segmentation

二週間ほど前から再開した生理研との話し合いの結果、SBF-SEMの画像データから各細胞のセグメンテーションを行うことになった。核と細胞外のエリアは、オートでも結構きれいにセグメンテーションできたようだが、細胞膜については細かい細胞突起がかなり入り組んでいるので人の目で見分けるしかない。２千枚以上ある画像全てについて手作業で塗り分けるのはちょっと現実的ではないので、とりあえずは２カ所の領域に絞ってやるのだけど、それでも全部で800枚分に渡る。生理研の方で少し試してもらった結果、３枚飛ばしくらいでも十分クリアーな三次元再構成ができそう、ということで４分の１の計200枚。この中に細胞が約180個含まれているので、５人でやるとしたら１人あたり36細胞のぬりえ。学生達と話して、まぁ１ヶ月くらいでできるよね、ということになった。たぶん、SBF-SEMでimaginal discの細胞の三次元再構成データを出すのは初になるんじゃないかな。

梅雨

梅雨やねぇ。低気圧のせいか、なんか体がだるい。写真は家の近所の岩倉川。先週あたり、暗くなるとこの辺りの川辺で結構たくさんのホタルが飛んでいるのを見た。

京丹後ー出石

土曜日、北へ向かってドライブ。また京丹後まで行ってから、出石、福知山を回って帰ってきた。初めて立ち寄った出石は、小さい町だけど古いものがたくさん残っていてなかなか良かった。暑かったけど皿そば美味いしまた行きたい。

Retrial

来週月曜日締め切りの学内ファンドの申請書を書くか書かないか、考えながら継代フリッピング。去年、二次審査でダメだったやつなんだけど、もう一度新しいテーマでトライするべきか否か。もう申請書ではなくて論文の執筆をしたいんだけどねぇ。

11/10, 9:00~11:00

１１月に名古屋で開催される生化学会の演題登録は明日が締め切りということなので、今日登録を済ませた。自分は生化学会の会員ではないのだけど、とある筋から誘ってもらって、今回シンポジウムのコオーガナイザーをやらせてもらうことになった。シンポジウムのテーマは「細胞分裂の制御とその破綻による発がん」というもので、２日目の朝のセッション（11月10日 9:00-11:00）らしい。スピーカーとしてトークもする予定なので、その演題登録というわけ。もちろん今うちのラボで追っていることを紹介する予定だけど、１１月の時点でどのあたりまで話せるかねぇ、と考えながらアブストラクトを書いたので、あまり細かいことまでは触れず大まかに。まぁでも久しぶりの対面でのトークになるし、倍数性コンソーシアムでお世話になっているRU博士とST博士もスピーカーとして呼んだし、ということでこれは楽しみになってきたね。

完了

今日の朝はフライデーミーティング。scRNAseq、タイムラプスライブイメージング、PIV解析、SBF-SEMとかなんとかかんとか、最近解析手法のバラエティが増えてきましたなぁ。これはなかなか素晴らしいこと。

午後は、昨日も書いていた研究成果報告書の細々したところを付け足したりして提出完了。そういえば、添付するWordファイルの様式については「２〜４ページで作成すること」という説明を見つけた。ともあれ、これで４年に渡った研究課題が終了した訳だ。後半の２年はコロナのせいで、予定していたのに出来なかったことも多い。そもそも国際共同研究のためのものだったのに、海外研究拠点としていたLAのKT博士のところへはほとんど行けなかった。まぁでもKT博士とのアイデアは今仕上げにかかっている論文でついに実を結ぼうとしているし、Invasion Hotspotはこの研究から出てきたものだし、今後の発展の基盤になったということでとても意味のある研究課題だったなぁと、報告書を書きながらしみじみ思った。

成果報告書

周りの田んぼはそろそろみんな田植えが終わって、水の中を覗くとオタマジャクシがたくさん泳ぎ始めている。毎晩聞こえてくるカエルの鳴き声は３種類ほど混じっていて、その中の一つはモリアオガエルっぽい気がするのよね。一度卵を探してみようかな。

さて、今週まずやらないといかんのは、昨年度で終了した科研費の研究成果報告書の提出。締め切りは金曜日ということで、昨日今日はその執筆にかかりっきり。成果報告書に添付するWordファイルの様式が一応あるけど、これってページ数制限とか何もないんかね。

志下海岸

今日は朝から下の子の付き添いで、海岸清掃ボランティアに参加。場所は、沼津御用邸のすぐ横にある浜。意外と大きなイベントだったようで、たくさんの人が集まっていてびっくり。市長さんとか政治家の方々も何人か参加していた。朝は快晴だったので、炎天下の浜で１時間半ほどゴミ拾いをしたらもうかなりぐったりだった。でもあれやね、海洋プラスチック汚染とか最近よく聞くけど、小さいプラスチックとかビニールの破片は探せば探すほど延々と見つかるくらいキリが無い。パッと見た感じきれいな浜なのにこんな状態ということは、やっぱり問題なんやねぇ。

Egr-Grnd

Epithelial monitoring through ligand-receptor segregation ensures malignant cell elimination. Science 376: 297-301.

Animals have evolved mechanisms, such as cell competition, to remove dangerous or nonfunctional cells from a tissue. Tumor necrosis factor signaling can eliminate clonal malignancies from Drosophila imaginal epithelia, but why this pathway is activated in tumor cells but not normal tissue is unknown. We show that the ligand that drives elimination is present in basolateral circulation but remains latent because it is spatially segregated from its apically localized receptor. Polarity defects associated with malignant transformation cause receptor mislocalization, allowing ligand binding and subsequent apoptotic signaling. This process occurs irrespective of the neighboring cells’ genotype and is thus distinct from cell competition. Related phenomena at epithelial wound sites are required for efficient repair. This mechanism of polarized compartmentalization of ligand and receptor can generally monitor epithelial integrity to promote tissue homeostasis.

金曜日のジャナクラで紹介した論文。モーフォメのメンバーによると、どこかの学会で発表されていたという話だったけど、自分は聞いたことがなかったのよね。やっぱりそろそろ海外の学会に戻らないとなと思う。さて、昨日も少し書いたけど、この論文の話は非常にシンプルで、なぜ細胞極性に異常が生じた上皮細胞でJNKの活性化が起こるのかを示している。

体の外側と内側を隔てるバリアーとして機能する上皮組織にとって、構造的に異常が生じた細胞は危険なので排除しなければならない。ということで、scrib、dlg、lglのmutant cellみたいなapicobasal polarityに異常が生じる細胞は健康な上皮から排除されなければならない。こういった異常な細胞を選択的に排除するシステムとしてcell competitionが知られており、cell competitionでのアポトーシスはJNK activationに依存していることが分かっている。また、上皮が物理的に傷ついたりした場合も、まず傷を受けた部分の細胞を除去して上皮の層構造を修復するために、JNK signalingが重要な働きをしていることが分かっている。ではこういう時にどうやってJNK actiavtionが起こるのかというと、リガンドであるtumor necrosis factor (TNF) のEiger (Egr) が、レセプターのGrindelwald (Grnd) に結合することによってJNK signalの活性化が引き起こされることが知られている。そしてさらに、このリガンドのEgrがどこから来るのか？ということになると、一つは、今は亡きDr. MVのラボから、こういうところに引き寄せられてくるhemocyteがEgrを出しているという報告があったり、Dr. PLのラボからは、文脈は違えどEgrはfat bodyから出てsystemic signalとしてhemolymph中にあるという報告もあったり。で、Dr. DBのラボはこの論文の前にも、fat bodyからのEgrが上皮でのJNK activationに関与していることを示す論文を出していて、Egrの出どころに関してはDr. PLと同じ見方をしている。まぁ、この論文の結果を見ると、上皮からのEgrもhemocyteからのEgrも関係していなさそうというのはクリアーだ。さて、そうなると問題は、fat bodyから来たhemolymph中のEgrがどうやってimaginal discのGrndに結合するのかということ。なぜなら、hemolymph中のEgrがアクセスできるのはimaginal discのbasal側で、Grndは上皮細胞のapical surfaceに局在しているから、普段はhemolymph中のEgrと管腔側のGrndは出会わない状態にある。この論文では、polarity defectとかwoundによって上皮層構造に擾乱が加わると、apical側にあったGrndがbasal側に露出したり、上皮層の透過性が高まったりすることによって、EgrとGrndの結合が起こるということがいくつかの実験によって示されている。

「The function of the TNF-TNFR system described here as an in vivo sensor of epithelial integrity raises the possibility that ligand-receptor segregation may be a theme general to epithelial maintenance.」ということね。

このシンプルなストーリーをScienceの論文としてまとめ上げるのは本当にすごいなぁと思う。はじめにこの論文をさらっと読んだときは、むべなるかなぁと思った程度だったけど、今一度ジャナクラ用にこの研究のバックグラウンドとかも色々と考え直しているうちに、今準備中の論文に対して沸々と湧き上がってくる思いがあった。ということで今日の午後、久しぶりにSBF-SEMの解析がどんな感じになっているか、O先生に連絡してみた。

ジャナクラ

今日はラボのジャナクラ。自分の発表の番だったので、ついこないだScienceで発表されたDr. DBラボからの論文を紹介した。上皮のpolarity-deficient cellsでJNK activationが起こるメカニズムをシンプルに分かりやすく示した論文。なのだけど、培養細胞チームの学生達はこのショウジョウバエ研究のバックグラウンドをあまり知らないだろう、ということでイントロとして、クイズを交えながらScribbleとEigerとGrindelwaldにまつわる研究の歴史をざっと話してみた。論文の内容は、また気が向いたらここでも書こうかな。

で、ジャナクラ後に新幹線に乗って三島に帰ってきた。今週末は三島でちょっと休憩。

3 + 2

昨晩、ついに申請書の提出が完了した。いやー、もうこの二週間ほど寝ても覚めてもこの申請書の内容のことばっかり考えていたのでだいぶ疲れたけど、これですっきり。今回また完全に新しいものを書いたので結構大変だったのだが、分担研究者の方々のご協力もあってすごく良いものが書けたと思う。今回のは、去年書いた基盤Bの計画書でフォーカスした多倍体化の次の段階のもの。前々から考えていたpolyploid cellが生み出すものと、先月 S が出してくれたデータが見事にマッチして今回のストーリーに繋がった。国内３チーム＋アメリカ２チームの計５チームによる共同研究ということになるので、始まれば色々と楽しいことになるし、間違いなく重要な研究になるはずなのでなんとか採択されて欲しい。まぁ、これまた本当にこの先やっていきたいという計画が書けたので、万が一今回採択されなくても何としてでも推進させていきたいと思う。

一息

この一週間ずっとかかりきりだった申請書がようやく完成に近付いてきたので、今日はちょっと一息。いい天気だから近所の宝ヶ池公園を散策したのだけど、ちょっと暑すぎやね。

FACS講習会

今週は水曜と木曜の二日間、朝から夕方までBD社主催のFACS講習会に出席。学部の共通機器のFACS Ariaを使うには、この講習会を受けていないといけないということもあるし、自分でちゃんとセルソーターを使えるように一度しっかりとトレーニングを受けたいということもあって予約していた。FACSは今までに何度も使っているのだけど、実際にはいつもFACSをよく使っている人に頼んでやってもらっていて、その操作を横で見ているという感じだった。どういう仕組みで何を見ているのかということは大体理解していたつもりだったけど、今回の講習会では原理から全てきっちりと教えてもらって非常に勉強になった。もちろん講習のメインは使い方で、分厚いマニュアルを見ながら細かい初期設定とかいろんな部分の調整方法とか正確なデータの出し方とかいろんなソートのやり方とか、丸二日かけて一通りのことを習った。まぁこれで、マニュアルを見ながらなら一人でもできるかな、という感じになったけど、それと同時に、なんでこんなにややこしいねん、と思わせるほど考えなければいけない操作が多い。他社製のセルソーターではもっと手順が自動化されているものもあるけど、ここまで細かい設定や操作を自分でしなければいけないようになっているということは、逆にこれらのことをちゃんと理解していれば、解析の細かい部分を全て自分でコントロールできるからということなんだろう。

Grindelwald

月曜日、今日は朝からコンフォーカル解析。先々週、コペンハーゲンのDr. JCが送ってくれたグリンデルワルドの抗体を早速使ってwild typeのimaginal discを染色してみたので、その確認。いやぁ、この抗体は素晴らしい。シグナルがめっちゃ綺麗にapical側に局在していた。で、肝心のinvasion hotspotでこの局在がどうなっているか、丹念にスキャンしてみたのだが、どうやらapical localizationに乱れはなさそうだった。これはちょっと予想外なんだけども、どちらにせよこれは今仕上げようとしている論文の重要なデータになる。

Uaeng Thueng

今日は午後からカモカフェに行って、昼ごはんを食べた後そのまま執筆作業。ごはんもコーヒーも美味しい上に好きなマンガがあって、さらに執筆をするのにも最適なカフェなんてなかなかない。ということで夕方まで作業した後、帰り際に下の階のお店にふらりと入って店主のNさんと立ち話している間に、前々から気になっていた着生ランを思わず買ってしまった。デンドロビウムウェンツェン（Dendrobium Uaeng Thueng）という長い名前がついている。比較的強いらしいけど、ちょっとこまめにお世話してあげないとダメかも。

multitasking

今日の朝はちょっと久しぶりのフライデーミーティング。ロイが撮った16時間に及ぶtumor cloneのタイムラプスに皆んなで見入った。invasiveなやつらは本当にダイナミックに動き回っとるので、何らかの方法で各々の細胞の動きをトレースしたりしないといけないかな。で、午後からはジャナクラに参加しながら、もう一つの画面で先進ゲノム支援の説明会を見ながら、さらにもう一つの画面で夕方に予定していたSI博士とのミーティング用のスライドを作りながらさらに、みたいなマルチタスク状態。ということで、夕方にSI博士と申請書作成に向けての大事なミーティング。とりあえずお互い持っている素材をテーブルに並べてみたので、あとは今考えているコンセプトに当てはめていく感じ。来週が山場になるかな。その後ようやくフライルームで大相撲観戦しながら一息ついて、Iさんに頼まれていたホワイトピューパコレクトをしながら抗体染色の続き。結構仕事した感がある金曜日。

K92 club

昨晩は、大学の研究者４人で医学部のすぐ近くにある料理屋に集まって意見交換会。久しぶりの同年代仲間の飲み会ということで、皆んなの近況と方向性について色々と議論することができてかなり楽しかった。そんなわけで、今朝はまだちょいと二日酔い気味だったけど、早朝からアメリカのグループとこれまた久しぶりのミーティング。この一ヶ月ほどの間、画像解析とモデリングのチームがかなり頑張っていたようで、色々と進捗を教えてもらった。これはもうそろそろ論文として発表できそうになってきたな、という感じ。

五月場所二日目

今日はなんだか体が重いのは連休明けだからかと思ったけど、これはたぶん低気圧のせいやね。もうそろそろ梅雨になるんかなぁ。そんなことで今日はあんまり執筆には集中できなかったけど、夕方は大相撲中継を見ながら先週できなかった継代作業。なんだか今場所も荒れそうな感じがありますなぁ。連休前に仕込んでおいたハエ達のかけ合わせはいい感じで、この数ヶ月間に渡るかけ合わせの最終目的の遺伝子型のハエがいよいよ今週出てくるはず。これが完成したら、できることがまた大きく広がる。

GW6

今日でゴールデンウィークは終わり。ということで、夕方に三島を出て京都に帰ってきた。なんか京都の方がだいぶ気温が低いな。この連休中に家の周りの田んぼに水が張られたようで、蛙の声が聞こえてくるけどまだそれほど多くはない。今晩はちょっと冷え込んでいるからかな。

GW5

今日は子供達がなんやかんやと用事があって出かけたりしていたので、自分は家でゆっくり調べものをしたり、先月の特別講義に関する学生達のレポートを読んだり。ということで、自分だけ暇だったので、今晩も家族の晩御飯を作った。今日のメインはピーマンの肉詰め。自分で言うのもなんやけど、めっちゃ美味かった。

GW4

今日は平日ということで有休にしていたのだけど、抗体がラボに届いたという連絡を受けて指示を出したり、それ用の二次抗体を注文したり、何人かにメールを書いたり、夕方には一件オンラインの面接にも出席したりと結構仕事をしていた。で、さらに今日は家族のために夕飯を作って食べてから、下の子を連れて映画館のレイトショーで「Morbius」を観てきた。モービウス、予想以上に凄かった。始めから終わりまでエキサイティングで映像の迫力がスゴイし怖い！そして意外にも結構Biologyしててナイスだった。うーむ、素晴らしかったなぁ。やっぱり吸血鬼というのは魅力的なホラーやねぇ。

GW3

今日は下の子とサイクリング。途中でいつものラーメン屋に寄って昼ごはんを食べて、ゆっくりと20kmくらい走った。もう日差しが夏のようだ。

Asynthetic Fission

Skin cells undergo asynthetic fission to expand body surfaces in zebrafish. Nature (2022). DOI:10.1038/s41586-022-04641-0

As an animal’s surface area expands during development, skin cell populations must quickly respond to maintain sufficient epithelial coverage. Despite much progress in understanding of skin cell behaviours in vivo, it remains unclear how cells collectively act to satisfy coverage demands at an organismic level. Here we created a multicolour cell membrane tagging system, palmskin, to monitor the entire population of superficial epithelial cells (SECs) in developing zebrafish larvae. Using time-lapse imaging, we found that many SECs readily divide on the animal body surface; during a specific developmental window, a single SEC can produce a maximum of four progeny cells over its lifetime on the surface of the animal. Remarkably, EdU assays, DNA staining and hydroxyurea treatment showed that these terminally differentiated skin cells continue splitting despite an absence of DNA replication, causing up to 50% of SECs to exhibit reduced genome size. On the basis of a simple mathematical model and quantitative analyses of cell volumes and apical surface areas, we propose that ‘asynthetic fission’ is used as an efficient mechanism for expanding epithelial coverage during rapid growth. Furthermore, global or local manipulation of body surface growth affects the extent and mode of SEC division, presumably through tension-mediated activation of stretch-activated ion channels. We speculate that this frugal yet flexible mode of cell proliferation might also occur in contexts other than zebrafish skin expansion.

先週、オンラインに出てきたNature article。Brainbowをベースにしたmulticolour barcoding system “palmskin”で皮膚が虹色になったゼブラフィッシュが美しい。それにしても、タイトルを見て何のことだろうと思ったのだけど、内容を理解してビックリ。なんと、発生期のゼブラフィッシュの体表面を覆う表皮細胞（SECs）が、DNA複製をせずに２回ほど細胞分裂する、つまりゲノムサイズを減らしながら分裂するという話。分裂をしないでDNA複製だけによって細胞サイズを増大させるCCHとは全く逆のパターンということになる。この「asynthetic fission」は、幼体の体表面を覆うSECsが、この発生時期（8~10 d.p.f.）の急速な体の成長に合わせて表面積を増大させる必要があるから、ということなのだが、DNA複製をせずにただ分裂するだけだと体積自体はそれほど変わらないだろうから意味ないんとちゃうのん、という疑問と、"frugal yet flexible mode"とか言ってるけど、そもそもゲノムを半分に分けちゃったりして大丈夫なんか、という疑問を抱きながら読んだ。ちなみに、これまでこの発生時期のSECsはpostmitoticだと考えられていたそうだけど、それはDNA複製が観察されなかったからなのかな。

さて、一つ目の疑問に対する答えは、分裂することによって娘細胞トータルでのapical surfaceの面積が増大するということで説明されている。娘細胞トータルの体積自体はやはり増えていないようだけど、２回分裂した後の４細胞トータルでのapical surfaceは確かに増えているので、apicobasalの高さが減少することでapical surface areaを増大させているということになる。

二つ目の心配はある意味的中していて、やっぱり染色体分配はかなりerror proneで、色んなchromosome segregation defectが結構な割合で生じるようだ。そもそも2Nから２回分裂する訳だから、上手くいっても0.5Nになるはず。とはいえ、このSECsはそのほとんどが21 d.p.f.には剥がれ落ちて新しい細胞に置き換わってしまうということなので、やはりとりあえず発生期を効率的に乗り切って、生殖さえ上手くいけばその後は体細胞がどうなっても知らんわというシステムなのかな。CCHでのendoreplicationも組織修復するにあたってmitosisよりも効率的なはずだけど、polyploidになってaneuploidを産む危険性を持ってしまう訳で、こういうその場しのぎ的なところは同じなんだろうなという印象。CCHとasynthetic fission、どちらを取るかという選択要因はなんなんやろね。

今回、このasynthetic fissionがどうやって制御されているかについてはほぼ触れられていないけど、これはかなり気になるところ。そもそもちゃんとchromosomeとかspindleを作っているんだろうか。一つ、微小管重合阻害剤のNocodazole処理によって分裂がかなり阻害されると同時にbinucleated cellの数が増加する一方で、DNA合成阻害剤のHydroxyureaやAraC、そしてCDK inhibitorのRoscovitineなどの処理ではこの分裂にほとんど影響が出ないことが示されている。まぁもちろんこれだけではなんとも言えないけど、普通の細胞周期とはかなり違って、少なくともチェックポイントはほぼ機能していなさそう。また、この分裂は体の成長に伴って表皮が引っ張られることがトリガーになっていて、stretch-activated ion channel Piezo1の関与が示されているけど、こういうmechanotransductionについてはもはやあんまり新しさは感じない。むしろもっとcell cycle regulationに関して見せて欲しかった。まぁ、それはまた今後に期待ということか。

そういや、このpostmitoticな状態からむりやり分裂してchromosome segregationがおかしくなっちゃうという感じを見ていてふと、もしかしたらつい最近うちで見ているtumor cloneの分裂と似ているのかもという気がしてきた。もうちょいと詳しい話、このラボに聞いてみようかな。

GW2

GW２日目。なんとMARVELの映画が最近２本公開されたということで、マーベル大好きの息子と一緒に今日はまず「Doctor Strange in the Multiverse of Madness」を観に映画館へ。自分はこれまでにドクター・ストレンジの映画を観たことがなかったのだけど、少し前に観たスパイダーマンの続きといえば続きでもあるので、世界観はだいたい理解していた、マルチバースを行き来するのでなんだかスケールがスゴイし、やっぱりベネディクトカンバーバッチがスゴイ。

GW1

今日から自分も連休。ということで今日の午後、新幹線に乗って三島へ向かった。三島の方が少し涼しいような。

１５巻

今日からゴールデンウィークということで連休なんだけど、今週末は色々とやることがあるので今日も朝からラボ。昼間、すごい雨が降っていたけど、祝日だしランチはゆっくりとカモカフェで。カモカフェに行くといつもゴールデンカムイを少しずつ読み続けていて、今日で１５巻を読み終えたのだが、そういえば今週ついに連載のほうは最終回を迎えて完結したらしいね。実写映画化も決まったとかでいろいろと気になるのだけど、このペースだと自分が最終巻に辿り着くまでは、まだあと１年間くらいはかかりそうかな。

refresh

昨日は同志社で講義をしたあと、さらに南へ車を走らせて大阪の実家へ寄って一泊。こないだ京丹後で手に入れてきた玉川をお土産に持って行ってカンパイ。で、今日は良い天気の中、ワンコと庭でのんびりしてから京都に帰ってきた。少しリフレッシュ。

en>fzr

明日の午後は、同志社大学で去年も担当した大学院の授業を担当する予定。ということで、今日はその講義の準備をしているわけだが、１日で２コマやってしまうので合計３時間の資料。となるとかなり量が多くて、スライドはすでに１６０枚を超えている。大部分は去年の授業でも使ったものなのだが、少し話の流れを変えてみようという気になったので、全体的に見直しているところ。organ size controlの話では、だいたいいつもこの en-Gal4 + UAS-fzr の実験を紹介する。上の羽はコントロールの正常なもので、下の羽は en>fzr によって羽の下半分の細胞がpolyploidになっている。この下半分の細胞では、mitosisがendoreplicationになってしまっているので、分裂できず細胞数がかなり少なくなってしまうのだけど、一つ一つの細胞がpolyploidになってサイズが大きくなるので、羽全体としての大きさと形は正常なものと大差ない。つまり、器官の大きさは細胞数でコントロールされている訳ではないという話。

収支決算

今週は、この３月で終了した科研費の研究実績報告書と収支決算報告書の作成。研究実績の内容に関して迷うことはほとんどないのだけど、収支決算のほうは、どの金額をどの欄に記入すれば良いのか、いつもよく分からなくなる。自分一人だけのものであれば大したことはないのだが、分担研究者が複数いるとほんまにややこしい。大学のオンラインの財務会計システムも、わざと分かりにくく作ってあるんかと思わせるようなややこしさだし。ということで、結局いろいろと考えても分からなかったので、学部の事務方にメールで聞いてみたら、記入すべき金額を全て教えてくれた。ふむ、今後ははじめから事務方に聞くことにしよう。

DROS22

さて、アメリカの「Drosophila Conference」が先週、サンディエゴでついに３年ぶりにin personで行われていたようだ。今日、メーリングリストに流れてきたDr. SYによる現地リポートによると、今回はまだハイブリッドということで、on siteでの参加登録は例年の半分くらい、トークも３分の１くらいはZOOMによる発表だったとか。だとしても、やっぱり行きたかったなぁ、と同時に、来年はなんとしてでも行かなあかんなと思った。来年には必ず発表したい話があるし、さすがにもうコロナも終わっているだろう。来年は久しぶりのシカゴだ。

humid

桜が散ると急に気温も湿度も上がってきて、今日は雨も降っているし、もうそろそろ梅雨になるんかという感じ。

今週は、ハエを海外へ送る準備をしたりとか、抗体を輸入するにあたっての通関手続きに関する問い合わせしたりとか、いろんな事務手続きの書類の作成をしたりとか、雑務に忙殺されながらも少しずつ申請書の下書きを進めている。しかし、こういった雑務はやはり教員がやるべき仕事ではないな。

春の書類

なんか、ふと気付くと前年度の報告書やら新年度の継続申請やら交付申請やら、締め切りのある書類でいっぱいになってるやん。まぁ毎年４月はこんなんやけど、学内の書類は未だに紙媒体でハンコも必要とかいうけったいなもんが多いなぁ。ということで、ちょっとリフレッシュしに今日の昼は久しぶりにカモカフェへ。京都の桜は昨日あたりから急に散り始めて、鴨川も所々桜の花びらでいっぱいになっている。

FV3000 x2

今日の午後はコンフォーカル。Sと一緒に新しいFV3000を２台とも稼働させてpolyploidになった細胞達の様子を観察。以前にも何度かやっている実験なんだけども、見れば見るほどおかしなことが起こっているのを発見してしまう。それにしても、新品のFV3000が２台並んでwing discをスキャンしているさまはちょっとエキサイティングやね。

岩倉川

今日も満開の桜。これは自宅近くを流れる岩倉川沿いの桜並木。歩道が桜のトンネルのようになっていて、通り抜けるとなんだか少し気持ちが高ぶる。今日も調べものとメールで一日が終わりそうだけど、申請書の構想はだいぶ固まってきた。

4.4.22

今年は本当に桜がきれいだなぁと思うんだけど、なんでなのかな。桜は毎年咲いているし、去年も京都の近辺でいろんなところに桜を見に行ったんだけど、なぜだか今年の桜の美しさは格別に思える。ということで、こちらはラボの前の窓からの写真。

さて、今日は午前中にハエ達の世話をしてから、午後はいろんな人にメールを書いたり調べものをしたりしているうちに一日が終わってしまった。まぁでもメールを出したことで、来月末締め切りの申請書を書く決心がついた。

亀岡

今日の午後は、桜を見にぶらっと隣の亀岡までドライブ。地図を眺めていて亀岡の街のはずれに見つけた桜の名所っぽい場所に行ってみたのだが、これがなんとも素晴らしい景色で感動した。あまり知られていない場所なのか、人出が多くないのも良い。

新年度

今日の午前中は新年度一発目のフライデーミーティング。ロイがいくつか新しい実験結果を見せてくれたのだが、その一つはかなり重要なピースになる。午後からは、Sと一緒に新しいFV3000を使ってコンフォーカル解析。つい最近修士を卒業したSは、この夏からアメリカの大学院へ進学することになった。自分が紹介したこともあり、Sはアメリカに行ったらたぶんフライラボで研究することになりそうなので、この４月はうちでトレーニングをする予定。とりあえず短い期間だけど、トレーニングだけではなくて何か面白い観察をできればと思う。今日のコンフォーカルでは、早速良い感じのものを見ることができた。FV3000は、やはりFV1200に比べてスキャン速度がだいぶ早い。あと、まず始めにスライドグラス全面をスキャンしてマップ化した画像をベースにして、目的のサンプルをサッと確認してパッとそこにフォーカスできる機能が非常に効率的やね。

川端通

ずいぶんと桜が綺麗なので、今朝はいつものルートを少し変えて、修学院から出町柳まで高野川沿いの桜並木をくぐりながら登校。京都は桜の木がとても多い街なのではないだろうか。この川端通沿いに延々と続く桜並木は本当に素晴らしい。

4 meetings

今日はミーティング三昧の一日だった。まずは朝の７時から、アメリカの研究グループとの定期的なオンラインミーティング。その後ラボに行って１０時から、WMのとこでポスドクをしているXFとコンフォーカル画像のploidy解析に関してデスカッション。前にXFに会ったのは、前回自分がフロリダに行った時だからもう２年以上前ということもあり、ちょっと雑談が長くなってしまった。で、午後はYFさんのグループと、随分前から保留中のMahjongに関する共同研究プロジェクトについての話し合い。さらにその後夕方に、うちのラボでの博士課程を志望している中国の学生のオンラインインタビュー。これが予想以上に長くかかってかなり疲れてしまった。受け入れるかどうかはまだ考え中。というわけで、朝から晩までいろんな人と話しているうちに今年度最後の一日が終わった。

年度末

朝、いつも自転車で通り過ぎる松ヶ崎の山の麓。こんな綺麗な枝垂れ桜があったことに去年は気付いていなかった。

さて、ということでいつの間にかもう年度末。今年度で終了する国際共同研究費の会計の締めをしつつ、この続きをもう一度同じ種目で応募するべきではないかと考え中。ここ最近読んでいる本と何本かの総説に書かれていることが、今自分が見ているもの考えているものにかなり符合することに触発されたこともあり、この一週間ほどずっとこれに関して考えを巡らせている。

玉川

木下酒造　玉川　無ろ過生原酒　山廃　2019

先週末、ようやく暖かくなってきて北の方の雪ももう溶けただろうということで、思い立って京丹後まで車を走らせた。目的はもちろん玉川の酒。去年感動した蔵内限定品の中汲みの新酒と、さらに2019年の山廃を手に入れてきた。この熟成された山廃は、独特の風味とすごいコクでもはや日本酒とは違うもの。甘酒のように米の味がしっかりとしているのだけど、自分は上質なアマローネを思い出した。これは少しずつ楽しみたい。本当にこの酒造のお酒は面白いものが多い。

卒業式

今日は下の子の小学校の卒業式。所属プログラムごとの式ということで全部で４０数人、一人一人が前に出て、自分の将来の夢を英語で話してから卒業証書をもらいに行くという形式。小さい頃から知っている子達がみんな大きくなっていて、あぁ時間が経ったんだなぁと実感。子供はどんどん大きくなりますね。

で、明日は４月から入学予定の中学校のオリエンテーションに一緒に行く予定。

必然性

なんか今週から急に春になったねぇ。この冬は随分寒さが厳しかったので、外に出たとき暖かいのがなんだか本当にうれしい。さて、二月に予定されていたけど結局オミクロンの影響で延期になっていた細胞競合コロキウム＆学術変革領域班会議の合同ミーティングが、今週開催されている。淡路島での現地開催とオンラインのハイブリッド形式。自分は、今週末帰省することも考慮してオンラインでの参加。やっぱり現地でいろんな人に会って交流したいというのはあるけど、まぁ今回は仕方ない。ということで、自分は今日の朝、オンラインでショートトークをした。タイトルは「がんの進行における必然性と倍数性」。最近うちのラボで進行中の研究について、大学院生達４人の仕事を紹介しながらその概要を話したのだが、全体的なロジックを考えている中で自分にとって新しい発見があった。偶発的事象の積み重ねだけではなく、条件が揃った時に必ず生じる必然性という意味では、polyploidizationのプロセスとして、変異とかエラーによって起こるmitotic slippageやcytokinesis failureではなく、endocycleがぴったりはまるのだ。

白嶺 初搾り

白嶺　純米吟醸生酒　初搾り　限定品

以前に２回訪れた宮津のハクレイ酒造の初搾り。いつもの酒屋で見つけて迷わず手に入れてきた。米は五百万石。ここの酒は本当に好き。春になったらまた一度行くかな。

FV3000

今回うちの研究室に納入されたコンフォーカル顕微鏡は、OLYMPUSのFV3000。が、なんと同時に２台。担当してくれているOLYMPUSの方も、同時に２台納入は初めてとか。うちではすでにFV1000とFV1200に加えてNikon A1が稼働しているので、これでコンフォーカルは全部で５台になった。EPIの蛍光顕微鏡２台も合わせて顕微鏡が７台並んだ部屋は、さながらイメージングセンターのよう。昨日、設置が終わったFV3000の使い方を一通り説明してもらった。デモの時にも大体の機能の説明は受けたのだけど、やはり前のモデルに比べるとかなり性能が上がっているし色々と便利な機能も追加されて進化している。しかしFV3000って、発売されてからもう６年ほども経つんやね。まぁとりあえず、来週から使い始めてみましょう。

stressful

あぁ、なんかストレスの多い一週間だった。。。ガンマ線照射を含め色々と実験もしたし、新しいコンフォーカル顕微鏡の納入があったし、久しぶりに新しい研究者の友人もできたし、アメリカの研究グループとのミーティングでも進捗があったし、ということでなんやかんや忙しくしていたのだけど、それ以外でうざいことがいくつか発生。どれも人が関わることやから厄介やなぁ。解決するためにちょっと色々考えないといかん。

8 days

今日もかなりたくさんの幼虫を解剖した。この幼虫は、モザイククローン誘導後８日目。生後１０日以上経つけど、体中に腫瘍ができてだいぶ発生が遅れている。

基盤 B！

あぁーもう二月が終わってしまうんか。。早く進めたい研究がなかなかスムーズに進まず、早く世に出したい論文がなかなか終わらず、このところずーっと焦燥感があるのだが、こういう時こそ一つ一つの実験を着実にやっていくしかないのかな。ということで二月最終日の今日、科研費の審査結果発表があった。例年、新年度になってから発表されていた科研費の審査結果が、今年からは二月下旬に前倒しと告知されていたので、実は先週末あたりからそわそわして何度も電子申請システムにログインしては審査結果通知を確認していたのだけどなかなか発表されず。結局発表されたのは今日の午後。おいおいそれやったら下旬とか言わんと二月末日って告知しとけよって、審査結果が気になってしょうがない全国の大学教員が思ったはず。ともあれ、ついに動いた審査結果閲覧ページで「採択」という文字を見て思わず「ヨッシャー！」と声が出た。この数年間もらっていた国際共同研究 B は今年度で終了。来年度からの科研費は今回申請していた基盤 B に懸かっていたので、本当にほっとした〜。今回の研究課題名は「組織内在性の特異的微小環境から始まる腫瘍浸潤の分子基盤」。気合い入れていきます。

寒い

今日の昼は、雪がちらつくなかカモカフェへ。それにしても寒い。岩倉は今朝も雪が積もっていて真っ白だった。今年は本当に雪がよく降るねぇ。

autosegmentation

SBF-SEMは、その後全部で2500枚ほどの連続画像を取ってもらって一つ目のサンプルは終了。ということでこの数日間、生理研のほうで色々と提案してもらった画像解析結果を見ながら、とりあえずはHotspotがどの辺りにあるのかを探していた。Hotspotは、細胞の配置が周辺領域とはちょっと違っていて、これは上皮層を基底膜側から見ると結構すぐに見分けられるのだけど、垂直断面から場所を特定するのは結構難しい。コンフォーカルなら、細胞極性の違いで見分けられるのだけども、抗体染色をしていない電顕画像だとそれもできない。そのような訳で、オートセグメンテーションがかなりうまくいった核の三次元配置とか、全体のリスライス画像とかを比較することによってHotspotエリアを特定。次のサンプルは、SBF-SEMに行く前にmicroCTで内部構造を観察することによって、もっと効率的にHotspot周辺を狙って切削しましょうかという提案をもらった。それにしても、ディープラーニングによるオートセグメンテーションすごいやん。

UAS

やっぱり実験で忙しく作業してると一日経つのが早いなぁ、と思うくらい最近結構実験している。しかし、先々週にガンマ線照射してその後抗体染色したサンプルを少しずつ観察していて、どうもGal4-UASがちゃんとワークしていないことに気付いた。せっかく色々な条件でサンプルを取ったのでちょっとがっかりなんだけど、アポトーシスはしっかり確認できたので基礎的なデータは取れるかな。まぁ新しい実験はこんなもんよね。それにしてもなんでGal4-UASがおかしいんだろう。en-Gal4によってwing discの半分でキレイにGFPが発現しているのに、出るはずのフェノタイプが出ていない。ということは、Gal4は正常で、たぶんUAS flyの方にコンタミか何かの問題があるんやろうけど、こういうのはほんまやめて欲しいなぁ。そんな訳で、早速Bloomingtonから新しいのを買おうかと思ったけど、その前に近くのフライラボが持っていないか聞いてみる。

2000枚

先月、生理研で包埋作業をしたサンプルに関して、生理研の方と今後の進め方についてディスカッションを重ねていたのだが、ついに数日前から試験的にSBF-SEMでの連続画像を取り始めてもらっている。wing discのサイズは小さい（1mm以下）とは言え、さすがに組織全体の連続画像を取るというわけにはいかない。目的のHotspotとその周辺に狙いを定めるには、向きを確認して樹脂に包埋したwing discを端から少しずつ削っていって、その切削断面の画像だけから同組織内での現在地を推測しなければいけない。これがなかなか難しいのだけど、断面で見えている上皮層の部分的な厚さの違いとか折れ込みの具合とかを、これまでにコンフォーカル画像で散々観察してきたwing discの形態とよーく考え合わせると、だんだん分かるようになってきた。ということで、そろそろこの辺りからという目星をつけて、とりあえず100µmくらいの範囲を進めてもらうのだけど、50nmずつ切削しながら連続画像を取っていくとなると全部で２千枚になる。これだとだいたい５日くらいかかるんだとか。結構なもんやねぇ。

Booster shot

今週と来週が子供達の誕生日ということもあり、今日から三島へ一時帰国。本当は来週末の連休に帰る予定だったのだが、下の子のために応募していたプレステ５の抽選が自分だけ当たっていて、８日までに沼津の店で本人が受け取りに行かなければならないとかいうややこしい事情もあり今週末に変更。ということで、今日は昼にラボに寄って一つハエの掛け合わせを作ってから、予約していた３度目のワクチン接種を隣の大学病院で受けた後、急いで新幹線に乗りこんだ。今日はまたもや米原の辺りで大雪が降っていて、その影響で米原から岐阜羽島くらいまで徐行運転になったので３０分くらい遅れて三島に到着。で、夕方に無事プレステ５をゲットした。家電量販店ということで軽く値切ってみたけど、えらい冷たく返されて大阪との文化の違いを実感。ワクチンの副作用は、まだ筋肉痛程度。明日どうなるかやねぇ。

ガンマ線照射

さて、今週メインで取り組んでいたのは、ガンマ線照射の影響を見るための実験。ハエ達にガンマ線を照射するには、同じ医学部キャンパス内にある放射線生物研究センターに行く必要があるのだが、照射自体はハエをバイアルごと放射線照射装置に入れてスイッチを押して待つだけなので結構手軽な実験。今回は遺伝学的条件をいくつか振って、細胞への放射線の影響を見る。来週出る予定の結果がかなり楽しみだ。

節分祭

今週は予定していた実験をこなすためにかなり忙しくなってしまったのだけど、大学近くの吉田神社で節分祭が行われていたので、昼に学生達と一緒に見に行ってきた。去年は気づかなかったことを考えると、たぶん去年は中止だったのかな。かなり大きなお祭りのようで、参道にたくさんの屋台が並んでいた。世の感染状況はえらいことになっとるけど、ここは結構な人出で賑わっていた。

二月

なんとまぁ、今日からもう二月やないの。早いなぁ、やりたいことがたくさんあるのに困りますわ。さて、先週末は大阪の両親が京都に来てくれたので、市内で御墓参りをしたあと大原へ。久しぶりに三千院に立ち寄ったけど、やっぱりこのお寺の庭はいいねぇ。オフシーズンでマンボウということもあってか、人がほとんどいなくて静かで良かった。

修論発表会

今日はうちの研究科の修士論文発表会。なんで土曜日なん、と思いながらも自分は審査委員の一人として、朝から基礎医学記念講堂の歴史的な雰囲気のある階段教室で行われた発表会に参加してきた。今日発表していた大学院生達はみんな英語で堂々と発表していたし、うちの講座の二人は色々と研究テーマを変えていたのも知っているだけに、短い期間でよくここまでやったなぁと感心。うちの二人はどちらもこの修士過程のあと、海外の大学院のPhDへ進むことを目指していることもあり、英語での質疑応答も問題なくこなしていた。で、午後はちょっと時間ができたので、今週FACSのついでに解剖しておいた５０匹ほどの幼虫を６グループに分けて全部で１０の抗体を試す免疫染色を用意した。

大雪

昨日の朝の大雪は札幌を思い出すほどだった。京都でこんなに雪が積もるとは。今年は本当によく雪が降るねぇ。

10

週末からなんとなく体調が優れなかったので、ついにどこかで “Ο” を貰ってきたかと思ったけど、今日はだいぶ復調したので Ο ではなさそう。初詣とかすごい人出だったから予想されたこととは言え、やっぱり Ο の勢いは凄いですなぁ。

さて、昨日と今日の夕方、大相撲中継を見ながら全部で１０の掛け合わせを作ってスタートさせた。これだけの数のgenetic crossesを自分で作ったのは久しぶり。とりあえずフェノタイプを見てみたいという実験がいくつか。あと、今後の解析において必要不可欠になってくる系統がいくつかあるのだが、どうも学生達に任せていたらなかなか出来そうにない気がしたので、自分でもやることにした。まぁ、結構複雑なgenotypeなので、もしかしたら相性の悪いエレメントがあるのかも知れないけど、これはなんとしてでも乗り越えなければならないところ。

長命寺

日曜日、久しぶりに琵琶湖の向こうまでぶらりとドライブ。近江八幡の近く、湖岸の山腹にある長命寺という古い山寺へ行ってきた。湖岸から八百八段の長い石段を登りきると、立派な伽藍に所々まだ雪が積もっている静かな境内が広がっていた。登りが結構大変だっただけに、境内から望む琵琶湖の夕景の美しさが身に沁みた。ということで、今週もがんばっていきましょう。

snowy morning

昨晩はこちらでも結構降ったようで、朝起きるとかなり雪が積もっていた。

包埋２

昨日、再び岡崎の生理研へ一人で日帰り出張してきた。前回行ったのはちょうど２ヶ月ほど前。前回、SBF-SEM用の真っ黒な導電性樹脂に包埋したサンプルは、準超薄切片でサンプルの位置確認を行おうとしたものの、結局どういう向きでどこまで切っているのか正確に把握することが出来ずに断念。ということで、今回は普通の黄金色の透明な樹脂にサンプルの向きを確認しながら包埋したものをたくさん作ってきた。今回はサンプル数を多めに用意していたので、約半数のサンプルは、技官の H さんが前回と同じ導電性樹脂に包埋したものも作ってくれた。まぁこれだけあれば、何度か失敗することはあっても、目的の部分を狙った角度でスキャンすることができるのではないだろうか。今回のサンプルは全て野生型のものだけど、これがうまくいけば、今後変異を導入したものも解析できる道が開ける。

No way home

下の子の入試とその面接は昨日無事終了。まぁ、結果がどうなるかはもう祈るしかない。ということで、昨晩はプレッシャーから解放された子供と一緒に、スパイダーマン最新作のレイトショウを観に映画館へ行ってきた。自分にとって、ピーターパーカーはサムライミのトビーマグワイヤで、今のトムホランドのスパイダーマンはアベンジャーズ以外の作品は見ていなかったので、どんなもんだろうと思って行ったのだが、意外にもすごく楽しむことができた。エンターテイメントとしては最高。ネタバレになるから詳しくは言えないけど、自分も含め観客が大きな歓声を上げたサプライズが２度もあって、これは本当にエキサイトした。映画館であんな大きな歓声を上げたのは初めてかもしれない。そんなことで、朝起きてもなんだかその興奮が冷めやらず、今日は下の子と一緒に家でアンドリューガーフィールドのスパイダーマンを２作続けて鑑賞した。いやぁ、やっぱりスパイダーマンはイイねぇ。アクションは爽快だけど切ないストーリーが多いところにも惹かれるんよね。

FM1

月曜日に京都に戻ったばかりだけど、今週末にある下の子の入試の面接に自分も参加するために今晩また三島に帰ってきた。やはりこちらは京都より寒さがましだ。

さて、今朝は今年一発目のフライデーミーティング。次回のFACS解析の予定とか、scRNA-seqのデータ解析勉強会の予定とか、論文の追加データの予定とか、新年早々いろいろと話し合う案件は多い。新しい実験データとしては、ここ最近ロイがずっと取り組んでいたimaginal discのタイムラプス画像を見せてくれたのだけど、これが素晴らしかった。今まで見たかったものがちゃんと映っている。１２時間以上のライブイメージングで狙ったものを撮り続けるには、まだもっと改善すべき点があるけど、これはイケるという感覚があった。今開発中のgenetic systemと、このライブイメージングを組み合わせるとスゴイものが見えるはず。

仕事初め

今日が仕事初め。ということで昨日の晩、京都に帰ってきたのだけど、三島よりだいぶ気温が低くてびっくりした。岩倉はほんと寒い。で、今朝ラボに来てみると、自分のデスクは窓のすぐ横にあることもあってこれまためっちゃ寒い。なんか暖房壊れとるんとちゃうんかってゆうくらい寒い。ということで、デスクの足元に置けそうな電気ヒーターを探して速攻で注文した。去年もこんなに寒かったんだっけな。ともあれ、2022年の研究活動スタート。今日は早速いくつかの共同研究先とメールでやり取りした。

謹賀新年 2022

新年明けましておめでとうございます。今年もよろしくお願いします。

ということで、2022年。今年はまず自分の近しいところに何らかの転機が訪れて、それは自分にとっても大きな意味を持つことになるので臨機応変に対応していきたい。研究の方は、今追っているものについて、本当にできる限りの実験や解析を全てしていきたいと思う。そんなこと研究では当たり前と言えばそうなのだが、これほどまでに、ある現象の本質を知りたい、早く解明したい、と思っているのは久しぶりな気がする。とても楽しいのだけど、少しでも早く論文にしたいというもどかしさもある感じ。まぁ、焦らず着実にやれるだけのことをやってみたいと思う。今年一年でどこまで解明できるだろうか。

大晦日 2021

ということで２０２１年ももうすぐ終わり。今年も一年、結局なんやかんやでコロナが終わらなかったけど、今年の後半はおかげさまでいくつか他のラボとの共同研究が形になり始めたし、今月久しぶりに飛行機に乗って札幌へ行くこともできた。来年はもう国内も国外もほとんどの学会が現地開催で計画されているので、また出張していろんな人に会うことができ始めるだろうか。オンラインでのミーティングには慣れたし便利な面も多いのだけど、対面でセミナーを聞いたり共同研究先で一緒に実験をしたりという機会が最近少し戻ってきて、やっぱり自分には実際に人と会って交流するのが大切なんだなと実感した。ということで、来年もっとそういう機会が戻ってきて多くの人と交流して研究を進めることができればと思う。

それでは皆様、良いお年を！

蹴り納め

大晦日の午後。最近サッカーするのが好きになったという娘がクリスマスに新しいサッカーボールを買ったということで、近所の公園に行って子供達と久しぶりにボールを蹴ってきた。

Venom

昨日から冬休み、ということで久しぶりの三島。今日は下の子と一緒に映画館へ行って「Venom」を観てきた。いやぁぶっ飛んでるなぁーと思いながら観終わった時に、ふとアメリカでポスドクをしていた時の感覚を思い出した。そういや最後のシーンは、年明けに公開される「Spider-Man」への伏線なのかな。

twin peaks

昨日はまた朝からみんなで幼虫の解剖をして午後からFACS。FACSでmosaic cloneをソートしてscRNA-seqというイベントはとりあえず終わったので、次はFACSによるploidy解析法を確立するための実験。これに関してはこれまでにいろんな方と何度もやってきて、結局クリアーなploidyのピークが得られなかったのだけど、今回ついにコントロールのサンプルでシャープなピークを見ることができてちょっと感動した。今までプロテアーゼ処理とかDNA染色とか固定とかサンプル調整の各段階の条件を検討してきたけど、今回 J が見つけてきた方法でやると固定しなくてもクリアーなピークを得られることができそうだ。ということで、いよいよ年明けにこれまでずっと見たかったものが見える可能性が高まってきた。

White elephant

昨日はクリスマスイブということで、向かいのピーターのラボが企画してくれたクリスマスプレゼント交換パーティに参加。ピーターがアメリカ人ということもあって、プレゼント交換会はWhite elephant gift exchangeで盛り上がった。アメリカにいた時、ラボのクリスマスパーティでよくやっていたゲームだったし、用意してくれたドリンクもホットアップルサイダーとかエッグノッグとか、アメリカンなものでちょっと懐かしさを感じた。やっぱりクリスマスはなんだかうきうきするね。

First contact

おぉ、早くもクリスマスイブ。今日は朝にフライデーミーティングをした後、午後のジャーナルクラブは自分の発表の番だった。今回紹介したのは以下の論文で、少し前にTwitterで流れてきた下のムービー、microfluidic chipの中で再現されたmouse embryo（緑）とendothelial cells（橙）のファーストコンタクトが美しくて、ただそれを皆に見せたかったというのがこの論文にした理由。まぁそれにしても、このtrophoblastのinvasionとウチらが見ているtumor cell invasionは類似点が多い。

3D biomimetic platform reveals the first interactions of the embryo and the maternal blood vessels.  Developmental Cell, 56:3276-3287.e8.

３０匹

先月、生理研に行ってSBF-SEM用に樹脂包埋したwing discは、その後技官の方にサンプルの端から少しずつ削ってもらって、サンプルの向きや場所を確認するという作業を行なっていた。組織を少し削っては超薄切片の画像を送ってもらって、こちらはその画像を見てどこからスキャンを始めるかを考えるという手順を数週間繰り返していたのだけど、やはり組織切片像だけで微妙な向きや場所を見極めるのはかなり難しいという結論に至った。ということで今週もう一度、新たに幼虫を３０匹解剖して送付した。今回は、前回使った真っ黒な導電性樹脂だけでなく、普通の透明の樹脂にも包埋して試してみる予定。また年明けあたりに岡崎へ包埋しに行くことになるかな。

MALODELA

ヒトミワイナリー MALODELA 2020 白

こないだ滋賀の永源寺に行った時に、お寺の近くにあった地元ワイナリーに立ち寄って手に入れた白ワイン。ブドウは山形のデラウェア。オリを濾過していないにごりワインなんだそう。フルーティでまろやかでとても飲みやすい。２千円ちょい。

書評

今日が締め切りだった本の書評は、昨晩書き終えて今朝編集部に原稿を送った。少し前にこのブログでも紹介した新書「遺伝子命名物語」についての書評を掲載したいという某雑誌からの執筆依頼。本の書評を書くのは初めてだけど、本当に面白い本だったし、何より自分の話も取り上げてもらった本だし、ということで快諾したのだった。ショウジョウバエ研究者のメーリングリストでこの本を紹介したときは、ちゃんと丁寧な文章にしたのだけど、今回はかなりくだけた文体のエッセイみたいな文章にした。たまに読むネット上の書評で、大阪弁の話し言葉で本の紹介をしてくれる某先生の文章がとても読みやすいので、自分もそういう感じでいくかなと思って書いたらかなり書きやすかった。まぁ、ブログの文体と同じ感じかな。そんな訳で、結局編集部から言われていた２倍くらいの文字数になってしまったけど、担当の方からはすぐに返事が来て、すごく良い！ということだったので、とりあえずはゲラ刷りが来るのを待つ。

６７

昨晩、日付が変わるぎりぎりまでかかって昨日が締め切りだったシークレットミッション６７本をようやく完遂した。この分厚い電話帳みたいな２冊の全ページに目を通して１本ずつ全てにコメントを書いたなんて、ちょっと自分でもすごいと思う。昨日の朝の時点でまだ結構残っていたし、昨日は午前中に忘れていたミーティングがあったし、午後には一つ学位審査会にも出席しなければならなかったし、ということで大変な一日だった。頭を使いすぎたからか、今朝起きてもまだなんか頭が重い。まぁ少し達成感はあるのだけど、今週はまだもう一つ金曜日に執筆の締め切りがある。

小左衛門 ひやおろし

小左衛門　純米吟醸　ひやおろし

岐阜にある古い酒造、中島醸造の美山錦を使ったひやおろし。フルーティですっきりとしつつも、日を追うごとに少しずつコクも出てくる感じ。旨い。

ネオテニー！

昨日、Facebookで流れてきたニュースに驚愕した。そのニュースのタイトルは、「日本のウーパールーパー８９年ぶり発見。胆振の池、生殖能力備えた幼形成熟」。なんと！エゾサンショウウオのネオテニー個体がついに見つかったんだという。言葉を失った。まぁ、このニュースを見て驚愕したり感動したりする人はそれほど多くはないのだろうけど。。。

エゾサンショウウオのネオテニー個体群（幼生のまま変態せずに生殖をする、いわゆるヘテロクロニー）は、1924年に北海道の倶多楽湖で発見されたのだが、養殖魚が導入されたせいでその後絶滅してしまったのだ。自分が学生の時にお世話になった若原先生の研究室では、このエゾサンショウウオのネオテニーの仕組みを研究していた。そんな訳で、若原先生はじめ研究室のメンバーは皆、エゾサンショウウオのネオテニー個体群は倶多楽湖の他にも必ずどこかに棲息しているはずだと信じて、北海道のいろんな場所を探し回っていたのだ。そんなロマンを追う先生のもとで、学生達も皆同じようにロマンを感じていたのだと思う。あの頃、結局ネオテニー個体群を見つけることはできなかったものの、広い北海道のどこかに潜んでいるのではないかとその後もずっと思っていた。あれから十数年、それがついに見つかったのだ。ということで、これは本当にうれしいことなんだけど、こうなってくるとやっぱりこのネオテニー個体がどういう仕組みで幼形成熟しているのか、ちゃんと研究してみたくなるねぇ。

発表された論文はコチラ

Paedomorphosis in the Ezo salamander (Hynobius retardatus) rediscovered after almost 90 years. Zoological Letters, 7:14.

Although paedomorphosis is widespread across salamander families, only two species have ever been documented to exhibit paedomorphosis in Hynobiidae. One of these two exceptional species is Hynobius retardatus in which paedomorphosis was first reported in 1924, in specimens from Lake Kuttara in Hokkaido. This population became extinct after the last observation in 1932; since then, no paedomorphs of this species have been reported anywhere. Here, we report the rediscovery of paedomorphs of this species. Three paedomorph-like male salamanders were collected from a pond in the south Hokkaido in December 2020 and April 2021; in size, these specimens were similar to metamorphosed adults but they still displayed larval features such as external gills and a well-developed caudal fin. An artificial fertilization experiment demonstrated that they were sexually compatible with metamorphosed females, thus, confirming them to be paedomorphs. Future efforts to find additional paedomorphs in this and other populations are required to assess the prevalence of paedomorphosis in H. retardatus and to improve understanding of the ecology and evolution of paedomorphisis in Urodela.

札幌４日目

今日も昨日と同じ手順で、さらに多くの幼虫を解剖してAFM解析。１日目に条件検討を行なって、昨日２日目は実際に実験データがちゃんと取れたのだけど、３日目の今日はそれらを踏まえてさらに要領良くデータを取ることができた。ということで、この３日間で合計２４個のwing discそれぞれから４点、つまり全部で９６地点でのAFM計測データを得ることができたということになる。AFMに慣れているSI博士にとってもこれは初めての実験になる訳で、はっきり言ってここまできちんとデータを取れるとは思っていなかった。まぁこのデータを解析して、ポジティブなデータが得られるかどうかはこれからだけど、ともかく全ての計測をしてくれたSI博士、そして解剖の場所を提供してくれたNT博士にも感謝。久しぶりにいろんな人と会うこともできたし、コロナ後初の出張は本当に実りあるものになった。

札幌３日目

昨日までそれほど寒くもなかったのに、今日からいきなり冬モードに入った札幌。朝起きたら窓の外は真っ白だった。ということで雪の中、今日も朝から理学部へ行ってAFM解析。昨日一日でだいたいの要領は掴んだので、今日はしっかり取れたデータの数を増やすために、午前と午後に１ラウンドずつ、出来る限り多くのサンプルからデータを取った。夕方から、今日合流したSK博士、そして５号館で解剖の場所を提供してくれているNT博士、そして最終的にはSI博士も合流して、昔学生の頃に行ったことがある１８条の古い居酒屋で遅くまで話していた。

札幌２日目

今日は朝からSI博士のいる理学部２号館へ行って、まずは今回やる実験の打ち合わせ。昼は中央食堂でうどんを食べてから、Uさんに会うために北キャンパスまでぶらぶらと歩いた。Uさんのラボでは小一時間ほどお互いの近況を話し合ってから、構内循環バスで理学部に戻ってきていよいよ実験開始。ということで、まずは理学部５号館にいるTさんのラボで実体顕微鏡を借りて幼虫の解剖をして、解剖したimaginal discを持ってもう一度２号館へ戻って、SI博士と一緒に原子間力顕微鏡（AFM）を使った解析に挑んだ。AFM解析に慣れているSI博士とはいえ、ショウジョウバエの組織を解析するのは初めてということで、セッティングに少し時間がかかったけど、最終的にはなんとかそれっぽいデータが出始めた。AFMでは、肉眼で見えるか見えないかくらいの微細なレコード針みたいなカンチレバーを細胞の表面に接触させてその反応を記録する訳だが、そのカンチレバーの接触によってimaginal discが微妙に揺れてしまうことでデータにばらつきが出てしまうようだ。明日、さらにこの辺りを改善しながらデータを取ることができればと思う。