2017年5月26日金曜日

3つ

なんかこの数日間、低気圧のせいであんまり元気が出なくてしんどいのだけど、今日が締め切り予定だった書類(カレンダーには3つ書いてある)はほぼ全て終了が見えた感じ。もうちょいやな。
近所の田んぼでは一昨日あたりから水が入って、ついに夜のカエルの大合唱が始まった。

SDB

7月にミネアポリスで開催されるSDBのAnnual Meetingを偵察しに行こうと思い立って、少し前にアブストを送ったのだけど、どうやらこれがトークに選ばれてしまったようだ。自分は学生の頃からずっとDevelopmental Biologyをやってきたと思っているのだけど、意外とSDBは学生の時に一度ボストンで開催された時に参加したことがあるだけだから随分久しぶり。まぁ良い機会なので、KがやっているCCHの話をちょっと実験的にmorphogenesisという文脈の中で話してみようと思っている。今までと違うコミュニティーで話してみるというのはこれまた楽しみやね。

2017年5月20日土曜日

Cathedral Cellar Chardonnay

KWV Cathedral Cellar Chardonnay 2014
久しぶりに南アフリカのワイン。フルーティで柔らかい酸味があって、とても飲みやすいシャルドネ。暑くなってくるとこういうワインいいね。

2017年5月18日木曜日

larva and pupa

なんやかんやとやらなあかんことが出てくるねん、ほんま。テレビで大相撲を横目で見ながら資料作成。

2017年5月16日火曜日

SMZ demo

今日から、ナイコンSMZのデモ機を一週間ほど試させてもらえることになった。とりあえずイマジナルディスクの蛍光サンプルを見てみたけど、解像度も立体的な見え方も素晴らしい。実体顕微鏡も進化しとるねぇと感心した。でかいだけのことはある。今回貸してもらったのは電動モデルのほうだけど、自分の使い方なら手動でいいのかも。レンズを覗きながらだと、ついつい手が前に伸びて顕微鏡のハンドルを探しちゃうし、ハンドルに触れている方が心が落ち着く。

2017年5月15日月曜日

Nara

先週はAPDRCが終わってから、金曜日に奈良のSK博士のラボを訪問してきた。ちょうど2年前の5月にも一度訪問させてもらっているのだが、あの頃からもう少し人数が増えて、研究も好調に進んでいる様子のラボメンバーの方々と色々ディスカスすることができて刺激をもらってきた。次の日、昼前には雨がやんでいたので、2年前と同じように少し歩いて興福寺をお参りした。東金堂の中央に鎮座する大きな薬師如来から目を離すことができずに立ち尽くしていると、なぜだか自分の中に一つの確信のようなものが現れたので、少し高揚した気分で帰路についた。

2017年5月11日木曜日

昨晩は海外からのスピーカーを連れて、SKY博士がチョイスしてくれたちょっとイイ居酒屋で海鮮魚介料理に舌鼓。で、今晩は自分が泊まっているホテルで懇親会。今日はポスター発表もあったし、この三日間でかなりたくさんの人と話すことができた。やっぱり来て良かったな。APDRCは明日で終了。

2017年5月9日火曜日

2017年5月6日土曜日

連休終盤

今日もまた山の中へ。だいぶ暑くなってきましたなぁ。連休明けの月曜日から一週間出張に出るので、そろそろ準備を整えないとなぁ、ということで、今晩は提出締め切りが迫っている書類の作成など。

2017年5月4日木曜日

explore trails

今日も新たなトレイルを求めて山の中へ。ちょっと道に迷ったけど、上の方から森の中を下りてくるかなりイイ感じの道を発見。

2017年5月3日水曜日

K's paper accepted!

昨晩、Kの論文がアクセプトされたというメールがジャーナルの編集部から届いた。改訂版をサブミットしたのはサンディエゴに行く前だったから、もうかれこれ一ヶ月以上経っていたので、もしかしたらもう一回リバイズの要請が来るのかもなぁと思っていたけど、意外にもセカンドリバイズは無しでアクセプト。よかったよかった。
実はこれ、JoVE(Journal of Visualized Experiments)というジャーナルで、実験や解析の手法を紹介する論文とともに、その内容をオンラインでビデオアーティクルとして紹介しているというなかなか斬新なタイプのジャーナルなんですね。ということで、論文がアクセプトされたら今度はラボでのビデオ撮影に関する諸々の準備が始まるんだそうな。早速ディレクターからメールが来て、「In short, a lot of folks will be contacting you during the production of your video article.  Please don't panic!」とか言っているし、今晩もなんやかんやとビデオシューティングに関して質問事項が送られて来た。アメリカのジャーナルだけど、ビデオグラファーは東京にもいるみたい。なんやら楽しくなりそうやね。

2017年5月1日月曜日

Maytime

先週、E博士に送ってもらったリポーターのハエを今朝受け取ることができたので、早速バランサーフライのバージンと掛け合わせ。長旅の疲れも見せず、なかなか元気そう。ハエを送るにも良い季節よね。

皐月

早くも5月ですか。近所の畑には蓮華草が咲き乱れている。
先週は、不意に回って来たレビューを書いたりして忙しかったのだけど、来週またいくつか申請書の締め切りがあるので、それらは今週中に書いておきたいところ。というか、来週は一週間まるまる出張なので、出張に出る前までにやってしまわんとあかんやん。でも今日は、WMラボのズーちゃんが書いた論文の添削。WMラボにいた頃に自分が作った genetic screening system でtumor関連のmiRNAをスクリーンしたお話、ということで一応自分の名前も入っている。

2017年4月24日月曜日

8周年

このブログを書き始めたのは、2009年の4月24日となっている。つまり、今日でFPTブログ開設8周年というわけだ。書き始めた時はまさかこんなに長く続けることになるとは思っていなかったし、だいたい同じペースで8年間書き続けているということに自分でもちょっと驚いている。ともあれ、結構しょーもないことばっかり書いてるにもかかわらず読んでくれている方々に感謝します。
自分にとっては備忘録として、コミュニケーションの手段として、そして気分転換として、なんやかんやと意外に役立っているからこそ続いているのだけども、もしこの8年間で少しでも誰かの役に立ったり、暇つぶしになったり、はたまたショウジョウバエをモデルとした生命科学研究の啓蒙になったようなことがあれば、それは望外の喜び。今後もなるべくこのペースで続けていくんかなぁとは思っているけど、どうなんだろう。続けることを目的にしたら逆にしんどくなりそうやし、自然体で続けていけそうなら続けていこうと思います。

2017年4月22日土曜日

WT

昨晩は、今月台湾から電子顕微鏡を使った実験をするためうちのラボに滞在中の学生、WTを連れて、構造党のメンバーとともに坂下のバーへ。もう最初から結構な勢いでしゃべり倒してくれるWTと、それに押され気味の構造党メンバーという感じで12時近くまで楽しく飲んでいた。学位を取ったらポスドクとしてウチに来るという話をWTは案外真剣に考えてくれているようだったので、これまたちょっと色々と考えないといかんな。
そんなわけで今日はちょっと二日酔い気味だったのだけど、やはり下の子と一緒にマウンテンバイクに乗って山の中へ。

2017年4月21日金曜日

morning fire

今日の朝、ずいぶんとサイレンが鳴っとるなと思って外を見たら、家の前の森の向こう側から煙がもくもくとすごい勢いで上がっていた。ちょうど家を出るところだったので、自転車に乗って急いで森の向こう側へ。どうやら燃えているのは小さな工場か倉庫のようなものだと思うけど、あの辺りは古い街並みが残っていて趣のあるところ。あまり燃え広がっていないといいけど。

2017年4月20日木曜日

コラーゲン、というかコラジェン

単細胞生物から多細胞動物への進化、そして上皮組織の進化を可能にしたのは Collagen IV。やっぱコラジェンやよねぇ。なんでか知らんけど、basement membraneって人を惹きつけるものがあるもんねぇ。

Collagen IV and basement membrane at the evolutionary dawn of metazoan tissues.  eLife, e24176.
The role of the cellular microenvironment in enabling metazoan tissue genesis remains obscure.  Ctenophora has recently emerged as one of the earliest-branching extant animal phyla, providing a unique opportunity to explore the evolutionary role of the cellular microenvironment in tissue genesis.  Here, we characterized the extracellular matrix (ECM), with a focus on collagen IV and its variant, spongin short-chain collagens, of non-bilaterian animal phyla.  We identified basement membrane (BM) and collagen IV in Ctenophora, and show that the structural and genomic features of collagen IV are homologous to those of non-bilaterian animal phyla and Bilateria.  Yet, ctenophore features are more diverse and distinct, expressing up to twenty genes compared to six in vertebrates.  Moreover, collagen IV is absent in unicellular sister-groups.  Collectively, we conclude that collagen IV and its variant, spongin, are primordial components of the extracellular microenvironment, and as a component of BM, collagen IV enabled the assembly of a fundamental architectural unit for multicellular tissue genesis.

2017年4月19日水曜日

5

さて、サンディエゴから帰って来てから用意した数ラインのバージンがだいぶたまってきたので、そろそろ掛け合わせを始めましょかというところ。大きく分けると5つの実験ということになるのだが、実際のクロスの数は結構多い。まぁ一つはミニスクリーニングという感じ。これらのうちのいくつかの実験結果は、THSプロジェクトの今後の方向性を決定づける可能性を秘めている。やりたい実験のアイデアはもっとたくさんあって焦りもあるのだけど、なんだかこうして実験にワクワク気持ちが高ぶるのは久しぶりやな。そして今晩は札幌のK博士とスカイプディスカスの予定。

gradation

昨日の帰り道に見た田んぼの中での夕景。

2017年4月18日火曜日

Galodoro Tinto

Casa Santos Lima Galodoro Tinto 2014
久しぶりのポルトガルワイン。金賞受賞メダルにつられて。ポルトガルの土着品種(カステラン、ティンタ・ロリス、トゥリガ・ナシオナル)にカベルネをブレンドしてるんだそうな。かなり甘いけどバランスは良くて飲みやすい。900円ほど。

2017年4月14日金曜日

spreading-of-signals

Index switching causes “spreading-of-signal” among multiplexed samples in Illumina HiSeq 4000 DNA sequencing.  bioRxiv  doi: https://doi.org/10.1101/125724

Exclusion Amplification chemistryという新しいシステムが使われている Illumina HiSeq 3000/4000/X Ten によるマルチプレックスシーケンスで、リードの5〜10%が誤ったバーコードに割り振られる可能性のあることが判明したんだそうな。ウチもついこないだ外注していたRNA seqのデータを受け取ったばかりなんだけど、やっぱりHiSeq 4000が使われていた。。。このエラーによる影響の大きさは、NGSのデータを用いて実際に何をどのように解析しようとしているのかということにもよるのだろうけど、もしこれが本当なら世界中で結構大きな騒ぎになるんじゃないのかね。

「..... We show that this promising chemistry is problematic, however, when multiplexing samples. We discovered that up to 5-10% of sequencing reads (or signals) are incorrectly assigned from a given sample to other samples in a multiplexed pool. We provide evidence that this “spreading-of-signals” arises from low levels of free index primers present in the pool. These index primers can prime pooled library fragments at random via complementary 3′ ends, and get extended by DNA polymerase, creating a new library molecule with a new index before binding to the patterned flow cell to generate a cluster for sequencing. This causes the resulting read from that cluster to be assigned to a different sample, causing the spread of signals within multiplexed samples.」

「..... Therefore, all data generated in this way must now be carefully re-examined to ensure that “spreading-of-signals” has not compromised data analysis and conclusions. Re-sequencing samples using an older technology that uses conventional bridge amplification for cluster generation, or improved library cleanup strategies to remove free index primers, can minimize or eliminate this signal spreading artifact.」

2017年4月13日木曜日

桜満開

研究所前の桜並木は昨日あたりから満開で、すごく華やいでいる。やっぱり桜はいいねぇ。普段は閑散とした通りなんだけど、この時期は誰もが足を止めて桜に見入っている。

Now THS review is Open Access

Tumor Hotspotレビュー論文、先ほどオープンアクセスになりました!Rights and Accessを変更するためのフォームはなんやかんやとややこしかったのだけど、オンラインでこの手続きを済ませてしまうと速攻でOpen Accessにしてくれたもよう。ちなみに、Open Accessの費用は3600ドル。これはWMと折半することにした。
ということで、ガンの初期発生にご興味のある方は是非ご一読いただければ幸いです。

Tissue-Intrinsic Tumor Hotspots: Terroir for Tumorigenesis.  Trends in Cancer.  doi: 10.1016/j.trecan.2017.03.003

2017年4月10日月曜日

shelling in the rain

週末、雨が降りしきる中、どこに遊びに行きたいか下の子に聞いたら、海で貝を拾いたいというので沼津の南の方までドライブ。名もなさそうな小さな浜に降りてみた。

Trumpeter Chardonnay

Rutini Wines Trumpeter Chardonnay 2015
とりあえず、Tumor Hotspotレビュー論文の出版祝い。アルゼンチン、メンドーサのシャルドネ。爽やかでコクもある、リンゴとパイナップルのような味わい。まぁまぁバランスも良く飲みやすい。1400円ほど。
論文のPDFをダウンロードできるかどうかいろんな人に聞いて見たけど、未だにアクセスできる大学が見つからないので、たぶんまだほとんどの方が読めない状態なのではないだろうか。。。ということで、現在Open Accessへの移行中です。

紫陽花

二ヶ月ほど前に生え始めた芽はコレだった。

2017年4月7日金曜日

一般公開 2017

雨ですね。遺伝研の桜はまだあんまり咲いていないのですが、明日は毎年恒例の遺伝研一般公開が開催されます。うちのラボは今年は展示に関わっていないのでショウジョウバエはいませんが、色々と楽しいアトラクションがあります。「開運!なんでも鑑定団」で紹介された、ダーウィンの「種の起源」の初版本の展示もあるようです。

2017年4月6日木曜日

THS review is online now

そういや出張直前にレビューアーチクルのプルーフを送り返していたのだが、今ジャーナルのホームページをチェックしてみたら、一昨日もうすでにオンラインでパブリッシュされていた。ちょっと連絡ぐらいして欲しいやん。
ということで、Tumor Hotspotに関するレビューが Trends in Cancer にて出版されます。この Trends in Cancer というのは、もちろんTrends Inシリーズの一つなんだけども、発刊されたのが2015年とまだ新しいジャーナルなので、もしかしたら購読しているinstituteはまだそれほど多くはないのかもしれない。ちなみにうちの研究所は購読していないので、著者でありながら自分の論文をオンラインで見ることができない。。。まぁ、Tumor Hotspotを宣伝するための論文でもあるので、Open Accessでパブリッシュする予定。ということで、Tumor Hotspotにご興味のある方は是非ご一読ください。full textにアクセスできない方は、もう少々お待ちくださいませ。

Tissue-Intrinsic Tumor Hotspots: Terroir for Tumorigenesis.  Trends in Cancer.  doi: 10.1016/j.trecan.2017.03.003
Epithelial tissues are highly organized systems with a remarkable homeostatic ability to maintain morphology through regulation of cellular proliferation and tissue integrity.  This robust self-organizing system is progressively disrupted during tumor development.  Recent studies of conserved tumor-suppressor genes in Drosophila showed how protumor cells deviate from the robustly organized tissue microenvironment to take the first steps into becoming aggressive tumors.  Here we review the ‘tumor hotspot’ hypothesis that explains how the tissue-intrinsic local microenvironment has a pivotal role in the initial stage of tumorigenesis in Drosophila epithelia and discuss comparable mechanisms in mammalian tissues.

帰国とともに新年度

ということで、一昨日無事に三島に帰ってきた。帰りは乗り継ぎの都合でミネアポリス経由だったので、結局サンディエゴの街を出てから家に着くまで合計36時間もかかった。たぶん一回の移動時間としては、今までで一番長かったんじゃなかろうか。しかも羽田空港に到着すると、たくさんのテレビカメラと報道陣が来ていたので、誰が到着するのかと思ったら、つい数日前にヘルシンキで優勝したユヅルくんだった。まぁたいがい疲れていたのだけど、それなら見ていくか、ということで結局小一時間チャンピオンが出て来るのを待っていたり。
そんなこんなでえらい疲れたけど、今回も非常に充実した出張でだいぶモチベーションが高まったな。帰ってきてみると日本はすでに新年度。そういえば帰りのサンディエゴの空港で、ちょっとドキドキしながら科研費の審査結果をチェックしてみたら、ちゃあんと当たっていてホッとしたのだった。よっしゃよっしゃということで、今年度も気張っていきましょう。

SD stroll

今回撮った San Diego での写真をもう少し。

2017年4月3日月曜日

mission complete

学会終了後、UCRのO博士と東北のN博士と一緒に、会場近くに見つけたナイスなスシレストランで最後のデスカッション。意外なことに、ここのスシロールが旨くてちょっと感動してしまった。で、その後、O博士の車でSan Diegoの空港まで送っていただいて、いま空港で飛行機の出発待ち。まぁ、ゆっくり帰りましょう。

closing

水曜日の午後から五日間に渡って開催された Drosophila Conference も今日で終了。いま最後のPlenary Talkを聞きながらこれを書いている。毎日朝から晩までいろんなオモシロイ話を聞いて、夜は毎晩違うメンバーでビールを飲みながらデスカッションしてと、とても楽しかったけどだいぶ疲れた。しかも今回は友人達のおかげで、San Diegoの町を満喫することもできた。住むにはすごいイイところだろうな。
この学会に来るといつもそうなのだが、研究に関する新しい情報だけでなく、同じ分野で頑張っている他の研究者達の姿にもインスパイヤされて、早くラボに帰って研究をしたくなる。ということで、今晩また日本へ帰るための長旅が始まる。日本に到着するのは二日後、火曜日の午後の予定。

WM lab reunion

昨日は、LAでポスドクをしているドンちゃんがわざわざSan Diegoまで来てくれたので、昼にWMラボのメンバーで中華料理を食べに行って、夜もドンちゃんズーちゃんSYと4人でPacific Beach地区に繰り出した。グラジュエイトのズーちゃんとSYは今回プラットフォームトークをしたのだが、二人ともなかなかしっかりとトークをしているのを見て、まだ彼らが大学院に入った頃をふと思い出して成長したなぁとしみじみ。特にCCHの続きをやってくれているSYは、まだ彼女自身による新しいデータはあまりなかったものの、なかなか堂々としたトークをしていた。SYがトークをした「Cell Division and Growth Control」のセッションでは、SYのを含めて中盤にCCHのトークが3つ連続で続いて今回のハイライトになっていたように思う。まぁ、Dr. DFがオーガナイザーの一人に入っていたこともあるのだろうけど、自分が発見した現象がだいぶポピュラーになってきているのを実感した。そろそろここらでKとSYによる続編の報告を真剣に考えていかないといかんな。

2017年3月28日火曜日

San Diego

ようやくSan Diegoのホテルに到着。飛行機でほとんど眠ることができなかったので、もうそろそろ限界。なのだが、夕方から眠るとまずいと思ったので、ホテルに着いてから近くのショッピングモールを少しぶらぶらして帰ってきた。とりあえずゆっくり眠ります。

LA

いまLAの空港。羽田から約10時間。やっぱり東海岸へのロングフライトに比べるとだいぶましだけど、到着時間は昨日の朝ということで、今日一日ちょっとしんどいかもなぁ。

2017年3月25日土曜日

online proofing

ということで昨日の夜、再投稿の締め切りに追われて原稿に向かっていた最中、先々週にアクセプトされたレビュー論文の校正刷りが送られて来たのだった。また48時間かいなと思ったら、意外と期限は指定しておらず、なるべく早くとしか言っていない。プルーフを返してからたぶん一週間以内にオンラインに載せまっせ、なんだと。今回初めてプルーフの作業を全てオンラインでできる、Proof Centralというとこに案内された。

slightly delayed submission

さて、懸案のもう一本の論文原稿をたった今ようやくサブミット完了。この数日、Kと何度も原稿をやりとりしながらやっとこさ完成した。まぁ再投稿の締め切りは昨日だったから、ちょっとだけ遅れちゃったな。この論文は methodology に関するものということもあって、ちょっと軽く見てたけど、エディターと3人のレビュワーからのコメントはかなりの量で、全てに答えるのはだいぶ大変だった。実際、Kがやった追加実験も含め、改訂版ではFigureが3つも増えた。まぁでもかなり改善されたんではなかろうか。結構悩まされたし疲れたんだけど、しっかり読んで細かいところにも色々とコメントしてくれたアノニマスレビュワーズに感謝しないとなという感じ。

2017年3月21日火曜日

Washlet

今日、うちの研究棟でなんやら工事をしているのでよく見てみたら、なんとトイレに暖房便座&ウォシュレットを取り付ける工事だった。二週間ほど前に、事務の施設チームから今年度の修繕工事に関する要望を尋ねるメールが来ていたので、そのとき駄目元で、修繕ではないけどなんとか暖房便座を設置してもらえないだろうか、という切実な要望をしたためておいたのだった。うちの研究棟はなぜか他の棟に比べて随分と気温が低く、外気温と同じかそれより低いこともあるくらい。そんなわけで今まで冬の間はとてもじゃないけどトイレを使うことができず、わざわざトイレのために少し離れた新しい研究棟まで足を運ぶことを余儀なくされていたのだ。今回まさかこんな要望が通るとは思っていなかったので、驚いたとともにこれはかなり嬉しい。構造党改革委員として、今までで一番大きな成果かも。

2017年3月19日日曜日

Bastille

学生の頃に好きだった大通りの近くにあるカフェ。落ち着いた雰囲気と美味いコーヒーは全く変わっておらず、安心した。

帰宅

今朝、定山渓ビューホテルを出て札幌駅で解散。その後また少し大通り周辺を歩いてから札幌を後にした。

2017年3月16日木曜日

Sapporo

今日から北大で細胞競合コロキウム開始。と、その前に、朝はちょっと用事を済ませるために大通りの方まで歩いて来た。道庁の近辺は去年も歩いたのだけど、大通りからすすきのにかけてはかなり久しぶりだったので、なんだか懐かしくてシャッターを切りながら歩いていた。北大構内はまぁ、何年経ってもここに戻ってくると昨日までここにいたような不思議な感覚に包まれる馴染みの場所という感じ。今日の懇親会でYF博士から急に締めの挨拶を頼まれて、その中でも少し話したのだけど、やはり自分にとっては色々と感慨深いものがある。

2017年3月15日水曜日

Picante

札幌に到着。やっぱりまだまだ寒い。ということで、今晩はKと一緒に久しぶりのPicanteで札幌名物スープカリー。ここは学生の時に何度か来たことがあるんだけど、それ以来だから10年以上ぶりかな。相変わらず美味しかった。

2017年3月14日火曜日

tightrope

なんか眠たいのは、低気圧のせいか。もう一本の論文の再投稿締め切り日が約一週間後に迫ってきた。改訂版への追加を予定していたコンフォーカルのデータはKが取り終えたようだし、今日二人でデスカッションして改定の概要は決まったので、あとはフィギアを作って文章を書くのみ。なんだけども、実は明日から週末にかけてKと二人で札幌出張。締め切りに間に合うんだろうか、いつものことながらちょっと綱渡りになってきたな。

2017年3月13日月曜日

Casillero Del Diablo CS

Concha y Toro Casillero Del Diablo Reserva Cabernet Sauvignon 2015
久しぶりに飲む、チリの悪魔の蔵のワイン。カベルネ。千円ほどだけど、すっきりと飲みやすくてなかなかバランスも良くて、美味いよね。

2017年3月12日日曜日

nice trail

近所の山の中に見つけたイイ感じのトレイル。ちょっと不気味なくらい深い森に入っていくのだけど、これを走り抜けるのはかなり楽しい。

Matt

金曜日はマットの送別会ということで、大社の杜で炭火焼肉。なかなか美味しかった。なるべく早く帰るつもりだったのだが、楽しくて結局二次会で行った小さなバーで1時まで飲んでいた。