全て終了。

今日で今週予定していた全てが終了した。今日は昼からFSUにいたIH博士と学会会場の近くで昼御飯を食べた後、NN博士に招かれて筑波大学へ。横浜からつくばは結構遠かった。。。あんまり時間の余裕はなかった上に急な会議が入ったNN博士とはあんまり話せなかったけど、ポスドクのMT博士といろいろオモシロイデスカッションができて良かった。その後は急いで東京に戻ってHM博士家族とHM博士イチオシの焼肉屋に連れて行ってもらう。いやはやこれはマジで旨かった。ごちそうさまでした。

ということで、毎日めまぐるしくたくさんの大切な友人に会ってちょっと疲れたけども本当に楽しく充実した一週間でした。明日大阪へ帰ります。

TWInsでセミナー

今日は２時から早稲田のTWInsでセミナー。一時間くらいで全部しゃべれるかと思っていたけど、やっぱり学生さんと異分野の人向けになるべく分かり易くしゃべろうとしていたら結局もらった９０分のほとんどをプレゼンに使ってしまった。まぁでも結構学生さんからもたくさんの質問をもらったので楽しんでもらえたのかな。そういや前に立った時に、FSUにいてたKS博士とSI博士を聴衆の中に発見。わざわざ聞きにくれてとてもうれしかった。

自分の後はUCSFのDr. ZGによるセミナー。培養細胞の系で非常にオモシロイことを始めているDr. ZGと知り合いになれたのは今回の収穫の一つ。その後TWInsのほうで用意して頂いたディナーパーティの後、そのままアメリカへ飛びたつDr. ZGを数人で浜松町まで連れて行って浜松町駅前の居酒屋でもう一度乾杯してからお見送り。帰りは神戸のME博士と二人で満員電車に揺られながら横浜に着くまでいろいろと貴重な話を聞かせてもらった。

ということで、これでとりあえず今回の一時帰国におけるメインの仕事は終了。なんか今回ほとんど学会には参加できてないけど、毎日色んな人と会えて非常に充実した時間を過ごしている気がする。明日はこれまた昼、午後、夜と別々の人達に会う予定。

レセプション

レセプションパーティが１０時に終わったあと、昨日のワークショップで一緒にしゃべったYF博士とUCSFのDr. ZG、さらにレセプションで知り合ったJohns HopkinsのDr. AEも一緒に４人でもう一杯飲みに行くかということになり、なぜかアメリカ人のDr. AEに会場近くのブリティッシュパブへ連れて行ってもらう。結局１２時までギネスビールを飲みながら４人でおしゃべり。mammalの系を使っている三人とcell competitionについて話すのはなかなか楽しかった。

さて、いよいよ明日の午後はDr. ZGと二人で早稲田のTWInsでのセミナー。あともう少し発表スライドを練らないといかんな。

マリンタワー

今一旦ホテルに帰ってきたら、ホテルのすぐ横にある横浜マリンタワーがきれいにライトアップされていた。

今日は昼にYF博士と二人で中華街に行ってもりもり食べて飲みながら会合。いろいろと有意義なデスカッションができた。そしてその後夕方からは、会場近くのカフェでFSUにいてたAちゃんとこれまた一年ぶりのおしゃべり。なんかこの二つでものすごいしゃべったからかちょっと喉が痛いぐらい。そして今日はさらにこの後、会場横のホテルで８時から海外招待講演者向けのレセプションパーティ。

ダートマスの集い＠横浜

昨晩はワークショップでの発表の後、ダートマスの集い。皆さん忙しい先生方なのに今年も６人が集まることが出来た。オモシロ話だけでなく本当にいろいろと参考になる日本の大学での研究事情を聞かせてもらった。で、今年もまた楽しすぎて結局二次会をお開きにしたのは２時過ぎ。来年自分が参加できるかどうかは分からないけど、出来れば今後も毎年の恒例行事にしたいですなぁ。

快晴

横浜は快晴。まずは今日の夕方のワークショップで一発目のトーク。行ってきます。

メインウィークスタート

さて、なんやかんやで早くも横浜入り。午後、大阪からのぞみにのって夕方には元町中華街のホテルに到着。その後そのまますぐに六本木に出て大学時代のバンド仲間、FAとその奥さんと二歳の息子さんと４人で再会を祝ってモツ鍋を囲む。FAとは自分の結婚式以来だからもう７年近くぶりになるけど、お互い大して変わっとらんよなぁという感じ。でも酒飲みながら話す内容は主に子供のことが多くて、そのへんは確実に変わったところかな。

そういや今朝、大阪を発つ前に今日から一週間幼稚園に通うロウチビを送りに行って来た。ということで、二人ともいよいよ今回の一時帰国メインの一週間が始まりました。

Rawson's Retreat

昨晩は両親と、久々の再会と自分の誕生日を祝って乾杯。近くのスーパーで見つけたPenfolds Rawson's Retreatを開ける（１３００円くらいだったかな）。果実味豊かでとても飲みやすいミディアムボディ。これは好き。いろんな料理に合いそう。Shiraz 60%、Cabernet Sauvignon 40%。

Penfolds Rawson's Retreat Shiraz Cabernet 2009

一日目

堺の実家にて。

時差ボケはほとんどない感じ。

２９時間

結局タラハシーを出てから計２９時間ぐらいかかって昨晩大阪の実家に到着。当然二人とも関空に着いた時点でぐったりだった。でも去年もそうだったけど、あんまり飛行機で眠れなかった代わりに到着して一晩ゆっくり寝ると今朝はもうすっきりしているので今回も時差ボケはほとんどないかもしれない。今日はゆっくりしつつ役所関係の手続きをするか。実はそれ以外に仕事関係でやらなければいけないことがいくらかあるんだけども、元気があれば夜にしましょう。

やっとソウル

ただいまソウルのインチョン空港。昨日の早朝にタラハシーの家を出てからもう既に２５時間ほどか。。。アトランタからの１５時間のフライトにやられて二人とも疲労困憊で、もう何かを買いにいくような元気もないのでただ搭乗口で飛行機を待っているだけ。それにしてもKorean Airの機内食が旨かったのはうれしい驚き。今までに食べた機内食で一番旨かったと思う。さぁ、ようやく日本に入れるな。

フライト変更

さて、明日の早朝から日本へ向けて出発。ラボでハエ達の整理もしたし荷造りもほぼ終了したので、今オンラインでチェックインしようとしたら、シアトル発の便がキャンセルになっていて自動的にアトランタ発ソウル経由に変更されていた。アトランタからソウルまで１５時間。。。さぁ今年もロウチビとの長旅をどこまで楽しめるだろうか。

発表練習

今朝のラボミーティングで学会発表の練習をさせてもらった。昨日コンフォーカルで撮った写真の中からいくらか使えそうな写真も加えて、今日の朝なんとかスライドは完成。follicleのデータは結構色々とあるのだけども、今回の学会でのトークでは一つのトピックだけに絞って他の諸々の話は全部切り捨てた。それでも結構な速さでしゃべって１８分だったから、もう少し効率よく説明する必要があるかな。あとは早稲田での講演の準備をしないといかん。こちらはデスカッションタイムを含めて９０分ももらっているので、聴衆を飽きさせないような構成を考えないと。明日は朝からマイクと海釣りに出かけるので結構時間はなくなってきてるんだけども、まぁなんとかなるでしょう。

あと一週間

いよいよ日本への出発が一週間後に迫ってきた、というのになんかまだ発表の準備があんまりできていない。。。今週まだいくらか実験が残っているし、ストックのハエ達を更新しておきたいし、ということでなんやらちょっと焦ってきたぞ。

さて、今回の帰国では去年と同じ、分子生物学会（MBSJ2011）で催される「Cell Competition」のワークショップでトークをします。ワークショップの概要は以下の通り。一日目（１２月１３日）の１７時５０分からです。

Cell competition: A new frontier toward understanding cell-cell communication
細胞競合：細胞間コミュニケーション研究の新局面

Tissue development and homeostasis are regulated by the coordination of cell death and cell proliferation within multicellular communities.  Such coordination is facilitated by a phenomenon called "cell competition", which is a concept of cell cell communication, in which faster growing cells (‘winners’) in the tissue eliminate adjacent slower-growing cells (‘losers’) by inducing cell death.  Cell competition is thought to play a role in organ size control by absorbing fluctuations of the 'cell proliferation/cell death balance' during normal development, as well as in tumorigenesis, cancer progression, and maintenance of stem cell populations in their niche.  In this workshop, we would like to have an exciting and stimulating discussion to impact the future direction of this field.

これ以外にも、このワークショップのオーガナイザーであるNM博士の取り計らいで、１２月１５日に早稲田大学先端生命医科学センターというところでセミナーをさせて頂けることになりました。

ということで、今週はちょっと気合い入れて準備しますわ。

Sartori Amarone

昨日は自分の誕生日ということで、家族にお祝いしてもらいました。

で、開けたワインは、イタリアはヴェローナのアマローネ。３０ドル少しだったかな。アマローネというものを飲んだのはこれが初めてだと思うけど、これは結構好きかも。陰干しした葡萄から作られるということで、普通のワインより糖度もアルコール度もぐっと高く感じる。確かにレーズンのような甘ーいドライフルーツの風味がある濃厚なフルボディ。うまいね〜。

Sartori di Verona Amarone della Valpolicella Classico "Estate Collection" 2007

サンクスギビング 2011

今アメリカはサンクスギビングホリデーの真っ只中。一昨日のサンクスギビングには近所のアニカの家で、アメリカンファミリーのサンクスギビングパーティにお邪魔させてもらってターキーを含めたくさんの御馳走を頂いてきた。そして昨日と今日はぶらぶらと買い物。とはいえ、日本への帰国があと１０日を切った中、最後の実験を毎日少しずつ進めている。昨日と今日は肝となるBrdUをやっているのだが、はてさて今回はちゃんとクリアーなシグナルが得られるのかどうか。

そして、先週やっぱりまた夜にネズミが出てきたのだ。このとき物音だけじゃなくて実際にネズミの姿を見た。というのも、キッチンの電気を点けた瞬間にネズミがオーブンの裏に走り込んだのが見えたのでオーブンを前にずらしてみたのだが、その時はもうすでに姿を消していた。オーブンの裏の壁は、こないだ隙間を全て埋めたので絶対に逃げ場所がないはずなのにいない。でもその時ふと気付いたのは、オーブン自体の裏面にいくつか通気口みたいな穴があって中には断熱材の綿みたいなのが入っているのだが、その綿の上にネズミの糞がいくつか落ちていたのだ。もしかしたらオーブンの中に隠れ家があるのかもしれんと思って、早速オーブンをオンにして熱々にしてみたところ、やっぱり出てきたのだ。熱くなってびっくらこいたようだ。その後、そのネズミとキッチンで上を下への鬼ごっこをしたのだが、最終的にはディッシュウォッシャーの裏側に走り込んだきり出て来なくなってしまった。そこで今度はキッチンに固定されているディッシュウォッシャーのネジを外してディッシュウォッシャーを前に出してその裏側を見てみたところ、そこには壁の中の水道管とディッシュウォッシャーをつなぐホースを通すための大きな大きな穴があったのでした。なるほど、、、この大きな穴こそがネズミの出入口だった訳ですね。ということで、ホームディポで色々と道具を買ってきて、昨晩一人でその大きな穴を板で塞ぐ工事をしました。たぶん、もうこれで入って来れないんじゃなかろうか。

とまぁ、そんなサンクスギビングですわ。

BrdUとEdU

皆さんはS phaseの検出にBrdUを使っていますか？まぁ、もちろん細胞を研究している人以外はS phaseの検出なんてしないのは分かっているけど。

先週、以下の論文を読んでいて“EdU”というものを思い出した。というのも最近結構BrdUの代わりにEdUを使っている論文が多いことが気になっていたのだが、実際何が違うのかちゃんと調べたことがなかった。ちなみにこの論文ではどちらも使っているのだが、なぜ実験によって使い分けているのかその説明はない。

Control of Drosophila endocycles by E2F and CRL4[CDT2].  Nature (2011). doi: 10.1038/nature10579. 

簡単にまとめてしまうと、Drosophila salivary glandのendocycleにおいて、gap phaseではE2F1がtranscription factorとしてCycE expressionとS-phase initiationを促し、S phaseではE3 ubiquitin ligase, CRL4[CDT2]がE2F1を分解することによりCycE/Cdk2のactivityは低下する。つまりE2F1がendocycleのmolecular oscillatorとして働いていると。

starved conditionにおいては、salivary glandのendocycle及びcell growthは阻害されるのだが、面白いことにこの時E2F1 proteinのdepletionが起こっており（mRNA levelは変化なし）、またRheb（mTOR activator）のoverexpressionによってこのE2F1 protein levelは回復し、 endocycle及びcell growthの阻害もレスキューされる。つまりE2F1はendocycle progressionとcell growthを結ぶgrowth sensorとしても働いているということである。なるほどなるほど。ちなみにこの論文、Dr. BEとこの仕事かと思ったけどよく見るとDr. CLとかDr. RDとかも共著に入っていて、結構ビッグなコラボですなぁ。

さて、Drosophilaのfollicle cellでBrdU incorporation assayをやると、oogenesis stage 1~6のmitotic  stageと7~10aのendocycle stageではsalivary glandと同じようにBrdU incorporationのoscillating patternが見られる。ところがstage 10bからはこのoscillating patternは消え、全ての細胞の核内に４〜５個のpunctate BrdU incorporation patternが見られるようになる。これはstage 10b以降、follicle cellがいわゆるgene amplification stageに入って、chorion geneのような特定の遺伝子領域だけを増幅するためである。このendocycle/gene amplification (E/A) switchを見るためにはBrdU incorporationが最適な訳だが、どうもfollicleでは時々BrdUの検出が上手くいかないことがあるんですね。stage 10aまでのoscillating patternはたいがい大丈夫なんだけども、gene amplification stageでのpunctate signalがクリアーでないことがある。ちなみに原因は不明なことが多い。それで、じゃあEdUってどうなんだろうということですわ。

以下、invitrogenのClick-iT® EdU Imaging Kitsの説明書より抜粋。

EdU（5-エチニル-2'-デオキシウリジン）はチミジンのヌクレオシド類似体であり、活発なDNA合成の間にDNAに取り込まれます。検出は、クリック反応（アジドとアルキンの間の銅触媒共有結合の反応）を用います。このアプリケーションでは、EdUにアルキンが含まれ、Alexa Fluor®色素にアジドが含まれています。

BrdUプロトコールにおける変性ステップは、核酸の対比染色に影響するような二本鎖DNAの完全性を失わせるだけでなく、細胞の形態および抗原認識部位を破壊することがありました。対照的に、EdU assayキットは使用が容易なだけでなく、細胞周期分析用の色素などのDNAの染色にも完全に適応します。また、このEdU assayキットは、抗体を使った細胞表面および細胞内マーカーの検出と組み合わせてマルチプレックス化することも可能です。最後に、（非特異的結合を示すことのある抗体に依存する）BrdU assayとは違って、Click-iT® EdU assayはバイオオルソゴナルな（生物学的にユニークである）部分を利用するため、低バックグラウンドおよび高検出感度をもたらします。

ということで、BrdUの代わりにEdUを使う上で、メリットはたくさんあるけどデメリットはなさそうかな？

これは試してみよう。これで毎回ちゃあんとfollicleでのoscillating patternとpunctate signalがキレイに検出できるならBrdUはもうやめやな。

二ヶ月の結果

二ヶ月ほど前にアンダーグラジュエイトの二人に実験計画を説明して、この二ヶ月間は質問があれば教えるという感じでほとんど自分達でやってもらっていたのだが、ようやく一通りの結果というかサンプルが出揃ってきたようで、今日はレクシーが出来上がったサンプル群を見て欲しいということだったので二人で顕微鏡を覗いてみた。実は二週間前のラボミーティングでレクシーが進行中の実験内容を発表したとき、ちょっと彼女の理解度に不安を感じたのだが、まぁまぁそれなりにサンプルは取れてきている。意外なことにアリスンよりもデータは豊富に取れているかも。中でも二種類のRNAiラインがなかなか面白いフェノタイプを見せているように見えた。一つはたぶん今までに見たことがない現象だと思う。これはちょっと本腰を入れて次の実験を考えなければいかん。やっぱり機能未知の遺伝子はわくわくしてしまいますな。

Chateau de Macard

Chateau de Macard Bordeaux Superieur 2009 

少し前にコスコで安かったから（１０ドルほど）買ったボルドーワイン。結構すっぱくてビターな味。ふーむ、まぁ美味しいんだけどもあんまり自分の好みではないかなぁ。ちょっと何て言うのか、分かりにくいんですわ。ブレンド比は、Cabernet Franc 50%, Merlot 30%, Cabernet Sauvignon 20%。

Greeting Cards

最近Facebookをちょっとずつ使うようになってその使い方と面白さがなんとなく分かり始めてきたのだが、これ結構いろんな機能があって分かりにくい。特に「アプリ」の概念が分かりづらいなぁ。このアプリってデフォルトとして始めから付いているのってなんだったのか思い出せない。というのも、自分のアプリ欄にはいつの間にか「Greeting Cards」なるものが入っていて、これは始めから付いていたものだと思っていたけど実はこのアプリがいわゆるスパムであることに昨日ようやく気付いたのだ。今までこんなアプリ使ったことがなかったのだが、昨日ぼーっと何人かの友達のページを覗いていたら、なんとズーちゃんのページのウォールに、つい先日自分が送った（ことになっている）ズーちゃんへのバースデーカードがあるではないか。しかもかわいらしいピンクのバラの写真とともに、「I Created a Special Birthday Card for You!」とかいうメッセージが添えられている。これは相当キモイ。いろんな意味で。もちろんこんなもの送った覚えはないのだが、かわいそうにズーちゃんは「Thanks」とかコメントしてる。

さて、記憶を辿ってみて気がついたのは、そういやもう随分前にJI博士を友達登録した際に、JI博士からこのアプリの紹介みたいなのが送られてきたのだ。まぁこの紹介も新しい友達に自動的に送られるんだろう。そのリンクをクリックした時に、そのアプリが自分のデータへのアクセスの許可を求めてきたので、なんか怪しいなと思って「許可しない」をクリックしたのだが、どうやらそこで「許可しない」をクリックしてもアプリに登録したことになってしまうようだ。訳分からんけど、ちょっと調べてみたら本当にそうらしい。検索したら同じような体験談はたくさんあった。こういうのって結構気をつけているつもりでも仲の良い友達の名前で送られてきたりしたらうっかり見ちゃったりするんですよね。しかし、ズーちゃんにちょっとアブナイ人と思われてるかもしれんな。。。