実は今、Volumest （VOLUMe ESTimation）というImageJのプラグインを使っているのだけども、これがちょっとメンドクサイのである。例えば、follicle cellの体積を測定しようとすると、だいたいこの上皮細胞の高さが大きいもので１０μmほどもある。１スライスを１μmの幅でスキャンしているので、これだと１０枚の画像に写っている細胞を上から下まで一枚ずつ全てプロットしていくという作業になる。もちろん一つの細胞の大きさを測定するだけやったら別にええねんけども、当然同じように他のたくさんの細胞の大きさを測定してそれらを統計解析しなければならないということになる訳で、これはちょっと一苦労なんですね。フローサイトメーターを使えば細胞体積の定量解析が可能とはいえ、mosaic tissueにおけるmutant cellとwild-type cellの位置関係やその挙動も確認して、となってくるとフローサイトメトリーは使えない。やっぱしひたすらプロットプロットするしかないんかなぁ。。。というかまぁ、今やってるんやけど。
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こういう悩みはめっちゃ共感できます！僕自身、体積は測定したことないのですが、ImageJでよく細胞のトラッキングとかします。三次元だと、自動でやるとすぐエラーが起こるので、結局コツコツマニュアルでやることになります。一方で、僕にもっとプログラミングとかのテクがあれば、もっと簡単にできそうやのになぁ、といつも感じています。まぁ、結局、その場しのぎでバイオロジスト特有のパワーワークでごまかしてしまうのですが。面積だとthresholdとか使って、半自動でできそうですが、体積は結構マニュアルワークが必要な感じですね。。。
返信削除バイオロジスト特有のパワーワーク、ほんまそうですよねぇ。これも組織中のsingle cellがGFPかなんかでマークされてるような状況なら半自動化を期待できそうな気もするけど、実際はそういう状況ではないからねぇ。体積測定じゃなくて体力測定みたいになりますわ。
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