてから今まで常にいろんな抗体を使って免疫染色をしてきたし、つい最近も数ヶ月かけてようやく出来上がった新しい抗体の使用条件を探っているところなんだけども、実験で使う抗体に代わるものっていつになったら出て来るんかなってずーっと思っていた。このアファーマーっていうのがそれになりうるだろうか。UKのAvactaっていう会社が開発しているようだ。 

"Future challenges are to test the Affimer in even more applications and to encourage its wider use by researchers, alongside other alternative binding proteins, as replacements for some antibodies.  This could ultimately lead to the development of faster and more efficient diagnostic, imaging and therapeutic tests."

2017年7月2日日曜日

new antibody

新しく作った抗体の一つで染色したfollicle cellをコンフォーカルで撮ってみた。左から、wild type、homozygous mutant、heterozygous mutant。核内のシグナルはかなりそれっぽい。細胞質内のpunctate signalはノンスペが結構ありそう。やはりもうちょいプロトコールを調整する必要があるけど、これはいけそうやん。

2017年7月1日土曜日

second half

今日からついに七月か。なんか六月は飛ぶように過ぎ去った感じ。七月は、まずは再来週のミネアポリスがメインイベント。トークの準備をせなあかん。今カレンダーを眺めていて、一件論文のレビューの依頼がきていたのを忘れていた。これも出張の前に片付けとかんとあかんやん。
今日も相変わらず空は曇っているけど気温は結構高い。毎年この時期になると恒例だけど、坂下の田んぼで大きくなったオタマジャクシを捕まえてきた。

2017年6月29日木曜日

in 2 weeks

ミネアポリスへの出発がもう二週間後にまで迫ってきた。SDBに出席するのは学生の時以来。過去のmeeting posterを見てみると、どうやら自分が行ったのは2003年にボストンで開催された回で、ISDBとの合同開催だったようだ。自分が行ったミーティングのポスターって意外とよく覚えているもんやね。ということで、久しぶりに発生生物学のフィールドで発表することになるので、今回はKが進めているCCHのメカニズムに関するお話を、cell competitionとかtissue repairではなく、morphogenesisとかdifferentiation、そしてorgan proportioningとでもいうようなコンテクストで話してみようという試み。このところ、これに関連するegg chamberでのmutant phenotypeを見ていると何やらオモシロイことが分かってきたのだけど、実のところ謎は深まっているような気がする。明日はちょっと久しぶりに一日コンフォーカル大会をする予定。

2017年6月28日水曜日

gloomy sky

数日前の天気予報では、今週はずっと雨やってゆう話やったのにあんまり降れへんやん。まぁどっちか言うたら降らへんほうがええねんけども、今にも降りそうな感じでずっと空が曇っとるのはやっぱり精神的にあんまりええことないのかな。いろいろと上手いこといかへんなぁと、悩み事が普段よりも随分重たく感じられる。しかしながらその一方で、問題の本質はよく見えるような気もする。この晴間の見えない梅雨の暗雲のように重くのしかかる問題を自分の力で晴らすことができるのか。まぁそんな簡単なものでないことはよう分かっとるんやけども、こういう天気が続くとそういうものに対する自信も低下してしまうような気がする。まぁ、研究は相変わらず楽しいのだけども。早く梅雨明けて欲しいなぁ。

2017年6月26日月曜日

pink fly

なぜかこのmCherryだけすごい色が出るんだけど、他のとなんか違うんかな。

2017年6月25日日曜日

梅雨

田んぼでものすごい数のオタマジャクシが育っている。天気予報では、今週はほとんど雨。ということで、雨が降る前に昨日は家族四人でサイクリングに出かけた。梅雨早く終わって欲しいなぁ。

2017年6月23日金曜日

proofviewing

ちょうど2週間前に撮影してもらったビデオアーティクルの編集が終わったという連絡が来たので、オンラインでそのビデオのproofreading、というかproofviewing。全体の長さは約8分。こないだ小分けにして撮影したものが編集でうまく繋げられているし、論文の方にあるFigureにアニメーションを取り入れてResultsを紹介したパートもなかなか良い出来栄え。さすがプロやねぇ。少しキャプションの変更があるけど、それが終わればもうすぐオンラインでパブリッシュされるはず。

2017年6月17日土曜日

hit

2月の初旬に発注した抗体作製がようやく完了して、先日ついに3種類のペプチドに対するポリクロ抗体が送られてきた。ということで、早速アフィニティ精製されたものをmosaic egg chamberでテストした。どれも濃い濃度ではノンスペと思われるシグナルがかなり強いのだが、1つのものは1/1000で正しく染色されているように見える。ovarian follicleの抗体染色は結構うまくいかないヤツも多いので、これはグッドサインなはず。このタンパクに対する抗体は過去に2回ハズレを引いていることもあってちょっと安心したけど、まだもう少し、他の組織も使って最適条件を探っていく必要がある。

2017年6月15日木曜日

tadpoles

昨晩、また一件 bet on した。まぁ、気長にいくしかない。
水が入った田んぼでは、もうすでにたくさんのオタマジャクシが生まれていて、みんなのんびりと泳いでいる。

2017年6月13日火曜日

dissection part

JoVEのビデオで顕微鏡下での解剖を見せるパートは、こちらで自前のものを使って撮影するということになっていたのだが、ラボにあったハンディカムではビデオと接眼レンズのピントが一致しないことが判明。ということで今日の朝、KA博士が持っている実体顕微鏡システムで撮影させてもらってきた。Zeissの実体顕微鏡に、RelyOnていう会社のRetina screen付きHDMI cameraを載せている。そういや以前に一度うちでもデモをしてもらったことがあるんだけど、やっぱりこれなかなかええねぇ。結構安いし。

2017年6月12日月曜日

2nd Morphome

この週末、土曜と日曜の二日間、「The 2nd Morphomeostasis Meeting」が開催された。今年は仙台場所ということで、東北大の YN & DU 両博士がオーガナイズしてくれた。今回は前回から3人増えたこともあって、二日間に分けてのトーク。持ち時間は1人40分のプログラムだったはずだが、誰一人として40分で終わるようなことはなく、ディスカッションを含めると結局みなさんほとんど1時間喋り倒す流れ。まぁ、このメンバーだから予想通りといえばそうなのだが、時間的な余裕を持ったプログラムのはずが懇親会の時間までずれ込み、熱い議論は二次会のバーで午前2時ごろまで続いた。翌日またさらに朝の10時から3人のトークがあって昼過ぎにようやく全て終了。睡眠時間以外はほぼディスカッションというなんともインテンスなミーティングを存分に楽しんできた。来年は大府場所が決定。自分は今回ちょっとプレリミナリーなデータが多かったので、来年はもっと発展させたものを見せられるように頑張らないといけません。

2017年6月9日金曜日

Video shooting

JoVEのビデオシューティング終了。撮影スタッフは何人来るのかと思っていたら、若いアメリカ人のビデオグラファー、デイビッドがたった一人で来てくれた。フリーランスでいろんなドキュメンタリーとかを撮っているらしいのだが、日本からのJoVEのビデオは今ほとんど彼が撮っているんだそうな。午前中にオフィスで自分とKのインタビューを収録。昼御飯はデイビッドを連れてKと三人で研究所坂下の寿司屋へ。旨い地魚丼を食べながら、フリーランスビデオグラファーの楽しいお話を色々と聞かせてもらった。午後からは、フライルームと実験室で一連の実験内容を撮影。小分けにして結構たくさんのパートを撮ったのだけど、午後から大体2時間ぐらいで全て終了した。撮影は緊張感もあってちょっと疲れたけどなかなか楽しかった。今日収録した内容がアメリカの本部で編集されるんだそうな。どんなものになるのか結構楽しみ。

deviation

ビデオ撮影用のコンフォーカル画像を探していると、いろいろとオモシロイやつは出てくるんだけど、最適なものはやっぱりフィギアに使ったやつになるんかなぁ。

2017年6月8日木曜日

梅雨入り

もう梅雨入りなんだとか。この日本の雨季が本当に嫌いなことを思い出した。すでに今日も低気圧の影響か、夕方には体がだるくなってきて顕微鏡で細胞を数えながらうとうとしてしまった。しかしながら、実験結果は良好。先日の実験の追試だったのだが、クリアーな結果が見事に再現されていた。これはもうほぼ間違いない。
さて、明日はついにJoVEの論文のビデオシューティングの日。ということで今日の午後、Kと一緒に撮影に必要なものを確認した。いろいろと楽しみではある。

2017年6月5日月曜日

athletic weekend

週末は、土曜日が上の子の運動会、そして日曜日は研究所の教員学生対抗サッカー大会「森脇大五郎杯」。両日とも快晴で良かったのだけど、やっぱりかなり疲れた。特に昨日のサッカー大会は、昼から炎天下で15分のゲームを7本か8本、もう何回やったか忘れてしまうくらい最後はへろへろになるまで走らされた。下の子が試合を見に行きたいというので連れて行ったら、ハーフコートだったし人数が少なめだったこともあって、結局大人の中に子供一人で入って始めから終わりまで全ゲームに参加していた。最後まで元気に走る体力もそうだけど、ドリブルで大人を抜きに行ったり、挙句には一点ごっつぁんゴールを決めたりして、2年生の成長ぶりにちょっと驚かされた。で、当然自分は今日、全身筋肉痛で苦しんでいる。

2017年5月31日水曜日

clear phenotype

今日の午後、MさんとTさんがそれぞれ準備してくれたたくさんのプレパラートをチェックしていて、久しぶりに顕微鏡を覗きながら思わずうなってしまった。2つの別のプロジェクトそれぞれの仮説の正しさを裏付けるかなりクリアーなフェノタイプが出ていた。1つの方は、先週書いていたプロポーザル全体を支える土台の一つになるようなデータ。実験自体はかなりシンプルなだけに、こんなにクリアーな結果が出るとは意外だった。これは絶対重要な報告になるだろうから、なるべく早めにクリティカルなデータを出していかないとなぁ、とか考えていたらちょっと焦りも出てくる。いやはや、熱い夏になりそうな予感。

2017年5月30日火曜日

1/5

去年やった一つのgenetic screeningから挙がってきたcandidateが5つあって、その中でも一番phenotypeがはっきりしていたものに最近ちょっとフォーカスして実験していたのだが、どうもやっぱり違うっぽいなぁという感じがしてきた。まぁまだ他のmutant cloneでの機能を見てみないことにはなんとも言えないけど、とりあえず tub > dMyc assay では期待したようなことは起こっていないようだ。まぁ、一つ一つ見ていくしかないけど、ほんまに人手が足らんなぁ。

drawing water

ついに全ての田んぼに水が入り始めた。五月も終わりやね。

2017年5月29日月曜日

運動会1

土曜日は下の子の運動会だった。快晴だったのはイイけど、やっぱり一日炎天下にいるとだいぶ疲れるね。まだなんか体がだるい。そして、今週末は上の子の運動会。

2017年5月26日金曜日

3つ

なんかこの数日間、低気圧のせいであんまり元気が出なくてしんどいのだけど、今日が締め切り予定だった書類(カレンダーには3つ書いてある)はほぼ全て終了が見えた感じ。もうちょいやな。
近所の田んぼでは一昨日あたりから水が入って、ついに夜のカエルの大合唱が始まった。

SDB

7月にミネアポリスで開催されるSDBのAnnual Meetingを偵察しに行こうと思い立って、少し前にアブストを送ったのだけど、どうやらこれがトークに選ばれてしまったようだ。自分は学生の頃からずっとDevelopmental Biologyをやってきたと思っているのだけど、意外とSDBは学生の時に一度ボストンで開催された時に参加したことがあるだけだから随分久しぶり。まぁ良い機会なので、KがやっているCCHの話をちょっと実験的にmorphogenesisという文脈の中で話してみようと思っている。今までと違うコミュニティーで話してみるというのはこれまた楽しみやね。

2017年5月20日土曜日

Cathedral Cellar Chardonnay

KWV Cathedral Cellar Chardonnay 2014
久しぶりに南アフリカのワイン。フルーティで柔らかい酸味があって、とても飲みやすいシャルドネ。暑くなってくるとこういうワインいいね。

2017年5月18日木曜日

larva and pupa

なんやかんやとやらなあかんことが出てくるねん、ほんま。テレビで大相撲を横目で見ながら資料作成。

2017年5月16日火曜日

SMZ demo

今日から、ナイコンSMZのデモ機を一週間ほど試させてもらえることになった。とりあえずイマジナルディスクの蛍光サンプルを見てみたけど、解像度も立体的な見え方も素晴らしい。実体顕微鏡も進化しとるねぇと感心した。でかいだけのことはある。今回貸してもらったのは電動モデルのほうだけど、自分の使い方なら手動でいいのかも。レンズを覗きながらだと、ついつい手が前に伸びて顕微鏡のハンドルを探しちゃうし、ハンドルに触れている方が心が落ち着く。

2017年5月15日月曜日

Nara

先週はAPDRCが終わってから、金曜日に奈良のSK博士のラボを訪問してきた。ちょうど2年前の5月にも一度訪問させてもらっているのだが、あの頃からもう少し人数が増えて、研究も好調に進んでいる様子のラボメンバーの方々と色々ディスカスすることができて刺激をもらってきた。次の日、昼前には雨がやんでいたので、2年前と同じように少し歩いて興福寺をお参りした。東金堂の中央に鎮座する大きな薬師如来から目を離すことができずに立ち尽くしていると、なぜだか自分の中に一つの確信のようなものが現れたので、少し高揚した気分で帰路についた。

2017年5月11日木曜日

昨晩は海外からのスピーカーを連れて、SKY博士がチョイスしてくれたちょっとイイ居酒屋で海鮮魚介料理に舌鼓。で、今晩は自分が泊まっているホテルで懇親会。今日はポスター発表もあったし、この三日間でかなりたくさんの人と話すことができた。やっぱり来て良かったな。APDRCは明日で終了。

2017年5月9日火曜日

2017年5月6日土曜日

連休終盤

今日もまた山の中へ。だいぶ暑くなってきましたなぁ。連休明けの月曜日から一週間出張に出るので、そろそろ準備を整えないとなぁ、ということで、今晩は提出締め切りが迫っている書類の作成など。

2017年5月4日木曜日

explore trails

今日も新たなトレイルを求めて山の中へ。ちょっと道に迷ったけど、上の方から森の中を下りてくるかなりイイ感じの道を発見。

2017年5月3日水曜日

K's paper accepted!

昨晩、Kの論文がアクセプトされたというメールがジャーナルの編集部から届いた。改訂版をサブミットしたのはサンディエゴに行く前だったから、もうかれこれ一ヶ月以上経っていたので、もしかしたらもう一回リバイズの要請が来るのかもなぁと思っていたけど、意外にもセカンドリバイズは無しでアクセプト。よかったよかった。
実はこれ、JoVE(Journal of Visualized Experiments)というジャーナルで、実験や解析の手法を紹介する論文とともに、その内容をオンラインでビデオアーティクルとして紹介しているというなかなか斬新なタイプのジャーナルなんですね。ということで、論文がアクセプトされたら今度はラボでのビデオ撮影に関する諸々の準備が始まるんだそうな。早速ディレクターからメールが来て、「In short, a lot of folks will be contacting you during the production of your video article.  Please don't panic!」とか言っているし、今晩もなんやかんやとビデオシューティングに関して質問事項が送られて来た。アメリカのジャーナルだけど、ビデオグラファーは東京にもいるみたい。なんやら楽しくなりそうやね。

2017年5月1日月曜日

Maytime

先週、E博士に送ってもらったリポーターのハエを今朝受け取ることができたので、早速バランサーフライのバージンと掛け合わせ。長旅の疲れも見せず、なかなか元気そう。ハエを送るにも良い季節よね。

皐月

早くも5月ですか。近所の畑には蓮華草が咲き乱れている。
先週は、不意に回って来たレビューを書いたりして忙しかったのだけど、来週またいくつか申請書の締め切りがあるので、それらは今週中に書いておきたいところ。というか、来週は一週間まるまる出張なので、出張に出る前までにやってしまわんとあかんやん。でも今日は、WMラボのズーちゃんが書いた論文の添削。WMラボにいた頃に自分が作った genetic screening system でtumor関連のmiRNAをスクリーンしたお話、ということで一応自分の名前も入っている。

2017年4月24日月曜日

8周年

このブログを書き始めたのは、2009年の4月24日となっている。つまり、今日でFPTブログ開設8周年というわけだ。書き始めた時はまさかこんなに長く続けることになるとは思っていなかったし、だいたい同じペースで8年間書き続けているということに自分でもちょっと驚いている。ともあれ、結構しょーもないことばっかり書いてるにもかかわらず読んでくれている方々に感謝します。
自分にとっては備忘録として、コミュニケーションの手段として、そして気分転換として、なんやかんやと意外に役立っているからこそ続いているのだけども、もしこの8年間で少しでも誰かの役に立ったり、暇つぶしになったり、はたまたショウジョウバエをモデルとした生命科学研究の啓蒙になったようなことがあれば、それは望外の喜び。今後もなるべくこのペースで続けていくんかなぁとは思っているけど、どうなんだろう。続けることを目的にしたら逆にしんどくなりそうやし、自然体で続けていけそうなら続けていこうと思います。

2017年4月22日土曜日

WT

昨晩は、今月台湾から電子顕微鏡を使った実験をするためうちのラボに滞在中の学生、WTを連れて、構造党のメンバーとともに坂下のバーへ。もう最初から結構な勢いでしゃべり倒してくれるWTと、それに押され気味の構造党メンバーという感じで12時近くまで楽しく飲んでいた。学位を取ったらポスドクとしてウチに来るという話をWTは案外真剣に考えてくれているようだったので、これまたちょっと色々と考えないといかんな。
そんなわけで今日はちょっと二日酔い気味だったのだけど、やはり下の子と一緒にマウンテンバイクに乗って山の中へ。

2017年4月21日金曜日

morning fire

今日の朝、ずいぶんとサイレンが鳴っとるなと思って外を見たら、家の前の森の向こう側から煙がもくもくとすごい勢いで上がっていた。ちょうど家を出るところだったので、自転車に乗って急いで森の向こう側へ。どうやら燃えているのは小さな工場か倉庫のようなものだと思うけど、あの辺りは古い街並みが残っていて趣のあるところ。あまり燃え広がっていないといいけど。

2017年4月20日木曜日

コラーゲン、というかコラジェン

単細胞生物から多細胞動物への進化、そして上皮組織の進化を可能にしたのは Collagen IV。やっぱコラジェンやよねぇ。なんでか知らんけど、basement membraneって人を惹きつけるものがあるもんねぇ。

Collagen IV and basement membrane at the evolutionary dawn of metazoan tissues.  eLife, e24176.
The role of the cellular microenvironment in enabling metazoan tissue genesis remains obscure.  Ctenophora has recently emerged as one of the earliest-branching extant animal phyla, providing a unique opportunity to explore the evolutionary role of the cellular microenvironment in tissue genesis.  Here, we characterized the extracellular matrix (ECM), with a focus on collagen IV and its variant, spongin short-chain collagens, of non-bilaterian animal phyla.  We identified basement membrane (BM) and collagen IV in Ctenophora, and show that the structural and genomic features of collagen IV are homologous to those of non-bilaterian animal phyla and Bilateria.  Yet, ctenophore features are more diverse and distinct, expressing up to twenty genes compared to six in vertebrates.  Moreover, collagen IV is absent in unicellular sister-groups.  Collectively, we conclude that collagen IV and its variant, spongin, are primordial components of the extracellular microenvironment, and as a component of BM, collagen IV enabled the assembly of a fundamental architectural unit for multicellular tissue genesis.

2017年4月19日水曜日

5

さて、サンディエゴから帰って来てから用意した数ラインのバージンがだいぶたまってきたので、そろそろ掛け合わせを始めましょかというところ。大きく分けると5つの実験ということになるのだが、実際のクロスの数は結構多い。まぁ一つはミニスクリーニングという感じ。これらのうちのいくつかの実験結果は、THSプロジェクトの今後の方向性を決定づける可能性を秘めている。やりたい実験のアイデアはもっとたくさんあって焦りもあるのだけど、なんだかこうして実験にワクワク気持ちが高ぶるのは久しぶりやな。そして今晩は札幌のK博士とスカイプディスカスの予定。

gradation

昨日の帰り道に見た田んぼの中での夕景。

2017年4月18日火曜日

Galodoro Tinto

Casa Santos Lima Galodoro Tinto 2014
久しぶりのポルトガルワイン。金賞受賞メダルにつられて。ポルトガルの土着品種(カステラン、ティンタ・ロリス、トゥリガ・ナシオナル)にカベルネをブレンドしてるんだそうな。かなり甘いけどバランスは良くて飲みやすい。900円ほど。

2017年4月14日金曜日

spreading-of-signals

Index switching causes “spreading-of-signal” among multiplexed samples in Illumina HiSeq 4000 DNA sequencing.  bioRxiv  doi: https://doi.org/10.1101/125724

Exclusion Amplification chemistryという新しいシステムが使われている Illumina HiSeq 3000/4000/X Ten によるマルチプレックスシーケンスで、リードの5〜10%が誤ったバーコードに割り振られる可能性のあることが判明したんだそうな。ウチもついこないだ外注していたRNA seqのデータを受け取ったばかりなんだけど、やっぱりHiSeq 4000が使われていた。。。このエラーによる影響の大きさは、NGSのデータを用いて実際に何をどのように解析しようとしているのかということにもよるのだろうけど、もしこれが本当なら世界中で結構大きな騒ぎになるんじゃないのかね。

「..... We show that this promising chemistry is problematic, however, when multiplexing samples. We discovered that up to 5-10% of sequencing reads (or signals) are incorrectly assigned from a given sample to other samples in a multiplexed pool. We provide evidence that this “spreading-of-signals” arises from low levels of free index primers present in the pool. These index primers can prime pooled library fragments at random via complementary 3′ ends, and get extended by DNA polymerase, creating a new library molecule with a new index before binding to the patterned flow cell to generate a cluster for sequencing. This causes the resulting read from that cluster to be assigned to a different sample, causing the spread of signals within multiplexed samples.」

「..... Therefore, all data generated in this way must now be carefully re-examined to ensure that “spreading-of-signals” has not compromised data analysis and conclusions. Re-sequencing samples using an older technology that uses conventional bridge amplification for cluster generation, or improved library cleanup strategies to remove free index primers, can minimize or eliminate this signal spreading artifact.」

2017年4月13日木曜日

桜満開

研究所前の桜並木は昨日あたりから満開で、すごく華やいでいる。やっぱり桜はいいねぇ。普段は閑散とした通りなんだけど、この時期は誰もが足を止めて桜に見入っている。

Now THS review is Open Access

Tumor Hotspotレビュー論文、先ほどオープンアクセスになりました!Rights and Accessを変更するためのフォームはなんやかんやとややこしかったのだけど、オンラインでこの手続きを済ませてしまうと速攻でOpen Accessにしてくれたもよう。ちなみに、Open Accessの費用は3600ドル。これはWMと折半することにした。
ということで、ガンの初期発生にご興味のある方は是非ご一読いただければ幸いです。

Tissue-Intrinsic Tumor Hotspots: Terroir for Tumorigenesis.  Trends in Cancer.  doi: 10.1016/j.trecan.2017.03.003

2017年4月10日月曜日

shelling in the rain

週末、雨が降りしきる中、どこに遊びに行きたいか下の子に聞いたら、海で貝を拾いたいというので沼津の南の方までドライブ。名もなさそうな小さな浜に降りてみた。

Trumpeter Chardonnay

Rutini Wines Trumpeter Chardonnay 2015
とりあえず、Tumor Hotspotレビュー論文の出版祝い。アルゼンチン、メンドーサのシャルドネ。爽やかでコクもある、リンゴとパイナップルのような味わい。まぁまぁバランスも良く飲みやすい。1400円ほど。
論文のPDFをダウンロードできるかどうかいろんな人に聞いて見たけど、未だにアクセスできる大学が見つからないので、たぶんまだほとんどの方が読めない状態なのではないだろうか。。。ということで、現在Open Accessへの移行中です。

紫陽花

二ヶ月ほど前に生え始めた芽はコレだった。