2017年9月22日金曜日

harvest time

ここ数日間で稲穂がどんどん黄色くなってきた。もうそろそろ刈り入れが始まるのかね。

久しぶりの

昨日、Kの実験のFACS解析をするために、久しぶりに午後からみんなでオバリー解剖大会。全部で160匹分のオバリーを準備して、そこからfollicle cellsをisolate。そういや前にFACS解析をしたのはまだフロリダにいた時だった。今回は、Kラボの最新型のやつを使わせてもらったのだけど、FSUで使ったゴツいマシンとは違って、かなりコンパクトで操作もシンプルで使いやすい感じだった。とはいえ、今回はどのシグナルがfollicleで、どのシグナルがGFPなのかもよく分からないくらいノイズが多くて、結局はっきりとしたploidyのピークを見ることはできなかった。そういや、前やった時もシグナルを見分けるのにかなり苦労したことをようやく思い出した。一方、前回は1サンプルにつき250匹分ものオバリーを使っていたけど、このKラボのマシンなら10匹分くらいでも大丈夫やんということが判明。素晴らしい技術の進歩。まぁそんなわけで、次回もう一度いろんなコントロールのサンプルをきちんと準備して出直すことに。まぁ、これは重要なところなのでじっくりやるしかない。

2017年9月18日月曜日

台風一過

昨晩、台風が通って行ったようだけど、この辺りは雨も風もそれほど大したことはなかった。すっかり秋らしくなってきたねぇ。今日は暑いけど。
さて、今日から三週間、やることが山積みになっとるなぁ。今日は午後からまず一件ベットして、ほいで明日締め切りの報告書の作成。

2017年9月15日金曜日

escaper

スクリーニングでの最適濃度を見極めるためのパイロット実験なんだけども、早速エスケイパーが出てきたかも。まぁこれが当たりなのかもしくは何か問題があるのか、そのあたりはもうちょいと経過観察が必要だけど、もしかしたら結構出てくるもんなのかなぁ。なんやらちょっとオモシロなってきたな。

稲穂

二週間前、札幌から帰ってきたら暑い夏が終わっていて、今年はなんだか急に夏から秋に変わったような感じがする。稲穂もこの数日間で一気に実ってくるんやね。
一度は行かないことに決めた11月末のミーティングだけど、やっぱり行こうかなという気になってきた。あんまり出張が多くなってしまうのもどうかと思うのだが、ここはもうちょい露出を増やしていく作戦。

2017年9月13日水曜日

温存策

この数日、うだうだと科研費のことを考えていたのだけども、やっぱり1種目の申請に集中することにしよう。モチベーションが上がらんかったというのも一つの理由やけど、まぁ、得意の体力温存策やね。

Castillo de la Cruz

Bodegas Fernando Castro, Castillo de la Cruz Gran Reserva 2004
スペイン、2004年のテンプラニーリョ。甘いブルーベリー。まろやかに熟成していて意外とあっさり。とても飲みやすいけど、自分はもうちょいと濃いのが好みかな。1500円ちょい。
そう言えば、先週からスペインのDr. GMと連絡を取ったりしていて、なんだかずっとスペインのことを考えていたんよね。

2017年9月6日水曜日

Larva harvesting

先週の国際シンポに向けて取り組んでいた実験が一段落したこともあり、前から計画していた抗がん剤スクリーニングをいよいよMさんが開始する。この一次スクリーニングではイマジナルディスクを使うので、特定の時期の幼虫を一気に集めて、これらを各々別の薬剤入り培地へ移す必要があるのだけど、エサの中にいる幼虫達を一気に集めるという作業を今までにやったことがなかったので、今日試しに一度やってみた。プロトコールは以下の通り。

1)15%のショ糖溶液(15% sucrose in H2O)を、幼虫達が蠢くエサ入りバイアルに直接注ぎ入れる。
2)竹串かなんかでエサをジェントルにかき混ぜて溶かす。
3)バイアルを静置して濁った溶液が落ち着くのを見ていると、エサの中にいる幼虫達がぽんぽん浮き上がってくる。
4)水面に浮き上がってきた奴等をスポイトで吸い取って、シャーレかなんかに移して水でリンスしてやる。

これだけ。噂には聞いていたけど、彼らはこの砂糖水の中だとほんますぐに浮き上がってくるんやね。なかなか便利やなぁ。

2017年9月4日月曜日

writing month

今日、事務から平成30年度の科研費公募に関するメールが送られてきた。所内の提出期限は10月10日。といっても10月6日からリスボンへ向かう予定なので、自分の締め切りはこの旅行の出発前ということになるか。色々と考えた末、今年は2種目に申請することに決定。来月の出張前までに提出しないといけないものは他にもなんやかんやとあるので、今月はライティング三昧やね。実験も色々と進み始めているので、こちらはラボメンバーに頼ることになりそう。さぁ、頑張っていきまひょか。

2017年9月3日日曜日

ISCC@クラ館

ということで先週は札幌で、火曜日に開催された第3回細胞競合国際シンポジウム「Cell Competition in Development and Cancer」でトークをして、水曜と木曜は新学術領域の班会議に出席してきた。会場は自分にとってはなんとも懐かしい北大のクラ館。このところこの国際シンポジウムは毎年行われているし、結構他の学会で顔をあわせる人も多い、ということもあって今回の招待講演者はほとんどみんな馴染みの面々。ということで、前夜のスピーカーズディナーからシンポジウム後の懇親会まで、遠い国から集まってくれた皆さんとさらに交流を深めることができた。それにしても懇親会後の二次会と三次会に残っていた海外のスピーカーは皆スペイン系ばかりで、彼らの希望で行った三次会のカラオケボックスでは、カラオケでこんなに大盛り上がりしたのはいつぶりだろう、というくらいみんなでハッスルした。あのメンバーで肩組んで Yellow Submarine を大合唱とか、いま考えてみたらちょっとスゴイ。まぁそんな中でもDr. MTやDr. GMといったスペインの大先生に色々とお話を聞かせてもらうこともできて良かった。そんなわけで今晩はちょっとDr. GM御大にお手紙をしたためている。

2017年9月2日土曜日

9月

今週は月曜日から札幌に滞在して、木曜の夜に三島に帰って来た。いま、一週間ぶりにようやくゆっくりとオフィスのパソコンに向かえた感じ。なんか、結構忙しい出張やったなぁ。札幌に行く前はまだ真夏のようだったのに、帰ってくるとえらい涼しくなってて稲穂も実りつつあるし、急に秋になったかのようだ。心地よい涼しさは札幌とあんまり変わらないくらい。まだ蝉の声は聞こえるけど、もう夏は終わりなんやねぇ。

2017年8月26日土曜日

finalist

なんか忙しい週だった。。。水曜木曜と一日中コンフォーカルしてたからかな。二日間で撮りためたズィースタック画像を今日一枚一枚見ていたのだが、もしかしたらこいつは怪しいかも、というのが2種類。スクリーニング最終段階のこの実験では4種類まで絞ってきていたのだけど、ついに最終候補まで辿り着いた。まぁ、まだ候補であって確定ではないので、来週の発表ではまだ遺伝子名のスペシファイはできないけど、最後に少しこの実験結果も紹介するかな。

2017年8月21日月曜日

mimicry

少し前まで田んぼの中で泳いでいた無数のオタマジャクシ達は姿を消し、その代わり稲の間に小さなカエル達が顔を出すようになった。みんななかなかうまいこと背景に同化するような色になるんやねぇ。

今週

さて、今週はとりあえず来週の国際シンポジウムで話す内容を考えて、発表スライドを作らんとあかんやん。その前に、もし実験がうまくいってたらコンフォーカルで写真も撮らないかんかな。あとそういや、水曜日に研究所見学にくる高校生相手になんかキャリアについてのフリートークをしてくれとか事務から頼まれたんだった。自分のキャリアの話とか結構特殊やと思うんやけど、まぁ自由にしゃべってと言われたので自由にしゃべることにしよう。

Osezaki

盆休みも取らずにだいぶ長いことオフィスにこもっていた気がしたので、この週末はちょっとオフを取ってみた。ということで、土曜日は下の子を連れて大瀬崎(おせざき)の海へ行って来た。ここのビーチは静かな入り江にあってなかなかきれいなところ。魚もたくさんいるのでダイビングをする人が結構多いようだ。海の中で仰向けになってぷかぷか浮かびながらぼんやりと青空を眺めると、いつもの夏と同じあの不思議な感じがする。

2017年8月17日木曜日

夏祭り

昨日と一昨日の夜、家族みんなで三嶋大社の夏祭りを見に行って来た。実はこの町に来てからこの祭りを見に行くのは初めて。三日間も連続であるっていうのも結構すごいけど、山車とか、しゃぎりの競り合いとか、手筒花火とか、見るものも結構多い。今日の昼には、神社で流鏑馬とかもあるんだとか。でもやっぱりお祭りの夜店はエエよね。子供の頃を思い出す。

盆休み

先週末から今週の前半にかけて、研究所は盆休みだったようだけど、自分はなんやかんやとやることがあったので結局毎日ラボに来ている。一つは、今やっている一連の実験結果でイイ感じのデータが出るなら、再来週の国際シンポジウムのトークで紹介することができるかなと思っているもの。Mさんがかなり頑張ってやってくれているのだけど、さぁどうなるか、結果は来週出てくるはず。あと、ここ二週間ほどちょっと気合い入れて書いていたものを昨日サブミットした。これを元にしてまたいくつかbetできるかな。

2017年8月12日土曜日

postdoc position?

一昨日の夜、フロリダのWMとスカイプしていたのだけど、音声が途切れたりしてどうも向こうの調子が良くなかったので、昨日の夜もう一度途中からやり直し。共同研究している内容に関して、向こうの大学院生Sのデータと、こちらのKのデータをつき合わせて色々とデスカッション。お互いにちょっと違う方向からの実験をしているからフェノタイプはだいぶ違うんだけども、良く考えてみると意外とコンシステントなのかもねぇという感じになってきた。この調子でデータが出るのであれば、もしかしたら論文は二本にスプリットしてもエエのかも知れんなと思ったり。
そういや、WMのラボでは今ポスドクを一人探しているんだそうな。日本にイイ人いないかなって、そんなことゆうたらウチかて欲しいんやけど、まぁ宣伝しといてあげましょう。ご興味のある方はWMに直接メールしても良いし、何かご質問がございましたら私の方に連絡してもらっても大丈夫です。

2017年8月10日木曜日

青いトンボ

今日の朝は、先日あった大学院入試に関する会議。今回は比較的短時間で終了。

夏ばて

今月末に札幌で開催されるCell Competitionの国際シンポジウムでトークをするのだけども、今回はちょっと新しい話をしようかなということで、アブストラクトにはゴルゴスクリーニングのことを書いた。これに関しては去年の班会議でも少し紹介しているのだが、今回のシンポジウムはこの筋の海外ラボのPIも勢揃いしているから、ちょっと慎重にならざるを得ない。まぁそんなことで、もう少しデータを増やそうと思って数ヶ月前から準備していた実験が今ちょうど最終段階に入ってきているのだけど、どうも卵の産みが悪いラインが多くて困っている。ハエもちょっと夏ばてかね。

帰り道

昨日の帰り道。

2017年8月7日月曜日

Cars 3

週末は、土曜日に下の子と二人で「Cars 3」を観に映画館へ。で、日曜日は近くのタミヤのショップへミニ四駆のパーツを探しに行って結局新しいのを一台買って作ったりと、なんだかレースカー三昧の週末だった。「Cars」の1は、下の子がまだ小さい頃、家で毎日のようにDVDを流していたので、たぶん自分にとっては今までで一番多く観た映画。大げさでなく、繰り返し100回近くは観ているはず。二、三歳の小さい子供と大人が一緒にそれだけもの回数観ても楽しめるということが、いかにこの「Cars」という映画の完成度が高いかということを示していると思う。まぁそんなわけで、この「Cars 3」は色々と感慨深く観させてもらった。最後の舞台はフロリダということで、懐かしい風景もたくさん出てきたし。

2017年8月3日木曜日

ラボミと内部監査

昨日の朝はラボミーティングでKのプログレスリポート。Kが取り組んでいるCCHのほうのプロジェクトはだいぶ形になってきているのだけど、昨日はもう一つ並行して進めているTHSプロジェクトに関するリポート。専用のGal4とか、mutant alleleとか、解析プログラムとか、この一年でだいぶ色々なツールが揃ってきているので、こちらのプロジェクトはいよいよこれから発展しそうかなぁという感じ。
で、昨日の午後はウチの研究所が所属する研究機構の内部監査。自分の科研費課題の一つが特別監査に選定されたとかで、機構本部から来た監査員によるヒアリング調査を受けた。監査員2名に加えてうちの研究所の事務方も4名ついてきていたので、計6名に囲まれてなんやら大袈裟な感じやったけど、ちょっと普段不満に思っていたことも言わせてもらったし、事務方の皆さんが緊張の面持ちで見守るなか受け答えするのはなかなか楽しかった。
そんな感じで8月スタート。

2017年7月31日月曜日

七月

今日で七月も終了か。なんかえらい早かったな、って、ついこないだ六月が終わった時にも書いた気がするけど。今月はほんま、ミネアポリスでのSDBがメインイベントやったなぁという感じ。ほいで、来月八月のメインイベントは末に札幌で開催されるCell Competitionの国際シンポジウム。このシンポジウムではこないだSDBで話したものとは違うテーマでトークをする予定やさかいに、これまたちょっとしっかり準備せなあきません。でもカレンダーを見ると、今のところ意外にも八月はそれ以外の予定はあんまり入ってないやん。盆休みとかあるけど、久しぶりにちょっと落ち着いてやれるかな。

2017年7月26日水曜日

Induction and Diagnosis of Tumors in Drosophila

そういやJoVEのビデオのプルーフが来てからもう一ヶ月も経ってたのだけど、今日ようやくパブリッシュされましたという連絡が来た。ということで、ついにKの1本目の論文がビデオとともにJoVEでオンラインに登場。普段からショウジョウバエのイマジナルディスクを使ってクローン解析とかしている方々にとっては、実験技術的に目新しいことは別にないだろうと思うけど、tumor phenotypeを誘導して観察してそれに対する考察をする上で有用な情報は色々と含まれているはず。ということで、ご興味のある方はとりあえずビデオをお楽しみください。

Induction and Diagnosis of Tumors in Drosophila Imaginal Disc Epithelia.  J. Vis. Exp. (125), e55901.
In the early stages of cancer, transformed mutant cells show cytological abnormalities, begin uncontrolled overgrowth, and progressively disrupt tissue organization.  Drosophila melanogaster has emerged as a popular experimental model system in cancer biology to study the genetic and cellular mechanisms of tumorigenesis.  In particular, genetic tools for Drosophila imaginal discs (developing epithelia in larvae) enable the creation of transformed pro-tumor cells within a normal epithelial tissue, a situation similar to the initial stages of human cancer.  A recent study of tumorigenesis in Drosophila wing imaginal discs, however, showed that tumor initiation depends on the tissue-intrinsic cytoarchitecture and the local microenvironment, suggesting that it is important to consider the region-specific susceptibility to tumorigenic stimuli in evaluating tumor phenotypes in imaginal discs.  To facilitate phenotypic analysis of tumor progression in imaginal discs, here we describe a protocol for genetic experiments using the GAL4-UAS system to induce neoplastic tumors in wing imaginal discs.  We further introduce a diagnosis method to classify the phenotypes of clonal lesions induced in imaginal epithelia, as a clear classification method to discriminate various stages of tumor progression (such as hyperplasia, dysplasia, or neoplasia) had not been described before.  These methods might be broadly applicable to the clonal analysis of tumor phenotypes in various organs in Drosophila.


2017年7月25日火曜日

Minneapolis stroll

今回のミネアポリス出張での写真を少し置いておこう。

Minneapolis Institute of Art
この美術館はなんだかとても落ち着いていて、コレクションも素晴らしかったし、本当に一日楽しむことができた。人が少なくてすごく空いているのも良いんだろう。しかもタダ。ここはまた来たい。

ミネアポリスのダウンタウン。学会会場の近辺はビジネス街なのか、なんだか人が少なくて変な感じだったけど、ミシシッピ川の方へ向かって歩いて行くと、もう少し活気のある街が現れた。
ビルの谷間でテニスの大会が行われていたり。

ミネソタ大学のN先生が車で連れて行ってくれた隣町、セントポールの大聖堂。この裏手からセントポールの街を見渡すことができた。

2017年7月22日土曜日

帰っても時差ぼけ

さて、一昨日の晩に無事三島に帰ってきました。そしてまた時差ぼけに苦しんでいるのだけども、出張中にもしっかりと実験を進めてくれているラボテクのお二人から色々と質問があったり、今日が締め切りの研究報告書を急いで書いたりして、ちと疲れた。そんな中、今回のSDBでのユーのトークを very much enjoy しました、というとても前向きな評価をしてくれているメールが届いた。もしかしたら今回みたいなこういうのが、何か新しい展開をもたらすのかも知れない。

2017年7月19日水曜日

delay

今ミネアポリスの空港で出発待ちなのだが、どうやら出発時間が3時間ほど遅れる見込み。3ヶ月ほど前にトランジットで5時間滞在したこの空港で、またもや5時間ほど過ごすことになってしまった。。。

2017年7月18日火曜日

mission complete

全てのミッション終了。明日の朝、帰路につきます。

SDB終了

SDBは昨日の夜のバンケットで全てのイベントが終了。十数年前、学生の時に参加した時も最終日の晩餐会が結構豪華だったことを思い出した。会場にたくさん用意された丸テーブルに着くと、次々と料理が運ばれて来て、前のステージではバンドが演奏して、バンドの演奏に合わせて次第にみんな踊り出して、という感じ。今回は知り合いが誰もいなかったので初日は心細かったけど、気付くといつの間にかこの4日間で随分たくさんの友達ができていた。昨晩もバンケットのあとさらに在米日本人の連中と近くのバーで遅くまで話していた。今回ミネアポリス開催ということもあって、地元のミネソタ大学から参加していた日本人の方々と知り合うことができたのだが、そのうちの一つのラボはFly Labということで、今日はラボ訪問にまで誘っていただいた。今回の出張は随分と知り合いが増えそうだ。

2017年7月16日日曜日

Minnehaha Falls

今回の学会は誰一人として友達がいなくて心細かったので、とりあえずポスターセッションで話せそうな人と話していたら、昨晩ようやく数人の在米日本人ポスドクの方々とお知り合いになることができた。今日はトークの後でそのうちの一人のラボメンバーに紛れて一緒にベトナム料理を食べに行った後、さらに観光も御一緒させてもらった。訪れたのは、ダウンタウンから車で10分ほどのところにあるMinnehaha Fallsという大きな滝がある公園。それにしても昨日まで随分と涼しかったのに、今日からいきなりものすごい猛暑になった。

success

今日の朝のセッションでトークをしてきた。Kが送ってくれたラストミニッツの新しいデータを見ながら、昨日ホテルの部屋でかなり色々と悩んだ末に、やっぱり今回はcell competitionとかtissue repairという文脈でのCCHの話は一切入れないことにした。そもそもCCHのメカニズムを解明するための研究なのだから、CCHのことを話さないのも変なのだが、これを純粋にnormal developmentにおけるprecise pattern formation、coordinated organogenesisという話に昇華させることに成功したんじゃないだろうか。セッションが終わったあとで、わざわざ自分のところに話をしに来てくれた数人のPIの話ぶりからそういう手応えは感じた。我ながら、なかなかうまくまとまったエエトークやったんやないやろうかと思う。ということで、思い切ってこういう形にしてみたのは成功。いよいよ論文の形も見え始めてきた気がする。

2017年7月14日金曜日

SDBスタート

昨日の午後からついに学会が始まった。意外と出席者の人数はFly Meetingより少ないかな。ポスターもそれほど多くはないんだけど、ポスターセッションは1日目から夜の11時まで。スケジュールを見ると、3日目まで毎晩夜11時までポスターセッションがあるようだ。朝は毎朝8時半からだし、この学会かなり激しいね。昨晩は、時差ボケからくる眠気がひどかったので、ポスターは早々に切り上げてホテルに帰ってきて就寝。

2017年7月13日木曜日

arrived at Minneapolis

ミネアポリスに無事到着。飛行機は羽田からの直行便だったので、乗り換えがなくていつもより楽だったように感じるけど、機内でほとんど眠れなかったので今かなり眠たい。少しぶらぶらとホテルの周辺を歩いてみたけど、なんか、大都市のダウンタウンなのに随分歩いている人の数が少なくて変な感じ。治安が悪そうな感じはあまりしないんだけど、大都市なのに人が少ないと不安になるな。まぁいいや、とりあえず今日はもう寝よう。

2017年7月12日水曜日

Concurrent Session 4

ということで、Minneapolis で今週木曜日から始まる SDB 76th Annual Meeting。自分は3日目、土曜日朝の Concurrent Session 4 "Biophysical and Biomechanical Aspects of Development" でトークをする予定。タイトルは、「Mechanical stretch-induced cell cycle modification in epithelial morphogenesis」。
てゆうても、日本の人はどれくらい来てはるかな。

明日出発

今日もものすごい暑かったねぇ。なんかばたばたしてる間に出発がもう明日になってしまったけど、発表スライドがまだちゃんと出来ていない。。。まぁ発表は土曜日なので、仕上げは向こうでやればいいか。Kの新しいデータも間に合いそうなら送ってもらうことにした。ということで、三ヶ月ぶりのアメリカか。明日から一週間、ミネアポリスに滞在します。

2017年7月10日月曜日

last-minute

さて、ミネアポリスへの出発が明後日に迫ってきた。一週間ラボを離れることになるので、今日と明日で色々と準備しとかないと。発表用のスライドの準備もしないとあかんのやけど、いまKが頑張ってやっている実験のデータをラストミニッツで入れることができるかどうかというところ。 
依頼されていた論文のレビューは今日が締め切りということだったので、先ほどコメントを送信。週末にこの論文を読んでいたのだけど、これはちょっとひどかった。英語もひどいけど、そもそも論文の体をなしていない。こんなんわざわざレビュワーに回さんとエディターがリジェクトするべきやろうとも思うけど、一応ちゃんとコメントしておきました

heat

この数日、もう真夏のような熱気。昨日の午後、近所の川で涼んでいるときに森の中から蝉の声も聞こえたような。

2017年7月7日金曜日

Hommage à Marie de Bourgogne

Louis Chavy Hommage à Marie de Bourgogne AOC Coteaux Bourguignons 2014
Valois-Bourgogne家のブルゴーニュ公国最後の君主、Marie de Bourgogneへのオマージュ、という名前のワイン。25歳の若さで亡くなったマリーは絶世の美女だったそうな。ちなみに、Coteaux Bourguignonsというのは比較的新しいブルゴーニュのAOC。甘酸っぱい新鮮なイチゴのような、フルーティで飲みやすい。蒸し暑いこの季節、少し冷やして飲むとエエよね。美味い。千円ちょい。

Flip-Flop

A cell cycle-independent, conditional gene inactivation strategy for differentially tagging wild-type and mutant cells.  eLife 6: e26420. 
Here, we describe a novel method based on intronic MiMIC insertions described in Nagarkar-Jaiswal et al. (2015) to perform conditional gene inactivation in Drosophila.  Mosaic analysis in Drosophila cannot be easily performed in post-mitotic cells.  We, therefore, developed Flip-Flop, a flippase-dependent in vivo cassette-inversion method that marks wild-type cells with the endogenous EGFP-tagged protein, whereas mutant cells are marked with mCherry upon inversion.  We document the ease and usefulness of this strategy in differential tagging of wild-type and mutant cells in mosaics.  We use this approach to phenotypically characterize the loss of SNF4Aγ, encoding the γ subunit of the AMP Kinase complex.  The Flip-Flop method is efficient and reliable, and permits conditional gene inactivation based on both spatial and temporal cues, in a cell cycle-, and developmental stage-independent fashion, creating a platform for systematic screens of gene function in developing and adult flies with unprecedented detail. 

フリップフロップ、ていうとビーチサンダルなんだけど、これは新しいflippase-inducedのmosaic system。このFlip-Flop cassetteの構造は以下の通り。
This cassette contains two modules that are placed in opposite orientation: a protein-trap (PT) module and a gene-trap (GT) module.  The PT module carries a splice acceptor (SA), followed by an in-frame EGFP coding sequence, and a splice donor (SD).  The GT module similarly contains a SA, but is followed by the T2A peptide sequence, an mCherry coding sequence, stop codons in all three reading frames, and an SV40 polyA signal.  The PT and GT modules are placed in opposite orientations and are flanked by inverted pairs of canonical FRT and FRT14 sites, forming a flip-excision switch (FLEx). 

両端にattBが付いているので、Recombination-Mediated Cassette Exchangeを利用して目的の遺伝子のイントロンに乗っているMiMIC (Minos-Mediated Integration Cassette)と載せ換える。これがprotein-trap orientationで入れば、目的の遺伝子のタンパクがEGFPでタグ付けされる。で、これにhsFLPでcassette inversionを誘導すると、EGFPは逆向きになってしまうので発現が消え、その代わりにそれまで逆向きに載っていたT2A-mCherryが発現することになり、transcriptionはその後ろについているstop codon & polyA sequenceで終わる。truncated transcriptはT2A siteがtranslational skipを誘導するので、mCherryだけがtranslateされるという仕組み。つまり、wild-type cloneはEGFPで、mutant cloneはmCherryでマークされる。
まぁ色々と想像はふくらむんやけど、やっぱりmitotic recombinationを利用するFLP-FRTと違って、post-mitotic cellsでもワークするというとこかね。

2017年7月5日水曜日

Affirmer

Affimer proteins are versatile and renewable affinity reagents.  eLife 6: e24903. 
Molecular recognition reagents are key tools for understanding biological processes and are used universally by scientists to study protein expression, localisation and interactions.  Antibodies remain the most widely used of such reagents and many show excellent performance, although some are poorly characterised or have stability or batch variability issues, supporting the use of alternative binding proteins as complementary reagents for many applications.  Here we report on the use of Affimer proteins as research reagents.  We selected 12 diverse molecular targets for Affimer selection to exemplify their use in common molecular and cellular applications including the (a) selection against various target molecules; (b) modulation of protein function in vitro and in vivo; (c) labelling of tumour antigens in mouse models; and (d) use in affinity fluorescence and super-resolution microscopy.  This work shows that Affimer proteins, as is the case for other alternative binding scaffolds, represent complementary affinity reagents to antibodies for various molecular and cell biology applications. 

学生の頃に研究を始めてから今まで常にいろんな抗体を使って免疫染色をしてきたし、つい最近も数ヶ月かけてようやく出来上がった新しい抗体の使用条件を探っているところなんだけども、実験で使う抗体に代わるものっていつになったら出て来るんかなってずーっと思っていた。このアファーマーっていうのがそれになりうるだろうか。UKのAvactaっていう会社が開発しているようだ。 

"Future challenges are to test the Affimer in even more applications and to encourage its wider use by researchers, alongside other alternative binding proteins, as replacements for some antibodies.  This could ultimately lead to the development of faster and more efficient diagnostic, imaging and therapeutic tests."

2017年7月2日日曜日

new antibody

新しく作った抗体の一つで染色したfollicle cellをコンフォーカルで撮ってみた。左から、wild type、homozygous mutant、heterozygous mutant。核内のシグナルはかなりそれっぽい。細胞質内のpunctate signalはノンスペが結構ありそう。やはりもうちょいプロトコールを調整する必要があるけど、これはいけそうやん。

2017年7月1日土曜日

second half

今日からついに七月か。なんか六月は飛ぶように過ぎ去った感じ。七月は、まずは再来週のミネアポリスがメインイベント。トークの準備をせなあかん。今カレンダーを眺めていて、一件論文のレビューの依頼がきていたのを忘れていた。これも出張の前に片付けとかんとあかんやん。
今日も相変わらず空は曇っているけど気温は結構高い。毎年この時期になると恒例だけど、坂下の田んぼで大きくなったオタマジャクシを捕まえてきた。

2017年6月29日木曜日

in 2 weeks

ミネアポリスへの出発がもう二週間後にまで迫ってきた。SDBに出席するのは学生の時以来。過去のmeeting posterを見てみると、どうやら自分が行ったのは2003年にボストンで開催された回で、ISDBとの合同開催だったようだ。自分が行ったミーティングのポスターって意外とよく覚えているもんやね。ということで、久しぶりに発生生物学のフィールドで発表することになるので、今回はKが進めているCCHのメカニズムに関するお話を、cell competitionとかtissue repairではなく、morphogenesisとかdifferentiation、そしてorgan proportioningとでもいうようなコンテクストで話してみようという試み。このところ、これに関連するegg chamberでのmutant phenotypeを見ていると何やらオモシロイことが分かってきたのだけど、実のところ謎は深まっているような気がする。明日はちょっと久しぶりに一日コンフォーカル大会をする予定。

2017年6月28日水曜日

gloomy sky

数日前の天気予報では、今週はずっと雨やってゆう話やったのにあんまり降れへんやん。まぁどっちか言うたら降らへんほうがええねんけども、今にも降りそうな感じでずっと空が曇っとるのはやっぱり精神的にあんまりええことないのかな。いろいろと上手いこといかへんなぁと、悩み事が普段よりも随分重たく感じられる。しかしながらその一方で、問題の本質はよく見えるような気もする。この晴間の見えない梅雨の暗雲のように重くのしかかる問題を自分の力で晴らすことができるのか。まぁそんな簡単なものでないことはよう分かっとるんやけども、こういう天気が続くとそういうものに対する自信も低下してしまうような気がする。まぁ、研究は相変わらず楽しいのだけども。早く梅雨明けて欲しいなぁ。

2017年6月26日月曜日

pink fly

なぜかこのmCherryだけすごい色が出るんだけど、他のとなんか違うんかな。

2017年6月25日日曜日

梅雨

田んぼでものすごい数のオタマジャクシが育っている。天気予報では、今週はほとんど雨。ということで、雨が降る前に昨日は家族四人でサイクリングに出かけた。梅雨早く終わって欲しいなぁ。

2017年6月23日金曜日

proofviewing

ちょうど2週間前に撮影してもらったビデオアーティクルの編集が終わったという連絡が来たので、オンラインでそのビデオのproofreading、というかproofviewing。全体の長さは約8分。こないだ小分けにして撮影したものが編集でうまく繋げられているし、論文の方にあるFigureにアニメーションを取り入れてResultsを紹介したパートもなかなか良い出来栄え。さすがプロやねぇ。少しキャプションの変更があるけど、それが終わればもうすぐオンラインでパブリッシュされるはず。