2017年4月24日月曜日

8周年

このブログを書き始めたのは、2009年の4月24日となっている。つまり、今日でFPTブログ開設8周年というわけだ。書き始めた時はまさかこんなに長く続けることになるとは思っていなかったし、だいたい同じペースで8年間書き続けているということに自分でもちょっと驚いている。ともあれ、結構しょーもないことばっかり書いてるにもかかわらず読んでくれている方々に感謝します。
自分にとっては備忘録として、コミュニケーションの手段として、そして気分転換として、なんやかんやと意外に役立っているからこそ続いているのだけども、もしこの8年間で少しでも誰かの役に立ったり、暇つぶしになったり、はたまたショウジョウバエをモデルとした生命科学研究の啓蒙になったようなことがあれば、それは望外の喜び。今後もなるべくこのペースで続けていくんかなぁとは思っているけど、どうなんだろう。続けることを目的にしたら逆にしんどくなりそうやし、自然体で続けていけそうなら続けていこうと思います。

2017年4月22日土曜日

WT

昨晩は、今月台湾から電子顕微鏡を使った実験をするためうちのラボに滞在中の学生、WTを連れて、構造党のメンバーとともに坂下のバーへ。もう最初から結構な勢いでしゃべり倒してくれるWTと、それに押され気味の構造党メンバーという感じで12時近くまで楽しく飲んでいた。学位を取ったらポスドクとしてウチに来るという話をWTは案外真剣に考えてくれているようだったので、これまたちょっと色々と考えないといかんな。
そんなわけで今日はちょっと二日酔い気味だったのだけど、やはり下の子と一緒にマウンテンバイクに乗って山の中へ。

2017年4月21日金曜日

morning fire

今日の朝、ずいぶんとサイレンが鳴っとるなと思って外を見たら、家の前の森の向こう側から煙がもくもくとすごい勢いで上がっていた。ちょうど家を出るところだったので、自転車に乗って急いで森の向こう側へ。どうやら燃えているのは小さな工場か倉庫のようなものだと思うけど、あの辺りは古い街並みが残っていて趣のあるところ。あまり燃え広がっていないといいけど。

2017年4月20日木曜日

コラーゲン、というかコラジェン

単細胞生物から多細胞動物への進化、そして上皮組織の進化を可能にしたのは Collagen IV。やっぱコラジェンやよねぇ。なんでか知らんけど、basement membraneって人を惹きつけるものがあるもんねぇ。

Collagen IV and basement membrane at the evolutionary dawn of metazoan tissues.  eLife, e24176.
The role of the cellular microenvironment in enabling metazoan tissue genesis remains obscure.  Ctenophora has recently emerged as one of the earliest-branching extant animal phyla, providing a unique opportunity to explore the evolutionary role of the cellular microenvironment in tissue genesis.  Here, we characterized the extracellular matrix (ECM), with a focus on collagen IV and its variant, spongin short-chain collagens, of non-bilaterian animal phyla.  We identified basement membrane (BM) and collagen IV in Ctenophora, and show that the structural and genomic features of collagen IV are homologous to those of non-bilaterian animal phyla and Bilateria.  Yet, ctenophore features are more diverse and distinct, expressing up to twenty genes compared to six in vertebrates.  Moreover, collagen IV is absent in unicellular sister-groups.  Collectively, we conclude that collagen IV and its variant, spongin, are primordial components of the extracellular microenvironment, and as a component of BM, collagen IV enabled the assembly of a fundamental architectural unit for multicellular tissue genesis.

2017年4月19日水曜日

5

さて、サンディエゴから帰って来てから用意した数ラインのバージンがだいぶたまってきたので、そろそろ掛け合わせを始めましょかというところ。大きく分けると5つの実験ということになるのだが、実際のクロスの数は結構多い。まぁ一つはミニスクリーニングという感じ。これらのうちのいくつかの実験結果は、THSプロジェクトの今後の方向性を決定づける可能性を秘めている。やりたい実験のアイデアはもっとたくさんあって焦りもあるのだけど、なんだかこうして実験にワクワク気持ちが高ぶるのは久しぶりやな。そして今晩は札幌のK博士とスカイプディスカスの予定。

gradation

昨日の帰り道に見た田んぼの中での夕景。

2017年4月18日火曜日

Galodoro Tinto

Casa Santos Lima Galodoro Tinto 2014
久しぶりのポルトガルワイン。金賞受賞メダルにつられて。ポルトガルの土着品種(カステラン、ティンタ・ロリス、トゥリガ・ナシオナル)にカベルネをブレンドしてるんだそうな。かなり甘いけどバランスは良くて飲みやすい。900円ほど。

2017年4月14日金曜日

spreading-of-signals

Index switching causes “spreading-of-signal” among multiplexed samples in Illumina HiSeq 4000 DNA sequencing.  bioRxiv  doi: https://doi.org/10.1101/125724

Exclusion Amplification chemistryという新しいシステムが使われている Illumina HiSeq 3000/4000/X Ten によるマルチプレックスシーケンスで、リードの5〜10%が誤ったバーコードに割り振られる可能性のあることが判明したんだそうな。ウチもついこないだ外注していたRNA seqのデータを受け取ったばかりなんだけど、やっぱりHiSeq 4000が使われていた。。。このエラーによる影響の大きさは、NGSのデータを用いて実際に何をどのように解析しようとしているのかということにもよるのだろうけど、もしこれが本当なら世界中で結構大きな騒ぎになるんじゃないのかね。

「..... We show that this promising chemistry is problematic, however, when multiplexing samples. We discovered that up to 5-10% of sequencing reads (or signals) are incorrectly assigned from a given sample to other samples in a multiplexed pool. We provide evidence that this “spreading-of-signals” arises from low levels of free index primers present in the pool. These index primers can prime pooled library fragments at random via complementary 3′ ends, and get extended by DNA polymerase, creating a new library molecule with a new index before binding to the patterned flow cell to generate a cluster for sequencing. This causes the resulting read from that cluster to be assigned to a different sample, causing the spread of signals within multiplexed samples.」

「..... Therefore, all data generated in this way must now be carefully re-examined to ensure that “spreading-of-signals” has not compromised data analysis and conclusions. Re-sequencing samples using an older technology that uses conventional bridge amplification for cluster generation, or improved library cleanup strategies to remove free index primers, can minimize or eliminate this signal spreading artifact.」