2018年10月21日日曜日
手稲山
昨日はラボハイクということで、朝からみんなで手稲山登山。紅葉も綺麗だし、はじめは気持ち良く森の中を歩いていたのだけど、だんだん険しい道になってきて、途中大きな岩がごろごろしているガレ場が延々と続く斜面にかなり体力を奪われた。帰りはこのガレ場を避けるために予定とは違う道で下山したのだが、これまたかなり長い道のりで、手稲駅に着いた時にはもう膝ががくがくになっていた。楽しかったけど、かなり過酷やったなぁ。。。
2018年10月19日金曜日
confocal demo
いま、うちのラボでは新しいコンフォーカルの購入を考えていて、今週の前半は北キャンパスのニコンイメージングセンターでNikon A1の最新型を、後半はうちのラボでOlympus FV3000を、それぞれでデモ機で試させてもらった。どっちも前の型よりだいぶ進化していて、明るくてスキャンも速いし画像も綺麗。コンペティションの結果はそろそろ出る。
2018年10月18日木曜日
2018年10月17日水曜日
refresh
先週末の土曜日から昨日までまた三島へ一時帰国。いつものように子供達とマウンテンバイクで川沿いを走って馴染みの田園地帯へ。ここらへ来るとほんまに心安らぐなぁ。今回はなんやかんやと忙しくしていて研究所へも寄れなかったのだけど、頭はまぁまぁリフレッシュできたかな。
2018年10月11日木曜日
wisdom tooth 1
ようやく総説の原稿は全て書き終えたので、今日からついに科研費の申請書。なのだが、数日前から親知らずが痛み始めたので、今朝は予約していた歯医者さんへ。色々と診てもらった後すぐに、これは抜くしかないですね、という話になり早速麻酔をかけて抜いてもらうことに。上の親知らずだったこともあり、抜歯は一瞬だった。結構大きな歯なのにこんな簡単に抜けるんだなぁとちょっと驚きつつ、親知らずは記念にもらって帰ってきた。夕方になって麻酔が切れてもまだそれほど痛みはないのだけど、今晩も大丈夫なのかはちょっと不安。
2018年10月9日火曜日
CCH in urothelium
Polyploid superficial cells that maintain the urothelial barrier are produced via incomplete cytokinesis and endoreplication. Cell Reports 25: 464–477.
The urothelium is an epithelia barrier lined by a luminal layer of binucleated, octoploid, superficial cells. Superficial cells are critical for production and transport of uroplakins, a family of proteins that assemble into a waterproof crystalline plaque that helps protect against infection and toxic substances. Adult urothelium is nearly quiescent, but rapidly regenerates in response to injury. Yet the mechanism by which binucleated, polyploid, superficial cells are produced remains unclear. Here, we show that superficial cells are likely to be derived from a population of binucleated intermediate cells, which are produced from mononucleated intermediate cells via incomplete cytokinesis. We show that binucleated intermediate and superficial cells increase DNA content via endoreplication, passing through S phase without entering mitosis. The urothelium can be permanently damaged by repetitive or chronic injury or disease. Identification of the mechanism by which superficial cells are produced may be important for developing strategies for urothelial repair.
またもや新たなCCHの報告。今回は尿路上皮の表面を覆う細胞。細菌感染によって損傷したマウスの尿路上皮が再生する過程において、二核のintermediate cellsとsuperficial cellsがエンドサイクルによってploidyを増加させるのだそうな。ヒトでもそうなんかね。
The urothelium is an epithelia barrier lined by a luminal layer of binucleated, octoploid, superficial cells. Superficial cells are critical for production and transport of uroplakins, a family of proteins that assemble into a waterproof crystalline plaque that helps protect against infection and toxic substances. Adult urothelium is nearly quiescent, but rapidly regenerates in response to injury. Yet the mechanism by which binucleated, polyploid, superficial cells are produced remains unclear. Here, we show that superficial cells are likely to be derived from a population of binucleated intermediate cells, which are produced from mononucleated intermediate cells via incomplete cytokinesis. We show that binucleated intermediate and superficial cells increase DNA content via endoreplication, passing through S phase without entering mitosis. The urothelium can be permanently damaged by repetitive or chronic injury or disease. Identification of the mechanism by which superficial cells are produced may be important for developing strategies for urothelial repair.
またもや新たなCCHの報告。今回は尿路上皮の表面を覆う細胞。細菌感染によって損傷したマウスの尿路上皮が再生する過程において、二核のintermediate cellsとsuperficial cellsがエンドサイクルによってploidyを増加させるのだそうな。ヒトでもそうなんかね。
吉報
今年の春、こちらに移動する直前の大変な時期に申請書を書いていた研究費がどうやら当たったようだ。いっぱいいっぱいになりながらもなんとか書いた甲斐があったなぁ。共同研究者として入ってもらったK博士とI博士にも先ほど吉報を伝えると、早速近いうちに一度札幌で集まってミーティングを兼ねた祝賀会をやりましょうという話になった。ということで、ちょっと一安心なんだけども、来年度の科研費申請は今からなんよね。早く今執筆中の総説を書き上げて申請書に取り掛かりたい。。。
2018年10月8日月曜日
余震
いまだに時々余震がくる。今もグラグラっと来てビクッとなった。心臓に悪い。で、今の地震の震度の分布を見ると、震源はやはり胆振中東部なのだが、一番大きな震度4は札幌東区って、ココやん。隣の中央区は震度1やのに。本震の時も東区は震度6あったみたいだし、なんかこの辺りは地盤が弱いのか。
2018年10月2日火曜日
10L
この研究所に新しくラボを構えることになったMS博士が、うちのフライキッチンの様子を見てみたいということだったので、今日の午後のフライフード作成現場にご招待した。MS博士はニューヨークのDr. RCラボでショウジョウバエを使うようになって、先月日本へ帰ってこられたばかり。そろそろアメリカからハエを送ってもらうのでとりあえずバイアルを少し分けて欲しいということで、MS博士にも手伝ってもらいながら今回初めて10リットルのフライフードにチャレンジ。鍋でスープを煮るところまでは、まぁいつもの5リットルとそれほど大差はないのだけど、1500本超の分注はやっぱり結構長くかかって大変だった。匂いもいつもの2倍だった気がする。今後、どういう感じでSラボとフライキッチンをシェアするのか、追々考えていくことになるかな。
串鳥
昨晩は、ウチのラボに助教として新しく着任するT博士を囲んで札幌駅前の串鳥で飲み会。飲み始めて一時間くらいしたころに、自分のスマホに入ったニュース速報で本庶先生ノーベル賞受賞のニュースを知り、みんなでもう一度乾杯した。帰宅してから記者会見の様子をゆっくり見たのだけど、冒頭のあいさつの中で述べられた「今回の、基礎的な研究から臨床につながるような発展ということで受賞できたことによって、基礎医学分野の発展が一層加速し、基礎研究に関わる多くの研究者を勇気づけるということになれば、私としてはまさに望外の喜びです。」との言葉が一番グッときたかな。もちろん勇気づけられたし、少しでも多くの人に、基礎研究の重要性が認識される機会になってくれれば良いなと思う。
2018年9月30日日曜日
24号
昨晩、札幌に帰還。今回は京都での生化学会、大阪での癌学会と学会をはしごして、毎日いろんな方々とお話しすることができて楽しかったけどだいぶ疲れましたな。本当は今日の午後、伊丹から飛行機に乗る予定だったのだけど、どう見ても日曜日は台風の影響でほとんどの便が欠航するだろうと思ったので、急遽チケットを変更してもらって台風より先に飛ぶことに。さっき見てみたら、やはり自分が予約していた今日の便は欠航になっていた。これまた随分強い台風のようなので、被害があまり出ないことを祈るのみ。こちらはまだ雨も降っていないので、今日は近くのショッピングモールに寄ってから久しぶりのラボへ。デスクの上に一つ、小さいながらも良い知らせが届いていた。
2018年9月27日木曜日
肥後橋
癌学会は今回が初めての参加になるのだけど、やっぱり自分が普段行っているような学会とはだいぶ雰囲気が違うねぇ。日本の医学系の学会ってこういう感じなんやなぁと。ところで、昨日から肥後橋のあたりのホテルに滞在しているのだが、この辺りはでかいビルが林立していてその隙間を高速道路が走っていて、なんやらすごい。まぁ、サラリーマンしていた頃にこの辺りはよく車で通っていたはずだけど、久しぶりに見るとすごい街やなぁと思ってしまう。
二本目
昨晩は生化学会のシンポジウムのあと、スピーカーの皆さんと木屋町で懇親会。二次会の後、翌日さらに癌学会へ出席予定の3人で大阪へ。ということで結局大阪のホテルにチェックインしたのは深夜1時頃。すぐに就寝して、今日の朝一のシンポジウムへ。ということで、ここでは事後報告になってしまったけど、今日の朝、こちらのシンポジウムでトークしてきました。今日の話の内容は、Tumor Hotspots。
「イメージング技術で紐解くがんの特性 〜 Characteristics of cancer revealed by bio-imaging technology」
Fluorescent imaging is a powerful tool to investigate the cancer cell behavior. There are two kinds of fluorescent probes; one is genetically encoded proteins, such as GFP (green fluorescent protein), and the other is the chemical dyes. Fluorescent proteins can be a nice reporter for the expression of proteins-of-interest. Therefore the generation of various transgenic mice has been bringing us lots of knowledge of tumor heterogeneity, micro-environments with various types of cells. In contrast, chemical dyes already have been used in the clinical field. It is still challenging to label specifically the cancer cells. In this symposium, we have speakers covering a variety imaging methods both in basic and clinical research. Not only for obtaining the images, but the fluorescent light can be used also for manipulation of the cellular events in vitro and in vivo. The people in the hospital might be surprised to know that the fly (Drosophila melanogaster) forms cancers like mammals. We will learn what we can and cannot see by the specific methods, and how to integrate these techniques or tools for your own research.
「イメージング技術で紐解くがんの特性 〜 Characteristics of cancer revealed by bio-imaging technology」
Fluorescent imaging is a powerful tool to investigate the cancer cell behavior. There are two kinds of fluorescent probes; one is genetically encoded proteins, such as GFP (green fluorescent protein), and the other is the chemical dyes. Fluorescent proteins can be a nice reporter for the expression of proteins-of-interest. Therefore the generation of various transgenic mice has been bringing us lots of knowledge of tumor heterogeneity, micro-environments with various types of cells. In contrast, chemical dyes already have been used in the clinical field. It is still challenging to label specifically the cancer cells. In this symposium, we have speakers covering a variety imaging methods both in basic and clinical research. Not only for obtaining the images, but the fluorescent light can be used also for manipulation of the cellular events in vitro and in vivo. The people in the hospital might be surprised to know that the fly (Drosophila melanogaster) forms cancers like mammals. We will learn what we can and cannot see by the specific methods, and how to integrate these techniques or tools for your own research.
2018年9月25日火曜日
一本目
で、今日の午後3時から、生化学会の以下のシンポジウムでまず一本目のトーク。自分のトークは、去年の分子生物学会で話した内容とほとんど同じだけど、miRNAのスクリーニングの話。
「細胞間コミュニケーションの究極の理解を目指して ~ Cell Competition and Beyond」
多細胞生命体を構成する細胞社会において、異なる性質を持った細胞間で多彩な「競合」現象が生じることが明らかになってきた。細胞競合(cell competition)と名付けられたこの現象が、個体発生における組織構築過程、優良な幹細胞の選別、前がん細胞の排除やがん細胞による正常細胞の排除など、多様な生命プロセスに関わることが示されてきた。また、最近の研究によって細胞競合を誘起する分子メカニズムについても多くが明らかになってきた。しかし、細胞間コミュニケーションの究極の理解には、細胞間の競合だけではなく協調についての考察も必要となる。さらに同種の細胞間および異種の細胞間で生じる様々な相互作用を包括的に解析しなければならない。本シンポジウムでは、世界の一線で活躍する研究者を招聘し、細胞間コミュニケーションについての最新の知見を共有することによって、当研究分野の今後の進むべき道を皆さんとともに考え、ディスカッションする場としたい。
「細胞間コミュニケーションの究極の理解を目指して ~ Cell Competition and Beyond」
多細胞生命体を構成する細胞社会において、異なる性質を持った細胞間で多彩な「競合」現象が生じることが明らかになってきた。細胞競合(cell competition)と名付けられたこの現象が、個体発生における組織構築過程、優良な幹細胞の選別、前がん細胞の排除やがん細胞による正常細胞の排除など、多様な生命プロセスに関わることが示されてきた。また、最近の研究によって細胞競合を誘起する分子メカニズムについても多くが明らかになってきた。しかし、細胞間コミュニケーションの究極の理解には、細胞間の競合だけではなく協調についての考察も必要となる。さらに同種の細胞間および異種の細胞間で生じる様々な相互作用を包括的に解析しなければならない。本シンポジウムでは、世界の一線で活躍する研究者を招聘し、細胞間コミュニケーションについての最新の知見を共有することによって、当研究分野の今後の進むべき道を皆さんとともに考え、ディスカッションする場としたい。
ダートマスの集いmini
昨日は学会のあと、京都駅前の焼肉店でミニダートマスの集い。ダートマスの集いの本番は二ヶ月後に横浜で催される予定だけど、今回の生化学会でも自分を含めて4人集まれるということでミニバージョン開催。自分も今年は異動があったし地震もあったし、ということで色々と話すことがあったんだけど、皆さんもそれぞれ大変なことが多いみたい。
2018年9月24日月曜日
上洛
今日から一週間、関西出張。ということで、まずは上洛。暗くなってから、宿をとっている烏丸御池の近辺をぶらぶらと歩いて目的のつけ麺屋へ。モツつけ麺、めっちゃうまかった。それにしても、やっぱり京都の夜の街は雰囲気あるねぇ。
2018年9月22日土曜日
Pancreatic CCH
Postnatal exocrine pancreas growth by cellular hypertrophy correlates with a shorter lifespan in mammals. Dev Cell. 45: 726–737.
Developmental processes in different mammals are thought to share fundamental cellular mechanisms. We report a dramatic increase in cell size during postnatal pancreas development in rodents, accounting for much of the increase in organ size after birth. Hypertrophy of pancreatic acinar cells involves both higher ploidy and increased biosynthesis per genome copy; is maximal adjacent to islets, suggesting endocrine to exocrine communication; and is partly driven by weaning-related processes. In contrast to the situation in rodents, pancreas cell size in humans remains stable postnatally, indicating organ growth by pure hyperplasia. Pancreatic acinar cell volume varies 9-fold among 24 mammalian species analyzed, and shows a striking inverse correlation with organismal lifespan. We hypothesize that cellular hypertrophy is a strategy for rapid postnatal tissue growth, entailing life-long detrimental effects.
木曜日のジャーナルクラブで紹介した論文。マウスやラットの出生後の膵臓の成長は、細胞分裂ではなく主にpolyploidizationによるacinar cell(腺房細胞)の肥大成長に依っている。一方、ヒトの膵臓ではこのような細胞肥大はあまり見られず、膵臓の成長は基本的に細胞分裂による細胞数の増加に依っている。この出生後の器官成長のための二つの異なる戦略(細胞分裂による細胞数の増加か、核の多倍体化による細胞の肥大か)の生物学的な意味はなんなのだろう?ということで、いろんな哺乳類について膵臓の細胞サイズと体の大きさや寿命などとの相関関係を調べてみたところ、奇妙なことに、膵臓の細胞サイズに最も直接的な相互関係が見られたのは寿命だった。つまり、膵臓の細胞が大きく肥大する種ほど寿命が短いということが分かった。CCHの話をするときにいつも考えるのは、おそらくcytokinesisやchromosomal segregationを伴うM期をスキップできるendoreplicationは、細胞にとってmitosisよりも断然楽なのではないかということ。だから手っ取り早く組織修復を行うことができるという意味で、CCHが適している場面が多いのだろうと。同様の理由で、寿命が短い小さなネズミなどは出生後になるべく早く器官成長を終えて性成熟を達成するために、分裂よりも手っ取り早い肥大という戦略をとっているのかもしれない。もちろん、肥大成長によるploidyの高い細胞が、結果として寿命を短くするなんらかの原因となっている可能性も考えられるけど。
Developmental processes in different mammals are thought to share fundamental cellular mechanisms. We report a dramatic increase in cell size during postnatal pancreas development in rodents, accounting for much of the increase in organ size after birth. Hypertrophy of pancreatic acinar cells involves both higher ploidy and increased biosynthesis per genome copy; is maximal adjacent to islets, suggesting endocrine to exocrine communication; and is partly driven by weaning-related processes. In contrast to the situation in rodents, pancreas cell size in humans remains stable postnatally, indicating organ growth by pure hyperplasia. Pancreatic acinar cell volume varies 9-fold among 24 mammalian species analyzed, and shows a striking inverse correlation with organismal lifespan. We hypothesize that cellular hypertrophy is a strategy for rapid postnatal tissue growth, entailing life-long detrimental effects.
木曜日のジャーナルクラブで紹介した論文。マウスやラットの出生後の膵臓の成長は、細胞分裂ではなく主にpolyploidizationによるacinar cell(腺房細胞)の肥大成長に依っている。一方、ヒトの膵臓ではこのような細胞肥大はあまり見られず、膵臓の成長は基本的に細胞分裂による細胞数の増加に依っている。この出生後の器官成長のための二つの異なる戦略(細胞分裂による細胞数の増加か、核の多倍体化による細胞の肥大か)の生物学的な意味はなんなのだろう?ということで、いろんな哺乳類について膵臓の細胞サイズと体の大きさや寿命などとの相関関係を調べてみたところ、奇妙なことに、膵臓の細胞サイズに最も直接的な相互関係が見られたのは寿命だった。つまり、膵臓の細胞が大きく肥大する種ほど寿命が短いということが分かった。CCHの話をするときにいつも考えるのは、おそらくcytokinesisやchromosomal segregationを伴うM期をスキップできるendoreplicationは、細胞にとってmitosisよりも断然楽なのではないかということ。だから手っ取り早く組織修復を行うことができるという意味で、CCHが適している場面が多いのだろうと。同様の理由で、寿命が短い小さなネズミなどは出生後になるべく早く器官成長を終えて性成熟を達成するために、分裂よりも手っ取り早い肥大という戦略をとっているのかもしれない。もちろん、肥大成長によるploidyの高い細胞が、結果として寿命を短くするなんらかの原因となっている可能性も考えられるけど。
2018年9月20日木曜日
futsal
あぁ、この数日間、毎日いろんなことがありすぎてだいぶ疲れた。完全に予想外のことが起こってしまったしなぁ。。。まぁでも、先ほどあったジャーナルクラブでの発表が終わってちょっと一息。ということで、今晩はラボの学生達とフットサルの練習をしに体育館へ。リフレッシュできるかな。
2018年9月14日金曜日
ドロソプラグ
遺伝研からこちらに引っ越してきたショウジョウバエは約700系統。ストックとしては予備のコピーがもう1セットあるので全部で約1400。このハエ達を維持しながら、さらに実験のためのかけ合わせもやり始めると、ハエ達を飼育するためのエサ入りバイアルは常時結構な数が必要になってくる。当然バイアルにはバイアルの栓も必要なわけだが、このバイアル栓はK博士に教えてもらったGeneseeのDroso-Plugsを使うことにした。K博士のところでは、このDroso-Plugsを洗濯機で水洗いして再利用しているとのことだったので、ウチも同じように洗濯機を購入してラボに設置したのだが、今日ついに初めてその洗濯機を使って栓を洗う時が来た。結構な割合でサナギの殻がたくさんひっついてるし、茶色く汚れてるし、こんなん洗剤使わずに水洗いだけでキレイになるんやろかと半信半疑で試してみたのだが、なんと一回の洗濯でほぼ元どおりの白い栓になった。これは素晴らしいやん。しかもこのドロソプラグ、なんだかマシュマロみたいに柔らかくて触り心地が良いのよね。ということで、飼育システムはこれで完成かも。
2018年9月13日木曜日
cross
なんか、久しぶりに自分で実験のためのgenetic crossesをセッティングした。ちょっと落ち着いて実験したいんだけども、そろそろまたなんやかんやと締め切りが迫ってくるので本当は執筆活動のほうに集中しないといけない。なかなか難しいねぇ。
Megaphragma
The smallest insects evolve anucleate neurons. Arthropod Struct Dev. 41: 29-34.
The smallest insects are comparable in size to unicellular organisms. Thus, their size affects their structure not only at the organ level, but also at the cellular level. Here we report the first finding of animals with an almost entirely anucleate nervous system. Adults of the smallest flying insects of the parasitic wasp genus Megaphragma (Hymenoptera: Trichogrammatidae) have only 339–372 nuclei in the central nervous system, i.e., their ganglia, including the brain, consist almost exclusively of processes of neurons. In contrast, their pupae have ganglia more typical of other insects, with about 7400 nuclei in the central nervous system. During the final phases of pupal development, most neuronal cell bodies lyse. As adults, these insects have many fewer nucleated neurons, a small number of cell bodies in different stages of lysis, and about 7000 anucleate cells. Although most neurons lack nuclei, these insects exhibit many important behaviors, including flight and searching for hosts.
世界最小の昆虫といわれる寄生バチの一種(Megaphragma)では、成虫の大部分の神経細胞は無核なんだそうな。それはもちろん驚きなのだが、その前にこの小さな虫のことを知らなかった自分にとっては、この体の小ささに驚かされた。こんな小さいのあり得るんやなぁ。ちなみに、下の写真はゾウリムシとアメーバとの同倍率での比較。
The smallest insects are comparable in size to unicellular organisms. Thus, their size affects their structure not only at the organ level, but also at the cellular level. Here we report the first finding of animals with an almost entirely anucleate nervous system. Adults of the smallest flying insects of the parasitic wasp genus Megaphragma (Hymenoptera: Trichogrammatidae) have only 339–372 nuclei in the central nervous system, i.e., their ganglia, including the brain, consist almost exclusively of processes of neurons. In contrast, their pupae have ganglia more typical of other insects, with about 7400 nuclei in the central nervous system. During the final phases of pupal development, most neuronal cell bodies lyse. As adults, these insects have many fewer nucleated neurons, a small number of cell bodies in different stages of lysis, and about 7000 anucleate cells. Although most neurons lack nuclei, these insects exhibit many important behaviors, including flight and searching for hosts.
世界最小の昆虫といわれる寄生バチの一種(Megaphragma)では、成虫の大部分の神経細胞は無核なんだそうな。それはもちろん驚きなのだが、その前にこの小さな虫のことを知らなかった自分にとっては、この体の小ささに驚かされた。こんな小さいのあり得るんやなぁ。ちなみに、下の写真はゾウリムシとアメーバとの同倍率での比較。
2018年9月12日水曜日
restart
で、昨晩札幌に帰ってきたら、こちらはこの数日間で急に寒くなっていてこれまた驚いたけど、この週末三島で休憩することができて本当に良かった。土曜日にはまだ、この近辺のスーパーやコンビニの食料品の棚はほぼ何も無い状態だったので、あのまま札幌にいたら大変だっただろう。ということで、三島を出る前に少し食料品を調達して持って帰ってきたのだが、今日いくつかの店を見た感じだと、だいぶ物流は復活してきているようにも見える。ラボのほうも今日からほぼ通常通り動き始めた。さぁ、いよいよ執筆活動も再開せなな。
refuge
土曜日から4日間、三島に避難して一休みしてきた。こちらから行くとまだまだ真夏のような暑さで驚いたけど、田んぼには稲穂が実っていたし、オタマジャクシ達はみんなもう小さなカエルになっていたし、なんとなく秋が近づいているのを感じた。
2018年9月7日金曜日
復旧
今朝もまだ家の停電は続いていたけど、見ている限り、市内の電力は今日一日でほぼ復旧したのではないだろうか。うちのラボが入っている研究棟の停電は午前中に解消したし、夕方家に帰ってくると周りの地区も全て明かりがついていてホッとした。本当に電気って素晴らしいねぇ。今回停電はあったけど、うちは幸いにして水道が止まらなかったのでそこまで不便はなかった。ラボのほうも、棚のものが落ちたり冷蔵庫が動いたりした程度で、機器類の大きな被害はなく、今日でほぼ片付いた。ということで、これを書いている今もまだ余震が続いているのだけど、とりあえず家もラボもだいぶ落ち着きを取り戻した感じ。
実は今回の地震が起こる前から、今週末にまた三島に帰る予定で飛行機のチケットを予約していたので、予定通り飛行機が飛ぶようなら明日の朝空港へ向かう予定。
実は今回の地震が起こる前から、今週末にまた三島に帰る予定で飛行機のチケットを予約していたので、予定通り飛行機が飛ぶようなら明日の朝空港へ向かう予定。
44h
さて、昨日未明の地震から44時間くらい経ったのか。
地震が起こったときは眠っていたのだけど、すごい揺れと音で飛び起きた。目が覚めた瞬間は夢を見ているのかと思ったぐらい家が揺れていたのだけど、家が軋む音や食器がぶつかる音なんかがリアルだったし、机の上のパソコンのモニターが動いて落ちそうになったのが目に入ったので、なんとか起き上がってそれを支えているうちに揺れがおさまった。今までに経験したことのない大きな揺れだったけど、それほど恐怖を感じなかったのは半分寝ぼけていたからか。その後テレビをつけてニュースを見ていたけどすぐに停電になってしまったし、窓からの風景はいつもと変わりがない様子だったので、もう一度布団の中へ戻った。朝起きて、歩いて大学へ向かっている時に、公園の水道とかスーパーの前で配っている水にすごい行列ができているのを見て、これはもしかして大変なことが起こっているのかもと思い始めた。昼になると、もうすでに大学の購買やコンビニの棚から食料品が消え失せていたので、昼ごはんはお菓子で済ませて明るいうちはラボで片付けとか復旧作業をしていた。で、家へ帰るときには街が真っ暗になっていた。これくらい大きな町で全ての明かりが消えて真っ暗になると、なんだかえらい異様な雰囲気だったけど、星空がすごく綺麗に見えたのが印象的だった。
地震が起こったときは眠っていたのだけど、すごい揺れと音で飛び起きた。目が覚めた瞬間は夢を見ているのかと思ったぐらい家が揺れていたのだけど、家が軋む音や食器がぶつかる音なんかがリアルだったし、机の上のパソコンのモニターが動いて落ちそうになったのが目に入ったので、なんとか起き上がってそれを支えているうちに揺れがおさまった。今までに経験したことのない大きな揺れだったけど、それほど恐怖を感じなかったのは半分寝ぼけていたからか。その後テレビをつけてニュースを見ていたけどすぐに停電になってしまったし、窓からの風景はいつもと変わりがない様子だったので、もう一度布団の中へ戻った。朝起きて、歩いて大学へ向かっている時に、公園の水道とかスーパーの前で配っている水にすごい行列ができているのを見て、これはもしかして大変なことが起こっているのかもと思い始めた。昼になると、もうすでに大学の購買やコンビニの棚から食料品が消え失せていたので、昼ごはんはお菓子で済ませて明るいうちはラボで片付けとか復旧作業をしていた。で、家へ帰るときには街が真っ暗になっていた。これくらい大きな町で全ての明かりが消えて真っ暗になると、なんだかえらい異様な雰囲気だったけど、星空がすごく綺麗に見えたのが印象的だった。
2018年9月5日水曜日
次
昨晩は札幌でも暴風雨がかなりすごかった。大学のキャンパス内も、朝来てみると大きな木が倒れていたりしてどえらい散らかっていたけど、幸い大きな被害はなかった模様。
さて、ということでまた次のレビューをするために別の論文を読み始めているのだけど、今回のはなかなかオモシロイ。もうちょいと詰めのデータが必要だと思うし、基本的には今までの発見が元になっていて大きなブレークスルーというとこまでは行かないけど、これは新しいモノの見方ができそうな気がする。こういうのはレビューもやりがいがあるね。
とかなんとかやっているうちに、自分が書かなければいけない論文の締め切りが迫ってきている。なんかだいぶ焦燥感が出てきましたなぁ。
2018年9月4日火曜日
21
ニュースの映像を見ていると、台風21号は風の勢いがえらいことになっとるね。関西でかなりの被害が出ているとか。で、それが今晩こっちの方に来るのか。。。そういや今日ラボのメンバーと、2004年に北大のポプラ並木がなぎ倒された台風のときは本当にとんでもない風が吹いたよねという話をしたけど、自分以外に知っている人はいなかった。まぁ、あれってもうすでに14年前の話になるんやね。
2018年8月31日金曜日
八月終了
今日で8月も終わりか。札幌は少し前からもうだいぶ涼しくなってきているし、銀杏並木も上の方の葉が少しだけ黄色くなりかけている木があったりして、確実に秋というか冬へ向かっているのを感じる。今日はこのあとゼミ室で、つい最近大学院入試に合格したうちのラボの4年生2人のお祝いをするらしい。
で、来月9月は色々あってかなり忙しくなる予定やなぁ。
で、来月9月は色々あってかなり忙しくなる予定やなぁ。
This side up
先日、何の気なしにこのmosaic wing discの写真をツイッターに載っけたら、デンマークのDr. HHが「ナイス!だけど、自分はやっぱりこれを上下逆に置きたい」というコメントをつけてくれた。で、その後、何人かのフライガイがwing discの置き方についてコメントするという、なんともマニアックなやり取りがあった。確かに、この写真でいう下がディスクの背側で上が腹側になるわけだから、教科書に習えばこれは上下逆にすべきなんよね。しかしながら、wing discはこの細くなっているnotumを下向きにして置きたくなるのはなんでなのか、自分でもよく分からない。
関係ないけど、「This Side Up」というspatial determinationの古い教科書があって、その表紙は学生の頃お世話になったS先生が撮ったイトミミズ卵の写真だった。これはイトミミズの卵が、ooplasmic segregation(第一卵割の前に起こるegg cytoplasmのreorganization)のときに見せるdeformation movementをとらえたものなのだが、卵がこんな形になるということにとても驚いたのをよく覚えている。
関係ないけど、「This Side Up」というspatial determinationの古い教科書があって、その表紙は学生の頃お世話になったS先生が撮ったイトミミズ卵の写真だった。これはイトミミズの卵が、ooplasmic segregation(第一卵割の前に起こるegg cytoplasmのreorganization)のときに見せるdeformation movementをとらえたものなのだが、卵がこんな形になるということにとても驚いたのをよく覚えている。
2018年8月30日木曜日
more reviews
なんか、論文のレビューの依頼って重なることが多いのはなんでなんやろう。ついこないだ一本したばっかりだけど、今週はまた新たに三本することになっている。そのうちの一本はYさんにも依頼が来ていたので、結局二人でやることになった。で、この二日間その論文を読んでいるのだけど、どうも英語がおかしい、というかかなり文法がおかしい上に、ロジックもおかしくて読むのが本当に辛い。一生懸命考えて何を言いたいのかをいちいち汲みとってあげないといけないような感じで、少し読むとすぐ眠気に襲われる。こんな破綻した文章でようサブミットする気になるよなぁと、そこに感心させられますわ。もう今日中にコメント書いてしまって、はよう次の論文に行きたい。
2018年8月27日月曜日
tamoflylab
フライグループのInstagramを開設してみた。ラボテクのTさんと話していて、最近の学生さんにラボの宣伝をするにはやっぱりインスタですかねと。まぁでも、効果的に検索に引っかかるように工夫せないかんよね。
↓
tamoflylab
↓
tamoflylab
2018年8月26日日曜日
Finca Rosal
Hammeken Cellars, Finca Rosal Old Vine Monastrell 2015
スペインはムルシアの11月に遅摘みしたOld Vine Monastrell。ちなみに、モナストレルはフランスのムールヴェドルと同じ。今日は、自分で作ったトマトソースバターパルミジャーノのパスタと一緒に。深いベリーとハーブのリッチな味わいながらも意外とすっきりしていて飲みやすい。これは好きやなぁ、ということで残り半分はまた今度。
2018年8月24日金曜日
BioLitMine
DRSC/TRiPが提供する、BioLitMine という文献検索サイト。遺伝子名からMeSH termとか研究者の名前とかをつなげて論文を検索してくれる。
"The published literature encapsulates years of research about biological systems but finding the relevant literature about a gene or a biological topic is not always straightforward. BioLitMine was implemented to help scientists to quickly mine the literature. Users will able to find MeSH terms as well as the relevant literature. BioLitMine can also help scientists find the principle investigators who are working on a gene of interest or a particular signaling pathway to facilitate the scientific collaborations."
"The published literature encapsulates years of research about biological systems but finding the relevant literature about a gene or a biological topic is not always straightforward. BioLitMine was implemented to help scientists to quickly mine the literature. Users will able to find MeSH terms as well as the relevant literature. BioLitMine can also help scientists find the principle investigators who are working on a gene of interest or a particular signaling pathway to facilitate the scientific collaborations."
R 第二週
先週から始まった R のFly Pushing、今日で第二週の指導が終了。先週はFly Geneticsの基本の授業から始めて、エサ作り、ストックのフリッピング、バージンコレクト、そして今週はimaginal discの解剖と抗体染色の練習、そして実際の実験のためのクロスも始めた。で、今日の午前中はTさんも一緒に、実験の最後の関門となるimaginal discのスライドグラスへのマウンティングを指導。imagnal discのマウンティングは結構細かい作業で、手先の器用さと集中力を要するのだけど、二人とも初めてにしては意外と綺麗にできていてちょっと安心した。ということで、大体基本的な実験は一通りやったかな。顕微鏡で観察しながらmutant cloneの説明をしている中で、今からRが見ていこうとしている現象に対する3つの仮説が出てきた。まずは年度末の卒論発表へ向けて、これを検証していきましょうということになる。
2018年8月23日木曜日
Scutoid
Scutoids are a geometrical solution to three-dimensional packing of epithelia. Nat Commun. 9: 2960.
As animals develop, tissue bending contributes to shape the organs into complex three-dimensional structures. However, the architecture and packing of curved epithelia remains largely unknown. Here we show by means of mathematical modelling that cells in bent epithelia can undergo intercalations along the apico-basal axis. This phenomenon forces cells to have different neighbours in their basal and apical surfaces. As a consequence, epithelial cells adopt a novel shape that we term “scutoid”. The detailed analysis of diverse tissues confirms that generation of apico-basal intercalations between cells is a common feature during morphogenesis. Using biophysical arguments, we propose that scutoids make possible the minimization of the tissue energy and stabilize three-dimensional packing. Hence, we conclude that scutoids are one of nature's solutions to achieve epithelial bending. Our findings pave the way to understand the three-dimensional organization of epithelial organs.
去年の11月にバルセロナであったミーティングで、隣のポスターで発表していたセビリアから来た学生二人と友達になったのだが、その時その二人が発表していた内容。カーブした上皮組織の形態は、彼らが新しく発見して「Scutoid」と名付けたちょっといびつな立体構造を取る細胞同士が、apical-basal axisに沿ってintercalateすることによってうまくパックされるという。ちなみにこの「Scutoid」という名前の由来は、この形がカナブンとかの背中にある小楯板(scutellum)を想起させるからだとか。そういや新しい名前にしてはなんやら聞き慣れたワードのような、と思ったらドミナントマーカーのScoと同じか。しかしこれって、結構スゴイ発見やよね。。。
As animals develop, tissue bending contributes to shape the organs into complex three-dimensional structures. However, the architecture and packing of curved epithelia remains largely unknown. Here we show by means of mathematical modelling that cells in bent epithelia can undergo intercalations along the apico-basal axis. This phenomenon forces cells to have different neighbours in their basal and apical surfaces. As a consequence, epithelial cells adopt a novel shape that we term “scutoid”. The detailed analysis of diverse tissues confirms that generation of apico-basal intercalations between cells is a common feature during morphogenesis. Using biophysical arguments, we propose that scutoids make possible the minimization of the tissue energy and stabilize three-dimensional packing. Hence, we conclude that scutoids are one of nature's solutions to achieve epithelial bending. Our findings pave the way to understand the three-dimensional organization of epithelial organs.
去年の11月にバルセロナであったミーティングで、隣のポスターで発表していたセビリアから来た学生二人と友達になったのだが、その時その二人が発表していた内容。カーブした上皮組織の形態は、彼らが新しく発見して「Scutoid」と名付けたちょっといびつな立体構造を取る細胞同士が、apical-basal axisに沿ってintercalateすることによってうまくパックされるという。ちなみにこの「Scutoid」という名前の由来は、この形がカナブンとかの背中にある小楯板(scutellum)を想起させるからだとか。そういや新しい名前にしてはなんやら聞き慣れたワードのような、と思ったらドミナントマーカーのScoと同じか。しかしこれって、結構スゴイ発見やよね。。。
2018年8月22日水曜日
late summer
先週末は、こちらに来ていた家族と一緒にジップラインをしに行ったりプールへ遊びに行ったり、子供の夏休み終盤を一緒に楽しんだ。ということで、今週からまたそろそろ研究に集中し始めようかなというところなのだが、今日の朝は定期健康診断を受けに駅前の健診センターへ。追加メニューがあったので、肝炎とピロリ菌の検査もトッピングしたら4本も血を取られた。
2018年8月16日木曜日
2018年8月15日水曜日
μ-CT
Micro computed tomography as an accessible imaging platform for exploring organism development and human disease modeling. BioRxiv, 391300.
Understanding how events at the molecular and cellular scales contribute to tissue form and function is key to uncovering mechanisms driving animal development, physiology and disease. Elucidating these mechanisms has been enhanced through the study of model organisms and the use of sophisticated genetic, biochemical and imaging tools. Here we present an optimized method for non-invasive imaging of Drosophila melanogaster at high resolution using micro computed tomography (μ-CT). Our method allows for rapid processing of intact animals at any developmental stage, provides precise quantitative assessment of tissue size and morphology, and permits analysis of inter-organ relationships. We then use the power of μ-CT imaging to model human diseases through the characterization of microcephaly in the fly. Our work demonstrates that μ-CT is a versatile and accessible tool that complements standard imaging techniques, capable of uncovering novel biological mechanisms that have remained undocumented due to limitations of current methods.micro computed tomography (μ-CT)。
結構綺麗に見えてるね。解剖せずに体内の構造がありのままインタクトな形で見えて、その3Dイメージを解析できるというのはイイ。
2018年8月14日火曜日
R start
4年生のRがうちのフライグループに入ることになったので、昨日からオリエンテーションを開始。昨日と今日の二日間で、Fly Geneticsの基本に関して大体の説明は終わったかな。今日はさらに今後Rが入っていく研究のイントロとして、Tumor Hotspotsの話と、その先に見え始めているものの話もした。今週はテクのTさんが休暇中なので、明日か明後日に一度Rと二人でエサ作りをしないといけないかな。
2018年8月13日月曜日
帰札
昨晩遅くに札幌に帰ってきた。一週間の夏休みも終わり。ということで、今日ラボに戻ってきたら、二ヶ月くらい前に注文したGeneseeのフライプッシング用品がようやく届いていた。これでようやく全てのベンチにCO2システムを設置できるやん、と思って箱を開けたらチューブが入っていなかった。池田理化にメールで問い合わせてみたら、チヨダサイエンスが夏期休暇なので回答をもらえないとか。でも箱に貼り付けてある送り状を見たら、このGeneseeの製品はチヨダじゃなくてビーエム機器から池田に送られて来たようなんだけど、どういうことなんやろかね。チヨダから来るのは飼育用バイアルなんとちゃうのん。せやけどこれ、こっちに引っ越してくる前から池田理化に相談してたんやけどなぁ。なんか、ほんまあかんのう。。。
2018年8月10日金曜日
2018年8月4日土曜日
ほぼ終了
今日は昼に、蓮の花が咲いているひょうたん池でお弁当を食べたあと、これまた一日中ラボで執筆作業。ようやく申請書のほとんどのパートを書き上げて、こちらで担当した分の原稿を共同執筆先へ送付した。あとは、なんかこちらの大学から出す Letter of suppot みたいなものがいるみたいだけど、これは自分で書くのか、大学の事務がなんかフォーマットを持っとるんか、これはもう来週メールで聞いてみるしかないな。ま、自分は明日から一週間夏休みなんやけど。
しかし、そういや一つ論文のレビューが回ってきていることを今また思い出した。。。これはもう持って帰るしかないな。
しかし、そういや一つ論文のレビューが回ってきていることを今また思い出した。。。これはもう持って帰るしかないな。
2018年8月3日金曜日
writing night
共同研究先と一緒に執筆している申請書がだいぶ佳境にさしかかってきたので、今晩はもう一度ラボに帰ってきて机に向かう。日曜日からまた三島へ帰って、来週一週間はバカンスの予定なので、なんとか明日の夜までには形にしておきたいところ。
本州はまた猛暑に見舞われているようだけど、こちらは先ほど帰るとき半袖で自転車に乗ったらちょっと寒いくらいの気温。
本州はまた猛暑に見舞われているようだけど、こちらは先ほど帰るとき半袖で自転車に乗ったらちょっと寒いくらいの気温。
2018年8月1日水曜日
スルー
昨晩は、ハエ達が入っている約200本のバイアルを詰めた発泡スチロールの箱を持って羽田空港へ。チェックインカウンターで、昆虫なら手荷物として機内に持ち込めるので手荷物検査場へ進んでくださいということだったので、いつもと同じように手荷物検査へ。X線装置の画面に映った無数のバイアルはいかにも怪しい感じで、検査員もそれをかなり凝視していたので、これはやっぱり箱を開けて説明することになるよなぁと思っていたら、なんと意外なことに検査員はスルー。拍子抜けしたけど、面倒なことにならなくて良かったと思うと同時に、こんな怪しいものを検査しなくていいのかと逆にちょっと不安になったり。まぁでもそんなことで無事、夜遅くにラボのフライルームに到着。ついにこれで全ての引っ越しが終了かな。
2018年7月31日火曜日
移送第二弾
残りのハエ達プラス弱い系統、約200系統の移送準備が完了。これらのバイアルを箱に詰めて、その箱を昨日100円ショップで見つけた大きめのショッピングバッグに入れて、今晩一緒に札幌へ向かう。昆虫、金魚、カメなどの小動物はペットとしての扱いではなく、客席に手荷物として持ち込むことになるようだ。逃げたり見えたりしないようにきちんと梱包されていれば3匹程度までは機内にお持ち込みいただけます、というようなことが書いてあるからたぶん大丈夫かな。まぁ、3匹じゃなくて、3万匹くらい入ってるけど。。。
2018年7月29日日曜日
175
昨日のモーフォメ終了後は新幹線に乗って三島に帰ってきた。ということで、今日は朝からまた遺伝研。今回は、まだこちらに残っているストックのハエ175系統を引き取るのが目的。自分が出たあともこちらに残したハエ達のお世話をしてくれているOさんのおかげで、今回もすでに万全の状態に見える。一ヶ月前の輸送では少し気温の低い日に当たったからか、奇跡的に全員無事だったのだけど、さすがにこの猛暑の中の輸送に耐えられるとは思えないので、今回は自分が一緒に飛行機に乗せて持って帰る作戦を立てる。
The 3rd Morphomeostasis Meeting
この土日、大府の国立長寿医療研究センターで開催された「The 3rd Morphomeostasis Meeting」に参加してきた。3年前に神戸で行った第0回は3人だったけど、今回はinvitedのT先生も含めるとスピーカーは10人。土曜の昼から日曜の昼過ぎまで、夜の懇親会も含め、いつものように非常に濃密なディスカッション三昧の2日間を過ごした。今年のオーガナイザーを一人で務めてくれたKA博士に感謝。しかし、もう毎度のことながら、トークの制限時間を守る人は誰一人おらず、土曜日に予定されていたトークの最後の2つは日曜の朝に持ち越し。やっぱりもう無理せんと、1人1時間で予定を組むべきなんかもね。
で、来年は京都場所ということで決定。また来年、皆さんに進捗を報告できるように一年頑張らなあかんなと気合い入りましたわ。
で、来年は京都場所ということで決定。また来年、皆さんに進捗を報告できるように一年頑張らなあかんなと気合い入りましたわ。
2018年7月26日木曜日
寿司
昨晩は、この3日間こちらを訪問していたローザンヌのDr. JHと、PhD studentのエレーニを連れてYF博士と4人で寿司を食べに出た。落ち着いた和室でいただく寿司割烹のコースはなかなか素晴らしいもので、ドイツ人とギリシャ人のお二人にも満足していただけた様子。とても楽しい夜だった。
実は少し前にこの接待の予定が入ったので、本当は木曜日からだった出張予定を土曜日からに変更したんだった。ということで、明日から出張。明日はまず早朝の便で名古屋へ飛び、第3回 Morphomeostasis Meeting が行われる大府へ向かう。モーフォメは超楽しみなんだけど、その前に今取り組んでいる申請書を今日中にある程度形にせなあかんやん。
実は少し前にこの接待の予定が入ったので、本当は木曜日からだった出張予定を土曜日からに変更したんだった。ということで、明日から出張。明日はまず早朝の便で名古屋へ飛び、第3回 Morphomeostasis Meeting が行われる大府へ向かう。モーフォメは超楽しみなんだけど、その前に今取り組んでいる申請書を今日中にある程度形にせなあかんやん。
2018年7月25日水曜日
2018年7月24日火曜日
dilation
dilate:拡張する、拡張させる、詳しく述べる(動)
dilated:拡張した(形)
dilation:拡張、膨張(名)
dilatate:拡張した(形)
dilatation:拡張、膨張(名)
dilation と dilatation、dilated と dilatate はほぼ同じか。
dilated:拡張した(形)
dilation:拡張、膨張(名)
dilatate:拡張した(形)
dilatation:拡張、膨張(名)
dilation と dilatation、dilated と dilatate はほぼ同じか。
2018年7月23日月曜日
1/2量
今日のエサ作りはいよいよ2分の1量の5Lでチャレンジ。撹拌鍋を乗せるための特注の架台が届いたので、今回から鍋をトロ火で温めながら分注することが可能になった。これは結構大きな改善だったようで、今日は最後までスムーズに分注できて、全部で約750本作ることができた。今日は今までで一番うまくいったねぇ、という話をしながらTさんと器具を洗っていたら、「これは一体なんの匂いだっ!」と、えらい勢いで一人のオッサンが部屋に入ってきた。ふーむ、まぁたしかに結構臭うんやけど、しゃーないもんなぁ。扇風機でも回すか、それともやっぱり、ドアの前に「ハエのエサ料理中」の看板を出すべきかな。
支笏湖
週末、ついにXVが納車されたので、まずは支笏湖までドライブ。支笏湖の静かな雰囲気と周りを囲む山々の奇妙な形がなぜか好きで、学生の頃ふらっと来ることが多かったのだが、前に来たのはたぶん12年前かな。ここの風景は何も変わっていない。
2018年7月18日水曜日
early summer
内地はものすごい暑さになっているようだけども、やっぱり札幌は涼しい。朝晩は自転車に乗ると肌寒いくらい。猛暑のニュースを毎日見ているのにもかかわらずこちらは毎日涼しいから、夏はまだかなぁとか思ってしまっている自分に気付いた。感覚としてはまだ初夏なので、なんだか時差ボケのような感じ。今日から、スイスの大学院生の子が数週間ラボに滞在する予定。
CCH in kidneys
Endocycle-related tubular cell hypertrophy and progenitor proliferation recover renal function after acute kidney injury. Nat Commun. 9: 1344.
Acute kidney injury (AKI) is considered largely reversible based on the capacity of surviving tubular cells to dedifferentiate and replace lost cells via cell division. Here we show by tracking individual tubular cells in conditional Pax8/Confetti mice that kidney function is recovered after AKI despite substantial tubular cell loss. Cell cycle and ploidy analysis upon AKI in conditional Pax8/FUCCI2aR mice and human biopsies identify endocycle-mediated hypertrophy of tubular cells. By contrast, a small subset of Pax2+ tubular progenitors enriches via higher stress resistance and clonal expansion and regenerates necrotic tubule segments, a process that can be enhanced by suitable drugs. Thus, renal functional recovery upon AKI involves remnant tubular cell hypertrophy via endocycle and limited progenitor-driven regeneration that can be pharmacologically enhanced.
哺乳類の腎臓でも CCH が確認された。腎臓の損傷に対する組織修復は残った尿細管細胞の分裂によるものと考えられていたが、この研究は、尿細管細胞のエンドサイクルによる肥大化、つまりCCHが組織修復の重要な役割を担っていることをマウスを用いた実験で示している。一応、少数のPax2+ tubular progenitor cellsが生き残って分裂することも観察されているが、全体で見るとCCHの割合の方が大きいようだ。さらにヒトでも、損傷後慢性腎臓病の腎臓において、エンドサイクルによってploidyが増加した尿細管細胞が多数観察されている。
CCH、やっぱりpost-mitotic tissue repair systemとして結構広く保存されている感じやねぇ。
Acute kidney injury (AKI) is considered largely reversible based on the capacity of surviving tubular cells to dedifferentiate and replace lost cells via cell division. Here we show by tracking individual tubular cells in conditional Pax8/Confetti mice that kidney function is recovered after AKI despite substantial tubular cell loss. Cell cycle and ploidy analysis upon AKI in conditional Pax8/FUCCI2aR mice and human biopsies identify endocycle-mediated hypertrophy of tubular cells. By contrast, a small subset of Pax2+ tubular progenitors enriches via higher stress resistance and clonal expansion and regenerates necrotic tubule segments, a process that can be enhanced by suitable drugs. Thus, renal functional recovery upon AKI involves remnant tubular cell hypertrophy via endocycle and limited progenitor-driven regeneration that can be pharmacologically enhanced.
哺乳類の腎臓でも CCH が確認された。腎臓の損傷に対する組織修復は残った尿細管細胞の分裂によるものと考えられていたが、この研究は、尿細管細胞のエンドサイクルによる肥大化、つまりCCHが組織修復の重要な役割を担っていることをマウスを用いた実験で示している。一応、少数のPax2+ tubular progenitor cellsが生き残って分裂することも観察されているが、全体で見るとCCHの割合の方が大きいようだ。さらにヒトでも、損傷後慢性腎臓病の腎臓において、エンドサイクルによってploidyが増加した尿細管細胞が多数観察されている。
CCH、やっぱりpost-mitotic tissue repair systemとして結構広く保存されている感じやねぇ。
DOT
Dresden Ovary Table (DOT) って、ウチらegg chamberをモデルにしている人達にとってはかなり素晴らしいデータベースであることに今まで気付いていなかった。follicleに発現している遺伝子のなかでも、oogenesis stageとか細胞種に特異的なものを検索することができる。in situのイメージはz-stackまで見ることができるようになっているし。
oogenesis stage-specific mRNA seq と in situ hybridization によるデータの内容については以下の論文にある。
Systematic imaging reveals features and changing localization of mRNAs in Drosophila development. eLife 4:e05003.
oogenesis stage-specific mRNA seq と in situ hybridization によるデータの内容については以下の論文にある。
Systematic imaging reveals features and changing localization of mRNAs in Drosophila development. eLife 4:e05003.
2018年7月17日火曜日
更新完了
ちょうど二週間前に遺伝研から到着したストックの系統、545本のバイアルの更新が昨日完了した。こちらで今回新しく作った餌で、次世代のアダルトが正常に出てくるかどうかを確認するまでなんとも言えないけど、とりあえず幼虫はすでに生まれてきている。先週、理学部のTさんやKさんから聞いたところによると、餌を作るときの煮込み時間がかなり重要ということだったので、次からは時間を計りながらクッキングプロトコールを調整していく。
Dr. YT 来訪
今日は午後からシンガポールのYT博士が来訪。プライベートでの来日のついでに北大に寄ってくれたので、新しいフライルームをお見せして、進行中の共同研究のことなどディスカッション。このために少し前から行っていた Dresden Ovary Table でのオンラインスクリーニングの結果を話したり。で、今はラボの学生一人一人としっかりディスカッションしてもらっている最中。このあとみんなで飲みに行く予定。
2018年7月14日土曜日
ラジカセ
10日前に三島から到着したストックフライ達の次世代がだいぶ出てきているので、そろそろバイアルの更新をしないといけない。ということで、今日は午後に駅前の電気屋さんでラジカセを購入してからフライルームへ。ぼんやりとラジオを聴きながら、延々とエサ交換のフリッピングをしているとポスドクの頃の懐かしい感覚を思い出した。
HU Fly Groups
昨日のトークのあとは、Kさんのラボに場所を移して飲み会。Kさんのラボメンバー以外にも、講演を企画してくれたTさんのところの学生さんや、自分が学生の頃お世話になったK先生も来てくれていて、とても楽しい夜になった。たぶん、北大にあるフライラボはこれでほぼ全部で、意外と少ない。そういえば自分が学生だった頃から、ショウジョウバエを使う研究室は生態学のところ以外には思いつかない。ということで、今後このグループは自分にとって大切なものになる。
2018年7月12日木曜日
Talk @5号館
今日は午後4時半から理学部5号館の8Fセミナー室で講演する。トークの内容は話し慣れているcompetitionとcompensationによる組織恒常性維持の話だけど、今日の会場は学生の頃毎日通っていた研究棟、しかも8Fセミナー室は確か13年前に博士論文の発表をした場所と同じはず。ということで、なんとなく感慨深いものがある。
2018年7月11日水曜日
2018年7月10日火曜日
setup
今日の午後、蛍光顕微鏡のための暗幕とフライルーム出入り口のカーテンの敷設工事が完了。明日はナイコンの人が来て蛍光顕微鏡の組み上げをしてくれる予定。この一ヶ月ほどの間に、洗濯機の設置、ガス栓の交換、炭酸ガスボンベ架台の設置、そして今日の暗幕カーテン設置と、何度も工事が入ったけど、実験室セットアップのための工事はたぶんこれで最後かな。とりあえずベンチで二酸化炭素を使えるようになったので、いよいよバージンコレクトを開始。
2018年7月5日木曜日
1/3量
今朝、エサ作り用撹拌鍋のためのガス栓の工事が入ったので、3分の1の量で試運転。撹拌鍋は大丈夫なんだけど、分注用ポンプにもう少し調整の必要がある。やっぱりフライキッチンのあるオープンラボの部屋に結構な匂いがたちこめるけど、大丈夫かな。ちなみに鼻をつく匂いの原因は、最後に投入する防腐剤のプロピオン酸なんよね。それまでは結構おいしそうな匂いなのに。
2018年7月4日水曜日
Arrival
ハエが札幌に到着した。今日の午前中に届くはずだったのが、結局夕方になるまで到着しなかったのでちょっと心配したのだけど、箱を開けてみたら意外にもみんな元気そうだった。さすがにアダルトはダメだろうと思っていたけど、ほとんどのバイアルでまだアダルトが生きているし、むしろ結構良い環境だったのか、幼虫達はえらい増えている。昨日関東の方は晴れていたから相当暑かったはずなのだが、もしかしたら夜の間に通過できたのかな。まぁなんにせよ無事に着いて良かった良かった。ということで、いよいよフライキッチンも始動させないと。
で、残りの200系統ほどはまた三週間後に三島から送る予定なのだが、次こそ真夏の炎天下の移動になる。今回みたいに夕方に発送すればうまくいくのかなぁ。
で、残りの200系統ほどはまた三週間後に三島から送る予定なのだが、次こそ真夏の炎天下の移動になる。今回みたいに夕方に発送すればうまくいくのかなぁ。
2018年7月3日火曜日
分子生理学
今朝は北大で初めての講義。理学部の4年生が対象の授業で、今回は前期のシリーズのうちの一回だけを担当。内容はなんでもエエよということだったので、喋り慣れているtissue homeostasisのお話をした。生徒は10人ほどと結構少なかったので、一人一人と質疑応答もしながらゆっくりと。男子はほとんどみんなが今朝のベルギー戦を見たと言っていたわりに90分の間誰もうとうとしなかったし、みんな結構しっかりと聞いてくれていた様子。
W杯
今日は早朝に起きてしっかりとベルギー戦を見守った。あの2点目が決まった時、大興奮の中でこれはいけると思ったよね。それだけにあの幕切れは本当にくやしかった。まぁでも、今回はほんまによう頑張ったよなぁ。また4年後やね。
それにしても、自分はここ最近のワールドカップを毎回違う場所で見ている。2002年は札幌 → 2006年はニューハンプシャー → 2010年はフロリダ → 2014年は三島 → そして今回はまた札幌で、という順番。で、毎回思うのは、自分は次のワールドカップをどこで見ているんだろうかね、ということ。
それにしても、自分はここ最近のワールドカップを毎回違う場所で見ている。2002年は札幌 → 2006年はニューハンプシャー → 2010年はフロリダ → 2014年は三島 → そして今回はまた札幌で、という順番。で、毎回思うのは、自分は次のワールドカップをどこで見ているんだろうかね、ということ。
2018年7月2日月曜日
dispatch
たったいまMさんから、ハエ達の発送を完了との連絡が来た。台風が接近している影響なのか、今日向こうは幸いにして曇っているらしい。夕方になって気温も下がってきたので、保冷剤は入れなかったとのこと。明日も通り道の東日本で曇り空が広がってくれれば良いのだけど、どうなるだろうかね。まぁ、こちらは受け入れ準備を整えるのみ。ということで、今日はTさんが試しに少量のエサ入りバイアルを作ってみてくれた。そろそろフライキッチンも始動できそうになってきた。
2018年7月1日日曜日
スタバで
木曜からのこの4日間、三島でやらなければいけないミッションは色々とあったのだけど、たぶん考えていたことは全てできたのかな。とりあえず、今回メインのミッションだったハエの輸送準備は今日の朝で完了。と言っても、一気に700系統全てを輸送に最適な状態で準備することはできなかったので、今回は500ちょい。残りの200はまた来月末にもう一度準備しに来ることになった。しかし、ひとつ心配なのはこの暑さ。明日の夕方、箱の中に少し保冷剤を入れて出荷してもらう予定だけど、梅雨が明けたこの炎天下の輸送にハエ達が耐えられるかどうか。まぁ、あとはもう祈るしかない。
ということで、自分は今晩の便でまた札幌へ戻るのだが、その前に今は子供達をスタバに連れてきて宿題をさせている。なんか、一時帰国っていう感じ。
ということで、自分は今晩の便でまた札幌へ戻るのだが、その前に今は子供達をスタバに連れてきて宿題をさせている。なんか、一時帰国っていう感じ。
2018年6月30日土曜日
2018年6月27日水曜日
home
昨晩、三島に帰って来た。ということで、今日から三日間はまた遺伝研に滞在。この間に、まだこちらのラボで維持してもらっているハエのストック約700系統と、抗体とか試薬の類の輸送手続きをしなければならない。あと、引っ越し前の一ヶ月間でTさんとMさんがやってくれた実験の結果を結局見ることができないままだったので、それらのサンプルのコンフォーカル解析もする予定。引っ越しから4週間ぶりだけど、ここのオフィスに帰って来ると、まだまだ昨日までここにいたかのようなホーム感がある。
2018年6月25日月曜日
9 hours
今日の午後はラボミーティング。まずはじめに自分の発表が1時間半もかかってしまったということもあって、4人の発表が終わったのは5時すぎ。しかも、そのあと続けて行われたグループミーティングにも参加することになり、そこでの学生3人の発表が全て終了したのは先ほど10時頃。ということで、今日は昼過ぎから9時間ほどほぼぶっ続けでミーティングに参加していたことになるか。まぁえらい疲れたけど、次から次へと面白いデータが出てくるので結構楽しめた。やっぱりかなりアツいラボやなぁ。
2018年6月23日土曜日
撮影
ウェブサイト用の写真を撮りに、自転車に乗って大学のキャンパスをぶらぶら。そのあとでラボの方へ行くと、ちょうど医学部の前でたくさんの人が集まって何かの撮影をするところだった。聞いてみると、「こんな夜更けにバナナかよ」という映画の撮影なんだとか。
2018年6月22日金曜日
試運転
今週月曜日から新しく雇った実験補助員のTさんが来てくれている。Tさんは今までにもいろんなラボで研究に携わってきた経験があり、フライラボでの経験もあるし、何度かラボの立ち上げにも関わったこともあるということで、なかなか頼もしい感じ。今週はとりあえず、こちらに引っ越し後まだ開けていなかった箱の荷解きと、実験スペースの整理などをしてもらっていた。で、それらも昨日あたりで大体落ち着いてきたので今日からいよいよ、フライラボ立ち上げの最重要課題となっているフライキッチンの始動準備に入った。レシピやプロトコール、必要な器具や材料などは他で見せてもらったものを参考にして、この2ヶ月の間に少しずつ揃えてきた。ということで、今日の午後は二人で煮炊き用自動撹拌鍋と分注用ポンプの試運転。だいぶイメージがつかめてきましたなぁ。
2018年6月19日火曜日
ラボビジット
今日は、なんかのサイエンスプログラムみたいなもので日本を訪問中のインドとベトナムの高校生が、ウチの研究所を見学に来るということで、朝から高校生4人を相手にトーク。トークと言っても高校生相手だから、我々の研究の基本的なコンセプトを分かりやすくかつ興味を持ってもらえるように説明。こういうアウトリーチ活動的なトークのために以前作ったスライドもあるのだけど、このラボの説明となるとショウジョウバエのことだけではないし、新しいスライドを作る暇もなかったので、大まかなストーリーだけ考えてあとはアドリブのチョークトークで挑むことにした。研究所の紹介から始めて、Cancer Biologyの基礎とその文脈の中でcell competitionの意味にフォーカスを当てたのだけど、意外と高校生達はしっかりとついて来てくれて、どんどん質問もしてくれて助かった。その後、実験室で培養細胞を見せてもらったりして、結構満足してくれたようだ。帰り際に「自分はバイオロジーってあんまり好きじゃなかったんだけど、すごく興味を持ったわ」って言ってくれた子もいて、なかなか良かったかなと。
2018年6月17日日曜日
DIK
昨日は散髪をしに、学生の頃いつも行っていた大学近くの床屋さんに行ってきた。扉を開けると、床屋の主人はこちらの顔をまじまじと見つめて「随分懐かしいお客さんが来たなぁ」と。どうやらしっかりと覚えていてくれたようだ。記録を見てもらうと、最初に来たのは店の開店当初、まだ自分が大学2年生の頃で23年前。で、最後に来たのはどうやらアメリカから一時帰国したときに訪れた2006年の6月だったようで、丸12年ぶり。しかし、席に着いて眺めた12年ぶりの店内の様子は当時とほとんど変わっていない上に、鏡に映る二人の姿も意外とそれほど変わっていないように感じて、この12年間の話をしながらもなんだか二人でタイムスリップしたような変な感覚に陥った。
神戸で
昨日の夜、神戸から帰ってきた。この新学術領域の班会議もこれで最後になるわけだけども、今回も多くの方々と話すことができて良かった。まだ今年度いっぱい領域班は続くのだけど、ここに参加させてもらえたことで得た一番大きな収穫は、やはり多くの人と知り合えたことだと思う。
一方、今回の懇親会の後は、ウチのラボのJと神戸ブランチのOさんと3人で一杯飲みに行って、まだ自分が聞いたことのなかったラボ内の人間模様などをいろいろと教えてもらった。
一方、今回の懇親会の後は、ウチのラボのJと神戸ブランチのOさんと3人で一杯飲みに行って、まだ自分が聞いたことのなかったラボ内の人間模様などをいろいろと教えてもらった。
2018年6月12日火曜日
神戸へ
今朝も一つ新しい家具が届く予定だったので、それを受け取ってから先ほどラボに到着。このあと、新千歳から夕方の便で神戸へ向かう予定。
昨日の夜、少しトークのスライドの準備をしたけど、何をどこまで話すかについて未だ考え中。こうして考えると、cell competitionに関する進行中のプロジェクトはいろいろとあるのだが、その割に一つ一つに関してはあまり深く切り込めていない。これはこの4年間の一つの反省点でもある。まぁでもポジティブに考えれば、4年間いろいろなものに手を出したことで、今後のためのたくさんの研究のシーズが生まれたと言うこともできる。
昨日の夜、少しトークのスライドの準備をしたけど、何をどこまで話すかについて未だ考え中。こうして考えると、cell competitionに関する進行中のプロジェクトはいろいろとあるのだが、その割に一つ一つに関してはあまり深く切り込めていない。これはこの4年間の一つの反省点でもある。まぁでもポジティブに考えれば、4年間いろいろなものに手を出したことで、今後のためのたくさんの研究のシーズが生まれたと言うこともできる。
Gran Sangre de Toro
Torres Gran Sangre de Toro Reserva 2014
先週の土曜日、理学部のT博士に講座のジンパ(ジンギスカンパーティ)に誘ってもらったので、ステラプレイスで見つけたワインショップでジンギスカンに合いそうな赤を探した。このガルナチャ、カリニャン、シラーのブレンドはカタルーニャのワイン。しっかりしたベリーにスパイスとハーブの香りがあって飲みやすい上に肉に良く合っていたので、T博士と楽しく喋りながら飲んでいたらすぐになくなってしまった。二千円ちょい。
10 days
こちらのアパートに入居してから今日で10日。契約関係の手続きはだいたい終わったと思うけど、インターネットの工事とか、シンクの修理とか、新しい家具の搬入とか、なんやかんやと自宅待機していないといけないことがあったりしていまだに落ち着かない。今日も、午前中はラボの方でインキュベータの移動、午後は家の方で玄関の鍵の交換作業にそれぞれ立ち会う必要があったので、急いで移動したり。
そんなことでばたばたしているうちに、明日からは班会議で神戸出張。トークの準備せなあかんやん。。。
そんなことでばたばたしているうちに、明日からは班会議で神戸出張。トークの準備せなあかんやん。。。
2018年6月6日水曜日
搬入
三島からトラックで輸送してもらったラボとオフィスの荷物は予定通り月曜日の朝こちらに到着。朝からラボの学生達に手伝ってもらって、新しいフライルームのための部屋の整理をしながら、搬入は無事完了。ということで、今週は毎日荷解きをしながら少しずつオフィススペースとフライルームのセットアップ。
2018年6月4日月曜日
初出勤
先週金曜日、こちら北大に初出勤して就任式を済ませた。偶然にもちょうどその日から大学祭ということで、メインストリートには屋台が立ち並び、学生達でごったがえしているキャンパスの風景はとても懐かしいものだった。午後は、知り合いのTさんのラボのフライルームを見せてもらえるということになったので、これまた懐かしの理学部5号館へ。色々と研究室を見せてもらった後、さらに学生の頃のラボがあった11階にも行ってY先生に挨拶。11階の窓から見える北大の風景は相変わらず美しかった。
登録:
投稿 (Atom)








































