大晦日 2023

大晦日の午後、三島へ向かう新幹線の中で修論の添削。意外と文章も英語もあまり体を成していない感じだったので、直し始めるとキリが無い。ということで結局仕事納めとはならず、今テレビで紅白が流れている横でようやく年賀状を書き終わり、そしてさらに添削の続き。今年は、思い返すとなんだか忙しくてあまり余裕がない一年だった印象。まぁでも、アメリカとヨーロッパへの遠征を含め、今年は国内外の色んな場所でトークをすることができた。数えてみたら18回もトークをしてる。なのだが、一方で肝心のアレができていないのよね。代わりにPolyploidyのレビュー論文のほうは今ちょうど最後の改訂作業をしているところなので、こちらは新年早々にアクセプトされると思うのだけど。ということで、来年は早いうちに必ずアレを投稿しないといけません。そんなこんなで、いろんな場所へ行ってたくさんの人と会えた2023年もそろそろ終わり。

それでは皆様、良いお年をお迎えください！

Coffee

カレンダー上は今日から冬休みだけど、昨日出張から帰ってきてそのまま卒論発表会に出席したりしていたので、色々と仕事が終わらず。ということで、今日の午後は仕事納めにしようと思いながらカモカフェに行ったのだが、夕方から落語のイベントがあるということで17時で閉店。しかも混んでいてカウンターへ通されたので仕事はせず。忙しそうなDちゃんと少し話したりしている時に、そういや最近コーヒーミルを手に入れたことを思い出して、カモガワブレンドのコーヒー豆を買うことにした。で、今その豆を挽いて淹れたコーヒーを飲みながらこれを書いているのだが、なるほどこれはカモカフェの味だ。美味い。

西条

明日の午後はうちの四年生 M の卒業研究発表会があるのだが、この年末ぎりぎりのタイミングで急にやることになった広島大学でのセミナーが明日の朝になってしまったので、今日は広島の西条へ移動して前日入り。西条は初めて来たけど、駅前の旧市街みたいなところに酒蔵が並ぶなかなか素敵な街だ。まぁそんな訳で、明日はセミナーの後すぐに京都へ帰らなくてはいけない。なんか今年は最後の最後までインテンスやなぁ。

scRNA-seq２回目

昨日はこれまた前々から予定していたscRNA-seqの実施日だったので、朝から学生達と皆で解剖大会。７人で、１サンプルにつき二百数十匹を２ラウンド。いつもと同じように、細胞をバラしてFACSでGFP+ clonesをソートした後、午後からうちに来てくれたA社の技術担当の方と一緒に、Chromiumに通すための準備。どちらのサンプルもFACSで十分な数（約10万細胞）を採取できていたのだけど、Chromiumに通すにはなるべく正確な細胞数を知る必要がある。ということで、またヘモサイトメーターで細胞を数えようとして、やっぱり細胞が小さくて見えにくくてちょっと手間取った。そういや前回もそうだったんだった。このFACS後に細胞数を整える作業をもうちょっと練習すべき、ということをまたもや本番で学んだ。ともあれ、前回のように細胞が詰まるようなこともなく、昨日はとりあえず無事cDNA合成まで進んだはず。シーケンス結果は新年のお楽しみ。

寒い

来週にかけてやらなければならないことが急に色々と出てきて、えらい忙しくなってきた。そんな中、今日はちょっと買い物へ行く必要があり、午後に車で滋賀のほうへ。今日は天気は良いけど随分と寒い。写真は、途中に立ち寄った大原。

scATAC-seq１

先週の水曜日、先進ゲノム支援によるscATAC-seqの実施本番ということで、東大から支援チームの方が来てくれた。これのためにまた数ヶ月前から準備と練習を重ねてきていたのだが、なんと痛恨のミスがあり実施に至らなかった。サンプル自体は前回のscRNA-seqと全く同じもので、ATAC用のサンプル調整としてscRNA-seqと異なるのは、FACSによるGFP+細胞の収集後に、裸核化としてのcell lysis処理を行う必要がある点。lysis処理によるロスもあるだろうからということで、この日の朝は結構多めに解剖したにもかかわらず、10xChromiumにかける直前にヘモサイトメーターで核の数を確認したところほとんど見当たらなかったので断念した。そんな訳で、わざわざ来ていただいた支援チームの方には申し訳ないことになってしまったのだが、結局もう一度チャンスをもらえることになったので、現在lysis処理による核採取プロセスの問題点を検討中。おそらく、哺乳類細胞用のプロトコルに従ってやったlysis後の遠心が弱すぎたのだと思っている。再トライは来月になるかな。

で、来週の火曜日は、これとはまた別で２サンプルのscRNA-seqを実施する予定。

再投稿

なんか最近えらい忙しいけど、年末ってなんでこうも慌ただしくなってしまうんやろうね。そんな中でも先週の神戸での分子生物学会では、色々と面白い話が聞けたし、久しぶりに色んな方々と会うことができて楽しかった。で、学会から帰ってきた先週末は、YQのレビュー論文のリバイズに追われていた感じ。一人のレビュワーのコメントが意外と結構厳しかったので、それに応えるためにかなり苦労することになったのだけど、このレビュワーが指摘してくれたことで、自分が大事なものを見落としていたことに気付かされてとても勉強になったのだった。ということで、水曜日にようやくこの論文の再投稿は完了。この週末は、アメリカから帰ってきている上の子と一緒に、少し三島でゆっくりできるだろうかと思っていたのだが、次はいよいよウチの学生達から卒業論文と修士論文の原稿が送られてきたので、その添削を始めている。

MBSJ2023

今日から三日間、ポーアイで開催されている分子生物学会に参加。ということで、久しぶりの神戸滞在。さっそく今日の午後、ラボテクの I さんが、うちのtumor modelのシングルセル解析の続きの話をポスターで発表した。で、今晩はコロナ後初のFSUの集い。

肉じゃが大会

で、夜は肉じゃが大会。Rの無水肉じゃがをベースにちょっとアレンジ。これは本当にすごい。最近自分で作ったのものの中でも一番美味いんじゃないかな。じゃがいもがほくほく。九条ネギが合う。いっぱい出来てしまったので、あと二日は楽しめるかな。

じゃこブロッコリ

そういえば、先週一緒にご飯を食べに行った学生さん達がこのブログを読んでくれていて、料理のエントリーも楽しみにしていますって言ってくれていた。ということで、週末の料理。日曜のブランチは、ジャコとブロッコリーの和風ペペロンチーノ。にんにく、オリーブオイル、鷹の爪、酒、醤油みたいな感じで適当だけど、まぁ間違いないよね。最近ちりめんじゃこが安くてしかも粒がでかい。冬が旬なのかね。

晩秋の実相院

この週末で、そろそろ京都の紅葉の見頃も終わりそうなので、今日は午後に近くの実相院門跡までぶらぶらと散歩。たしかに散り始めていたけども、やっぱりここの紅葉は素晴らしい。しばしの間、縁側に座って見とれていた。